Dutoit-Lefèvre, Virginie, Dubucquoi, Sylvain, Launay, David, Sobanski, Vincent, Dussart, Patricia, Chafey, Philippe, Broussard, Cédric, Duban-Deweer, Sophie, Vermersch, Patrick, Prin, Lionel, Lefranc, Didier, Inflammation: mécanismes et régulation et interactions avec la nutrition et les candidoses, Université de Lille, Droit et Santé-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire d'Immunologie (EA 2686), Université de Lille, Droit et Santé, Centre de Biologie Pathologie et Génétique, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Institut d'Immunologie [CHRU Lille], Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de Médecine Interne et d'Immunologie clinique, Centre National de Référence Maladies rares-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Plateforme protéomique 3P5 [Institut Cochin] (3P5), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Physiopathologie de la Barrière Hémato-Encéphalique (LBHE), Université d'Artois (UA), Service de neurologie D, This study was funded in part by‘Action deRecherche Concertée d’Initiative Régionale’(ARCirno. 09.26.0082), Programme Hospitalier deRecherche Clinique (PHRC no. 2008/1926), theassociations'Max de Vie, Max d’Amour' and'Capucine', the Société Nationale Française deMédecine Interne, Pfizer and Merck Serono. the manuscript., Université de Lille, Droit et Santé-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Laboratoire d'Immunologie ( EA 2686 ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ) -Institut d'Immunologie, Centre National de Référence Maladies rares-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Plateforme protéomique 3P5 [Institut Cochin] ( 3P5 ), Institut Cochin ( UM3 (UMR 8104 / U1016) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physiopathologie de la Barrière Hémato-Encéphalique ( LBHE ), Université d'Artois ( UA ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Droit et Santé, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Bos, Mireille
International audience; Serological proteome analysis (SERPA) combines classical proteomic technology with effective separation of cellular protein extracts on two-dimensional gel electrophoresis, western blotting, and identification of the antigenic spot of interest by mass spectrometry. A critical point is related to the antigenic target characterization by mass spectrometry, which depends on the accuracy of the matching of antigenic reactivities on the protein spots during the 2D immunoproteomic procedures. The superimposition, based essentially on visual criteria of antigenic and protein spots, remains the major limitation of SERPA. The introduction of fluorescent dyes in proteomic strategies, commonly known as 2D-DIGE (differential in-gel electrophoresis), has boosted the qualitative capabilities of 2D electrophoresis. Based on this 2D-DIGE strategy, we have improved the conventional SERPA by developing a new and entirely fluorescence-based bi-dimensional immunoproteomic (FBIP) analysis, performed with three fluorescent dyes. To optimize the alignment of the different antigenic maps, we introduced a landmark map composed of a combination of specific antibodies. This methodological development allows simultaneous revelation of the antigenic, landmark and proteomic maps on each immunoblot. A computer-assisted process using commercially available software automatically leads to the superimposition of the different maps, ensuring accurate localization of antigenic spots of interest.