Search

The emergence of diseases such as white spot disease has become a threat toPenaeus monodoncultivation. Although there have been a few studies utilizing RNA-Seq, the cellular processes of host-virus interaction in this species remain mostly anonymous. In the present study,P. monodonwas challenged with WSSV by intramuscular injection and survived for 12 days. The effect of the host gene expression by WSSV infection in the haemocytes, hepatopancreas and muscle ofP. monodonwas studied using Illumina HiSeq 2000. The RNA-Seq of cDNA libraries was developed from surviving WSSV-challenged shrimp as well as from normal healthy shrimp as control. A comparison of the transcriptome data of the two groups showed 2,644 host genes to be significantly up-regulated and 2,194 genes significantly down-regulated as a result of the infection with WSSV. Among the differentially expressed genes, our study discovered HMGB, TNFSF and c-Jun inP. monodonas new potential candidate genes for further investigation for the development of potential disease resistance markers. Our study also provided significant data on the differential expression of genes in the survived WSSV infectedP. monodonthat will help to improve understanding of host-virus interactions in this species.

Dalam upaya mengembalikan kesuksesan produksi udang windu P. monodon maka langkah perbaikan dan antisipasi mengatasi kegagalan terus dilakukan. Di antara kegagalan yang terjadi adalah penurunan sifat genetik. Penelitian ini bertujuan untuk mengaplikasikan gen penyandi tumbuh cepat pada benih udang windu yang diproduksi melalui pembenihan. Pembenihan menggunakan sistem yang mengaplikasikan biosecurity, probiotik, pakan alami, dan buatan. Ada 35 populasi benih F-1 (PL 12-15) yang dapat diproduksi dengan jumlah yang bervariasi. Gen penyandi tumbuh cepat yang telah diperoleh pada locus PmMS-11A dari mikrosatelit/SSRs (Simple Sequence Repeats), selanjutnya digunakan sebagai indikator tumbuh cepat pada benih-benih yang diproduksi melalui amplifikasi PCR dan dikonfirmasi dengan metode SSCP (Single Strand Confirmation Polyacrilamide). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa gen penyandi tumbuh cepat dapat ditunjukkan oleh locus PmMS11-A pada benih udang windu. Tingkat keakuratan gen penyandi tumbuh cepat tersebut pada benih udang windu turunan F-1 terekspresi pada allel 144 bp. Hal ini juga ditunjukkan keakurasian prediksi dari karakter fenotipnya setelah budidaya di tambak. Produk benih yang dihasilkan sebanyak 838.021 ekor (tumbuh cepat) dan kontrol 172.526 ekor.