Search

Additional file 2: Figure S1. Manhattan plots of lesion susceptibility for sole haemorrhage (SH), sole ulcers (SU), and white line disease (WL). The standardized SNP effects were calculated by the estimated SNP effects divided by their empirical standard deviation. The data provided represent the Manhattan plots of the standardized SNP effects for lesion susceptibility of sole haemorrhage (SH), sole ulcers (SU), and white line disease (WL) from the genome-wide association analysis.

Additional file 1: Table S1. The top ten markers associated with lesion severity for sole haemorrhage (SH), sole ulcer (SU), and white line disease (WL) from single-marker GWA analyses, including chromosome (BTA), position (Pos), minor allele frequency (MAF), and P-value. The data provided represent the position, allele frequency, and the P value of the top ten markers associated with lesion severity for sole haemorrhage (SH), sole ulcer (SU), and white line disease (WL) from the genome-wide association analysis. Table S2. The top ten markers with the largest standardized SNP effects (Std_SNP_effect) on lesion susceptibility for sole haemorrhage (SH), sole ulcer (SU), and white line disease (WL) from single-marker GWA analyses, including chromosome (BTA), position (Pos), and minor allele frequency. The data provided represent the position, allele frequency, and the effect size of the top ten markers associated with lesion susceptibility for sole haemorrhage (SH), sole ulcer (SU), and white line disease (WL) from the genome-wide association analysis.

Linkage disequilibrium (r2) map of a QTL region on BTA 23 affecting bTB (phenotype 2). The region ranges from SNP ARS-BFGL-NGS-88425 (bp = 38206814) to SNP BTA-01409-rs29012374 (bp = 39411428); white for r2 = 0, shades of grey for 0

En poblaciones en riesgo de extinción, puede ser necesario establecer un programa de conservación ex situ que, desde el punto de vista genético, permita controlar su estructura reproductiva para minimizar los efectos de la consanguinidad y la deriva. En tales programas, a menudo se recomienda igualar las contribuciones familiares al grupo reproductor (estrategia CI) para maximizar el censo efectivo. Este procedimiento causa una relajación parcial de la selección natural, impidiendo su acción sobre fecundidad y limitando su acción sobre viabilidad. El resultado conjunto de estas circunstancias se ha estudiado mediante simulación, cálculo numérico y experimentación en laboratorio, y se han desarrollado predicciones teóricas. Sin embargo, la relajación parcial de la selección no sólo afecta a la variabilidad genética debida a la segregación de alelos deletéreos incondicionales, sino también a la selección responsable de cualquier adaptación a la cautividad. El presente trabajo aborda empíricamente, en un experimento de laboratorio con Drosophila melanogaster, la importancia relativa de las consecuencias de la relajación parcial de la selección sobre fertilidad y sobre viabilidad, tanto en lo que refiere a la selección purificadora como a la adaptación a cautividad. En dicho experimento, partiendo de una población recién capturada, se han mantenido durante 34 generaciones poblaciones replicadas bajo CI o sin manejo de las contribuciones familiares (estrategia CA), utilizando dos censos diferentes (10 y 50 individuos). Los resultados confirman las predicciones teóricas respecto de viabilidad y eficacia, y muestran que la selección natural es capaz de purgar una parte importante de la depresión consanguínea. También ponen de manifiesto un proceso paralelo de adaptación a la cautividad, revelando que bajo CI se produce una selección intensa sobre fecundidad, por selección en contra de parejas estériles, que puede llegar a ser más eficiente que bajo CA. Estos resultados ilustran aspectos importantes en el diseño de programas de conservación.