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La deficiente minería de cinabrio dejó a San Joaquín altas concentraciones de mercurio en terreros de mina (2.4 – 4164 mg kg-1). Numerosas minas contribuyeron a la dispersión de mercurio en suelos agrícolas (0.5 – 314 mg kg-1) y suelos forestales (0.2 – 69.0 mg kg-1). Los sedimentos son un medio de transporte natural del mercurio, que ocasionan su dispersión, especialmente en áreas cercanas a las bocaminas (0.6 – 687 mg kg-1). La cercanía de los cultivos de maíz a las minas favorece la acumulación de mercurio en sus distintas estructuras como la raíz, el tallo, la hoja y el grano (0.04 – 8.2 mg kg-1), que se relacionan con la acumulación y volatilización de mercurio en suelos. El vapor de mercurio presente en la población puede indicar una volatilización constante de los terreros y suelos (22 – 153 ng m-3). Los niveles de mercurio encontrados en suelos, en los granos de maíz y en el aire resultaron superiores a los estándares reportados por la Norma Oficial Mexicana y la Organización Mundial de la Salud. El mercurio en el agua de lluvia se debe principalmente a las partículas atmosféricas suspendidas y depositadas más tarde en la superficie (1.5 – 339 µg l-1). En el agua potable se encontró disolución de mercurio (10 – 170 ng l-1), siendo las concentraciones menores a las establecidas por la NOM Y OMS. La contaminación existente en la región de San Joaquín no llega a los niveles de los máximos productores de Hg en el mundo: Almadén (España) e Idrija (Eslovenia); sin embargo, se asemeja a la hallada en otros importantes distritos de segundo nivel mundial como Guizhou (China). La población de San Joaquín y su ambiente presentan una exposición constante a la contaminación del mercurio, por lo que es necesario un monitoreo a largo plazo para determinar sus alcances, en especial para el hombre.