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Conceived as a general introduction to the book, this chapter is a reminder of the core concepts of genetic mapping and molecular marker-based prediction. It provides an overview of the principles and the evolution of methods for mapping the variation of complex traits, and methods for QTL-based prediction of human disease risk and animal and plant breeding value. The principles of linkage-based and linkage disequilibrium-based QTL mapping methods are described in the context of the simplest, single-marker, methods. Methodological evolutions a.re analysed in relation with their ability to account for the complexity of the genotype-phenotype relations. Main characteristics of the genetic architecture of complex traits, drawn from QTL mapping works using large populations of unrelated individuals, are presented. Methods combining marker-QTL association data into polygenic risk score that captures pa.rt of an individual's susceptibility to complex diseases are reviewed. Principles of best linear mixed model-based prediction of breeding value in animal- and plant-breeding programs using phenotypic and pedigree data, are summarized and methods for moving from BLUP to marker-QTL BLUP are presented. Factors influencing the additional genetic progress achieved by using molecular data and rules for their optimization are discussed.

La diversité génétique de riz traditionnels de Madagascar a été étudiée sur la base de 39 caractères morpho-physiologiques et 19 isozymes. La comparaison avec les riz asiatiques et africains révèle l'existence de nouveaux types variétaux non compris dans les schémas de classification existants. Ces types sont pour la pluspart des cultivars de bas fonds cultivés dans la région de plateau entre 1000 et 1500 m. D'un point de vue morphophysiologique, ils sont au croisement des types indica et japonica tropicaux pour les caractères principaux, bien qu'ils soient les plus grands. Les données isozymiques montrent une diversité génétique globale limitée et une structure bipolaire marquée, similaire à la structure classique indica-japonica avec cependant une prédomonance particulière de l'allèle 2 au locus-1, formant des types multilocus rares ou absents en Asie. Les associations classiques entre quelques isozymes et quelques caractères morphologiques n'existent presque pas. L'introduction des riz d'Asie à Madagascar a été accompagné d'un effet fondateur important et suivi d'une recombinaison intensive entre sous-espèces. L'adaptation à de nouvelles zone écologiques s'est produite sans désorganisation importante des complexes de sous espèces de gènes co-adaptés