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Since the beginning of the industrial revolution, atmospheric carbon dioxide (CO2) concentrations have risen steadily and have induced a decrease of the averaged surface ocean pH by 0.1 units, corresponding to an increase in ocean acidity of about 30 %. In addition to ocean warming, ocean acidification poses a tremendous challenge to some marine organisms, especially calcifiers. The need for long-term oceanic observations of pH and temperature is a key element to assess the vulnerability of marine communities and ecosystems to these pressures. Nearshore productive environments, where a large majority of shellfish farming activities are conducted, are known to present pH levels as well as amplitudes of daily and seasonal variations that are much larger than those observed in the open ocean. Yet, to date, there are very few coastal observation sites where these parameters are measured simultaneously and at high frequency. To bridge this gap, an observation network was initiated in 2021 in the framework of the CocoriCO(2) project. Six sites were selected along the French Atlantic and Mediterranean coastlines based on their importance in terms of shellfish production and the presence of high- and low-frequency monitoring activities. At each site, autonomous pH sensors were deployed, both inside and outside shellfish production areas, next to high-frequency CTD (conductivity-temperature-depth) probes operated through two operating monitoring networks. pH sensors were set to an acquisition rate of 15 min, and discrete seawater samples were collected biweekly in order to control the quality of pH data (laboratory spectrophotometric measurements) as well as to measure total alkalinity and dissolved inorganic carbon concentrations for full characterization of the carbonate system. While this network has been up and running for more than 2 years, the acquired dataset has already revealed important differences in terms of pH variations between monitored sites related to the in

Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le “réseau flux” de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées dans le cadre du volet “eutrophisation” d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : 1) réaliser un suivi estival en 2022 du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2017-2022 sur les 10 masses d’eau lagunaires OBSLAG, regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne sont réalisés qu’un été sur deux depuis 2015 ; 2) appliquer des indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE, mettant en évidence, sur les périodes d’évaluation, les tendances d’évolution et la confiance associée aux indicateurs de l’état du phytoplancton et de la colonne d’eau, compartiments les plus réactifs des écosystèmes lagunaires. Les suivis réalisés au cours de l’été 2022 sur les 10 masses d’eau lagunaires ont montré que le bon état DCE est atteint pour la période 2017-2022 pour 6 masses d’eau en ce qui concerne l’élément de qualité “physico-chimie de l’eau” et pour 5 masses d’eau en ce qui concerne l’élément de qualité “phytoplancton”. Quatre masses d’eau atteignent le bon état pour les deux compartiments colonne d’eau et phytoplancton (Bages-Sigean, Ayrolle, Thau et Berre). Une masse d’eau est concernée par des pertes de classes de qualité (La Palme en état “mauvais” pour l’eau et en état “bon” pour le phytoplancton) pour la période 2017-2022 par rapport à la période 2015-2020. Deux masses d’eau affichent des gains de classe de qualité (les Palavasiens-Est en état “moyen” pour l’eau et en état “mediocre” pour le phytoplancton et Biguglia en état “mediocre” pour le phytoplancton). L’application de méthodes statistiques

The spatial and temporal variability of macrophyte sampling in polyhaline lagoons (with an annual average salinity of >18 PSU) in the context of the EU's Water Framework Directive is well estimated. However, there is a need to better define the variability of in-situ observations (evaluating coverage) between and among team members. This Inter-Laboratory Comparison (ILC) is based on in situ observations and was conducted with service providers with whom we usually perform our diagnostics, while implementing the specific DCE macrophyte protocol for poly-euhaline lagoons., La variabilité spatiale et temporelle des prélèvements de macrophytes réalisés sur les lagunes poly-euhalines (salinité moyenne annuelle >18 PSU) dans le cadre de la DCE est bien estimée. En revanche, la variabilité, entre agent d'une même équipe et inter-équipe, liée aux observations réalisées in situ (évaluation du recouvrement) reste à préciser. Cette Comparaison Inter Laboratoire (CIL) s’appuie sur des observations in situ et a été réalisée avec les prestataires avec qui nous réalisons habituellement nos diagnostics en mettant en oeuvre le protocole DCE macrophyte spécifique aux lagunes poly-euhalines

The aim of the present work was to test the influence of juvenile oyster culture on benthic-pelagic coupling in the French Mediterranean Thau Lagoon. Although the period of juvenile growth induces the introduction of millions of juvenile oysters in the lagoon over a short duration, the effects on the water-column and on the benthic ecosystem are poorly known. Using a multiple ecological approach, water column parameters, sedimentation rates, sediment characteristics and benthic fluxes were monitored on three occasions during the oyster pre-growth period, from October to December, at two sites inside the farming area and two sites outside the farming area that served as reference. In the water column, results showed a significant lower ratio between total phytoplankton biomass (chlorophyll-a) and degraded pigments (pheopigment), a significant increase in the contribution of phytoplankton containing chlorophyll-b (ie chlorophytes) to total phytoplankton biomass and a significant decrease in the contribution of phytoplankton containing chlorophyll-c (mainly diatoms) to the total phytoplankton biomass at farm sites, attributed to the grazing pressure caused by juvenile oysters on large particles, as described for adult oysters. No significant effect was observed at the benthic interface during this period, due to the dispersion of the small quantities of biodeposit produced by juveniles in the low water temperature conditions. A multivariate approach supported the effect of juvenile oysters on the water column and revealed a trend in benthic conditions with farm sites being distinct from the reference ones. The long farming history of the lagoon could have shaped sediment properties such that farming areas maintain different benthic conditions.

Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le « réseau flux » de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées en 2020 dans le cadre du volet « eutrophisation » d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : (1) réaliser un suivi estival en 2020 du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2015-2020 sur les 10 masses d’eau lagunaires du suivi « réseau flux », regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne sont réalisés qu’un été sur deux depuis 2015 ; (2) appliquer des indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE, mettant en évidence, sur les périodes d’évaluation, les tendances d’évolution et la variabilité de l’état du phytoplancton et de la colonne d’eau, compartiments les plus réactifs des écosystèmes lagunaires. Les suivis réalisés au cours de l’été 2020 sur les 10 masses d’eau lagunaires ont montré que le bon état DCE est atteint pour la période 2015-2020 pour 6 masses d’eau en ce qui concerne les paramètres physico-chimiques de la colonne d’eau et pour 5 masses d’eau en ce qui concerne le compartiment phytoplancton. Quatre masses d’eau atteignent le bon état pour les deux compartiments colonne d’eau et phytoplancton (Bages-Sigean, Ayrolle, Thau et Berre). Une masse d’eau est concernée par une perte de classe qualité (La Palme en état moyen pour l’état physico-chimique) pour la période 2015-2020 par rapport à la période 2013-2018 et deux masses d’eau par des gains de classe de qualité (Berre en très bon état physico-chimique et en bon état pour le phytoplancton ; Canet en état médiocre pour le phytoplancton). L’application de méthodes statistiques adaptées (bootstrap, tests de Mann Kendall et de Kruskal

Shellfish aquaculture has the potential to alter benthic assemblage composition with subsequent modifications of ecosystem functioning. While the impacts of aquaculture on the taxonomic structure of macro- and — to a lesser extent — meiofauna, have been widely studied, the functional changes of these communities remain relatively unknown. The recent development of biological trait analysis (BTA) has made it possible to produce information about how ecosystem functioning could change across specific terrestrial or aquatic system. In the present study, we used a BTA in parallel with standard taxonomic analysis to evaluate how well the two approaches detected the potential influence of juvenile oyster culture on the benthic community in the French Mediterranean Thau Lagoon. Two sites were sampled under farm structures and compared with two reference sites beyond the influence of farming. This study is the first detailed parallel description of macro- and meiofauna (nematodes). A total of 118 and 41 taxa were determined for macrofauna and nematodes respectively. Some taxa were more abundant or exclusively observed under farm structures such as Chaetozone gibber and Neanthes acuminata for macrofauna and Daptonema fallax and Anticoma eberthi for nematodes. Overall, our results indicate that biological traits and functional indices both detected the impact of shellfish culture on benthic assemblages, whereas macrofauna taxonomic indices revealed no difference. Our results thus suggest that trophic and ecological groups are particularly good indicators of the effects of shellfish culture. This study confirms the relevance of the functional approach, and more generally of multi-index approaches, to detect the influence of aquaculture on benthic communities. Further work is required to test multiple traits in different regions and under different systems, but this work paves the way for environmental impact assessment using a trait based approach.

Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le « réseau flux » de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées en 2018 dans le cadre du volet « eutrophisation » d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : (1) réaliser un suivi estival en 2018 du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2013-2018 sur les 10 masses d’eau lagunaires du suivi « réseau flux », regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne sont réalisés qu’un été sur deux depuis 2015 ; (2) appliquer des indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE, mettant en évidence, sur les périodes d’évaluation, les tendances d’évolution et la variabilité de l’état du phytoplancton et de la colonne d’eau, compartiments les plus réactifs des écosystèmes lagunaires. Les suivis réalisés au cours de l’été 2018 sur les 10 masses d’eau lagunaires ont montré que le bon état DCE est atteint pour la période 2013-2018 pour 7 masses d’eau en ce qui concerne les paramètres physico-chimiques de la colonne d’eau et pour 4 masses d’eau en ce qui concerne le compartiment phytoplancton. Quatre masses d’eau atteignent le bon état pour les deux compartiments colonne d’eau et phytoplancton (La Palme, Bages-Sigean, Ayrolle et Thau). L’application de méthodes statistiques adaptées (bootstrap, tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis) sur les données acquises de 2013 à 2018 ont permis : · d’évaluer la confiance accompagnant les diagnostics DCE des masses d’eau, · de mettre en évidence une tendance à l’augmentation des concentrations en nutriments sur 4 masses d’eau et une tendance à la diminution sur deux masses d’eau, · de mettre en évidence une tendance à l’augmentation des

Ce travail a permis de construire et de valider un indicateur d'évaluation du risque lié à la présence de pesticides dans les lagunes méditerranéennes françaises. Cet indicateur, le Quotient de Risque (QR) s'appuie sur une stratégie de suivi globale, adaptée au contexte des lagunes, de leurs fortes dilutions et de leur dynamique complexe, tout en prenant en compte l'effet des mélanges de pesticides dans les eaux. Pour cela, la liste des pesticides à rechercher en priorité pour les lagunes, ainsi que le mode, les sites et les fréquences d'échantillonnage ont été définis et discutés au regard des résultats du suivi annuel des étangs de Thau et de l'Or, réalisé en 2015-16 par échantillonneurs intégratifs POCIS. 90 pesticides prioritaires pour les lagunes ont été choisis grâce à la synthèse des données les plus récentes en matière de contamination (soit directement dans la lagune, soit sur les cours d'eau tributaires de lagunes), et au croisement de ces dernières avec les listes d'intérêt régional. Le mode d'échantillonnage intégratif par POCIS a été décrit et sa pertinence pour les suivis en lagune, au niveau des points DCE, confirmée. Le suivi annuel Thau/Or a permis de proposer une fréquence de suivi des pesticides hydrophiles adaptée aux lagunes, en soulignant : i) la contamination 4 à 5 fois plus importante sur l'étang de l'Or que sur Thau, caractérisée par des "cocktails" de pesticides présents toute l'année dans les eaux, qui évoluent au fil des saisons et des usages sur les bassins versants (usages phytosanitaires variés sur l'Or, et usages mixtes, phytosanitaires et biocides sur Thau), ii) les 3 périodes importantes à suivre vis-à-vis de ces différents usages de pesticides autour et dans les lagunes (mars-avril, juin-juillet et septembre-octobre), iii) l'importance de prendre en compte la pluviométrie dans le positionnement temporel des POCIS à minima au cours de la période s'étalant de mai à septembre afin d'obtenir un diagnostic plus représentatif de l'exposi

Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le « réseau flux » de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées en 2016 dans le cadre du volet « eutrophisation » d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : (1) réaliser un suivi estival du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2011-2016 sur les 10 masses d’eau lagunaires du suivi « réseau flux », regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne sont réalisés qu’un été sur deux depuis 2015 ; (2) construire un ou des indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE, mettant en évidence, sur les périodes d’évaluation, les tendances d’évolution et la variabilité de l’état du phytoplancton et de la colonne d’eau, compartiments les plus réactifs des écosystèmes lagunaires. Les suivis réalisés au cours de l’été 2016 sur les 10 masses d’eau lagunaires ont montré que le bon état DCE est atteint pour la période 2011-2016 pour 4 masses d’eau en ce qui concerne le compartiment phytoplancton et pour 7 masses d’eau en ce qui concerne les paramètres physico-chimiques de la colonne d’eau. L’application de méthodes statistiques (bootstrap, tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis) sur les données de biomasse phytoplanctonique acquises de 2000 à 2016 sur les étangs Palavasiens a permis de montrer l’intérêt du développement d’indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE. La méthode de boostrap proposée est pertinente pour évaluer la confiance accompagnant le diagnostic DCE. Par ailleurs, les tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis sont efficaces et complémentaires pour détecter précocement des tendances d’évolution et des années particulières au sein des plans de gest

Time series of physico-chemical data and concentrations (cell L-1) of the toxic dinoflagellate Alexandrium minutum collected in the Rance macrotidal estuary (Brittany, France) were analyzed to understand the physico-chemical processes of the estuary and their relation to changes in bloom development from 1996 to 2009. The construction of the tidal power plant in the north and the presence of a lock in the south have greatly altered hydrodynamics, blocking the zone of maximum turbidity upstream, in the narrowest part of the estuary. Alexandrium minutum occurs in the middle part of the estuary. Most physical and chemical parameters of the Rance estuary are similar to those observed elsewhere in Brittany with water temperatures between 15–18 °C, slightly lowered salinities (31.8–33.1 PSU), low river flow rates upstream and significant solar radiation (8 h day-1). A notable exception is phosphate input from the drainage basin which seems to limit bloom development: in recent years, bloom decline can be significantly correlated with the decrease in phosphate input. On the other hand, the chemical processes occurring in the freshwater-saltwater interface do not seem to have an influence on these occurrences. The other hypotheses for bloom declines are discussed, including the prevalence of parasitism, but remain to be verified in further studies.

Le Réseau de Suivi Lagunaire (RSL), qui permettait d’évaluer l’état vis-à-vis de l’eutrophisation des lagunes du Languedoc-Roussillon, a pris fin en 2013. Une campagne DCE d’évaluation de l’état des masses d’eau côtières et de transition de la façade méditerranéenne est programmée en 2015. Ce rapport rend compte des suivis réalisés par Ifremer en 2014 sur 22 masses d’eau lagunaires du bassin Rhône-Méditerranée et Corse (financement AERMC). Un diagnostic de l’état des masses d’eau, intégrant l’état physico-chimique de la colonne d’eau et l’état du phytoplancton est établi pour les 22 masses d’eau (dont 4 oligo-mésohalines), à partir des données acquises sur la période 2009-2014, selon les critères et les grilles DCE. Trois masses d’eau (Thau, Palavasiens-Ouest et Ponant) font également l’objet d’un diagnostic de l’état des macrophytes selon les méthodes DCE. En complément à ces diagnostics, des prélèvements de sédiments ont été réalisés sur la lagune de Thau afin d’évaluer les teneurs en azote total, phosphore total et en matière organique. Les diagnostics établis selon les grilles DCE pour les lagunes poly-euhalines méditerranéennes, permettent de qualifier deux tiers des 18 masses d’eau suivies en « bon » ou « très bon » état pour le compartiment « phytoplancton » sur les périodes estivales de 2009 à 2014. Les paramètres physico-chimiques « de soutien » mesurés dans la colonne d’eau pour les 18 masses d’eau poly-euhalines sur la période 2009-2014 sont plus déclassants, avec seulement 8 masses d’eau au-dessus du seuil du bon état. Les états du phytoplancton et des paramètres physico-chimiques des quatre masses d’eau oligo-mésohalines (Campignol, Vendres, Bagnas et Marette), interprétés à titre indicatif au regard des grilles de diagnostic DCE en vigueur pour les lagunes poly-euhalines, conduisent à qualifier ces lagunes en état médiocre à mauvais. Les évolutions à venir des outils de diagnostic des lagunes oligo-mésohalines permettront de mieux situer la qualité de