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Objetivo: analisar os candidatos in silico aos genes de interesse SERK, BBM e psbA e sua possível ocorrência em espécies do cerrado. Materiais e Métodos: foram testados três diferentes genes como forma de expansão dos estudos e para que fosse possível enquadrar qual gene continha mais sequências relacionadas às frutíferas do cerrado. Resultados: as sequências de interesse das frutíferas do cerrado encontradas e analisadas foram: Barbatimão (Stryphnodendron Mart.), Buriti (Mauritia flexuosa L.f.), Cagaita (Eugenia dysenterica [Mart.] DC.), Cajuzinho (Brysonima intermedia A. Juss.), Guaçatonga (Casearia syestris Sw.), Jenipapo (Genipa americana L.), Joá-bravo (Solanum viarum Dunal), Pau-terra (Qualea grandiflora Mart.), Pequi (Caryocar brasiliense Cambess.), todas identificadas com seus respectivos descritores botânicos. Conclusão: tal análise possibilitou a discussão e enfoque desta pesquisa subsidiando o desenvolvimento futuro de marcadores fisiológicos, histo-anatômicos e moleculares estádios-específicos, como estratégia para o estudo dos processos da embriogênese zigótica e somática, assim como organogênicos para espécies agronômicas e nativas.

The objective of this study was to identify in Angus and Brangus breed animals with extreme temperament, measured as exit velocity, genomic regions and candidate genes associated with bovine temperament. The population was genotyped with the Genomic Profiler HD 150K chip and after the genome-wide association analysis, the SNPs rs133956611 (P=2.65 E-06) and rs81144933 (P=9.58 E-06) were associated with temperament. The mapping analysis of the regions close to the SNP rs81144933 identified the SNCA (alpha-synuclein) and MMRN1 (multimerin-1) genes at 222.8 and 435.9 Kb downstream respectively, while for the rs133956611 loci the gene GPRIN3 (GPRIN family-member-3) was identified at 245.7 Kb upstream, all three genes are located on the BTA6 chromosome. The analysis of SNCA protein-protein interactions allowed the identification of the genes APP (β-amyloid precursor protein), PARK7 (parkinsonism-associated-deglycase), UCHL1 (ubiquitin-C-terminal-hydrolase-L1), PARK2 (parkin-RBR- E3-ubiquitin-protein-ligase), and genes of the SLC family as candidates to be associated with bovine temperament. All these candidate genes and their interacting were resequenced, which allowed the discovery of new SNPs in the SNCA and APP genes. Of these, the SNPs located in introns 5, 8 and 11 of the APP gene affect splicing site motifs. These results indicate that SNCA and its interacting genes are candidates to be related to bovine temperament.

El complejo mancha de asfalto (CMA) en maíz (Zea mays L.), causado por los hongos Phyllachora maydis Maubl. y Monographella maydis Müller & Samuels, es una enfermedad de importancia económica en Guatemala, causando pérdida en el rendimiento entre 30 a 50%, inclusive del 100% si las condiciones son favorables. El objetivo de esta investigación fue identificar marcadores de un solo nucleótido o SNP (Single Nucleotide Polymorphism, por sus siglas en inglés) y genes candidatos asociados a la tolerancia genética al CMA. Para ello se analizaron 463 poblaciones nativas y 329,692 SNP, y se compararon dos modelos genómicos, single marker y BayesB, para la identificación de regiones asociadas a la tolerancia genética al CMA. Se identificaron 40 marcadores SNP asociados significativamente a la tolerancia genética al CMA con ambos modelos. La proporción de variación fenotípica total explicada (PVE) por los 40 SNPs fue de 56%, atribuida a efectos genéticos aditivos. Múltiples genes de resistencia fueron identificados en las regiones señaladas por los marcadores SNP, siendo sus principales funciones receptores y transductores de señal, factores de transcripción que regulan positivamente la expresión de genes de resistencia y genes de la familia kinasa, por lo que potencialmente están involucrados en el mecanismo de defensa al CMA.

El objetivo del estudio fue analizar las frecuencias alélicas de 28 Polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) localizados en genes candidatos para crecimiento en bovinos, así como determinar su efecto sobre rasgos de peso vivo en hatos de las razas Charolais y Simmental. Se tomaron muestras de pelo de 313 animales provenientes de cinco hatos ubicados en cuatro municipios de Tamaulipas y se genotipificaron con la tecnología de Sequenom Mass Array.Todos los marcadores resultaron ser polimórficos en las poblaciones evaluadas y sus frecuencias alélicas fueron significativamente diferentes entre razas (P

Introdução: A insuficiência ovariana primária (IOP) é uma condição heterogênea com múltiplas etiologias, que acomete um grande número de mulheres e com repercussões importantes na saúde geral e psicológica, especialmente pelo estigma da infertilidade em mulheres jovens. A presença de amenorréia, hipogonadismo hipergonadotrófico e hipoestrogenismo em mulheres com menos de 40 anos caracterizam a insuficiência ovariana primária. As causas da IOP envolvem processos infecciosos, doenças metabólicas e autoimunes, fatores ambientais e iatrogênicos além das causas genéticas. Nos últimos anos, o número de genes identificados, que desempenham um papel na etiologia da IOP em humanos e em modelos animais tem crescido exponencialmente, mas apesar disso, um grande número de mulheres continua sem um diagnóstico estabelecido. As técnicas de citogenômica, Comparative Genomic Hybridization Array (array-CGH) e Single Nucleotide Polymorphism Array (SNP-array), permitem avaliar todo o genoma na detecção de variação no número de cópias (copy number variants-CNVs) genômicas, baixos níveis de mosaicismos e perda de heterozigose com rapidez e acurácia, e tem contribuído no esclarecimento das causas da IOP. O objetivo deste estudo foi pesquisar a presença de deleções ou duplicações submicroscópicas raras em pacientes portadoras de IOP sem causa etiológica estabelecida e identificar novas regiões cromossômicas e/ou novos genes possivelmente relacionados à doença. Pacientes e Métodos: Setenta e cinco pacientes portadoras de IOP de causa não determinada foram selecionadas, 53 apresentavam amenorreia primária e 22 pacientes amenorreia secundária. Todas as pacientes apresentavam cariótipo 46,XX. As técnicas de array utilizadas no estudo foram array-CGH (plataforma 180K DNA microarray, Agilent Technologies) e SNP array (CytoScan HD array 750K, Affymetrix). As CNVs identificadas foram comparadas com CNVs relatadas em bancos de dados de indivíduos normais (Database of Genomic Variants - DGV) e de dados associados a anomalias e variações cromossômicas (Decipher). Uma ampla análise do conteúdo gênico das CNVs raras foi realizada utilizando-se diferentes ferramentas de bioinformática (OMIM, Pubmed, Ovarian Kaleidoscope Database e Mouse Genome Informatics). Resultados: Dezenove CNVs raras foram identificadas em 18 pacientes, sete deleções e doze duplicações, a maioria delas localizadas em autossomos. Cinco CNVs foram categorizadas como patogênicas, duas provavelmente patogênicas e doze variantes de significado clínico incerto (VUS). As CNVs patogênicas e provavelmente patogênicas e os genes candidatos contidos nessas regiões foram respectivamente: deleção (del) de 14,5 Mb em Xq27.2q28 (genes FMR1 e FMR2); duplicação (dup) de 41,4 Mb em Xq22.1q27.1 (genes XPNPEP2, COL4A6, NXF5 e PGRMCI); dup de 2,7 Mb em 20p13; del de 1,7 Mb em15q25.2 (genes CPEB1 e BNC1); del de 1,0 Mb em Xq13.2 (gene XIST), dup de 0,55 Mb em 2q37.3 (gene PER2) e dup de 0,33 Mb em 19q13.43 (gene NLRP5). As CNVs localizadas nas regiões Xq27.2q28, Xq22.1q27.1 e 15q25.2 foram regiões genômicas previamente descritas em pacientes com IOP. Em sete CNVs, a análise do conteúdo gênico indicou potenciais candidatos associados à disfunção ovariana: PTGFR (1p31.1), XDH e EHD3 (2p23.1), PER2 (2q37.3), KDM4C (9p24.1), NLRP5 (19q13.43), ZNRF3 (22q12.1) e XIST (Xq13.2). Conclusão: A análise de microarray desta coorte de mulheres portadoras de IOP permitiu o reconhecimento de 19 CNVs raras, das quais duas regiões no cromossomo X (Xq22.1q27.1 e Xq27.2q28), e uma em autossomo (15q25.2), consistem em desequilíbrios genômicos recorrentes, já descritos previamente em IOP. Novos genes e novas vias potencialmente envolvidas na patogênese ovariana foram sugeridas pelos achados, porém o real envolvimento destes genes na etiologia da IOP deverá ser elucidado por estudos complementares. Introduction: Primary ovarian insufficiency (POI) is a heterogeneous condition with multifactorial etiologies. It affects a large number of women and has important impacts on general physical and psychological health, especially due to the stigma associated with infertility in young women. Amenorrhea, hypergonadotropic hypogonadism, and hypoestrogenism in women under 40 years of age are features of POI. Causes of POI include infectious processes, metabolic and autoimmune diseases, environmental, iatrogenic, and genetic factors. In recent years, the number of genes identified as playing a role in the etiology of human and animal model POI has grown exponentially. Nevertheless, in many women with POI, the specific etiology is not established. Microarraybased cytogenomic techniques such as array comparative genomic hybridization (array-CGH) and single nucleotide polymorphism array (SNP array) promote a quick and accurate evaluation of the entire genome for the existence of copy number variants (CNVs), low-level mosaicism, and loss of heterozygosity, and have contributed to the elucidation of POI etiologies. The aims of the present study were to determine the presence of rare submicroscopic deletions (del) or duplications (dup) in POI patients with no established specific etiology and to identify novel chromosomal regions and/or genes potentially associated with disease risk. Patients and Methods: Seventy-five patients with POI of undetermined origin were selected (53 with primary amenorrhea and 22 with secondary amenorrhea). All patients had 46,XX karyotype. Array-CGH (180K DNA microarray platform, Agilent Technologies) and SNP-array (CytoScan HD Array 750K, Affymetrix) were employed to detect genetic variants. Identified CNVs were compared with those reported in databases containing data associated with both normal individuals (Database of Genomic Variants (DGV)) and anomalies or chromosomal variations (DECIPHER). A broad analysis of the gene content of rare CNVs was performed using various bioinformatic databases and tools (OMIM, PubMed, Ovarian Kaleidoscope Database, and Mouse Genome Informatics). Results: The study identified 19 rare CNVs (n = 18 patients), seven deletions, and 12 duplications, largely located within autosomes. Five CNVs were categorized as pathogenic, two as likely pathogenic, and 12 as variants of unknown significance (VUS). Candidate genes relevant to the seven pathogenic and likely pathogenic CNVs are as follows: FMR1 and FMR2 (14.5 Mb del in Xq27.2q28); XPNPEP2, COL4A6, NXF5, and PGRMCI (41.4 Mb dup in Xq22.1q27.1); none (2.7 Mb dup in 20p13); CPEB1 and BNC1 (1.7 Mb del in 15q25.2); XIST (1.0 Mb del in Xq13.2); PER2 (0.55 Mb dup in 2q37.3); and NLRP5 (0.33 Mb dup in 19q13.43). Those CNVs located in Xq27.2q28, Xq22.1q27.1, and 15q25.2 involve genomic regions previously implicated in POI. Analysis of gene content within the seven pathogenic and potentially pathogenic CNVs identified in this patient cohort indicate additional potential candidates associated with ovarian dysfunction: PTGFR (1p31.1), XDH and EHD3 (2p23.1), PER2 (2q37.3), KDM4C (9p24.1), NLRP5 (19q13.43), ZNRF3 (22q12.1), and XIST (Xq13.2). Conclusion: Microarray analysis of this cohort of POI patients detected 19 rare CNVs, of which: two involved the X chromosome (Xq22.1q27.1 and Xq27.2q28) and one autosomal (15q25.2) CNV had been previously described as recurrent in POI. Findings suggest novel genetic and functional pathways potentially involved in POI pathogenesis. Candidate gene involvement should be validated and elucidated by further studies.

Orientador: Edi Lúcia Sartorato Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: A dislexia é definida como um distúrbio, ou transtorno de aprendizagem na área da leitura, escrita e soletração, que ocorre apesar de uma adequada inteligência e oportunidade sociocultural. A etiologia desse distúrbio se deve, em parte, a um importante componente genético. Ao todo, nove loci no genoma foram identificados por meio de estudos de ligação, e sete genes proeminentes foram propostos como candidatos à dislexia: DYX1C1, KIAA0319, DCDC2, ROBO1, MRPL19, C2ORF3 e KIAA0319L, mas nenhuma mutação funcional nesses genes foi efetivamente relacionada com a causa do distúrbio até o momento. O objetivo deste estudo foi verificar a relação de dados moleculares com a manifestação do distúrbio em 49 famílias de escolares brasileiros com diagnóstico de dislexia. Para isso, foi investigada a presença de grandes deleções e duplicações em algumas regiões dos genes candidatos DCDC2, KIAA0319 e ROBO1 pela técnica de Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA), utilizando o kit SALSA MLPA P150 (MRC-Holland, Amsterdam, The Netherlands). E além disso, foi realizado um estudo de associação utilizando 4 SNPs (Single Nucleotyde polymorphisms) presentes no gene DYX1C1, que já haviam sido relacionados com o fenótipo na literatura. A técnica de MLPA foi aplicada pela primeira vez na pesquisa de mutações em genes candidatos para a dislexia, este método foi reprodutível e o padrão de variação total por sonda foi baixo, porém a análise não revelou nenhuma deleção ou duplicação nas regiões de ligação das sondas nos genes estudados. Algumas modificações no kit de dislexia P150 foram sugeridas ao fabricante visando o aprimoramento para estudos futuros. Na etapa seguinte, a genotipagem dos SNPs foi realizada por PCR em tempo real, e a estratégia utilizada no estudo de associação foi o Teste de Transmissão de Desequilíbrio de Ligação (TDT). Nenhuma associação foi obtida para os marcadores estudados. As aparentes discrepâncias de nossos resultados com estudos anteriores podem ser explicados pelas diferenças na definição do fenótipo, a ancestralidade da amostra, o desenho do estudo, e as interações com efeitos ambientais que diferem entre populações. Esse resultado não descarta a participação do gene DYX1C1 na etiologia da dislexia, o aumento do número da amostra e de marcadores para estudos posteriores é fundamental para que se possa fazer uma análise mais completa do envolvimento desse gene no fenótipo, o que poderá fornecer importantes informações para o entendimento da dislexia e para futuros protocolos de diagnósticos e de conduta para os indivíduos afetados Abstract: Dyslexia or reading disability is a learning disorder associated with difficulty in learning to read, writing and spelling, despite adequate intelligence and educational opportunities, with a significant heritable trait. At least nine loci in the genome were related through linkage studies, and seven prominent genes were associated with dyslexia: DYX1C1, KIAA0319, DCDC2, ROBO1, MRPL19, C2ORF3 and KIAA0319L but no functional mutation in these genes was indeed related with the disorder cause so far. The intent of this study was access the contribution of these genes in the learning disorder molecular etiology, in a sample 49 families of dyslexic Brazilian individuals. Large deletions and duplications in the candidate genes DCDC2, KIAA0319 and ROBO1 were investigated by Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) technique, using the SALSA MLPA P150 kit (MRC-Holland, Amsterdam, The Netherlands). In addition, an association study was performed using 4 SNPs (Single Nucleotyde polymorphisms) in DYX1C1 gene, which had already related to the phenotype in the literature. The MLPA technique was applied for the first time in the search for candidate genes mutations in dyslexia, this method was reproducible and the overall standard variation per probe was low, but the analysis revealed no deletion or duplication in probes binding regions in the studied genes. Some modifications in the SALSA MLPA P150 kit have been suggested to the manufacturer attempting to improve it for future studies. In the next stage, SNPs genotyping was performed by real time PCR, and the strategy used in the association study was the Transmission Disequilibrium Test (TDT). No association was obtained for the markers. The apparent discrepancies of our results with previous studies can be explained by phenotype definition differences, the sample ancestry, study design, and interactions with environmental effects that differ between populations. This result does not rule out the involvement of DYX1C1 gene in the dyslexia etiology, the increase of the sample and markers numbers for future studies is essential to make a more complete analysis of this gene involvement in phenotype, which may provide important information to the dyslexia understanding and future diagnostic protocols and conduct for affected individuals Mestrado Genética Animal e Evolução Mestre em Genética e Biologia Molecular

Se investiga la relación entre la variabilidad genética y el riesgo a desarrollar cáncer de próstata siguiendo un estudio de casos y controles a partir de 291 individuos diagnosticados de PCa (casos) y 249 individuos aparentemente sanos (controles), pertenecientes a la población de Galicia. La diagnosis de los fenotipos moleculares se ha efectuado mediante estrategias de MALDI-TOF en plataformas de genotipado Sequenom, a partir de una batería de 19 SNPs, pertenecientes a genes candidatos estrechamente relacionados con la biología molecular de la carcinogénesis (BCL2, CASP9, CASP8, CASP3, CASP7, FAS, FASLG, BIRC5, TP53, MDM2, CDKN1A, CDKN1B). De los marcadores considerados, por primera vez se aborda el análisis, en cáncer de próstata, de un total de 7, correspondientes a los loci CASP3, CASP7, BIRC5, MDM2, CDKN1A y CDKN1B. Adicionalmente, se analizan dos marcadores inéditos en cáncer en el locus FAS (rs3740286, rs10509561). A partir de la distribución de frecuencias genotípicas, la relación con el PCa ha sido abordada desde una perspectiva global, y sobre todo, a partir de análisis de estratificación en los que se ha hecho especial hincapié en la identificación de los intervalos de impacto y la optimización de tales intervalos. De los resultados alcanzados, merece especial mención el impacto derivado de la variabilidad genética de los marcadores FAS (rs3740286), FASLG (rs763110), MDM2 (rs937283) o CASP7 (rs11196418), los cuales son de relevancia en la prognosis del PCa. 2022-04-23

El objetivo fue identificar y predecir la ubicación de polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) en genes relacionados al crecimiento de la fibra. Se realizó el estudio con un total de 31 genes de queratina (KRT9, KRT12, KRT13, KRT14, KRT16, KRT18, KRT20, KRT25, KRT1, KRT3, KRT5, KRT6a, KRT6b, KRT6c, KRT7, KRT8, KRT71, KRT80, KRT31, KRT32, KIRT40, KRT81, KRT82, KRT10, KRT15, KRT17, KRT19, KRT2, KRT4, KRT79 y KRT83) asociados con las características de lana, fibra y pelo en ovinos, cabras y humanos respectivamente, cuyas secuencias fueron encontradas en la base de datos del National Center for Biotechnology Information (NCBI). Mediante el uso de bases de datos y herramientas bioinformáticas como el Conserved Domains Database, Spling, y MegaBlast se logró ubicar secuencias únicas para cada gen. Estas secuencias fueron comparadas con los genomas de referencia Vicugna_pacos-2.0.2 y Vi_pacos_V1.0. Se identificaron 48 PNSs ubicados en las regiones intrónicas y exónicas de 22 genes. No se localizaron PNSs en o alrededor de los genes KRT10, KRT15, KRT17, KRT19, KRT2, KRT4, KRT6b, KRT6c y KRT79. El análisis comparativo entre las cuatro especies estudiadas permitió observar que los genes KRT81, KRT6b y KRT6c no están presentes en los genomas de referencia de alpaca, los genes KRT31, KRT14, KRT81, KRT83, KRT6b y KRT6c no están presentes en el genoma de referencia de ovino y los genes KRT31, KRT13, KRT81, KRT83, KRT6b y KRT6c no están presentes en el genoma de referencia de cabra. The objective was to identify and predict the location of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes related to fiber growth. The study was carried out with 31 keratin genes (KRT9, KRT12, KRT13, KRT14, KRT16, KRT18, KRT20, KRT25, KRT1, KRT3, KRT5, KRT6a, KRT6b, KRT6c, KRT7, KRT8, KRT71, KRT80, KRT31, KRT32, KIRT40, KRT81, KRT82, KRT10, KRT15, KRT17, KRT19, KRT2, KRT4, KRT79 y KRT83) associated with wool, fiber and hair characteristics in sheep, goat and human, respectively. These gene sequences were retrieved from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. Using databases and bioinformatics tools such as the Conserved Domains database, Spling and Megablast, unique sequences for each gene were identified. These sequences were compared to the reference genomes: Vicugna_pacos-2.0.2 and Vi_pacos_V1.0 to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs). In this manner, 48 SNPs were identified and localized in both intronic and exonic regions of 22 genes. We did not identify SNPs for KRT10, KRT15, KRT17, KRT19, KRT2, KRT4, KRT6b, KRT6c and KRT79. Comparative analysis among the four species studied allow to identify that sequences for KRT81, KRT6b and KRT6c genes are not present in the alpaca reference genomes. Similarly, genes KRT31, KRT14, KRT81, KRT83, KRT6b and KRT6c are not present in the ovine reference genome and, genes KRT31, KRT13, KRT81, KRT83, KRT6b and KRT6c are not present in the goat reference genome.

Objetivo. Caracterizar dos polimorfismos genéticos tipo SNP en los genes GLI1 (rs411868094) y IL20RA (rs419463995) candidatos a la resistencia contra parásitos gastrointestinales en dos biotipos de ovinos de pelo colombiano. Materiales y métodos. Del banco de ADN del laboratorio de Genética Animal de la Universidad de Sucre, se analizaron 167 muestras de ovino de pelo colombiano (OPC), pertenecientes a los biotipos Etíope (n=94) y Sudán (n=73), mediante PCR y secuenciamiento bidireccional dos SNPs en los genes GLI1 (T>G) y IL20RA (G>A). Se calcularon las frecuencias alélicas y genotípicas, la heterocigocidad observada (Ho) y esperada (He), el índice F y las desviaciones del equilibrio de Hardy-Weinberg (EHW) con el programa GENALEX versión 6.5. Resultados. Para el gen GLI1 para todo el OPC las frecuencias genotípicas promedio fueron 0.155±0.07, 0.370±0.07 y 0.475±0.07 para GG, GT y TT, respectivamente. En el biotipo Etíope, se encontraron las frecuencias más altas del genotipo GG. Para el gen IL20RA en todo el OPC, los genotipos AA y AG tuvieron similar frecuencia (0.465±0.03) y el genotipo GG mostró la frecuencia más baja (0.110±0.01). Conclusiones. Las variantes genéticas analizadas fueron polimórficas. Según los reportes de literatura, los alelos de interés por su mejor desempeño contra los parásitos gastrointestinales, tuvieron baja frecuencia en el gen GLI1, pero alta frecuencia en el IL20RA.

Orientadores: Fernando Ferreira Costa, Anderson Ferreira da Cunha Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: Os mecanismos moleculares envolvidos no perfil de expressão durante a eritropoese tem sido objeto de numerosas investigações como, por exemplo, o estudo da regulação gênica em células de linhagem eritroide. Esses estudos permitem a identificação de novos genes com potencial participação nesse processo e, adicionalmente, possibilitam um melhor entendimento dos genes já identificados na maturação das células eritroides e que possam estar envolvidos na produção de hemoglobinas. Nosso grupo de pesquisa identificou os diversos genes diferencialmente expressos durante a eritropoese. Dentre eles, os fatores de transcrição, EYA3 e HES6 e a latexina, LX, apresentaram maior expressão na fase final da eritropoese in vitro. Nossos dados sugerem participação dos genes EYA3 e LX, nas fases intermediaria e final da diferenciação eritroide, na expressão dos genes das globinas alfa e gama e na produção de HbF in vitro. Adicionalmente, no modelo in vivo zebrafish, os genes eya1, eya2, eya3, eya4, hes6 e hes13 apresentaram padrão de expressão ubíquo, enquanto que o gene lxn apresentou expressão especifica na ICM, tornando-o o candidato mais promissor para ser silenciado. O silenciamento desse gene em zebrafish apresentou fenótipo anêmico em embriões 72hpf, mas não em 48hpf, sugerindo que a anemia e decorrente de um processo no final da diferenciação eritroide, corroborando os dados encontrados em cultura in vitro. Estudos adicionais são necessários para compreensão dos mecanismos e vias envolvidos na participação do gene LX, durante o processo de diferenciação eritroide. Outros genes com potencial participação no processo de eritropoese são CLPX, TRAK2 E GFI. O gene CLPX codifica a caseinolytic peptidase X, uma proteína xvii altamente conservada durante a evolução e que apresenta função de chaperona dependente de ATP. Os dados deste trabalho mostram que o silenciamento do gene clpx1 reduziu significativamente os níveis de hemoglobinizacao e produção de eritrócitos em zebrafish. Contudo, estudos adicionais para o gene clpx2 precisam ser realizados para melhor compreender a possível função desses genes na produção de Heme. O gene TRAK2, por sua vez, e uma Trafficking Protein, Kinesin-Binding 2, envolvida no movimento da mitocôndria ao longo dos microtubulos. Os resultados obtidos em colaboração com o pesquisador Jeffrey Miller, M.D. (NIH/NIDDK) mostraram envolvimento desse gene na eritropoese em modelo in vitro de cultura primaria. No presente estudo, dentre os ortologos para o gene TRAK2 humano avaliados, apenas o trak1.1 parece ter sua função conservada nos teleósteos. O silenciamento desse gene gerou fenótipo anêmico nos embriões avaliados, corroborando os dados obtidos originalmente em cultura de células primaria. Finalmente, os fatores de transcrição de zebrafish gfi1aa, gfi1ab e gfi1b, ortologos aos fatores de transcrição da família Grow Factor Independence (GFI) em humanos também tiveram seu papel avaliado na hematopoese. Nossos dados mostram participação de gf1aa fase inicial de hematopoese e de gf1b na hematopoese definitiva. Também foi determinada a relação epistática entre os fatores gfi e os fatores de transcrição chave hematopoiéticos, mostrando que gfi1aa e gfi1b, juntamente com lmo2, scl, runx-1 e c-myb atuam como reguladores de HSPC em teleósteos Abstract: Molecular mechanisms involved in expression profile during erythropoiesis have been the subject of numerous investigations such study of gene regulation in erythroid cell culture. These studies allow us to identify new genes potentially involved in erythroid differentiation and additionally to investigate genes already known as regulators of red blood cells and hemoglobin production. Our research group identified several genes differentially expressed during erythropoiesis. Among them, the transcription factors, EYA3 and HES6 and the latexin, LX, were found to have higher expression in the final phase of the in vitro erythropoiesis. Our data suggest that EYA3 and LX, are involved in the intermediate and final stages of erythropoiesis, expression pattern of alfa and gama globin and HbF production in vitro. Additionally in zebrafish model, eya1, eya2, eya3, eya4, hes6 and hes13 showed a ubiquitous expression pattern, while lxn showed specific expression in the ICM, making it the most promising candidate to be knockdowned. lxn knockdown in zebrafish showed anemic phenotype at 72hpf embryos, but not at 48hpf, suggesting that the anemia results is due to a process in the end of the erythroid differentiation, corroborating the results found for in vitro cultures. Additional studies are necessary to understand the mechanisms and pathways involved in the participation of the LX, gene during the process of erythroid differentiation. CLPX, TRAK2 and GFI transcription factors are also potentially candidates to be involved in erythropoiesis. CLPX gene codes for caseinolytic peptidase X, a protein highly conserved during evolution, which presents an ATP-dependent chaperone function. Data from this study showed that clpx1 knockdown reduced significantly hemoglobinization levels and erythroid production in zebrafish. However, future studies xv for the clpx2 gene is needed to better understand the function of these genes in the heme production. TRAK2 gene, in turn, is a Trafficking Protein, Kinesin-Binding 2, involved in mitochondrial movement along microtubules. Results obtained in collaboration with the researcher Jeffrey Miller, M.D. (NIH/NIDDK), showed the involvement of this gene in erythropoiesis in primary culture in vitro models. In this study, from the orthologs for the human TRAK2 gene analyzed, only trak1.1 appears to have its function conserved in teleosts. The silencing of this gene generated anemic phenotype in the embryos tested, corroborating the original results obtained in primary cell culture. Finally, gfi1aa, gfi1ab and gfi1b zebrafish transcription factors, orthologous to the Grow Factor Independence (GFI) family transcription factors in humans, also had their function evaluated in hematopoiesis. Our data suggest is involved in the initial phase of hematopoiesis while gf1b has a role in the definite hematopoiesis. The epistatic relation between the gfi and the hematopoietic key transcription factors was also determined, showing that gfi1aa and gfi1b, together with lmo2, scl, runx-1 and c-myb also act as regulators of HSPC in teleosts Doutorado Genética Vegetal e Melhoramento Doutora em Genética e Biologia Molecular

A rotina de exames para o diagnóstico de infertilidade masculina não sofreu alterações nos últimos vinte anos e os atuais testes genéticos disponíveis são capazes de determinar a etiologia de apenas 4% dos pacientes inférteis não selecionados, portanto, para criar novos testes diagnósticos é necessária a melhor compreensão dos mecanismos moleculares e genéticos da infertilidade masculina. Embora o sequenciamente de nova geração tenha permitido a análise simultânea de centenas de genes, poucos genes candidatos possuem evidência suficiente para serem definitivamente associados à infertilidade masculina. Esse trabalho teve como objetivo realizar o sequenciamento completo do exoma de 16 pacientes brasileiros portadores de azoospermia não obstrutiva e analisar um conjunto de genes previamente associados à infertilidade masculina, em busca de variantes causais. Foram selecionados 37 genes associados aos fenótipos apresentandos de azoospermia não obstrutiva, aplasia de células germinativas e parada de maturação de células germinativas. As variantes encontradas foram confirmadas pelo sequenciamento direto de Sanger e a sua patogenicidade foi prevista por programas de análise in silico. A seleção racional de genes permitiu a detecção de variantes raras e potencialmente patogênicas em seis pacientes. Duas variantes, c.671A> G em DMRT1 e c.91C> T no gene REC8, foram previamente descritas em pacientes azoospérmicos. Também encontramos novas variantes em genes com evidência moderada de associação a defeitos na espermatogênese (TEX15, KLHL10); em genes com evidência limitada (DNMT3B, TEX14) e em um gene ainda sem evidência de associação à infertilidade (SYCE1L). Adicionalmente este trabalho visou estabelecer um protocolo para realização do estudo funcional de variantes identificadas nos genes NR5A1 e DMRT1. Demonstramos que o ensaio da luciferase, tal como descrito para o gene NR5A1, pode ser aplicado para análise do gene DMRT1 humano, apesar de ainda não ser possível tirar conclusões sobre o efeito das variantes selecionados sobre a expressão dos genes analisados. Understanding molecular and genetic mechanisms of male infertility is urgent, in order to create new diagnostic assays, once the routine diagnostic work-up have not changed over the last twenty years and the current available genetic tests are able to determine the etiology of only 4% of unselected infertile patients. The aim of this study was to perform the whole exome sequencing of 16 Brazilian patients with non-obstructive azoospermia searching for causal variants in a set of genes previously associated with male infertility. We selected 37 genes associated with non-obstructive azoospermia, germ cell aplasia and maturation arrest of germ cells. The variants we found were confirmed by Sanger sequencing and their pathogenicity was predicted by in silico programs. The rational selection of genes allowed the detection of rare and potentially pathogenic variants is six patients. Two variants, c.671A> G in DMRT1 and c.91C> T in the REC8 gene, were previously described in azoospermic patients. We also found new variants in genes with moderate evidence of association with defects in spermatogenesis (TEX15, KLHL10); in genes with limited evidence (DNMT3B, TEX14) and in a gene without evidence so far (SYCE1L). In addition, this work aimed to establish a protocol to perform the functional study of variants identified in the NR5A1 and DMRT1 genes. We demonstrated that the luciferase assay, as it is described for the NR5A1 gene, can be applied for analysis of the human DMRT1 gene, although it was not possible to draw conclusions about the effect of the selected variants on the expression of the genes analysed.

Psychopathy is the result of a complex interaction between biological and environmental factors; both participate in the final expression of the phenotype and can modulate the variation regarding beginning, deterioration, and severity. Nevertheless, up to now it has not been possible to determine the circumscribed molecular track and its interaction with environmental factors that shape its expression. However, beyond the progresses regarding diagnostic evaluation, there are some difficulties in the construction of a neurobiological model that contributes to differentiate the antisocial behavior. That is why exploring the molecular-genetic, biochemical and hormonal mechanisms involved in the different neuro-physiological tracks modulated by candidate genes could contribute to determine significantly how the neurobiological findings impact the individual differences in the expression of psychopathy. This article aims to go in depth into those neurobiological mechanisms underlying psychopathy from the expression and regulation of the oxytocinergic system. La psicopatía es el resultado de una compleja interacción de factores biológicos y ambientales, ambos participan en la expresión final del fenotipo y pueden modular la variación en inicio, deterioro y severidad; sin embargo, hasta ahora no se han logrado determinar vías moleculares circunscritas y su interacción con los factores ambientales que modelen su expresión. No obstante, más allá de los avances en la evaluación diagnóstica, hay dificultades en la construcción de un modelo neurobiológico que contribuya a discriminar la conducta antisocial. Por lo tanto, explorar los mecanismos genético-moleculares, bioquímicos y hormonales implicados en las diferentes vías neurofisiológicas moduladas por genes candidatos, podría contribuir significativamente en determinar cómo los hallazgos neurobiológicos impactan las diferencias individuales en la expresión de la psicopatía. Este artículo tiene el propósito de profundizar en aquellos mecanismos neurobiológicos que subyacen a la psicopatía a partir de la expresión y regulación del sistema oxitocinérgico.

FONDAP FONDAP CRG

La llama es el más grande de los Camélidos Sudamericanos domésticos y el más abundante en Argentina. Es una especie productora de fibra que se caracteriza por presentar una gran diversidad de colores y patrones de pigmentación. El color de la fibra tiene un impacto directo sobre su valor comercial, siendo el blanco uno de los colores más buscados. La pigmentación en los mamíferos es un proceso altamente conservado en el cual el color de capa base está dado por la relación entre eumelanina y feomelanina, controlada principalmente por los genes MC1R y ASIP. Se conoce que la producción de eumelanina en la llama está asociada a mutaciones recesivas en la región codificante de ASIP, mientas que los alelos de MC1R muestran asociación con la presencia/ausencia de pigmento. Sin embargo, aún se desconoce el mecanismo molecular que genera el fenotipo blanco. El objetivo general de esta tesis es estudiar a nivel molecular genes que intervienen en la ruta de síntesis de los pigmentos y determinar su rol en la producción del color de capa blanco en llamas. En primer lugar se realizó un estudio de los alelos de MC1R para determinar su asociación con este color. Se logró identificar el alelo dominante de la serie (alelo E) y se confirmó que MC1R*2 está asociado al blanco pero, necesariamente debe existir otro gen implicado en la producción de este fenotipo. En base a esto, se evaluaron distintas hipótesis que plantean mecanismos alternativos para la obtención del fenotipo blanco. Se estudiaron los genes KIT y MITF y los genes TYR y SLC7A11 relacionados con alteraciones en el desarrollo, la diferenciación o la migración de los melanocitos y con la dilución de melaninas o hipopigmentación, respectivamente. Para todos ellos se secuenció y se describió la región codificante y se estudiaron sus polimorfismos y su expresión en llamas con distintos fenotipos de color. No se encontraron mutaciones en ninguno de ellos que puedan ser causales del fenotipo blanco, pero se observó que todos los genes se expresaron significativamente menos en las llamas blancas respecto de las pigmentadas. Este patrón de expresión se puede explicar por la acción de ASIP. Se observó que este gen presenta una sobreexpresión en animales blancos y feomelánicos comparado con los negros. Se estudiaron las variantes transcripcionales de ASIP y se pudo determinar que la sobreexpresión es causada por un transcripto cuya región 5’UTR pertenece al gen NCOA6, sugiriendo que existe un reordenamiento de ASIP en el genoma de las llamas con los fenotipos blanco y feomelánico. Este transcripto podría corresponder al alelo de ASIP denominado Awt. Finalmente, considerando los alelos de MC1R y de ASIP se propone un modelo para la producción de los fenotipos de color de capa sólidos en la llama.

La roya de la hoja, ocasionada por el hongo Puccinia triticina, es una enfermedad común en trigo (Triticum aestivum) que causa pérdidas económicas significativas. Actualmente se cuenta con variedades que presentan resistencia a razas específicas del hongo; sin embargo, el patógeno frecuentemente vence la resistencia en corto tiempo. Una estrategia alterna es la acumulación de genes de resistencia con efecto aditivo. Para lograrlo es necesario encontrar marcadores moleculares que faciliten la selección de nuevos genotipos con resistencia genética. Por lo anterior, el objetivo de esta investigación fue aislar e identificar nuevos genes para la resistencia a P. triticina a través de la generación de una biblioteca sustractiva supresiva de ADNc de la variedad resistente Monarca F2007. La respuesta general de Monarca ante la presencia del hongo fue la activación de genes que codifican principalmente proteínas relacionadas con patogénesis y con sequía moderada. La inducción de estos genes es crucial para mantener en buen estado el tejido foliar ante la infección por P. triticina. Por otra parte, se demostró que líneas de trigo resistentes a roya inducen la expresión de un mayor número de genes que las líneas susceptibles, lo que indica que pueden tener efectos aditivos. La expresión de transcritos diferenciales es un indicador de la respuesta del trigo contra la infección de la roya de la hoja y los perfiles de expresión de estos genes se pueden emplear como marcadores moleculares para la selección de genotipos con mayor resistencia.

Resumen Objetivo Identificar genes implicados en los mecanismos patogenicos de la retinopatia diabetica no proliferante, como estres oxidativo, alteracion de la matriz extracelular y/o apoptosis, para valorar el riesgo de desarrollo de la misma en una poblacion de diabeticos tipo 2 (DM2). Material y metodos Estudio de casos y controles en 81 participantes del Estudio Valencia sobre Retinopatia Diabetica (EVRD), de ambos sexos y con edades comprendidas entre los 25 y 85 anos, clasificados en: 1) grupo DM2 (n = 49), con RD (+RD; n = 14) y sin RD (−RD; n = 35), y 2) grupo control (GC; n = 32). Se realizo entrevista personal, examen oftalmologico estandarizado y extraccion de sangre que se proceso para analizar el ADN y determinar la expresion de: TP53, MMP9 y SLC23A2 en todos los participantes. El programa estadistico utilizado fue el SPSS v22.0. Resultados Los genes TP53 y MMP9 aumentaron su expresion en el grupo DM2 respecto al GC, aunque solo de manera significativa el gen MMP9 (TP53: 10,40 ± 1,20 vs. 8,23 ± 1,36, p = 0,084; MMP9: 1,45 ± 0,16 vs. 0,95 ± 0,16, p = 0,036) y el gen SLC23A2 disminuyo significativamente sus niveles en DM2 vs. GC (5,58 ± 0,64 vs. 11,66 ± 1,90, p = 0,026). Al subdividir el grupo DM2 segun presencia de retinopatia, la expresion de los genes TP53, MMP9 y SLC23A2 mostro diferencias significativas entre los grupos DM2−RD, DM2+RD y GC (TP53: 9,95 ± 1,47 vs. 11,52 ± 2,05 vs. 8,23 ± 1,36, p = 0,038; MMP9: 1,47 ± 0,20 vs. 1,41 ± 0,27 vs. 0,95 ± 0,16, p = 0,021; SLC23A2: 5,61 ± 0,77 vs. 5,51 ± 1,21 vs. 11,66 ± 1,90, p = 0,018). Conclusiones Los genes reguladores de apoptosis (TP53) e integridad de la matriz extracelular (MMP9) podrian estar implicados en la susceptibilidad para el desarrollo/progresion de la RD, asi como el gen SLC232A2 (transportador del acido ascorbico) puede comportarse como protector del riesgo de padecer/progresar en la retinopatia.

Tradicionalmente los programas de mejora del melocotón (Prunus persica (L.) Batsch) se centraron fundamentalmente en la obtención de genotipos elite de alta productividad, resistentes a plagas y patógenos, adaptados a diferentes zonas agroecológicas y que produzcan frutos de gran tamaño y buen aspecto. Como resultado, muchos de estos programas han obtenido cultivares de excelentes características agronómicas. No obstante, el mejoramiento selectivo hacia caracteres agronómicos puede ir en detrimento de la calidad organoléptica del fruto como fue demostrado en el caso de fresa y tomate donde algunos aromas se perdieron en el proceso de mejora (Klee and Giovannoni, 2011; Olbricht et al., 2008). En melocotón, la disminución de la calidad del fruto ha sido percibida por los consumidores y además es la mayor causa de insatisfacción de los mismos (Bruhn et al., 1991). Un probable consecuencia de esto puede ser el bajo consumo de melocotón en comparación con otras frutas como el plátano y la manzana (Crisosto, 2006). Estudios pioneros han establecido que el aroma es uno de los atributos principales por los cuales los consumidores juzgan la calidad del melocotón (Bruhn, 1995). El aroma está definido íntegramente por los compuestos volátiles orgánicos (VOCs) los cuales también contribuyen al sabor del fruto en combinación con azucares y ácidos orgánicos. Los volátiles del melocotón han sido estudiados con anterioridad, describiéndose un poco más de 100 compuestos incluyendo: lactonas, esteres, terpenos, aldehídos, ácidos carboxílicos y alcoholes entre otros [(Aubert and Milhet, 2007) y referencias incluidas]. La identificación de regiones génicas y genes candidatos para el control de los aromas del fruto resulta un punto fundamental para su posterior implementación en programas de mejora con el fin de obtener melocotones de mayor calidad. En este sentido nos propusimos la identificación de QTLs (del inglés ``Quantitative trait loci'') y genes candidatos involucrados en la producción de los compuestos volátiles del melocotón. El desarrollo reciente de un conjunto técnicas analíticas de mayor potencia permitió el advenimiento de una nueva plataforma tecnológica, la metabolómica, que contempla el análisis global de los metabolitos de un organismo permitiendo abordar la evaluación de calidad de una forma más exhaustiva. Dentro de ellas, la tecnología HS-SPME-GC-MS (del inglés ``Head Space-Solid Phase Microextraction-Gas Chromatography-Mass Spectroscopy'') es actualmente el método de elección para el análisis de volátiles debido a su alta sensibilidad, reproducibilidad y robustez (Tikunov et al., 2005). Además el análisis en conjunto de los datos derivados de la metabolómica con otras tecnologías de alto rendimiento para el análisis de expresión de genes, como lo son los microarrays, ha permitido el descubrimiento de genes implicados la producción de diversos metabolitos en Arabidopsis y tomate (Mounet et al., 2009; Saito and Matsuda, 2010; Carrera et al. 2012). En una primera instancia nos propusimos el desarrollo de una plataforma de alto rendimiento basada en HS-SPME-GC-MS para la identificación y cuantificación de compuestos volátiles en fruto de melocotón. Se ensayarán diferentes protocolos para la extracción de los compuestos volátiles con el fin de identificar el más adecuado (es decir el más sensible manteniendo la reproducibilidad y con una robustez satisfactoria). Una vez desarrollado un protocolo adecuado se analizará en paralelo la evolución de los compuestos volátiles y la expresión de genes mediante microarrays durante la maduración de diferentes genotipos de melocotón con el objetivo de identificar patrones comunes de co-regulación entre metabolitos y genes durante el desarrollo del fruto. Por último, se propuso la identificación de regiones génicas implicadas en la producción de volátiles mediante análisis de QTLs., Sanchez, G. (2013). Cartografiado de QTL y genes candidatos asociados a metabolitos determinantes de la calidad de fruto en melocotón [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. doi:10.4995/Thesis/10251/34511., Alfresco

Osteogênese imperfeita (OI) é um conjunto de displasias esqueléticas hereditárias, heterogêneas dos pontos de vista clínico e genético. A maioria dos casos resulta de defeitos no colágeno tipo 1, entretanto diversos outros genes candidatos vêm sendo descritos. Não há definição de critérios mínimos para o diagnóstico clínico de OI, portanto o diagnóstico molecular vem permitir precisão diagnóstica, e melhor compreensão fisiopatológica e prognóstica. O objetivo deste estudo foi identificar o diagnóstico molecular da OI através da análise de genes candidatos por sequenciamento paralelo em larga escala (SPLE), buscando-se associar características clínicas ao achado molecular. Para tanto, as regiões codificadoras e junções íntron-éxon dos 15 genes candidatos COL1A1, COL1A2, CRTAP, P3H1, PPIB, SERPINH1, FKBP10, PLOD2, BMP1, IFITM5, SERPINF1, WNT1, TMEM38B, SP7 e CREB3L1 foram capturadas e sequenciadas por SPLE na plataforma Illumina. Variantes genéticas raras (frequência alélica < 0,5%) com alto impacto sobre a proteína codificada foram confirmadas por sequenciamento Sanger e submetidas a análise de segregação familiar, quando possível. Variantes do número de cópias gênicas foram buscadas utilizando-se o software CONTRA e confirmadas por array citogenômico. Foram incluídos no estudo 49 indivíduos com OI, correspondendo a 30 casos isolados e 8 casos familiares, em sua maioria adultos (82%), com mediana de idade de 24 anos. O acometimento esquelético era leve em 37% dos indivíduos, moderado em 30% e grave em 33%. O SPLE foi realizado em todos os 49 pacientes da coorte, com cobertura média entre 354 a 1382 leituras, e superior a 50 em 99% das regiões-alvo. Identificou-se o diagnóstico molecular em 37 dos 38 casos (97%). Em 18 casos foram encontradas variantes em COL1A1 e em 9 casos em COL1A2, totalizando 71% dos casos com defeito no colágeno tipo 1. Variantes nos demais genes candidatos foram encontradas em 10 casos isolados: SERPINF1 (n=2), FKBP10 (n=2), PLOD2 (n=2), IFITM5 (n=1), P3H1 (n=1), TMEM38B (n=1) e WNT1 + P3H1 (n=1). Apenas uma variante de número de cópias foi encontrada (deleção dos éxons 1 e 2 de TMEM38B). Das 42 variantes encontradas, 23 já foram descritas anteriormente em associação a OI e 19 são variantes novas. As variantes em COL1A1 e COL1A2 (56% envolvendo troca de glicina) estão dispersas ao longo das proteínas e associadas a grande variabilidade fenotípica, como demonstrado pela variante COL1A2 p.(Gly772Ser) encontrada em três casos não relacionados com quadros clínicos diversos. Não foram encontradas variantes genéticas adicionais que pudessem explicar a variabilidade fenotípica. Variantes nos genes não colágenos estiveram associados a OI de maior gravidade (p=0,012), variantes em COL1A1 à manifestação de esclera azulada (p=0,009), e, dentre as variantes de COL1A1 e COL1A2, aquelas que resultaram em substituição de glicina estiveram associadas à dentinogênese imperfeita (p=0,003). Concluindo, este estudo demonstra que o diagnóstico molecular de OI por SPLE é eficaz. Frente à literatura, encontrou-se maior proporção de defeitos em genes não colágenos, que pode ser atribuída à gravidade dos pacientes incluídos ou a características da OI no Brasil, já que nossa população é pouco estudada do ponto de vista molecular. Espera-se que a precisão diagnóstica possibilitada pelo SPLE venha permitir tratamento e seguimento personalizados aos indivíduos com OI Osteogenesis imperfecta (OI) is a clinically and genetically heterogeneous group of hereditary bone dysplasias. Even though most cases result from defects in type 1 collagen, several other candidate genes are arising. There is no definition of clinical criteria for the diagnosis of OI, hence the advent of molecular diagnosis may allow diagnostic precision, and better understanding of pathophysiology and prognosis. The objective of this study was to identify the molecular diagnosis of OI through the molecular analysis of candidate genes using massively parallel sequencing (MPS), and to associate clinical manifestations to the molecular findings. For these purposes, the coding regions and exon-intron boundaries of the 15 candidate genes COL1A1, COL1A2, CRTAP, P3H1, PPIB, SERPINH1, FKBP10, PLOD2, BMP1, IFITM5, SERPINF1, WNT1, TMEM38B, SP7 and CREB3L1 were captured and sequenced in the Illumina platform. Rare genetic variants (allelic frequency < 0.5%) impacting on the codified protein were confirmed by Sanger sequencing and submitted to segregation analysis when possible. Copy number variants (CNV) were sought using CONTRA and confirmed by SNP array. Forty-nine individuals with OI were included, corresponding to 30 sporadic and 8 familial cases, being mostly adults (82%) with a median of 24 years of age. OI was mild in 37% of individuals, moderate in 30% and severe in 33%. All 49 patients were analyzed by MPS, with mean coverage ranging from 354 to 1382 reads, and > 50 depth in 99% of target regions. A molecular diagnosis was obtained in 37 out of 38 cases (97%). COL1A1 variants were found in 18 cases, and COL1A2 variants in 9 cases, meaning that 71% of cases had type 1 collagen-related OI. Variants in the other candidate genes were found in 10 sporadic cases: SERPINF1 (n=2), FKBP10 (n=2), PLOD2 (n=2), IFITM5 (n=1), P3H1 (n=1), TMEM38B (n=1) and WNT1 + P3H1 (n=1). Only one CNV was found (deletion of exons 1 and 2 of TMEM38B). Among the 42 identified variants, 23 had already been reported in association to OI and 19 are novel variants. Identified COL1A1 and COL1A2 variants (56% glycine substitution) are scattered throughout the proteins, and associated to wide phenotypic variability, as demonstrated by the COL1A2 p.(Gly772Ser) variant found in three unrelated cases with different clinical presentations. Additional genetic variants that could help explain the phenotypic variability were not found. Variants in non-collagen genes were associated to severe OI (p=0.012), variants in COL1A1 to blue sclerae (p=0.009), and, amongst COL1A1 and COL1A2 variants, those resulting in glycine substitution were associated to dentinogenesis imperfecta (p=0.003). In conclusion, this study shows that the molecular diagnosis of OI through MPS is effective. In comparison to the literature, a higher proportion of non-collagen defects was found, which can be due to the OI severity of included patients or to a peculiarity of OI in Brazil, given that our population is underrepresented in molecular studies of OI. Hopefully, the diagnostic precision enabled by MPS will allow personalized treatment and follow-up of individuals with OI

449 p. El trabajo doctoral tiene como objetivo general el estudio de la variabilidad genética de genes candidatos implicados en la producción láctea en el ganado ovino. Este objetivo se ha concretado en el estudio de la variabilidad de los genes de la oxitocina-neurofisina (OXT), de la prolactina (PRL), del receptor de la hormona del crecimiento (GHR), de la hormona de crecimiento (GH) y del exón 8 del gen de la Acil CoA:DiacilGlicerol Acetil Transferasa (DGAT1). Las muestras de ADN empleadas en los experimentos procedieron de diversas razas ovinas. Los datos registrados en la base de datos de producción proceden del control lechero oficial. Entre las conclusiones destaca que la técnica de detección de polimorfismos mediante el análisis de la conformación de las cadenas sencillas de ADN (SSCP) es eficiente para detectar variabilidad genética en genes candidatos relacionados con los caracteres de la producción de leche. Sin embargo, la sensibilidad de la técnica es variable, siendo muy eficiente en los polimorfismos de tipo inserción-deleción y menor en los SNPs. La complejidad del análisis de algunos patrones electroforéticos, la necesidad de verificación de dichos patrones mediante secuenciación y el abaratamiento de las técnicas de secuenciación han relegado a esta técnica en los últimos años

A inativação do cromossomo X (ICX) em fêmeas é um exemplo de regulação epigenética. O silenciamento de um dos cromossomos X leva à formação estável da heterocromatina facultativa através da aquisição de múltiplas modificações na cromatina que são mantidas nas subsequentes divisões celulares. Atualmente, algumas características epigenéticas associadas à manutenção da ICX têm sido descritas, contudo os mecanismos de ação e a identidade dos diferentes fatores envolvidos na manutenção da ICX ainda são desconhecidos ou pouco compreendidos. Nosso laboratório realizou uma triagem funcional genômica por bibliotecas de shRNAs (short harpin RNAs) para encontrar genes envolvidos na manutenção da ICX em humanos. A partir deste estudo foram identificados 20 novos genes candidatos a estarem envolvidos na manutenção da ICX. Assim, o objetivo deste trabalho foi validar o grau de envolvimento de dois destes genes candidatos (H3F3B e ASF1A) no processo de controle epigenético do cromossomo X. Para isto, foi realizado o silenciamento dos genes candidatos através da utilização de partículas lentivirais portando shRNAs específicos em fibroblastos primários femininos heterozigotos para uma mutação no gene HPRT e com desvio total de ICX, onde o único alelo normal do gene HPRT está no Xi. A reativação do Xi nestas células foi avaliada por cultivo das mesmas em meio HAT, que seleciona células HPRT+. Só sobreviveram os fibroblastos que foram silenciados para o gene H3F3B. Nestes, as células transduzidas com o shH3F3B.2 expressam o alelo selvagem do gene, presente no Xi, além do gene mutante. Ensaios de RNA-FISH e trimetilação de histonas foram feitos nessas células para avaliar a perda das marcas de cromatina inativa. Foi observada uma perda da nuvem de XIST nas células transduzidas com o shH3F3B.2 e selecionadas em HAT em passagens altas. Por último, análises de expressão alelo-específica de genes ligados ao X comprovaram que dois genes que são submetidos à ICX apresentaram expressão do alelo inativado (FLNA e FHL1). Porém, também foi observada uma mudança no padrão de expressão alelo-específica em genes autossômicos. Finalmente, as análises de expressão geral do cromossomo X mostraram que as células transduzidas com o shH3F3B.2 e selecionada em HAT tinham uma expressão gênica aumentada em relação ao controle. Em conclusão, nossos resultados sugerem uma descondensação da cromatina no cromossomo Xi e portanto um provável envolvimento do gene H3F3B na manutenção da ICX. The X chromosome Inactivation (XCI) in females is an example of epigenetic regulation. Silencing of one of the X chromosomes leads to the stable formation of the facultative heterochromatin through the acquisition of multiple modifications in the chromatin that are maintained in the subsequent cell divisions. Currently, some epigenetic features associated with the maintenance of XCI have been described. Nonetheless, the mechanisms of action and the identity of the different factors involved in the maintenance of XCI are still unknown or poorly understood. Our laboratory performed a genomic functional screening by shRNA (short harpin RNAs) libraries to find genes involved in the maintenance of XCI in humans. From this study, we identified 20 new candidate genes to be involved in the maintenance of XCI. Thus, the objective of this work was to validate the degree of involvement of two of these candidate genes (H3F3B and ASF1A) in the epigenetic process control of the X chromosome. For this, the silencing of the candidate genes was performed in female heterozygous primary fibroblasts for a mutation of the HPRT gene and with a total XCI shift through the use of lentiviral particles carrying specific shRNAs, where the only normal allele of the HPRT gene is in the Xi (inactivated X). Xi reactivation was evaluated in these cells by culturing them in HAT medium, which selects HPRT + cells. Only the fibroblasts that were silenced for the H3F3B gene survived. Furthermore, the cells transduced with shH3F3B.2 express the HPRT wild gene allele, present in Xi, in addition to the mutant gene. RNA-FISH and histone trimethylation assays were performed on these cells to evaluate the loss of inactive chromatin marks. A loss of the XIST cloud was observed in cells transduced with shH3F3B.2 and selected in HAT at high passages. Finally, allele-specific expression analyzes of X-linked genes showed that two genes that undergo XCI showed expression of the inactivated allele (FLNA and FHL1). However, a change in allele-specific expression pattern was also observed in autosomal genes. Finally, the X chromosome general expression analyses showed that cells transduced with shH3F3B.2 and selected on HAT had increased gene expression relative to the control. In conclusion, our results suggest a decondensation of the chromatin in the Xi chromosome and therefore a probable involvement of the H3F3B gene in the maintenance of ICX.

diversas alteraciones en los tejidos de la articulación. Se trata de una enfermedad compleja de naturaleza multifactorial en la que participan factores sistémicos, biomecánicos y genéticos. El estudio de los factores genéticos implicados en la susceptibilidad a la OA es un campo complejo que ha progresado en los últimos años. En la actualidad se puede hablar de un total de nueve genes y/o loci asociados con OA en población europea al nivel requerido en los GWAS (Genome Wide Association Studies) y otros tres cerca del nivel. Entre ellos están los descubiertos en el estudio arcOGEN, MCF2L, DOT1L y dos loci que se descubrieron con anterioridad a estos trabajos: 7q22 y GDF-5. El número de genes de susceptibilidad encontrados es relativamente bajo si lo comparamos con el de otras enfermedades complejas. Por ello, en esta tesis se han abordado diversas aproximaciones de estudio con el objetivo principal de encontrar nuevas variantes genéticas asociadas. Una de ellas es el estudio de fenotipos extremos. En este trabajo se ha estudiado la edad de inicio de los síntomas y su relación con el número de alelos de riesgo de polimorfismos asociados con OA de rodilla. Esta aproximación puede ayudar a un mejor conocimiento de la arquitectura genética de la enfermedad, un diseño más efectivo de los estudios genéticos y clínicos e incrementar la posibilidad de identificar loci de susceptibilidad. Sin embargo, los resultados obtenidos demostraron que no existe relación entre el número de alelos de riesgo de los polimorfismos estudiados con OA de rodilla y la edad de inicio de los síntomas.

Se estudiaron genes candidatos para tamaño de la camada en 300 hembras porcinas Yorkshire-Landrace; ESR, PRLR, RBP4 y FUT1. Las hembras fueron agrupadas en dos niveles de producción (NP): nivel alto (NA) y nivel bajo (NB). Utilizando Ji cuadrado se analizaron las frecuencias génicas y genotípicas. Empleando análisis de varianza con un modelo de efectos mixtos, para lechones nacidos totales (LNT), nacidos vivos (LNV), peso de la camada al nacimiento (PNAC) y destete (PAJ21), lechones destetados (LD) y valor de cría de la progenie de la cerda (BVSP), se compararon las medias con contrastes ortogonales. Las hembras con alta productividad se asociaron con una mayor frecuencia del alelo B del gen ESR (P < 0,05). Las diferencias fueron de 0,4 LNV, 0,3 LD, 2,9 Kg de PAJ21 y 8,6 puntos de BVSP a favor del genotipo AB del gen ESR (P < 0,05) sin considerar el NP, no se detectaron animales homocigotos BB. Las frecuencias génicas y genotípicas del gen PRLR no se relacionaron con el NP (P > 0,05), no hubo diferencias (P > 0,05) entre los genotipos AA, AB y BB sin considerar el NP ni dentro del mismo NP. En el gen RBP4 la frecuencia del alelo A y del genotipo AA fue más alta en hembras con NA (P < 0,05), no se detectaron animales con genotipo BB. Las hembras con genotipos AA tuvieron más 0,5 LNT; 0,5 LNV; 0,6 Kg de PNAC; 2,6 Kg de PAJ21 y 3,2 puntos de BVSP que el genotipo AB (P < 0,05), sin considerar el NP. La frecuencia del alelo G y del genotipo GG del gen FUT1 fue mayor en el nivel de productividad alto (P < 0,05). El genotipo GG fue superior al genotipo AG con más 0,6 LNV; 0,8 Kg de PNAC; 3 Kg de PAJ21 y 3,9 puntos de BVSP (P < 0,05) sin considerar el NP. Candidate genes were studied for litter size in 300 sows Yorkshire-Landrace; ESR, PRLR, RBP4 y FUT1. The sows were grouped in two levels of production (LP): high level (HL) and low level (LL). Using Chi-Square test the alleles and genotypic frequencies were analyzed. Employing analysis of variance with an mixed model effects for the total number born (TNB), number of piglets born alive (NBA), number of piglets alive at weaning (NW), total weight of piglets born (WTNB), total weight of piglets alive at weaning (WNW) and breeding value sow productivity (BVSP). The means were compared by orthogonal contrasts. The sows with high production were associated with a higher frequency of B allele of ESR gene (P < 0.05). The differences were of 0.04 NBA, 0.3 NW, 2.9 WNW kg and 8.6 BVSP points to favor of AB genotype of ESR gene (P < 0.05) without considering the LP and no homozygous BB animal was detected. The alleles and genotypic frequencies of PRLR gene were not related with the LP (P > 0.05), did not have differences (P > 0.05) between the genotypes AA, AB and BB without considering the LP, neither within of same LP. In the RBP4 gene the frequency of A allele and the AA genotype was higher in sows with HL (P < 0.05), no homozygous BB animals were detected. The sows with AA genotype had 0.5 TNB, 0.5 NBA, 0.6 WTNB kg, 2.6 WNW kg and 3.2 BVSP points more than sows with AB genotype (P < 0.05), without considering the LP. The frequency of G allele and GG genotype of FUT1 gene was 648 higher in the HL (P < 0.05). The GG genotype was higher than AG genotype with 0.6 TNB, 0.8 WTNB kg, 3.0 WNW kg and 3.9 BVSP points more (P < 0.05), without considering the LP. 648 - 654 Bimestral

A obesidade comum é atualmente um dos problemas de saúde pública mais importante no mundo, frequentemente associada a outros distúrbios tais como hipertensão, diabetes, doenças cardiovasculares e câncer. Apesar da alta prevalência de obesidade em diversas populações, muitos dos estudos relacionados aos seus fatores de risco genéticos foram realizados com indivíduos de ascendência europeia ou asiática, mas foram poucos os realizados com populações de origem africana ou nativas americanas. Nosso trabalho tem por objetivo geral investigar potenciais fatores de risco genéticos associados ao sobrepeso e à obesidade em populações afrodescendentes remanescentes de quilombos do Vale do Ribeira - SP, comunidades rurais semi-isoladas, previamente bem caracterizadas do ponto de vista clínico, genealógico e genético-populacional. Nossa amostra constituiu-se de 759 indivíduos, pertencentes a doze populações de remanescentes de quilombos (Abobral, São Pedro, Galvão, Ivaporunduva, Pedro Cubas, André Lopes, Nhunguara, Sapatu, Pilões, Maria Rosa, Poça e Reginaldo), dos quais foram obtidos amostras de DNA, dados clínicos, informações genealógicas e medidas antropométricas. A investigação dos fatores de risco genéticos associados ao sobrepeso/obesidade foi realizada por duas abordagens: (1) estudo de associação baseado em famílias (N = 584, 59 famílias) e (2) estudo de associação populacional com indivíduos não aparentados (N=305). Foram selecionados para estudo nove polimorfismos em oito genes candidatos: LEP rs2167270, LEPR rs1137101, ADRB2 rs1042713, PPARG rs1801282, PLIN1 rs2289487, RETN rs1862513, INSIG2 rs7566605, FTO rs1121980 e FTO rs1421085. As análises de associação baseadas em família indicaram que, nessas populações, apenas o polimorfismo PLIN1 rs2289487 está associado significativamente com o grupo de risco em relação à razão cintura-quadril (RCQ >=0,85 para mulheres e >=0,90 para homens; P=0,013). Aparentemente não existem trabalhos anteriores que verificaram a associação deste polimorfismo com a obesidade por essa metodologia. As análises do estudo populacional com indivíduos não aparentados mostraram associação significativa entre: (i) o alelo G no polimorfismo LEPR rs1137101 e a variação do índice de massa corporal (IMC; P=0,027); (ii) o alelo G do polimorfismo LEPR rs1137101 e o fenótipo de sobrepeso/obesidade (IMC>=25 Kg/m²; P=0,027); (iii) o alelo G no polimorfismo ADRB2 rs1042713 e o fenótipo de risco (IMC>=25 Kg/m²; P=0,029); (iv) o polimorfismo PLIN1 rs2289487 (genótipo GG) e os menores valores do IMC (P=0,025); (v) o polimorfismo FTO rs1121980 (alelo G) e o fenótipo de risco (IMC>=25 Kg/m²), assim como a variação do IMC (P=0,037 e P=0,022 respectivamente); e (vi) o alelo A no polimorfismo FTO rs1421085 e maiores valores da circunferência da cintura (Cc; P=0,016) e da razão cintura-quadril (RCQ; P=0,030). Tomados em conjunto, nossos resultados sugerem a participação dos genes LEP, LEPR, ADRB2, PLIN1 e FTO no aumento da predisposição ao sobrepeso e à obesidade nas populações remanescentes de quilombos. Por fim, as elevadas estimativas de herdabilidade dos três fenótipos investigados (IMC=33%, Cc=33% e RCQ=70%) reforçam a relevância do papel dos fatores genéticos no acúmulo de gordura corporal. O trabalho apresentado é resultado de uma investigação cuidadosa sobre os componentes genéticos associados à regulação do peso corporal em uma população brasileira afrodescendente (com características históricas, ambientais e genéticas peculiares), corroborando a hipótese de que a obesidade comum nas populações quilombolas do Vale do Ribeira é condicionada por um mecanismo poligênico modulado por fatores ambientais importantes como o sedentarismo e a transição nutricional One of the main international health problems is the common obesity and it is frequently associated with other disorders such as hypertension, diabetes, cardiovascular diseases and cancer. Despite the high prevalence of obesity in many populations, most association studies related to genetic risk factors have been carried out in subjects of European or Asian ancestry, but few studies were performed in African or in Native American populations. The aim of our study was to investigate potential genetic risk factors related to overweight and obesity in African-derived quilombo remnants from Vale do Ribeira region - São Paulo, Brazil. These rural semi-isolated communities were previously well characterized in terms of clinical, genealogical and population data. Our sample was composed by 759 individuals belonging to twelve different quilombo remnants (Abobral, São Pedro, Galvão, Ivaporunduva, Pedro Cubas, André Lopes, Nhunguara, Sapatu, Pilões, Maria Rosa, Poça e Reginaldo), whose DNA samples, clinical data, pedigree information and anthropometrical measures were already collected. The analyses of genetic factors related to overweight and obesity were performed by means of two different approaches: (1) family-based association (N=584, 59 families), and (2) population-based association with non-related individuals (N=305). Nine polymorphisms in eight obesity candidate genes were selected: LEP rs2167270, LEPR rs1137101, ADRB2 rs1042713, PPARG rs1801282, PLIN1 rs2289487, RETN rs1862513, INSIG2 rs7566605, FTO rs1121980 and FTO rs1421085. The family-based association analyses showed that the risk allele G from PLIN1 rs2289487 is significantly associated with the risk group in relation to waist to rip ratio phenotype (WHR >=0.85 for women and >=0.90 for men; P=0.013). Apparently, there have been no previous studies that investigated the association of this polymorphism with obesity by means of this approach. The population-based study showed a significant association between: (i) the allele G of the polymorphism LEPR rs1137101 and body mass index variation (BMI; P=0.027); (ii) the allele G of the polymorphism LEPR rs1137101 and overweight/obesity phenotype (BMI>=25 Kg/m²; P=0.027); (iii) the allele G of the polymorphism ADRB2 rs1042713 and the group of risk in relation to BMI (BMI>=25 Kg/m²; P=0.029); (iv) the polymorphism PLIN1 rs2289487 (genotype GG) and the lower BMI values (P=0.025); (v) the polymorphism FTO rs1121980 (allele G) and the group of risk in relation to BMI (BMI>=25 Kg/m²), as well BMI variation (P=0.037 and P=0.022; respectively); and (vi) the allele A of the polymorphism FTO rs1421085 and the higher values of both waist circumference (WC; P=0.016) and waist to hip ratio (WHR; P=0.030). Altogether, our results suggest that LEP, LEPR, ADRB2, PLIN1, and FTO polymorphisms genes are related to predisposition to overweight and obesity in quilombo remnants population. Finally, the high heritability estimates of the three investigated phenotypes (BMI=33%, WC=33% and WHR=70%) highlight the important role of genetic factors in body fat accumulation. We presented in this work a careful investigation about the genetic component of body weight regulation, using African-derived Brazilian populations (with peculiar historical, environmental and genetical characteristics) as a model. This study strengthens the hypothesis that obesity predisposition in the quilombos from Vale do Ribeira is conditioned by polygenic mechanism, which is modulated by important environmental factors such as sedentary lifestyle and nutritional transition

El objetivo principal de este trabajo ha sido desarrollar y explotar nuevas herramientas genómicas en habas para desvelar a nivel molecular posibles mecanismos de defensa frente al hongo patógeno Ascochyta fabae y la planta parásita Orobanche crenata, causantes de grandes pérdidas en su producción. Se ha pretendido ampliar la información genética sobre dichos mecanismos de resistencia e identificar posibles genes candidatos donde desarrollar marcadores diagnóstico que permitan extrapolar los resultados de QTL estables entre poblaciones y facilitar la selección precoz de materiales en sus programas de mejora. Para conseguir estos fines, se han empleado distintas herramientas genómicas (estructural, comparada y funcional). Así, en el capítulo II, se han utilizado la genómica estructural y la macrosintenia existente entre leguminosas, para saturar dos de los mapas genéticos disponibles por el grupo con marcadores relacionados con la resistencia a ambos patógenos, descritos en otras leguminosas. Dicha saturación, ha permitido refinar la posición de los QTLs existentes e identificar marcadores estrechamente ligados que podrían facilitar el proceso de selección. Además, el genotipado de estos nuevos marcadores ha ayudado al desarrollo de un mapa consenso para este cultivo. En el capítulo III, utilizando herramientas de genómica funcional, se ha tratado de profundizar en las rutas implicadas en la interacción planta-patógeno e identificar potenciales genes de resistencia que pudieran ser últiles en la mejora asistida por marcadores. Para ello se ha caracterizado el transcriptoma de dos líneas parentales (29H y Vf136) sometidas a la infección por A. fabae y obtenido sus perfiles de expresión génica. Aparte de proporcionar nueva información genómica, el estudio han revelado una amplia variedad de posibles mecanismos y rutas implicadas. El gran número SNPs e InDels identificados en los transcritos ofrece, además, una posibilidad rentable de saturar los mapas disponibles y de identificar genes responsables de la resistencia. Para finalizar, en el capítulo IV, se ha genotipado un conjunto de SNPs expresados diferencialmente entre ambos parentales, relacionados con mecanismos de resistencia. Ello ha permitido situar nuevos marcadores más robustos y transferibles (SNPs y ESTs) dentro de los intervalos de confianza de los QTLs de resistencia ya descritos, facilitando su comparación con otras poblaciones de habas y con otras leguminosas. The main objective of this work has been to develop and exploit new genomic tools in faba bean in order to reveal at molecular level possible defense mechanisms against the pathogenic fungus Ascochyta fabae and the parasitic plant Orobanche crenata, causing severe yield losses in this crop. The approach aimed to expand the genetic information on the resistance mechanisms involved and to identify possible candidate genes useful to develop diagnostic markers for validation of stable QTL among populations and for the efficient selection of superior materials in breeding programs. To achieve these ends, different genomic tools (structural, comparative and functional) have been applied. Thus, in Chapter II, both the structural genomics and the synteny among legumes have been exploited to saturate two of the genetic maps available by the group using markers related with the resistance to both pathogens, described in other legumes. The saturation allowed to refine the position of the underlying QTLs and to identify closely linked markers that could facilitate the selection process. In addition, the new markers were used as a bridge to develop a consensus map in this crop. In Chapter III, functional genomics tools have been applied to gain insight into the pathways involved in the plant-pathogen interactions and to identify potential resistance genes to be further used in marker assisted selection. The faba bean transcriptome from leaves of two lines (29H and Vf136) subjected to A. fabae infection were characterized.in order to obtain its gene expression profiles. Apart from providing new genomic information, the study has revealed a wide variety of possible mechanisms and pathways involved. The large number of SNPs and InDels identified in the transcripts also offers a cost-effective way to saturate available maps and to identify genes responsible for resistance. Finally, in chapter IV, a set of differentially expressed SNPs between both parental lines, related with resistance mechanisms has been genotyped. The approach has allowed placing more robust and transferable markers (SNPs and ESTs) within the confidence intervals of the resistance QTLs already described, facilitating their comparison among faba bean and legume species.

Se realizó una validación preliminar de un panel de marcadores SNP seleccionados de genes candidatos, relacionados al eje endócrino que regulan la hormona de crecimiento GH/IGF1, y a la formación y desaturación de ácidos grasos SCD/SREBP1, con características de composición de canal, calidad de carne y perfil de ácidos grasos de la grasa intramuscular en novillos Hereford sometidos a diferentes tratamientos de alimentación durante la etapa de recría y engorde intensivo. Se ajustaron las variables por el efecto de los 8 tratamientos nutricionales y se calcularon los valores residuales para los análisis de asociación con los marcadores SNP. Se determinó un total de 11 696 genotipos de 237 novillos utilizando un panel de 58 tag-SNP en los genes GHR, IGF1, IGFBP6, PMCH, SOCS2, STAT6, SCD1, SCD5, SREBP1, SCAP, INSIG1, INSIG2, MBTPS1, MBTPS2 y SRPR, de los cuales se encontraron 11 SNP polimórficos que estuvieron asociados signifi-cativamente: GHR_ rs41639262 sobre EGSu y MARBL; IGF1_ rs136251088 sobre PCC, PCE y PISTOLA; PMCH_ rs135033882 sobre OMEGA36; SOCS2_ ss252841026 sobre Terneza2d; STAT6_ rs109171041 sobre Terneza2d; STAT6_ rs110097583 sobre Terneza2d; INSIG1_ rs109314460 sobre Terneza21d; INSIG1_ ss252452220 sobre OMEGA36; SCD5_ ss252452202 sobre PUFA y Terneza2d; SCD5_ rs43687655 sobre EGSu y OMEGA36; SRPR_ rs42178091 sobre GRASAINTR, SFA, MUFA, PCC, PCE y PISTOLA. Estudios adicionales podrían confirmar estos efectos, posibilitando mejorar la calidad de la canal y de la carne, de animales sometidos a diferentes tratamientos de alimentación a través de la selección.

El presente estudio se desarrolló bajo el marco del proyecto europeo PigQTech cuyoobjetivo es investigar si QTLs de importancia económica en la industria productoraporcina, previamente descritos en cruces de razas divergentes, se encuentransegregando en poblaciones comerciales. En el presente estudio se analizaron dospoblaciones porcinas de tipo comercial Pietrain y Large White, donde fue analizada lapresencia de QTLs, búsqueda y análisis de genes candidatos. La búsqueda de QTLs seefectuó mediante el análisis de la segregación alelica de microsatélites y su relación conlos caracteres productivos medidos. Se analizaron 10 regiones de los cromosomas 1, 2,3, 4, 6, 7, 8, 9, 10, 13, tres de las cuales fueron utilizadas como regiones control (1, 6, 9)por no haber QTLs descritos previamente en ellas. Los resultados muestran segregaciónde QTLs para los cromosomas 2, 3, 4, 7 y para las regiones control 1 y 9 en la poblaciónLarge White, mientras en la población Pietrain se detectaron QTL en los cromosomas 7y 8. En resumen, se observó que los QTLs descritos en cruces de razas divergentes estánpresentes en poblaciones comerciales, sin embargo no segregan por igual entre lasdistintas poblaciones.Adicionalmente se realizó un estudio de asociación de los genes candidatos H-FABP,receptor de leptina (LEPR) y la piruvato carboxilasa (PC). El gen H-FABP reveló laexistencia de asociación entre los distintos genotipos para los caracteres de grasa dorsal,longitud de canal y pH, sin embargo estas asociaciones no se presentan por igual en lasdistintas poblaciones. El análisis de asociación del gen receptor de leptina reveló laexistencia de asociación entre sus distintos genotipos con un menor pH a las 24 horaspostmortem, sin embargo esta asociación se presentó solo en la población Large White.La secuenciación del cDNA del gen de la piruvato carboxilasa reveló una alta similitudnucleotídica con la de otras especies de mamíferos, y que además es polimórfica. Asímismo el mapeo mediante el panel de células somáticas híbridas irradiadas reveló que elgen de la PC está localizado en el cromosoma 2 en el brazo p entre los microsatélites SW2623 (9.8 cM) y el SW256 (19 cM)., The present study was developped under the framework of the European PigQTechproject, whose objective was to investigate the segregation of economically importantQTLs previously described in divergent pig crosses in commercial populations. In thepresent study, we analysed the segregation of QTL and candidate genes in Pietrain andLarge White. The search of QTLs was made by the analysis of the microsatellite allelicsegregation and its influence on the recorded commercial traits. Ten regions onchromosomes 1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 10 and 13 were analysed. As not QTL had beenpreviously described in the regions located in chromosomes 1, 6 and 9, we used thesesegments as control regions. In Large White, results showed segregation of QTLs inchromosomes 2, 3, 4 and 7 as well as in the Ssc1 and Ssc9 control regions. The analysisin Pietrain indicated the presence of QTL in chromosomes 7 and 8. In summary, weobserved that QTLs described in experimental pig crosses are also present incommercial breeds. However these QTLs do not show the same segregation patternamong different populations.Additionally, we carried out an association analysis of the heart fatty acid bindingprotein (H-FABP), leptin receptor (LEPR) and pyruvate carboxylase (PC) candidategenes. The association analysis between H-FABP and the recorded traits, revealed theinfluence of this gene on back fat thickness, carcass length and pH in some of ourpopulations. Influence of LEPR on the pH at 24 hours postmortem was detected inLarge White. The analysis of the nucleotidic sequence of the PC cDNA, revealed both ahigh similarity between other mammal species, and the existence of sequencepolymorphism in our populations. Furthermore, we allocated PC in the short arm ofchromosome 2 (2p), between the markers SW2623 (9.8 cM) and SW256 (19 cM) in anRH panel.

Poder predecir el riesgo individual de toxicidad severa inducida por la quimioterapia basada en fluoropirimidinas sería un extraordinario avance en la personalización del tratamiento del cáncer colorrectal. Las fluoropirimidinas, principalmente 5-fluorouracilo y capecitabina, siguen constituyendo el pilar fundamental del tratamiento del cáncer colorrectal. Se ha demostrado que la genética del paciente es un factor fundamental en la forma en que dicho paciente responde a un fármaco. Hasta el momento, se han identificado algunos polimorfismos en genes implicados en la farmacocinética y farmacodinamia de las fluoropirimidinas. De hecho, ciertas guías de práctica clínica recomiendan el genotipado de algunas variantes en DPYD, el mayor metabolizador de 5-fluorouracilo, con el fin de estimar el riesgo de toxicidad. Sin embargo, el valor predictivo de estas pruebas genéticas sigue siendo claramente insuficiente, lo que dificulta su implantación real en la práctica clínica. Es, por tanto, necesario identificar nuevas variantes genéticas asociadas a toxicidad severa a fluoropirimidinas mediante nuevas aproximaciones para mejorar los test farmacogenéticos actuales. La selección de tag-SNPs y la secuenciación masiva de exomas podrían revelar nuevas variantes genéticas asociadas a toxicidad y/o validar las ya existentes, además de ofrecer una visión general del perfil farmacogenético...

Este estudo enfatizou a importância do uso de genes candidatos na predição da qualidade do sêmen em touros que podem ser utilizados na produção de bezerros. O objetivo deste estudo foi avaliar alguns genes candidatos relacionados a traços reprodutivos em touros de Braford e Hereford. Todos os touros (n = 188) foram submetidos a avaliações reprodutivas aos 24, 28, 32 e 36 meses de idade. Os marcadores microsatélites ILSTS002 e BMS3004 associados ao gene hormônio luteinizante-β (LHβ), o IDVGA-51 associado ao gene Leptina (LEP), o HEL5 e AFZ1 ao gene IGF-IR e dois marcadores SNP (LHR e FSHR) relacionados ao LHR e FSHR, respectivamente, foram avaliados pela amplificação de produtos de DNA. A variação no alelo IDVGA-51 177-185 mostrou conteúdo de informação polimórfica (PIC) associada à motilidade espermática e características de vigor nos touros de Hereford. Os animais Hereford apresentaram PIC de 0,36 a 0,75%, juntamente com heterozigosidade esperada (H) de 0,49 a 0,78%. Os touros Braford que indicaram o alelo ILSTS002 137-175 e o alelo AFZ1 113-119 mostraram PIC associados a defeitos maiores e menores, respectivamente. O PIC variou de 0,28 a 0,78% com um H esperado de 0,35 a 0,81%. O alelo AFZ1 121-127 teve os defeitos menores mais altos, enquanto, o alelo ILSTS002 125-135 mostroualtos defeitos maiores do sêmen ejaculado em Braford. Além disso, o alelo IDVGA-51 175 mostrou baixa motilidade e vigor nos touros Hereford. Os marcadores AFZ1 (IGF-IR) e ILSTS002 (LHβ) em Braford e IDVGA-51 (LEP) no Hereford foram efetivos na verificação dos traços reprodutivos dos touros. This study emphasized the importance of using candidate genes in predicting semen quality in bulls that can be used in cow-calf production. The aim of this study was to evaluate some candidate genes related to reproductive traits in Braford and Hereford bulls. All bulls (n=188) were submitted to breeding soundness evaluations at 24, 28, 32, and 36 months of age. The microsatellite markers ILSTS002 and BMS3004 associated with the luteinizing hormone-β (LHβ) gene, IDVGA-51 to leptin (LEP) gene, HEL5 and AFZ1 within the IGF-IR gene, and two SNP markers (LHR and FSHR) associated with the LHR and FSHR genes, respectively, were evaluated by the amplification of DNA products. The variation in the IDVGA-51 allele 177-185 showed polymorphic information content (PIC) associated with sperm motility and vigor traits in Hereford bulls. Hereford animals showed PIC of 0.36 to 0.75% along with expected heterozygosity (H) of 0.49 to 0.78%. Braford bulls that indicated the ILSTS002 allele 137-175 and AFZ1 allele 113-119 showed PIC associated with major and minor defects, respectively. The PIC ranged from 0.28 to 0.78%, with an expected H of 0.35 to 0.81%. AFZ1 allele 121-127 had the highest minor defects and ILSTS002 allele 125-135 showed the highest major defects from ejaculated semen in Braford bulls. In addition, IDVGA-51 allele 175 showed lower motility and vigor in Hereford bulls. The markers AFZ1 (IGF-IR) and ILSTS002 (LHβ) in Braford and IDVGA-51 (LEP) in Hereford bulls were effective in verifying the reproductive traits of the bulls.

Introduccion y objetivos La comunicacion interventricular (CIV) es una de las principales formas de cardiopatia congenita (CPC) en los individuos con el sindrome de delecion del cromosoma 22q11 del Homo sapiens (HSA22q11). Con objeto de identificar los genes candidates situados en el HSA22q11 asociados a la CIV, se analizo la perdida de heterocigosis (LOH) mediante determinacion del genotipo de microsatelites y analisis de dosis de siete genes candidatos. Metodos Se investigo a un total de 82 familias con CPC, en las que habia 261 individuos (85 pacientes, 176 hermanos y progenitores). Se efectuo un examen de deteccion de la LOH en la region HSA22q11 mediante determinacion del genotipo de microsatelites (n = 10). Las estrategias de bioinformatica permitieron caracterizar mas detalladamente siete genes candidatos situados en esa region. Se aplicaron reacciones en cadena de polimerasa cuantitativas para el analisis de dosis a siete genes candidatos de 16 pacientes con LOH de HSA22q11. Resultados En 42 (49,4%) de los 85 pacientes con CPC se identifico la presencia de al menos una LOH en la region HSA22q11. Se observaron LOH de HSA22q11 en 17 de 29 pacientes con CIV y en 3 de 4 familias con ambos hijos afectados por CPC. El analisis de dosis realizado para siete genes candidatos indico una delecion heterocigota recurrente de los genes HIRA, GNB1L y TUBA8 en 16 pacientes con CIV que presentaban LOH de HSA22q11. Conclusiones La determinacion del genotipo de microsatelites identifico la LOH de HSA22q11 en varios tipos de CPC. La delecion heterocigota de los genes HIRA, GNB1L o TUBA8 podria desempenar un papel importante en el desarrollo del tabique ventricular. Dado que la CPC puede ser una enfermedad familiar, el examen de deteccion de LOH de HSA22q en los hermanos del caso indice sera util para un diagnostico y un tratamiento precoces.

O propósito deste trabalho foi investigar a ocorrência de mutações e polimorfismos em genes candidatos aos defeitos na formação do esmalte dentário em indivíduos com fissura labiopalatina (FLP) transforame incisivo unilateral ou bilateral isolada e associar o genótipo-fenótipo dos indivíduos com FLP e malformação dentária (MD) nos dentes incisivos centrais superiores permanentes. Foram coletadas amostras de saliva de 165 indivíduos de 6 a 15 anos de idade, de ambos os sexos, divididos em 4 grupos de estudo: Grupo 1 - 46 indivíduos com FLP e MD; Grupo 2 - 34 indivíduos com FLP e sem MD; Grupo 3 - 34 indivíduos sem FLP e com MD; Grupo 4 - 51 indivíduos sem FLP e MD. Foi realizada a extração do DNA genômico das amostras de saliva, seguida da Reação em Cadeia da Polimerase, sequenciamento direto dos éxons 2, 3, 4, 5, 6 e 7 do gene AMELX e genotipagem dos SNPs rs3796703, rs3796704, rs3796705, rs7671281, rs2609428 e rs35951442 no gene ENAM. Para a análise estatística dos resultados foi utilizado o Teste Exato de Fisher e o Teste do Qui-quadrado de Pearson. Em relação ao sequenciamento direto do gene AMELX, mutações foram encontradas em 30,4% (n=14), 35,3% (n=12), 11,8% (n=4) e 13,7% (n=7) dos indivíduos dos Grupos 1, 2, 3 e 4, respectivamente. Trinta e sete mutações foram detectadas e distribuídas ao longo dos éxons 2 (1 mutação - 2,7%), 6 (30 mutações - 81,08%) e 7 (6 mutações - 16,22%) do gene AMELX. Houve um aumento significativo (p=0,003) na frequência de mutações nos indivíduos com FLP (Grupos 1 e 2 - 65,7%) em relação aos indivíduos sem FLP (Grupos 3 e 4 - 25,5%). Em relação às 30 mutações encontradas no éxon 6, 43,34% (n=13), 23,33% (n=7), 13,33% (n=4) e 20% (n=6) foram encontrados nos Grupos 1, 2, 3 e 4, respectivamente. A mutação silenciosa c.261C>T (rs2106416) foi detectada em 26 indivíduos distribuídos nos quatro grupos estudados, sendo significativamente mais encontrada (p=0,003) nos grupos com FLP (23,75%), em comparação com os grupos sem FLP (8,23%). Nos grupos sem MD (Grupos 2 e 4), tal polimorfismo também foi encontrado de forma mais significativa (p=0,032) entre os indivíduos com FLP (Grupo 2 - 17,65%), quando comparados com aqueles sem FLP (Grupo 4 - 7,8%). Em relação à genotipagem dos SNPs no gene ENAM, a prevalência de heterozigotos no SNP rs2609428 foi maior (p=0,006) em indivíduos sem FLP com MD (Grupo 3 - 19,2%) em comparação com indivíduos com FLP e MD (Grupo 1 - 0%), assim como a prevalência dos heterozigotos/homozigotos mutados em indivíduos sem FLP (10%) foi maior (p=0,028) que em indivíduos com FLP (1,3%). Não foram encontradas diferenças estatisticamente significativas nos demais SNPs analisados no gene ENAM. Com base nos resultados obtidos, sugere-se que o gene AMELX pode ser considerado um gene candidato para a FLP. O SNP rs2106416 no gene AMELX pode ser considerado um marcador para a FLP e o SNP rs2609428 no gene ENAM pode estar associado à MD na ausência da FLP. The purpose of this study was to investigate the occurrence of mutations and polymorphisms (SNPs) in candidate genes to defects in the formation of enamel in individuals with cleft lip and palate (CLP) unilateral or bilateral incisive transforame isolated and associate genotype-phenotype of individuals with CLP and dental malformation (DM) in permanent teeth maxillary central incisors. For analysis of the proposed genes, saliva samples from 165 individuals from 6 to 15 years old, of both genders, were collected and divided into 4 groups: Group 1 - 46 individuals with CLP and DM; Group 2 - 34 individuals with CLP and without DM; Group 3 - 34 subjects without CLP and DM; Group 4 - 51 subjects without CLP and DM. Extraction of genomic DNA from saliva samples was performed, followed by Polymerase Chain Reaction, direct sequencing of 2, 3, 4, 5, 6 and 7 exons of AMELX gene and genotyping of SNPs rs3796703, rs3796704, rs3796705, rs7671281, rs2609428 and rs35951442 in the ENAM gene. For statistical analysis we used the Fisher\'s exact test and Pearson\'s chi-square test. Regarding direct sequencing of AMELX gene, mutations were found in 30.4% (n=14), 35.3% (n=12), 11.8% (n=4) and 13.7% (n=7) of individuals in Groups 1, 2, 3 and 4, respectively. Thirty-seven mutations were detected and distributed over the exons 2 (1 mutation - 2.7%), 6 (30 mutations - 81.08%) and 7 (6 mutations - 16.22%) of AMELX gene. There was a significant increase (p=0.003) in the frequency of mutations in individuals with CLP (Groups 1 and 2 - 65.7%) compared to subjects without CLP (Groups 3 and 4 - 25.5%). Regarding the 30 mutations found in exon 6, 43.34% (n=13), 23.33% (n=7), 13.33% (n=4) and 20% (n=6) were found in Groups 1, 2, 3 and 4, respectively. The c.261C>T silent mutation (rs2106416) was detected in 26 individuals distributed in all groups studied, and was significantly more found (p=0.003) in the groups with CLP (23.75%) compared to the groups without CLP (8.23%). In groups without DM (Groups 2 and 4), this polymorphism was also significantly more found (p=0.032) among individuals with CLP (Group 2 - 17.65%) compared to those without CLP (Group 4 - 7.8%). Regarding the SNPs genotyping in ENAM gene, the prevalence of heterozygous in SNP rs2609428 was higher (p=0.006) in individuals without CLP with DM (Group 3 - 19.2%) than in individuals with CLP and DM (Group 1 - 0%), as well as the prevalence of the heterozygous/homozygous mutated in individuals without CLP (10%) was higher (p=0.028) than in individuals with CLP (1.3%). No statistically significant difference was found in the other SNPs analysed in the ENAM gene. Based on the obtained results, it is suggested that the AMELX gene may be considered a candidate gene for the CLP. The SNP rs2106416 in AMELX gene may be considered a marker for CLP and the SNP rs2609428 in ENAM gene may be associated with DM in the absence of CLP.

Trabajo presentado en el XL Congreso de la Sociedad Española de Genética, celebrado en Córdoba del 16 al 18 de septiembre de 2015., Aunque las habas (Vicia faba L.) son un importante cultivo alimentario en todo el mundo y una fuente de proteínas en la dieta de países en vías de desarrollo, su información genética y genómica están aún muy por detrás de las especies modelo. Con el fin de contribuir en su progreso, en este estudio se ha realizado una caracterización exhaustiva del transcriptoma de dos genotipos de haba (29H y Vf136) con reacción diferencial frente a la infección por el hongo Ascochyta fabae utilizando la plataforma de secuenciación Illumina. A partir de la información obtenida tras el ensamblaje del nuevo transcriptoma se han identificado 21.243 unigenes que han sido anotados con diferentes bases de datos. De ellos se ha obtenido un subconjunto de 850 expresados diferencialmente entre el parental resistente (29H) y el susceptible (Vf136) a p < 0.05. Además se han identificado 39.060 SNPs y 3.669 INDELs. De los 850 unigenes se han seleccionado 128 por presentar algún SNP y se utilizaron para genotipar los individuos de esta población mediante los sistemas de genotipado KASPar e iPLEX-Sequenom. Estos unigenes expresados diferencialmente tras la infección del hongo Ascochyta fabae pueden identificar genes candidatos asociados a la resistencia a estreses bióticos en esta leguminosa. La integración de estos genes en el mapa de referencia disponible nos ayudará a actualizar el mapa de ligamiento de la población y a saturar QTLs relacionados con la resistencia a Ascochyta identificados en estudios previos (1, 2, 3). Los resultados serán un importante recurso para futuros estudios básicos y aplicados en leguminosas de importancia económica, proporcionand o información valiosa para comprender mejor las vías involucradas en el mecanismo de resistencia contra A. fabae y para identificar genes de resistencia potenciales para ser utilizado en la selección asistida por marcadores.

Os transtornos alimentares (TA) são quadros psiquiátricos graves, de etiologia multifatorial e a influência genética parece exercer importante papel. Três genes são candidatos em potencial para o desenvolvimento desses quadros e são investigados: o gene do receptor 5-hidroxitriptamina (5-HT2A), o do Fator Neurotrófico Derivado do Cérebro (BDNF) e do receptor ? do estrogênio (ER?). O objetivo deste estudo foi identificar a presença de polimorfismos (SNPs) desses genes em pacientes e ex-pacientes com TA (grupo de pacientes-GP) e em mulheres jovens saudáveis (grupo controle-GC) e foi realizado junto ao Grupo de Assistência em Transtornos Alimentares do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP. Coletaram-se os dados: idade, peso e altura para cálculo do índice de massa corporal (IMC) e aplicou-se o Eating Atitudes Test (EAT-26) para excluir possível caso de doença no GC (A), as frequências dos genótipos de risco GA e AA foram de 6,8% no GP e 8,9% no GC (pX2 =1,00; OR=0,751; IC95%=0,147-3,841 e pa =0,883), e o SNP situado no éxon 8 (1730 A->G), as frequências dos genótipos de risco AG e AA foram de 65,5% no GP e 83,3% no GC (pX2 =0,064; OR=0,380; IC95%=0,144-1,002 e pa =0,399). Todas as análises não apresentaram diferença estatística significativa para a presença dos alelos de risco que podem contribuir para o desenvolvimento de TA. Concluiu-se que a heterogeneidade da população brasileira, a baixa incidência da doença e a amostra limitada do GP podem ter influenciado para as semelhanças entre os grupos. Futuros estudos, utilizando marcadores genéticos de etnias e amostras maiores, devem prosseguir na linha promissora da investigação etiológica. Eating disorders (ED) are serious psychiatric conditions with multifactorial etiology, it seems genetic influence has an important role. Three genes were investigated: the receptor 5-hydroxitriptamine (5-HT2A), the Brain-Derived Neurotrophic Factor (BDNF) and the Estrogen Receptor ? (ER?). This study aims at identifying the presence of polymorphisms (SNPs) in patients or in ex-patients with ED (Group of patients - GP) and in wealthy women (Control Group - CG). The study was conducted with the Eating Disorders Assistence Group at Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP. To calculate the Body Mass Index (BMI), we collected data referring to age, weight and height, we applied the Eating Attitudes Test (EAT-26) to exclude a possible occurrence of disease in the CG (A), the frequency of risk genotypes GA and AA were of 6,8% in the GP and of 8,9% in the CG (pX2 =1,00; OR=0,751; IC95%=0,147-3,841 and pa =0,883), and for the SNP located in the exon 8 (1730 A->G), the frequency of risk genotypes AG and AA were of 65,5% in the GP and 83,3% in the CG (pX2 =0,064; OR=0,380; IC95%=0,144-1,002 e pa =0,399). There were no significant differences between the studied groups for the presence of risk alleles that may contribute to the development of ED. We concluded that heterogeneity of Brazilian population, the low incidence of the disease in it and the limited sample of GP may have influenced the similarities between the groups. Future studies using genetic markers of ethnicity and a wider sampling may contribute to the promising trend of etiologic investigation.

O Brasil se mantém na posição de maior exportador mundial de carne de frango, e o terceiro em produção, abaixo apenas dos Estados Unidos e da China. O grande avanço na produtividade avícola é devido principalmente ao melhoramento genético. As novas tecnologias na área da genômica animal podem oferecer ferramentas que auxiliam na seleção assistida por marcadores. O presente trabalho teve como objetivo identificar polimorfismos em seis genes (FGFBP1, FGFBP2, CAPN1, CAPN3, MyoG e MSTN) de uma população experimental, validá-los em uma população comercial e realizar a associação dos polimorfismos com características de interesse econômico na avicultura. Para a identificação de polimorfismos foram utilizadas 11 aves (F1) pertencentes à uma população experimental da Embrapa Suínos e Aves, e um polimorfismo de cada gene foi selecionado para a genotipagem em média de 180 animais da geração F2 da população experimental da Embrapa e 311 frangos de corte de uma população comercial através de sondas TaqMan®. SNP 2014G>A (FGFBP1) foi associado com peso eviscerado (PE), e os genótipos do SNP 651G>A (FGFBP2) foram associados com perdas de água por exsudação (EXSU) e teor de vermelho da carne (a*). O polimorfismo g.2554T>C (CAPN1) foi associado com peso vivo aos 35 a 42 dias, peso da coxa, peso do peito, peso da carcaça e luminosidade da carne. O SNP g.15486C>T (CAPN3) foi associado com rendimento da coxa, perdas de água por cozimento da carne e força de cisalhamento da carne. O polimorfismo g.2947A>G (MyoG) foi associado com porcentagem de proteína e cinzas na matéria mineral, porcentagem de cinzas na matéria seca, peso eviscerado, peso de pernas e peso à seleção aos 38 dias. Para o SNP g.324C>T (MSTN) foram observados associações com peso do fígado, conversão alimentar, peso ao abate e peso eviscerado. Os resultados obtidos neste trabalho permitem a indicação dos polimorfismos do tipo SNP, aqui apresentados, como marcadores moleculares, os quais são ferramentas importantes para programas de melhoramento avícola que objetivam seleção de animais geneticamente superiores para características de desempenho, carcaça, desenvolvimento muscular e qualidade de carne. Brazil is the worlds largest chicken meat exporter, and the third in production, behind the United States and China. The great advance in productivity is due mainly to poultry breeding. New technologies in the field of animal genomics that have provided tools such as marker-assisted selection. This study aimed to identify polymorphisms in six genes (FGFBP1, FGFBP2, CAPN1, CAPN3, MyoG and MSTN) of an experimental population, validate them in a business population and perform the association of polymorphisms with traits of economic interest in poultry. To identify polymorphisms, we used 11 birds (F1) belonging to an experimental population of Embrapa Swine and Poultry, and a polymorphism of each gene was selected for genotyping on average of 180 chickens from an F2 experimental population from Embrapa and 311 broilers from a commercial population using TaqMan® probes. SNP 2014G>A (FGFBP1) was associated with gutted weight (GW), and the genotypes of SNP 651G>A (FGFBP2) were associated with water loss by exudation (EXSU) and meat red content (a*). Polymorphism g.2554T>C (CAPN1) was associated with body weight at 35 to 42 days, thigh weight, breast weight, carcass weight and meat lightness content. The SNP g.15486C>T (CAPN3) was associated with thigh performance, water losses by cooking the meat and meat shear force. Polymorphism g.2947A>G (MyoG) was associated with protein percentage and ash in the mineral matter, ash percentage in dry matter, gutted weight, leg weight and weight to selection for 38 days. The SNP g.324C>T (MSTN) showed associations with liver weight, feed conversion, slaughter weight and gutted weight. The results indicate that the type polymorphisms SNP shown here as molecular markers, which are important tools for breeding programs aimed at poultry selection of genetically superior animals for of performance, carcass, muscle development and meat quality traits.

Citocinas são pequenas moléculas de sinalização celular que desempenham um papel muito importante no sistema imunológico e atuam na comunicação intracelular. Escolheu-se cinco genes pertencentes a essa família com o objetivo de se estudar SNPs que possam estar associados com a resistência à verminose gastrintestinal em caprinos. São eles: IL2, IL4, IL13, IFNg e TNFa. Para isso foi estudada uma população de 229 caprinos. Estes animais foram produzidos na Embrapa Caprinos e Ovinos (Sobral, CE) a partir de animais das Raças Saanen, raça considerada susceptível a endoparasitas gastrintestinais e Anglo-nubiana, raça considerada resistente aos mesmos endoparasitas. Após dois cruzamentos a terceira geração de animais, considerada F2, possuía 229 animais. Foram coletadas amostras de sangue para posteriores etapas de extração de DNA e quantificação; foram coletadas também amostras de fezes para contagem de ovos por grama de fezes (OPG). Os dados foram transformados em log10(n+1), onde n é número de ovos por grama de fezes, e analisados usando o procedimento dos modelos mistos do SAS (2002/2003). Os efeitos fixos incluídos no modelo foram sexo, coleta e idade a coleta e a variável animal foi utilizada como efeito aleatório. Com base no resultado dessa análise escolheu-se 44 animais com fenótipos extremos para resistência. Visando a prospecção de SNPs foram sequenciadas duas regiões do gene IL2, uma região do gene IL4, duas regiões do gene IL13, três regiões do gene IFNg e quatro regiões do gene TNFa. Foram encontrados dois SNPs no gene IL2 (intron 1 e intron 2), um SNP no gene IL4 (intron 3), um SNP no gene IL13 (intron 1), seis SNPs no gene IFNg (dois no exon 1, um no intron 1, um no intron 2, um no exon 3 e um no exon 4) e dez SNPs no gene TNFa (dois deles na região promotora do gene, dois no intron 2 e seis no exon 4). Verificou-se que há alteração de aminoácido na sequência de apenas um dos SNPs encontrados em regiões codificadoras de proteínas. A troca ocorre no segundo SNP localizado no exon 1 do gene IFNg (A/C), onde há alteração do aminoácido asparagina (considerando o alelo A) para treonina (alelo C). O estudo da associação entre as amostras extremos para resistência e os marcadores tipo SNP foi realizado com o teste de Fisher e observou-se que, dentre os vinte SNPs encontrados, oito deles apresentaram um valor de P ≤0,05, o que indica que os SNPs são potenciais marcadores moleculadores para resistência à verminose gastrintestinal, ou seja, provavelmente associados ao fenótipo estudado. Para essa associação ser validada é necessário estudar o efeito desses SNPs na população completa e em outras populações. The cytokines are small cell-signaling proteins that play important role in immunologic system acting in intracellular communication. Five genes from cytokine family, i.e., IL2, IL4, IL13, IFNg, and TNFa were selected to search for SNPs, which may be associated with goat gastrointestinal endoparasites resistance. A population of 229 goats was produced in Embrapa Caprinos (Sobral, CE, Brazil). This population was an F2 offspring from a F1 intercross, which was in turn produced by crossing Saanen pure breed considered to be susceptible to gastrointestinal endoparasites with Anglo-nubiana pure breed considered to be resistant. Blood samples were collected for DNA extraction and fecal samples were collected for parasite egg counting. The data were transformed in log10(n+1), where n is the number of eggs per gram of feces, and analyzed by using the mixed model procedure of SAS (2002/2003). The fixed effects included were sex, sampling and age at sampling. The animal variable was used as random effect. After data analyses, forty four phenotypic extremes for endoparasite resistance were selected. Two regions of the gene IL2, one region of each gene IL4 and IL13, three regions of IFNg, and four regions of TNFa were sequenced in the search for SNPs. Two SNPs were found in the gene IL2 (intron 1 and intron 2), one SNP was found in IL4 (intron 3) one SNP in IL13 (intron 1) six SNPs in IFNg (two in the exon 1, one in the intron 1, one in the intron 2, one in the exon 3, and one in the exon 4) and ten SNPs were found in the gene TNFa (two in the promoter region, two in the intron 2 and six in the exon 4). Among all the SNPs found within exons only the second SNP of the IFNg exon 1 changes the amino acid. This SNP replaces an asparagine (allele A) by a threonin (allele C). The association study between the extremes and SNPs was performed using the Fisher exact test. A number of eight of the twenty described SNPs presented significant P value (P ≤0.05) indicating association with gastrointestinal endoparasite resistance and thus, the potential applicability as molecular markers for genetic improvement efforts involving this disease. To validate the associations, however, is necessary to study the effect of SNPs in a great number of animals and also in a variety of breeds.

A doença de Alzheimer (DA) é complexa e de etiologia desconhecida. Provavelmente componentes multifatoriais influenciam no desencadeamento dessa patologia, sendo que o único fator genético de risco bem estabelecido até o momento para a doença é a variante alélica APOE*E4. Nos últimos anos, descobriu-se uma série de polimorfismos em genes diferentes sugerindo que essas alterações possam ter participação discreta na patologia. O presente estudo avaliou vinte e um polimorfismos distribuídos em treze genes, sendo estes APOE, ACE, APP, BDNF, CALHM1, CST3, GAB2, GAPDH, GSK3B, GSTP1, IL1A, IL1B e SORL1 , em pacientes, controles idosos e indivíduos com comprometimento cognitivo leve, na tentativa de verificar se existe algum tipo de associação entre os polimorfismos investigados como fatores de risco para DA. Nossos resultados mostraram associações positivas entre cinco polimorfismos conferindo risco elevado para o desenvolvimento de DA (rs429358 e rs7412 de APOE, rs2373115 de GAB2, rs6438552 de GSK3B e rs641120 de SORL1). Outro achado consistente de nosso estudo foi que 20/21 polimorfismos estudados apresentaram ao menos um genótipo associado com risco elevado para DA na presença de um alelo APOE*E4. Com nosso trabalho contribuímos para aumentar o conhecimento sobre a etiologia da DA, identificando possíveis marcadores moleculares de suscetibilidadenessa patologia. Alzheimers disease (AD) is complex, and its ethiology is not completely understood yet. It is likely that multifactorial components do account for this pathology development, being the allelic variant APOE*E4 is the only well-established genetic risk factor so far. Recently, a series of polymorphisms located at different genes were related to AD, suggesting that those variations might have a modest participation in this pathology. The present study evaluated twenty-one polymorphisms distributed in thirteen genes, being them APOE, ACE, APP, BDNF, CALHM1, CST3, GAB2, GAPDH, GSK3B, GSTP1, IL1A, IL1B and SORL1, in elderly controls, AD and mild cognitive impairment patients, attempting to verify if there is any kind of association between the selected polymorphisms as risk factors for AD. Our results show positive associations between five polymorphisms and AD (APOE rs429358 and rs7412, GAB2 rs2373115, GSK3B rs6438552 and SORL1 rs641120). Another consistent finding was that 20/21 polymorphisms analyzed showed at least one genotype associated with increased risk for AD at the presence of at least one APOE*E4 allele. We intend that our research might contribute to increase what is known about AD ethiology, by deciphering possible molecular susceptibility markers evolved with this pathology.

Os estudos de alto risco com descendentes de indivíduos portadores de psicoses fornecem uma oportunidade para estudar possíveis características fenotípicas e genéticas que podem estar envolvidas no desenvolvimento destes transtornos. Até o momento as pesquisas sobre a influência da vulnerabilidade genética e o ambiente sobre o comportamento das crianças de risco são escassos e inconclusivos. Objetivo: Revisão dos principais estudos genético-epidemiolólogicos e dos principais achados dos estudos de alto risco para psicose funcional. Revisão dos estudos genético-moleculares dos polimorfismos Ser9Gly (rs6280), VNTRDAT1 (NM_001044.3), Val66Met (rs6265) e 5HTTLPR (- X76753) e estudo de associação destes polimorfismos em mães portadoras de psicose funcional e em seus respectivos filhos. A distribuição destes polimorfismos em quatro características clínicas nos filhos (Síndrome Ansiedade/depressão e Retraimento/depressão do CBCL, atraso escolar e déficit intelectual) foi o objetivo secundário. Métodos: Sujeitos-Mães com esquizofrenia e transtorno afetivo bipolar atendidas no Instituto Psiquiatria do IPq-HCFMUSP e atendidas na Clínica de Ginecologia da mesma Universidade foram convidadas a participar.Para cada mãe, 1 filho foi escolhido, estratificando-se para gênero e idade (6-18 anos). Os entrevistadores eram cegos e aplicaram nas mães SCID (Entrevista Clínica Estruturada para DSM-IV) e GAF (Avaliação Global de Funcionamento) e nas crianças CBCL (Child Behavior Checklist) (Achenbach, 1983) e WASI (Wechsler Abbreviated Scale of Intelligence). Foi avaliado nível socioeconômico baseado em um instrumento utilizado em estudos de populacionais brasileiros (ANEP). As freqüências de polimorfismos da mães foi feita comparando-as segundo o diagnóstico psiquiátrico (Esquizofrenia, Transtorno Afetivo Bipolar e Controles). A análise das características das crianças foi realizado inicialmente segundo o diagnóstico da materno e posteriormente de acordo com possíveis síndromes clínicas que estas crianças apresentaram. A análise de dados foi executada pelo Programa Estatístico SPSS 15.0. Os grupos foram comparados de acordo com características através de Chi-quadrado de Pearson ou do Teste Exato de Fisher, adotando-se valor de significância de 0.05. RESULTADOS: 167 mães (58 com esquizofrenia, 47 com transtorno afetivo bipolar e 62 controles) e seus filhos participaram. Não se observaram diferenças significantes nos alelos e genótipos dos polimorfismos do Ser9Gly, VNTR-DAT1, Val66Met e 5HTTLPR. Houve diferença na freqüência das Síndromes Retraimento/depressão e Ansiedade/depressão no grupo de filhos de mães portadoras de TAB, porém sem associação com os polimorfismos estudados. Uma tendência de associação foi detectada entre homozigose ser9gly e prejuízo mental (p = 0,09) e uma associação entre homozigose 9 e 10 do VNTR-DAT1- (p=0,03) e Síndrome Ansiedade/Depressão nas crianças independente da diagnóstico da materno. CONCLUSÃO: Apesar da limitação do tamanho da amostra, nossos resultados apóiam a viabilidade metodológica dos estudos de risco alto para analise em genética molecular. Futuramente pretende-se explorar os dados encontrados com o aumento da amostra e com a introdução de novas variáveis advindas do segmento desta população. The high-risk studies involving offspring of parents who developed psychoses provide the opportunity to clarify quantitative trait loci that may underlie liability traits. Until now, the research about the influence of genetic vulnerability and environmental factors on child behavior is scarce and inconclusive. Objective: In this research a review of the findings of previous HR studies in functional psychoses, the analyze polymorphisms distribution of the genes DRD3 (Ser9Gly - rs6280), DAT1 (VNTR-Variable Number of Tandem Repeats - NM_001044.3), BDNF (Val66Metrs6265) and serotonin transporter (5HTTLPR - X76753.2) among functional psychoses women and their offspring and polymorphisms distribution in four clinical characteristics among the offspring (Anxious/Depressed and Withdrawn/Depressed syndromes from CBCL, school delay and low intelligence coefficient) was done. Methods: Outpatient mothers with schizophrenia and bipolar referred from the Psychiatric Institute in Sao Paulo and outpatient mothers referred from the Gynecologic Clinic of the same university. For each mother, one offspring was chosen and stratified by gender and age (6-18 y.o.). Blinded interviewers applied the SCID (Structured Clinical Interview for DSM-IV) and Global Assessment of Functioning Scale (GAF) to the mothers, the Child Behavior Checklist (CBCL) (Achenbach, 1983) and WASI (Wechsler Abbreviated Scale of Intelligence) to the children. Socioeconomic status was evaluated based on a Brazilian standardized instrument used in population studies (ANEP). The polymorphisms distribution among mothers was done comparing the diagnoses (Controls, Bipolar Disorder and Schizophrenia). The analysis of the offspring characteristics was initially done according to mother s diagnosis and later according to likely clinical syndromes these children showed. Data analysis was performed with the Statistical Program for Social Sciences (SPSS - 15.0). The groups were compared according to characteristics using Pearson s Chi-square or Fisher s Exact Test adopting significance value of 0.05. RESULTS: 167 mothers (58 with schizophrenia, 47 with bipolar disorder and 62 controls) participated. No significant difference was observed in the allelic and genotype frequencies in the polymorphisms of the Ser9Gly, VNTR- DAT1, Val66Met- and 5HTTLPR. There was some difference in Anxious/Depressed and Withdrawn/Depressed syndromes frequency in the children from bipolar group, but without association with the polymorphism studied. A tendency of association was detected between homozygosis ser9gly DRD3 and mental impairment (p= 0,09), and an association between homozygosis 9* and 10* of DAT1-VNTR (p=0,03) and Anxious/Depressed in children, regardless of mother s diagnosis. CONCLUSION: Despite of the sample size limitation, our results supported the methodological feasibility of a high-risk study. Hereafter it intends to explore the data found by increasing the sample and introducing new variables from the follow up.

Introdução: A hipertrofia ventricular esquerda é importante fator de risco de morbidade e mortalidade cardiovascular. Sua associação com variantes funcionais do sistema renina-angiotensina é controversa. Objetivos: Avaliar a associação entre massa ventricular esquerda e função sistólica e diastólica do ventrículo esquerdo e os polimorfismos inserção/deleção do gene da enzima de conversão da angiotensina e M235T do gene do angiotensinogênio. Métodos: Estudo observacional realizado numa amostra da população da cidade de Vitória (Espírito Santo), utilizando como base a metodologia do projeto Mônica da Organização Mundial da Saúde. Realizamos avaliação clínica, perfil antropométrico, análise laboratorial e ecocardiograma em 652 indivíduos previamente genotipados para polimorfismos da enzima de conversão da angiotensina e do angiotensinogênio. Analisamos massa ventricular esquerda indexada pela área de superfície corpórea e pela altura2,13. Classificamos o ventrículo esquerdo em padrões geométricos: padrão normal, remodelamento concêntrico, hipertrofia concêntrica e hipertrofia excêntrica. A função sistólica ventricular esquerda foi avaliada pela fração de ejeção medida ao modo unidimensional. A função diastólica foi analisada pelo fluxo mitral (onda E, onda A, relação E/A, tempo de desaceleração e tempo de relaxamento isovolumétrico) e pelo Doppler tecidual (velocidade miocárdica em região próxima ao anel mitral septal e lateral: ondas E e A e relação E/E). Resultados: A média de idade da população estudada foi 51 ± 10 anos sendo 59% dos participantes do sexo feminino e 20,8% obesos. Em nossa amostra, 47% dos indivíduos foram classificados como hipertensos. Não houve associação entre hipertensão arterial e os genótipos analisados. Após análise univariada, não encontramos associação entre os polimorfismos inserção/deleção da enzima de conversão da angiotensina e M235T do angiotensinogênio e índice de massa ventricular esquerda, padrões geométricos do ventrículo esquerdo, função sistólica avaliada pela fração de ejeção e os vários parâmetros de função diastólica analisados. Introduction: Left ventricular hypertrophy is an important risk factor for cardiovascular morbidity and mortality. Its association with the reninangiotensin system genetic variants is controversial. Objectives: To assess the association between left ventricular mass, left ventricle systolic and diastolic functions, and polymorphisms of the insertion/deletion angiotensin converting enzyme and M235T angiotensinogen genes. Methods: Observational study in adults from Vitoria (Brazil) using the methodology of the Monica project of the World Health Organization. We performed clinical examination, anthropometric assessment, laboratory analysis and transthoracic echocargiography studies in 652 adults who were previously genotyped for polymorphisms of the angiotensin-converting enzyme and angiotensinogen. We measured left ventricular mass indexed to body surface area and height 2,13, left ventricular ejection fraction, and diastolic function using mitral flow and tissue Doppler. Left ventricle was classified into following geometric patterns: normal, concentric remodeling, concentric hypertrophy and eccentric hypertrophy. Left ventricular systolic function was assessed by ejection fraction by analysis of the M-mode echocardiogram. Diastolic function was assessed using mitral flow (E wave, A wave, E/A ratio, deceleration time and isovolumic relaxation time), and Doppler tissue imaging (mitral annulus velocity in septal and lateral region: E` and A` waves, and E/E`ratio). Results: Mean age of the studied population was 51±10 years; 59% of the subjects were women and 20,8% were obese. Forty seven percent of the individuals were classified as hypertensive. Hypertension was not associated with any of the studied genotypes. Univarate analysis showed no correlation between polymorphisms of the insertion/deletion angiotensin-converting enzyme and M235T angiotensinogen gene variants, left ventricular mass index, left ventricular geometric patterns, and systolic and diastolic functions. Taking together these data indicated no evidence for the association of ACE and angiotensinogen gene variants with cardiac mass and function assessed by echocardiography.

Existen mas de 430 regiones cromosomicas que presentan variantes que podrian participar en la regulacion del peso corporal y en el desarrollo de obesidad. Los polimorfismos en genes relacionados con el gasto energetico como las proteinas desacoplantes, la adipogenia y/o resistencia a la insulina (receptores activados por el proliferador de peroxisomas gamma, los receptores betaadrenergicos, la lipasa sensible a hormonas y el factor de necrosis tumoral alfa) o el apetito (la grelina) parecen estar asociados a fenotipos de obesidad en diferentes poblaciones. El riesgo de ser obeso depende de: a) el repertorio de variaciones individuales en un conjunto de genes relevantes, y b) la historia de exposicion a factores de riesgo de tipo ambiental. Para obtener conclusiones relevantes, es necesario realizar estudios que incluyan a poblaciones control, tamano de muestra suficiente y disenos que ilustren la posible interaccion entre la genetica y el ambiente (dieta, estilo de vida)

Este trabajo de investigación forma parte de los proyectos Mapeo e identificación de genes implicados en el metabolismo lipídico en porcino, la calidad de la carne y la calidad del jamón curado (AGL2007-66707-C02-02) y Estudio de caracteres relacionados con el metabolismo lipidico y la calidad en porcino mediante el analisis integral de datos masivos de genotipos y expresion genica (AGL2010-22208-C02-02), cuya finalidad consiste en determinar la arquitectura genética de diversos caracteres relacionados con el metabolismo lipídico, en particular aquellos vinculados al metabolismo del colesterol, lipoproteínas plasmáticas LDL y HDL y triglicéridos. La presente tesis aborda la caracterización molecular de los genes Low density lipoprotein receptor-related protein 12 (LRP12), Tribbles 1 (TRIB1), Adiponectin (ADIPOQ) y diversos miembros de la familia Solute carrier family 27A (SLC27A1, SLC27A2 y SLC27A4) porcinos, así como la identificación de polimorfismos y la realización de estudios de asociación con caracteres relacionados con el metabolismo lipídico en una población comercial Duroc. En total, se ha detectado cuatro polimorfismos sinónimos en el gen LRP12 (c.507C>T, c.762C>T, c.771A>G y c.1101A>G), un indel en la región 3’UTR del gen TRIB1 (c.*156_157del), una sustitución en la región 3’UTR del gen ADIPOQ (c.*1512G>T), dos polimorfismos sinónimos (c. 441C>T, c.747A>G) y una sustitución (c.*400C>T) en la región 3’UTR del gen SLC27A1 y dos polimorfismos sinónimos en el gen SLC27A4 (c.243T>G y c.837C>T). Asimismo, se ha observado que la variabilidad de los genes LRP12 y TRIB1, localizados en el intervalo de confianza de un QTL para triglicéridos a 190 días, no está asociada con dicho carácter, y sin embargo presenta una fuerte asociación con el contenido de ácidos grasos saturados del músculo gluteus medius (P < 0.001). Para los genes SLC27A1 y SLC27A4 se obtuvo resultados similares, aunque la asociación con el contenido de ácidos grasos saturados resultó ser no significativa después de aplicar la corrección de Bonferroni. Finalmente, el genotipo ADIPOQ presentó una asociación muy significativa con el contenido de LDL a 190 días (P=0.0027). Por otra parte, se ha procedido a identificar polimorfismos del tipo copy number variation (CNV) en la población experimental Duroc. Para ello, se ha empleado la herramienta Illumina Porcine SNP60 Beadchip Y los paquetes informáticos cnvPartition v3.1.6, CNstream y PennCNV. Los resultados obtenidos han evidenciado la existencia de una notable grado de variación cromosómica estructural CNV en dicha población, This study forms part of the projects Mapping and identification of genes involved in pig lipid metabolism and meat and cured ham quality (AGL2007-66707-C02-02) and Study of traits related with lipid metabolism and meat quality in pigs by means of the integral analysis of massive genotyping and expression data (AGL2010-22208-C02-02), whose goal consists in determining the genetic architecture of diverse traits related with lipid metabolism and, in particular, of those dealing with serum cholesterol, triglyceride and low (LDL) and high density lipoprotein concentrations. More specifically, the current thesis has undertaken the molecular characterization of the Low density lipoprotein receptor-related protein 12 (LRP12), Tribbles 1 (Drosophila) (TRIB1), Adiponectin (ADIPOQ) and several members of the Solute carrier family 27A (SLC27A1, SLC27A2 and SLC27A4), as well as the identification of polymorphisms and the performance of association studies with lipid traits in a commercial Duroc population. By using this approach, we have identified four synonymous SNP at LRP12 (c.507C>T, c.762C>T, c.771A>G y c.1101A>G), an indel at the 3’UTR of TRIB1 (c.*156_157del), a substitution at the 3’UTR of ADIPOQ (c.*1512G>T), two synonymous polymorphisms (c. 441C>T, c.747A>G) and one 3’UTR substitution (c.*400C>T) at SLC27A1 and two synonymous polymorphisms at SLC27A4 (c.243T>G AND c.837C>T). We have also found that variability of LRP12 and TRIB1, that map to the confidence interval of one QTL for serum triglycerides, is not associated with the aforementioned trait but with gluteus medius saturated fatty acid content (P < 0.001). Similar associations have been observed for the SLC27A1 and SLC27A4 loci, althought they became non-significant after applying the Bonferroni correction for multiple testing. Finally, we have detected a very strong association between ADIPOQ genotype and serum LDL levels a 190 days (P=0.0027). On the other hand, genotyping of the Duroc population with the Illumina Porcine SNP60 Beadchip has revealed the segregation of a remarkable number of copy number variants.