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Hérité de la loi sur l’Élevage de 1966, le dispositif génétique français a permis la mise en place d’un vaste recueil de phénotypes en ferme et en station. Toutes ces collectes ont pu être valorisées collectivement au travers de nombreuses évaluations génétiques, et notamment les évaluations nationales sur les données recueillies en ferme appelées « IBOVAL ». Ces évaluations ont évolué tant d'un point de vue méthodologique (évaluations polygéniques et maintenant génomiques) que sur l’éventail des caractères valorisés. La filière de production de viande bovine dispose aujourd’hui d’outils génétiques performants permettant d’évaluer les reproducteurs bovins allaitants, de les sélectionner sur leurs aptitudes bouchères et leur qualités maternelles en ferme et en station (contrôle individuel ou sur descendance). Le panel de caractères traités (naissance, sevrage, post-sevrage, reproduction, aptitudes bouchères) permet d’élaborer des objectifs de sélection adaptés aux orientations raciales, aux contraintes de la filière et de l’élevage. Les programmes de sélection utilisant ces outils génèrent un progrès génétique. Celui-ci est diffusé efficacement, même si la faible pénétration de l’insémination animale reste un facteur limitant. Enfin, l’arrivée de la génomique, les changements organisationnels induits par le nouveau règlement zootechnique européen et le contexte difficile de l’élevage vont entraîner des évolutions au niveau des outils et des objectifs de sélection.

Additional file 5: Table S5. Functional annotations of variants included within confidence intervals (± 100 kb) of the 34 QTL for each trait in the three within-breed Montbéliarde (MON), Normande (NOR), and Holstein (HOL) or in multi-breed analyses.

Additional file 6: Figure S1. −log10(P) plotted against the position of variants detected by GWAS (in grey) and conditional GWAS (GWAS_COJO; in blue) a On BTA1, b BTA2, c BTA5, d BTA11, e BTA14, f BTA20, g BTA27 and h BTA29

Additional file 1: Table S1. The 1000 bull genome population (RUN4). (Daetwyler HD, personal communication).

Additional file 3: Table S3. Description of the pleiotropic QTL regions detected in within-breed (MON, NOR, or HOL) or multi-breed (Multi) analyses.

Additional file 4: Table S4. Description of other significant QTL regions detected in within-breed (MON, NOR, or HOL) or multi-breed (Multi) analyses.

Additional file 2: Table S2. Number of variants included within confidence intervals for each QTL region and trait, regardless of breed.

International audience

International audience

National audience; This study, part of the PhénoFinlait project, was aimed at identifying the genes and mutations responsible for the genetic variability of milk fatty acids (FA) and proteins in Holstein, Montbéliarde and Normandy dairy cattle breeds. For 23 FA and 6 proteins, the analyzed phenotype was the mean of mid infra-red test-day measurements, adjusted for environmental effects. Whole genome sequences (WGS) of 8746 cows genotyped with the 50k Illumina chip were imputed with FImpute software, using 1147 sequenced bulls of the “1000 bull genomes” project as a reference. Over 28 million polymorphisms were predicted. GWAS analysis was carried out within breed with GCTA software and the model included a marker effect and a polygenic effect. Overall, 30 to 40 QTL regions were detected per trait over the genome. Many regions already detected with the 50k chip were confirmed but location confidence intervals were smaller. From this first analysis, several 500kb – 3Mb long regions were defined and analyzed by BayesC. This multi-marker method strongly reduces the effect of long distance linkage disequilibrium and pinpoints a limited number of candidate mutations. Breed comparison and functional annotation of variants also provide information. This work is illustrated by 10 examples on chromosomes 5, 14, 17, 19 and 27 for FA and 1, 2, 6, 11, and 20 for proteins. This study shows the value of WGS to identify candidate causal variants underlying the genetic variation of complex traits.; Cette étude réalisée dans le cadre du programme PhénoFinlait vise à identifier les gènes et les mutations responsables de la variabilité génétique de la composition du lait en acides gras (AG) et protéines dans les trois races bovines laitières Holstein, Montbéliarde et Normande. Pour 23 AG et 6 protéines, le phénotype analysé est la moyenne des mesures par moyen infra rouge à chaque contrôle, corrigées pour les effets de milieu. Les séquences du génome complet de 8746 vaches génotypées avec la puce Illumina 50k ont été reconstituées avec le logiciel FImpute, en utilisant comme référence la séquence de 1147 taureaux du projet « 1000 génomes bovins ». Au total, 28 millions de polymorphismes ont été prédits. L’analyse GWAS a été conduite intra-race avec le logiciel GCTA, le modèle incluant un effet marqueur et un effet polygénique. Cette approche a permis de caractériser 30 à 40 régions par caractère sur tout le génome. On retrouve la majorité des régions déjà détectées avec la puce 50k, mais les intervalles de localisation sont plus précis. Cette première analyse a permis de définir des régions de l’ordre de 500 kb à 3 Mb, analysées par BayesC. Cette méthode multi-marqueurs réduit considérablement l’effet du déséquilibre de liaison à grande distance et permet de proposer des mutations causales candidates. La comparaison entre races et l’annotation des variants aident au choix entre ces propositions. Ce travail est illustré avec 10 exemples sur les chromosomes 5, 14, 17, 19 et 27 pour les AG et 1, 2, 6, 11, et 20 pour les protéines. Cette étude montre l’intérêt du séquençage de génomes entiers pour identifier les mutations responsables du déterminisme génétique des caractères.