Search

▪ Yüksek lisans tezi. Bu tez kapsamında T.C. İstanbul Kültür Üniversitesi Bitki Biyoteknolojisi Labrotuvarı'nda ülkemizde yaygın ekime sahip olan Osmancık-97 çeşidi ve gama radyasyonu ile tuzluluğa toleranslı olarak elde edilmiş mutant 300-5 çeltik hattının, tuz stresi altında tuzlulukla ilişkisi belirlenen miRNA profilleri (miR156a, miR159a, miR169b, miR393a, miR398a ve miR820a) ve bu miRNA'ların etki ettiği genlerin (SPL16, MYB, HAPC2, AFB2, TIR1, CSD2 ve DRM2) tuz stresindeki ifadelerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Tuza toleranslı mutant ile kontrol grubu olarak belirlenen Osmanık-97 çeşidi tuzlu (150 mM NaCl) ve tuzsuz ortamlarda T.C. İstanbul Kültür Üniversitesi Bitki Biyoteknolojisi Labrotuvarı'nda in-vivo ortamda geliştirilmiştir. Hasadı yapılan bitkilerin miRNA ifadelerindeki değişimleri karşılaştırmak amacı ile miRNA izolasyonu yapılmış ardından cDNA reaksiyonu gerçekleştirilmiş ve Probe tabanlı Real-Time PCR analizi yapılmıştır. Elde edilen veriler Osmancık-97 bitkisi ile M-300-5 hattı arasında karşılaştırılmıştır. miRNA'ların hedef gen bölgelerindeki ifadelerin değişimlerini incelemek için tasarımı yapılan primerler ile Real-Time PCR analizi yapılmıştır. Elde edilen bulgular Osmancık-97 çeltik çeşidine ait bitkiler ile M-300-5 hattı arasında karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak yapılan bu çalışmada seçilen mutant bitkide tuz stresinde belirlediğimiz tüm miRNA'ların ifadelerinde artış gözlenmiştir. miRNA gruplarının hedef aldığı gen bölgelerinden metilasyon ile ilişkili gen bölgesi DRM2'de, transkripsiyon faktörü olan NF-YA (HAPC2), kök gelişimi ile ilişkili gen bölgesi AFB2 ve TIR1'de, çiçeklenme ile ilişkili gen bölgesi SPL16'da azalma meydana gelirken, MYB transkripsiyon faktöründe ve SOD ile ilişkili olan CSD2 gen bölgesinde artış olmuştur. Yapılan bu çalışma laboratuvarımızda mutasyon ıslahı metodu ile geliştirilmiş mutant hatlar ile gerçekleştirildiğinden elde edilen miRNA ifadelerindeki değişiklikler özgün değer taşımaktadır.

Dünya nüfusunun %50' sinden fazlasının temel besin kaynağı olan çeltik, tahıllar arasında tuza en duyarlı olan bitkidir. Tuzluluk, gıda güvenliğini tehdit eden başlıca abiyotik stres faktörüdür ve etkisinin gelecek on yılda artması beklenmektedir. Tuzlu topraklar, su ve besin elementlerinin alınımını engelleyerek bitkilerin büyüme oranlarını baskılar ve strese maruz kalma süresi arttığı durumda toksik etki yaratmaktadır. Söz konusu stresin temel elementi olan Na+' un hücre içine ve/veya dışına taşınımı, plazma membranında (SOS1), tonoplastta (NHX1) ve endozomal bölgelerde (NHX5) bulunan taşıyıcılar tarafından gerçekleşmektedir. Bu taşıyıcılar ile hücrenin pH dengesi ve iyon homeostazisi korunmaktadır. Son gelişmeler, epigenetik modifikasyonların, stresle ilişkili genlerin gen ifadesini etki ederek stres toleransından sorumlu olduğunu göstermektedir. Epigenetik modifikasyon tiplerinden olan histon lizinlerin asetilasyonu, genel olarak, ökromatin yapısını indüklerken; deasetilasyonu, heterokromatin yapısının oluşmasına sebep olarak gen ifadesini baskılamaktadır. Stresin tetiklediği genomik ve metabolik değişikliklerin anlaşılabilmesi, başta çeltik olmakla birlikte diğer tahıl bitkilerinde de verimi etkileyen durumların aydınlatılmasını sağlayacaktır. Bu sebeple, epigenetik modifikasyonların, tuza duyarlı (IR28) ve toleranslı (Pokkali) çeltik varyetelerindeki Na+ taşıyıcıları (SOS1, NHX1, NHX5) üzerindeki etkilerini görmek için bu çalışma tasarlanmıştır. Kromatin immünopresipitasyon- kantitatif PCR (ChIP-qPCR) yöntemi kullanılarak H3K9ac ve H3K14ac modifikasyonları incelenmiştir. Bu araştırma, sadece tuzluluk stres toleransını değil, aynı zamanda çeltiğin epigenetik düzenlemesi hakkında da bir bilgi sağlayacaktır., Rice, which is the main food source for more than 50 % of the world’s population, is the most sensitive plant to salt among the cereal. Salinity is the main abiotic stress factor threatening food security and its impact is expected to increase over the next decade. Salty soils supresses the growth rates of plants by preventing the intake of water and nutrients and creates a toxic effect when the exposure time to stress increases. The transport of Na+, which is the basic element of the stress in here, into and/or out of the cell is carried out by transporters located in the plasma membrane (SOS1), tonoplast (NHX1) and endosomal areas (NHX5). These transporters maintain the pH balance and ion homeostasis of the cell. Recent developments suggest that epigenetic modifications are responsible for the stress tolerance by affecting gene expression of stress-related genes. While acetylation of histone lysines, which is one of the epigenetic modification types, generally induces euchromatin structure; deacetylation suppresses gene expression by causing heterochromatin structure. Understanding the genomic and metabolic changes triggered by stress will help to illuminate the conditions that affect yield in rice, but also in other cereal crops. Therefore, this study was designed to see the effects of epigenetic modifications on Na+ transporters (SOS1, NHX1, NHX5) in salt sensitive (IR28) and tolerant (Pokkali) rice varieties. H3K9ac and H3K27ac modifications were investigated using chromatin immunoprecipitation-quantitative PCR (ChIP-qPCR) method. This research will not only provide information about salinity stress tolerance, but also about the epigenetic regulation of rice.

Bu tez çalışması kapsamında ülkemizde yaygın ekime sahip olan Osmancık-97 ve Karadeniz bölgesinde geliştirilmiş olan Mevlütbey çeltik çeşitlerinden, gama radyasyonu ile tuzluluğa toleranslı mutantların elde edilmesi amaçlanmıştır. Cs-137 gama radyasyonu kaynağı ile 0, 250, 300 ve 400 Gy dozlarında çeltik tohumları ışınlanmıştır. Işınlanan tohumlar Karadeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü deneme tarlalarına ekilerek M1 generasyonunda radyasyonun neden olduğu fizyolojik zararlanmalar gözlenmiş ve bitkilerden tohum alınmıştır.Tuza toleranslı mutantların belirlenmesi için seleksiyonlar M2 generasyonunda T.C. İstanbul Kültür Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Bitki Biyoteknolojisi Laboratuvarı'nda yapılmıştır. In vivo ortamda yapılan seleksiyonlarda seçilen tuzluluğa toleranslı 86 mutantın 43 tanesi Osmancık-97 çeşidine aittir. Seçilen M2 generasyonundaki mutant bitkiler tohum elde etmek amacıyla Trakya Tarımsal Araştırma Müdürlüğü deneme tarlalarına dikilmiştir.M3 generasyonunda tuz toleransının devamlılığının kontrol edilmesi için in vitro kallus kültürleri kurulmuştur. Kültürler için kullanılan eksplantlar tohumların embriyonik kısımlarından alınmıştır. Doku kültürlerinde kallus eldesi için en uygun besi yeri içeriği B3 besi yeri (MS tuzları, 3 mg/L 2,4-D ve 560 mg/L prolin) olarak tespit edilmiştir. In vitro kültürlerin sonuçları doğrultusunda tuz stresi altında, tuz stresi uygulanmamış Osmancık-97 kontrol kalluslarına göre daha iyi kallus gelişimi gösteren 250-2, 300-5, 400-2 ve 400-5 mutantları ile moleküler karakterizasyon çalışmalarının yapılmasına karar verilmiştir.Seçilen tuza toleranslı mutantların tuzlu ve tuzsuz ortamlarda biyokimyasal cevaplarını belirlemek amacı ile lipid peroksidasyon, prolin miktarı, fotosentetik pigment konsantrasyonu, total protein konsantrasyonu, peroksidaz, superoksit dismutaz, katalaz enzim aktivitesi saptanmıştır.Seçilen tuza toleranslı mutantların kökenlendikleri Osmancık-97 çeşidi ile ve birbirleriyle olan genetik uzaklıklarını belirlemek için ISSR primerleri kullanılarak PZR yapılmıştır. Elde edilen bant profillerine göre Jaccard genetik benzerlik matrisi oluşturulmuş ve UPGMA dendogramı çizilmiştir. Elde edilen dendogramda Osmancık-97 çeşidi ve mutantların tuz uygulanmış ve uygulanmamış örnekleri iki kümeye ayrılmıştır. Dendogram sonuçları mutantların tamamının Osmancık-97 çeşidinden ayrı alt gruplarda yer aldıklarını göstermiştir.Tuza toleranslı mutantların iki boyutlu proteomik analizleri yapılmıştır. Elde edilen protein spotu profilleri değerlendirilerek tuz stresi altında anlatım farklılığı gösteren 30 protein tespit edilmiştir. Kütle spektroskopisi yöntemi ile tanımlanan bu proteinlerden 9 tanesinin (ribüloz bisfosfat karboksilaz/oksigeneaz aktivaz, trioz fosfat izomeraz, 2-Cys peroksiredoksin, oksijen-evolving enhancer protein 1, ferritin-1, ferredoksin--NADP redüktaz, gliseraldehit-3-fosfat dehidrogenaz, tubby-benzeri F-box protein 11, peptidil-prolil cis-trans izomeraz) tuz stresine tolerans ile bağlantılı olduğu tespit edilmiştir. Çalışmamızda, çeltik mutantlarının tuz stresi altında verdiği cevaplardaki farklılıklarda, özellikle ferredoksin-NADP redüktaz, oksijen-evolving enhancer protein 1, trioz fosfat izomeraz ve 2-Cys peroksiredoksin proteinleri rol oynamaktadır.Sonuç olarak, ülkemizde bu tez kapsamında ilk defa radyasyon ile tuza toleranslı çeltik mutantların geliştirilebildiği gösterilmiştir. Yapılan çalışma sonucunda tuza toleranslı dört farklı çeltik mutantı elde edilmiştir. Bu dört mutantın farklı çevre, iklim ve coğrafik koşullarda daha yüksek ürün potansiyeline sahip çeşitlerin geliştirilmesinde önemli rolü olacaktır. Ayrıca araştırmada kullanılan çeltik çeşitleri ülkemizde geliştirilen yerli çeşitler olması nedeni ile yapılan bu mutasyon çalışması ülkemiz ekonomisi açısından ayrı bir öneme sahiptir. In context of this Ph. D. thesis study, it is aimed to obtain salinity tolerance on Osmancık-97, which is widely planted rice variety in our country, and Mevlütbey, which is a rice variety improved in Black Sea region, by using gamma radiation. Rice seeds were irradiated by 0, 250, 300 ve 400 Gy dose of Cs-137 source. Irradiated seeds were planted in the experimental fields of Black Sea Agricultural Research Institute and physiological effects of radiation on M1 generation were observed, as well as seed were harvested.Selections in M2 generation for determination of salt tolerant mutants were conducted in Plant Biotechnology Laboratory of T.C. Istanbul Kultur University, Department of Molecular Biology and Genetics. Following in vivo selections, 43 of selected salt tolerant mutants were belonging to Osmancık-97 variety. Selected M2 generation mutant plants were planted to Trakya Agricultural Research Institute to obtain seeds.In vitro callus cultures were established in order to determine persistence of salt tolerance in M3 generation. Embrios of the seeds were selected as explant source. B3 medium (MS salts, 3 mg/L 2,4-D, 560 mg/L proline) is determined to be the most suitable medium for callus induction. In respect to the data obtained from in vitro studies, 250-2, 300-5, 400-2 and 400-5 mutants which presented better callus growth comparing to the untreated Osmancık-97 control calluses were selected for further molecular characterization studies.Biochemical responses of selected salt tolerant mutants under salt treated and untreated conditions were evaluated by lipid peroxidation, proline content, photosynthetic pigment content, total protein content, enzyme activities of peroxidase, superoxide dismutase and catalase results.Genetic distance between mutants and Osmancık-97 as their origin were determined by PCR reactions conducted with ISSR primers. Jaccard genetic similarity matrix was generated according to the band profiles and UPGMA dendrogram was drawn. According to the dendrogram, Osmancık-97 variety and salt treated/untreated mutants divided into two distinct clusters. Moreover, all the mutants were seperated from Osmancık-97 variety in different sub-clusters.Two dimensional proteomic analysis of salt tolerant mutants were conducted. Evaluation of protein spot profiles of samples presented that 30 proteins were differed in expression. 9 of these 30 proteins (ribulose biphosphate carboxylase/oxidase activase, triose phosphate isomerase, 2-Cys peroxiredoxin, oxygene-evolving enhancer protein 1, ferritine-1, ferredoxin-NADP reductase, glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, tubby-like F-box protein 11, peptydil-prolyl cis-trans isomerase) were characterized by mass spectroscopy and they were found to be salt tolerans related. In this study, proteomic response differences between rice mutants under salt stress were found to be related to the roles of ferredoxin-NADP reductase, oxygene-evolving enhancer protein 1, triose phosphate isomerase and 2-Cys peroxiredoxin proteins.As a result, it is the first time in Turkey that we presented salt tolerant rice mutants can be induced by gamma radiation. In this study, four different salt tolerant rice mutants were obtained. These four mutants will play important roles on improving novel rice varieties which have higher yield potential under different environmental, climate and geographical conditions. Also, this study is important for our country's economy due to the fact that our salt tolerant mutants were induced from our local rice varieties. 201

Bu çalışmada, farklı ADP-glukoz pirofosforilaz (AGPaz) mutasyonlarına sahip ikinci nesil transgenik ve yabanıl çeltik (Oryza sativa L.) bitkilerinde nişasta miktarı ve AGPaz aktiviteleri, fotosentetik etkinlik ile pigment miktarlarının karşılaştırmalı analizi hedeflenmiştir. Yabanıl türden farklı aminoasit bakiyeleri içeren IV, QC ve IVQC AGPaz büyük alt birim mutasyonlarına sahip transgenik çeltik bitkileri ile yabanıl çeltik bitkisi uzun gün koşullarında iklim odalarında yetiştirilmiştir. İkinci nesil transgenik ve yabanıl çeltik bitkilerinin yapraklarında taşınabilir fotosentez cihazını kullanarak klorofil floresans ölçümlerine dayanarak fotosentetik kapasite analizleri yapılmıştır. Klorofil a, klorofil b, klorofil a/b, total klorofil içerikleri hesaplanmıştır. Ayrıca yapraklardaki nişasta verimi iyot boyama yöntemi kullanılarak elde edilmiştir. Bunun yanında yapraklardaki AGPaz kinetik parametereleri de enzim kinetik karakterizasyon ile belirlenmiştir. Klorofil pigment analizinde yapraklardaki Klorofil a, klorofil b, klorofil a/b ve total klorofil içeriklerinde ve fotosentetik floresans ölçümlerinde yabanıl ve transgeni bitkilerinde belirgin bir fark bulunamamıştır. Fakat AGPaz kinetik karakterizasyonunda kısmen saflaştırılmış QC mutantlı AGPaz enzimleri yabanıl tip ve diğer mutant AGPaz enzimlerine göre, ATP ve G1P substratlarına daha yüksek bağlanma affinitesi göstermiştir. Iyot boyama yönteminde de QC mutantlı bitki yapraklarında yabanıl tip ve diğer mutantlara kıyasla daha yüksek miktarda nişasta tayin edilmiştir. Sonuç olarak QC mutantlı transgenik çeltik bitkilerinin AGPaz yapısının daha stabil bir karakter sergilediği ve yapraklarındaki nişasta miktarının yabanıl tipe oranla artış gösterdiği bulunmuştur. Bu verilerin ileride elde edilecek üçüncü nesil transgenik bitkilerin fizyolojik ve morfolojik çalışmalarına ışık tutacağı düşünülmektedir. In the current study, we aim to determine the photosynthetic activity of transgenic rice which have different ADP-glucose pyrophosphorylase (AGPase) mutations and wild rice plants (Oryza sativa L.) and comparative analysis of amount of pigment and AGPase enzyme activity. Wild type and transgenic rice plants which have IV, QC and IVQC mutations which containing different amino acid content with the AGPase large subunits were grown in the climate chambers adjusted to long day conditions. Chlorophyll fluorescence measurements and photosynthesis capacity calculations were performed on live leaves of mutant and wild rice plants by using portable photosynthesis device. Chlorophyll a, chlorophyll b, chlorophyll a/b and total chlorophyll content were calculated and the comparison of starch quantities was obtained by using starch iodine staining method. In addition, AGPase kinetic parameters in the leaves were determined by enzyme kinetic characterization. Chlorophyll pigment analysis showed no significant difference in chlorophyll a, chlorophyll b, chlorophyll a/b and total chlorophyll contents of leaves and in photosynthetic fluorescence measurements in wild and transgenic plants. However, the partially purified QC mutant AGPase enzymes in AGPase kinetic characterization showed higher binding affinity to ATP and G1P substrates than wild-type and other mutant AGPase enzymes. In the iodine staining method, the QC mutant plant leaves were assigned wild type and higher amount of starch than the other mutants. As a result; the AGPase structure of the QC mutant transgenic rice plants exhibited a more stable character and increased starch starch content. It is thought that these data will shed light on the physiological and morphological studies of the third generation transgenic plants to be obtained in the future. 77

Rice is one of the world's most important crops. Thus, it is necessary to improve it by genetic transformation. IR64 is a high-yielding and disease-resistant variety, but it is sensitive to abiotic stresses, mainly salinity and drought. Therefore, an efficient transformation system is a prerequisite for transforming this indica rice with a stress-tolerant gene, the potent osmolyte proline-coding P5CS gene of Vigna aconitifolia. Successful transgene integration was confirmed by polymerase chain reaction (PCR) and Southern blot analysis. A Mendelian pattern of transgene inheritance was also observed in the progeny plants. The individual transformants expressed significant tolerance over wild-type control plants, as exhibited by NaCl tolerance, lipid peroxidation levels, and total chlorophyll content. Percentage of germination, height, and weight of the plantlet at 400 mM mannitol stress was 60%, 8.1 cm, and 92.5 mg, respectively. Total chlorophyll retention and malondialdehyde content at 200 mM NaCl stress was 65.3% and 8.2 n mol g-1 FW, respectively. These results revealed the abiotic stress tolerance conferred by $\Delta$1-pyrroline-5-carboxylate synthetase. Additionally, flow cytometry analysis confirmed the absence of somaclonal variation. Hence, an efficient genetic transformation can be accomplished in other indica rice cultivars by using this protocol.

Tescilli 10 çeltik çeşidinin (Aromatik-1, Çakmak, Durağan, Edirne, Efe, Gala, Halilbey, Neğiş, Osmancık-97, Şumnu) olgunlaşmış embriyolarının bitki materyali olarak kullanıldığı bu araştırma 2013-2014 yılları arasında Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi Tarla Bitkileri Bölümü Biyoteknoloji Laboratuvarında yürütüldü. In vitro koşullarda bu 10 çeltik çeşidi büyük ve küçük olarak iki gruba ayrıldı. Kallus oluşumu için 8 ml/l 2,4- D (2,4 Diklorofenoksiasetik asit) içeren sıvı MS ortamı ve bitki rejenerasyonu için 20 g/l sükroz ve 7 gr/l agar içeren katı MS ortamı kullanıldı.Çalışmada, kallus oluşumu, kallus ağırlığı, rejenerasyon kapasitesi ve kültür etkisi parametreleri belirlendi. Elde edilen sonuçlara göre iri tanelilerde kallus oluşumu % 96,7-100,0; kallus ağırlığı 0,468-0,837 gr, rejenerasyon kapasitesi % 42,0-86,7 kültür etkisi % 40,0-86,7 arasında belirlendi. Küçük tanelilerde ise bu değerler sırasıyla kallus oluşumu % 93,4-100,0; kallus ağırlığı 0,326-0,581 gr; rejenerasyon kapasitesi % 36,0-63,3; kültür etkisi 33,3-63,3 olarak belirlendi.Çeltikte tane iriliğinin bitki rejenerasyonuna etkili olduğu, büyük tanelerin rejenerasyon kapasitesinin daha yüksek olduğu saptandı. This study was carried out in University of Ankara, Faculty of Agriculture, Department of Field Crops, Biotechnology Laboratory during 2013-2014, mature embryos of 10 registered rice (Oryza Sativa L.) varieties (Aromatik-1, Çakmak, Durağan, Edirne, Efe, Gala, Halilbey, Neğiş, Osmancık-97, Şumnu) were used as plant material. These 10 rice varieties were seperated into 2 groups as small and large in in vitro conditions. Liquid MS medium including 8 mg/l 2,4-D (2,4-Dichlorophenoxyacetic acid) was used for callus induction. For plant regeneration, solid MS medium including 20 g/l sucrose and 7 g/l agar was used.In this study, callus induction, callus weight, regeneration capacity and culture efficiency parameters were determined. According to the results, 96,7-100,0 % callus induction, 0,468-0,837 gr callus weight, 42,0-86,7 % regeneration capacity and 40,0-86,7 % culture efficiency were obtained in large seeds. In small seeds, these parameters varied as 93,4-100,0 % in callus induction, 0,326-0,581 gr in callus weight, 36,0-63,3 % in regeneration capacity and 33,3-63,3 % in culture efficiency, respectively. It was established that; for rice, seed size is effective on plant regeneration and regeneration capacity is higher in larger seeds. 84

Mur, Luis a. j./0000-0002-0961-9817; Unan, rasim/0000-0002-4484-7719 WOS: 000321226800001 In this study, the effects of the plant growth regulator trinexapac-ethyl (TE) combined with different sowing densities on field-grown rice (Oryza sativa L.) plant length, lodging, and grain yield were evaluated over 2 growing seasons. Two different rice cultivars (Karadeniz and Osmancik-97), 3 different sowing densities (400, 500, and 600 seeds m(-2)), and 4 different doses of TE (0, 100, 200, and 300 g ai ha(-1)) were compared. The experiments were designed in a randomized block design in factorial ordering with 3 replicates. An increase in sowing density led to an increase of lodging, but it did not have a significant impact on plant length and grain yield. There was a significant correlation between lodging and plant length. A sowing density of 500 seeds m(-2) is the optimum value among all sowing densities, and the highest yield was obtained from Osmancik-97 among all the cultivars. Irrespective of genotype and sowing density, treatments with 100 and 200, but not 300, g TE ai ha(-1) increased rice yield. All doses of TE reduced lodging and plant length. By regression analyses, the optimal TE dose was predicted to be 170 g ha(-1).

WOS: 000321226800009 The main objective of this study was to develop a spatial model for land suitability assessment for rice (Oryza sativa L.) cultivation using geographic information system (GIS) techniques. The land mapping units, resulting from the overlay of the selected theme layers, have unique land quality information, on which land suitability is based. Results showed that 55.5% of the study area is highly or moderately suitable for rice cultivation, whereas 34% of that area is unsuitable for rice cultivation due to soil and topographic conditions. The model was also validated with field studies. According to the statistical analysis, there was a significant, positive relationship between land suitability classes and grain yields. Grain yield was significantly affected by land suitability class at the level of P < 0.001. The highest grain yield was obtained from rice plots in the 51 class (7287 kg ha(-1), followed by S2 (6872 kg ha(-1)) and S3 (3928 kg ha(-1)) classes. Scientific and Technological Research Council of TurkeyTurkiye Bilimsel ve Teknolojik Arastirma Kurumu (TUBITAK) [TUBITAK-107O443] The author gratefully acknowledges the scientific research grant (TUBITAK-107O443) from the Scientific and Technological Research Council of Turkey. In addition, the author thanks Gregory T Sullivan of OYDEM at Ondokuz Mars University in Samsun, Turkey, for editing the English in this manuscript.

Tez (yüksek lisans) - Anadolu Üniversitesi, Anadolu Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalı, Kayıt no: 1036826, Bu tez çalışmasında, Türkiye’de geliştirilen 28 çeltik (Oryza sativa L.) çeşitlerinin genetik çeşitlilik seviyeleri ISSR markırları kullanılarak belirlenmiştir. Çalışmada 20 adet ISSR primeri kullanılmış ve 217'si polimorfik toplam 268 bant elde edilmiştir. Oluşan bantların büyüklükleri 250 bp ile 2500 bp arasında değişmiştir. Primerlerin oluşturduğu bant sayıları 5-22 arasında olup primer başına ortalama bant sayısı ise 13.4 olarak hesaplanmıştır. Elde edilen bantlar var (1) ya da yok (0) şeklinde değerlendirilmiş ve NTSYS Pc 2.0 programı kullanılarak benzerlik matrisi ve UPGMA tekniğine göre dendrogram oluşturulmuştur. Primerlerin hepsi polimorfizm göstermiştir. Primerlerin polimorfizm yüzdeleri %40.00 ile %94.12 arasında değişmiş, ortalama polimorfizm ise %80.97 olarak bulunmuştur. Polimorfizm Bilgi İçeriği (PBİ) değerleri 0.274 ile 0.374 arasında değişmiş ve ortalama değeri 0.347 olarak hesaplanmıştır. Çalışma sonucunda birbirine en çok benzeyen çeşitler Efe ve Hamzadere (0.856) , birbirine en az benzeyen çeşitlerin ise Demir ve Bafra Yıldızı (0.395) çeşitleri olduğu görülmüştür. Bu çalışmanın devam etmekte olan çeltik ıslah çalışmalarına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Yüksek Lisans Tezi Bu çalışma Trakya Tarımsal Araştırmalar Enstitüsü sera ve laboratuvarları Salarlı Köyü deneme arazisi ile Trakya Üniversitesi'nde eş zamanlı olarak yürütülmüştür. 2009 ve 2010 yıllarında Türkiye'de yaygın olarak kullanılan 41 çeltik çeşidi seçilip, fide döneminden hasat dönemine kadar morfolojik özellikleri incelenmiş, hasat döneminden sonra da kimyasal analizleri yapılmıştır. Kontrollü olarak yapılan çalışmada hasat dönemine kadar yapılan çalışmalar sonrasında, bitki boyu, salkım uzunluğu, başakçık sterilitesi, 1000 tane ağırlığı ve tane boyutları ölçülmüş ve istatistiksel hesaplamaları yapılmıştır. Köklerde yapılan makro element analizlerinde Na+, Ca+2 ve K+ oranları üzerinde durulmuştur. Yapılan çalışmalar sonucunda, morfolojik ve kimyasal analizler kendi içlerinde değerlendirilmiş ve çeltik yetiştiricileri tarafından en çok tercih edilen Osmancık haricinde Kıral, Kırkpınar, Sürek-95, Kros-424, Durağan, N1 41 T OT, Halilbey çeşitleri de tuzlu koşullarda dayanıklılık gösteren diğer çeşitler olarak belirlenmiştir. Abstract This study was carried out simultaneously with Trakya Agricultural Research Institute coolhouse and labarotories, Salarlı village pilot region and Trakya university. 41 different rice types which are widely used in Turkey were chosen, their morphological features were analysed throughout the whole process: starting from the seedling period to their harvest time and lastly, their chemical analysis was conducted. During this study, in the analysis following the harvest, the length of the plant, length of the bunch, sterility of the head, weight of 1000 grains and their size were calculated. In accordance with all these, the statistical analysis was conducted as well. During the macro element analysis of the roots, the proportions of Na+, Ca+2 and K+ were dwelled upon. As a result of the studies, morphological and chemical analysis were evaluated within themselves. It is concluded that besides Osmancık, which is the the most widely-preferred rice by farmers, Kıral Kırkpınar, Sürek-95, Kros-424, Durağan, N1 41 T OT, Halilbey are the other rice types which can show endurance to salinity conditions.

Bu araştırma; çeltikte (Orya sativa L.) somatik explantlardan kallus oluşumu ve bitki elde etme potansiyelinin belirlenmesi amacıyla, OMÜ, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Bölümünde, 2007-2009 yıllarında yürütülmüştür. Araştırmada; İndica (Pusur, Shoni, Kalo-Dhan); Japonica (Dianyu-1, Toyonishiki, Taipe-309) ve Javanica (Aus-38, Baldo, Osmancık-97) çeşitlerine ait bitki, kök, sap, 1.boğum, 2.boğum, 1.boğumarası, 2.boğumarası, 1.yaprak ve 2.yaprak eksplantları kullanılmıştır. Araştırma sonucunda;1) Japonicadan 2740 (Toyonishiki 1377, Taipe-309 733, Dianyu-1 630), Javanicadan 1921 (Aus-38 720, Osmancık-97 678, Baldo 523) ve İndicadan 1023 (Pusur 437, Kalo-Dhan 327, Shoni 259) kallus elde edilmiştir. Bitkiden 977, Kökten 2239, saptan 852, 1.boğumdan 856, 2.boğumdan 368, 1.boğumarasından 318 ve 2.boğumarasından 74 adet kallus elde edilmiştir.2) Japonicadan 170 (Toyonishiki 28, Taipe-309 139, Dianyu-1 3), Javanicadan 32 (Aus-38 6, Osmancık-97 2, Baldo 24) ve İndicadan 193 (Pusur 168, Shoni 25) adet sürgün elde edilmiştir. Bitkiden 28, saptan 228, 1.boğumdan 52, 2.boğumdan 83 ve 1.boğumarasından 4 adet sürgün elde edilmiştir.3) Japonicadan 20 (Taipe-309 20) ve İndicadan 51 (Pusur 41, Shoni 10) adet bitki hasat edilmiştir. Saptan 56 ve 2.boğumdan 15 adet bitki hasat edilmiştir.4) Japonicadan 235 (Taipe-309 235) ve İndicadan 917 (Pusur 638, Shoni 279) adet tohum hasat edilmiştir. Saptan 823 ve 2.boğumdan 329 tohum hasat edilmiştir.5) Hasat edilen tohumların çimlenme oranının % 90 olduğu belirlenmiştir.6) Çimlenen tohumlardan yetiştirilen bitkiler fertil olup, bu bitkilerden tohum hasadı yapılmıştır.Anahtar Kelimeler: Çeltik, Orya sativa L, Kallus-Bitki Oluşumu This study was conducted at the University of Ondokuz Mayıs, Faculty of Agriculture, Department of Field Crops during 2007-2009 to determine the callus induction and plant regeneration potential from different somatic explants in rice. Whole-plant, root, tiller, first-node, second-node, first-internode, second-internode, first-leaf and second-leaf explants of İndica (Pusur-Shoni-Kalo-Dhan); Japonica (Dianyu-1-Toyonishiki-Taipe-309) and Javanica (Aus38-Baldo-Osmancık-97) genotypes were used as plant material. The results showed:1) Calli numbers obtained from Japonica (Toyonishiki/1377, Taipe-309/733, Dianyu-1/630), Javanica (Aus-38/720, Osmancık-97/678, Baldo/523) and İndica (Pusur/437, Kalo-Dhan/327, Shoni/259) were respectively 2740, 1921 and 1023. Calli numbers obtained from whole-plants, roots, tillers, first-nodes, second-nodes, first-internodes and second-internodes were respectively 977, 2239, 852, 856, 368, 318 and 74.2) Shoot numbers obtained from Japonica (Toyonishiki/28, Taipe-309/139, Dianyu-1/3), Javanica (Aus-38/6, Osmancık-97/2, Baldo/24) and İndica (Pusur/168, Shoni/25) were 170, 32 and 193 respectively. 28 shoots were obtained from whole-plants, 228 from tillers, 52 from first-nodes, 83 from second-nodes and 4 from first-internodes.3) Number of harvested were respectively 20, 41 and 10 for Taipe-309, Pusur and Shoni. Tiller explants gave 56 and second-internodes 15 harvested plants.4) 235 seeds were harvested from Japonica (Taipe-309/235) and 917 from İndica (Pusur/638, Shoni/279). Respectively 823 and 329 seeds were harvested from tiller and second-internodes.5) The germination ratio of harvested seeds were 90 %.6) Plants developed from germinated seeds were fertile and seed harvest were possible.Anahtar Kelimeler: Rice, Orya sativa L, Callus-plant regeneration 140

Bu araştırmanın amacı; kireç kapsamları farklı olan topraklarda yetiştirilen çeltik bitkisinin gelişmesi ve çinko alımı üzerine, etkinlikleri yönünden değişik çinko kaynaklarını karşılaştırmak ve en iyi sonuç veren çinko kaynağını belirlemektir. Bu amaçla Orta Anadolu'da Corum, Kızılcahamam ve Nallıhan yörelerinde çeltik tarımı yapılan alanlardan toprak örnekleri alınmıştır. Serada kurulan denemede topraklara; ZnO, ZnS04.7H20 ve Zn-EDTA şeklinde 0, 2, 4 ve 8 ppo düzeylerinde çinko uygulanmış ve deneme bitkisi olarak çeltik 7 hafta süreyle yetiştirilmiştir. Çeltik bitkisinin kuru madde miktarında ortalama olarak kontrole göre en fazla artışı Corum yöresi toprağında ZnO, Kızılcahamam ve Nallıhan yöresi topraklarında ise ZnS04 sağlamıştır. Tüm yöreler dikkate alındığında çeltik bitkisinin kuru madde miktarında kontrole göre sağladığı ortalama artışlar bakımından çinko kaynakları ZnS04 > ZnO > Zn-EDTA, çinko miktarları ise Zn > Zn4 > Znz şeklinde bir diziliş göstermiştir. Çeltik bitkisinin çinko kapsamını ve çinko alımını kontrole göre her üç yöre toprağında da Zn-EDTA ortalama olarak en fazla artırmıştır. Tüm yöreler dikkate alındığında çeltik bitkisinin çinko kapsamında ve çinko alımında kontrole göre sağladığı ortalama artışlar bakımından çinko kaynakları Zn-EDTA > ZnSO4 > ZnO şeklinde bir diziliş göstermiş tir. Çinko kapsamında kontrole göre sağladığı ortalama artışlar bakımından çinko miktarları Zn4 > Znz > Zn, çinko alımı bakımından ise Zn4 > Zn1 > Zn2 şeklinde bir diziliş göstermiştir. ANAHTAR KELİMELER : Çeltik bitfcisi (Oryza sativa L.), değişik çinko kaynakları ve çinko miktarları, çeltik bitkisinin kuru madde miktarı, çinko kapsamı ve çinko alımı. 11 ABSTRACT Masters Thesis EFFECT OF DIFFERENT ZINC SOURCES ON THE GROWTH and ZINC UPTAKE OF RICE PLANT Hilmi UGURLUOGİU Ankara University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Soil Supervisor : Prof.Dr. Burhan KACAR 1993, Page : 96 Jury : Prof.Dr. Burhan KACAR Prof.Dr.Akgün AYDENÎZ Prof.Dr.A.Vahap KATKAT The objective of this research is to compare, from the point of activity, different zinc sources on the growth and zinc uptake of rice plant grown in the soils having different levels of the total carbonate content and determine the best zinc source. For this purpose soil samp les were collected from rice growing areas of Çorum, Kızılcahamam and Nallıhan in Central Anotolia Region. A pot experiment was established in greenhouse and the rice plant was grown during 7 weeks in the soils by the application of zinc at the rate of 0, 2, 4 and 8 ppm Zn as ZnO, ZnS04-7H20 and Zn-EDTA. On the average maximum increase in the dry matter yield of rice plant, according to the control was provided by ZnO in Çorum area soil, as for Kızılcahamam and Nallıhan area soils by ZnSO,*- When all areas take note together, from the point of the average inreases provided by dry matter yield of rice plant according to the control, zinc sources were arranged as ZnS04 > ZnO > Zn-EDTA, zinc amounts as Zm > Zn4 > Znz respectively. Zn-EDTA inreased on the average maximum according to the control zinc content and zinc uptake of rice plant grown in the soils of three areas. When all areas take note together, from the point of the average increases provided by zinc content and zinc uptake of rice plant according to the control, zinc sources were arranged as Zn-EDTA > ZnS04 > ZnO respectively. From the point of the average increases provided by zinc content of rice plant according to the control, zinc amounts were arranged as Zn4 > Zn2 > Zm, as for from the point of zinc uptake Zn4 > Zm > Zn2 respectively. KEY WORDS : Rice plant (Oryza sativa L.), different zinc sources and amounts, dry matter yield, zinc content and zinc uptake of rice plant. 95

Bu araştırmanın amacı; halen çeltik tarımı yapılan ve kireç kapsamları farklı olan Nallıhan, Kızılcahamam ve Çorum yörelerinden alınan topraklara, değişik şekillerde ve artan düzeylerde uygulanan demir kaynaklarını karşılaştırmak ve en iyi sonucu veren demir kaynak ve miktarını belirlemektir. Bu nedenle serada kurulan denemede, toprak örneklerine 3 değişik demir kaynağı olan FeCl3, FeSCH ve Fe-EDDHA ile 0, 2.5, 5.0 ve 10.0 ppm demir uygulanmış ve deneme bitkisi olarak çeltik 7 hafta süre ile yetiştirilmiştir. Çeltik bitkisinin kuru madde miktarı üzerine kontrole göre en fazla artışı, her üç yörede de Fe-EDDHA sağlamıştır. Tüm yöreler dikkate alındığında çeltik bitkisinin kuru madde miktarında kontrole göre sağladığı artışlar bakımından demir kaynakları Fe-EDDHA > FeCl3 > FeSO4 şeklinde, demir miktarları Fe2 > Fe1> Fe4 şeklinde sıralanmışlardır. Çeltik bitkisinin demir alımında kontrole göre en fazla artışı Nallıhan yöresinde FeCl3, Çorum yöresinde Fe-EDDHA kaynağı sağlamıştır. Tüm yöreler dikkate alındığında çeltik bitkisinin demir alımı üzerine etkinlikleri yönünden demir kaynakları Fe-EDDHA = FeCl3 > FeSO4 şeklinde, demir miktarları ise Fe4 > Feı > Fe2 şeklinde sıralanmışlardır.IV Anahtar Kelimeler: Çeltik Bitkisi (Oryza sativa L.), Çeltik bitkisinin kuru madde miktarı, demir kapsamı ve demir alımı, toprakların demir kapsamı, demir kaynakları, demir gübrelemesi. ABSTRACT Masters Thesis EFFECT OF DIFFERENT IRON SOURCES ON THE GROWTH and IRON UPTAKE OF RICE PLANT Yılmaz AÇAR Ankara University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Soil Sciences Supervisor : Prof. Dr. Burhan KACAR 1993, Page : 76 Jury : Prof. Dr. Burhan KACAR Prof. Dr. Akgün AYDENİZ Prof. Dr. A. Vahap KATKAT This study aims at comparing the sources of iron applied in an accrual manner to soil samples taken from Nallıhan, Kızılcahamam and Çorum regions among which lime contents differ and where the agriculture of rice plant has still been performed. It also aims at determining the amount and source of iron which gives the best result. For that reason, in the experiment designed in a greenhouse three different sources of iron, namely, FeCİ3, FeS04 and Fe-EDDHA, and 0, 2.5, 5.0 and 10.0 ppm iron are applied to these soil samples. Next, the rice as a experimental plant has been grown up for seven weeks. According to the control, on the amount of dry matter the highest increase of rice plant has been shown by Fe-EDDHA. Having paid attention to all samples, from the point of view of increases, according to the control, in the amount of dry matter of rice plant, the sources of iron rank like Fe-EDDHA > FeCİ3 > FeS04 and the amount of iron rank like Fe2 > Fei > Fe*. According to control, the highest increase in the iron uptake of rice plant has been provided by FeCİ3 in the Nallıhan sample and Fe-EDDHA in the Çorum sample. Having considered all samples from the point of view of effects on the iron uptake of rice plant, the sources of iron rank like Fe-EDDHA = FeCİ3 > FeSO*. and the amount of iron rank like Fe4 > Fei > Fe2.VI KEY WORDS: Rice Plant (Oryza sativa L.), Amount of Dry Matter, Iron Content and Iron Uptake of Rice Plant, Iron Content of Soil Samples, Iron Sources, Iron Fertilization. 76