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8 results on '"Claire Lemaitre"'

1. Critical Assessment of Metagenome Interpretation - the second round of challenges

Author

Zho. Wang, Ariane Khaledi, Alice C. McHardy, Anton Korobeynikov, A. Cristian, Gherman Uritskiy, Huijue Jia, Philip Thomas Lanken Conradsen Clausen, Till Strowig, Denis Bertrand, N. Smit, Niranjan Nagarajan, Enrico Seiler, Adam G. Thomas, David Koslicki, Piotr Wojtek Dabrowski, Vitor C. Piro, Andreas Bremges, L. Oliker, Petra Gastmeier, Steven Hofmeyr, Zhe Wang, Jason C. Kwan, Alessio Milanese, Tue Sparholt Jørgensen, Mohammed Alser, J. S. Porter, Alexander Sczyrba, Georg Zeller, Bernhard Y. Renard, Chenhao Li, Riccardo Vicedomini, Chengxuan Tong, Andrew S. Warren, Jaqueline J. Brito, Alexey Gurevich, Axel Kola, C.T. Brown, Julien Tremblay, Shinichi Sunagawa, F. Maechler, G. Robertson, Jakob Nybo Nissen, Ruben Garrido-Oter, Rob Egan, Simon Rasmussen, Katherine Yelick, Fernando Meyer, Zhengqiao Zhao, Daniel R Mende, Shanfeng Zhu, Lizhen Shi, F. Malcher-Miranda, Fengzhu Sun, Zi. Wang, Lars Hestbjerg Hansen, J. Buchmann, S. D. Kieser, Jie Zhu, E. M. Robertsen, Fantin Mesny, Sergey Nurk, Pierre Marijon, Dmitry Meleshko, Gail L. Rosen, Nicola Segata, Nathan LaPierre, Eugene Goltsman, Varuni Sarwal, Mirko Trajkovski, Dmitry Antipov, P. Huang, Vanesa R. Marcelino, Francesco Beghini, Antoine Limasset, Rayan Chikhi, Eleazar Eskin, M. A. Gray, Camille Marchet, Lucas Paoli, Adrian Fritz, Evangelos Georganas, Zhi-Luo Deng, T. Klemetsen, Hans-Joachim Ruscheweyh, Evan R. Rees, S. Häußler, Simona Radutoiu, Stéphane Hacquard, Paul Schulze-Lefert, Mikhail Kolmogorov, N. P. Willassen, Pierre Peterlongo, Knut Reinert, Claire Lemaitre, Ronghui You, Søren J. Sørensen, Aydin Buluc, Luiz Irber, Serghei Mangul, B. Chen, and Aaron E. Darling

Subjects
Taxon, Pathogen detection, Microbial Genomes, Metagenomics, Computer science, Critical assessment, Computational biology, Taxonomic rank, Genome
Abstract

Evaluating metagenomic software is key for optimizing metagenome interpretation and focus of the community-driven initiative for the Critical Assessment of Metagenome Interpretation (CAMI). In its second challenge, CAMI engaged the community to assess their methods on realistic and complex metagenomic datasets with long and short reads, created from ∼1,700 novel and known microbial genomes, as well as ∼600 novel plasmids and viruses. Altogether 5,002 results by 76 program versions were analyzed, representing a 22x increase in results.Substantial improvements were seen in metagenome assembly, some due to using long-read data. The presence of related strains still was challenging for assembly and genome binning, as was assembly quality for the latter. Taxon profilers demonstrated a marked maturation, with taxon profilers and binners excelling at higher bacterial taxonomic ranks, but underperforming for viruses and archaea. Assessment of clinical pathogen detection techniques revealed a need to improve reproducibility. Analysis of program runtimes and memory usage identified highly efficient programs, including some top performers with other metrics. The CAMI II results identify current challenges, but also guide researchers in selecting methods for specific analyses.

Published
2021

2. SVJedi: genotyping structural variations with long reads

Author

Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre, Dominique Lavenier, Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique)

Subjects
Statistics and Probability, Genotype, Computer science, Computational biology, Third generation sequencing, Biochemistry, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Humans, Allele, Molecular Biology, Genotyping, Allele frequency, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Genome, Human, Structural variant, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Sequence Analysis, DNA, Short read, Computer Science Applications, Computational Mathematics, Computational Theory and Mathematics, 030220 oncology & carcinogenesis, Genomic Structural Variation, Human genome, Nanopore sequencing, Pacific biosciences, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], 030217 neurology & neurosurgery, Software
Abstract

Motivation Studies on structural variants (SVs) are expanding rapidly. As a result, and thanks to third generation sequencing technologies, the number of discovered SVs is increasing, especially in the human genome. At the same time, for several applications such as clinical diagnoses, it is important to genotype newly sequenced individuals on well-defined and characterized SVs. Whereas several SV genotypers have been developed for short read data, there is a lack of such dedicated tool to assess whether known SVs are present or not in a new long read sequenced sample, such as the one produced by Pacific Biosciences or Oxford Nanopore Technologies. Results We present a novel method to genotype known SVs from long read sequencing data. The method is based on the generation of a set of representative allele sequences that represent the two alleles of each structural variant. Long reads are aligned to these allele sequences. Alignments are then analyzed and filtered out to keep only informative ones, to quantify and estimate the presence of each SV allele and the allele frequencies. We provide an implementation of the method, SVJedi, to genotype SVs with long reads. The tool has been applied to both simulated and real human datasets and achieves high genotyping accuracy. We show that SVJedi obtains better performances than other existing long read genotyping tools and we also demonstrate that SV genotyping is considerably improved with SVJedi compared to other approaches, namely SV discovery and short read SV genotyping approaches. Availability and implementation https://github.com/llecompte/SVJedi.git Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Published
2019

3. Contrasting genomic and phenotypic outcomes of hybridization between pairs of mimetic butterfly taxa across a suture zone

Author

Céline Houssin, James Mallet, Fabrice Legeai, Yann Le Poul, Jérémy Gauthier, Donna Lisa de Silva, Zachariah Gompert, Marianne Elias, Annabel Whibley, Melanie McClure, Claire Lemaitre, Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Natural History Museum [Geneva], Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Department of Biology [Utah], University of Utah, School of Biological Sciences [Auckland], University of Auckland [Auckland], Institut für Soziologie Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Laboratoire Ecologie, Evolution, Interactions des Systèmes amazoniens (LEEISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Guyane (UG)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Department of Organismic and Evolutionary Biology [Cambridge] (OEB), Harvard University [Cambridge], CLEARWING ANR‐16‐CE02‐0012, Agence Nationale de la Recherche, RGP0014/2016, Human Frontier Science Program, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Harvard University, and ANR-16-CE02-0012,CLEARWING,La transparence : origine physique, fonctions adaptatives et évolution chez les papillons transparents(2016)

Subjects
0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Reproductive Isolation, Genotype, Genetic Speciation, Population, Genome, Insect, introgression, Genetic admixture, Introgression, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Nymphalidae, Polymorphism, Single Nucleotide, 03 medical and health sciences, Peru, Genetics, Heliconius, Animals, Wings, Animal, education, Hybridization, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Hybrid, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, education.field_of_study, biology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Reproductive isolation, differentiation, biology.organism_classification, Ithomiini, 030104 developmental biology, admixture mapping, Genetics, Population, Phenotype, Evolutionary biology, Hybridization, Genetic, Butterflies, mimicry
Abstract

International audience; Hybrid zones, whereby divergent lineages come into contact and eventually hybridize, can provide insights on the mechanisms involved in population differentiation and reproductive isolation, and ultimately speciation. Suture zones offer the opportunity to compare these processes across multiple species. In this paper we use reduced-complexity genomic data to compare the genetic and phenotypic structure and hybridization patterns of two mimetic butterfly species, Ithomia salapia and Oleria onega (Nymphalidae: Ithomiini), each consisting of a pair of lineages differentiated for their wing colour pattern and that come into contact in the Andean foothills of Peru. Despite similarities in their life history, we highlight major differences, both at the genomic and phenotypic level, between the two species. These differences include the presence of hybrids, variations in wing phenotype, and genomic patterns of introgression and differentiation. In I. salapia, the two lineages appear to hybridize only rarely, whereas in O. onega the hybrids are not only more common, but also genetically and phenotypically more variable. We also detected loci statistically associated with wing colour pattern variation, but in both species these loci were not over-represented among the candidate barrier loci, suggesting that traits other than wing colour pattern may be important for reproductive isolation. Our results contrast with the genomic patterns observed between hybridizing lineages in the mimetic Heliconius butterflies, and call for a broader investigation into the genomics of speciation in Ithomiini - the largest radiation of mimetic butterflies.

Published
2019

4. GATB: Genome Assembly & Analysis Tool Box

Author

Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Guillaume Rizk, Erwan Drezen, Charles Deltel, Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dept. of Computer Science and Engineering, Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System-Penn State System, ANR-12-EMMA- 0019-01, ANR-12-EMMA-0019,GATB,Boite à outils ' Assemblage pour la Génomique '(2012), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)

Subjects
[INFO.INFO-AR]Computer Science [cs]/Hardware Architecture [cs.AR], Statistics and Probability, Theoretical computer science, Computer science, [INFO.INFO-DS]Computer Science [cs]/Data Structures and Algorithms [cs.DS], Sequence assembly, Genomics, Biostatistics, Biochemistry, Genome, Software, Computer Graphics, Humans, Molecular Biology, Genome, Human, business.industry, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Genome Analysis, Data structure, Applications Notes, Computer Science Applications, Computational Mathematics, Computational Theory and Mathematics, Computer architecture, Graph (abstract data type), Human genome, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], business, Algorithms
Abstract

Motivation: Efficient and fast next-generation sequencing (NGS) algorithms are essential to analyze the terabytes of data generated by the NGS machines. A serious bottleneck can be the design of such algorithms, as they require sophisticated data structures and advanced hardware implementation. Results: We propose an open-source library dedicated to genome assembly and analysis to fasten the process of developing efficient software. The library is based on a recent optimized de-Bruijn graph implementation allowing complex genomes to be processed on desktop computers using fast algorithms with low memory footprints. Availability and implementation: The GATB library is written in C++ and is available at the following Web site http://gatb.inria.fr under the A-GPL license. Contact: lavenier@irisa.fr Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Published
2014

5. A small trip in the untranquil world of genomes

Author

Marie-France Sagot and Claire Lemaitre

Subjects
0303 health sciences, General Computer Science, Mechanism (biology), Computer science, Scale (chemistry), Bioinformatics, Genome, Theoretical Computer Science, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Evolutionary biology, Mutation (genetic algorithm), Genetic algorithm, Genome dynamics, 030217 neurology & neurosurgery, 030304 developmental biology, Sequence (medicine), Computer Science(all)
Abstract

Genomes are dynamic molecules that are constantly undergoing mutations and rearrangements. The latter are large scale changes in a genome organisation that participate in the evolutionary and speciation process, but may also be involved in inherited diseases and in cancer. They have since long been studied by the biologists whereas computational biologists have more recently only been attracted to the topic. One of the (exciting) objectives for studying rearrangements is to understand the underlying molecular mechanisms of evolution. One possible line of investigation is to analyse, at the sequence level, the regions which have undergone a rearrangement, assuming we are able to very precisely locate them. This paper presents a survey of the different methods that have been developed to identify such regions, in particular the approaches that are based on the alignment of genomes. The main purpose of the paper is then to investigate what is currently known about the characteristics of the regions where a rearrangement took place, and about the mechanism(s) which have led to such large scale changes.

Published
2008
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6. Acute choroidal closure caused by hemodialysis accident in an amyloidosic patient

Author

Bahram Bodaghi, Claire Lemaitre-Labilloy, Nathalie Cassoux, and Phuc LeHoang

Subjects
Adult, Indocyanine Green, Male, Anemia, Hemolytic, medicine.medical_specialty, medicine.medical_treatment, Vision Disorders, Visual Acuity, Ischemia, Arterial Occlusive Diseases, Ciliary Arteries, Cellular and Molecular Neuroscience, Renal Dialysis, Occlusion, Humans, Medicine, Fluorescein Angiography, Coloring Agents, Intraocular Pressure, Choroid, business.industry, Amyloidosis, medicine.disease, Systemic amyloidosis, Sensory Systems, Surgery, Ophthalmology, medicine.anatomical_structure, Anesthesia, Acute Disease, Hemodialysis, business
Abstract

We report the case of a 43-year-old man haemodialysed for 20 years for systemic amyloidosis who underwent an acute choroidal occlusion after a haemodialysis accident.The patient had cardiac, pulmonary, neurovegetative and renal localizations of amyloidosis. He complained during a haemodialysis session of discomfort with abdominal pain, headache, bradycardia, vomiting, confusion and blurred vision. Acute haemolytic anemia was confirmed. In the following days, eyes were red and the vision was still altered.Examination showed decreased visual acuity (VA) to 20/80 OU, low intraocular pressure (IOP), major vitritis and pigmentary alterations of the fundus with yellow retinal deposits. Fluorescein and indocyanine green angiographies showed amyloid retinal deposits, pigmentary alterations, normal retinal perfusion and massive choroidal hypoperfusion persisting in the late sequence. Steroid therapy was tried unsuccessfully. The situation slowly improved within 3 months with complete clearing of the vitreous opacities and stabilisation of the pigmentary alterations. VA progressively recovered to 20/30, 1 year after the onset of the disease, but IOP remained low and choroidal perfusion did not improve 2 years after the accident.Choroidal complications of amyloidosis have never been described so far. The acute occlusion observed here was the consequence of an intravascular haemolytic event that completed the preexisting amyloid vascular infiltration.

Published
2005

7. Draft Genome Sequences of Mycoplasma auris and Mycoplasma yeatsii, Two Species of the Ear Canal of Caprinae

Author

Claire Lemaitre, Pascal Sirand-Pugnet, Laurent-Xavier Nouvel, Lucia Manso-Silvan, Emilie Dordet-Frisoni, François Poumarat, François Thiaucourt, Patricia Thebault, Eric Baranowski, Marc Breton, Patrice Gaurivaud, Alain Blanchard, Florence Tardy, Virginie Dupuy, Carole Couture, Daniel J. Jacob, Macha Nikolski, Christine Citti, Sébastien Theil, Aurélien Barré, Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne (MEDIS), Université Clermont Auvergne (UCA)-INRA Clermont-Ferrand-Theix, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut de recherche en astrophysique et planétologie (IRAP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées (Unité MIAJ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBIB), CGFB, Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Génomique, développement et pouvoir pathogène (GD2P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de Microbiologie (MIC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Financial support was provided by the EVOLMYCO project (ANR-07-GMGE-001) from ANR to A.B. (principal investigator [PI]), F. Thiaucourt (Co-PI), F.P. (Co-PI), and C.C. (Co-PI)., ANR-07-GMGE-0001,EVOLMYCO,Etude à grande échelle des génomes des mycoplasmes de ruminants : évolution et adaptation de bactéries minimales à des hôtes complexes(2007), Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne ( MEDIS ), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne ( UCA ), Laboratoire de Génétique Cellulaire ( LGC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut de recherche en astrophysique et planétologie ( IRAP ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 ( UGSF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie du fruit et pathologie ( BFP ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées ( Unité MIAJ ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), VetAgro Sup ( VAS ), Centre de Bioinformatique de Bordeaux ( CBIB ), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics ( GenScale ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA-D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes [Montpellier] ( CMAEE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement [CIRAD] : UMR15, Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique ( LaBRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Génomique, développement et pouvoir pathogène ( GD2P ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement ( LMGE ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, and ANSES

Subjects
education, Biology, medicine.disease_cause, Genome, Microbiology, Caprinae, 03 medical and health sciences, [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], otorhinolaryngologic diseases, Genetics, medicine, Prokaryotes, Ear canal, [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Molecular Biology, health care economics and organizations, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, 030306 microbiology, Mycoplasma, Mycoplasma arginini, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Mycoplasma auris, 3. Good health, medicine.anatomical_structure, sense organs, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Mycoplasma yeatsii
Abstract

We report here the draft genome sequences of Mycoplasma auris and Mycoplasma yeatsii , two species commonly isolated from the external ear canal of Caprinae .

Published
2013

8. Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints

Author

Claire Lemaitre, Marie-France Sagot, Zanoni Dias, Christian Baudet, Christian Gautier, Eric Tannier, An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Computing [Campinas] (UNICAMP), Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), Biological systems and models, bioinformatics and sequences (SYMBIOSE), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Baobab, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (BPGE), Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (4676/08-4 to C.B.), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (472504/2007-0, 479207/2007-0 and 483177/2009-1 to Z.D., partial), French project ANR (MIRI BLAN08-1335497), French-UK project ANR-BBSRC (MetNet4SysBio ANR-07-BSYS 003 02), Project ERC Advanced Grant Sisyphe., European Project: 247073,EC:FP7:ERC,ERC-2009-AdG,SISYPHE(2010), Institute of Computing [Campinas] (IC), Universidade Estadual de Campinas = University of Campinas (UNICAMP), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes

Subjects
Statistics and Probability, 0206 medical engineering, Chromosome Breakpoints, MESH: Algorithms, Genomics, 02 engineering and technology, Computational biology, Biology, Synteny, Biochemistry, Genome, Chromosomes, Set (abstract data type), MESH: Software, 03 medical and health sciences, MESH: Genome, Molecular Biology, 030304 developmental biology, computer.programming_language, Recombination, Genetic, Genetics, 0303 health sciences, Breakpoint, Computational Biology, MESH: Synteny, MESH: Chromosome Breakpoints, Genome Analysis, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Mac OS, Computer Science Applications, Applications Note, Computational Mathematics, Computational Theory and Mathematics, MESH: Chromosomes, MESH: Recombination, Genetic, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Perl, computer, Algorithms, Software, 020602 bioinformatics, MESH: Computational Biology
Abstract

Summary: Genomes undergo large structural changes that alter their organization. The chromosomal regions affected by these rearrangements are called breakpoints, while those which have not been rearranged are called synteny blocks. Lemaitre et al. presented a new method to precisely delimit rearrangement breakpoints in a genome by comparison with the genome of a related species. Receiving as input a list of one2one orthologous genes found in the genomes of two species, the method builds a set of reliable and non-overlapping synteny blocks and refines the regions that are not contained into them. Through the alignment of each breakpoint sequence against its specific orthologous sequences in the other species, we can look for weak similarities inside the breakpoint, thus extending the synteny blocks and narrowing the breakpoints. The identification of the narrowed breakpoints relies on a segmentation algorithm and is statistically assessed. Here, we present the package Cassis that implements this method of precise detection of genomic rearrangement breakpoints. Availability: Perl and R scripts are freely available for download at http://pbil.univ-lyon1.fr/software/Cassis/. Documentation with methodological background, technical aspects, download and setup instructions, as well as examples of applications are available together with the package. The package was tested on Linux and Mac OS environments and is distributed under the GNU GPL License. Contact: Marie-France.Sagot@inria.fr Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Published
2010

Catalog

Books, media, physical & digital resources
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