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Los lagos de alta montaña, con una baja mineralización, alcalinidad y contenido de nutrientes, son ecosistemas sensibles a perturbaciones naturales o antropogénicas y en la actualidad están amenazados por el calentamiento global. En México existen dos lagos de alta montaña (> 3,800 m snm): La Luna y El Sol, en el cráter del Nevado de Toluca. Análisis de parámetros químicos y de diatomeas en sedimentos superficiales permiten identificar que La Luna es más ácido y menos mineralizado que El Sol y que a pesar de su proximidad geográfica cada lago tiene un conjunto de diatomeas característico, con menor abundancia y riqueza específica en La Luna. En este lago dominan Encyonema perpusillumy Psammothidium helveticumy en El Sol Cavinula pseudoscutiformis, Psammothidium levanderiy Aulacoseira distans.Con base en esta distribución se interpreta el registro de diatomeas de una secuencia sedimentaria de La Luna, de 57cm, fechada con 210Pb y 14C en la que también se realizaron análisis de contenido de cladóceros y de susceptibilidad magnética. Todos estos indicadores permiten ubicar el inicio de una tendencia hacia climas secos y fríos alrededor de los años 1350 y 1510, que corresponde a la Pequeña Edad de Hielo (PEH), la cual tiene su máxima expresión entre los años 1660 y 1760, durante el mínimo de actividad solar de Maunder. Las características ambientales de sequía y frío se observan hasta principios del siglo XX. La comparación de este registro con otros disponibles permite concluir que durante la PEH hubo una tendencia regional en el centro de México hacia climas secos.