Search

Telah dilakukan penelitian Identifikasi Bakteri Asam Laktat Asal Usus Bandeng Chanos chanos dengan Gen Pengkode 16S rRNA. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi bakteri asam laktat asal usus ikan Bandeng Chanos chanos secara molekuler dengan gen 16S rRNA. Kelima isolat bakteri asam laktat diekstraksi menggunakan Geneaid PrestoTM Mini gDNA Bacteria Kit. Hasil ekstraksi DNA diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer universal gen 16S rRNA yaitu primer Forward 63F (5???-CAGGCCTAACACATGCAAGTC-3???) dan primer Reserve 1387R (5???-GGGCGGWGTGTACAAGGC-3???), hasil amplifikasi divisualisasikan pada elektroforesis dan dihasilkan pita DNA yang sejajar dengan marker 1300 bp. Hasil PCR disekuensing kemudian sekuens yang diperoleh di-BLAST untuk mengkonfirmasi spesies. Hasil penelitian menunjukkan 2 isolat (IPB6 dan IPB9) teridentifikasi sebagai bakteri Lactobacillus plantarum strain WCFS1. Sedangkan 3 isolat (IPB3, IPB7, dan IPB9) teridentifikasi sebagai bakteri Enterococcus faecalis strain NBRC 100480. Berdasarkan rekonstruksi pohon filogeni dengan Neighbor-Joining bootstrap 1000x (MEGA 6.60) didapatkan 2 klad (kelompok) besar yaitu klad pertama Enterococcus faecalis dan klad kedua lactobacillus plantarum.