Sabine Rüsch-Gerdes, Hans P eter Beck, Vladyslav Nikolayevskyy, Irina Kontsevaya, Petras Stakenas, Kadri Toit, Shinji Maeda, Eman Aleksic, Marie Ballif, Stefano Mona, Troels Lillebaek, Maryline Bonnet, Caroline Allix-Béguec, Sophie Lecher, Robin M. Warren, Isdore Chola Shamputa, Francesca Barletta, Isolina Campos-Herrero, Wei wei Jiao, Thomas Kohl, Suzanne M. Crowe, Ewa Augustynowicz-Kopeć, Solomon Ghebremichael, Branislava Savic, Francis Varaine, Dragana Vuković, Camille Blin, Annick Antierens, Li Hwei Sng, Maryse Fauville-Dufaux, Céline Wahl, Thierry Wirth, Stefan Niemann, Eve Willery, Helen Cox, Valeriu Crudu, Emanuele Borroni, Sebastien Gagneux, Philip Supply, Sven Hoffner, Adong Shen, Stobdan Kalon, Michael Rasmussen, Francis Drobniewski, Igor Mokrousov, Michael G. B. Blum, Madeleine Hanekom, Sofía Samper, Matthias Merker, Clifton E. Barry, Nicolas Duforet-Frebourg, Roland Diel, Nalin Rastogi, Daniela Maria Cirillo, Elisabeth Sanchez-Padilla, Molecular Mycobacteriology, Research Center Borstel - Leibniz Lung Center [Germany], Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Biologie Intégrative des Population, Evolution Moléculaire, École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Biologie Computationnelle et Mathématique (TIMC-IMAG-BCM), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), National Reference Center for Mycobacteria, Institut Pasteur de Saint-Pétersbourg, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre for Biomedical Research, Burnet Institute [Melbourne, Victoria], genoscreen, GenoScreen, Medical Department, Médecins sans Frontières [Genève] (MSF), Department of Microbiology, National Tuberculosis and Lung Diseases Research Institute, Institute of Social and Preventive Medicine, Universität Bern [Bern] (UNIBE), Instituto de Medicina Tropical Alexander von Humboldt, Molecular Epidemiology Unit–Tuberculosis, Instituto de Medicina Tropical 'Alexander von Humboldt' (IMT AvH), Universidad Peruana Cayetano Heredia (UPCH)-Universidad Peruana Cayetano Heredia (UPCH), Medical Parasitology and Infection Biology [Basel, Suisse] (MPI), Swiss Tropical and Public Health Institute [Basel], Laboratoire de Recherche en Informatique d'Amiens (LaRIA), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epicentre [Paris] [Médecins Sans Frontières], Emerging Bacterial Pathogen Unit, San Raffaele Scientific Institute, hospital Universitario de Gran Canaria Dr Negrin, Macfarlane Burnet Institute for Medical Research, Laboratoire Jean Alexandre Dieudonné (LJAD), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), PHE National Mycobacterial Reference Laboratory and Clinical TB and HIV Group, Queen Mary's School of Medicine and Dentistry, Division of Infectious Diseases, Imperial College London, Centre national de Référence et Laboratoire Tuberculose et Mycobactéries = National Reference Centre of Tuberculosis and Mycobacteria [Brussels] (CNR), Institut Scientifique de Santé Publique [Belgique] - Scientific Institute of Public Health [Belgium] (WIV-ISP), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), MRC National Institute for Medical Research, Department of Preparedness, Swedish Institute for Infectious Disease Control, Faculty of Medicine and Health Sciences, stellen, Key Laboratory of Major Diseases in Children, Beijing Children's Hospital affiliated to Capital Medical University-Beijing Pediatric Research Institute-Chine - Ministry of Education, Samara Oblast TB Service, Research institute of Tuberculosis, Anti-tuberculosis Association, Institut Pasteur de la Guadeloupe, LAboratoire de Recherche en Mécanique Appliquée (LARMAUR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mycobacteriology Unit, Prince Leopold Institute of Tropical Medicine, Microbiology Unit, Tropical Diseases Research Centre [Zambia] (TDRC), Alcatel-Thalès III-V lab (III-V Lab), THALES [France]-ALCATEL, Central Tuberculosis Laboratory, Singapore General Hospital, Medecins Sans Frontieres (Medecins Sans Frontieres), Médecins Sans Frontières, DTU Fotonik - Department of Photonics Engineering, Danmarks Tekniske Universitet = Technical University of Denmark (DTU), molecular biology and human genetics, Stell, Molecular Mycobacteriology Group, National Reference Center for Mycobacyeria, Origine, structure et évolution de la biodiversité (OSEB), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), We acknowledge J. Peh for her assistance and support in the study andI. Comas for statistical advice. Parts of this work have been supported by grantsfrom the European Community’s Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) under grant agreement 278864 in the framework of the European UnionPathoNGenTrace project and grant agreement 223681 in the framework of theTB-PAN-NET project. We also thank Action Transversale du Muséum Nationald’Histoire Naturelle ‘Les Microorganismes, Acteurs Clés dans les Ecosystèmes’for financial support, European Project: 223681,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2007-B,TB PAN-NET(2009), European Project: 278864,FP7/2007- 2013, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École pratique des hautes études (EPHE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Universität Bern [Bern], Laboratoire Jean Alexandre Dieudonné (JAD), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), THALES-ALCATEL, and Technical University of Denmark [Lyngby] (DTU)