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Non-destructive and high throughput methods have been developed for seed quality evaluation. The aim of this study was to relate parameters obtained from the free and automated analysis of digital radiographs of hybrid melons’ seeds to their seeds’ physiological potential. Seeds of three hybrid melon (Cucumis melo L.) cultivars from commercial lot samples were used. Radiographic images of the seeds were obtained, from which area, perimeter, circularity, relative density, integrated density and seed filling measurements were generated by means of a macro (PhenoXray) developed for ImageJ® software. After the X-ray test, seed samples were submitted to the germination test, from which variables related to the physiological quality of the seeds were obtained. Variability between lots was observed for both physical and physiological characteristics. Results showed that the use of the PhenoXray macro allows large-scale phenotyping of seed radiographs in a simple, fast, consistent and completely free way. The methodology is efficient in obtaining morphometric and tissue integrity data of melon seeds and the generated parameters are closely related to physiological attributes of seed quality. Resumo: Métodos não-destrutivos e de alto desempenho têm sido desenvolvidos para avaliação da qualidade de sementes. O objetivo deste estudo foi relacionar parâmetros obtidos a partir da análise gratuita e automatizada de radiografias digitais de sementes de melão híbrido com o seu potencial fisiológico. Foram utilizadas amostras de sementes comerciais de três cultivares híbridas de melão (Cucumis melo L.), cada uma representada por três lotes. Foram obtidas imagens radiográficas das sementes, das quais foram geradas determinações de área, perímetro, circularidade, densidade relativa, densidade integrada e preenchimento da cavidade interna de sementes, por meio de uma macro (PhenoxXray) desenvolvida para o software ImageJ®. Após o teste de raios-X, as sementes foram submetidas ao teste de germinação, a partir do qual foram obtidas variáveis relacionadas à qualidade fisiológica. Observou-se variabilidade entre lotes para as características físicas e fisiológicas. Os resultados demonstraram que o uso da macro PhenoXray permite a fenotipagem em larga escala das radiografias de sementes de maneira simples, rápida, consistente e totalmente gratuita. A metodologia é eficiente na obtenção de dados morfométricos e de integridade tecidual em sementes de melão, e os parâmetros gerados apresentam estreita relação com atributos fisiológicos da qualidade das sementes.