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Resumo Neste estudo, analisamos a percepção de brasileiros e brasileiras sobre a COVID-19 em 12 cidades do país. Foram abordadas questões sobre a gravidade e os perigos da doença, fontes de informações e confiabilidade, checagem de informações, atitudes, precauções e prioridades para o enfrentamento e relações de confiança na ciência. Este estudo foi realizado no contexto de uma pesquisa mais ampla sobre como brasileiros e brasileiras veem a Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz). A survey foi aplicada no período de 18 de maio e 10 de junho de 2020 com 1.643 moradores com mais de 16 anos nas cidades brasileiras em que a Fiocruz possui unidade ou escritório técnico. Os resultados revelam que boa parte dos entrevistados reconhece a gravidade da pandemia, a importância de se informar corretamente, considera as medidas indicadas por autoridades de saúde válidas e confia em cientistas e instituições científicas como fontes de informação. Com o senso de urgência e a potencialização e vivência das incertezas acerca do presente e do futuro, o fortalecimento da confiança nas instituições se faz presente. Abstract In this study, the perception of Brazilians regarding COVID-19 in 12 cities in the country was analyzed. Issues about the severity and dangers of the disease, sources of information and reliability, checking information, attitudes, precautions, and priorities for coping and trusting relationships in science were addressed. This study was carried out in the context of broader research on how Brazilians perceive the Oswaldo Cruz Foundation (Fiocruz). The survey was applied between May 18 and June 10, 2020, with 1,643 residents over 16 years of age in Brazilian cities where Fiocruz has a technical unit or office. The results reveal that the majority of the interviewees appreciate the seriousness of the pandemic, the importance of being properly informed, considers the measures indicated by health authorities important and trusts scientists and scientific institutions as sources of information. With the sense of urgency and experience of uncertainties about the present and the future, the need for strengthening of trust in institutions is present.

Made available in DSpace on 2019-03-19T02:10:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_13063_Tese - Raquel Silva dos Reis.pdf: 5806087 bytes, checksum: 422c281e304bbd0407257b8c011ffb09 (MD5) Previous issue date: 2019-02-28 Além de sua valiosa utilidade na prática forense, a análise do DNA mitocondrial (mtDNA) é uma ferramenta confiável para desvendar as origens de populações miscigenadas, como as brasileiras. O Espírito Santo (ES), assim como os demais estados costeiros do país, possui uma população moldada por três principais raízes ancestrais: ameríndios, africanos e europeus. Entre estes últimos, os descendentes da antiga Pomerânia destacam-se pela preservação dos aspectos tradicionais de sua cultura, especialmente a língua pomerana. Embora a diversidade genética mitocondrial no ES tenha investigada por um estudo anterior, a base de dados disponibilizada apresenta reduzido número amostras (N=97) cuja composição étnica, origem geográfica e abrangência territorial são desconhecidas. Com o objetivo de aprofundar o conhecimento sobre a ancestralidade materna e investigar a estratificação genética da população, dados da região controle do mtDNA foram produzidos para população geral (N=214) e comunidades pomeranas (N=77), totalizando 291 haplótipos. A amostragem da população geral incluiu indivíduos das 4 macrorregiões do ES, a saber, Metropolitana (N=81), Sul (N=62), Central (N=54) e Norte (N=17). Em relação à população geral, os altos valores de diversidade haplotípica (H = 99,9%) e de diferenças entre pares de haplótipos (mean number of pairwise diferences - MNPD = 16,9) encontrados estão de acordo com os relatados para outras populações na região Sudeste do Brasil. Quanto à herança materna, o ES destacou-se pela predominância de haplogrupos europeus (49,1%), embora a macrorregião Norte tenha apresentado um perfil mais africano (47,1%). Embora não estatisticamente significantes, as análises de distâncias genéticas indicaram uma estratificação genética da população geral, o que comprometeria a adoção de uma base de dados única de linhagens de mtDNA com finalidade forense para todo o ES. Entre os pomeranos, o menor valor de MNPD (11,2) e o alto percentual de haplótipos compartilhados (15%) foram indicativos de eventos fundadores. A análise de FST demonstrou que os pomeranos (com 98,7% de linhagens europeias) são geneticamente isolados das outras populações do Brasil. Este estudo evidenciou que o Estado do ES apresenta singularidades em relação à diversidade intra e interpopulacional do mtDNA. Mesmo após cinco séculos de miscigenação, a população atual do Espírito Santo abriga marcas genéticas que remontam aspectos históricos de sua formação.

Made available in DSpace on 2019-03-22T02:02:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_13077_Tese - Victor Santos Stange.pdf: 2785648 bytes, checksum: 65f5e968ee96a1447c8a5ca2d80347f7 (MD5) Previous issue date: 2019-01-07 O Estado do Espirito Santo foi historicamente marcado por diversos influxos migratórios desde 1535, e isso afetou diretamente a demografia da sua população. A falta de dados e uma quantidade limitada de haplótipos publicados para caracterizar a população atual do Espirito Santo, especialmente quando se trata de Y-STRs, incentivaram a realização deste estudo. Através da identificação genética de uma amostra cerca de 5 vezes maior do que a amostra disponível no banco de dados para estudos forenses de vínculo de parentesco e investigação criminal, utilizaram-se os 27 loci Y-STR presentes no kit Yfiler Plus® para realizar inferências nas 409 amostras coletadas no Estado, divididas em quatro macrorregiões. Testes estatísticos populacionais (FST, RST e Análise de Variancia Molecular- AMOVA) foram realizados para medir as distâncias genéticas entre os indivíduos e possíveis subpopulações. Apesar das amostras da população geral do ES não apresentarem diferenças genéticas nas quatro macrorregiões analisadas, nem quando comparadas às outras populações brasileiras, foi encontrada no trabalho uma subpopulação de descendentes da Pomerânia que apresentou perfil genético significativamente diferente das subpopulações vizinhas e até mesmo da subpopulação não pomerana do ES (variação de 2,32% em AMOVA). A análise das distâncias genéticas mostrou grande proximidade da subpopulação pomerana com os europeus (alemães e poloneses), enquanto que a população geral do ES mostrou-se mais próxima de outras populações brasileiras. Observou-se que a população pomerana é geneticamente muito mais próxima dos europeus da Alemanha e mais semelhante à população polonesa do que a própria população alemã, demonstrando a influência dos imigrantes na composição da população do ES. Sugere-se a adoção de um banco de dados específico para a comunidade pomerana ou a utilização de fatores estatísticos de correção para a estrutura dessa subpopulação quando forem realizadas análises forenses envolvendo este grupo.

Made available in DSpace on 2018-08-02T00:15:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_11502_Thaís de Assis Volpi_PPGBAN_Protegida.pdf: 5999402 bytes, checksum: 62e128f7faae78e7dcb863bf763d8416 (MD5) Previous issue date: 2017-11-30 Trichomycterinae é uma subfamília de bagres composto por oito gêneros, monotípicos ou compostos por poucas espécies, exceto Trichomycterus, representado por 161 espécies nominais distribuídas na região neotropical. O polifiletismo do gênero é decorrente de diversos problemas taxonômicos envolvendo as espécies de Trichomycterus, o que dificulta o entendimento dos padrões de distribuição de suas linhagens, visto a dificuldade em delimitá-las. Desta forma, o presente estudo pretendeu recuperar as relações hierárquicas de Trichomycterus a fim de verificar padrão de distribuição das linhagens. Para isso, a investigação foi conduzida em três etapas: (i) Recuperação das linhagens filogenéticas de Trichomycterus na região neotropical a partir de 456 sequências de cit-b com 999 bp distribuídos nos Andes chilenos a oeste, Guiana ao norte e todo leste do Brasil; (ii) Propor a hierarquização e delimitação das linhagens de Trichomycterus a fim de tornar o gênero monofilético numa perspectiva filogenética, realizada a partir da utilização de sequências de COI com 789 bp de 496 indivíduos distribuídos entre o rio de Contas ao norte e Jacuí ao sul, área que abrange a localidade-tipo da espécie-tipo do gênero, T. nigricans; (iii) Verificar a distribuição dos 496 indivíduos sequenciados e os padrões filogeográficos das espécies. Ao analisar indivíduos distribuídos por toda a região neotropical, foram recuperados três clados estruturados geograficamente (oeste X norte X leste), divergentes entre 12,5 e 15%, sendo o clado leste mais distinto dos demais. No clado oeste, composto por T. areolatus, foram recuperadas espécies de outros gêneros de Trichomycterinae. Visto que T. nigricans se encontra no leste brasileiro, sugere-se que Trichomycterus seja representado por espécies do leste, e que T. areolatus e Bullockia sejam realocados para Hatcheria. Na porção leste, foi possível delimitar 18 espécies através do DNA Barcoding, que revelou a presença de dois clados estruturados geograficamente com divergência de 11,8%, sugerindo a existência de dois gêneros no leste. Tal hierarquização minimizaria os atuais problemas do gênero, tornando-o monofilético. A partir da análise dos padrões de distribuição das espécies, foi verificado que 55% delas são encontradas na porção de cabeceiras dos rios São Francisco, Paraná e Paraíba do Sul. Esta região pode ter exercido grande importância na história evolutiva do grupo, tendo atuado como área ancestral, rotas de dispersão e refúgios das espécies, visto a história compartilhada da maior parte delas associada à porção. Além disso, foi verificado que o endemismo das espécies restritas a uma só bacia ocorreu em apenas 28% dos casos, refutando a premissa de endemismo para grande parte das espécies do gênero. Foi verificada estruturação geográfica populacional em nível de bacias. Nos casos em que não foi verificado qualquer padrão de distribuição das linhagens, foi possível inferir que a estrutura populacional estaria relacionada à conformação pretérita da paisagem. Verificou-se que mesmo dentro de linhagens filogeneticamente relacionadas e espécies-irmãs, os padrões filogeográficos são muito distintos, variando conforme a amplitude de sua distribuição e o ambiente em que se encontram. Palavras-chave: bagre, biodiversidade, conservação, cladogênese, estoques genéticos, estruturação geográfica, vicariância.

Made available in DSpace on 2018-08-01T23:48:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_11104_Dissertacao Gabriel Bautz Dalbem - Versão banca.pdf: 1299193 bytes, checksum: fedc4893cb132a04475e44f65d063005 (MD5) Previous issue date: 2017-06-30 A superfamília Mytiloidea Rafinesque, 1815 foi descrita originalmente com apenas uma família: Mytilidae Rafinesque, 1815. Posteriores revisões da classificação original sugerem que Mytiloidea possa ser subdividida em mais de uma família. Entretanto, não existe, até hoje, consenso sobre a organização interna dessa superfamília, bem como testes filogenéticos para entender a relação dos clados representantes. Nesse sentido, buscamos através de ferramentas moleculares testar e revisar a validade das classificações dentro de Mytiloidea, utilizando um marcador mitocondrial (COI) e dois nucleares (ITS1 e 18s) para inferir as relações evolutivas entre os grupos de Mytiloidea. As inferências filogenéticas recuperam o monofiletismo de Mytiloidea. Os agrupamentos sugeridos pelos estudos morfológicos previamente sugeridos para as famílias e subfamílias de Mytiloidea foram recuperados como parafiléticos. Baseado nas relações evolutivas recuperadas no presente estudo propomos que Mytiloidea é composta por duas famílias: Mytilidae e Modiolidae, sendo a primeira dividida em sete subfamílias (Mytilinae, Perninae, Brachidontinae, Septiferninae, Crenellinae, Dacrydiinae e Lithophaginae) e a segunda em quatro (Modiolinae, Bathymodiolinae, Limnoperninae e Aulacominae). A divergência entre as duas famílias é de 37%. Entre subfamílias de Mytilidae variaram de 16-42%, e entre as subfamílias de Modiolidae variaram de 9-25%. Mytiloidea é um grupo muito antigo, o que possivelmente contribui para o acumulo de muitas mutações e consequentemente para os altos valores de divergência encontrados. Diversas características dentro do grupo são tratadas como sendo fruto de convergências evolutivas, o que ao longo do tempo gerou classificações inconsistentes dos grupos internos. Sugerimos aqui que algumas dessas características tratadas como convergências, são retenções de caracteres ancestrais. A partir da visão filogenética proposta aqui, uma nova visão da história evolutiva de Mytiloidea po

Made available in DSpace on 2018-08-01T23:48:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_11110_Dissertac?a?o_Debora_FINAL_Revisada20170807-190733.pdf: 2097629 bytes, checksum: ccb26d4b73d0a62917dbcbf498244cf2 (MD5) Previous issue date: 2017-06-29 No presente trabalho avaliamos o grau de polimorfismo das regiões organizadoras de nucléolos marcadas pela prata (Ag-RONs) em 65 indivíduos de Akodon cursor, provenientes de quatro populações brasileiras (São Paulo, Espírito Santo, Bahia e Pernambuco). Análises de hibridação in situ com sonda ribossomal confirmaram presença do gene em quatro sítios cromossômicos na espécie:1pT, 1+3i, 4qT e 5qT. Por outro lado, dois sítios mencionados na literatura como portadores de Ag-RONs (6pT e XpT), embora marcados pela prata, não apresentam genes ribossomais, mostrando que a marcação de prata nesses sítios não é devido à atividade do gene ribossomal, mas à presença de heterocromatina constitutiva, pondo em xeque a viabilidade da técnica em identificar regiões de RON. Também foi observado que ausência de marcação pela prata em sítios confirmados de RON podem indicar inatividade gênica, devido à confirmação da presença do gene pela FISH, ou ainda, ausência do gene ribossomal nos sítios 1pT e 1+3i. Foi verificado: não conservadorismo intertecidual, onde o padrão de frequência de marcação de Ag-RON nos sítios portadores entre os tecidos baço e medula de mesmo indivíduo foram significativamente diferentes; conservadorismo sexual, não sendo encontrada variação significativa entre as frequências de atividade ribossomal por sítio entre machos e fêmeas de mesmas populações; que não há relação entre atividade ribossomal e o par cromossômico ou ainda com sua morfologia, uma vez que testes de correlação não mostraram-se significativos. Entretanto foi observada grande variação interindivíduais numa mesma população, o que não impossibilitou a existência de padrões de frequência de atividade ribossomal diferenciáveis entre as populações da Bahia, Espírito Santo e São Paulo, mostrando-se um bom marcador populacional. A análise de indivíduos gerados de cruzamentos experimentais intrapopulacionais indica manutenção do padrão de atividade da população parental na prole, e em cruzamentos interpopulacionais, foi observada dominância do padrão de atividade ribossomal de uma população parental sobre outra, independente do sexo deste parental, mostrando que apesar do padrão de frequência de atividade ribossomal ser um caráter herdável, sua herança não segue um padrão mendeliano. Palavras chaves: Ag-RON, FISH, polimorfismo de presença gênica, marcador populacional, herança.

Made available in DSpace on 2018-08-02T00:15:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10679_Tese_13fev_FINAL Marianna Xavier.pdf: 4871982 bytes, checksum: c23d2894eb2c248964934154758a096a (MD5) Previous issue date: 2017-02-22 A família Echimyidae Gray, 1825 é a mais diversa dos roedores neotropicais, sendo um exemplo de rápida diversificação ecológica e fenotípica ao longo da história evolutiva. Apresenta história taxonômica confusa, com vários nomes genéricos propostos, diversos abandonados, tornando os dados sobre a família e gêneros altamente instáveis. Entretanto, recentes trabalhos envolvendo estudos morfométricos e filogenéticos têm esclarecido as relações entre os membros da família e o diagnóstico das espécies tem sido melhor definido com o auxílio de dados cariotípicos. Dentro da família Echimyidae, Proechimys é o gênero mais complexo e taxonomicamente pouco entendido. Por cerca de um século, foi dividido em dois subgêneros: Trinomys restrito a Mata Atlântica e Proechimys distribuído de Honduras ao sul do Paraguai. Somente em 1996, através de estudos baseados em sequêcias de DNA mitocondrial, Trinomys foi elevado a gênero. Trinomys, por sua vez, é tratado como um dos gêneros mais complexos no leste do Brasil. Os dados cariotípicos presentes na literatura tem revelado que os gêneros Proechimys e Trinomys abrigam uma diversidade maior de táxons do que se reconhece, revelando a necessidade de uma investigação utilizando ferramentas com bom poder discriminatório. O presente trabalho teve como objetivo compilar, reinterpretar e determinar a diversidade cariotípica de Trinomys e Proechimys, associando cariótipos à distribuição geográfica e, por meio de filogenias geradas por sequências de DNA de genes nucleares e mitocondriais, associar clados e cariótipos. O primeiro capítulo aborda um estudo de filogenia molecular e citotaxonomia de Trinomys, no qual cariótipos e sequências de 62 novos exemplares foram somados aos disponíveis na literatura para recuperar filogenias moleculares utilizando os genes citB e vWF, visando avaliar se o cariótipo é um bom marcador para a diagnose dos táxons. Os cariótipos de T. paratus e T. setosus denigratus foram descritos pela primeira vez. A reconstrução filogenética dos dados concatenados recuperou dez linhagens evolutivas com alto suporte, cada qual associada às espécies de Trinomys. Os cariótipos associados a cada clado são distintos entre si, não havendo compartilhamento de formas cariotípicas entre as espécies. Os cariótipos idênticos, aliados à ausência de monofiletismo e baixos valores de divergência genética, não dão suporte à manutenção da divisão entre T. gratiosus gratiosus e T. g. bonafidei, bem como de T. lbispinus minor e T. a. albispinus. Entretanto, confirmam três subespécies para T. setosus: T. s. setosus, T. s. elegans e T. s. denigratus, recuperando o status de denigratus como subespécie válida. Assim, os resultados obtidos reforçam a importância dos dados cariotípicos na caracterização das espécies de Trinomys. O segundo capítulo investiga a variação cariotípica em uma nova espécie de Proechimys do grupo goeldii, sendo analisados os cariótipos e as sequências de DNA mitocondrial de dois exemplares, um com 2n=15 e outro com 2n=17, e reconstruída a filogenia molecular com vários representantes de Proechimys, visando buscar evidências para identificar o mecanismo de evolução cariotípica e a posição filogenética desses espécimes no gênero Proechimys. Verificou-se que os exemplares com 2n=15 e 2n=17 recuperam um clado monofilético dentro do grupo de espécies goeldii, com baixa divergência intraclado (2,26%), distintos de P. goeldii e de P. longicaudatus, com divergência intercalado de 12,78% e 12,06%, respectivamente. Ao contrário do que sugerido na literatura, no qual se sugere que a variação cariotípica é devido a um sistema múltiplo de determinação do sexo do tipo XX:XY1Y2, com 2n=17 exclusivo a machos, nossos dados associados à reinterpretação e análise de todos os dados cariotípicos disponíveis na literatura, confirmou que se trata de um rearranjo em autossômicos, presente em ambos os sexos, e que o cariótipo com 2n=17 seria resultado de um processo de fusão/fissão dos pares 1 e 7 (a partir de um hipotético 2n=18 com todos os cromossomos acrocêntricos) e o cariótipo com 2n=16 seria a forma homomórfica com rearranjo entre 1 e 7. Os cariótipos com 2n=15 e 2n=14 seriam as formas heteromórficas e homomórficas, respectivamente, do rearranjo entre os pares 2 e 3. A divergência genética desse clado é compatível com outros para divergência intraespecífica, envolvendo os indivíduos com 2n=15 e 2n=17, e equivalente à espécie distinta das demais válidas para Proechimys. Os dados reforçam a associação desses exemplares com as espécies que formam o grupo goeldii e ainda que devam pertencer a uma unidade taxonômica distinta, não descrita para Proechimys. O terceiro capítulo avalia a utilização do cariótipo como um marcador específico para o gênero Proechimys com a análise citogenética de 43 novos exemplares, os quais foram incorporados aos disponíveis na literatura, permitindo a compilação de 1125 exemplares cariotipados de Proechimys, com levantamento de 39 cariótipos a ele atribuídos. Também foi gerada uma filogenia molecular dos genes vWF e citB, que recuperou treze linhagens evolutivas, sendo duas ainda não descritas para espécies do gênero. Os cariótipos quando disponíveis foram associados a sua respectiva sequência de DNA na filogenia a fim de verificar se o cariótipo está associado aos clados monofiléticos. O presente estudo mostrou a formação de subclados em alguns táxons, com alto suporte dentro de cada um desses grupos. Em P. cuvieri, o clado A (2n=28/FN=46) apresentou 8,86% de divergência genética entre o clado B (2n=28/FN=48) e de 10,36% em relação ao clado C (sem cariótipo associado), enquanto que o clado B divergiu em 3%, do clado C, sugerindo que A (P. cuvieri, 2n=28/FN=46) é uma unidade taxonômica distinta de B (2n=28/FN=48) e C, que devem representar uma espécie ainda não descrita. Em P. longicaudatus, ocorreu a formação de dois clados divergentes entre si em 10,75%, tendo o clado associado ao cariótipo 2n=28/FN=50 identificado como P. longicaudatus, enquanto que o associado a 2n=28/FN=48,50 deve pertencer a uma unidade taxonômica ainda não descrita. Em P. roberti, o cariótipo 2n=30/FN=56 no clado A mostrou baixa divergência em relação aos clados B (3,31%) e C (2,93%), mas alta divergência em relação ao clado D (6,94%), associado ao cariótipo 2n=30/FN=56, com a morfologia do último par distinta do citótipo A. Nossa análise sugere que o clado D, com distribuição disjunta, alta divergência e cariótipo distinto deva corresponder à uma unidade taxonômica distinta. Proechimys guyannensis se apresentou como a espécie mais complexa devido à grande diversidade cariotípica associada à espécie. A filogenia mostrou três subgrupos: A, B e C, com relativamente baixa divergência, o clado B diverge em 2,45% do clado A, o clado C em 5,22% de B e o clado C em 5,49% de A. Embora baixa diversidade, a monofilia, localização geográfica disjunta e os cariótipos distintos permitiram associar os cariótipos de P. guyannensis: 2n=40/FN=50-52, para o Amapá, Guiana Francesa e Venezuela (clado B); 2n=46/FN=50 para o leste do Amazonas, Roraima e Pará (clado A) e 2n=38/52 ao clado C para o extremo noroeste do Amazonas. Esse último apresenta variações cariotípicas marcantes e a maior divergência com os demais clados, podendo significar uma barreira no intercruzamento desses indivíduos com os dos demais clados. Devido à ausência de resolução filogenético dos basal em P. guyannensis, baixo número de exemplares analisados molecularmente e cariotipados, esforços adicionais são necessários, pois esse táxon pode representar um conjunto de espécies. Representantes de P. steerei não foram cariotipados no presente estudo mas a revisão bibliográfica permitiu associar cada cariótipo a sua respectiva sequência. São reconhecidos os citótipos 2n=24/ FN=40-42, com variações do FN devido a eventos de inversão pericêntrica no par 3. Análise do presente estudo indicou que não há estruturação na distribuição dos cariótipos, podendo se considerar a variação do FN dentro de P. steerei (FN=40, 41, 42) como um polimorfismo cromossômico, sendo FN=41 a forma intermediária entre as duas homomórficas.

Made available in DSpace on 2018-08-01T23:48:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10231_eduardo_dissert_01ago17_final.pdf: 1566669 bytes, checksum: 45c9ad4d43777c0d7b068c2b14254d58 (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 Background: O gene Citocromo b (Citb) é utilizado para elucidar as relações filogenéticas entre famílias, gêneros e espécies de eucariotos, destacando-se na identificação de diversas linhagens crípticas do gênero de roedor Oryzomys(Coues, 1890) na década de 2000. Em 2006, Oryzomys havia sido subdividido em onze gêneros, baseado em estudos de morfologia, e as análises do gene Citb (anteriores e posteriores à subdivisão) mostraram-se congruentes com a nova organização. Por esse motivo, esse estudo se tornou clássico em evidenciar a importância do Citb como um marcador gêneroe espécie-específico em roedores. Diferentes trabalhos demonstram que, ainda que o Citb seja considerado um gene de evolução rápida, é possível observar porções mais variáveis do que outras ao longo da estrutura terciária da proteína. Assim, no presente estudo, nosso objetivo foi a) investigar se as mutações que sustentam a subdivisão dos gêneros e espécies derivadas do antigo gênero Oryzomys alteram as sequências primárias e estruturas tridimensionais da proteína Citb; b) mapear se as mutações ocorrem em regiões específicas do gene, e se podem ser associadas à uma variação intra e/ou intergênerica da proteína Citb; e c) se há zonas quentes de variação do gene para gênero ou espécies. Dessa forma, foram tomadas 75 sequências do gene Citb obtidas disponíveis no GenBank de 24 espécies de oito dos 10 gêneros derivados de Oryzomys: Aegialomys, Cerradomys, Euryoryzomys, Hylaeamys, Nephelomys, Oreoryzomys, Sooretamys e Transandinomys. Foi realizada uma análise filogenética a fim de identificar as mutações que diferenciavam gêneros (análise intergenérica) e espécies de um mesmo gênero (análise intragenérica), sendo essas mutações mapeadas na cadeia proteica do Citb. A modelagem da proteína do Citb foi realizada pelas metodologias de modelagem por homologia e pela fragmentbased assembly. Resultados: As análises filogenéticas recuperaram o monofiletismo de todos os oito gêneros analisados, revelando 58 haplótipos exclusivos, tanto para espécies como gêneros. Embora variável na estrutura primária dos 1143 pb do gene, a estrutura tridimensional da proteína com 380 resíduos mostrou-se conservada, exceto por uma variação estrutural na posição 14, uma região de loop próxima ao N-Terminal da proteína, com 28% das sequências contendo Valina (V14) e 72% Isoleucina (I14), ambos aminoácidos alifáticos e de propriedades semelhantes. A mutação V14 foi observada somente em Euryoryzomys e Hylaeamys. O mapeamento das mutações ao longo da estrutura do Citb apontou que as mutações corresponderam majoritariamente a mutações sinônimas (MS), tanto para a análise inter quanto para a intragenérica (81 e 88%, respectivamente), distribuídas ao longo de toda a extensão da proteína. Porém, as mutações ocorrem com maior frequência em regiões de α-Hélice, seguidas por mutações em região de loop e Folha-β, tanto nas análises intra como intergenéricas, sendo observado um maior grau de conservação nos primeiros 267 resíduos da proteína. Quanto às mutações não sinônimas (MNS), observa-se que aquelas capazes de diferenciar os gêneros ocorrem em porções distintas daquelas que diferenciam espécies. Há uma região gênero-específica (intergenérica) nos primeiros 80 aminoácidos, enquanto que uma região espécie-específica (intragenérica) ocorre entre as posições 110 e 123. Além disso, observa-se que tanto para a análise intragenérica quanto para a intergenérica, as MNS ocorreram entre aminoácidos de propriedade semelhantes quanto à classificação, carga, polaridade e tamanho da cadeia lateral. Ainda, as MNS registradas no presente estudo estão distantes dos principais sítios ativos do Citb, como os sítios Qi e Qo, demonstrando a sensibilidade desses locais à mutação. Conclusões: Nosso estudo demonstra que, apesar da estrutura terciária do Citb mostrarse altamente conservada, é possível identificar a presença de MNS em porções distintas quando comparadas homologias entre gêneros e entre espécies. A estrutura primária do Citb é mais variável do que a estrutura terciária, sendo a sequência de DNA informativa para as análises filogenéticas. Isso se explica pois a maioria das mutações registradas correspondem à MS e porque a maioria das MNS ocorrerem entre aminoácidos com propriedades semelhantes de tamanho e carga da cadeia lateral. Além disso, a distribuição das mutações ao longo das estruturas secundárias do Citb segue a proporcionalidade com que essas ocorrem na proteína, sendo observada uma maior quantidade de mutações em regiões de α-Hélice, seguido por mutações em loop e Folha β, tanto para as análises intergenéricas quanto para as intragnéricas. Ainda, foi possível observar que a ação da seleção natural mantém os principais sítios ativos do Citb inalterados, uma vez que mutações nesses locais corresponderam majoritariamente à MS ou a MNS entre aminoácidos de propriedades semelhantes. Isso explica o maior grau de conservação observado nos primeiros 267 resíduos da proteína, uma vez que essa região abriga os principais sítios ativos do Citb.

Made available in DSpace on 2018-08-02T00:15:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10581_Tese-finalizada-diploma.pdf: 9710722 bytes, checksum: 4d05d4e9b391fc9122ddaeb29997fe91 (MD5) Previous issue date: 2017-01-20 Esta tese é composta por três capítulos acerca das populações insulares de anuros da Costa Verde, litoral sul do Rio de Janeiro. O primeiro capítulo trata do registro de anomalias físicas em populações insulares. Essas populações apresentaram incidência de malformações muito maior que as populações do continente, o que pode indicar, dentre várias possibilidades, que haja alta ocorrência de endocruzamento nas populações. O segundo capítulo trata de verificar se o efeito de nanismo, já observado anteriormente nas populações insulares, é refletido na história de vida dos indivíduos. Para isso, foi observada as idades dos espécimes associada com o surgimento de caracteres sexuais indicadores de maturidade sexual, correlacionando com o tamanho dos espécimes por ilha, em comparação com as populações do continente. O terceiro capítulo amplia o conhecimento acerca de modificação de tamanho em virtude da insularidade em anfíbios. Nesse nós pontuamos que os parâmetros colocados pela regra de ilhas provavelmente necessitam de ajuste. Aqui vimos que espécies que segundo trabalhos anteriores tenderiam ao nanismo não apresentam redução de tamanho, ou apresentam gigantismo, e duas espécies de tamanho muito pequeno apresentaram nanismo em ilhas.

Made available in DSpace on 2018-08-01T23:27:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10141_67- Rayner Paresqui Constantino.pdf: 4602535 bytes, checksum: 362a1d8a0900eacc0242ed9e3d5114c3 (MD5) Previous issue date: 2016-12-14 Os insetos aquáticos são excelentes bioindicadores, pois respondem de alguma forma aos fatores que alteram o meio ambiente. Porém o uso destes insetos na avaliação ambiental tem sido altamente impedido frente à falta de imaturos identificados a nível de espécie, devido aos estágios imaturos não possuem características morfológicas dignósticas muito marcantes, como apresentam na fase madura. De forma a reverter esse quadro, este trabalho teve como objetivo, utilizar ferramentas moleculares, em conjunto com a taxonomia alfa, para acelerar os processos de identificação e associação dos imaturos com estágios adultos, no qual foi analisado um fragmento do gene mitocondrial COI, também conhecido por barcode, para delimitação de espécies. Ao todo 221 sequências das ordens Odonata, Plecoptera e Trichoptera foram analisadas, apresentando média das divergências genéticas intraespecíficas de aproximadamente 1%, no qual foi possível o resgate de vinte associações entre estágios imaturos e seus respectivos representantes adultos, sendo que destas associações, nove não possuem o estágio descrito na literatura: quatro associações em Odonata, uma em Plecoptera e quatro em Trichoptera. Validano assim, a utilização do barcode, em conjunto com a taxonomia alfa, para análises com foco na delimitação de espécies dos grupos de insetos aquáticos.

Made available in DSpace on 2018-08-01T23:48:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_9605_EVANDRO-APOLINARIO-RIZZI_Dissertação_Biologia-Animal.pdf: 1512008 bytes, checksum: 1378ec6473a4e00bfedf7313d6179056 (MD5) Previous issue date: 2016-03-11 Terpides sooretamae Boldrini & Salles 2009 ocorre em diferentes biomas brasileiros, em cursos dágua com características ecológicas e físicas diversificadas da Mata Atlântica e do Cerrado. A literatura aponta para uma série de casos em que espécies que ocorrem em regiões diferentes, situadas em biomas distintos, apresentam ampla variabilidade a nível molecular. Este trabalho focou em explorar a relação entre a estrutura populacional de Te. sooretamae e a sua capacidade de dispersão em um sistema geograficamente diverso, ecologicamente relevante e molecularmente não explorado: os padrões da estruturação genética de diferentes populações. Para isso foi utilizado um total de 82 indivíduos; os mesmos foram submetidos à extração do DNA genômico e amplificação de duas regiões do mtDNA (COI e COII), purificação e sequenciamento. As sequências foram conferidas na ferramenta de busca por similaridade, alinhadas e editadas. Foram conduzidas análises filogenéticas de máxima-verossimilhança, diversidade haplotípica e geração de redes de haplótipos, AMOVA, testes de neutralidade e distribuição mismatch. Os resultados evidenciaram uma relação próxima entre os indivíduos do Sudeste e de Nordeste, com baixas taxas de variabilidade entre as sequências obtidas, sendo possível afirmar que as populações do Sudeste e do Nordeste mantêm fluxo gênico bidirecional. Os valores de Fs de Fu e D de Tajima e os gráficos de distribuição mismatch sugerem que ambas estão em processo de expansão populacional recente. As populações de Mato Grosso e Mato Grosso do Sul apresentaram divergência alta em relação às populações do Sudeste e do Nordeste, sendo que Mato Grosso do Sul apresentou valores extremos. As populações de Mato Grosso do Sul, com alta variabilidade molecular em relação às demais populações e com uma posição distante das mesmas na árvore de máxima-verossimilhança, podem se tratar de uma espécie distinta de Te. sooretamae. Palavras-chave: dispersão, Mata Atlântica, fluxo gênico, diversidade críptica

Made available in DSpace on 2018-08-02T00:15:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_9601_Nogueira-Massariol 2016.pdf: 5040580 bytes, checksum: cd765d7d3027eeb490f288d9da34ee18 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 Akodon cursor (Winge, 1887) é um roedor sigmodontino com ampla distribuição geográfica ao longo da encosta Atlântica brasileira e elevado polimorfismo cariotípico com 2n=14, 15 e 16 e variação do número de braços autossômicos de 21 a 28, totalizando 31 cariótipos distintos para a espécie. Dados moleculares envolvendo 402 indivíduos e 63 localidades revelaram em A. cursor uma estruturação geográfica, clados Norte e Sul, com divergência genética de 4,4% para COI e de 2,5% para Cit-b, cuja quebra filogeográfica está localizada entre norte de Minas Gerais e sul da Bahia, coincidente com o Vale do Jequitinhonha e influenciada pela altitude. Em ambos os clados foram encontrados os cariótipos 2n=14, 15 e 16, embora haja maior frequência da forma 2n=16 ao Norte e da forma 2n=14 ao Sul. Dados demográficos indicam equilíbrio populacional ao Norte e expansão ao sul, com componente cariotípico contribuindo para essa diversificação. A realização de 185 cruzamentos experimentais envolvendo exemplares com condições geográfica (interclado) e cariotípica (2n=15) intermediárias permitiu concluir que o isolamento reprodutivo entre os clados Norte e Sul ainda não é completo, já que descendentes entre esses (interclado) foram gerados e com elevada taxa de sucesso reprodutivo (cerca de 80%). Em contrapartida, parentais 2n=15 apresentaram redução do sucesso reprodutivo quando em conjunto com outro 2n=15, sendo a combinação (fêmea x macho) 2n=15x2n=16 a menos favorável e 2n=14x2n=15 a mais favorável, revelando que há maior afinidade entre exemplares 2n=14 e 2n=15 e que o sucesso reprodutivo tende a ser menor quando a forma 2n=15 está presente em fêmeas. Além disso, entre exemplares com mesmo número diplóide observou-se redução na frequência de sucesso reprodutivo entre os descendentes gerados em cativeiro, quando comparado aos exemplares matriz (coletados na natureza). Nossos dados mostraram que sucesso reprodutivo e agressividade foram influenciados pelo cariótipo e clado de origem dos parentais, respectivamente, sugerindo que a reprodução entre os indivíduos e a viabilidade de descendentes é distinta entre exemplares 2n=15 e 2n=14 ou 16 e entre os grupos Norte e Sul. Dados de histologia de testículo e de cruzamentos intra e interespecíficos confirmaram a esterilidade dos híbridos (2n=19, 20) entre A. cursor e A. montensis Thomas, 1913, diferente do observado entre os possíveis híbridos 2n=15 e interclado de A. cursor, que apresentam fertilidade reduzida e fertilidade elevada, respectivamente. Para a formação de híbridos interespecíficos foram realizados 80 cruzamentos que comprovaram que a introgressão é bidirecional, muito embora o maior sucesso reprodutivo registrado (75%) tenha ocorrido entre 6 fêmea de A. montensis 2n=24 x macho de A. cursor 2n=16 (clado Norte). As formas cariotípicas que não geraram híbridos foram 2n=23 (fêmea) e 2n=25 (fêmea e macho) em A. montensis e 2n=15 (fêmea) em A. cursor. Considerando que a forma 2n=14, condição derivada em A. cursor, é a mais frequente nas populações do sul em A. cursor onde ocorre simpatria com A. montensis, acredita-se que a barreira ao fluxo gênico seja mais efetiva nas áreas de simpatria, mantendo a identidade de cada espécie. Nesses casos, a barreira reprodutiva mais eficiente ao sul seria imposta pelo cariótipo. Há distinção morfológica/anatômica entre Norte e Sul de A. cursor, e esta é concordante com a diversificação geográfica encontrada nas análises moleculares. Assim, o uso de critérios morfológicos e de monofilia recíproca apontam distinção Norte e Sul, no entanto, sem sinais de isolamento reprodutivo entre essas populações. Entre 2n=14 e 2n=16 verifica-se comprometimento reprodutivo do intermediário (2n=15), indicando um processo incipiente de especiação estasipátrica, com o favorecimento de fixação da forma 2n=16 ao Norte e de 2n=14 ao Sul da distribuição atual.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:09:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8638_Andre Monnerat.pdf: 697939 bytes, checksum: 1652a0bd1d2c5372eae6558d36957b5f (MD5) Previous issue date: 2015-03-26 O muriqui-do-norte, Brachyteles hypoxanthus, endêmico da Mata Atlântica, ocorria historicamente em Minas Gerais, Rio de Janeiro, Espírito Santo e Bahia. A destruição desta floresta resultou na drástica redução do hábitat natural da espécie que ocorre atualmente em apenas 14 localidades, com aproximadamente 1.000 indivíduos. Duas dessas áreas estão na região centro-serrana do Espírito Santo, onde os grupos vivem parcialmente isolados nos municípios de Santa Maria de Jetibá (SMJ) e Santa Teresa (ST). Pelo isolamento, algumas fêmeas jovens que emigram tornam-se solitárias por falta de conexão de habitat com uma segunda área com muriquis. Para investigar a viabilidade desses grupos sociais, realizamos Análises da Viabilidade Populacional (AVPs) no programa Vortex. Após estimativa da viabilidade populacional nas atuais condições, fizemos simulações de ações de manejo, como translocações de indivíduos e reflorestamento. As populações formadas pelos 88 muriquis monitorados em SMJ e os 25 em ST estão vulneráveis pela perda de conexão de habitat entre grupos, o que reduz o sucesso de migração de fêmeas jovens. Quando em fragmentos isolados, os grupos de muriquis tendem à extinção em apenas 30 anos nos casos com maior redução de fêmeas se reproduzindo. No isolamento, as populações apresentam taxa de crescimento negativa e elevada probabilidade de extinção nos 100 anos modelados. Pela proximidade entre os cinco grupos de muriquis em SMJ, o manejo de habitat, com reflorestamento entre os fragmentos, é uma estratégia promissora para o aumento da viabilidade populacional. Com a possibilidade das fêmeas jovens migrarem entre grupos, eles tenderão ao crescimento e a população de SMJ aumentará para até 350 muriquis em aproximadamente 50 anos. De forma distinta, em ST está a Reserva Biológica Augusto Ruschi, que possui 3.562 ha protegidos e apenas um grupo com 25 muriquis confirmados, dos quais 12 são machos adultos. Permanecendo o isolamento do grupo, essa população tenderá à extinção. Contudo, a introdução de fêmeas jovens poderá aumentar a viabilidade populacional, por exemplo, pela formação de um segundo grupo social. A modelagem sugere que, com a formação de um segundo grupo, a perda de fêmeas migrantes será reduzida e a população irá crescer durante os próximos 100 anos. Concluímos que a viabilidade das populações de muriquis depende do contato entre no mínimo dois grupos sociais, evitando assim a perda de fêmeas jovens migrantes.