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Au cours des dernières décennies de nouvelles classes d’ARN ont été découvertes. Celles-ci ne contiennent pas d’informations permettant la synthèse de protéines mais ont des fonctions régulatrices. De nombreuses études ont permis de montrer leur importance dans le maintien de l’homéostasie de la cellule, mais aussi pour leur adaptation à l’environnement. Ces sont les ARN non codants (ARNnc). Ils sont classés en différentes catégories à savoir les ARN en trans, qui sont transcrits de manière indépendante par rapport à leur cible, ou les ARN en cis, qui eux sont situés à proximité de leur cible voire sur le même ARN messager (ARNm). Ce sont ces derniers qui nous intéresseront dans le cadre de cette thèse de doctorat. Certaines structures d’ARN complexes sont situées dans les parties 5' non traduites des ARNm et permettent de réguler l’expression du gène situé directement en aval. On peut en distinguer plusieurs catégories en fonction du stimulus permettant sa fonction, comme les thermorégulateurs, les T-box, les r-leader ou encore les riboswitchs. La plupart des ARNnc en cis ont été découverts grâce à des méthodes de bioinformatique basées sur des comparaisons de structures. Cependant, ces méthodes présentent des limites. Elles permettent de prédire de nombreuses structures qui ont la nécessité d’être validées expérimentalement. Ceci crée un déséquilibre dans la caractérisation de ces ARN entre les bactéries disposant de nombreux outils génétiques, comme Escherichia coli et Bacillus subtilis et celles en ayant moins comme Pseudomonas aeruginosa et Burkholderia thailandensis. Nous avons ainsi développé au laboratoire, un plasmide nommé pVK-f2.2-lux permettant de faire des fusions traductionnelles entre des ARNnc prédits et un opéron permettant de produire de la luminescence. Ceci nous a permis de caractériser l’importance de la structure de six ARNnc prédits chez Pseudomonas pour permettre la régulation du gène situé en aval de ceux-ci. Afin de pallier à

Objectives: This study aimed to investigate proteinuria occurring during dengue disease in children and assess if measurement of this parameter can help physicians in the clinical management of patients. Methods: Proteinuria was assessed by dipstick and quantified by urine protein:creatinine ratio (UPCR) in samples from patients hospitalized with a confirmed dengue infection and in healthy controls. Results: The dipstick tested positive in 42.9% of the patients presenting at hospital with dengue versus 20.0% in healthy controls. UPCR increased during the critical phase of the disease; peaking one week after fever onset then decreasing as the patients recovered. Patients with warnings signs or severe dengue were more likely to present with proteinuria detected by UPCR at the time of hospital admission compared to patients without warning signs. The sensitivity of this marker, however, was limited as only 16.1% of the patients with warning signs had proteinuria. Conclusions: Urine dipstick and UPCR do not seem to be very valuable for the triage of the patients at the time of the initial consultation but the observation of a decrease of the UPCR during the course of the illness appears to indicate an evolution towards recovery.

Objectives: This study aimed to investigate proteinuria occurring during dengue disease in children and assess if measurement of this parameter can help physicians in the clinical management of patients. Methods: Proteinuria was assessed by dipstick and quantified by urine protein:creatinine ratio (UPCR) in samples from patients hospitalized with a confirmed dengue infection and in healthy controls. Results: The dipstick tested positive in 42.9% of the patients presenting at hospital with dengue versus 20.0% in healthy controls. UPCR increased during the critical phase of the disease; peaking one week after fever onset then decreasing as the patients recovered. Patients with warnings signs or severe dengue were more likely to present with proteinuria detected by UPCR at the time of hospital admission compared to patients without warning signs. The sensitivity of this marker, however, was limited as only 16.1% of the patients with warning signs had proteinuria. Conclusions: Urine dipstick and UPCR do not seem to be very valuable for the triage of the patients at the time of the initial consultation but the observation of a decrease of the UPCR during the course of the illness appears to indicate an evolution towards recovery.

108 p. , ill. , 30 cm, Le but de cette présente investigation est la production, la purification et l’étude de certaines propriétés de la protéase de Rhizopus stolonifer en vue de son utilisation dans la coagulation du lait. L’étude de l’influence de certains paramètres sur le taux de production de la protéase a été réalisée. Il a été constaté que la température optimale de production de la protéase de Rhizopus stolonifer est de 28 °C, son pH optimum est de 6, la taille optimale de l’inoculum est de 2 x 106 spores /ml, le taux d’humidité optimal du son de blé est de 50.6%, la quantité du son de blé optimale est de 10 g et le temps d’incubation optimale est de 96 heures. L’addition de certaines sources de carbone et d’azote au son de blé pour l’amélioration de l’activité coagulante de notre protéase, nous a permis de noter que la meilleure source de carbone et d’azote sont le galactose { 10% et la peptone { 1% respectivement. La purification de la protéase par précipitation au sulfate d‘ammonium à 80% suivie d’une chromatographie par filtration sur gel sephadex G100 a permis de déceler un rendement en activité de la protéase de 9.25%, un facteur de purification de 19.2 avec une activité spécifique de 2850,7 U/mg et un poids moléculaire de 41.4 ± 1.00 kDa. La vérification de l’homogénéité de la protéase de R. stolonifer par électrophorèse en conditions dénaturante a révélée un poids moléculaire de 42.96 ± 1.00 kDa. La caractérisation de la protéase de R. stolonifer a révélé que sa température optimale d’activité coagulante est de 50°C et que sa stabilité est notée aux températures 30 à 45°C. Son pH optimum est de 5.5 et que l’extrait purifié est stable pendant 24 h { 4 °C dans le tampon citrate phosphate. L’étude de l’effet de la concentration en extrait purifié et en chlorure de calcium sur l’activité coagulante de la protéase de R. stolonifer montre que l’augmentation de son activité coagulante est proportionnelle à leurs concentrations respectives. L’extrait purifié de R. stolonifer prés

108 p. , ill. , 30 cm, Le but de cette présente investigation est la production, la purification et l’étude de certaines propriétés de la protéase de Rhizopus stolonifer en vue de son utilisation dans la coagulation du lait. L’étude de l’influence de certains paramètres sur le taux de production de la protéase a été réalisée. Il a été constaté que la température optimale de production de la protéase de Rhizopus stolonifer est de 28 °C, son pH optimum est de 6, la taille optimale de l’inoculum est de 2 x 106 spores /ml, le taux d’humidité optimal du son de blé est de 50.6%, la quantité du son de blé optimale est de 10 g et le temps d’incubation optimale est de 96 heures. L’addition de certaines sources de carbone et d’azote au son de blé pour l’amélioration de l’activité coagulante de notre protéase, nous a permis de noter que la meilleure source de carbone et d’azote sont le galactose { 10% et la peptone { 1% respectivement. La purification de la protéase par précipitation au sulfate d‘ammonium à 80% suivie d’une chromatographie par filtration sur gel sephadex G100 a permis de déceler un rendement en activité de la protéase de 9.25%, un facteur de purification de 19.2 avec une activité spécifique de 2850,7 U/mg et un poids moléculaire de 41.4 ± 1.00 kDa. La vérification de l’homogénéité de la protéase de R. stolonifer par électrophorèse en conditions dénaturante a révélée un poids moléculaire de 42.96 ± 1.00 kDa. La caractérisation de la protéase de R. stolonifer a révélé que sa température optimale d’activité coagulante est de 50°C et que sa stabilité est notée aux températures 30 à 45°C. Son pH optimum est de 5.5 et que l’extrait purifié est stable pendant 24 h { 4 °C dans le tampon citrate phosphate. L’étude de l’effet de la concentration en extrait purifié et en chlorure de calcium sur l’activité coagulante de la protéase de R. stolonifer montre que l’augmentation de son activité coagulante est proportionnelle à leurs concentrations respectives. L’extrait purifié de R. stolonifer prés

Diversity of yeasts was investigated by using a molecular technique employing variable regions of 26S rDNA profiles generated by PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) in the salted and fermented traditional fish named "adjuevan". This fermented fish was produced in Ivory Coast at ambient temperature (28 to 30°C) following two traditional fermentation methods. Fermentation according to Method 1 was made in jars covered with plastics and stones for 5 days then dried for three days on racks or nets. For Method 2, fermentation and fish drying took place on racks or nets simultaneously for at least 10 days. PCR-DGGE and DNA sequencing was used to compare yeasts from both methods of production, and they were identified as Kluyveromyces marxianus, Hansenula anomala, Saccharomyces cerevisiae, Candida tropicalis, Candida zeylanoides, Pichia fermentans, Debaromyces hansenii, Hanseniaspora osmophilic, and Rhodotorula glutinis which had not been previously described in fermented fish. Yeast diversity was higher for Method 1, while the predominance strains of Debaromyces sp. and Candida sp. with Kluyveromyces sp. were higher for Method 2. This study showed the presence of yeast species and their participation in the fermentation of adjuevan. D. Hansenii and K. marxianus could be used as starter cultures for the standardisation of the fermented fish, adjuevan.

L'ochratoxine A (OTA), principalement produite dans le café par les moisissures A. ochraceus et A. westerdijkiae, suscite une attention particulière pour ses effets néphrotoxiques, immunotoxiques, tératogènes et cancérigènes. La présence d'OTA dans les grains de café peut être mise en relation avec les conditions de récolte, les conditions de traitement post-récolte et les conditions de stockage et de transport. Dans certains pays producteurs, les dommages causés sur les grains de café par des espèces fongiques sont liés à des teneurs élevées en OTA. La dynamique et la biodiversité des populations microbiennes (bactéries, levures, moisissures) lors des traitements post-récolte du café a été étudiée par une méthode d'analyse moléculaire globale des flores, la PCRDGGE. Il a été observé une évolution et une diversité des flores microbiennes en fonction du type et des étapes des traitements utilisés, spécifiques des lieux de production. La région génomique ciblée et la proximité phylogénétique sont un obstacle à l'identification des souches ochratoxinogènes par l'approche globale utilisée. De plus, une méthode simple et rapide de différenciation moléculaire d'Aspergillus westerdijkiae et d'Aspergillus ochraceus a été mise au point et couplée avec l'analyse d'image pour permettre la " quantification " d'Aspergillus westerdijkiae. Des phénomènes de compétition/inhibition de la croissance et production d'OTA (supérieurs à 90%) ont été mis en évidence pour des souches d'Aspergillus niger et d'Aspergillus ochraceus faiblement productrices d'OTA vis-à-vis d'Aspergillus westerdijkiae qui est l'une des espèces les plus fortement productrices de la mycotoxine sur café. Les résultats obtenus au cours de ce travail sont importants pour l'amélioration des connaissances sur la dynamique des populations microbiennes au cours des procédés de transformation du café ainsi que pour de possibles applications en prévention et maîtrise de la contamination du café par l'OTA.

The new European regulation 178/2002 imposes the determination of the geographical origin in the traceability process of foodstuffs at the moment of commercial transactions. In practice, it is difficult to determine with accuracy the geographical origin of foodstuffs. For this purpose, the total analysis of fungal communities in samples of coffee is used. In the present study the molecular technique using 28S rDNA profiles generated by PCR-DGGE was used in order to detect the variation in fungal community structures of coffee from five different locations in West and Coastal plain in Cameroon and the effect of treatment and coffee species on these fungal profiles. When the 28S rDNA profiles were analyzed by multivariate analysis, distinct microbial communities were detected. The band profiles obtained from different samples of coffee and specific for each location and could be used as a bar code to certify the origin of the coffee. This method is a new traceability tool which provides coffee products with a unique biological bar code and makes it possible to trace back the coffee to their original location.

L'ochratoxine A (OTA), principalement produite dans le café par les moisissures A. ochraceus et A. westerdijkiae, suscite une attention particulière pour ses effets néphrotoxiques, immunotoxiques, tératogènes et cancérigènes. La présence d'OTA dans les grains de café peut être mise en relation avec les conditions de récolte, les conditions de traitement post-récolte et les conditions de stockage et de transport. Dans certains pays producteurs, les dommages causés sur les grains de café par des espèces fongiques sont liés à des teneurs élevées en OTA. La dynamique et la biodiversité des populations microbiennes (bactéries, levures, moisissures) lors des traitements post-récolte du café a été étudiée par une méthode d'analyse moléculaire globale des flores, la PCRDGGE. Il a été observé une évolution et une diversité des flores microbiennes en fonction du type et des étapes des traitements utilisés, spécifiques des lieux de production. La région génomique ciblée et la proximité phylogénétique sont un obstacle à l'identification des souches ochratoxinogènes par l'approche globale utilisée. De plus, une méthode simple et rapide de différenciation moléculaire d'Aspergillus westerdijkiae et d'Aspergillus ochraceus a été mise au point et couplée avec l'analyse d'image pour permettre la " quantification " d'Aspergillus westerdijkiae. Des phénomènes de compétition/inhibition de la croissance et production d'OTA (supérieurs à 90%) ont été mis en évidence pour des souches d'Aspergillus niger et d'Aspergillus ochraceus faiblement productrices d'OTA vis-à-vis d'Aspergillus westerdijkiae qui est l'une des espèces les plus fortement productrices de la mycotoxine sur café. Les résultats obtenus au cours de ce travail sont importants pour l'amélioration des connaissances sur la dynamique des populations microbiennes au cours des procédés de transformation du café ainsi que pour de possibles applications en prévention et maîtrise de la contamination du café par l'OTA.

Diversity of yeasts was investigated by using a molecular technique employing variable regions of 26S rDNA profiles generated by PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) in the salted and fermented traditional fish named "adjuevan". This fermented fish was produced in Ivory Coast at ambient temperature (28 to 30°C) following two traditional fermentation methods. Fermentation according to Method 1 was made in jars covered with plastics and stones for 5 days then dried for three days on racks or nets. For Method 2, fermentation and fish drying took place on racks or nets simultaneously for at least 10 days. PCR-DGGE and DNA sequencing was used to compare yeasts from both methods of production, and they were identified as Kluyveromyces marxianus, Hansenula anomala, Saccharomyces cerevisiae, Candida tropicalis, Candida zeylanoides, Pichia fermentans, Debaromyces hansenii, Hanseniaspora osmophilic, and Rhodotorula glutinis which had not been previously described in fermented fish. Yeast diversity was higher for Method 1, while the predominance strains of Debaromyces sp. and Candida sp. with Kluyveromyces sp. were higher for Method 2. This study showed the presence of yeast species and their participation in the fermentation of adjuevan. D. Hansenii and K. marxianus could be used as starter cultures for the standardisation of the fermented fish, adjuevan.

The new European regulation 178/2002 imposes the determination of the geographical origin in the traceability process of foodstuffs at the moment of commercial transactions. In practice, it is difficult to determine with accuracy the geographical origin of foodstuffs. For this purpose, the total analysis of fungal communities in samples of coffee is used. In the present study the molecular technique using 28S rDNA profiles generated by PCR-DGGE was used in order to detect the variation in fungal community structures of coffee from five different locations in West and Coastal plain in Cameroon and the effect of treatment and coffee species on these fungal profiles. When the 28S rDNA profiles were analyzed by multivariate analysis, distinct microbial communities were detected. The band profiles obtained from different samples of coffee and specific for each location and could be used as a bar code to certify the origin of the coffee. This method is a new traceability tool which provides coffee products with a unique biological bar code and makes it possible to trace back the coffee to their original location.

Introduction. Consumption of Physalis fruits is quite recent and the products are poorly known among consumers. This plant has been known for a long time as an ornamental in Europe, for at least 200 years. Traceability is increasingly becoming important across the agri-food industry; however, at the present time, the traceability of this fruit is only documentary. In case of doubt or fraud, no standardized analysis can determine the geographical origin of the fruits. Materials and methods. In order to discover the relationship between the fungal communities of the fruit and their geographical origins, 28S rDNA-PCRDGGE was used to analyze the variation in fungal communities in three species of Physalis fruit (Physalis ixocarpa Brot., Physalis pruinosa L. and Physalis peruviana L.) from Egypt, Uganda and Colombia. Results. Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) fingerprints of 28S ribosomal DNA (28S rDNA) analyzed by multivariate analysis could distinguish different fruit origins by their fungal communities. Conclusion. We propose the PCR-DGGE method as a new traceability tool which provides fruit in general, and Physalis in particular, with a unique barcode for each country by using 28S rDNA fingerprinting of fungi.

Moniliophthora perniciosa é o agente causal da vassoura de bruxa, doença que atinge o cacaueiro (Theobroma cacao L.). M. perniciosa é um fungo hemibiotrofico, portanto possui a fase biotrófica que inicia a doença e é caracterizada por um micélio monocariótico; e a fase necrotrófica que é caracterizada por um micélio dicariótico condicionando à necrose dos tecidos infectados. O estudo da fase necrotrófica foi realizado em sistema artificial (bolachas), o único meio sólido permitindo basidiocarpo e produção de basidiosporos. Durante a cultura do M. perniciosa em bolachas, seis diferentes fases de desenvolvimento foram observadas e coletadas de acordo com a cor ou o órgão de micélio produzido: branco, amarelo, rosa, rosa escuro, primórdio e basidiocarpos. O objetivo deste trabalho foi identificar proteínas específicas de cada fase. Proteínas foram extraídas pelo método de ADP, seguido por uma limpeza simples, utilizando SDS-denso e fenol. A quantificação foi realizada utilizando-se o 2-D Quantification Kit. As proteínas foram extraídas em triplicada e separadas utilizando um gel bi-dimensional (2-D) à 12%. Os géis 2-D mostraram cerca de 600 spots por gel, e apresentaram padrões diferenciais de expressão de proteínas entre as fases. Os spots foram cortados do gel e serão analisados por espectrometria de massa. Os géis foram analisados usando o software ImageMaster 2D Platinum versão 6.0, através da análise inter-classe juntamente com a analise do Teste de Student (t) foi possível a seleção de spots diferencialmente expressos entre a fase branca e a fase amarela. Deste modo, foram detectados 16 spots maior expressão na fase amarela, 32 spots com maior expressão na fase branca e 43 spots exclusivos da fase branca. O estudo do perfil proteômico de todas as fases do fungo M. perniciosa poderá contribuir para o conhecimento do metabolismo do fungo e no desenvolvimento de estratégias de controle da vassoura de bruxa.

Moniliophthora perniciosa é o agente causal da vassoura de bruxa, doença que atinge o cacaueiro (Theobroma cacao L.). M. perniciosa é um fungo hemibiotrofico, portanto possui a fase biotrófica que inicia a doença e é caracterizada por um micélio monocariótico; e a fase necrotrófica que é caracterizada por um micélio dicariótico condicionando à necrose dos tecidos infectados. O estudo da fase necrotrófica foi realizado em sistema artificial (bolachas), o único meio sólido permitindo basidiocarpo e produção de basidiosporos. Durante a cultura do M. perniciosa em bolachas, seis diferentes fases de desenvolvimento foram observadas e coletadas de acordo com a cor ou o órgão de micélio produzido: branco, amarelo, rosa, rosa escuro, primórdio e basidiocarpos. O objetivo deste trabalho foi identificar proteínas específicas de cada fase. Proteínas foram extraídas pelo método de ADP, seguido por uma limpeza simples, utilizando SDS-denso e fenol. A quantificação foi realizada utilizando-se o 2-D Quantification Kit. As proteínas foram extraídas em triplicada e separadas utilizando um gel bi-dimensional (2-D) à 12%. Os géis 2-D mostraram cerca de 600 spots por gel, e apresentaram padrões diferenciais de expressão de proteínas entre as fases. Os spots foram cortados do gel e serão analisados por espectrometria de massa. Os géis foram analisados usando o software ImageMaster 2D Platinum versão 6.0, através da análise inter-classe juntamente com a analise do Teste de Student (t) foi possível a seleção de spots diferencialmente expressos entre a fase branca e a fase amarela. Deste modo, foram detectados 16 spots maior expressão na fase amarela, 32 spots com maior expressão na fase branca e 43 spots exclusivos da fase branca. O estudo do perfil proteômico de todas as fases do fungo M. perniciosa poderá contribuir para o conhecimento do metabolismo do fungo e no desenvolvimento de estratégias de controle da vassoura de bruxa.

Introduction. Consumption of Physalis fruits is quite recent and the products are poorly known among consumers. This plant has been known for a long time as an ornamental in Europe, for at least 200 years. Traceability is increasingly becoming important across the agri-food industry; however, at the present time, the traceability of this fruit is only documentary. In case of doubt or fraud, no standardized analysis can determine the geographical origin of the fruits. Materials and methods. In order to discover the relationship between the fungal communities of the fruit and their geographical origins, 28S rDNA-PCRDGGE was used to analyze the variation in fungal communities in three species of Physalis fruit (Physalis ixocarpa Brot., Physalis pruinosa L. and Physalis peruviana L.) from Egypt, Uganda and Colombia. Results. Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) fingerprints of 28S ribosomal DNA (28S rDNA) analyzed by multivariate analysis could distinguish different fruit origins by their fungal communities. Conclusion. We propose the PCR-DGGE method as a new traceability tool which provides fruit in general, and Physalis in particular, with a unique barcode for each country by using 28S rDNA fingerprinting of fungi.

Fishes in general and tilapia in particular are traded all over the world. However, it is difficult to find out their exact geographical location. One of the techniques used in the traceability of fish and its byproducts consist in analysing in a global way the whole viable and non viable bacterial communities. For this purpose, the molecular technique employing the bacterial 16S DNA banding profiles generated by PCR-DGGE (polymerase chain reaction-Denaturing gradient gel electrophoresis) was used to evaluate the differences between the bacterial profiles of fishes from Vietnam (An Giang, south province) and those of Cameroon (Yagoua, Maga, Lagdo). The different PCR-DGGE 16S rDNA banding profiles obtained were analysed and results showed that there were specific bands for each geographical location though some bands common to Cameroon and Vietnam were observed. This method could be used as a rapid analytical traceability tool for fish products and could be considered as a provider of a unique biological bar code.

La détermination de l'origine géographique est une exigence du système de traçabilité de l'import-export de produits alimentaires. Pour ce faire, les techniques moléculaires employant 16S, 26S rDNA profils générés par PCR-DGGE ont été utilisés pour détecter la variation de la communauté microbienne (bactéries, levures) structures de Pangasius poisson, du Viet Nam récoltés dans différentes fermes d'aquaculture et au cours des différentes saisons et deux Physalis fruits en provenance d'Égypte et de mandarines en provenance de l'Espagne et le Maroc. En cas Physalis, l'écologie de la levure a aussi été étudiée dans le même but. Bacterial bande profils de poissons et de mandarines, de levure et de la bande de Physalis profils spécifiques pour chaque endroit et peuvent être utilisés comme un code barre afin de certifier l'origine du poisson et des fruits. Cette méthode est un nouvel outil de traçabilité, qui fournit de la nourriture biologique unique avec un code à barres et permet de retracer la nourriture à leur emplacement d'origine. (Texte intégral)

La détermination de l'origine géographique est une exigence du système de traçabilité lors de l'importation-exportation des produits alimentaires. Une hypothèse pour localiser la source d'un produit est d'analyser de façon globale les communautés microbiennes présentes sur l'aliment et de relier cette analyse à l'origine géographique des aliments. La technique moléculaire utilisant les profils générés par PCR-DGGE du rADN 16S, 26S ont été optimisée pour détecter les variations communautaires des (bactéries, levures) structures de Pangasius poisson du Viet Nam récoltés dans différentes fermes d'aquaculture et au cours des différentes saisons et de graines de karité provenant de trois régions du Sénégal. Les profils ADN des différents locations sont différents et suffisamment spécifiques de chaque lieu de prélèvements pour être utilisés comme un code-barre de discrimination de l'origine des poissons et fruits. Cette méthode est un nouvel outil de traçabilité qui offre aux produits fruitiers un code-barre unique et permet donc de relier l'environnement microbien des poissons et fruits à leur origine géographique. (Texte intégral)

The determination of geographical origin is a demand of the traceability system of import-export foodstuff. One hypothesis of tracing the source of a product is by analyzing in a global way the microbial communities of the food and links statistically this analysis to the geographical origin of the food (Montet et al., 2004). The molecular technique employing 26S rDNA profiles generated by PCR-DGGE was used to detect the variation in the yeast community structures of fruits (El Sheikha et al., 2009). We applied this new technique on Physalis fruits from three countries (Egypt, Colombia, Uganda) and on shea tree from four countries (Cameroon, Mali, Senegal, Uganda). The DGGE gels showed some significant differences in the migration patterns. However, the duplicates for each sampling location gave statistically similar DGGE patterns throughout the study. We demonstrated that there was a link between the yeast populations and the geographical area. When the 26S rDNA profiles were analyzed by multivariate analysis, distinct microbial communities were detected. The band profiles from different countries were different and were specific for each country and could be used as a bar code to discriminate the origin of the fruits. This method is a new traceability tool which provides fruit products with a unique bar code and makes it possible to trace back the fruits to their original country. Physalis is included in the priority list of many governments¿ horticulture and fruit export plan. It is exported from several countries including Colombia, Egypt, Zimbabwe and South Africa, but Colombia stands out as one of the largest producers, consumers and exporters. Colombia exports of Physalis in 2004 were worth 14 millions USD (El Sheikha et al., 2008a). In Egypt, economical importance of Physalis is rising, due to, achieving a great success in local, Arabic and European markets (El Sheikha, 2004). Physalis as the whole plant has many medicinal properties, including antipyretic

La détermination de l'origine géographique est une demande du système de traçabilité des denrées alimentaires d'import-export. Une hypothèse de retrouver la source d'un produit est en analysant de façon globale les communautés microbiennes de la nourriture et des liens statistiquement cette analyse à l'origine géographique des produits alimentaires. La technique moléculaire employant rADN 26S, 28S profils générés par PCR-DGGE a été utilisée pour détecter la variation dans les structures communautaires de levure et moisissure de fruits (El Sheikha et al., 2009). Nous avons appliqué cette nouvelle technique sur des fruits Physalis de trois pays (Égypte, Colombie, Ouganda) et sur le karité à partir de quatre pays (Cameroun, Mali, Sénégal, Ouganda). Les gels DGGE ont montré des différences significatives dans les schémas de migration. Toutefois, les doublons pour chaque point d'échantillonnage donne statistiquement les modèles DGGE similaires à travers l'étude. Nous avons démontré qu'il y avait un lien entre les populations de levures et l'aire géographique. Les profils de bande de différents pays étaient différentes et sont spécifiques pour chaque pays et pourrait être utilisé comme un code-barres de discriminer l'origine des fruits. Cette méthode est un outil de traçabilité qui offre de nouveaux produits fruitiers avec un code-barre unique et permet de retracer les fruits dans leur pays d'origine. Physalis est inclus dans la liste prioritaire de l'horticulture de nombreux gouvernements et d'exportation de fruits. Il est exporté dans plusieurs pays comme la Colombie, l'Egypte, le Zimbabwe et l'Afrique du Sud, mais la Colombie se distingue comme l'un des plus grands producteurs, consommateurs et exportateurs. Les exportations de la Colombie de Physalis en 2004 ont une valeur de 14 millions d'USD (El Sheikha et al., 2008a). En Egypte, l'importance économique de Physalis est en hausse, en raison, la réalisation d'un grand succès en arabe local, et les marchés européens (E

La détermination de l'origine géographique est une demande du système de traçabilité des denrées alimentaires d'import-export. Une hypothèse de retrouver la source d'un produit est en analysant de façon globale les communautés microbiennes de la nourriture et des liens statistiquement cette analyse à l'origine géographique des produits alimentaires (Montet et al., 2004). La technique moléculaire employant rADN 26S profils générés par PCR-DGGE a été utilisée pour détecter la variation dans les structures communautaires de levure de fruits (El Sheikha et al., 2009). Nous avons appliqué cette nouvelle technique sur des fruits Physalis de trois pays (Égypte, Colombie, Ouganda) et sur le karité à partir de quatre pays (Cameroun, Mali, Sénégal, Ouganda). Les gels DGGE ont montré des différences significatives dans les schémas de migration. Toutefois, les doublons pour chaque point d'échantillonnage donne statistiquement les modèles DGGE similaires à travers l'étude. Nous avons démontré qu'il y avait un lien entre les populations de levures et l'aire géographique. Lorsque rADN 26S des profils ont été analysés par analyse multivariée, distinct des communautés microbiennes ont été détectés. Les profils de bande de différents pays étaient différentes et sont spécifiques pour chaque pays et pourrait être utilisé comme un code-barres de discriminer l'origine des fruits. Cette méthode est un outil de traçabilité qui offre de nouveaux produits fruitiers avec un code-barre unique et permet de retracer les fruits dans leur pays d'origine. Physalis est inclus dans la liste prioritaire de l'horticulture de nombreux gouvernements et d'exportation de fruits. Il est exporté dans plusieurs pays comme la Colombie, l'Egypte, le Zimbabwe et l'Afrique du Sud, mais la Colombie se distingue comme l'un des plus grands producteurs, consommateurs et exportateurs. Les exportations de la Colombie de Physalis en 2004 ont une valeur de 14 millions d'USD (El Sheikha et al., 2008a). En Egypte, l'import

La détermination de l'origine géographique est une exigence du système de traçabilité lors de l'importation-exportation des produits alimentaires. Une hypothèse pour localiser la source d'un produit est d'analyser de façon globale les communautés microbiennes présentes sur l'aliment et de relier cette analyse à l'origine géographique des aliments. La technique moléculaire utilisant les profils générés par PCR-DGGE du rADN 16S, 26S ont été optimisée pour détecter les variations communautaires des (bactéries, levures) structures de Pangasius poisson du Viet Nam récoltés dans différentes fermes d'aquaculture et au cours des différentes saisons et de graines de karité provenant de trois régions du Sénégal. Les profils ADN des différents locations sont différents et suffisamment spécifiques de chaque lieu de prélèvements pour être utilisés comme un code-barre de discrimination de l'origine des poissons et fruits. Cette méthode est un nouvel outil de traçabilité qui offre aux produits fruitiers un code-barre unique et permet donc de relier l'environnement microbien des poissons et fruits à leur origine géographique. (Texte intégral)

La détermination de l'origine géographique est une exigence du système de traçabilité de l'import-export de produits alimentaires. Pour ce faire, les techniques moléculaires employant 16S, 26S rDNA profils générés par PCR-DGGE ont été utilisés pour détecter la variation de la communauté microbienne (bactéries, levures) structures de Pangasius poisson, du Viet Nam récoltés dans différentes fermes d'aquaculture et au cours des différentes saisons et deux Physalis fruits en provenance d'Égypte et de mandarines en provenance de l'Espagne et le Maroc. En cas Physalis, l'écologie de la levure a aussi été étudiée dans le même but. Bacterial bande profils de poissons et de mandarines, de levure et de la bande de Physalis profils spécifiques pour chaque endroit et peuvent être utilisés comme un code barre afin de certifier l'origine du poisson et des fruits. Cette méthode est un nouvel outil de traçabilité, qui fournit de la nourriture biologique unique avec un code à barres et permet de retracer la nourriture à leur emplacement d'origine. (Texte intégral)

La détermination de l'origine géographique est une demande du système de traçabilité des denrées alimentaires d'import-export. Une hypothèse de retrouver la source d'un produit est en analysant de façon globale les communautés microbiennes de la nourriture et des liens statistiquement cette analyse à l'origine géographique des produits alimentaires (Montet et al., 2004). La technique moléculaire employant rADN 26S profils générés par PCR-DGGE a été utilisée pour détecter la variation dans les structures communautaires de levure de fruits (El Sheikha et al., 2009). Nous avons appliqué cette nouvelle technique sur des fruits Physalis de trois pays (Égypte, Colombie, Ouganda) et sur le karité à partir de quatre pays (Cameroun, Mali, Sénégal, Ouganda). Les gels DGGE ont montré des différences significatives dans les schémas de migration. Toutefois, les doublons pour chaque point d'échantillonnage donne statistiquement les modèles DGGE similaires à travers l'étude. Nous avons démontré qu'il y avait un lien entre les populations de levures et l'aire géographique. Lorsque rADN 26S des profils ont été analysés par analyse multivariée, distinct des communautés microbiennes ont été détectés. Les profils de bande de différents pays étaient différentes et sont spécifiques pour chaque pays et pourrait être utilisé comme un code-barres de discriminer l'origine des fruits. Cette méthode est un outil de traçabilité qui offre de nouveaux produits fruitiers avec un code-barre unique et permet de retracer les fruits dans leur pays d'origine. Physalis est inclus dans la liste prioritaire de l'horticulture de nombreux gouvernements et d'exportation de fruits. Il est exporté dans plusieurs pays comme la Colombie, l'Egypte, le Zimbabwe et l'Afrique du Sud, mais la Colombie se distingue comme l'un des plus grands producteurs, consommateurs et exportateurs. Les exportations de la Colombie de Physalis en 2004 ont une valeur de 14 millions d'USD (El Sheikha et al., 2008a). En Egypte, l'import

The determination of geographical origin is a demand of the traceability system of import-export foodstuff. One hypothesis of tracing the source of a product is by analyzing in a global way the microbial communities of the food and links statistically this analysis to the geographical origin of the food (Montet et al., 2004). The molecular technique employing 26S rDNA profiles generated by PCR-DGGE was used to detect the variation in the yeast community structures of fruits (El Sheikha et al., 2009). We applied this new technique on Physalis fruits from three countries (Egypt, Colombia, Uganda) and on shea tree from four countries (Cameroon, Mali, Senegal, Uganda). The DGGE gels showed some significant differences in the migration patterns. However, the duplicates for each sampling location gave statistically similar DGGE patterns throughout the study. We demonstrated that there was a link between the yeast populations and the geographical area. When the 26S rDNA profiles were analyzed by multivariate analysis, distinct microbial communities were detected. The band profiles from different countries were different and were specific for each country and could be used as a bar code to discriminate the origin of the fruits. This method is a new traceability tool which provides fruit products with a unique bar code and makes it possible to trace back the fruits to their original country. Physalis is included in the priority list of many governments¿ horticulture and fruit export plan. It is exported from several countries including Colombia, Egypt, Zimbabwe and South Africa, but Colombia stands out as one of the largest producers, consumers and exporters. Colombia exports of Physalis in 2004 were worth 14 millions USD (El Sheikha et al., 2008a). In Egypt, economical importance of Physalis is rising, due to, achieving a great success in local, Arabic and European markets (El Sheikha, 2004). Physalis as the whole plant has many medicinal properties, including antipyretic

La détermination de l'origine géographique est une demande du système de traçabilité des denrées alimentaires d'import-export. Une hypothèse de retrouver la source d'un produit est en analysant de façon globale les communautés microbiennes de la nourriture et des liens statistiquement cette analyse à l'origine géographique des produits alimentaires. La technique moléculaire employant rADN 26S, 28S profils générés par PCR-DGGE a été utilisée pour détecter la variation dans les structures communautaires de levure et moisissure de fruits (El Sheikha et al., 2009). Nous avons appliqué cette nouvelle technique sur des fruits Physalis de trois pays (Égypte, Colombie, Ouganda) et sur le karité à partir de quatre pays (Cameroun, Mali, Sénégal, Ouganda). Les gels DGGE ont montré des différences significatives dans les schémas de migration. Toutefois, les doublons pour chaque point d'échantillonnage donne statistiquement les modèles DGGE similaires à travers l'étude. Nous avons démontré qu'il y avait un lien entre les populations de levures et l'aire géographique. Les profils de bande de différents pays étaient différentes et sont spécifiques pour chaque pays et pourrait être utilisé comme un code-barres de discriminer l'origine des fruits. Cette méthode est un outil de traçabilité qui offre de nouveaux produits fruitiers avec un code-barre unique et permet de retracer les fruits dans leur pays d'origine. Physalis est inclus dans la liste prioritaire de l'horticulture de nombreux gouvernements et d'exportation de fruits. Il est exporté dans plusieurs pays comme la Colombie, l'Egypte, le Zimbabwe et l'Afrique du Sud, mais la Colombie se distingue comme l'un des plus grands producteurs, consommateurs et exportateurs. Les exportations de la Colombie de Physalis en 2004 ont une valeur de 14 millions d'USD (El Sheikha et al., 2008a). En Egypte, l'importance économique de Physalis est en hausse, en raison, la réalisation d'un grand succès en arabe local, et les marchés européens (E

Fishes in general and tilapia in particular are traded all over the world. However, it is difficult to find out their exact geographical location. One of the techniques used in the traceability of fish and its byproducts consist in analysing in a global way the whole viable and non viable bacterial communities. For this purpose, the molecular technique employing the bacterial 16S DNA banding profiles generated by PCR-DGGE (polymerase chain reaction-Denaturing gradient gel electrophoresis) was used to evaluate the differences between the bacterial profiles of fishes from Vietnam (An Giang, south province) and those of Cameroon (Yagoua, Maga, Lagdo). The different PCR-DGGE 16S rDNA banding profiles obtained were analysed and results showed that there were specific bands for each geographical location though some bands common to Cameroon and Vietnam were observed. This method could be used as a rapid analytical traceability tool for fish products and could be considered as a provider of a unique biological bar code.

Le protocole s'applique à la caractérisation de la structure du génome et à l'évolution des génomes de M. acuminata et de M. balbisiana ; à la construction de cartes physiques autour des marqueurs d'intérêt et des QTLs ; aux études de génomique comparative avec d'autre espèce de monocotylédones ; à l'étude des modèles d'intégration du virus BSV dans les génomes nucléaires de la banane. Le principe, les principaux avantages, le matériel végétal utilisé, le temps nécessaire et les résultats attendus sont présentés. Matériel et méthodes. Cette partie décrit le matériel de laboratoire nécessaire, et les protocoles permettant l'isolement et la lyse des noyaux de cellules de bananier ; la digestion Hind III de ADN à haut poids moléculaire (HPM) et l'analyse électrophorèse sur gels à champ pulsé ; la digestion Hind III à grande échelle de ADN à HPM et ligation au vecteur pINDIGOBAC-5 ; l'analyse des clones recombinants de BAC. Elle mentionne les principaux problèmes pouvant se poser. Résultats. Les protocoles présentés permettent de construire des bibliothèques de BAC à partir d'espèces du genre Musa. Ces bibliothèques peuvent être utilisées pour construire des cartes physiques et sélectionner des régions du génome à séquencer.

introduction. La consommation des agrumes et de leur jus s'est fortement développée pendant ces dernières décennies. Cependant, à l'heure actuelle, la traçabilité de cette filière est uniquement documentaire. En cas de doute ou de fraude, aucune analyse normalisée ne permet de discriminer ou de déterminer l'origine géographique de la culture du fruit. Matériel et méthodes. Une méthode d'écologie bactérienne, la PCR-DGGE, a été utilisée pour caractériser la flore bactérienne des clémentines importées en France d'Espagne et du Maroc afin de montrer qu'il existe une relation entre les communautés bactériennes des fruits et leurs origines géographiques. Le principe repose sur la détermination de marqueurs biologiques spécifiques d'une localisation donnée. Les protocoles d'extraction et d'amplification des ADN microbiens ont été optimisés. Résultats. Le profil de DGGE étudié par une analyse multivariée a permis de déterminer les profils microbiens spécifiques des différentes régions étudiées. Conclusion. Nous proposons d'utiliser la méthode de la PCR-DGGE comme un nouvel outil de traçabilité qui fournirait un code barres unique aux produits issus d'agrumes et permettrait de relier les agrumes à leur zone de culture originale.

La détermination de l'origine géographique est une exigence du système de traçabilité de l'import-export de produits alimentaires. Pour ce faire, les techniques moléculaires employant 16S profils générés par PCR-DGGE ont été utilisés pour détecter la variation de la communauté microbienne (bactéries) structures de Pangasius poisson, du Viet Nam récoltés dans différentes fermes d'aquaculture et au cours des différentes saisons. Cette méthode est un nouvel outil de traçabilité, qui fournit de la nourriture biologique unique avec un code à barres et permet de retracer la nourriture à leur emplacement d'origine. (Texte intégral)

The determination of geographical origin is a demand of the traceability system of import-export food products. For this purpose, molecular techniques employing 16S, 26S rDNA profiles generated by PCR-DGGE (polymerase chain reaction - denaturing gradient gel electrophoresis) were used to detect the variation in microbial community (bacteria, yeast) structures of Pangasius fish from Viet Nam harvested in different aquaculture farms and during different seasons and two fruits Physalis from Egypt and mandarins from Spain and Morocco. In Physalis case, ecology of yeasts was also studied for the same purpose. Bacterial band profiles of fish and mandarins, and yeast band profiles of Physalis were specific for each location and could be used as a bar code to certify the origin of fish and fruits. This method is a new traceability tool which provides food with a unique biological bar code and makes it possible to trace back the food to their original location.

La détermination de l'origine géographique est une des exigences de la traçabilité des produits alimentaires. Notre hypothèse était que l'environnement de l'aliment pouvait avoir une influence sur la diversité des flores bactériennes commensales des poissons. L'origine géographique des poissons a donc été approchée par la caractérisation de la flore microbienne spécifique de la ferme de production ou du lieu de transformation et de stockage. Une technique de biologie moléculaire couplée à une analyse d'images et à des méthodes statistiques a été développée afin de relier les profils bactériens obtenus par PCR-DGGE à l'origine géographique des fermes aquacoles. Dans la première partie, nous avons différencié par DGGE des poissons d'espèces différentes qui venaient de sites différents: les bars de France, les poissons-chats Pangasius du Vietnam et du Cambodge. Les profils DGGE microbiens des poissons et de l'eau d'un même étang sont étroitement similaires, confirmant notre hypothèse de départ. Le séquençage des bandes issues de la DGGE a permis d'identifier les souches bactériennes dominantes des poissons-chats au Vietnam. Dans la deuxième partie, nous avons confirmé la pérennité des profils microbiens au cours de la saison des pluies et de la saison sèche au Vietnam. Les poissons péchés en mer ont un profil bactérien variable alors que la même espèce élevée en aquarium obtient un profil similaire pour tous les poissons. Les traitements de transformation tels que le séchage et le marinage ont une forte influence sur la communauté bactérienne des poissons. La congélation ou la réfrigération ne modifient pas fortement les profils DGGE. La persistance des marqueurs bactériens au cours des traitements technologiques a été vérifiée au niveau industriel dans une usine de transformation en filets des poissons-chats Pangasius qui sont les principaux produits exportés du Vietnam. L'écologie bactérienne des poissons a été suivie par PCRDGGE à chaque étape de leur transformation

Les mycoplasmes sont des bactéries dépourvues de paroi qui dérivent de bactéries Gram plus. Il existe un groupe d'espèces, appelé le "Groupe mycoides" qui rassemble des espèces pathogènes pour les ruminants bien qu'il soit phylogénétiquement proche d'espèces pathogènes de plante. Leur génome est très réduit, environ un million de paires de bases et peu riche en G + C, environ 25%. Parmi ce groupe, Mycoplasma mycoides subsp. mycoides LC (MmmLC) est un agent responsable d'agalaxie contagieuse chez les chèvres. Il est très proche de Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC (MmmSC) qui est l'agent responsable de la péripneumonie contagieuse bovine et dont le génome de la souche de référence était disponible. En raison de cette proximité nous avons décidé de séquencer complètement le génome d'une souche de MmmLC afin de pouvoir réaliser des études de génomique comparative. Préalablement au séquençage et à l'assemblage, nous avons évalué la taille du génome avec la technique d'électrophorèse en champs pulsé. Nous avons pu ensuite contrôler l'assemblage obtenu en comparant les données expérimentales "in-silico" avec les résultats d'électrophorèse. De plus nous avons réalisé des "Southern blots" afin de vérifier si les séquences dupliquées chez MmmSC l'étaient également chez MmmLC. La comparaison avec les génomes complets déjà disponibles pour des souches du "Groupe mycoides" a permis d'identifier un locus intéressant pour développer des PCR spécifiques. Ce locus comprend des gènes ou des fragments de gènes appartenant chez certaines bactéries à un opéron de "voie de déimination de l'arginine". Le nombre ainsi que l'agencement et la séquence de ces gènes varie d'une espèce à l'autre au sein du "Groupe mycoides". Il a ainsi été possible de développer une PCR spécifique pour Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae, l'agent de la pleuropneumonie contagieuse caprine en amplifiant un fragment du gène arcD et une PCR spécifique de M putrefaciens, un agent d'agalaxie contagieus

La détermination de l'origine géographique est une exigence du système de traçabilité de l'import-export de produits alimentaires. Pour ce faire, les techniques moléculaires employant 16S profils générés par PCR-DGGE ont été utilisés pour détecter la variation de la communauté microbienne (bactéries) structures de Pangasius poisson, du Viet Nam récoltés dans différentes fermes d'aquaculture et au cours des différentes saisons. Cette méthode est un nouvel outil de traçabilité, qui fournit de la nourriture biologique unique avec un code à barres et permet de retracer la nourriture à leur emplacement d'origine. (Texte intégral)

The determination of geographical origin is a demand of the traceability system of import-export food products. For this purpose, molecular techniques employing 16S, 26S rDNA profiles generated by PCR-DGGE (polymerase chain reaction - denaturing gradient gel electrophoresis) were used to detect the variation in microbial community (bacteria, yeast) structures of Pangasius fish from Viet Nam harvested in different aquaculture farms and during different seasons and two fruits Physalis from Egypt and mandarins from Spain and Morocco. In Physalis case, ecology of yeasts was also studied for the same purpose. Bacterial band profiles of fish and mandarins, and yeast band profiles of Physalis were specific for each location and could be used as a bar code to certify the origin of fish and fruits. This method is a new traceability tool which provides food with a unique biological bar code and makes it possible to trace back the food to their original location.

Le protocole s'applique à la caractérisation de la structure du génome et à l'évolution des génomes de M. acuminata et de M. balbisiana ; à la construction de cartes physiques autour des marqueurs d'intérêt et des QTLs ; aux études de génomique comparative avec d'autre espèce de monocotylédones ; à l'étude des modèles d'intégration du virus BSV dans les génomes nucléaires de la banane. Le principe, les principaux avantages, le matériel végétal utilisé, le temps nécessaire et les résultats attendus sont présentés. Matériel et méthodes. Cette partie décrit le matériel de laboratoire nécessaire, et les protocoles permettant l'isolement et la lyse des noyaux de cellules de bananier ; la digestion Hind III de ADN à haut poids moléculaire (HPM) et l'analyse électrophorèse sur gels à champ pulsé ; la digestion Hind III à grande échelle de ADN à HPM et ligation au vecteur pINDIGOBAC-5 ; l'analyse des clones recombinants de BAC. Elle mentionne les principaux problèmes pouvant se poser. Résultats. Les protocoles présentés permettent de construire des bibliothèques de BAC à partir d'espèces du genre Musa. Ces bibliothèques peuvent être utilisées pour construire des cartes physiques et sélectionner des régions du génome à séquencer.

La détermination de l'origine géographique est une des exigences de la traçabilité des produits alimentaires. Notre hypothèse était que l'environnement de l'aliment pouvait avoir une influence sur la diversité des flores bactériennes commensales des poissons. L'origine géographique des poissons a donc été approchée par la caractérisation de la flore microbienne spécifique de la ferme de production ou du lieu de transformation et de stockage. Une technique de biologie moléculaire couplée à une analyse d'images et à des méthodes statistiques a été développée afin de relier les profils bactériens obtenus par PCR-DGGE à l'origine géographique des fermes aquacoles. Dans la première partie, nous avons différencié par DGGE des poissons d'espèces différentes qui venaient de sites différents: les bars de France, les poissons-chats Pangasius du Vietnam et du Cambodge. Les profils DGGE microbiens des poissons et de l'eau d'un même étang sont étroitement similaires, confirmant notre hypothèse de départ. Le séquençage des bandes issues de la DGGE a permis d'identifier les souches bactériennes dominantes des poissons-chats au Vietnam. Dans la deuxième partie, nous avons confirmé la pérennité des profils microbiens au cours de la saison des pluies et de la saison sèche au Vietnam. Les poissons péchés en mer ont un profil bactérien variable alors que la même espèce élevée en aquarium obtient un profil similaire pour tous les poissons. Les traitements de transformation tels que le séchage et le marinage ont une forte influence sur la communauté bactérienne des poissons. La congélation ou la réfrigération ne modifient pas fortement les profils DGGE. La persistance des marqueurs bactériens au cours des traitements technologiques a été vérifiée au niveau industriel dans une usine de transformation en filets des poissons-chats Pangasius qui sont les principaux produits exportés du Vietnam. L'écologie bactérienne des poissons a été suivie par PCRDGGE à chaque étape de leur transformation

introduction. La consommation des agrumes et de leur jus s'est fortement développée pendant ces dernières décennies. Cependant, à l'heure actuelle, la traçabilité de cette filière est uniquement documentaire. En cas de doute ou de fraude, aucune analyse normalisée ne permet de discriminer ou de déterminer l'origine géographique de la culture du fruit. Matériel et méthodes. Une méthode d'écologie bactérienne, la PCR-DGGE, a été utilisée pour caractériser la flore bactérienne des clémentines importées en France d'Espagne et du Maroc afin de montrer qu'il existe une relation entre les communautés bactériennes des fruits et leurs origines géographiques. Le principe repose sur la détermination de marqueurs biologiques spécifiques d'une localisation donnée. Les protocoles d'extraction et d'amplification des ADN microbiens ont été optimisés. Résultats. Le profil de DGGE étudié par une analyse multivariée a permis de déterminer les profils microbiens spécifiques des différentes régions étudiées. Conclusion. Nous proposons d'utiliser la méthode de la PCR-DGGE comme un nouvel outil de traçabilité qui fournirait un code barres unique aux produits issus d'agrumes et permettrait de relier les agrumes à leur zone de culture originale.

Les mycoplasmes sont des bactéries dépourvues de paroi qui dérivent de bactéries Gram plus. Il existe un groupe d'espèces, appelé le "Groupe mycoides" qui rassemble des espèces pathogènes pour les ruminants bien qu'il soit phylogénétiquement proche d'espèces pathogènes de plante. Leur génome est très réduit, environ un million de paires de bases et peu riche en G + C, environ 25%. Parmi ce groupe, Mycoplasma mycoides subsp. mycoides LC (MmmLC) est un agent responsable d'agalaxie contagieuse chez les chèvres. Il est très proche de Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC (MmmSC) qui est l'agent responsable de la péripneumonie contagieuse bovine et dont le génome de la souche de référence était disponible. En raison de cette proximité nous avons décidé de séquencer complètement le génome d'une souche de MmmLC afin de pouvoir réaliser des études de génomique comparative. Préalablement au séquençage et à l'assemblage, nous avons évalué la taille du génome avec la technique d'électrophorèse en champs pulsé. Nous avons pu ensuite contrôler l'assemblage obtenu en comparant les données expérimentales "in-silico" avec les résultats d'électrophorèse. De plus nous avons réalisé des "Southern blots" afin de vérifier si les séquences dupliquées chez MmmSC l'étaient également chez MmmLC. La comparaison avec les génomes complets déjà disponibles pour des souches du "Groupe mycoides" a permis d'identifier un locus intéressant pour développer des PCR spécifiques. Ce locus comprend des gènes ou des fragments de gènes appartenant chez certaines bactéries à un opéron de "voie de déimination de l'arginine". Le nombre ainsi que l'agencement et la séquence de ces gènes varie d'une espèce à l'autre au sein du "Groupe mycoides". Il a ainsi été possible de développer une PCR spécifique pour Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae, l'agent de la pleuropneumonie contagieuse caprine en amplifiant un fragment du gène arcD et une PCR spécifique de M putrefaciens, un agent d'agalaxie contagieus