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Le programme de sélection de l'huître plate a été initié en 1985 par des pathologistes de la Tremblade. La sélection ne portait que sur le seul critère de tolérance des huîtres plates au parasite Bonamia ostreae et correspondait plus à un outil pour étudier divers aspects de la parasitose qu'un un programme d'amélioration génétique visant la relance de la culture de l'huître plate. Dans le cadre du réseau REGEMO, ce programme a ensuite été repris par les généticiens de l'Ifremer : 1) rappel historique et définition d'un vocabulaire commun à l'ensemble des membres du réseau REGEMO. 2) Inventaire et bilan des opération menées ou en cours ( sur la dernière génération de sélection produite ne 1995, sur le matériel issu de cette génération et produit en 1997. 3) Définition des actions à mettre en oeuvre pour la suite du programme (gestion des cheptels en sélection, plans de croisement et actions de recherche)

Dans le contexte de la mise en œuvre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) dans les lagunes méditerranéennes, un diagnostic de la qualité des peuplements de macrophytes est effectué tous les trois ans. Certaines lagunes du bassin Rhône Méditerranée et Corse sont caractérisées par des profondeurs importantes, qui peuvent constituer une limite naturelle au développement des espèces de référence, dont les herbiers de zostères et de cymodocées représentent la part la plus importante en terme de recouvrement. L’objectif de ce rapport est d’analyser les diagnostics des macrophytes et l’impact des stations profondes de plus de 5 mètres sur la qualité des diagnostics pour les étangs de Ponant, Diana, Urbino, Thau et Berre. Cette analyse est complétée par des références bibliographiques sur le recouvrement des herbiers dans ces lagunes. L’analyse des diagnostics DCE des macrophytes et des données issues de la bibliographie permet de proposer des évolutions dans la stratégie spatiale d’échantillonnage des macrophytes pour les étangs de Diana, Urbino et Berre.

Guide de reconnaissance et de suivi des principales espèces de macrophytes dans les lagunes du Languedoc-Roussillon. Les lagunes du Languedoc-Roussillon sont étudiées depuis plusieurs années par le laboratoire Ifremer de Sète dans le cadre du RSL (Réseau de Suivi Lagunaire; http://rsl.cepralmar.com). Plusieurs compartiments (chimique et biologique) sont suivis pour étudier la principale pression qui s’exerce sur les lagunes : l’eutrophisation. Les peuplements de macrophytes présents dans les lagunes sont un bon indicateur de la qualité du milieu vis à vis de l’eutrophisation. Une méthode de suivi par les macrophytes est développée, qui nécessite la reconnaissance des espèces. Le guide de reconnaissance des macrophytes, destiné aux techniciens et aux gestionnaires des lagunes, a pour vocation d’être un support d’aide à la reconnaissance des espèces. Il s’inscrit dans une série de 3 guides (avec la note technique sur les flux d’azote et de phosphore en sortie de station d’épuration et le guide eutrophisation) réalisés pour valoriser les connaissances acquises dans le cadre des suivis du RSL. Le guide comporte deux parties : • Un chapitre de connaissance générale sur les macrophytes, leur biologie, leur écologie et les différentes méthodes de suivi des macrophytes. • 41 fiches de description des espèces de macrophytes parmi les plus fréquentes dans les lagunes. Les fiches de description des espèces sont illustrées de photos sous-marines, de photos de détails illustrant les éléments importants et de photos microscope quand cela est nécessaire à la reconnaissance.

Increased nitrogen and phosphorus inputs from watersheds, especially since the 1960s with the increased anthropogenic activities is recognized as a major cause of environmental degradation of coastal ecosystems. On the Mediterranean coast, lagoons are particularly affected by the eutrophication leading to significant changes in ecosystem structure, functioning and services. Since 2000, the “Région Languedoc-Roussillon”, the “Agence de l’Eau Rhône Mediterranée & Corse” and Ifremer developed a lagoon monitoring network (RSL) focusses upon eutrophication to assess and monitor status of 24 lagoons of Languedoc-Roussillon and Corsica. Many actions on watershed led to a significant reduction of nutrient inputs. However, the time required to restore these degraded environments to achieve good ecological status under the Water Framework Directive (WFD) is unknown. Coastal restoration is characterized by a hysteresis, i.e. a partial or complete restoration involving different processes and generally longer than the rapid degradation mechanisms. This hysteresis is due to a complex ecosystem functioning involving all physical, chemical and biological processes that play a role in the matter cycles. In a lagoon, the recovery time will depend on: - the structure and functioning of the communities - the release of nitrogen and phosphorus implicated as the internal load - the ability to export the excess nitrogen and phosphorus to the open areas. Aims of the study : - to characterize and quantify the main nutrient flows participating in the reduction of internal nitrogen and phosphorus content in Mediterranean lagoons - to improve the parametrization of mathematical models - to define dynamic restoration scenarios of eutrophised Mediterranean lagoons

Le Réseau de Suivi Lagunaire (RSL), qui permettait d’évaluer l’état vis-à-vis de l’eutrophisation des lagunes du Languedoc-Roussillon, a pris fin en 2013. Une campagne DCE d’évaluation de l’état des masses d’eau côtières et de transition de la façade méditerranéenne est programmée en 2015. Ce rapport rend compte des suivis réalisés par Ifremer en 2014 sur 22 masses d’eau lagunaires du bassin Rhône-Méditerranée et Corse (financement AERMC). Un diagnostic de l’état des masses d’eau, intégrant l’état physico-chimique de la colonne d’eau et l’état du phytoplancton est établi pour les 22 masses d’eau (dont 4 oligo-mésohalines), à partir des données acquises sur la période 2009-2014, selon les critères et les grilles DCE. Trois masses d’eau (Thau, Palavasiens-Ouest et Ponant) font également l’objet d’un diagnostic de l’état des macrophytes selon les méthodes DCE. En complément à ces diagnostics, des prélèvements de sédiments ont été réalisés sur la lagune de Thau afin d’évaluer les teneurs en azote total, phosphore total et en matière organique. Les diagnostics établis selon les grilles DCE pour les lagunes poly-euhalines méditerranéennes, permettent de qualifier deux tiers des 18 masses d’eau suivies en « bon » ou « très bon » état pour le compartiment « phytoplancton » sur les périodes estivales de 2009 à 2014. Les paramètres physico-chimiques « de soutien » mesurés dans la colonne d’eau pour les 18 masses d’eau poly-euhalines sur la période 2009-2014 sont plus déclassants, avec seulement 8 masses d’eau au-dessus du seuil du bon état. Les états du phytoplancton et des paramètres physico-chimiques des quatre masses d’eau oligo-mésohalines (Campignol, Vendres, Bagnas et Marette), interprétés à titre indicatif au regard des grilles de diagnostic DCE en vigueur pour les lagunes poly-euhalines, conduisent à qualifier ces lagunes en état médiocre à mauvais. Les évolutions à venir des outils de diagnostic des lagunes oligo-mésohalines permettront de mieux situer la qualité de ces masses d’eau par rapport à l’objectif de bon état DCE. Une étude Onema/Ifremer/Tour du Valat/UM doit fournir, pour fin 2015, des indicateurs et grilles de diagnostic pour la colonne d’eau et le phytoplancton adaptés à ce type de masses d’eau lagunaires. L’état du compartiment « macrophytes », évalué en 2014 au regard des critères DCE permet de mettre en évidence une tendance à l’amélioration sur les Palavasiens-Ouest et sur Thau par rapport au diagnostic précédent. Les deux masses d’eau affichent encore un état moyen du compartiment macrophytes en 2014, mais le bon état sur Thau est quasiment atteint. En revanche, l’état des macrophytes sur Ponant est qualifié de médiocre au regard des grilles DCE et les suivis ne permettent pas de mettre en évidence d’amélioration depuis le diagnostic de 2010.

L'herbier de Ruppia cirrhosa a connu des périodes de fortes régressions et de reprises dans la lagune de Canet-St-Nazaire. Pour mieux comprendre ces fluctuations, une étude bibliographique de la physiologie de la phanérogame Ruppia cirrhosa est réalisée, associée à l'analyse des données disponibles dans la lagune de Canet (acquises notamment dans le cadre du Réseau de Suivi Lagunaire). Les éléments influant sur le développement ou la régression de Ruppia cirrhosa sont étudiés à la lumière des connaissances bibliographiques. L'eutrophisation et la contamination chimique, associées à des paramètres environnementaux parfois défavorables ont pu contribuer au déclin de l'herbier après 2002. Les conditions qui ont permis la reprise de l'herbier à partir de 2011 ne sont pas clairement explicitées. Des suivis réguliers des peuplements végétaux associés aux suivis de certains éléments ciblés seraient nécessaires pour une meilleure compréhension du fonctionnement de l'herbier de Ruppia cirrhosa dans la lagune de Canet St-Nazaire.

The Mediterranean benthic network proposes an integrated approach in term of scientific research and monitoring networks dealing with benthic biocenosis in the Mediterranean Sea (French part) ; it gives a state of the art as well as future needs, regarding regulatory aspects and data storage., L’avant projet sommaire du REBENT Méditerranée propose une approche intégrée des recherches et surveillances portant sur les biocénoses benthiques en Méditerranée ; il dresse un état de l’art des connaissances en la matière ainsi que des besoins futurs, en ciblant sur l’écoute de la demande sociétale et des cadres de gestion, ainsi que la bancarisation des données