9 results on '"François Artiguenave"'
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2. In Vitro and In Vivo Modulation of Alternative Splicing by the Biguanide Metformin
- Author
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Delphine Laustriat, Jacqueline Gide, Laetitia Barrault, Emilie Chautard, Clara Benoit, Didier Auboeuf, Anne Boland, Christophe Battail, François Artiguenave, Jean-François Deleuze, Paule Bénit, Pierre Rustin, Sylvia Franc, Guillaume Charpentier, Denis Furling, Guillaume Bassez, Xavier Nissan, Cécile Martinat, Marc Peschanski, and Sandrine Baghdoyan
- Subjects
alternative splicing ,AMPK ,Metformin ,myotonic dystrophy type 1 ,RBM3 ,Therapeutics. Pharmacology ,RM1-950 - Abstract
Major physiological changes are governed by alternative splicing of RNA, and its misregulation may lead to specific diseases. With the use of a genome-wide approach, we show here that this splicing step can be modified by medication and demonstrate the effects of the biguanide metformin, on alternative splicing. The mechanism of action involves AMPK activation and downregulation of the RBM3 RNA-binding protein. The effects of metformin treatment were tested on myotonic dystrophy type I (DM1), a multisystemic disease considered to be a spliceopathy. We show that this drug promotes a corrective effect on several splicing defects associated with DM1 in derivatives of human embryonic stem cells carrying the causal mutation of DM1 as well as in primary myoblasts derived from patients. The biological effects of metformin were shown to be compatible with typical therapeutic dosages in a clinical investigation involving diabetic patients. The drug appears to act as a modifier of alternative splicing of a subset of genes and may therefore have novel therapeutic potential for many more diseases besides those directly linked to defective alternative splicing.
- Published
- 2015
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3. Towards Confidentiality-strengthened Personalized Genomic Medicine Embedding Homomorphic Cryptography.
- Author
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Kalpana Singh, Renaud Sirdey, François Artiguenave, David Cohen, and Sergiu Carpov
- Published
- 2017
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4. Rapport et recommandations sur la mise en œuvre en France des techniques de séquençage de nouvelle génération
- Author
-
Florent Soubrier, Jean Lunel, Bruno Jarry, F. Galibert, Pierre Tambourin, Jacques P. Caen, Alain Viari, Jean-Yves Le Gall, Mme Alice Dautry, Marc Delpech, Emmanuel Martin, M.M. Laurent Alexandre, M.M. Bruno Jarry, M. Pierre-Étienne Bost, Jean-François Deleuze, M. Raymond Ardaillou, François Sigaux, Patrick Netter, and François Artiguenave
- Subjects
business.industry ,Big data ,Library science ,General Medicine ,business - Abstract
SUMMARY Next generation sequencing (NGS) technologies, which allow high speed automated DNA sequencing, DNA sequence analysis and comparisons using big data algorithms are being used more and more in medical diagnosis, to provide prognosis information and for choosing a treatment that best fits the patient. The French “Academie nationale de medecine ” (ANM) and “ Academie des technologies “ (NATF) jointly stress the scientific and medical importance of these technologies and call for bringing together strengths of the national computer science industry and the medical community in a public-private consortium in order to build a Demonstrator and Center network filling up the growing gap between France and the most advanced countries in this field with great potential. They underline also common pitfalls which need to be addressed in technic, legal, economic, education and ethics issues, in order to make this complex project a success.
- Published
- 2016
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5. Genomic Investigation of Balanced Chromosomal Rearrangements in Patients with Abnormal Phenotypes
- Author
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François Artiguenave, Vera Lúcia Gil-da-Silva-Lopes, Andréa Trevas Maciel-Guerra, Isabella Lopes Monlleó, Ilária Cristina Sgardioli, Carlos Eduardo Steiner, Vincent Meyer, Milena Simioni, and Nilma Lúcia Viguetti-Campos
- Subjects
0301 basic medicine ,Genetics ,Breakpoint ,breakpoint cluster region ,Chromosomal translocation ,Karyotype ,Chromosomal rearrangement ,Biology ,Genome ,DNA sequencing ,03 medical and health sciences ,030104 developmental biology ,Original Article ,Gene ,Genetics (clinical) - Abstract
Balanced chromosomal rearrangements (BCR) are associated with abnormal phenotypes in approximately 6% of balanced translocations and 9.4% of balanced inversions. Abnormal phenotypes can be caused by disruption of genes at the breakpoints, deletions, or positional effects. Conventional cytogenetic techniques have a limited resolution and do not enable a thorough genetic investigation. Molecular techniques applied to BCR carriers can contribute to the characterization of this type of chromosomal rearrangement and to the phenotype-genotype correlation. Fifteen individuals among 35 with abnormal phenotypes and BCR were selected for further investigation by molecular techniques. Chromosomal rearrangements involved 11 reciprocal translocations, 3 inversions, and 1 balanced insertion. Array genomic hybridization (AGH) was performed and genomic imbalances were detected in 20% of the cases, 1 at a rearrangement breakpoint and 2 further breakpoints in other chromosomes. Alterations were further confirmed by FISH and associated with the phenotype of the carriers. In the analyzed cases not showing genomic imbalances by AGH, next-generation sequencing (NGS), using whole genome libraries, prepared following the Illumina TruSeq DNA PCR-Free protocol (Illumina®) and then sequenced on an Illumina HiSEQ 2000 as 150-bp paired-end reads, was done. The NGS results suggested breakpoints in 7 cases that were similar or near those estimated by karyotyping. The genes overlapping 6 breakpoint regions were analyzed. Follow-up of BCR carriers would improve the knowledge about these chromosomal rearrangements and their consequences.
- Published
- 2017
6. Parallel evolution of non-homologous isofunctional enzymes in methionine biosynthesis
- Author
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Aline Mariage, Agnès Pinet-Turpault, Antoine Danchin, Ekaterina Darii, Véronique de Berardinis, Claudine Médigue, Carine Vergne-Vaxelaire, Anne Zaparucha, François Artiguenave, Clémence Brewee, David Vallenet, Thomas Bessonnet, Jean-Louis Petit, Pascal Bazire, Jean Weissenbach, Marcel Salanoubat, Virginie Pellouin, Marielle Besnard-Gonnet, Alain Perret, Adrien Debard, Karine Bastard, Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Génomique métabolique (UMR 8030), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Saclay, Centre National de Génotypage (CNG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), This work was supported by Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), the CNRS and the University of Evry Val d’Essonne, Savelli, Bruno, Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Institute of cardiometabolism and nutrition (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)
- Subjects
0301 basic medicine ,Genetics ,chemistry.chemical_classification ,Acinetobacter ,030106 microbiology ,Cell Biology ,Biology ,Genome ,Methionine biosynthesis ,Evolution, Molecular ,03 medical and health sciences ,chemistry.chemical_compound ,Metabolic pathway ,Enzyme ,Methionine ,Biosynthesis ,chemistry ,Acetyltransferases ,[SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology ,Homologous chromosome ,Escherichia coli ,[SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology ,Parallel evolution ,Molecular Biology ,Function (biology) - Abstract
MetA and MetX are phylogenetically unrelated families of acyl-L-homoserine transferases. Experimental assignation of function and structural modeling of these families correct widespread misannotation, reveal convergence of function and uncover new functions in a subclass of MetX. Experimental validation of enzyme function is crucial for genome interpretation, but it remains challenging because it cannot be scaled up to accommodate the constant accumulation of genome sequences. We tackled this issue for the MetA and MetX enzyme families, phylogenetically unrelated families of acyl-L-homoserine transferases involved in L-methionine biosynthesis. Members of these families are prone to incorrect annotation because MetX and MetA enzymes are assumed to always use acetyl-CoA and succinyl-CoA, respectively. We determined the enzymatic activities of 100 enzymes from diverse species, and interpreted the results by structural classification of active sites based on protein structure modeling. We predict that >60% of the 10,000 sequences from these families currently present in databases are incorrectly annotated, and suggest that acetyl-CoA was originally the sole substrate of these isofunctional enzymes, which evolved to use exclusively succinyl-CoA in the most recent bacteria. We also uncovered a divergent subgroup of MetX enzymes in fungi that participate only in L-cysteine biosynthesis as O-succinyl-L-serine transferases.
- Published
- 2016
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7. Mosaic parental germline mutations causing recurrent forms of malformations of cortical development
- Author
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François Artiguenave, Jamel Chelly, Bettina Bessières, Imen Rejeb, Catherine Fallet-Bianco, Giuseppe Muraca, Catheline Vilain, Adrienne Elmorjani, Nadia Bahi-Buisson, Nicolas Lebrun, Hélène Maurey, Julia Lauer Zillhardt, Sylvie Odent, Yuri Musizzano, Karine Poirier, Nicole Philip, David Geneviève, Cécile Masson, Stanislas Lyonnet, Yoann Saillour, Robert Olaso, Jelena Martinovic, Jean-François Deleuze, Lucile Pinson, Lamia Ben Jemaa, François Rivier, Juliette Nectoux, Patrick Van Bogaert, Anne Boland, Fabienne Giuliano, Patrick Nitschke, Loic Broix, Nicolas Leboucq, Cherif Beldjord, Nicole Bigi, Olivier Dulac, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de foetopathologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Biochimie et biologie moléculaire, Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département de pathologie et biologie cellulaire, Université de Montréal (UdeM)-Hôpital Sainte-Justine, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service de Neurologie Pédiatrique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre de Reference Epilepsies Rares-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service NEUROSPIN (NEUROSPIN), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Epilepsies de l'Enfant et Plasticité Cérébrale (U1129), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, CHU Pontchaillou [Rennes], Physiologie & médecine expérimentale du Cœur et des Muscles [U 1046] (PhyMedExp), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Service de génétique, CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre Hospitalier Régional et Universitaire, Service de génétique médicale, Hôpital l'Archet, Service de Génétique, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Service de Génétique Médicale, Université libre de Bruxelles (ULB), Service Neuropédiatrie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Laboratoire de biochimie et génétique moléculaire, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre National de Génotypage (CNG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plate Forme Paris Descartes de Bioinformatique (BIP-D), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service de neurologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montréal (UdeM)-CHU Sainte Justine [Montréal], Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], CHU Cochin [AP-HP], Hôpital Sainte-Justine-Université de Montréal, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Centre de Reference Epilepsies Rares-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Hôpital Sud, Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Bicêtre, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP]-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut Cochin ( UM3 (UMR 8104 / U1016) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute ( ICM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Centre de Reference Epilepsies Rares-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], NeuroSpin, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Institut d'imagerie biomédicale (I²BM), Epilepsies de l'Enfant et Plasticité Cérébrale ( U1129 ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut de Génétique et Développement de Rennes ( IGDR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -CHU Pontchaillou [Rennes]-Hôpital Sud, Service de Neuropédiatrie, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ) -Hôpital Gui de Chauliac, Physiologie & médecine expérimentale du Cœur et des Muscles [U 1046] ( PhyMedExp ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ) -Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Université de Montpellier ( UM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] ( ULB ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Cochin [AP-HP]-Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Centre National de Génotypage ( CNG ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ), Plate Forme Paris Descartes de Bioinformatique ( BIP-D ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire ( IGBMC ), and Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
- Subjects
0301 basic medicine ,Adult ,Male ,Candidate gene ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,Short Report ,Biology ,Bioinformatics ,Germline ,03 medical and health sciences ,Germline mutation ,Genetics ,Syntaxin ,Humans ,Exome ,Sibling ,Genetics (clinical) ,Germ-Line Mutation ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,[ SDV ] Life Sciences [q-bio] ,Mosaicism ,Qa-SNARE Proteins ,Malformation of cortical development ,3. Good health ,Pedigree ,Malformations of Cortical Development ,030104 developmental biology ,Genetic Loci ,Female - Abstract
International audience; To unravel missing genetic causes underlying monogenic disorders with recurrence in sibling, we explored the hypothesis of parental germline mosaic mutations in familial forms of malformation of cortical development (MCD). Interestingly, four families with parental germline variants, out of 18, were identified by whole-exome sequencing (WES), including a variant in a new candidate gene, syntaxin 7. In view of this high frequency, revision of diagnostic strategies and reoccurrence risk should be considered not only for the recurrent forms, but also for the sporadic cases of MCD
- Published
- 2016
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8. Mutation allele burden remains unchanged in chronic myelomonocytic leukaemia responding to hypomethylating agents
- Author
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Michael R. Stratton, Eric Padron, Tingting Qin, Kenichi Yoshida, Eric Solary, Seishi Ogawa, Stéphanie Solier, Eric Jourdan, Serge Koscielny, Margot Morabito, William Vainchenker, Emilie Chautard, Dorothée Selimoglu-Buet, Jean-François Deleuze, Thérèse Commes, Kristen Meldi, Stéphane de Botton, Olivier Bernard, Claude Preudhomme, Pierre Fenaux, Marcel E. Dinger, Thorsten Braun, Mark J. Cowley, Bruno Quesnel, Vincent Meyer, Didier Auboeuf, François Artiguenave, Nathalie Droin, Maria E. Figueroa, Noémie Pata-Merci, Raphael Itzykson, Velimir Gayevskiy, Ludmil B. Alexandrov, Jane Merlevede, Hématopoïèse normale et pathologique, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Dynamique moléculaire de la transformation hématopoïétique (Dynamo), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse (AMMICa), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Michigan Medical School [Ann Arbor], University of Michigan [Ann Arbor], University of Michigan System-University of Michigan System, School of Information, University of Michigan, Department of Molecular Diagnosis, Hamamatsu University School of Medicine, Kyoto University [Kyoto], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Avicenne [AP-HP], Département d'hématologie [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Cellules souches normales et cancéreuses, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Hématopoïèse normale et pathologique (U1170 Inserm), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Garvan Institute of Medical Research [Darlinghurst, Australia], Centre National de Génotypage (CNG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Service d'Hématologie Cellulaire [Lille], The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge], Los Alamos National Laboratory (LANL), H. Lee Moffitt Cancer Center and Research Institute, Service de biostatistique et d'épidémiologie (SBE), Direction de la recherche clinique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), This programme was supported by grants from Ligue Nationale Contre le Cancer (équipe labellisée), Institut National du Cancer (INCa PLBIO, SIRIC SOCRATE), Institut National du Cancer and Direction Générale de l’Offre de Soins (PHRC-K 2011-182),Agence Nationale de la Recherche (Molecular Medicine in Oncology, Paris Alliance Cancer Research Institute: France Génomique National programs funded by ‘Investissements d’avenir’). J.M. was supported by the Fondation pour la Recherche Médicale (FDT20140931007)., Kyoto University, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), and Garvan Institute of medical research
- Subjects
0301 basic medicine ,Male ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,General Physics and Astronomy ,medicine.disease_cause ,Epigenesis, Genetic ,chemistry.chemical_compound ,Cancer ,Genetics ,Aged, 80 and over ,Mutation ,Multidisciplinary ,High-Throughput Nucleotide Sequencing ,Cytidine ,Leukemia, Myelomonocytic, Chronic ,Middle Aged ,3. Good health ,Gene Expression Regulation, Neoplastic ,Biological sciences ,DNA methylation ,Azacitidine ,Female ,medicine.drug ,Antimetabolites, Antineoplastic ,Cell Survival ,Science ,Decitabine ,Biology ,General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology ,Article ,03 medical and health sciences ,medicine ,Humans ,Epigenetics ,Allele ,Alleles ,Aged ,Sequence Analysis, RNA ,Myelodysplastic syndromes ,General Chemistry ,Sequence Analysis, DNA ,MESH: Aged, 80 and over Alleles Antimetabolites, Antineoplastic / pharmacology* Antimetabolites, Antineoplastic / therapeutic use Azacitidine / analogs & derivatives* Azacitidine / pharmacology* Azacitidine / therapeutic use Cell Survival / drug effects* DNA Methylation / drug effects* Decitabine Epigenesis, Genetic / drug effects* Female Gene Expression Regulation, Neoplastic / drug effects* HEK293 Cells High-Throughput Nucleotide Sequencing Humans Leukemia, Myelomonocytic, Chronic / drug therapy Leukemia, Myelomonocytic, Chronic / genetics* Male Middle Aged Mutation ,DNA Methylation ,medicine.disease ,030104 developmental biology ,HEK293 Cells ,chemistry ,Cancer research - Abstract
The cytidine analogues azacytidine and 5-aza-2'-deoxycytidine (decitabine) are commonly used to treat myelodysplastic syndromes, with or without a myeloproliferative component. It remains unclear whether the response to these hypomethylating agents results from a cytotoxic or an epigenetic effect. In this study, we address this question in chronic myelomonocytic leukaemia. We describe a comprehensive analysis of the mutational landscape of these tumours, combining whole-exome and whole-genome sequencing. We identify an average of 14±5 somatic mutations in coding sequences of sorted monocyte DNA and the signatures of three mutational processes. Serial sequencing demonstrates that the response to hypomethylating agents is associated with changes in DNA methylation and gene expression, without any decrease in the mutation allele burden, nor prevention of new genetic alteration occurence. Our findings indicate that cytosine analogues restore a balanced haematopoiesis without decreasing the size of the mutated clone, arguing for a predominantly epigenetic effect., Chronic myelomonocytic leukaemia is treated with agents that modify DNA methylation but whether they have direct cytotoxic effects is unclear. Here, the authors show that cells from treated patients show marked methylation changes without altered somatic mutation burden, suggesting that cytotoxicity is not a major factor in therapeutic efficacy.
- Published
- 2016
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9. In Vitro and In Vivo Modulation of Alternative Splicing by the Biguanide Metformin
- Author
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Anne Boland, Jean-François Deleuze, Sandrine Baghdoyan, Cécile Martinat, Sylvia Franc, Emilie Chautard, Marc Peschanski, Christophe Battail, Xavier Nissan, François Artiguenave, Laetitia Barrault, Jacqueline Gide, Pierre Rustin, Guillaume Charpentier, Clara Benoit, Didier Auboeuf, Paule Bénit, Guillaume Bassez, Delphine Laustriat, Denis Furling, Centre d'Etude des Cellules Souches (CECS), AFM, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon] - Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Génotypage (CNG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Neuroprotection du Cerveau en Développement (PROTECT), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) - Hôpital Robert Debré - Université Paris Diderot - Paris 7 (UP7) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Faculté de Médecine, Université Paris Diderot - Paris 7 (UP7), Centre d'études et de recherches pour l'intensification du traitement du diabète (CERITD), Centre Hospitalier Sud Francilien, CH Evry-Corbeil, Centre de recherche en myologie, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC) - AFM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12) - IFR10, Institut des cellules souches pour le traitement et l'étude des maladies monogéniques (I-STEM), Université d'Evry-Val d'Essonne - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Baobab, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Neuroprotection du Cerveau en Développement / Promoting Research Oriented Towards Early Cns Therapies (PROTECT), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Généthon, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10
- Subjects
AMPK ,medicine.drug_class ,RBM3 ,[SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics ,Biology ,Myotonic dystrophy ,03 medical and health sciences ,alternative splicing ,0302 clinical medicine ,Downregulation and upregulation ,Drug Discovery ,medicine ,myotonic dystrophy type 1 ,030304 developmental biology ,0303 health sciences ,[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics ,Biguanide ,lcsh:RM1-950 ,Alternative splicing ,medicine.disease ,Metformin ,3. Good health ,lcsh:Therapeutics. Pharmacology ,Mechanism of action ,RNA splicing ,Cancer research ,Molecular Medicine ,Original Article ,medicine.symptom ,030217 neurology & neurosurgery ,medicine.drug - Abstract
International audience; Major physiological changes are governed by alternative splicing of RNA, and its misregulation may lead to specific diseases. With the use of a genome-wide approach, we show here that this splicing step can be modified by medication and demonstrate the effects of the biguanide metformin, on alternative splicing. The mechanism of action involves AMPK activation and downregulation of the RBM3 RNA-binding protein. The effects of metformin treatment were tested on myotonic dystrophy type I (DM1), a multisystemic disease considered to be a spliceopathy. We show that this drug promotes a corrective effect on several splicing defects associated with DM1 in derivatives of human embryonic stem cells carrying the causal mutation of DM1 as well as in primary myoblasts derived from patients. The biological effects of metformin were shown to be compatible with typical therapeutic dosages in a clinical investigation involving diabetic patients. The drug appears to act as a modifier of alternative splicing of a subset of genes and may therefore have novel therapeutic potential for many more diseases besides those directly linked to defective alternative splicing.
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- 2015
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