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Scientific findings recorded in literature help continuously guide scientific advancements, but manual approaches to accessing that knowledge are insufficient due to the sheer quantity of information and data available. Although pre-trained language models are being explored for their utility as knowledge bases and structured data repositories, there is a lack of research for this application in the biomedical domain. Therefore, the aim in this project was to determine how Generative Pre-trained Transformer models pre-trained on articles in the biomedical domain can be used to make relevant information more accessible. Several models (BioGPT, BioGPT-Large, and BioMedLM) were evaluated on the task of extracting chemical-protein relations between entities directly from the models through prompting. Prompts were formulated as a natural language text or an ordered triple, and provided in different settings (few-shot, one-shot, or zero-shot). Model-predictions were evaluated quantitatively as a multiclass classification task using a macro-averaged F1-score. The result showed that out of the explored methods, the best performance for extracting chemical-protein relations from article-abstracts was obtained using a triple-based text prompt on the largest model, BioMedLM, in the few-shot setting, albeit with low improvements from the baseline (+0.019 F1). There was no clear pattern for which prompt setting was favourable in terms of task performance, however, the triple based prompt was generally more robust than the natural language formulation. The task performance of the two smaller models underperformed the random baseline (by at best -0.026 and -0.001 F1). The impact of the prompt method was minimal in the smallest model, and the one-shot setting was the least sensitive to the prompt formulation in all models. However, there were more pronounced differences between the prompt methods in the few-shot setting of the larger models (+0.021-0.038 F1). The results suggested, De vetenskapliga upptäckter som presenteras inom litteraturen vägleder kontinuerligt vetenskapliga framsteg. Manuella tillvägagångssätt för att ta del av den kunskapen är otillräckliga på grund av den enorma mängd information och data som finns tillgänglig. Även om för-tränade språkmodeller utforskas för sin brukbarhet som kunskapsbaser och strukturerade dataförråd så finns det en brist på forskning inom den biomedicinska domänen. Målet med detta projekt var att utreda hur Generative Pre-trained Transformer (GPT) modeller för-tränade på biomedicinska artiklar kan användas för att öka tillgängligheten av relevant information inom denna domän. Olika modeller (BioGPT, BioGPT-Large, och BioMedLM) utvärderas på uppgiften att extrahera relationsinformation mellan entiteter direkt ur modellen genom en textprompt. En prompt formuleras genom naturlig text och som en ordnad trippel, och används i olika demonstrationsmiljöer (few-shot, one-shot, zero-shot). Modellförutsägelser utvärderas kvantitativt som ett multi-klass klassifikationsproblem genom ett genomsnittligt F1 värde. Resultatet indikerade att kemikalie-protein relationer från vetenskapliga artikelsammanfattningar kan extraheras med en högre sannolikhet än slumpen med en trippelbaserad prompt genom den största modellen, BioMedLM, i few-shot-miljön, dock med små förbättringar från baslinjen (+0.019 F1). Resultatet visade inga tydliga mönster gällande vilken demonstrationsmiljö som var mest gynnsam, men den trippelbaserade formuleringen var generellt mer robust än formuleringen som följde naturligt språk. Uppgiftsprestandan på de två mindre modellerna underpresterade den slumpmässiga baslinjen (med som bäst -0.026 och -0.001 F1). Effekten av valet av promptmetod var minimal med den minsta modellen, och one-shot-miljön var minst känslig för olika formuleringar hos alla modeller. Dock fanns det mer markanta skillnader mellan promptmetoder i few-shot-miljön hos de större modellerna (+0.021-0.038 F1). Resultatet antydde att

Analyzing the data produced by next-generation sequencing technologies relies on access to information synthesized based on previous research findings. The volume of data available in the literature is growing rapidly, and it is becoming increasingly necessary for researchers to use AI or other statistics-based approaches in the analysis of their datasets. In this project, knowledge graphs are explored as a tool for providing access to contextual gene-information available in scientific literature. The explorative method described in this thesis is based on the implementation and comparison of two approaches for knowledge graph construction, a rule-based statistical as well as a neural-network and co-occurrence based approach, -based on specific literature contexts. The results are presented both in the form of a quantitative comparison between approaches as well as in the form of a qualitative expert evaluation of the quantitative result. The quantitative comparison suggested that contrasting knowledge graphs constructed based on different approaches can provide valuable information for the interpretation and contextualization of key genes. It also demonstrated the limitations of some approaches e.g. in terms of scalability as well as the volume and type of information that can be extracted. The result further suggested that metrics based on the overlap of nodes and edges, as well as metrics that leverage the global topology of graphs are valuable for representing and comparing contextual information between knowledge graphs. The result based on the qualitative expert evaluation demonstrated that literature-derived knowledge graphs of gene-information can be valuable tools for identifying research biases related to genes and also shed light on the challenges related to biological entity normalization in the context of knowledge graph development. In light of these findings, automatic knowledge-graph construction presents as a promising approach for improving access, För att analysera de stora mängder data som produceras med hjälp av next-generation sequencing krävs det att forskare har tillgång till och kan sammanställa information från tidigare forskning. I takt med att mängden data som finns tillgänglig i den vetenskapliga litteraturen ökar, så ökar även behovet av att använda AI och andra statistiska metoder för att få tillgång till denna data i analysen. I detta projekt utforskas kunskapsgrafer som verktyg för att tillgängliggöra kontextuell geninformation i vetenskapliga artiklar. Den explorativa metod som beskrivs i detta projekt är baserad på implementationen och jämförelsen av två olika tekniker för kunskapsgrafgenerering, en regelbaserad-statistisk metod samt en metod baserad på neurala-nätverk och co-occurrence, baserade på specifika kontexter inom litteraturen. Resultatet presenteras både i form av en kvantitativ jämförelse mellan metoder samt genom en kvalitativ expertutvärdering baserad på det kvantitativa resultatet. Den kvantitativa jämförelsen antydde att jämförelsen mellan kunskapsgrafer genererade med hjälp av olika metoder kan bidra med värdefull information för tolkningen och kontextualiseringen av viktiga gener. Resultatet visade även på begränsningar hos vissa metoder, till exempel gällande skalbarhet samt den mängd och typ av information som kan extraheras. Men även att metrics baserade på överlappning av hörn och kanter, samt metrics som tar hänsyn till den globala topologin i grafer kan vara användbara i jämförelsen av, samt för att representera skillnader mellan biologiska kunskapsgrafer. Resultatet från den kvalitativa expertutvärderingen visade att kunskapsgrafer baserade på geninformation extraherad från vetenskapliga artiklar kan vara värdefulla verktyg för att identifiera forskningsbias gällande gener, samt framhävde viktiga utmaningar gällande normalisering av biologiska entiteter inom området kunskapsgrafsutveckling. Baserat på dessa fynd framstår automatisk kunskapsgrafsgenerering som ett lovan

This report explores possible avenues for developing coreference resolution methods for Swedish. Coreference resolution is an important topic within natural language processing, as it is used as a preprocessing step in various information extraction tasks. The topic has been studied extensively for English, but much less so for smaller languages such as Swedish. In this report we adapt two coreference resolution algorithms that were originally used for English, for use on Swedish texts. One algorithm is entirely rule-based, while the other uses machine learning. We have also annotated a Swedish dataset to be used for training and evaluation. Both algorithms showed promising results and as none clearly outperformed the other we can conclude that both would be good candidates for further development. For the rule-based algorithm more advanced rules, especially ones that could incorporate some semantic knowledge, was identified as the most important avenue of improvement. For the machine learning algorithm more training data would likely be the most beneficial. For both algorithms improved detection of mention spans would also help, as this was identified as one of the most error-prone components., I denna rapport undersöks möjliga metoder för koreferenslösning för svenska. Koreferenslösning är en viktig uppgift inom språkteknologi, eftersom det utgör ett första steg i många typer av informationsextraktion. Uppgiften har studerats utförligt för flera större språk, framförallt engelska, men är ännu relativt outforskad för svenska och andra mindre språk. I denna rapport har vi anpassat två algoritmer som ursprungligen utvecklades för engelska för användning på svensk text. Den ena algoritmen bygger på maskininlärning och den andra är helt regelbaserad. Vi har också annoterat delar av Talbankens korpus med koreferensrelationer, för att användas för träning och utvärdering av koreferenslösningsalgoritmer. Båda algoritmerna visade lovande resultat, och ingen var tydligt bättre än den andra. Bägge vore därför lämpliga alternativ för vidareutveckling. För ML-algoritmen vore mer träningsdata den viktigaste punkten för förbättring, medan den regelbaserade algoritmen skulle kunna förbättras med mer komplexa regler, för att inkorporera exempelvis semantisk information i besluten. Ett annat viktigt utvecklingsområde är identifieringen av de fraser som utvärderas för möjlig koreferens, eftersom detta steg introducerade många fel i bägge algoritmerna.

Today’s scholarly communication is a document-centred process and as such, rather inefficient. Fundamental contents of research papers are not accessible by computers since they are only present in unstructured PDF files. Therefore, current research infrastructures are not able to assist scientists appropriately in their core research tasks. This thesis addresses this issue and proposes methods to automatically extract relevant information from scientific articles for Research Knowledge Graphs (RKGs) that represent scholarly knowledge structured and interlinked. First, this thesis conducts a requirements analysis for an Open Research Knowledge Graph (ORKG). We present literature-related use cases of researchers that should be supported by an ORKG-based system and their specific requirements for the underlying ontology and instance data. Based on this analysis, the identified use cases are categorised into two groups: The first group of use cases needs manual or semi-automatic approaches for knowledge graph (KG) construction since they require high correctness of the instance data. The second group requires high completeness and can tolerate noisy instance data. Thus, this group needs automatic approaches for KG population. This thesis focuses on the second group of use cases and provides contributions for machine learning tasks that aim to support them. To assess the relevance of a research paper, scientists usually skim through titles, abstracts, introductions, and conclusions. An organised presentation of the articles' essential information would make this process more time-efficient. The task of sequential sentence classification addresses this issue by classifying sentences in an article in categories like research problem, used methods, or obtained results. To address this problem, we propose a novel unified cross-domain multi-task deep learning approach that makes use of datasets from different scientific domains (e.g. biomedicine and computer graphics) and va, Die Kommunikation von Forschungsergebnissen erfolgt heutzutage in Form von Dokumenten und ist aus verschiedenen Gründen ineffizient. Wesentliche Inhalte von Forschungsarbeiten sind für Computer nicht zugänglich, da sie in unstrukturierten PDF-Dateien verborgen sind. Daher können derzeitige Forschungsinfrastrukturen Forschende bei ihren Kernaufgaben nicht angemessen unterstützen. Diese Arbeit befasst sich mit dieser Problemstellung und untersucht Methoden zur automatischen Extraktion von relevanten Informationen aus Forschungspapieren für Forschungswissensgraphen (Research Knowledge Graphs). Solche Graphen sollen wissenschaftliches Wissen maschinenlesbar strukturieren und verknüpfen. Zunächst wird eine Anforderungsanalyse für einen Open Research Knowledge Graph (ORKG) durchgeführt. Wir stellen literaturbezogene Anwendungsfälle von Forschenden vor, die durch ein ORKG-basiertes System unterstützt werden sollten, und deren spezifische Anforderungen an die zugrundeliegende Ontologie und die Instanzdaten. Darauf aufbauend werden die identifizierten Anwendungsfälle in zwei Gruppen eingeteilt: Die erste Gruppe von Anwendungsfällen benötigt manuelle oder halbautomatische Ansätze für die Konstruktion eines ORKG, da sie eine hohe Korrektheit der Instanzdaten erfordern. Die zweite Gruppe benötigt eine hohe Vollständigkeit der Instanzdaten und kann fehlerhafte Daten tolerieren. Daher erfordert diese Gruppe automatische Ansätze für die Konstruktion des ORKG. Diese Arbeit fokussiert sich auf die zweite Gruppe von Anwendungsfällen und schlägt Methoden für maschinelle Aufgabenstellungen vor, die diese Anwendungsfälle unterstützen können. Um die Relevanz eines Forschungsartikels effizient beurteilen zu können, schauen sich Forschende in der Regel die Titel, Zusammenfassungen, Einleitungen und Schlussfolgerungen an. Durch eine strukturierte Darstellung von wesentlichen Informationen des Artikels könnte dieser Prozess zeitsparender gestaltet werden. Die Aufgabenstellung der sequenziell

Companies do not exist in isolation. They are embedded in structural relationships with each other. Mapping a given company’s relationships with other companies in terms of competitors, subsidiaries, suppliers, and customers are key to understanding a company’s major risk factors and opportunities. Conventionally, obtaining and staying up to date with this key knowledge was achieved by reading financial news and reports by highly skilled manual labor like a financial analyst. However, with the development of Natural Language Processing (NLP) and graph databases, it is now possible to systematically extract and store structured information from unstructured data sources. The current go-to method to effectively extract information uses supervised machine learning models, which require a large amount of labeled training data. The data labeling process is usually time-consuming and hard to get in a domain-specific area. This project explores an approach to construct a company domain-specific Knowledge Graph (KG) that contains company-related entities and relationships from the U.S. Securities and Exchange Commission (SEC) 10-K filings by combining a pre-trained general NLP with rule-based patterns in Named Entity Recognition (NER) and Relation Extraction (RE). This approach eliminates the time-consuming data-labeling task in the statistical approach, and by evaluating ten 10-k filings, the model has the overall Recall of 53.6%, Precision of 75.7%, and the F1-score of 62.8%. The result shows it is possible to extract company information using the hybrid methods, which does not require a large amount of labeled training data. However, the project requires the time-consuming process of finding lexical patterns from sentences to extract company-related entities and relationships., Företag existerar inte som isolerade organisationer. De är inbäddade i strukturella relationer med varandra. Att kartlägga ett visst företags relationer med andra företag när det gäller konkurrenter, dotterbolag, leverantörer och kunder är nyckeln till att förstå företagets huvudsakliga riskfaktorer och möjligheter. Det konventionella sättet att hålla sig uppdaterad med denna viktiga kunskap var genom att läsa ekonomiska nyheter och rapporter från högkvalificerad manuell arbetskraft som till exempel en finansanalytiker. Men med utvecklingen av ”Natural Language Processing” (NLP) och grafdatabaser är det nu möjligt att systematiskt extrahera och lagra strukturerad information från ostrukturerade datakällor. Den nuvarande metoden för att effektivt extrahera information använder övervakade maskininlärningsmodeller som kräver en stor mängd märkta träningsdata. Datamärkningsprocessen är vanligtvis tidskrävande och svår att få i ett domänspecifikt område. Detta projekt utforskar ett tillvägagångssätt för att konstruera en företagsdomänspecifikt ”Knowledge Graph” (KG) som innehåller företagsrelaterade enheter och relationer från SEC 10-K-arkivering genom att kombinera en i förväg tränad allmän NLP med regelbaserade mönster i ”Named Entity Recognition” (NER) och ”Relation Extraction” (RE). Detta tillvägagångssätt eliminerar den tidskrävande datamärkningsuppgiften i det statistiska tillvägagångssättet och genom att utvärdera tio SEC 10-K arkiv har modellen den totala återkallelsen på 53,6 %, precision på 75,7 % och F1-poängen på 62,8 %. Resultatet visar att det är möjligt att extrahera företagsinformation med hybridmetoderna, vilket inte kräver en stor mängd märkta träningsdata. Projektet kräver dock en tidskrävande process för att hitta lexikala mönster från meningar för att extrahera företagsrelaterade enheter och relationer.

Der Großteil von österreichischen Arztbriefen liegt immer noch in Form von freien narrativen Texten vor, wodurch die automatisierte Extrahierung wichtiger medizinischer Informationen erschwert wird. Um diesem Problem zu begegnen wurden in den letzten Jahren immer häufiger Methoden des machinellen Lernens erfolgreich angewandt. Die vorliegende Arbeit evaluiert zwei Algorithmen des machinellen Lernens - Support Vector Machines (SVMs) und Conditional Random Fields (CRFs) - für österreichische Arztbriefe von Patienten mit multiplem Myelom, um darin die Schwere der Krankheit, die Art des Myeloms und die zytogenetischen Anomalien zu extrahieren. Die benötigten Trainingsdaten werden mit Hilfe eines speziellen Token-Tagging-Programms erstellt, dessen Entwicklung ebenfalls Teil dieser Arbeit ist. Ergebnisse aus detaillierten Evaluationen zeigen, dass CRFs SVMs mit F1-Bestwerten von 0.928 gegenüber 0.765 übertreffen. Die hohen Werte legen nahe, dass Kliniken oder Klinkpartner in Österreich diese oder ähnliche Methoden für die Extrahierung weiterer medizinischer Informationen und Studien verwenden., The majority of Austrian medical reports is still in the form of free narrative text, which makes the automatized extraction of important medical information difficult. In recent years Machine learning (ML) approaches have been successfully applied to tackle the problem. In this thesis two ML algorithms are evaluated for Austrian reports from patients with multiple myeloma, namely Support Vector Machines (SVMs) and Conditional Random Fields (CRFs), to extract the severity of the disease, the type of the myeloma and cytogenetic anomalies. The required training data is created with the help of a custom token tagging programme, whose development is also part of this work. Results show that CRFs generally outperform SVMs, with top F1 scores 0.928 versus 0.765. These high scores indicate that clinics or clinical partners in Austria may utilize ML approaches for the extraction of further medical information and studies., Jan Schlenker, Zusammenfassung in deutscher Sprache, Universität Innsbruck, Masterarbeit, 2019, (VLID)4493904

Konversationerna i ett kundforum rör sig över olika ämnen och språket är inkonsekvent. Texterna uppfyller inte de krav som brukar ställas på material inför automatisk nyckelordsextraktion. Uppsatsens undersöker hur nyckelord automatiskt kan extraheras ur ett kundforum trots dessa svårigheter. Fokus i undersökningen ligger på tre aspekter av nyckelordsextraktion. Den första faktorn rör hur den etablerade nyckelordsextraktionsmetoden TF*IDF presterar jämfört med fyra metoder som skapas med hänsyn till materialets ovanliga struktur. Nästa faktor som testas är om olika sätt att räkna ordfrekvens påverkar resultatet. Den tredje faktorn är hur metoderna presterar om de endast använder inläggen, rubrikerna eller båda texttyperna i sina extraktioner. Icke-parametriska test användes för utvärdering av extraktionerna. Ett antal Friedmans test visar att metoderna i några fall skiljer sig åt gällande förmåga att identifiera relevanta nyckelord. I post-hoc-test mellan de högst presterande metoderna ses en av de nya metoderna i ett fall prestera signifikant bättre än de andra nya metoderna men inte bättre än TF*IDF. Ingen skillnad hittades mellan användning av olika texttyper eller sätt att räkna ordfrekvens. För framtida forskning rekommenderas reliabilitetstest av manuellt annoterade nyckelord. Ett större stickprov bör användas än det i aktuell studie och olika förslag ges för att förbättra rättning av extraherade nyckelord., Conversations in a customer forum span across different topics and the language is inconsistent. The text type do not meet the demands for automatic keyword extraction. This essay examines how keywords can be automatically extracted despite these difficulties. Focus in the study are three areas of keyword extraction. The first factor regards how the established keyword extraction method TF*IDF performs compared to four methods created with the unusual material in mind. The next factor deals with different ways to calculate word frequency. The third factor regards if the methods use only posts, only titles, or both in their extractions. Non-parametric tests were conducted to evaluate the extractions. A number of Friedman's tests shows the methods in some cases differ in their ability to identify relevant keywords. In post-hoc tests performed between the highest performing methods, one of the new methods perform significantly better than the other new methods but not better than TF*IDF. No difference was found between the use of different text types or ways to calculate word frequency. For future research reliability test of manually annotated keywords is recommended. A larger sample size should be used than in the current study and further suggestions are given to improve the results of keyword extractions.

With the advent of social media, our online feeds increasingly consist of short, informal, and unstructured text. This data can be analyzed for the purpose of improving user recommendations and detecting trends. The grand volume of unstructured text that is available makes the intersection of text processing and machine learning a promising avenue of research. Current methods that use machine learning for text processing are in many cases dependent on annotated training data. However, considering the heterogeneity and variability of social media, obtaining strong supervision for social media data is in practice both difficult and expensive. In light of this limitation, a belief that has put its marks on this thesis is that the study of text mining methods that can be applied without strong supervision is of a higher practical interest. This thesis investigates unsupervised methods for scalable processing of text from social media. Particularly, the thesis targets a classification and extraction task in the fashion domain on the image-sharing platform Instagram. Instagram is one of the largest social media platforms, containing both text and images. Still, research on text processing in social media is to a large extent limited to Twitter data, and little attention has been paid to text mining of Instagram data. The aim of this thesis is to broaden the scope of state-of-the-art methods for information extraction and text classification to the unsupervised setting, working with informal text on Instagram. Its main contributions are (1) an empirical study of text from Instagram; (2) an evaluation of word embeddings for Instagram text; (3) a distributed implementation of the FastText algorithm; (4) a system for fashion attribute extraction in Instagram using word embeddings; and (5) a multi-label clothing classifier for Instagram text, built with deep learning techniques and minimal supervision. The empirical study demonstrates that the text distribution on Instagram ex, I och med uppkomsten av sociala medier så består våra online-flöden till stor del av korta och informella textmeddelanden, denna data kan analyseras med syftet att upptäcka trender och ge användarrekommendationer. Med tanke på den stora volymen av ostrukturerad text som finns tillgänglig så är kombinationen av språkteknologi och maskinlärning ett forskningsområde med stor potential. Nuvarande maskinlärningsteknologier för textbearbetning är i många fall beroende av annoterad data för träning. I praktiken så är det dock både komplicerat och dyrt att anskaffa annoterad data av hög kvalitet, inte minst vad gäller data från sociala medier, med tanke på hur pass föränderlig och heterogen sociala medier är som datakälla. En övertygelse som genomsyrar denna avhandling är att textutvinnings metoder som inte kräver precis övervakning har större potential i praktiken. Denna avhandling undersöker oövervakade metoder för skalbar bearbetning av text från sociala medier. Specifikt så täcker avhandlingen ett komplext klassifikations- och extraktions- problem inom modebranschen på bilddelningsplattformen Instagram. Instagram hör till de mest populära sociala plattformarna och innehåller både bilder och text. Trots det så är forskning inom textutvinning från sociala medier till stor del begränsad till data från Twitter och inte mycket uppmärksamhet har givits de stora möjligheterna med textutvinning från Instagram. Ändamålet med avhandlingen är att förbättra nuvarande metoder som används inom textklassificering och informationsextraktion, samt göra dem applicerbara för oövervakad maskinlärning på informell text från Instagram. De primära forskningsbidragen i denna avhandling är (1) en empirisk studie av text från Instagram; (2) en utvärdering av ord-vektorer för användning med text från Instagram; (3) en distribuerad implementation av FastText algoritmen; (4) ett system för extraktion av kläddetaljer från Instagram som använder ord-vektorer; och (5) en flerkategorisk kläd-klassifice

Die Zeit spielt eine wichtige und vielseitige Rolle dabei, die digitalen Sammlungen unter Berücksichtigung der Beziehung zu den Nutzern zu studieren. Dies gilt inbesondere, wenn digitale Inhalte lange nach ihrem Erstellungszeitpunkt verarbeitet werden und die Zeitraum, in dem zahlreiche Ereignisse beobachtet werden können, erzeugt wird. Zum Beispiel: Die Dokumente werden geändert oder überarbeitet; Benutzer werden anderen verbundenen Information in der Sammlung ausgesetzt und damit ihr Wissen, ihre Interpretation und Ihre Interesse aktualisieren. Ein weiteres Beispiel können die Veränderung des Kontexts und die Entstehung neuer Ereignisse die Wahrnehmung der Nutzer von Relevanz oder Werten der Inhalte beeinflussen. Daher sollte hochwertige Informationsverarbeitungs -und- aufrufsysteme diese Auswirkungen der Zeit berücksichtigen, nicht nur innerhalb eines einzelnen Objekt, sondern auch von Intra- sowie Inter-Sammlungen. Auf dieser kollektiven Ebene ist es wichtig, das kognitive Verhalten des Nutzers bei der Verarbeitung von Informationen einzugehen. Der Grund dafür ist, dass Menschen die Fähigkeit haben, Informationen aus verschiedenen Quellen zu verbinden, und dass sie diese Befugnis oft bewußt oder bewußtlos ausüben, wenn sie digitale Inhalte erstellen oder erfassen. Trotz jahrzehntelanger Forschung in zeitlichem Data Mining und Information Retrieval wurde bislang den Auswirkungen der kognitiven Aspekte auf den zeitabhängigen Informationsverarbeitung auf der Sammlungsebene nur wenig Aufmerksamkeit geschenkt. Dazu gehören Aspekte wie die Art und Weise, wie Nutzer Dauerereignisse z.B. in Online- Nachrichten verfolgen oder auswendig lernen, oder wie sich menschliche Vergesslichkeit auf ihr Verhalten bei der Suche nach ihrem eigenen digitalen Material auswirkt. In dieser Dissertation legen wir verschiedene Forschungsfragen im zeitlichen Data Mining aus einer neuen Perspektive fest, inspiriert von den menschlichen kognitiven Prozessen bei den Erstellungen, O

Das Finden von zuverlässigen Informationen über gegebene Ereignisse aus großen und dynamischen Textsammlungen, wie dem Web, ist ein wichtiges Thema. Zum Beispiel sind Rettungsteams und Versicherungsunternehmen an prägnanten Fakten über Schäden nach Katastrophen interessiert, die heutzutage online in Web-Blogs, Zeitungsartikeln, Social Media etc. zu finden sind. Solche Fakten helfen, die erforderlichen Hilfsmaßnahmen zu bestimmen und unterstützen deren Koordination. Allerdings ist das Finden, Extrahieren und Aggregieren nützlicher Informationen ein hochkomplexes Unterfangen: Es erfordert die Ermittlung geeigneter Textquellen und deren zeitliche Einordung, die Extraktion relevanter Fakten in diesen Texten und deren Aggregation zu einer verdichteten Sicht auf die Ereignisse, trotz Inkonsistenzen, vagen Angaben und Veränderungen über die Zeit. In dieser Arbeit präsentieren und evaluieren wir Techniken und Lösungen für jedes dieser Probleme, eingebettet in ein vierstufiges Framework. Die angewandten Methoden beruhen auf Verfahren des Musterabgleichs, der Verarbeitung natürlicher Sprache und des maschinellen Lernens. Zusätzlich berichten wir über die Ergebnisse zweier Fallstudien, basierend auf dem Einsatz des gesamten Frameworks: Die Ermittlung von Daten über Erdbeben und Überschwemmungen aus Webdokumenten. Unsere Ergebnisse zeigen, dass es unter bestimmten Umständen möglich ist, automatisch zuverlässige und zeitgerechte Daten aus dem Internet zu erhalten., Finding reliable information about given events from large and dynamic text collections, such as the web, is a topic of great interest. For instance, rescue teams and insurance companies are interested in concise facts about damages after disasters, which can be found today in web blogs, online newspaper articles, social media, etc. Knowing these facts helps to determine the required scale of relief operations and supports their coordination. However, finding, extracting, and condensing specific facts is a highly complex undertaking: It requires identifying appropriate textual sources and their temporal alignment, recognizing relevant facts within these texts, and aggregating extracted facts into a condensed answer despite inconsistencies, uncertainty, and changes over time. In this thesis, we present and evaluate techniques and solutions for each of these problems, embedded in a four-step framework. Applied methods are pattern matching, natural language processing, and machine learning. We also report the results for two case studies applying our entire framework: gathering data on earthquakes and floods from web documents. Our results show that it is, under certain circumstances, possible to automatically obtain reliable and timely data from the web.

Informationsextraktions (IE) auf sehr großen Datenmengen erfordert hochkomplexe, skalierbare und anpassungsfähige Systeme. Obwohl zahlreiche IE-Algorithmen existieren, ist die nahtlose und erweiterbare Kombination dieser Werkzeuge in einem skalierbaren System immer noch eine große Herausforderung. In dieser Arbeit wird ein anfragebasiertes IE-System für eine parallelen Datenanalyseplattform vorgestellt, das für konkrete Anwendungsdomänen konfigurierbar ist und für Textsammlungen im Terabyte-Bereich skaliert. Zunächst werden konfigurierbare Operatoren für grundlegende IE- und Web-Analytics-Aufgaben definiert, mit denen komplexe IE-Aufgaben in Form von deklarativen Anfragen ausgedrückt werden können. Alle Operatoren werden hinsichtlich ihrer Eigenschaften charakterisiert um das Potenzial und die Bedeutung der Optimierung nicht-relationaler, benutzerdefinierter Operatoren (UDFs) für Data Flows hervorzuheben. Anschließend wird der Stand der Technik in der Optimierung nicht-relationaler Data Flows untersucht und herausgearbeitet, dass eine umfassende Optimierung von UDFs immer noch eine Herausforderung ist. Darauf aufbauend wird ein erweiterbarer, logischer Optimierer (SOFA) vorgestellt, der die Semantik von UDFs mit in die Optimierung mit einbezieht. SOFA analysiert eine kompakte Menge von Operator-Eigenschaften und kombiniert eine automatisierte Analyse mit manuellen UDF-Annotationen, um die umfassende Optimierung von Data Flows zu ermöglichen. SOFA ist in der Lage, beliebige Data Flows aus unterschiedlichen Anwendungsbereichen logisch zu optimieren, was zu erheblichen Laufzeitverbesserungen im Vergleich mit anderen Techniken führt. Als Viertes wird die Anwendbarkeit des vorgestellten Systems auf Korpora im Terabyte-Bereich untersucht und systematisch die Skalierbarkeit und Robustheit der eingesetzten Methoden und Werkzeuge beurteilt um schließlich die kritischsten Herausforderungen beim Aufbau eines IE-Systems für sehr große Datenmenge zu charakterisieren., Information extraction (IE) on very large data sets requires highly complex, scalable, and adaptive systems. Although numerous IE algorithms exist, their seamless and extensible combination in a scalable system still is a major challenge. This work presents a query-based IE system for a parallel data analysis platform, which is configurable for specific application domains and scales for terabyte-sized text collections. First, configurable operators are defined for basic IE and Web Analytics tasks, which can be used to express complex IE tasks in the form of declarative queries. All operators are characterized in terms of their properties to highlight the potential and importance of optimizing non-relational, user-defined operators (UDFs) for dataflows. Subsequently, we survey the state of the art in optimizing non-relational dataflows and highlight that a comprehensive optimization of UDFs is still a challenge. Based on this observation, an extensible, logical optimizer (SOFA) is introduced, which incorporates the semantics of UDFs into the optimization process. SOFA analyzes a compact set of operator properties and combines automated analysis with manual UDF annotations to enable a comprehensive optimization of data flows. SOFA is able to logically optimize arbitrary data flows from different application areas, resulting in significant runtime improvements compared to other techniques. Finally, the applicability of the presented system to terabyte-sized corpora is investigated. Hereby, we systematically evaluate scalability and robustness of the employed methods and tools in order to pinpoint the most critical challenges in building an IE system for very large data sets.

Seit Jahrhunderten wird menschliches Wissen in Form von natürlicher Sprache ausgetauscht und in Dokumenten schriftlich aufgezeichnet. In den letzten Jahren konnte man auf dem Gebiet der Lebenswissenschaften eine exponentielle Zunahme wissenschaftlicher Publikationen beobachten. Diese Dissertation untersucht die automatische Extraktion von Beziehungen zwischen Eigennamen. Innerhalb dieses Gebietes beschäftigt sich die Arbeit mit der Steigerung der Robustheit für die Relationsextraktion. Zunächst wird der Einsatz von Ensemble-Methoden anhand von Daten aus der "Drug-drug-interaction challenge 2013" evaluiert. Ensemble-Methoden erhöhen die Robustheit durch Aggregation unterschiedlicher Klassifikationssysteme zu einem Modell. Weiterhin wird in dieser Arbeit das Problem der Relationsextraktion auf Dokumenten mit unbekannten Texteigenschaften beschrieben. Es wird gezeigt, dass die Verwendung des halb-überwachten Lernverfahrens self training in solchen Fällen eine höhere Robustheit erzielt als die Nutzung eines Klassifikators, der lediglich auf einem manuell annotierten Korpus trainiert wurde. Zur Ermittlung der Robustheit wird das Verfahren des cross-learnings verwendet. Zuletzt wird die Verwendung von distant-supervision untersucht. Korpora, welche mit der distant-supervision-Methode erzeugt wurden, weisen ein inhärentes Rauschen auf und profitieren daher von robusten Relationsextraktionsverfahren. Es werden zwei verschiedene Methoden untersucht, die auf solchen Korpora trainiert werden. Beide Ansätze zeigen eine vergleichbare Leistung wie vollständig überwachte Klassifikatoren, welche mit dem cross-learning-Verfahren evaluiert wurden. Um die Nutzung von Ergebnissen der Informationsextraktion zu erleichtern, wurde die semantische Suchmaschine GeneView entwickelt. Anforderungen an die Rechenkapazität beim Erstellen von GeneView werden diskutiert und Anwendungen auf den von verschiedenen Text-Mining-Komponenten extrahierten Daten präsentiert., For several centuries, a great wealth of human knowledge has been communicated by natural language, often recorded in written documents. In the life sciences, an exponential increase of scientific articles has been observed, hindering the effective and fast reconciliation of previous finding into current research projects. This thesis studies the automatic extraction of relationships between named entities. Within this topic, it focuses on increasing robustness for relationship extraction. First, we evaluate the use of ensemble methods to improve performance using data provided by the drug-drug-interaction challenge 2013. Ensemble methods aggregate several classifiers into one model, increasing robustness by reducing the risk of choosing an inappropriate single classifier. Second, this work discusses the problem of applying relationship extraction to documents with unknown text characteristics. Robustness of a text mining component is assessed by cross-learning, where a model is evaluated on a corpus different from the training corpus. We apply self-training, a semi-supervised learning technique, in order to increase cross-learning performance and show that it is more robust in comparison to a classifier trained on manually annotated text only. Third, we investigate the use of distant supervision to overcome the need of manually annotated training instances. Corpora derived by distant supervision are inherently noisy, thus benefiting from robust relationship extraction methods. We compare two different methods and show that both approaches achieve similar performance as fully supervised classifiers, evaluated in the cross-learning scenario. To facilitate the usage of information extraction results, including those developed within this thesis, we develop the semantic search engine GeneView. We discuss computational requirements to build this resource and present some applications utilizing the data extracted by different text-mining components.