Search

Hematopoietik kök hücrenin klonal bir miyeloproliferatif bozukluğu olan kronik miyeloid lösemi (KML), t(9; 22) resiprokal translokasyonu sonucunda oluşan BCR/ABL onkogeni ile karakterizedir. Bu onkogen sürekli tirozin kinaz aktivitesine neden olur ve KML lökomogenezinden sorumludur. Tirozin kinaz inhibitörü (TKI) İmatinib, KML tedavisinde yeni bir çığır açmıştır. Fakat, KML olgularının zamanla İmatinibe karşı direnç geliştirdiği gözlenmiştir. Bu nedenle II. nesil (Dasatinib, Nilotinib, Bosutinib) ve III. nesil TKI'leri (Ponatinib) geliştirilmiştir. Kazanılmış İmatinib direnci; Dasatinib, Nilotinib, Bosutinib ve Ponatinib için de azalmış etkinlik ve artmış direnç ile ilişkilendirilmiştir. JAK/STAT yolağında bulunan STAT proteinleri, birer transkripsiyon faktörüdür ve lösemi gelişiminde önemli rol oynamaktadırlar. Özellikle aktif STAT5, lösemik hücrelerin sağ kalımını ve proliferasyonunu sağlayan temel proteinlerdendir. Lösemide artan STAT5 gen ekspresyonunun baskılanmasıyla lösemik hücre apoptozunun indüklenmesinin ve TKI tedavisine karşı gelişebilecek direncin üstesinden gelinmesinde anahtar bir role sahip olduğunun gösterilmesi; STAT' ları, KML' ye karşı geliştirilen yeni anti-kanser ilaçların, birinci hedefi haline gelmiştir. Çalışmamızda, FDA onaylı psikotropik ilaç olan "Pimozide" etken maddesinin aynı zamanda STAT5 inhibitörü olmasından yola çıkarak, STAT5 protein fosforilasyonunun inhibe edilmesiyle KML hücrelerinin proliferasyonu, apoptozu, hücre döngü aresti, çeşitli biyolojik fonsiyonları bulunan genlerin mRNA seviyesindeki ekspresyonları ve STAT5' lerin protein ekspresyonu gibi hücresel yanıtlar üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, KML hücre hattı modeli atasal K562 ve onun 1 nM Ponatinib' e direnç kazandırılmış K562/Pon1 dirençli hücrelerinde moleküler düzeyde analizler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, Ponatinib + Pimozide kombinasyon deneyleri de tez kapsamında araştırılmış, hücresel yanıt analizleri bu deney grupları için de gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmada kullanılan lösemi hücre hatlarında Pimozide etken maddesinin sitotoksik etkisi WST-1 analizi kullanılarak zaman ve doza bağımlı olarak değerlendirilmiştir. Hücrelere uygulanan Pimozide, Ponatinib dozlarının ve kombinasyon dozlarının hücreler üzerinde oluşturduğu apoptotik etki Annexin V yöntemine göre değerlendirilirken, hücre döngüsü üzerindeki etki "BD Cycletest Plus DNA Reagent Kit" ile değerlendirilmiştir. Doz uygulamalarının hücreler üzerinde oluşturduğu gen ekspresyon değişimleri, tüm doz grupları ve kontrol gruplarından elde edilen mRNA'larla RT-qPCR ile belirlenmiştir. Son olarak proteinlerin kantitatif tayinleri için western blot yöntemi kullanılmıştır. Pimozide etken maddesinin 72. saat IC50 dozu K562 hücreleri için 5,06 μM belirlenirken, K562/Pon1 hücreleri için 8,72 μM olarak belirlenmiştir. Gen ekspresyon ve western blot çalışmalarımızın ortak sonucu olarak Pimozidenin STAT5 inhibitörü olduğu ve hem STAT5A hem de STAT5B genlerini inhibe ettiği belirlenmiştir. Ayrıca STAT3, JAK2, SOCS1 gibi JAK/STAT yolağında çeşitli görevlere sahip olan proteinlerinin ekspresyonu değiştirmesi, bu yolağı etkilebilecek önemli bir ajan olduğunu düşünmekteyiz. Pimozide etken maddesinin hücreler üzerinde apoptotik etkiye sahip olduğunu ve hücre döngüsünde G0-G1 arrestine neden olduğu tespit edilmiştir. Pimozidenin K562 hücrelerindense K562/Pon1 hücrelerinde daha effektif olduğu belirlenmiştir. Bu sayede, KML' de gelişmiş olan ilaç direncini kırmada kullanılabilecek effektif bir ajan olabileceğini düşünmekteyiz. Ayrıca K562/Pon1 hücrelerinde ponatinible kombine olarak kullanıldığında; Ponatinib ilacının DRI 3,49 olarak belirlenmiştir. Kullanılan Ponatinib dozunun azaltılabilecek olmasından dolayı normal hücrelerin üzerinde oluşan sitotoksitenin azaltacağı düşünülmektedir., Chronic myeloid leukemia (CML), a clonal myeloproliferative disorder of the hematopoietic stem cell, is characterized by BCR/ABL oncogenesis resulting from t(9;22) reciprocal translocation. This oncogene causes continuous tyrosine kinase activity and is responsible for CML leukomogenesis. Tyrosine kinase inhibitor (TKI) İmatinib has opened a new era in the treatment of CML. However, it has been observed that CML cases develop resistance to İmatinib over time. For this reason II. (Dasatinib, Nilotinib and Bozutinib) and III. generation TKIs (Ponatinib) have been developed. Earned İmatinib resistance; Dasatinib, Nilotinib, Bosutinib and Ponatinib have also been associated with decreased efficacy and increased resistance. STAT proteins on the JAK / STAT pathway are transcription factors and play important roles in the development of leukemia. Particularly active STAT5 is the basic protein that ensures survival and proliferation of leukemic cells. Demonstration of leukemic cell apoptosis induced by suppression of increased STAT5 gene expression in the leukemia and a key role in the pathogenesis of resistance to TKI therapy; STATs have become the primary target of new anti-cancer drugs developed against CML. In our study, the FDA-approved psychotropic drug "Pimozide" was found to be a STAT5 inhibitor at the same time. The inhibition of STAT5 protein phosphorylation investigated the proliferation of CML cells, apoptosis, cell cycle arrest, the expression at the mRNA level of genes with various biological functions, and the effect of STAT5 on cellular responses such as protein expression. For this purpose, the KML cell line model ancestral K562 and its 1 nM Ponatinib-resistant K562 / Pon1 resistant cells were analyzed at the molecular level. In addition, Ponatinib + Pimozide combination experiments were investigated within the scope of the thesis, and cellular response analyzes were also performed for these experimental groups. The cytotoxic effect of the pimozide active agent in the leukemia cell lines used in this study was assessed as time and dose dependent using WST-1 analysis. The apoptotic effect of pimozide, ponatinib doses and combination doses on cells was assessed according to the Annexin V method and the effect on cell cycle was evaluated with "BD Cycletest Plus DNA Reagent Kit".The gene expression changes produced by the dose applications on the cells were determined by RT-qPCR with mRNAs from all dose groups and control groups. Finally, the western blot method was used for the quantitative determination of proteins. For the 72 hour IC50 doxed K562 cells of the pimozide active substance, 5.06 μM and 8.72 μM for K562 / Pon1 cells was determined. Our gene expression studies and western blot studies have shown that Pimozidenin STAT5 inhibitor is a common result and inhibits both STAT5A and STAT5B genes. We also think that proteins such as STAT3, JAK2, SOCS1, which have various functions in JAK / STAT pathway, are an important agent that can affect this pathway. It has been determined that the pimozide active substance has apoptotic effect on the cells and causes G0-G1 arrest in the cell cycle. Pimozidenin was found to be more effective in K562 / Pon1 cells than K562 cells. At this point, we think that CML may be an effective agent that can be used in the crushing of drug resistance developed in the leukemia. Furthermore, when ponatinib is used in combination with K562 / Pon1 cells; Ponatinib was determined as DRI 3,49. Since the dose of Ponatinib used can be reduced, it is thought that cytotoxicity on normal cells will decrease.

Amaç: Metastatik kolorektal kanser tedavisinde cerrahi müdahalenin yeterli olmadığıvakalarda EGFR monoklonal antikorları kemoterapötik ajan olarak kullanılmaktadır. EGFbirçok tümörde karsinojenik etkisi kanıtlanmış olan bir büyüme faktörüdür ve fizyolojikolmayan aktivasyonu kanser oluşumuna yol açar. RAS genleri EGFR'nin indüklendiği RASMAPKyolağının bir üyesidir. Kolorektal kanserde KRAS mutasyonu görülme sıklığı %30-50, NRAS mutasyonu görülme sıklığı ise %2-3'tür. RAS geninde mutasyona sahipkanserlerde EGFR'yi hedefleyen tedaviye yanıt alınamamaktadır. Çalışmamızda metastatikkolorektal kanser vakalarında RAS geni mutasyon sıklığını ve mutasyon taşıma/taşımamadurumunun tedavinin seyri ile ilişkisini saptamayı amaçladık.Yöntem: 2014-2017 yılları arasında metastatik kolorektal kanser tanısı alan 100 vakanınKRAS-NRAS mutasyon durumları ve tedavi süreçleri retrospektif olarak tarandı.Bulgular: Kolorektal kanserin erkeklerde kadınlara oranla daha sık görüldüğü bilgisineuyumlu olarak %67 erkek, %33 kadın oranında hasta saptandı. KRAS mutasyonu %48oranında, %1,92 oranında ise NRAS mutasyonu saptandı. Mutasyon taşıma durumu ilecinsiyet arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı. Klinik bulgularda mutasyon varlığında tedaviseyrinin değiştirildiği, anti-EGFR tedaviye yanıt alınamadığı ve tümör beslenmesini hedefalan ajanların (VEGF monoklonal antikoru bevasizumab) tedaviye katıldığı gözlendi.Mutasyon varlığından prognozun kötü etkilendiği sağkalımın mutasyon taşımayan vakalardadaha yüksek olduğu saptandı.Sonuç: Saptanan mutasyon oranları, tedavi rejimi belirlenmeden önce RAS gen taramasıyapılmasının büyük öneme sahip olduğunu göstermektedir. Buna karşın KRAS/NRASmutasyonu taşımayan hastalarda anti- EGFR tedaviye cevabın %30'larda olması yeni tedavirejimlerinin araştırılması gerektiğini göstermektedir. Mutasyon varlığında tedavide tümörbeslenmesini hedefleyen kemoterapötik ajanların kullanılmasının sağkalımı arttırdığıgörülmektedir. Çalışmamızda elde ettiğimiz bulgular, KRAS'ın, metastatik kolorektalkanserin tedavi başarısında ve hastaların sağkalımında önemli bir yere sahip olduğunudesteklemektedir. Objective: EGFR monoclonal antibodies are used as chemotherapeutic agents when surgicalintervention is not sufficient in the treatment of metastatic colorectal cancer. EGF is a growthfactor that has proven to be a carcinogenic effect in many tumors, and non-physiologicalactivation leads to cancer. RAS gene is a member of the RAS-MAPK pathway that EGFR isinduced to. The incidence of KRAS mutation in colorectal cancer is 30-50%, and theincidence of NRAS mutation is 2-3%. Cancers with mutation in the RAS gene are unable toreceive treatment response targeting EGFR.We aimed to determine the frequency of RASmutation in metastatic colorectal cancer cases and the relationship of the mutation carrying/not carrying status with the course of the treatment.Method: KRAS-NRAS mutation status and treatment processes of 100 patients diagnosedwith metastatic colorectal cancer between 2014 and 2017 were retrospectively screened.Results: According to the knowledge that colorectal cancer was seen more frequently inmales than in females, 67% male and 33% female patients were detected. 48% KRAS and1.92% NRAS mutation were detected. There was no significant relationship between mutationcarrying status and gender. Clinical findings showed that if there is a mutation anti-EGFRtreatment response was not available and the use of agents (VEGF monoclonal antibodybevacizumab)targeting the feeding of the tumor in the treatment.It was found that themutation affected prognosis poorly and survival was higher in patients without mutations.Conclusions: The rates of mutations detected indicate that the RAS gene screening is a majorpre-requisite before determining the treatment regimen. However, in patients without KRAS /NRAS mutation, anti-EGFR treatment suggests that new treatment regimens should beinvestigated in 30% of the response. The use of chemotherapeutic agents targeting tumornursing in the presence of mutation appears to increase survival.Our study has proven that KRAS is a gene that has vital importance for metastatic colorectalcancer cases. 53

NORMAL ENDOMETRİYUMDA VE ENDOMETRİYAL HİPERPLAZİLERDE PROTOONKOGEN BİR PROTEİN OLAN YAP1 PROTEİNİNİN EKSPRESYONUNUN ARAŞTIRILMASIAmaç: Endometriyum kanseri, 2008 yılı Türkiye Kanser İstatistikleri verilerine göre kadınlarda meme, tiroid ve kolorektal kanserlerin ardından dördüncü en sık rastlanan kanser olup; kansere bağlı ölümlerin sekizinci en sık nedenidir. Son yıllarda endometriyum kanserinde prognozu belirlenmek ve hiperplaziden kansere ilerleyişi göstermek için immünohistokimyasal çalışmalara ağırlık verilmiştir. Literatürde endometriyum kanseri ve farklı kanser türlerinde Hippo Yolağı'nın etkinliğini gösteren çalışmalar mevcuttur. Biz de çalışmamızda endometriyal hiperplazili olgularda ve kontrol grubunda Hippo Yolağı'nda etkin protoonkogen bir protein olan YAP1 proteininin ekspresyonunu ve dolayısıyla endometriyum kanseri öncülü olan endometriyal hiperplazilerde YAP1 proteininin rolünü araştırmayı amaçladık.Materyal-Metod: Çalışmamız retrospektif olarak dizayn edilmiş olup; Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Polikliniği'ne anormal uterin kanama ya da başka nedenlerle başvurduğu sırada ultrasonografik olarak endometriyal kalınlık artışı saptanan ve endometriyal biyopsi ya da histerektomi yapılıp patoloji sonucu; atipisiz hiperplazi gelen 41 hasta, EİN gelen 41 hasta ve normal kontrol grubundan 40 hasta çalışma için seçildi. Olgulara hücre sitoplazma ve çekirdeğinde mevcut YAP1 proteinini tespit edebilen YAP1 policlonal antibody boyası 1:200 dilüsyonda uygulandı. Veriler ortalama ± standart sapma olarak kaydedildi. Grup karşılaştırmalarında tek yönlü varyans analizi kullanıldı. Gruplar arası karşılaştırmada Pearson ki-kare testi kullanıldı.Bulgular: Çalışmamız sonucunda boyanma durumuna göre baktığımızda atipisiz endometriyal hiperplazi grubunda; nükleer boyanan preparat izlenmedi, sitoplazmik boyanan 21 preparat (%51.2), nükleer ve sitoplazmik boyanan 20 preparat (%48.8) izlendi. EİN grubunda; nükleer boyanan 1 preparat (%2.4), sitoplazmik boyanan 21 preparat (%51.2), nükleer ve sitoplazmik boyanan 19 preparat (%46.3) izlendi. Normal kontrol gurubunda; nükleer boyanan preparat izlenmedi, sitoplazmik boyanan 20 preparat (%50), nükleer ve sitoplazmik boyanan 20 preparat (%50) izlendi. Ancak gruplar arasında boyanma durumuna göre istatistiksel olarak anlamlı farklılık tespit edilemedi (p>0.05). Boyanma yoğunluğuna göre baktığımızda atipisiz endometriyal hiperplazi grubunda; zayıf boyanan 12 preparat (%29.3), orta yoğunlukta boyanan 24 preparat (%58.5), yoğun boyanan 5 preparat (%12.2) izlendi. EİN grubunda; zayıf boyanan 14 preparat (%34.1), orta yoğunlukta boyanan 19 preparat (%46.3), yoğun boyanan 8 preparat (%19.5) izlendi. Normal kontrol gurubunda; zayıf boyanan 9 preparat (%22.5), orta yoğunlukta boyanan 26 preparat (%65), yoğun boyanan 5 preparat (%12.5) izlendi (p>0.05). Boyanma yüzdelerini incelediğimizde ise atipisiz endometriyal hiperplazi grubunda; %50'den az boyanan 7 preparat (%17.1), %50-79 arası boyanan 2 preparat (%4.9), %80-100 arası boyanan 32 preparat (%78) izlendi. EİN grubunda; %50'den az boyanan 3 preparat (%7.3), %50-79 arası boyanan 3 preparat (%7.3), %80-100 arası boyanan 35 preparat (%85.4) izlendi. Normal kontrol gurubunda; %50'den az boyanan 3 preparat (%7.5), %50-79 arası boyanan 2 preparat (%5), %80-100 arası boyanan 35 preparat (%87.5) izlendi. Bu sonuçlarda da gruplar arasında istatiksel olarak anlamlı farklılık tespit edemedik (p>0.05).Sonuç: Çalışmamız sonucunda YAP1 ekspresyonu açısından normal dokular ile hiperplazi alt grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık olmadığını gördük. Bu durum ilk aşamada endometriyal hiperplazi sürecinin YAP1-Hippo Yolağı'ndan bağımsız geliştiğini akla getirse de güncel literatür bilgileri değerlendirildiğinde sonuçlarımızın endometriyal hiperplazi patofizyolojisinin karmaşıklığının bir yansıması olduğunu öngörmekte olup; net sonuçların daha fazla hasta sayısıyla ve daha geniş imkanlarla yapılabilecek ileri çalışmalar neticesinde ortaya çıkacağını düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Endometriyal Hiperplazi, Endometriyal İntraepitelyal Neoplazi, Endometriyum Kanseri, Hippo Yolağı, YAP1 proteini INVESTIGATION OF THE EXPRESSION OF A PRTOONCOGENE YAP1 IN NORMAL ENDOMETRIUM AND ENDOMETRIAL HYPERPLASIAAim: According to 2008 cancer statistics of Turkey, endometrium cancer is the fourth leading cause of death among women after breast, thyroid and colorectal cancers. Recently, studies are focused on immunohistochemical investigations to determine the prognosis and demonstrate the progression from hyperplasia to cancer. Recent literature include studies showing the role of hippo pathway in endometrial and several other cancers. Thus we aimed to investigate the expression and possible role of YAP1; an efficient protooncogene in endometrial hyperplasias which are precursors of endometrial cancer.Material and Methods: Our study designed retrospectively. 41 endometrial hyperplasia without atypia, 41 EIN and 40 normal endometrium specimens belonging to the patients who admitted to Obstetrics and Gynecology Policlinics of Pamukkale University Hospital with abnormal uterine bleeding or other complaints and performed either endometrial biopsy or hysterectomy based on the finding of increased endometrial thickness were included in our study. YAP1 policlonal antibody dye which can detect YAP1 protein in nucleus or cytoplasm was applied to pathological specimens in 1:200 dilution. Data was recorded as mean ± standart deviation. One-way analysis of variance was used in comparison in groups. Pearson chi square test was used for the comparison between groups.Results: Acording to staining status, no nuclear staining was observed in endometrial hyperplasia cases without atypia. In this group cytoplasmic staining was observed in 21 (51.2%), while nuclear and cytoplasmic staining was detected in 20 (48.8%) cases. EIN group revealed 1 (2.4%) nuclear, 21 (51.2%) cytoplasmic and 19 (46.3%) nuclear/cytoplasmic staining. 20 (50%) cytoplasmic staining and 20 (50%) nuclear/cytoplasmic staining cases were found in normal control group. But there was no nuclear staining in this group. These results were not statistically significant (p>0.05). Acording to staining density, 12 (29.3%) weakly, 24 (58.5%) moderately and 5 (12.2%) strongly stained cases were observed. These rates were 14 (34.1%), 19 (46%) and 8 (19.5%) respectively in EIN group and 9 (22.5%), 26 (65%) and 5 (12.5%) respectively in normal control group (p>0.05). When staining percentages were analysed groups are allocated acording to less than 50%, 50-79% or 80-100% staining. In endometrial hyperplasias without atypia, 2 (17.1%) cases were stained less than 50%, 2 cases were stained between 50-79% and 32 cases were stained between 80-100%. The staing percentages were 3 (7.3%), 3 (7.3%) and 35 (85.4%) respectively in EIN group and 3 (7.5%), 2 (5%) and 35 (87.5%) respectively in normal control group. There was no statistically significant difference among groups (p>0.05).Conclusion: With respect to YAP1 expression, our study showed no statistically significant differences between study groups. At first glance these results suggest that endometrial hyperplasia develops independently from YAP1-hippo pathway. But a review of the literature give rise to the thought that our results may represent the compexity of the pahophysiology of endometrial hyperplasia. Consequently we suppose that definitive results would be obtained by further studies with better facilities including higher patient numbers.Key Words: Endometrial hyperplasia, endometrial intraepithelial neoplasia, endometrial cancer, hippo pathway, YAP1 protein 61

Toll benzeri reseptörler konak savunma mekanizmalarını harekete geçirir. Son zamanlarda TLR ekspresyonunun, TLR'nin kanser hücrelerindeki fonksiyonunun ve tümorigenesis ve tümör gelişimi ile ilgisinin araştırılması büyük önem kazanmıştır. Bu genlerdeki genetik varyasyonlar enfeksiyonel hastalıklar, allerji, kardiyovasküler hastalıklar ve kanserle ilişkilendirilmiştir. Bu çalışmada; doğuştan gelen immün sistemin işleyişinde önemli rolü olan TLR2 genindeki GT tekrarlarının Türk halkındaki kolorektal kanserli olgularda incelenerek kanser ile immün sistem arasındaki ilişkiye farklı bir boyut kazandırmak amaçlanmıştır. Çalışmamızda genetik varyasyonlar 'DNA Dizileme' yöntemi ile tespit edilmiştir. Bu çalışma; TLR2 gen bölgelesindeki GT tekrarlarının Türk popülasyonundaki kolorektal kanserli hastalarda araştırıldığı ilk polimorfik çalışma özelliğini taşımaktadır. TLR2 geni GT tekrar bölgesi çalışmasında toplam 35 örnek kontrol örnekleri ile karşılaştırıldığında GT tekrar sayısı farklılıkları bulunmuştur. Toplam 54 örnekte ise GT sayısı farkı gözlenmemiştir. Farklı vakalarla çalışma örnek sayısı genişletilerek elde edilecek verilerin klinik uygulamalara yansıması düşünülmektedir. Toll-like receptors activate host defense mechanisms. Recently, the investigation of TLR expression, cancer cell function and tumorigenesis and tumor development has become of great importance. Genetic variations in these genes are associated with infectious diseases, allergies, cardiovascular diseases and various types of cancer.The aim of this study was to investigate the GT repeats of the TLR2 gene, which plays a significant role in the functioning of the innate immunity system, in colorectal cancer cases in Turkish population and to come up with a different dimension of the relationship between cancer and the immune system. Genetic variations in our study were determined by the DNA Sequencing method. This study is the first polymorphic study that GT repeats in the TLR2 gene region was investigated in patients with colorectal cancer in the Turkish population. GT repeat count differences were found in the TLR2 genetic GT repeat region study when compared to a total of 35 sample control samples. In total 54 samples, GT number difference was not observed. Reflection to clinical applications is considered of the data obtained by expanding the number of samples to work with different cases. 66

Meme kanseri, kadınlarda ölüme neden olan kanserler arasında ilk sırada yer almaktadır. Bu nedenle, hastalığın erken tanısı çok önemlidir. Matriptaz-2, Tip II Transmembran Serin Proteazlar (TTSP) ailesinin bir üyesidir. Matriptaz-2'nin çeşitli kanser türlerinde (meme, prostat gibi) tümör gelişimi ve metastazı gibi bazı hücresel fonksiyonlarda rol oynadığı gösterilmiştir. Matriptaz-2 seviyesinin, hasta prognozu ile ilişkili olduğu düşünülmektedir. Çalışmamızda meme kanseri hastalarının tümör ve normal dokularında matriptaz-2 protein ekspresyon düzeylerini tespit edip, hastaların klinik bulguları ile ilişkisini inceledik. Çalışmada, meme kanseri tanısı almış 21 kadın hastadan alınan tümör ve normal meme dokusu örnekleri kullanıldı. Matriptaz-2 protein ifade düzeyi western blot yöntemi kullanılarak tespit edildi. Çalışmamızda, normal dokulardaki Matriptaz-2 (TMPRSS6) protein ifade düzeylerinin tümör dokularına kıyasla istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek olduğu saptanmıştır (P=0,012). Matriptaz-2 protein ifade düzeyleri ile klinik bulgular arasındaki ilişkiyi incelediğimizde; nükleer derecesi I, II olan, histolojik derecesi I, II olan, lenf nodülü olan, klinik aşaması III, IV olan ve mikrokalsifikasyonu olan hastaların normal dokularındaki matriptaz-2 protein ifade düzeyleri tümör dokularına oranla istatistiksel açıdan anlamlı derecede yüksek bulundu (sırası ile p=0,0001, p=0,0001, p= 0,0001, p= 0,0001, p=0,0001). Çalışmamızın sonuçları, Matriptaz-2 seviyesindeki artışın iyi prognoz ve bulgu ile ilişkili olduğunu gösteren literatürdeki bulgular ile paralellik göstermektedir. Matriptaz-2 protein seviyesinin tümör dokularında azalması, matriptaz-2'nin meme kanseri hücrelerinin hareketli ve invaziv yapısı ile meme tümörlerinin gelişimini sınırlamada rol oynayabileceğini düşündürmektedir. Matriptaz-2 seviyesi, meme kanseri hastalarında prognostik değer taşıyabilir. Breast cancer is in the first place among cancers in women to cause death. For this reason, early recognition of the disease is very important. Matriptase-2, a member of the Type II Transmembrane Serine Proteases (TTSP) family plays a role in various types of cancer (breast, prostate, etc.) such as tumor invasion and metastasis. Matriptase-2 level is thought to be related to patient prognosis. In our study, we determined the levels of matriptase-2 protein expression in tumors and normal tissues of breast cancer patients and examined the relation with clinical findings of patients. In the study, tumor and normal breast tissue samples from 21 female patients with breast cancer were used. Matriptase-2 protein expression level was determined using the western blot method. In our study, Matriptase-2 (TMPRSS6) protein expression levels in normal tissues were found to be statistically significantly higher than tumor tissues (P=0,012). When we examine the relationship between expression levels of Matriptase-2 protein and clinical findings; Matriptase-2 protein expression levels in normal tissues of patients with nuclear grade I, II, histological grade I, II, lymph node, clinical stage III, IV and microcalcification were statistically significantly higher than tumor tissues (respectively p=0,0001, p=0,0001, p= 0,0001, p= 0,0001, p=0,0001). The results of our study are in line with findings in the literature showing that the increase in Matriptase-2 level is associated with a good prognosis. Decrease in the level of matriptase-2 protein in tumor tissues suggests that matriptase-2 may play a role in limiting the development of breast tumors by the mobile and invasive nature of breast cancer cells. Matriptase-2 level may have a prognostic value in breast cancer patients. 102

Amaç: İn siliko analiz kullanılarak Renal Hücreli Karsinom (RHK) patogenezinde rol alabileceği öngörülen potansiyel ceRNA aktivitesi gösterebilecek genlerin belirlenmesi amaçlandı. Daha sonra karşılaştırmalı olarak RHK'li hastalardan alınan tümör ve tümörün çevresindeki normal renal biyopsi örneklerinde bu genlerin ekspresyon düzeylerini incelemeyi ve klinik parametrelerle ilişkilendirmeyi hedefledik. Materyal ve Metot: İn siliko analiz sonucunda 3. kromozomda RHK'ye özgü delesyona uğrayan genlerden yola çıkarak dört muhtemel ceRNA (ATXN3, ABI2, GOLGB1 ve SMAD2) belirlendi. Ondokuz RHK'li hastanın tümör dokusu ile aynı hastanın tümör çevresindeki sağlıklı böbrek dokusunda bu genlerin ifade düzeyleri eş zamanlı PCR ile ölçüldü. Dört genin ifade düzeyi tümör ve çevresindeki normal böbrek dokusu arasında kıyaslandı ve sonra hastaların klinik parametreleriyle ilişkilendirildi. Bulgular: Çalışmamızın sonucunda, tümör dokularında normal böbrek dokularına göre ATXN3 ve GOLGB1 ifade düzeyleri yüksek, ABI2 ifade düzeyi ise düşük bulunmuştur (sırasıyla p=0,936, p=0,546, p=0,494). SMAD2 geninin tespit edilemeyecek kadar az ifade edildiği gözlemlendi. Hastaların ATXN3, ABI2 ve GOLGB1 gen ifade düzeyi değişimleri yaş, cinsiyet, tümör nod metastaz (TNM) evreleri ve Fuhrman grade parametreleri ile ilişkilendirildiğinde anlamlı bir ilişki bulunamadı. ATXN3 geninin direkt bilirubin, monosit eozinofil, bazofil, PCT ve LUC değerleri ile, ABI2 geninin sodyum, klor, glukoz, direk bilirubin, MCV, PLT, eozinofil, bazofil, PCT, PDW, LUC, % PT ve PLT/lenfosit oranı ile ve GOLGB1 geninin ise total bilirubin, direkt bilirubin, monosit eozinofil, bazofil, PCT ve LUC değerleri ile anlamlı derecede ilişkili olduğu belirlendi. Sonuç: İn siliko ceRNA analizi yaklaşımı ve gen ifadesi ölçümü, RHK ile ilişkisi daha önce kanıtlanmış genlerden yola çıkarak yeni hedef genlerin (ATXN3, ABI2 ve GOLGB1) belirlenmesinde akılcı ve ekonomik bir yaklaşım olabilir.Anahtar Kelimeler: ceRNA; Epigenetik; miRNA; Onkogen; Renal hücreli karsinom Aim: We aimed to determine the genes that could predict the potential ceRNA activity and could be involved in the pathogenesis of RCC in silico analysis. We then aimed to analyze the expression levels of these genes in tumor and their surrounding healthy kidney tissues of patients with RCC and correlate them with clinical patameters. Material and Method: Via in silico analysis upon RCC-specific deleted genes in chromosome 3, four possible ceRNAs (ATXN3, ABI2, GOLGB1 and SMAD2) were identified, expression levels of these genes in tumor tissues of 19 RCC patients and healthy kidney tissues surrounding tumors of the same patients were determined by Real Time PCR, the expression levels of these genes were firstly compared between tumor and healthy kidney tissues and eventually they were correlated with the clinical parameters of the patients.Results: As a result of our study, the expression levels of ATXN3 and GOLGB1 were higher and the expression level of ABI2 was lower in tumor tissues compared to healthy tissues (p=0,936, p=0,546, p=0,494). It has been observed that SMAD2 gene was expressed too low to detect. No significant association was found when patients' ATXN3, ABI2 and GOLGB1 gene expression level changes were associated with TNM stages, Fuhrman grade, age and gender parameters. The ATXN3 gene was significantly associated with direct bilirubin, monocyte eosinophil, basophil, PCT and LUC values, ABI2 gene was significantly correlated with sodium, chlorine, glucose, direct bilirubin, MCV, PLT, eosinophil, basophil, PCT, PDW, LUC,% PT and PLT/lymphocyte ratio and GOLGB1 gene was found to be significantly related to total bilirubin, direct bilirubin, monocyte eosinophil, basophil, PCT and LUC values.Conclusion: In silico ceRNA analysis approach and measurement of gene expression has been a rational and economic approach to the identification of new target genes (ATXN3, ABI2 and GOLGB1) from previously proven genes associated with RCC.Keywords: ceRNA; Epigenetics; miRNA; Oncogene; Renal cell carcinoma 96

Prostat Adenokarsinomu, Yüksek Dereceli Prostatik İntraepitelyal Neoplazi veBenign Prostat Hiperplazisi Olgularında İmmunohistokimyasal CIP2AEkspresyonunun Klinikopatolojik Parametreler ile İlişkisinin AraştırılmasıAmaç: CIP2A çeşitli insan malignitelerinin progresyonunda rol oynayan bironkoproteindir. Son zamanlarda birçok kanserde bir prognostik belirteç olaraktanımlanmıştır. Bu çalışmanın amacı, CIP2A'nın immünohistokimyasalekspresyonunun klinikopatolojik parametrelerle ilişkisini araştırıp, prostatadenokarsinomunun gelişim, progresyon ve biyolojik davranışındaki rolünübelirlemektir.Yöntem: 105 Prostat Adenokarsinomu, 27 YDPİN, 27 BPH tanısı almışolgulara ait dokularda immünohistokimyasal yöntemle CIP2A boyaması uygulandı.CIP2A ekspresyon skoru ve çeşitli klinikopatolojik parametreler arasındaki ilişkideğerlendirildi.Bulgular: CIP2A PA olgularının %96,2'sinde, YDPİN olgularının%55,6'sında ve BPH olgularının % 40,7'sinde eksprese edildi. Çalışmamızda PAolgularında YDPİN (p

Malign melanom, melanositlerin veya melanositlerden gelişen hücrelerin neoplazmıdır. Melanoma önceleri seyrek görülen bir hastalık olmasına rağmen, son yıllarda melanomadan kaynaklı ölümlerin yıllık insidansı çarpıcı bir şekilde artmaktadır. İnsanlardaki 3 RAS geni (HRAS, KRAS ve NRAS) insan kanserinde tespit edilen en yaygın onkogenlerdir; Ras'ı kalıcı olarak aktive eden mutasyonlar, tüm insan tümörlerinin % 20 ila 25'inde ve bazı kanser türlerinde ise % 90'a kadar bulunmaktadır. NRAS geninin 12, 13 ve 61.kodonlarındaki mutasyonları, tüm melanomların % 15-20'sinde ortaya çıkmaktadır. Bu değişiklikler agresif klinik davranış ve kötü prognoz ile ilişkilendirilmiştir. Yakın zamana kadar, NRAS mutant melanoma için genetik olarak hedeflenmiş gelecek vaat eden tedavi yaklaşımları az olup, bu konuda sınırlı sayıda çalışma bulunmaktadır (ve genel olarak mutant RAS maligniteleri).Bu çalışmada, genom-düzenleme için günümüzün en etkili tekniklerinden biri olarak kabul edilen CRISPR/Cas9 tekniği kullanılarak, malign melanoma kanserine neden olan Q61K mutasyonunun düzeltilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, Q61K mutasyonunu içeren malign melanoma SK-MEL-30 hücre hattı kullanılmıştır. Hedef mutasyon için gRNA'lar dizayn edildikten sonra, plazmidlere aktarılmış ve klonlanmıştır. Sonra, plazmidler ve donör dizi elektroporasyon tekniği kullanılarak malign melanoma cilt kanseri hücrelerine aktarılmıştır. Başarılı transforme olan hücreler GFP+ hücrelerdir, floresan mikroskop ve flow sitometri kullanılarak diğer hücrelerden ayrılmıştır. HDR-aracılı tamir mekanizması ile hücrelerde sırasıyla knock-out ve knock-in hedeflenmiştir. Yapılan real-time PCR analizleri ile bazı hücrelerde, hedef bölgede knock-out ve knock-in işleminin başarıyla gerçekleştiği gösterilmiştir. Buna ek olarak, end-point analizi de, çalışma sonuçlarını başarıyla desteklemektedir.Bu projede, bir nokta mutasyonunun bile CRISPR/Cas9 tekniği ile düzeltilebileceğinin mümkün olduğu ispatlanmıştır. CRISPR tekniği kullanılarak, benzer mutasyonların çalışılması açısından literature yeni bir vizyon kazandırdığımız kanaatindeyiz. Malignant melanoma is a neoplasm of melanocytes or of the cells that develop from melanocytes. Although melanoma was once considered an uncommon disease, the annual incidence has increased dramatically over the past few decades, as have deaths from melanoma. The 3 Ras genes in humans (HRas, KRas, and NRas) are the most common oncogenes in human cancer; mutations that permanently activate Ras are found in 20% to 25% of all human tumors and up to 90% in certain types of cancer NRAS mutations in codons 12, 13, and 61 arise in 15–20 % of all melanomas. These alterations have been associated with aggressive clinical behavior and a poor prognosis. Until recently, there has been a paucity of promising genetically targeted therapy approaches for NRAS-mutant melanoma (and RAS-mutant malignancies in general).In this study, it was aimed to correct the Q61K mutation causing malignant melanoma cancer using the CRISPR / Cas9 technique, which is considered as one of the most effective techniques for genome editing. For this purpose, malignant melanoma SK-MEL-30 cell line containing the Q61K mutation was used. Once the gRNAs for the target mutation have been designed, they are transferred to plasmids and cloned. Then, plasmids and donor sequence were transferred to malignant melanoma skin cancer cells using electroporation technique. Successful transformed cells which are GFP + cells, sorted from other cells using fluorescence microscopy and flow cytometry. With the HDR-guided repair mechanism, knock-out and knock-in were targeted respectively. Real-time PCR analysis showed successful knock-out and knock-in in target cells in some cells. In addition, end-point analysis supports the results of working successfully.In this project, it has been proved that even a point mutation can be corrected by the CRISPR / Cas9 technique. Using the CRISPR technique, we believe that we have given literature a new vision in terms of studying similar mutations. 116

Pankreas duktal adenokarsinomu (PDA), tedavi seçeneklerinin sınırlıkaldığı ölümcül kanser türlerinin başında gelmektedir. PDA'ların yaklaşık%90'ında KRAS onkogeninin aktive edici mutasyonları görülmektedir. Bu durumKRAS'ın PDA oluşumundaki önemini ortaya koymaktadır. Mutant K-Ras'ınfonksiyonel aracılığını yapan gen ürünlerinin ortaya koyulması hem PDAbiyolojisinin daha iyi anlaşılmasını, hem de bu ölümcül kanserin tedavisineyönelik alternatif moleküler hedeflerin belirlenmesini sağlayabilir.6-fosfofrukto-2-kinaz/fruktoz-2,6-bisfosfataz (PFKFB) ailesine ait çiftfonksiyonlu enzimler dört farklı gen tarafından (PFKFB1, PFKFB2, PFKFB3 vePFKFB4) kodlanmakta ve hücre içi fruktoz-2,6-bisfosfat (Fru-2,6-BP)molekülünün yapım ve yıkımını sağlamaktadırlar. Fru-2,6-BP, glikolitik geçitinhız sınırlayıcı enzimlerinden olan 6-fosfofrukto-1-kinaz (PFK1)'ın bilinen enkuvvetli allosterik aktivatörüdür. Birçok tümör hücresinde birlikte eksprese edilenPFKFB proteinleri (PFKFB2, PFKFB3 ve PFKFB4) arasında PFKFB2, kanserhücre biyolojisinde en az çalışılan izoformdur.Bu çalışmada ilk defa PFKFB2'nin farklı kanser hücre hatlarındaekspresyonu karşılaştırılarak hücre nükleusuna lokalizasyonu ve PFKFB2 mRNAvaryantlarının farklı oranlarda nükleusa lokalize olduğu tespit edildi. Pankreatikduktal epitel hücrelerinin mutant KRAS ekspresyonu ile gerçekleşen onkojeniktransformasyonunda ve mutant KRAS bulundurduğu bilinen pankreatik duktaladenokarsinoma hücrelerinde PFKFB2'nin glikolitik fenotipe ve onkojeniközellikler üzerine etkisi incelendi. Elde edilen bulgulara göre pankreaskanserlerinde PFKFB2'nin onkojenik özellikleri ve glikolizi desteklediği görüldü.Sonuç olarak, PFKFB2 pankreatik hücre adenokarsinomalarının glikolitikfenotiplerinde ve onkojenik özelliklerinde önemlidir ve PFKFB2 pankreatikadenokarsinoma tedavisinde moleküler bir ilaç hedefi olarak değerlendirilebilir.Anahtar Kelimeler: PFKFB2, KRAS, Pankreatik duktal adenokarsinoma,Fruktoz,2-6-bisfosfat, Onkojenik transformasyon Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDA) is one of the leading lethalmalignacies with few therapeutic options. Ninety percent of PDA cases arecharacterized by an activating mutation in the KRAS oncogene. The fact thatthese mutations are detected in early phases of the molecular evolution of thedisease progression suggests a key role for the K-Ras gene in oncogenictransformation of pancreatic duct cells. Discovery of gene products that mediatethe effects of mutant K-Ras will not only help us better understand the biology ofPDA but may also lead to the identification of novel molecular targets that may beutilized for the development of therapeutics against this deadly disease.The family of the bifunctional enzymes known as 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatases (PFKFB) are encoded by four distinct genes(PFKFB1, PFKFB2, PFKFB3 and PFKFB4) and is responsible for productionand degradation of fructose-2,6-bisphosphate (Fru-2,6-BP). Fru-2,6-BP is themost potent allosteric activator of 6-phosphofructo-1-kinase (PFK1), one of therate-limiting enzymes of glycolysis. PFKFB2 is the least studied member of thePFKFB isozymes that are co-expressed in tumor cells (PFKFB2, PFKFB3 vePFKFB4).In this study, expression of PFKFB2 in different cancer cell lines wascompared and nuclear localization of PFKFB2 was determined for the first time.It was observed that 2 mRNA variants of PFKFB2 have different nuclearlocalization ratios. Effects of PFKFB2 on glycolytic phenotype and oncogeniccapabilities was investigated in mutant KRAS driven oncogenic transformation ofpancreatic ductal epithelia cells and mutant KRAS harboring pancreaticadenocarcinoma cells. According to recent findings, it was observed that PFKFB2supports oncogenic and glycolytic features of pancreatic cancers.In conclusion, PFKFB2 is important for the oncogenic characteristics andglycolytic phenotype of pancreatic adenocarcinomas and PFKFB2 could beconsidered as a molecular drug target for the treatment of pancreaticadenocarcinoma.Keywords: PFKFB2, KRAS, Pancreatic ductal adenocarcinoma, Fructose-2,6-bisphosphate, Oncogenic transformation 180

Malignant melanomas which arise from melanocytes are differentiated at the molecular level as well as cellular level which affects their therapeutic approach. Melanoma pathogenesis is managed by genetic factors. During its formation and progression, signaling pathways such as PI3K, CDK4/6-p16 but primarily MAPK (RAS-RAF-MEK-ERK) play a role in the formation and development of the melanomas. Well defined mutations of melanoma include the expressions of oncogenic forms of BRAF, KIT and NRAS, and loss of tumor suppressor genes such as PTEN, p53 and p16INK4a. In this review, molecular modifications and the various signaling mechanisms that playa role in the development and progression of melanoma will be briefly discussed.

Biyoterapötik ilaçların kanser tedavisinde en çok ilgi gören alanı hedefe özgünlükleri nedeniyle monoklonal antikorlardır (mAb). Projemizin amacı, meme kanseri tedavisinde kullanılabilecek mAb-temelli ilaç adayları geliştirmektir. Meme kanseri, dünya çapında yaygın görülmesi ve gelişmekte olan ülkelerde kadınların ölüm nedenlerinde ikinci sırada yer alması sebebiyle önemlidir. Meme kanserinde %20-25 HER2 geninin aşırı ifadesi görülmektedir. Bu gen, HER2 (ErbB2) tirozin kinaz reseptörünü kodlar. HER/ErbB ailesine ait diğer reseptörler gibi homodimerizasyon veya heterodimerizasyon ile aktive olur. Aktif hale gelen protein kinazlar ilgili sinyal iletiminin aşağı basamaklarında yer alan aracı molekülleri uyararak zincir reaksiyonları başlatırlar. Böylece, proliferasyon, sağ kalım, hücre farklılaşması, anjiyogenez ve apoptoz engellenmesi gibi sonuçlar doğuran farklı sinyal yolakları etkinleşir. Çoğalması kontrol edilemeyen hücreler zamanla tümör hücreleri haline gelir. HER2 hedefli meme kanseri tedavisine alternatif olması amacıyla var olan monoklonal antikorlardan farklı bir HER2 hücre dışı bölgesi tanıyan beş özgün antikor üreten fare hibridoma klonları grubumuz tarafından önceden geliştirilmiştir. Bu araştırmada üretilen monoklonal antikorların hedefi özgün olarak tanımada rol oynayan amino asit dizilimleri (CDR) belirlenerek, antikorun insanlaştırılması için ilk adımların atılması hedeflenmiştir. Hibridoma klonlarından dördünün HER2'yi özgün olarak tanıdıkları immünofloresans deneyi ile gösterilmiştir. Bu hücrelerden RNA izole edildikten sonra immünoglobulin ağır ve hafif zincirlerinin değişken bölgeleri RT-PCR ve PCR yöntemi ile çoğaltılmıştır. Sanger sekanslaması yöntemiyle elde edilen DNA dizilimlerinin dönüştürülmesi sonucunda ağır ve hafif zincir değişken bölge amino asit dizilimleri dört farklı antikor için elde edilmiştir. Bir klonda sadece füzyon partneri olan myeloma hücresinden gelen endojen hafif zincir yapısına rastlanmıştır. Hedefi özgün olarak tanıdığı bilinen bir antikor için ise hafif zincir dizlimi açığa çıkarılamamıştır. Hedefi HER2 hala özgün olarak tanıdığı gösterilen iki monoklonal antikorun antijeni tanınmasında rol oynayan CDR alanları bulunmuştur. Geliştirilen fare antikorları ile aynı izotipe sahip IgG1/kappa insan immünoglobulini ifade eden vektörün modifiye edilecek yerleri belirlenmiştir. Modifikasyon sonrası vektör, fare tarafından üretilen antikorlar ile aynı CDR dizilimlerine sahip olacaktır. Böylece memeli hücrelerinde ifade edilebilecek HER2'yi hedef alan insanlaştırılmış antikor için moleküler temeller atılmıştır. Monoclonal antibodies (mAbs) are the most demanded field of biotherapeutic drugs in cancer therapies because of their specificity to target. Aim of our project is to develop mAb-based drug candidates for the treatment of breast cancer. Breast cancer is significant since it is commonly observed worldwide and it takes second place in the causes of women death in developing countries.About 20-25% of breast cancer, HER2 gene overexpression was observed. This gene encodes HER2 (ErbB2) tyrosine kinase receptor. It is activated by homodimerization or heterodimerization like other receptors in the HER/ErbB family. Activated tyrosine kinases initialize signaling cascade by inducing downstream intermediary elements involved in signal transduction. Hence, multiple signaling pathways leading proliferation, survival, cell differentiation, angiogenesis and prevention of apoptosis were triggered. Uncontrolled growth of cells eventually results in tumor formation.In order to be an alternative to HER2-targeted breast cancer treatment, mouse hybridoma clones producing five specific antibodies recognizing a different HER2 extracellular domain from existing mAbs have been previously developed by our group. The aim of this study was to identify the amino acid sequences (CDR) that specifically recognize the target of monoclonal antibodies and to take the first steps towards humanization of monoclonal antibody.Four of hybridoma clones, specifically identify HER2, were shown by immunofluorescence. After isolation of RNA from these cells, immunoglobulin heavy and light chain variable regions were amplified through RT-PCR and PCR. Amino acid sequences of heavy and light chain variable regions were acquired for four different antibodies in the result of translation of DNA sequence obtained by Sanger sequencing. Only endogen light chain molecule belongs to fusion partner, myeloma cells was encountered for one clone. A clear light chain sequence result could not be exposed for one antibody which was known to specifically recognize the target. Complementarity determining regions (CDRs) which play a role in the antigen recognition were found for two monoclonal antibodies specific to HER2. The modified regions of IgG1 / kappa human immunoglobulin expression vector having the same isotype as the murine antibodies developed were identified. After modification, the vector will have the same CDR sequences with the antibodies produced by the mouse. Thus, the molecular basis for the humanized HER2 targeted antibody that can be expressed in mammalian cells has been established. 83

Özofagus kanseri geç belirti veren, tanısı genellikle küratif tedavinin mümkün olmadığı ileri evrelerde konulan kanserlerdir. Son yıllarda insidansı dikkat çekici şekilde artmasına rağmen tedavi stratejilerinde buna paralel bir ilerleme sağlanamamıştır.Meme kanserlerinde HER2 hedefli tedaviler ile sağkalım ve hastalıksız yaşam sürelerinde anlamlı iyileşmeler sağlanmıştır. Bu çalışmada özofagus ve ÖGB adenokarsinomu nedeni ile opere edilen hastalarda HER2 pozitifliğinin sağkalıma etkisini göstermek amaçlanmıştır.Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Göğüs Cerrahisi Anabilim Dalı'nda Şubat 2002-Aralık 2015 tarihleri arasında özofagus adenokarsinomu nedeni ile opere edilen 70 hasta retrospektif olarak incelenerek HER2 pozitiflik durumu değerlendirilmiştir.Bu çalışma ile özofagus adenokarsinomu tanısı ile küratif cerrahi uygulanan hastalarda; uzun dönem takip patolojik incelemelerinde HER2 pozitifliği, cinsiyet, yaş, histolojik grade, tümör invazyon derinliği, bölgesel LN tutulumu, lenfatik invazyon, perinöral invazyon, patolojik evrelere dağılımı, cerrahi sınır tümör rezeksiyonu (R0/R1) dağılımı ve beklenen sağkalım oranları analiz edilmiştir. Sonuç olarak özofagus adenokarsinomu nedeni ile opere edilen hastalarda HER2 pozitif olan hastaların negatif olan hastalara göre beklenen sağkalım oranları diğer parametrelerden bağımsız olarak anlamlı düşük bulunmuştur. Çalışmamızda özofagus adenokarsinomlarında yeni tedavi stratejileri geliştirilmesi gerektiği ve tedavi standardını yakalamak için tedavi seçeneklerinin karşılaştırıldığı daha geniş çalışmalara olan ihtiyaç ortaya konulmuştur.Anahtar Kelimeler: Özofagus adenokarsinomu, HER2/Neu, prognostik faktörler Esophageal carcinoma related symptoms are late seen so they are detected at incurable stages. At last years the incidence of esophageal carcinoma is rising remarkablely but there is no such progresion on theraphy protocols.On breast cancer HER2 targeted therapies have made longer disease free survivals possible. In this study we aimed to investigate the effect of HER2 positivity on survival of esophagus and esophagogastric junction adenocarcinomas.We analysed retrospectively 70 patients who are operated at Ankara University School of Medicine Thoracic Surgery Department between February 2002 and December 2015 because of esophageal adenocarcinoma and searched for HER2 positivity.In this study we examined HER2 positivity in long term patology results, sex, age, histological grade, tumor invasion depth, regional lymph node metastasis, lymphatic invasion, perineural invasion, pathological stages, surgical margin (R0 / R1) and expected survivals of patients operated for esophageal adenocarcinoma for curative intend.In conclusion the expected survival rates of operated HER2 positive patients are independently lower than negative patients with statistical significance. We claim that it is compulsory to develop new treatment strategies for esophageal carcinomas and it can be done with prospective trials that have more patients.Key words: esoghageal adenocarcinoma, HER2/Neu, prognostic factors 99

Meme kanseri Türkiye'de ve dünyada kadınlarda en sık görülen, kansere bağlı ölümlerde ise akciğer kanserinden sonra ikinci sırada gelen kanser türüdür. Tümör histopatolojisi, klinik seyri ve tedaviye verilen cevapları açısından incelendiğinde; bütün meme kanser tiplerinin kendine özgü bir moleküler çeşitliliği olduğu görülmektedir. Epitelyal-mezenşimal dönüşüm epitel hücresinin epitelyal özelliklerinin kaybı ve mezenşimal fenotip kazanması olarak tanımlanır. Karsinom hücrelerinde artmış agresif seyir, invazyon ve metastaz potansiyeli ile doğrudan ilişkilidir. Epitelyal-mezenşimal dönüşümde etkili rol oynayan moleküllerin bazıları E-kadherin, Snail, TGF-β, Lyric ve Fibronektin'dir. Çalışmamızda Başkent Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı'nda tanı almış 80 adet invaziv karsinom, NOS tanılı ve 30 adet duktal karsinoma in situ tanılı tümörlerde ve 30 adet redüksiyon mammoplasti ameliyatı olmuş normal meme dokusunda klinikopatolojik parametreler ile birlikte TGF-β, Snail, Lyric, E-kadherin ve Fibronektin antikorlarının immünohistokimyasal olarak ekspresyonları incelenmiş, epitelyal-mezenşimal dönüşüm ve tümör invazyonu açısından farklarının olup olmadığını araştırılmıştır.Çalışmamızın sonuçları değerlendirildiğinde immünohistokimyasal olarak artmış TGF-β, Lyric, Snail ve Fibronektin ekspresyonları ile azalmış E-kadherin ekspresyonunun kötü prognoz ile ilişkili olduğu saptanmıştır. Bu belirteçlerin, epitelyal-mezenşimal dönüşüm için biyobelirteç adayı olabileceği değerlendirilmektedir. Bu nedenle rutin klinik uygulamada kullanılmak üzere daha geniş serilerde ve farklı histolojik tiplerde invaziv meme karsinomlarında da çalışmalara ihtiyaç olduğu kanısına varılmıştır. Breast cancer is the most common type of cancer in women in both Turkey and in the world. It is the second most common cancer type in cancer-related deaths after lung cancer. When examined for tumor histopathology, clinical course and response to treatment; it appears that all breast cancer types have a unique molecular variety. Epithelial-mesenchymal transformation is defined as loss of epithelial characteristics of epithelial cells and to acquire mesenchymal phenotype. Increased aggressive trend in carcinoma cells is directly associated with invasion and metastatic potential. Some of the intracellular molecules that are transcriptionally affected by the epithelial-mesenchymal transition are E-cadherin, Snail, TGF-β, Lyric and Fibronectin.In our study, 80 tumors with invasive breast carcinoma and 30 ductal carcinoma in situ diagnosed in Baskent University Faculty of Medicine Department of Pathology were studied. TGF-β, Snail, Lyric, E-cadherin and Fibronectin expressions were examined along with clinicopathologic characteristics in invasive breast carcinoma without specific features and ductal carcinoma in situ and investigated whether there were any differences in terms of epithelial-mesenchymal transformation and tumor invasion.When the results of our study were evaluated, immunohistochemically increased TGF-β, Lyric, Snail and Fibronectin expressions and decreased E-cadherin expression were found to be associated with poor prognosis. It is considered that these markers may be biomarker candidates for epithelial-mesenchymal transition. It has been concluded that, in order to be used in routine clinical practice there is a need for studies on invasive breast carcinomas in larger series and in different histological types. 120

Amaç: Kronik miyeloproliferatif hastalıklar, kemik iliğinde bir ya da daha fazla miyeloeritroid hücre serisinde kontrolsüz proliferasyon ve periferik kanda artmış olgun hücre sayısı ile karakterize edilen hastalıklar grubudur. Philadelphia (-) klasik kronik miyeloproliferatif hastalıklar (KMPH) başlıca polistemia vera (PV), esansiyel trombositemi (ET) ve primer miyelofibroz (PMF) olarak gruplandırılır. 2005 yılında tanımlanan JAK2V617F mutasyonu ile PV hastalarının %95-98'inde, ET ve PMF hastalarının %50'sinde klonal gelişimi göstermek mümkün olmuştur. Daha sonra PV'de JAK2 exon-12 mutasyonları, PMF ve ET'de MPL mutasyonları tanımlanmıştır. KMPH hastalarında tanımlanan diğer mutasyonlardan biri de CALR mutasyonudur. Endoplazmik retikulum üzerinde ve içinde Ca++ (kalsiyum) bağlayan şaperon olarak bulunan proteini kodlayan bu mutasyonlar ile hematopoetik hücrelerdeki STAT sinyal yolağı aktive edilerek hücre çoğalması uyarılır. İlk kez 2013 yılında tanımlanan CALR mutasyonları birçok hematolojik malignite, lenfoid hastalıklar ve solid tümörlerde de gösterilmiştir. CALR mutasyonunun sıklığı ET'de %50-70, PMF'de %60-90 oranında bulunmuştur. CALR mutasyonunun hastalığın prognozu ve sağkalım üzerine etkilerine yönelik veriler mevcut olup bu konudaki çalışmalar tüm dünyada devam etmektedir. Bu çalışmada Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Hematoloji Polikliniği'nde takip edilmekte olan Ph(-) KMPH hastalarında CALR mutasyonunun belirlenmesi ve CALR mutasyon varlığının hastaların klinik bulguları üzerine etkileri araştırılmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 2008 WHO kriterlerine göre 35 ET, 1 PMF, 4 POST-PV MF, 4 POST-ET MF ve 32 PV olmak üzere toplam 76 Philadelphia (-) KMPH hastası dahil edildi. Hastaların demografik özellikleri, klinik ve laboratuar bilgileri kayıt altına alınmıştır. 11.04.2007 tarih ve 07-3/3 sayılı protokol numarası ile protrombin ve faktör V Leiden gen mutasyonu bakılan KMPH tanılı hastaların 76'sının -70°C'de saklanan venöz kandan izole edilmiş DNA'larını kullanarak dizi analizi yöntemiyle CALR mutasyonu çalışılmıştır. İstatistiksel analizlerin değerlendirilmesinde Pearson ki-kare testi ,sıklıklar, ve sağkalım (survival) analizleri kullanılmıştır. Bulgular: Olguların ortalama yaşı 60,8±13,7'dir. Yaş grupları olarak değerlendirildiğinde hastaların %64,5'i 40-65 yaş aralığındadır. Hem yaş hem de cinsiyet açısından gruplar arasında fark bulunmamaktadır.PMF tanılı olgularda retikülin lif artışı daha yüksek bulunmuştur ve istatiksel olarak anlamlı saptandı. (p=0,001) Hastalık evresi ile korele olan splenomegali PMF ve PV olgularında daha yüksek saptandı. (p=0,001) Olguların %19,7'sinde başta MI,SVO, Budd,Chiari ve DVT olmak üzere tromboembolik olay saptandı, ancak gruplar arası istatiksel fark bulunmadı. 1 PV olgusunda AML'ye transformasyon görüldü. Sağkalımları açısından gruplar arası anlamlı fark saptanmadı.JAK2 mutasyonu değerlendirilen 45 olguda ET'de %20, PV'de %34,4 ve PMF'de %33,3 JAK2V617F mutasyonu olduğu görüldü.(p>0,05) CALR tip 1 ve CALR tip 2 mutasyonu açısından değerlendirilen 76 olguda mutasyon saptanmadı.Sonuç: JAK2 ve MPL mutasyonu (-) olan olgularda en sık saptanan mutasyon olarak bildirilen ( yaklaşık %80) CALR 52-bp delesyon p.L367fs*46 (Tip 1 CALR mutasyonu) ve 5-bp insersiyonu p.K385fs*47 (Tip 2 CALR mutasyonu) olgularımızda saptanmamıştır. Literatürde bu iki mutasyondan tip 1 CALR mutasyonu %45-50, tip 2 CALR mutasyonu ise %32-41 görülmektedir. Ancak 50'den farklı mutasyon bu alanda tanımlanmıştır. Hastalığın patogenezinin aydınlatılması, klinik ve sağkalım ile ilişkilendirilmesini sağladığı gibi ve bu konuda yapılacak çalışmalar ile hedefe yönelik tedaviler açısından yeni çalışmaların da önünü açacaktır.Anahtar Kelime: Calreticulin, KMPH, MPN, JAK2, MPL Objective: Chronic myeloproliferative diseases are a group of diseases characterized by uncontrolled proliferation of one or more lines of myeloerythroid cells in bone marrow and increased number of mature or immature cells in the peripheral blood. Philadelphia (-) classic chronic myeloproliferative diseases (CMPD) mainly polycythemia vera (PV), essential thrombocythemia (ET) and primary myelofibrosis (PMF) are grouped. JAK2V617F mutation identified in 2005 have been able to demonstrate clonal growth in 95-98% of PV and 50% of ET and PMF patients. Then JAK2 exon 12 mutations in PV and MPL mutations have been identified in ET and PMF. Other mutations identified in patients with CMPD is also CALR mutation. Cell proliferation is stimulated by activating STAT signaling pathway in hematopoietic cells with these mutations encoding a protein which Ca++ binding chaperone in the endoplasmic reticulum. For the first time identified in 2013 CALR mutations are shown in several hematological malignancy, lymphoid diseases and solid tumors. The frequency of CALR mutations are 50-70% in ET and 60-90% in PMF. The data is present on the effects of CALR mutations on prognosis of disease and survey and studies continues on this subject all over the world. The aim of this study is to investigate the prevalence of CALR mutations at Ph (-) CMPD patients following in outpatient clinic of haematology at Ege University Faculty of Medicine Hospital and their effects on clinical symptoms of patients with mutations in the presence of CALR.Material and Method: 35 ET, 1 PMF , 32 PV , 4 Post-PV MF and 4 Post-ET MF that a total of 76 Philadelphia (-) CMPD patients were included to the study according to 2008 WHO criteria. The demographic characteristics of the patients, clinical and laboratory data were recorded. CALR mutations were studied at 11.04.2007 date and 07-3/3 of the protocol number of the viewed with prothrombin and factor V Leiden gene mutation diagnosis of 76 CMPD patients of stored at -70°C venous blood were isolated DNA by sequence analysis method using. Pearson chi-square test, frequencies and survival analysis was used for the evaluation of istatistical analysis.Results: The mean age of the patients was 60,8 ± 13,7. Considering the age group 40-65 years of age is 64.5% of patients. There is no difference between the groups of both age and also in terms of gender. Reticulin fibers increase in the diagnosis of FMF patients was higher and was statistically significant.(p=0,001) Splenomegaly, which is correlated with stage of the disease has been detected higher in the PMF and PV cases. (p=0,001) In 19.7% of cases, thromboembolic events, including particularly myocardial infarction, cerebrovascular disease, Budd-Chiari and deep vein thrombosis was detected, but statistical differences were not found between groups. AML transformation was seen in the one of PV patients. There was no significant difference between the groups in terms of survival. JAK2V617F mutation was seen in JAK2 mutation has been evaluated in 45 patients with 20% ET, 34.4% PV and 33.3% PMF.(p>0,05) The mutation was not found in 76 cases evaluated in terms of CALR type 1 and CALR type 2 mutations.Conclusions: JAK2 and MPL mutations (-) patients with the most frequent mutations reported (approximately 80%) CALR 52-bp deletion p.L367fs*46 (Type 1 CALR mutation) and 5-bp insertion p.K385fs*47 (Type 2 CALR mutation) were not detected in our patients. CALR type 1 and type 2 mmutations show the rate of respectively 45-50% and 32-41% in the literature. However, different from the 50 mutations have been described. Studies on this subject describe of the pathogenesis as to be associated with clinical and survival will pave the way for new studies of targeted therapies.Keywords: Calreticulin, CMPD, MPN, JAK2, MPL 69

Amaç: İmmün Trombositopenik Purpura (İTP) kazanılmış bağışıklık aracılı bir hastalıktır. İzole trombositopeni mevcuttur ve trombosit eşik değeri 100.000/mikrolitredir. Cloned Myeloid Lökemia Virus (c-mpl) tip 1 hematopoetik büyüme faktör reseptör ailesinin bir üyesidir. Megaryopoezde önemli bir rolü olan bu reseptöre ligandın bağlanmasını takiben bir dizi sinyal yolağı aktive olur ve megakaryosit maturasyon ve diferansiyasyonu olumlu yönde etkilenir.D vitamini'nin aktif formu olan 1,25(OH)2D3 bazı inflamatuvar hücreler ve sitokinleri üzerinden etki ederek bir çok otoimmun hastalıkta kullanılabilen potent bir immun modülatördür.Vitamin D 38'den fazla dokuda yaygın olarak bulunan reseptörlerine bağlanarak bazı inflamatuvar hücreler ve sitokinleri üzerinden etkilerini gösterir.Proinflamatuvar sitokinlerde azalmaya antiinflamatuvar sitokinlerde artışa neden olarak megakaryopoezis üzerinde olumlu etkiler göstermektedir.Çalışmamızda otoimmun bir hastalık olan İTP ile c-mpl ve vitamin D arasında ilişki olup olmadığını saptamayı amaçladık.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 18 yaş üzeri 95 İTP hastası ve kontrol grubu olarak 18 yaş üzeri kemik iliği tutulumu olmayan 35 lenfoma hastası alındı. İTP hastalarının tanı anındaki biyokimyasal, hematolojik verileri, anti nükleer antikor, anti mitokondriyal antikor, anti düz kas antikor pozitiflikleri, hepatit ve insan immün yetmezlik virüsü pozitifliği, gaytada helikobakter pilori antijeni pozitifliği, takipleri sırasındaki hematolojik parametreleri bakıldı. Hasta ve kontrol grubunun demogrofik verileri kaydedildi. 61 İTP hastası ve 30 lenfoma hastasının kemik iliği biyopsi örnekleri H&E ile boyanarak Olympus BX50 ışık mikroskopunda c-MPL ve vitamin D açısından çalışıldı.Sonuçlar negatif ve pozitif semikantitatif olarak değerlendirildi.Bulgular: İTP'li hasta grubunda kontrol grubuna göre c-mpl ve vitamin D pozitifliğinde anlamlı olarak artış saptamadık. İTP'li hastalarda splenektomi uygulanmamış olanlara göre splenektomi uygulanmış hastalarda kemik iliğinde anlamlı c-mpl pozitifliği saptadık.Vitamin D boyasında ise anlamlı bir artış saptamadık.Sonuç:Megakaryopeziste olumlu yönde etkileri olduğu bilinen c-mpl ve vitamin D ile İTP'li hastalarda yaptığımız çalışmada anlamlı bir sonuç elde edemedik.Fakat daha geniş vaka serilerinde yapılacak olan çalışmalarda İTP patofizyolojisi ve yeni tedavi arayışları açısından katkı sağlayabilir.Anahtar Kelimeler:İmmun trombositopenik purpura,c-mpl,vitamin D Objective:Immune thrombocytopenic purpura (ITP) is an acquired immunity-mediated disease. There is isolated thrombocytopenia and the thrombocyte threshold is 100,000 / microliter. Cloned Myeloid Leukemia Virus (C-MPL) is a member of type 1hematopoietic growth factor receptor family. A number of signaling pathway are activated following the connection of ligand to this receptor which has a significant role in megakaryopoiesis and, megakaryocyte maturation and differentiation are positively affected.Being effective through some inflammatory cells and cytokines; an active form of vitamin D 1,25(OH)2D3 is a potent immune modulator that can be used in many autoimmune disease. By binding to its receptors commonly found in more than 38 tissues, Vitamin D takes its effect through some inflammatory cells and cytokines. It has positive effects on megakaryopoiesis leading to increase in anti-inflammatory cytokines and decrease in proinflammatory cytokines. We aimed to determine whether there is an association between ITP as an autoimmune disease and c-MPL with Vitamin D.Materials and Method: In the study, 95 ITP patients over 18 years old and 35 lymphoma patients over 18 years old without bone marrow involvement as a control group were examined. Biochemical,hematological data, anti-nuclear antibody, anti-mitochondrial antibody, anti-smooth muscle antibody positivity, hepatitis and human immunodeficiency virus positivity, helicobacter pylori antigenic positivity in stool (gaita) during diagnosis and hematological parameters during follow-up were examined.Demographical data of patients and control groups were recorded. Bone marrow biopsy samples of 61 ITP patients and 30 lymphoma patients were stained with H&E and were examined on Olympus BX50 light microscope in terms of c-MPL and Vitamin D. The results were evaluated as negative and positive semi quantitative.Findings: We didn't find a significant increase in c-MPL and Vitamin D positivity in ITP patient group compared to control group. In ITP patients, we found significant c-MPL positivity in bone narrow in splenectomy patients compared with patients without splenectomy. This result may lead to splenectomy in ITP patients. We didn't find a significant increase in Vitamin D staining.Conclusion: We didn't get a significant result with c-MPL and Vitamin D which are known with their positive affects on megakaryopoiesis in our study performed in ITP patients. However, it may make contribution to ITP patophysiology and new treatment seeking in studies to be performed in larger case series.Key words: Immune thrombocytopenic purpura, c-MPL, Vitamin D 60

MicroRNAs (miRNA) are small non-coding RNA of 19–24 nucleotides in length that were discovered 12 years ago by Victor Ambros and colleagues. They are important regulatory molecules in animals and plants. MicroRNAs are downregulate gene expression during various crucial cell processes such as apoptosis, differentiation and development. In addition, some miRNAs may function as oncogenes or tumor suppressors. More than 50% of miRNA genes are located in cancer-associated genomic regions or in fragile sites. Overexpressed miRNAs in cancers, such as mir17–92, may function as oncogenes and promote cancer development by negatively regulating tumor suppressor genes and genes that control cell differentiation or apoptosis. Underexpressed miRNAs in cancers, such as let–7, function as tumor suppressor genes and may inhibit cancers by regulating oncogenes and genes that control cell differentiation or apoptosis. miRNA expression profiles may become useful biomarkers for cancer diagnostics. [Archives Medical Review Journal 2009; 18(1.000): 1-12]

Amaç: HER2 onkogenini hedefleyen trastuzumab, HER2 amplifikasyonu gösteren meme kanser hastalarında belirgin klinik yarar sağlar. Güçlü aktivitesine rağmen, HER2 pozitif meme kanser hastalarının bazıları, trastuzumab direnci nedeniyle klinik yarar görmez. Trastuzumab direncinin moleküler mekanizmalarından birisi, p95HER2 (truncated HER2)'nin aşırı ekspresyonudur. Bu çalışmanın amacı, p95HER2 aşırı ekspresyonu gösteren meme kanserlerinin trastuzumaba direnç gösterip göstermediğini araştırmaktır. Materyaller ve Yöntemler: p95HER2 ve HER2 ekspresyon seviyesi, eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile saptandı. HER2 protein ekspresyonu ve HER2 gen amplifikasyonu, immunohistokimya ve kromojenik in situ hibridizasyon ile belirlendi. Tüm değerlendirmeler, formalinde tespit edilmiş parafine gömülmüş 80 meme kanser dokusu arşiv materyalinden elde edilen örneklerde yapıldı. Tanı sırasında, hastaların hiçbirinde uzak metastaz yoktu. HER2 pozitif meme kanser hastalarına, kemoterapi ile birlikte yada tek ajan trastuzumab tedavisi uygulandı. Bulgular: Bu çalışma seksen meme kanser hastasından oluşmaktadır. Otuzdokuz olgu, HER2 pozitifti ve trastuzumab tedavisi aldı. Bu 39 hastanın 11'i (%28,2), trastuzumaba dirençli idi ve 28'i (%71,8) trastuzumaba dirençli değildi. Üç hasta takip sırasında eks oldu. Trastuzumab direnci gösteren 11 olguda, p95HER2 ortalama değeri 11,01±19,73 (0,41-5,89) olarak bulundu. Trastuzumab direnci göstermeyen 28 olguda ise p95HER2 ortalama değeri 1,99±1.37 (0,51-6,63) idi. p95HER2 oranı düşük ise, trastuzumab direnci yoktur şeklinde bir sonuç elde edilemedi (p=0,210 Mann-Whitney U testi). Ancak, p95HER2 oranının yüksek olduğu her durumda trastuzumab direnci vardı.Sonuç: p95HER2'nin, trastuzumab direnci ile korele olduğu bulundu. Ancak, yalnızca p95HER2'nin değerlendirilmesinin, trastuzumab direncinin belirleyicisi olmadığı saptandı. Bu sonuç, trastuzumab direncinin öngörülmesinde, p95HER2'nin duyarlı ancak özgün olmadığını düşündürmektedir. Aim: Trastuzumab, the HER2 oncogene targeting drug, shows remarkable clinical efficacy in HER2-amplified breast cancer patients. In spite of robust activity, some of the patients with HER2-positive breast cancers do not get the benefit because of the resistance to trastuzumab. Overexpression of p95HER2 (truncated HER2) is one of the molecular mechanisms of trastuzumab resistance. We aimed to investigate whether p95HER2 overexpressing breast cancers were resistant to trastuzumab. Materials and Methods: p95HER2 and HER2 expression was determined by real-time polimerase chain reaction (RT-PCR) analysis. HER2 protein expression and HER2 gene amplification was also determined by immunohistochemistry and chromogenic in situ hybridization. 80 formalin fixed paraffin-embedded (FFPE) breast cancer tumor tissue archieve materials were used to analyze all of the evaluations. According to clinical information of the cases, none of the cases had distant metastases in the initial diagnosis. HER2 positive cases underwent trastuzumab regimens with/without chemoterapy.Results: This study included 80 breast cancer cases. 39 cases were HER2 positive and had trastuzumab treatment. 11 (28,2%) of these 39 cases were trastuzumab resistance and 28 (71,8%) of 39 cases did not show trastuzumab resistance. 3 cases were exitus. p95HER2 mean ratio was 11,01±19.73 (0,41-5,89) on 11 cases which were trastuzumab resistant. p95HER2 mean ratio was 1,99±1.37 (0,51-6,63) on 28 cases without trastuzumab resistance. If p95HER2 ratio was low, there was no trastuzumab resistance. However, for every statement on which p95HER2 ratio was high, there was trastuzumab resistance (p=0,210 Mann Whitney test).Conclusion: p95HER2 was found to be correlated with trastuzumab resistance, but it was not a determinant of trastuzumab resistance alone. We suggest that p95HER2 is sensitive but not specific for prediction of the trastuzumab resistance. 156

Malign melanom mortalitesi ve morbiditesi en kötü deri tümörü olup melanin üreten hücrelerin malign transformasyonu sonucu gelişmiştir. Deri kanserleri arasında 3. sıklıkla görülmekte ve melanom insidansı her yıl artış göstermektedir. Malign melanomlarda bugün için en etkili tedavi geniş cerrahi eksizyon ve gerekirse bölgesel lenf bezi eksizyon/diseksiyonudur. Malign melanomun klinik, histolojik ve biyolojik özelliklerinin daha iyi bilinmesi tümörün erken tanı ve tedavisindeki gelişimlere katkı sağlayacaktır. Sonuçta, tüm kanser türlerinde olduğu gibi melanomda da erken teşhis ve tedavi yaşam süresini artırmaktadır.. Çalışmamız tedavi alternatifleri oldukça kısıtlı olan metastatik malign melanom hastalarında hastalığın seyri ve prognozu hakkında bilgi sağlayarak tedavi protokolü seçiminde ve hastalığın yönetimi hakkında fayda sağlamayı hedeflemektedir. Biz bu çalışmada malign melanom olgularının patoloji materyallerinde yapılacak analizle c-myc onkogeni ve matriks metolloproteninaz-2 ekspresyonunun malign melanom hastalarında metastaza ve prognoza olan etkisini değerlendirmeyi amaçladık . Çalışmamıza 2006-2015 yılları arasındaki Mersin Üniversitesi Plastik Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi kliniğinde tedavi gören 63 hasta dahil edildi. Tüm malign melanom olguları retrospektif taranarak yaş, cinsiyet, lezyonun yerleşimi, histolojİk tipi, evrelemesi ve lenf nodu tutulumu açısından değerlendirildi. Uygun olan 47 hastanın spesmenleri yapılan immunohistokimyasal boyamayla c-myc ve MMP-2 enzim ekspresyonu açısından incelendi. Sonuçların metastaz, sağkalım sürelerine olan etkisi istatistiksel olarak analiz edildi. Her ikisininde ayrı ayrı pozitifliği takip süresini azalttığı, MMP-2 pozitifliğinin sağkalımı olumsuz etkilediği ve ölüm riskini 4 kat arttırdığını gördük. (p:0,022) Çalışmamız c-myc ve MMP-2 kötü prognoz kriteri olarak değerlendirilebileceğini kanıtlar niteliktedir.Anahtar kelimeler: c-myc, malign melanom, MMP-2 Analyzing the effect of c-myc oncogene and matrix mettalloproteinase-2 enzyme ekspression on metastasis and prognosis of malignant melanoma Malignant melanoma which has the highest mortality and morbidity is the worst skin tümör. İt is derived from malignant transformation of melanin producing cells. The incidence of the melanoma has increased over the past several decades. Most efficent terapy for the melanom is surgical eksizion and lymph node disection, to understand the histologıcal, clinical and bıologıcal propertıes of malignant melanoma is importand because ıt will be helpfull for the developement of early diagnosis and new terapeutıc pathways. Early diagnosis and treatment increase the survival rate of melanoma and also all cancer types as well. The aim of this study is to measure the the effect of c-myc oncogene and matrix mettalloproteinase-2 enzyme ekspression on metastasis and prognosis of malignant melanoma. At the end of this study we hope to have informatıon about the prognosis of melanoma so to be helpfull for choosing the treatment strategy. 63 patients treated in Mersin University Plastic Reconstructive and Aesthetic Surgery clinic durıng 2006-2015 were included to this study. All clinical and histological parameters were collected from each patient's records and survival rate is assessed. 47 suıtable tümor specimens were assesed by immunohystochemical stains and analyzed for the c-myc and MMP-2 positivity. All results were evaluated statistically for the effect on melonoma metastasis and survival rate. C-myc positivity and MMP-2 positivity decreases the survival rate of melanoma statistically significant.(p:0,022) MMP-2 positifity increases the risk of death 4 times more. So this study confirms that c-myc and MMP-2 can accept as a prognostic factor.Keywords :c-myc, malignant melanoma, MMP-2 58

Bu çalışmada, metastatik kolorektal kanser (mKRK) tedavisinde, ülkemizde ve dünyada ilk basamakta ya da benzer tedavi protokollerini takiben ikinci basamakta kullanımı onaylı olan epidermal büyüme faktörü reseptör (EGFR) inhibitörleri setuksimab ve panitumumab etkin maddelerinin etkililik ve güvenlilik açısından karşılaştırıldığı bir meta analiz gerçekleştirimesi hedeflenmiştir. Her iki etkin madde de, mKRK tedavisinde ve aynı hastalık, tedavi ve performans özelliklerine sahip hasta popülasyonunda kullanılmasına rağmen birbirleri yerine kullanılamamaktadır ve/veya tedaviye hangi ajanla başlandı ise onunla devam edilmesi gerekmektedir.Bu nedenle tedavi başlangıcında hangi ajanın seçileceği sorusu gündeme gelmektedir. Bu amaçla yapılacak meta analiz çalışması için, setuksimab+FOLFIRI (5-Florourasil+Lökovorin+İrinotekan) ve panitumumab+FOLFIRI tedavi kombinasyonları için ayrı ayrı literatür taraması yapılmış ve meta analiz için uygun veriyi içeren klinik çalışmalar analize dahil edilmiştir. Yapılan değerlendirmede, daha önce gerçekleştirilen çalışmalarla da uyumlu olarak KRAS (Kirsten Rat Sarkoma Onkogen) yabanıl tip hastaların tedaviden daha yüksek fayda sağladığı sonucuna ulaşılmıştır. Setuksimabın, panitumumaba göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde daha uzun sağkalım ve progresyonsuz sağ kalım süresi sağladığı belirlenmiştir. Setuksimab alan mKRK hastalarında; diyare, eritem, dermatit acneiform yan etkilerinin görülme yüzdesi anlamlı oranda yüksek bulunmuştur. Bu tez kapsamında ayrıca, `Kişiye Yönelik Tedavi` yaklaşımının özellikle kanser hastaları için önemi gözönünde bulundurularak karar ağacı algoritması ve c45 öğrenmesi ile demonstratif ve gelişime açık bir makine öğrenmesi yazılımı geliştirilmiştir. Yazılıma veri girişi ile elde edilen test sorgulamaları hastanın demografik özelliklerine, tedavi basamağına, farklı kemoterapi protokollerinde uygulanacak ilaçla (setuksimab ve panitumumab)elde edilecek olası genel sağ kalım, progresyonsuz sağ kalım ve yan etki insidanslarını göstermiştir. The aim of this study was, efficacy and safety comparison meta analysis of cetuximab and panitumumab, which are epidermal growth factor receptor (EGFR) inhibitors that are approved and can be used at the first line therapy or the second line therapy by following similar therapy protocols. Although both active substances are used metastatic colorectal cancer treatment for the same patient population, who have the same therapy background and performance characteristics, these agents can not be used interchangeably and / or must be continued to the treatment in which the agent was used In the initial treatment. Therefore the question of which agent will be selected comes up. Different literature searchings were achieved for cetuximab+FOLFIRI (5-Flourouracil+Locovorin+İrinotecan) and panitumumab+FOLFIRI combinations separately. And the clinical trials which had inclusion criterions, are involved to the meta analysis. According to the results, KRAS wild type patients have more benefit than others, compatible with the earlier study results. And the patients (KRAS wild type) who used cetuximab, had longer progression free survival and overall survival times, statistically significant . The percentage of side events diarrhea, erythema and dermatitis acneiform observed at cetuximab group is significantly higher than the panitumamab group. Because of it is known that `personilized therapy` concept is so important, especially for oncologic patients, a demonstrative and developable machine learning software was developed with decision tree algorithm and c45 learning for this purpose. By making data enterance to the software, as patient demographic properties, treatment step, different chemotherapy regimens which are used with drugs (cetuximab and panitumumab), the propable overall survival time, progression free survival time and side event incidence are calculated by the programme. 152

Amaç: Uzun süreli ultraviyole ışığa maruziyetin tetiklediği bir çeşit benign proliferasyon olduğu düşünülen pterjium dokusunda bir onkogen olan K-ras mutasyonu sıklığının değerlendirilmesi Metot: Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Göz Hastalıkları A.D. 'da otogreft ile pterjium eksizyonu esnasında alınan pterjium ve normal doku örnekleri DNA izolasyonuna kadar -80°C'de saklandı. Çalışmanın diğer prosedürleri Konya Necmettin Erbalan Üniversitesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'nda yürütüldü. Taze dokudan DNA izolasyonu `QIAamp DNA FFPE tissue kit` ile yapıldı. PCR ile DNA'nın K-ras geni kodon 12,13 ve 61 bölgelerini içeren dizileri amplifiye edildi.. Elde edilen ürünlerde `pyrosequence` sistemi kullanılarak K-ras kodon 12, kodon 13 ve kodon 61 'de mutasyon mevcudiyeti değerlendirildi. Bulgular: Çalışmada toplam 25 olgunun (10 kadın, 15 erkek) pterjium ve normal doku örnekleri değerlendirildi. Olguların yaş ortalaması 54.54±13.13'dü. Pterjium 18 olguda (% 72) korneayı 2-4 mm geçiyordu (tip 2), 7 olguda (% 28) ise korneayı 4 mm'den fazla (tip 3) geçiyordu. On beş olgunun (%60) bilateral pterjiumu mevcuttu. Pterjium tüm olgularda temporal lokalizasyondaydı ve hepsine ilk kez pterjium cerrahisi uygulandı. Yapılan analizde olguların normal dokularında K-ras mutasyonu saptanmazken, aynı bireylere ait pterjium dokularında Kodon 12'de 1 olguda, kodon 61'de 7 olguda mutasyon saptandı. Kodon 61'deki bu nokta mutasyonları 4 olguda glutamin ile arjinin (Glu61Arg CAA>CGA), 3 olguda ise glutamin ile lösin (Glu61Leu;CAA>CTA) şeklindeydi. Sonuç: Etiyopatogenezi halen tam olarak anlaşılamamış olan pterjium dokusunda K-ras geni 61. Kodonunda istatistiksel olarak anlamlı oranda mutasyon saptanması bu oluşumun benign bir tümöre benzer özellikler taşıdığı fikrini desteklemektedir. Aim: To evaluate the frequency of mutation of the oncogene K-ras in pterygium tissues which are claimed to be a benign proliferation triggered by prolonged exposure to ultraviolet radiation. Metot: Pterygium tissuses and normal conjunctiva tissue specimens obtained from patients who underwent pterygium excision with autogreft in Selçuk University Faculty of Medicine, Department of Ophthalmology, were stored at -80°C until DNA extraction. Following laboratory procedures were performed at Konya Necmettin Erbakan University Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics. DNA extraction from fresh tissue was performed using the `QIAamp DNA FFPE tissue kit`. A PCR reaction was performed to amplify sequences containing codone 12, 13 and 61 in K-ras gene of the DNA. The PCR products were evaluated for K-ras mutation at codone 12, codone 13 and codone 61 with the `pyrosequence` method. Results: In the study pterygium and normal conjunctival tissue samples of 25 cases (10 female, 15 male) were evaluated. The mean age was 54.54±13.13'dü. Pterygium was exceeding the cornea 2-4 mm (type 2) in 18 cases (% 72), more than 4 mm (type 3) in 7 cases (% 28). Fifteen cases presented bilateral pterygium. All cases had pterygium on the temporal quadrant and underwent primary pterygium excision. The genetic analysis revealed lack of any K-ras mutation in normal conjunctival tissues, in contrast pteryigum tissues of the same cases demonstrated mutation at codone 12 in 1 case and mutation at codone 61 in 7 cases. The point mutations at codone 61 were glutamine to arginine (Glu61Arg CAA>CGA) in 4 cases and glutamine ile leucine (Glu61Leu;CAA>CTA) in 3 cases. .Conclusion: Though the pathogenesis of pterygium is already unknown the statistically significant mutation in K-ras gene at codone 61 supports the hypothesis being a benign tumor proliferation. 78

Doktora Tezi, Prostat kanseri erkeklerde en sık görülen kanserdir. Akciğer kanserinden sonra erkeklerde kansere bağlı ölümlerde ikinci sırayı almaktadır ve kanser ölümlerinin %10'undan sorumludur. Prostat kanserlerinin oluşmasında yaş ve genetik faktörler oldukça önemlidir. Kinetokor proteinlerinin karsinogenezle bağlantıları yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Bunlardan birisi olan sentromer protein H'ın bazı kanser türlerinin gelişimi ile olan bağlantıları tespit edilmiştir. Bu çalışmada sentromer protein H (CENP-H) ekspresyon düzeyinin prostat karsinomunda (PCa) değişip-değişmediğinin saptanması ve karsinogenez sürecindeki muhtemel rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, prostat kanseri tanısı almış hastalardan çıkarılan total prostat dokularından elde edilen parafine gömülmüş örneklerde CENP-H geninin transkripsiyonel analizi gerçekleştirilmiştir. Ekspresyon analizleri aynı hastanın prostat dokusundaki tümöral ve non-tümöral alanlardaki ekspresyonun karşılaştırılması ile elde edilmiştir. Çalışmaya 40 adet radikal prostatektomi materyali alınmış, daha sonra yüksek Gleason skorlu 9 doku materyali; normal prostat dokusu alanı tümör dokusu alanı ile çok içiçe olduğu için; 3 doku materyali de RNA elde edilemediği için çalışmadan çıkarılmıştır. CENP-H gen ekspresyon analizi Real Time PCR (Gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu) (PZR) ile yapılmıştır. Kalan 28 olgunun tümöre ait doku örnekleri ve tümörsüz normal alana ait doku örneklerinden ayrı ayrı RNA izolasyonları gerçekleştirildi. Daha sonra gerçekleştirilen qRT-PZR analizleri üçer defa tekrarlanmış ve elde edilen verilerden Ct değerlerinin kalite kontrolleri yapılmıştır. House keeping gen GAPDH ve hedef gen CENP-H'a ait Ct değerleri doku (tümör ve normal) ve teknik tekrar (tekrar -1, -2, -3) gruplarında karşılaştırılmıştır. GADPH Ct değerleri tümör dokularında (25,62 ±0,3182) kontrol dokularına göre (26,61±o,3182) anlamlı düzeyde düşük bulunmuştur (p=0,029). CENP-H geni için gruplar ve teknik tekrarlar arsında farklılık gözlenmemiştir. Çalışmada, prostat kanserinde normal doku ile tümör dokusu arasında CENP-H ekspresyonu bakımından herhangi bir farklılık tespit edilememiştir. Ayrıca ölüm nedenlerine bakıldığında, hastaların hiç birisinde PCa nedenli mlüm saptanmamıştır., Prostate cancer is the most frequent cancer type in men. After lung cancer, it is the second most common cause of morbidity in men responsible for 10 % of deaths. Age and genetic factors have a high significance in the development of prostate cancer. The relation of kinetochore proteins with carcinogenesis have been shown in the studies made. The association of centromere protein H in the development cancer types has been determined. In the present study, the aim is to determine whether centromere protein H (CENP -H) expression levels change in prostate carcinoma (PCa) and the possible role of CENP -H in the carcinogenesis process. Hence, transcriptional analysis of the CENP –H gene was conducted in the total prostate tissues extracted from patients diagnosed with prostate cancer and embedded in paraffin. The expression analyses were obtained from the comparison of the expressions within the tumoral and non-tumoral areas in the prostate tissue of the same patient. For the present study, 40 radical prostatectomy samples were recruited; yet 9 tissue material with a high Gleason score were excluded as the normal prostate tissue area was to closely intertwined with tumor tissue and 3 due to the inability of obtaining RNA. CENP -H gene expression analysis was made using Real time PCR (real-time polymerase chain reaction). RNA isolations were carried out for tumor and non-tumor tissue areas separately in the remaining 28 samples. Subsequently, qRT - PCR analyzes were repeated three times and from the data obtained the quality of Ct values controlled. Ct values of the house keeping gene GAPDH and of the target CENP -H gene were compared among the tissue (tumor and normal) and the technical repetition (repetition -1, -2, -3) groups. In the tumor tissues GADPH Ct values (25.62 ± 0.3182) were significantly lower (p = 0.029) than the control tissues (26.61 ± 0.3182). No statistically significant difference for the CENP -H gene was obtained from the group and technical repetition comparisons. In the present study, no statistically significant in the CENP -H expression was determined between tumor and normal tissue in prostate cancer. Moreover, on investigating the causes of death, in none of the patients PCa related death was determined.

Kansere bağlı ölüm nedenleri arasında, akciğer kanseri ilk sıralarda yer almaktadır. Tümör süpressör genler, hücre büyümesini düzenleyerek tümör gelişimini engelleyen genlerdir. Metillenme, genlerin transkripsiyonunu engelleyen epigenetik bir mekanizmadır. Çalışmamızda MLPA yöntemi ile akciğer kanserlerine özel dizayn edilen Salsa MLPA Probemix 175/294 ve Salsa MLPA ME002 kitleri kullanılarak, akciğer kanserleriyle ilişkilendirilmiş genlerin amplifikasyon, delesyon ve metilasyonlarının incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamız da histopatolojik olarak incelenip, `küçük hücre dışı akciğer kanseri` tanısı almış 30 olgu ve her hastaya ait kanser dokularından elde edilen DNA örnekleri çalışma grubu olarak, aynı hastaya ait kanser dokusu içermeyen 30 çevre dokularından elde edilen DNA örnekleri de kontrol grubu olarak ele alınmıştır. Elde edilen bu sonuçlar incelendiğinde, akciğer kanserli tümöral dokularda en sık 22q, 13q, 1p ve 10q delesyonları; 9q ve 17q amplifikasyonları görülmüştür. Akciğer kanserli tümöral dokularda ve çevre akciğer dokularında birbirlerine yakın oranlarda en sık ATM, CDH13, MGMT ve BRCA2 prob bölgelerinde metilasyon görülmüştür.Sonuç olarak MLPA ve MS- MLPA yöntemleri akciğer kanserlerindeki tümör süpressör genlerinin değişimlerini inceleyen, ucuz, hızlı ve kolay bir yöntemdir. Bu yöntemlerin rutin kullanımda sıklığının artması gerektiğini düşünmekteyiz. Anahtar sözcükler: Akciğer kanseri, Metilasyon, MLPA, MS-MLPA, Tümör süpressör genler. The lung cancer is in the first ranks among the causes of death due to cancer. Tumor suppressor genes inhibit tumor growth by regulating cell growth. Methylation is an epigenetic mechanism that prevents the transcription of genes. In this study, it was a imed to investigate amplifications, deletions and methylations of genes associated with lung cancer with MLPA method by using Salsa MLPA Probemix 175/294 and Salsa MLPA ME002 kits designed specifically for lung cancer. The test group consisted of DNA samples obtained from cancer tissue of 30 patients that histopathologically examined and diagnosed as non-small cell lung cancer. The DNA samples obtained from surrounding 30 cancer-free tissue of the same patients were considered as the control group. When the results were analyzed, 22q, 13q, 1p and 10q deletions and 9q and 17q amplifications were observed as the most common changes among lung tumor tissues. Methylation in ATM, CDH13, MGMT and BRCA2 prob regions were seen as the most frequently in lung cancer tissues and the surrounding lung tissue in similarrates. In conclusion, MLPA and MS- MLPA methods are cheap, quickly and easily methods analyzing the changes in the tumor suppressor genes in lung cancer. It is thought that these methods should be used more common in routine practise.Keywords: Lung cancer, Methylation, MLPA, MS-MLPA Tumor suppressor genes. 121

Prostat kanserlerinde görülen en sık genetik olay gen füzyonlarıdır. İlk kez 2003 yılında Vanaja ve ark. tarafından prostata sınırlı ve metastatik prostat kanserlerinde ERG onkogen overekspresyonu % 50 oranında rapor edilmiştir. TMPRSS2- ERG gen füzyonu; kromozom 21q22.3' te lokalize ERG onkogeni (ETS ilişkili gen- eritroblastosis virüs E26 onkogen homolog) ve androjen regülasyonunda görevli bir transmembran proteaz geni promoteri olan TMPRSS2 arasındaki gen füzyonu olup ERG ilişkili gen füzyonlarının yaklaşık % 90' ını oluşturmaktadır. Literatürde ERG ile ilişkili genetik ve immünhistokimyasal profilin incelendiği çalışmalar bulunmaktadır. Biz araştırmamızda ERG ekspresyonunu, 136 olguda, immünhistokimyasal olarak, GG 3, 4, 5 prostat adenokarsinomlar, bu adenokarsinom odaklarına komşu ya da karışık halde bulunan HG-PIN alanları ve non- neoplastik prostat dokusunda değerlendirdik. Çalışmamızda prostatik adenokarsinom alanında boyanma yaygınlığı % 63.23 olup en yüksek boyanma oranına GS 6 ve bunu takiben de GS 7 tümörlerde istatistiksel olarak anlamlı tespit ettik. HG-PIN odağında boyanma sıklığı % 31.81 izlenmiştir. Hiçbir non- neoplastik prostat bezi alanında boyanma görülmemiştir. Sonuç olarak ERG' nin malign, premalign ve benign prostat dokularını birbirinden ayırmada, iğne biyopsilerde tümörü saptanamayan hastalarda tümör habercisi olabilmesi yönünden faydalı olduğu sonucuna varılmıştır. Gene fusions are the most genetic alterations in prostate cancers. In 2003, Vanaja et al. first reported the over-expression of the oncogene ERG at the transcript level in 50 % of clinically localized and metastatic prostate cancer samples. TMPRSS2- ERG gene fusion is the most common ERG-related gene fusion (%90) and is between ERG oncogene- localised at chromosome 21q22.3- and androgen- regulated TMPRSS2 gene. In this study, we evaluated expression of ERG in 136 prostate cancer patients who underwent radical prostatectomy. We graded the tumors according to the update Gleason grading system and noted the presence of HG-PIN. Staining extensity of ERG in prostatic adenocarcinoma and HG-PIN was 63.23 % and 31.81 consecutively. The highest staining extensity was present in GS 6 and GS 7 prostatic adenocarcinomas. Non-neoplastic prostatic tissue did not exhibit ERG expression at the protein expression level.In conclusion, ERG expression can be used for seperating non-neoplastic, preneoplastic and neoplastic prostatic lesions. At tumour negative needle biopsies, ERG positivity may be the sign for the presence of a tumour in a given patient. 66

Bu çalışmada Kronik Lenfositik Lösemi (KLL) tanısı almış olgularda Murine double minute-2 (MDM2) genine spesifik prob seti kullanılarak Floresan In Situ Hibridizasyon (FISH) tekniğiyle MDM2 gen amplifikasyonun olup olmadığının, amplifikasyonun belirlendiği taktirde, bu amplifikasyon ile hastalığın seyri, tedavi endikasyonu ile ilişkisi ve ilaca dirençlilik arasındaki ilişkinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Akdeniz Üniversitesi Hematoloji Bilim Dalı' ında çalışmaya dahil edilen KLL tanısı almış 40 olguya ve kontrol grubu olarak da KML tanısı almış 20 olguya ait rutin kromozom analizi için gelen kemik iliği aspirasyon örneklerinden harvest edilerek elde edilen kromozom yaymalarından FISH yöntemi ile 12 numaralı kromozomda lokalize olan MDM2 gen amplifikasyonuna bakılmıştır. Ayrıca hastaların rutin FISH ve konvansiyonel sitogenetik sonuçları incelenmiştir.Çalışmadaki 40 olguda ve kontrol grubu olarak 20 KML olgusunda MDM2 gen amplifikasyonu belirlenmezken, 12 hastada (%30) trizomi 12 gözlenmiştir. Ayrıca çalışma grubundaki 40 KLL hastasının rutin FISH analizinde; 16' sında (% 40) 17p13 delesyonu, 13 hastada (% 32,5) 13q14 delesyonu, 6 hastada (% 15) 11q22.3 delesyonu ve 1 hastada (% 2,5) 6q23 delesyonu saptanmıştır. KLL olgularında FISH yöntemi ile MDM2 gen amplifikasyonunun gözlenmemesi nedeni ile bu olgularda mRNA düzeyinde overekspresyon olup olmadığına bakılması gerektiği sonucuna varılmıştır. Ayrıca gen amplifikasyonu olmayan özellikle ileri evredeki olgularda MDM2 geninin 309. pozisyonundaki G/G genotipine sahip olup olmadıklarına da bakılması gerektiği düşüncesindeyiz.Hastaların 27' si (% 67,5) erken evre olup tedavi endikasyonu olmayan hastalardır. Bu hastaların takiplerinde tedavi endikasyonu gelişmesi durumunda tekrar MDM2 gen amplifikasyonuna ve ekspresyonuna bakılması MDM2 - KLL ilişkisini açıklamaya daha yararlı olacaktır. The aim of this study was to evaluate MDM2 gene copy number alterations in Chronic Lymphocytic Leukaemia (CLL) patients with Fluorescent In Situ Hybridization (FISH) technique by using Murine double minute 2 (MDM2) gene-specific probe sets, and also to evaluate the possible relationship between this amplification and the disease course, indication for treatment and drug resistance. Copy number alterations of MDM2 gene which located on chromosome 12 were investigated by FISH technique using metaphase chromosomes obtained from bone marrow aspiration samples for routine chromosome analysis in 40 CLL and 20 Chronic Myeloid Leukemia (CML) patients those followed-up at Akdeniz University Department of Haematology. Additionally, routine FISH and conventional cytogenetics results of the patients were evaluated.MDM2 gene amplification was not observed in patient cohort (CLL) and in control patients (CML). Trisomy 12 FISH signal pattern was observed in 12 out of 40 CLL patients (30%). Furthermore, chromosomal alterations detected by routine FISH analysis in 40 CLL patients were as follows; 17p13 deletion in 16 cases (40%), 13q14 deletion in 13 patients (32.5%), 11q22.3 deletion in 6 patients (15%), and 6q23 deletion in 1 case (2.5%).We thought that, evaluation of MDM2 mRNA expression levels in CLL patients might be conducted due to absence of MDM2 gene copy number alterations. Additionally, evaluation of SNP309 G/G single nucleotide polymorphism in advanced stage CLL patients without MDM2 gene amplification might provide important clues for progression disease.27 out of the 40 CLL patients (67.5%) were classified as having early stage disease. We can suggest that in the case of progression to advanced stage CLL during the follow-up period, re-evaluation of MDM2 gene copy number alterations will be more useful to explain the relationship between copy number alterations of MDM2 gene and CLL. 82

Kolorektal karsinomu, gastrointestinal sistemin en sık rastlanan kanseridir. Bütün dünyada önemli bir morbidite ve mortalite nedeni olup, dünya genelinde yıllık 1.000.000?dan fazla kişide hastalığın geliştiği tahmin edilmektedir. KRAS bir onkogen olup aynı zamanda EGFR?nin indüklenen RAS-MAPK yolağının anahtar üyesidir. Kolorektal karsinom gelişiminin erken basamağında yer alan bir mutasyondur ve bu tümörlerin %30 ile %40?ında saptanmaktadır. Kemoterapiye dirençli metastatik kolorektal karsinomlu hastalarda Anti-EGFR monoklonal antikorları alternatif tedavi seçeneği olup diğer kemoterapötik ajanlarla kombine edilerek kullanılmaktadır. Retrospektif olarak incelemiş olduğumuz kolorektal karsinomlu olgularda 50 yaş ve üzerinde tanı almış hastalarda tümör histolojik alt tipi, tümör lokalizasyonu, tümör penetrasyon derinliği (T) , lenf nodu metastazı (N), uzak metastaz varlığı, senkron karaciğer metastazı, perinöral invazyon gibi parametrelerde anlamlı korelasyon bulunmamıştır.KRAS analizi yapılmış sınırlı sayıdaki örneklemde benzer parametreler bakılarak MUTANT olgular ile NEGATİF olgular kıyaslanmış olup klinikopatolojik parametrelerin hiçbirinde anlamlı korelasyon saptanmamıştır. Klinik morfolojik ve immünohistokimyasal bulgular tedavi algoritmasında yer alan yeni jenerasyon antikor tedavilerinde tam olarak etkin sonuç alınmasında yeterli patolojik verileri sağlamamaktadır. Bu yüzden moleküler genetik çalışmalar ileri evrede ve metastatik kolorektal karsinomlu olguların tedavi şansını ve sağkalımı artırmak adına önem kazanmıştır.Nitekim bu bilgiler ışığında hangi hasta popülasyonunun anti-EGFR tedavisinden yarar sağlayacağı mutasyon analizinin önceden yapılmış olmasına bağlıdır. Böylece hastalar sağkalım şanslarını moleküler genetik çalışmaların daha geniş popülasyonlarda yapılacak olan çalışmalar ışığında arttırmış olacaklardır Colorectal carcinoma is the common cancer of the gastrointestinal tract. In both men and women, exculiding skin cancers colorectal cancer is the third most commonly diagnosed in US (1). According to the World Health Organization 2008 data, there are 1,23 million new cases of colorectal cancer each year around the world (2).KRAS is an oncogen and also a key member of EGFR which is induced by RAS-MAPK pathway. This mutation in the early stage of the develepmont of colorectal carcinoma was detected %30-%40 of these tumors. The EGFR monoclonal antibodies are alternative drugs for patients with metastatic colorectal carcinoma who had a resistance to chemotherapy and can be used in combination with other chemotherapeutic drugs. In this study we have examined the colorectal carcinoma patients respectively who were diagnosed in Mediterranean University, Patology Depertmant. Over 50 years old age with colorectal carcinoma, there were nosignificantly correlations between the parameters like tumor histological subtype, tumor location, tumor penetration depth (T), lymph node metastasis (N), distant metastases, synchronous liver metastasis and perineural invasion.We also detected KRAS gene mutations with colorectal carcinoma via using PCR-based direct sequencing to investigate the realationship between th clinicopathological characteristics. KRAS mutation has no significant correlation with patient?s age, tumor site, degree of differantiation, depth of invasion, TNM stages, musinous subtype, synchronous liver metastasis and perineural invasion. Clinical, morphological and immunohistochemical findings provide sufficient pathologic data for taking fully effective results at the new generation of antibody therapy in the treatment algorithm. Therefore, molecular genetic studies in patients with advanced stage and metastatic colorectal carcinoma has gained importance in order to increase the chances of healing and survival. Indeed, which the patient population to be benefit from treatment with anti-EGFR depends on being pre-made KRAS mutation analysis. Thus, their chances of survival will be increased with the moleculer genetic studies in larger series 63

Giriş ve Amaç: Tiroid karsinomları en sık görülen endokrin malignensilerdir. Papiller ve folliküler karsinomların (iyi diferansiye karsinomlar) tanısında ve prognozlarının belirlenmesinde moleküler belirteçler gittikçe artan sıklıkta kullanılmaktadır. Bu karsinomların patogenezinde sinyal yolaklarının anahtar elemanlarını kodlayan KRAS ve BRAF genlerinde oluşan değişimler temel rol oynamaktadır. VEGF-C lenfanjiogeneziste önemli olan bir büyüme faktörü ve ICAM-1 bir adezyon molekülüdür. Her iki molekülün de tümör yayılımı ve prognozla ilişkili olduğunu destekleyen pek çok çalışma vardır. Bu çalışmada diferansiye tiroid karsinomu olgularında KRAS, BRAF mutasyonlarının varlığını ve VEGF-C ve ICAM-1 ekspresyonlarını araştırmayı, tüm sonuçların klinik verilerle ilişkisini ve prognostik önemlerini belirlemeyi amaçladık. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 2005-2010 yılları arasında diferansiye tiroid karsinomu tanısı alan 94 olgu alınmıştır. Parafin bloklardan kesitler hazırlanarak, immunohistokimyasal yöntem ile VEGF-C ve ICAM-1 antikorları uygulanmıştır. PCR yöntemi ile KRAS ve BRAF mutasyonları değerlendirilmiştir. Bulgular, olguların klinikopatolojik özellikleri (yaş, cinsiyet, histolojik subtip, evre, lenfovasküler ve kapsüler invazyon, multifokalite) ile karşılaştırılmış ve prognoza etkileri istatistiksel olarak analiz edilmiştir. Bulgular: Toplam 94 diferansiye tiroid karsinomunun 74'ü papiller, 20'si folliküler karsinomdur. Olguların ortalama yaşı 49,2±11,6'dır. VEGF-C ekspresyonu ile lenfovasküler invazyon (p=0,042) ve lenf nodu metastazı varlığı (p=0,036) arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki saptanmıştır. ICAM-1 ekspresyonu ile tiroid kapsül invazyonu ve multifokalite arasında anlamlı ilişki saptanmıştır (sırayla p=0,013, p=0,016). KRAS mutasyonu olguların 72'sinde, BRAF ise tümünde çalışılmıştır. Olguların %15,3'ünde KRAS mutasyonu, % 36,1'inde BRAF mutasyonu pozitif saptanmıştır. Hastalıksız sağ kalım oranı; VEGF-C (p=0,027) ve ICAM-1 (p=0,031) ekspresyonları saptanan ve KRAS (p=0,050), BRAF (p=0,008) mutasyonları pozitif olan gruplarda, mutasyon ve ekspresyon saptanmayan gruplara göre daha düşük bulunmuştur. Sonuç: Son yıllarda diferansiye tiroid karsinomlarında moleküler belirteçlerin ve gen mutasyonlarının belirlenmesi, hasta yönetimi ve hedefe yönelik tedavilerin planlanmasında önem kazanmıştır. Çok basamaklı karsinogenezis şemasında yer alan ve çalışmamızda kullanılan VEGF-C ve ICAM-1 moleküllerinin ekspresyonlarının saptanması, KRAS ve BRAF mutasyonlarının varlığı prognozun belirlenmesinde, hastaların cerrahi tedavi yönetiminin ve sonrasında kişiye yönelik tedavilerin planlanmasında önemli rol oynayabilir. Ancak bu konu ile ilgili daha geniş hasta serileri ve daha uzun takip süreleri ile planlanacak çalışmalara gereksinim halen devam etmektedir. Introduction and the Objective: Thyroid carcinomas are the most common endocrine malignancy. Molecular markers are being used with increasing frequency for the diagnosis of papillary and follicular carcinomas (well-differentiated carcinomas) and in determining the prognosis. KRAS and BRAF genes variations that encode key elements in the signalling pathways play major roles in the pathogenesis of these carcinomas. VEGF-C is an important growth factor in lenfangiogenezis and the ICAM-1is an adhesion molecules. There are several studies which prove that both molecules are related with tumor invasion and prognosis. In this study, we aimed to determine the presence of KRAS, BRAF mutations and VEGF-C and ICAM-1 expressions in the differentiated thyroid carcinomas and the relationship of all results with the clinical datas and prognostic significance.Materials and Methods: Ninetyfour cases diagnosed as differentiated thyroid carcinomas between the years 2005-2010 have been included to the study. Sections prepared from paraffin blocks and then applied ICAM-1 and VEGF-C antibody with immunohistochemical method. KRAS and BRAF mutations were evaluated with PCR method. The findings were compared with the clinicopathologic features (age, sex, histologic subtype, stage, lymphovascular and capsular invasion, multifocality) of the patients and their effects to the and prognosis were analysed statistically. Results: A total 74 of 94 differentiated thyroid carcinomas are papillary and 20 of 94 are follicular carcinomas. The median age of the patients was 49.2 ± 11.6. Statistically significant relationship was detected between VEGF-C expression and lymphovascular invasion (p = 0.042) and the presence of lymph node metastasis (p = 0.036). Significant relationship was observed between ICAM-1 expression and thyroid capsule invasion and multifocality (respectively p = 0.013, p = 0.016). KRAS mutations worked in 72 of the cases, while BRAF worked in all of them. 15.3% of the cases was detected as positive for KRAS mutation and 36.1% of the cases was positive for BRAF mutation. Disease free survival rate was found lower in the groups diagnosed with positive VEGF-C (p = 0.027) and ICAM-1 (p = 0.031) expression and KRAS (p = 0.050) and BRAF (p = 0.008) mutations than the groups were not diagnosed with mutation and expression. Conclusion: Identifying molecular markers and gene mutations in differentiated thyroid carcinomas is gained the importance for patient management and in the course of planning targeted therapy, in recent years. To determine VEGF-C and ICAM-1 molecules expressions and the presence of KRAS and BRAF mutations which used in our study and take part in multistep carcinogenesis scheme could be play important roles for determining of prognosis, management of surgical procedures and then planning of individualized therapy. However, larger patient series and studies planned with longer follow-up periods about this subject are still needed. 117

Amaç: Glioblastoma Multiforme (GBM) erişkinlerde en sık görülen beyin tümörü olup, intrakranial tümörlerin %12-15?ini ve astrositik tümörlerin %60-75?ini oluşturur. Tümörigenezin temelinde birden fazla faktörün birlikte ve/veya ardışık etkilerinin sebep olduğu mutasyonların varlığı bildirilmiştir. GBM etiyolojisinde çoklu onkogen mikroorganizma-tümör ilişkisini araştırmak amaçlandı. Gereç (Hastalar) ve Yöntem: GBM tanısı alan 30 erkek [median 50.7 yaş (4-76)] ve 20 bayan[median 61,5 yaş (23-74)] toplam 50 hastadan [median 58.8 yaş (4-76)] oluşan Tümör Grubu (TG) ve tümör ve enfeksiyon nedenli olmayan ölümlerdeki otopsi vakalarından elde edilen beyin dokularından 15 erkek [median 40 yaş (22-66)] ve 6 bayan [median 33 yaş(13-80)] toplam 21 vakadan [median 39 yaş (13-80)) oluşan Kontrol Grubu (KG) oluşturuldu. TG mikroorganizma saptanan (TG-1) ve saptanmayan (TG-0) olarak ikiye ayrıldı. TG ve KG doku örneklerinde Herpes simpleks tip1(HSV-1) ve tip2 (HSV-2), sitomegalovirüs (HCMV), Epstein-Barr virus (EBV), kızamık, polyomavirüs (PV), John Cunningham virus (JCV), BK virus (BKV), Simian vakuolleştirici (SV-40) virüs ve Toksoplazma genetik materyalleri polimeraz zincir reaksiyon (PCR) testleriyle araştırıldı. TG?nda mikroorganizma varlığı, yaş, cinsiyet, yaşam durumu, Karnofsky performans skorları (KPS), rezeksiyon boyutları, histopatolojik ve radyolojik değerlendirme verileri ve KG verileri SPSS 15.0 programıyla yapılan analizlerle istatistiksel olarak değerlendirildi.Bulgular: TG?unda 12 hastada 4 farklı mikororganizmaya ait (Toksoplazma (5), EBV (3), BKV (4), JCV (1)) genetik materyal saptanması ve kontrol grubunda saptanmaması istatistiksel olarak anlamlıdır (p

Kolorektal karsinomada son yıllarda özellikle metastatik hastalıkta hedefe yönelik anti-EGFR tedavinin tümör tedavisinde ve prognostik değerlendirmelerde giderek yaygınlaştığı düşünüldüğünde, kolorektal karsinomalarda da tedavi seçimini belirleyecek moleküler belirteçlerin kullanımı ve olguların buna göre klasifikasyonu son derece önemli ve gereklidir. Hedefe yönelik tedavide kullanılabilecek kısıtlı sayıda terapötik ajana karşı tümör direnci gelişimi ve bu ajanlarla uygulanan tedavi maliyetinin yüksek oluşu hedefe yönelik tedavide yeni moleküler hedeflerin bulunmasını zorunlu kılmaktadır. RAS-RAF-MAPK ve PI3K-AKT-mTOR arayolunda rol oynayan moleküller son yıllarda anti-kanser tedavilerinin potansiyel hedefleri konumunu almaktadırlar. Bu nedenle, özellikle MAPK arayolu ile PI3K arayoluna ait moleküller ve bunlar arasındaki ilişkinin ortaya konması hastanın tedavi gereksinimini belirlemede yardımcı olacaktır. Çalışmamızda kolorektal karsinogenezde önemli rol oynayan RAS sinyal iletiminde yer alan, MAPK arayolu ile PI3K arayolunu değerlendirmek amacıyla doku ?array? tekniği ve immunhistokimyasal yöntem ile toplam 55 kolorektal karsinoma, 118 kolorektal polip olgusunda PTEN, PI3K, pAKT, mTOR, MEK1, ERK1 ve ERK2 ekspresyonu araştırılmıştır. PTEN ekspresyon özellikleri açısından olgu grupları arasında anlamlı fark izlenmemiştir. PI3K ekspresyonu, tüm olgularda diffüz karakterde izlenmiştir. PI3K ile olgu grupları arasında ekspresyon şiddeti ortalamaları anlamlı fark göstermemiştir. Sitoplazmik PI3K ekspresyonu en yüksek AP grubunda, nükleer PI3K ekspresyonu en yüksek SP grubunda izlenmiş ve bu fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p

Amaç: Bu çalışmada baş-boyun mukoepidermoid karsinomlarında hastaların demografik özelliklerinin ve mutant p53, mdm-2, survivin ekspresyonunun yaşam süresi, hastalıksız sağkalım üzerine etkilerinin incelenmesi amaçlandı.Gereç ve Yöntem: Bu çalışmaya 2002 ve 2010 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalında mukoepidermoid karsinom tanısıyla takip edilen 39 hasta dahil edildi. Hastaların demografik özellikleri ve immunohistokimyasal yöntemle mutant p53, mdm-2 ve survivin ekspresyonu incelenip bunların yaşam süresi ve hastalıksız sağkalım sürelerine olan etkisine bakıldı. Bunlara ek olarak Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalında pleomorfik adenom tanısıyla opere edilen 39 hastada mutant p53, mdm-2 ve survivin ekspresyonu değerlendirildi. Mukoepidermoid karsinom ve pleomorfik adenom arasındaki mutant p53, mdm-2, survivin ekspresyonları karşılaştırıldı. Ayrıca mutant p53, mdm-2 ve survivinin koekspresyonu ve birbiriyle olan korelasyonu incelendi.Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 39 hastanın yaş ortalaması 47,8 (8-78), ortalama takip süresi 60,3 ay (24-122 ay) idi. En sık gözlenen lokalizasyon parotis (%56,4) idi. T ve N evresi, tümörün yerleşim yeri, histolojik grade, perinöral invazyon ve metastaz gelişimi yaşam süresi ve hastalıksız sağkalım süresi üzerinde, cerrahi sınır pozitifliği, nüks ve yaşın da yaşam süresi üzerinde etkisi olduğu izlendi. Mutant p53 ekspresyonu; histolojik grade, ölüm oranı, yaşam süresi ile ilişkili bulundu. Survivin ekspresyonu; histolojik grade ile ilişkili iken, mdm-2 ekspresyonunun prognostik etkisi izlenmedi. Pleomorfik adenomlarda mukoepidermoid karsinomlara göre mutant p53 ekspresyonu daha az, survivin ekspresyonu daha fazla, mdm-2 ekspresyonu açısından fark izlenmedi.Sonuç: Yaş, T, N evresi, histolojik grade, cerrahi sınır pozitifliği, perinöral invazyon, nüks, metastaz gelişimi, tümörün yerleşim yeri, mutant p53 ve survivin ekspresyonu mukoepidermoid karsinom prognozuna etkili olduğu gözlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Mukoepidermoid karsinom, prognoz, p53, mdm-2, survivin. Objective: In this study, it was aimed to investigate the demographic characteristics of patients with head and neck mucoepidermoid carcinomas and the effect of mutant p53, mdm-2, survivin expression survival and disease-free survival.Materials and Methods: In this study, 39 patients with diagnosis of mucoepidermoid carsinoma between 2002 and 2010, in Çukurova University Faculty of Medicine, Department of Otorhinolaryngology, were included. The demographic characteristics of the patients and mutant p53, mdm-2 and survivin expression by immunohistochemical method were investigated and also the effect of these parameters on survival and disease-free survival was investigated. In addition to these parameters, mutant p53, mdm-2 and survivin expressions in 39 patient operated with the diagnosis of pleomorphic adenoma in Çukurova University Faculty of Medicine, Department of Otorhinolaryngology were evaluated. Mutant p53, mdm-2 and expression of survivin were compared between the mucoepidermoid carsinomas and pleomorphic adenomas. In addition, mutant p53, mdm-2, and coexpression of survivin as well as correlation of these parameters with each other were investigated.Results: The mean age of 39 patients were 47,8 (range 8 to78), and the mean follow up duration was 60.3 months (range 24 to 122 months). The most common localization was parotid gland (56,4%). T and N stage, tumor localization, histologic stage, perineural invasion, and development of metastasis were found to be effective on survival and disease-free survival. It was also observed that positive surgical margin, recurrence, and also age are effective on survival. It was observed that the expression of mutant p53 was associated with histologic grade, mortality rate and survival. While the expression of survivin was associated with histologic grade, the prognostic effect of mdm-2 expression was not observed. The expression of mutant p53 was less in pleomorphic adenomas than those in MEC whereas the expression of survivin was more in pleomorphic adenomas than those in MEC and there were no significant difference in mdm-2 expression. Although there was a significant correlation between mutant p53 and survivin coexpression; the same relationship was not observed between mutant p53 and mdm-2, survivin and mdm-2, respectively.Conclusion: It was observed that; age, T and N stage, histologic grade, positive surgical margins, perineural invasion, recurrence, development of metastasis, localisation of the tumor, mutant p53 and expression of survivin were effective on prognosis of mucoepidermoid carsinomas.Key Words: mucoepidermoid carsinoma, prognosis, p53, mdm-2, survivin. 64

ÖZETMesane Kanserinde K-Ras ProtoOnkogen Mutasyonlarının AraştırılmasıErdem ÇAPARSüleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fakültesi Üroloji Ana Bilim DalıDanışman: Prof. Dr. Alim KoşarGiriş: Yüzeyel mesane tümörlü hastaların %70'den fazlasında başlangıç TURM(mesane transüretral rezeksiyonu) sonrası bir veya daha fazla rekürrens gözlenir, veyaklaşık bu hastaların üçte birinde hastalık progresyon gösterir. Rekürrens ve progresyonhızı nedeniyle mesane kanserinde hayat boyu sistoskopik kontrole ihtiyaç duyulur.Bu nedenle tedavi hedeflerini belirlemek ve üretelyal tümörlerin tanısındasistoskopinin etkinliğini arttırmak için onkogenik mutasyonların tesbit edilmesine ihtiyaçduyulmaktadır.İnsan kanserlerinde RAS/RAF/MAPKinaz yolağı protoonkogenlerinin mutasyonlarıen sık görülen genetik değişikliklerdendir. somatik mutasyonlar primer ve rekürrenüreteliyal tümörlerde erken tanıda ve tedavi takibinde kullanılabilir.Materyal ve metod: Çalışmamıza histolojik tanıları konulmuş 46 mesane kanserliolgunun tümörlü dokuları, sağlıklı dokuları ve kanlarından elde edilen DNA'larda ilgilimutasyonların karşılaştırılması planlanmıştır. Dokularında BRAF ve KRAS proto-onkojenipolimorfizmlerini saptamak için polimeraz zincir reaksiyonu tekniğine dayalıMassARRAY® teknolojisi (İPLEX®) ile tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP)genotipleme tekniği kullanılmıştır.Bulgular: Olguların tümör dokularında 45(%97.8)'inde T1796A transversiyonunabağlı BRAF V600E mutasyonunun varlığı tespit edilmiştir. Bir olguda KRAS geninin 12.Kodonunda GGT>AGT transisyonu sonucu meydana gelen Gly12Serin aminoasidinedeğişimine yol açan bir mutasyonu saptanmıştır. Bu olguda BRAF mutasyonusaptanmamıştır. Çalışmamızda herhangi bir istatistik çalışmaya olanak vermeyen verilerelde edilmiştir. Küçük örnek olduğu için normal istatistiksel yaklaşımlar uygunolmamaktadır. Yapılan fisher-exact testi sonucunda da p-value her seferinde `1' olarakbulunmuştur.Sonuç olarak, RAS/RAF/MAP kinaz yolağında meydana gelen çeşitlimutasyonların pek çok kanserle ilişkili olduğu literatürde belirtilmektedir. Araştırmamızda45(%97.8)'inde T1796A transversiyonuna bağlı B-Raf V600E mutasyonunun varlığı tespitedilmiştir. Ayrıca çalışmamızda tek bir olguda K-Ras mutasyonunun saptanması Türktoplumunda mesane kanserine yatkınlıkta önemli bir rolü olmadığını göstermiştir. Bir Rasefektör proteini olan B-Raf'ta meydana gelen mutasyonlar proteinlerin aktivitelerinietkileyerek yolağın normal dışı çalışmasına ve kanser hücrelerinin kontrolsüz hücrebüyümesi, kontrolsüz farklılaşma ve apoptoza direnç gibi özellikler kazanmalarına yolaçmaktadır.Anahtar kelimeler: onkojenler, mesane kanser ABSTRACTİnvestigation of K-Ras Protooncogene Mutations in Bladder CancerErdem ÇAPARSüleyman Demirel University, Medical Fakulty, Urology DepartmentSupervisor: Prof. Dr. Alim KOŞARObjectives: After initial TURB, 70% of patients with non-muscle-invasive bladdercancer have develop one or more recurrences and one third of them will progress toinvasive tumor. The recurrence risk and risk of progression necessitate a life-long followupby cystoscopy. Otherwise, it is necessary to discover oncogenic mutations to increaseeffectiviness of cystoscopy for diagnosis of urothelial tumors, and to determine theraphytargets.RAS/RAF/MAP Kinase pathway protooncogene mutations in the human cancersare the most common observed genetic alterations. In urothelial tumors somatic mutationsin the RAS/RAF/MAP Kinase pathway genes may be of use for early detection of primaryand recurrent tumors, for follow up targeted therapies in tissue-based assays.Materials and methods: We plannned to compare the mutations in the DNAobtained from tumor tissues, healthy tissues and blood of 46 patients who were diagnosedbladder cancer histologically. To determine BRAF and KRAS proto-oncogenepolymorphisms we used MassARRAY® (İPLEX®) single nucleotid polymorphismgenotyping technic based on the technique of polymerase chain reaction.Results: We determined BRAF V600E mutation based on T1796A transversion inthe tumor tissues of 45 (%97.8) patients. And we determined Gly12Serin mutation at thetwelfth codon of KRAS gene based on GGT>AGT transition in only one patient. Thispatient hasn?t got BRAF V600E mutation. There were no mutation in the healthy tissuesand blood of 46 patients. The normal approximation may be inaccurate for small samples instatistical analyses. Fisher's exact test: P-Value = 1,000.Conclusions: A variety of mutations that occur in RAS/RAF/MAP kinase pathwayis reported in the literature to be associated with a wide variety of cancer types. İn ourstudy the incidence of BRAF V600E mutations in bladder cancer patients is %97.8. Krasmutation doesn?t play a role in bladder cancer susceptibility in the Turkish population.Mutations that occur in BRAF, is a RAS Effector protein , shows the uncontrolledgrowth , differentiation and resistance to apoptosis of the cells by affecting the activity ofproteins and by causing abnormal operation of the pathway.We studied related mutations in the same patient's tumor tissues, healthy tissuesand blood tissues. While in the tumor tissues various mutations have been identified indifferent stages of the signaling pathway , there were no mutation in the healthy tissues andblood of 46 patients.Though we think the deterioration of signaling pathways is of tumor-related, wefound signaling pathways is not cause of tumor development.Therefore to evaluate progression, invasion, metastasis and prognosis of the tumor,we need to add more cases to the study.A variety of mutations that occur in cell signal pathway is reported in the literatureto be associated with canceration of bladder. But we claim that deterioration of signalingpathways is of tumor-related and carcinogenesis is related to different pathways.Key Words: onkogenes, bladder cancer 73

Güncel bulgular KRK'li hastalarda K-ras ve BRAF gen değişikliklerinin potansiyel prognostik ve prediktif değerlerini göstermektedir. Bizim çalışmamızın amacı kolorektal kanserli hasta gurubunda K-ras ve BRAF genlerindeki mutasyonları tanımlamak ve çeşitli klinopatolojik parametrelerle ilişkisini değerlendirmektir.Bu çalışmada, kolorektal kanser ve onların normal çevre dokularının alındığı 50 hastanın parafine gömülü doku blokları kullanılarak K-ras onkogeni kodon 12, 13, 61 ve BRAF onkogeni kodon 600 nokta mutasyonları ile tümörün klinikopatolojik karakteristiği araştırılmıştır. BRAF geni ve K-ras genindeki mutasyonlar doğrudan dizi analizi ile incelendi. İstatistiksel analizde p< 0.05 değeri anlamlı kabul edildi.50 KRK'li hasta içinde %30 (n=15) K-ras mutasyonu saptadık. Kodon 12, kodon 13 ve kodon 61'deki mutasyon sıklıkları sırasıyla %22 (11/50), %6 (3/50) ve %2 (1/50) idi. BRAF mutasyonları nadirdi ve sadece bir hasta kodon 600 mutasyon taşıyıcısıydı.Sonuçlarımız tümör lokalizasyonunun K-ras gen mutasyonu ile anlamlı ilişki gösteren tek faktör olduğunu gösterdi. Yaş, cinsiyet, tümör diferansiyasyonu, tümör morfolojisi ve evre gibi diğer klinopatolojik özellikler K-ras gen mutasyonları ile pozitif ilişki göstermedi. İnvestigation of K-ras and BRAF Gene Mutations by Molecular Genetic Methods in Colorectal Cancer PatientsRecent evidence highlights the potential prognostic and predictive value of BRAF and K-RAS gene alterations in patients with colorectal cancer. The objective of our study was to identify and assess mutations in the K-ras and BRAF genes in a cohort of patients with colorectal cancer for their association with various clinicopathological parameters.We investigated the clinicopathological characteristics and point mutations of K-ras oncogene codons 12, 13, 61 and BRAF oncogene codon 600 using paraffinembedded materials from cancerous and the surrounding normal tissues of 50 colorectal cancer cases. Mutations in the BRAF gene and the K-ras gene were examined by direct sequence analysis. In statistical analysis, the level of significance was set at p

Akciğer kanseri dünya çapında kanserden ölümler arasında başlıca ölüm sebebidir. Erken tanısı hastanın yaşam süresini uzatan bir faktördür. Bununla birlikte tanı konulan hastaların ancak küçük bir kısmı klinik olarak evre I'de tanı almaktadır. Hastalığın başlangıç süreci oldukça yavaştır dolayısıyla bu süreçte tanı koymak için yeni stratejiler geliştirmek gereklidir. Bronkoskopi, klinik ve radyolojik olarak akciğer karsinomundan şüphelenilen hastalarda sitolojik veya histopatolojik kesin tanının konulmasında kullanılan tanı koydurucu bir yöntemdir. Bronkoskopi, akciğer kanserinde büyük oranda gerçek tanıya ulaşılmasını sağlar. Floresan in situ hibridizasyon (FISH), floresan boyalarla işaretlenmiş DNA probları ile mikroskobik olarak interfaz hücrelerinde kromozom anomalilerini tespit etmek amacıyla kullanılan bir tekniktir. Kanser hücreleri normal hücrelere göre çok sayıda yapısal ve sayısal kromozomal anomali içermektedir. FISH kanser tanısıyla uyumlu kromozomal anomalileri saptamak için kullanılmaktadır . Çalışmamızda, bronkoskopik yolla elde edilen dokulardan hazırladığımız preparatlara FISH yöntemi uygulayarak EGFR, HER2 ve c-Met onkogenlerinde meydana gelen gen kopya sayı artışlarının akciğer kanseri ile ilişkisi araştırılmıştır. EGFR genine ait amplifikasyon yüzdesi %11, HER2 genine ait amplifikasyon yüzdesi %16, c-Met geni için amplifikasyon yüzdesi ise %35 olarak tespit edilmiştir. Bu sonuçlar literatürle uyumlu olarak değerlendirilmiştir., Lung cancer is the primary death cause among the cancer patients in the world. Early diagnosis of lung cancer, is a factor in extending the patients life. However, only a small part of patients are diagnosed in stage (I) clinically. Early stage of lung cancer is relatively slow, so for period it is necessary to develop new strategies for diagnosis. Bronchoscopy is the diagnostic method used in definite cytological or histopathological diagnosis of patients with clinically and radiologically suspected lung carcinoma. Bronchoscopy helps to reach the true diagnosis in lung cancer. Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a method, used to identify chromosomal abnormalities in interphase cells by DNA probes labeled with fluorescent dyes. When compared with normal cells, cancer cells contain a number of structural and numerical chromosomal abnormalities. FISH method is used to detect chromosomal abnormalities compatible with a diagnosis of cancer. In our study, we applied FISH technique on prepared tissue slides obtained from bronchoscopically way to detect EGFR, Her2 and c-Met gene copy numbers and their relationship with lung cancer. It was determined that the EGFR gene amplification percentage was 11%, Her2 16% and c-met 35%. These results were in accordance with the literature.

Giriş: Ürotelyal karsinom sık gözlenen agresif kanser tipidir. Son yıllarda hücre proliferasyonu için gerekli serin/treonin kinazlardan olan Aurora kinazların mesane kanseri progresyonu için belirteç olma potansiyeli gösterebileceği öne sürülmektedir.Amaç: Aurora kinaz A ve Aurora kinaz B gen kopya sayısı değişiklikleri ile hücrelerin ploidi düzeylerinin mesane kanserli olgulardan alınan tümör örneklerinde, tümör derecesi ve evresi ile ilişkilerinin ortaya konması amaçlanmıştır.Gereç-Yöntem: Mesane kanseri tanısı almış 28 olgudan alınan tümör örnekleri ile 10 normal doku örneğinde; AURKA ve AURKB genlerinin genomik kopya aberasyonları ile hücrelerin ploidi düzeyleri FISH yöntemi ile değerlendirilmiştir.Bulgular: Olgularımızın %65,5'in de AURKA geni düşük amplifikasyonu, %48,2'sinde AURKA geni yüksek amplifikasyonu, %51,7'sin de AURKB geni delesyonu, %55,1'inde triploidi, %37,9'unda tetraploidi, %31'inde ise >4n grubu anomaliler saptanmıştır. Düşük grade tümörlerde hafif AURKA amplifikasyonu yoğun olarak gözlenirken ileri grade tümörlerde yüksek AURKA amplifikasyonu ve AURKB delesyonu ortak bulguydu. Nüks olan olgunun ilk tümör örneğinde (Ta) düşük AURKA amplifikasyonu ve AURKB delesyonu gözlenirken, ikinci örnekte (invaziv, yüksek grade, T2) varolan anomalilere yüksek AURKA amplifikasyonu ve poliploid klonlar eşlik etmekteydi. Diğer yüksek dereceli tümörlerin tümünde AURKA amplifikasyonu, AURKB delesyonu, tetraploidi ve >4n grubu anomaliler birlikte saptanmıştır.Sonuç ve Tartışma: AURKA amplifikasyonunun mesane kanseri progresyonunda erken dönemde ortaya çıktığı, tümör derecesi arttıkça bölünme hatalarından kaynaklanan anomali oranının belirgin bir şekilde arttığı, bu nedenle bu genlerin tanı ve takipte bir belirteç olabileceği düşünülmektedir. Ancak özellikle nüks potansiyeli olan tümörleri belirlemede marker olarak kullanılma potansiyelini belirlemek için daha geniş olgu serilerinde karşılaştırmalı çalışmalara gerek duyulmaktadır. Çalışma Türk populasyonunda bu konuda yapılmış ilk ve tek çalışma olma özelliği taşımaktadır. Introduction: Urothelial carcinoma is a frequent and aggressive cancer. It has recently been postulated that gene amplification and expression profiles of serine-threonine kinase Aurora A and Aurora B may have prognostic potentials in bladder cancer progression.Aim: to assess the correlation of both markers with clinical and pathological parameters in patients with bladder cancer of different grade and stage.Materials and Methods: Aurora A and Aurora B genes copy number aberrations and poliploidic clones were analysed by FISH in 28 consecutive cases of bladder neoplasms obtained by transurethral resection and 10 normal tissues.Results: Low level and high level AURKA gene amplifications were determined in 65,5% and 48,2% of the patients, respectively. Of the samples, 51,7% had AURKB gene deletions whereas 55,1%, 37,9% and 31% of the tumors showed clones with triploidy, tetraploidy and >4n. While low level AURKA amplifications were predominantly seen in low grade tumors, the high AURKA amplification and AURKA B gene deletion were the common aberrations in higher grade tumors. The first tumor (Ta, low grade) of the patient with recurrence invasive bladder cancer showed low level AURKA amplification and AURK B gene deletion together, but the recurrent invasive tumor sample (T2, high grade) had not only previously seen abnormalities, but also high level AURKA amplifications and highly frequent poliploid clones were determined. Conclusion: The results postulated that AURKA gene amplification may be involved in early stages of bladder carcinogenesis, and both of the genes might be used as biomarkers for diagnosis and assignment of tumor progression. However, further detailed studies in larger populations are necessary to use these genes as biomarkers in especially determination of tumors with recurrent potentials. 113

WOS: 000290353100024 Studies performed in Western countries has proven that the bladder carcinoma, which occupies an important place among all cancers, constitutes 5-10% of all male cancers and is the fourth most common cancer in males, while it is eighth most common cancer in females and constitutes 4% of all female cancers. Although etiology of bladder carcinoma is not clearly known, environmental, demographic and genetic factors are thought to be influential. The environmental factors that play role in the development of bladder carcinoma are smoking, occupational carcinogens, schistosomiasis, chronic cystitis, administration of cyclophosphamide for therapeutic purposes and pelvic radiotherapy. Demographic factors that play a role in the development of bladder carcinoma are gender, race and age. The mutations on the different levels of tumor suppressor genes and oncogenes have an important role in the development of bladder carcinomas. Oncogenes have dominant effects on cellular levels i.e when they are activated or their expression levels are increased, even a single mutant allel may be sufficient to convert a cell from normal phenotype to malignant phenotype. Well known oncogens that are related to bladder carcinoma are H-ras, erb-B2 and c-myc. On the contrary, tumor suppressor genes are inhibitors of cell proliferation. To be influential in the development of bladder carcinoma, both allelles of tumor supressor genes must lose their functions so that these genes are recessive in respect to their effects in the development of bladder carcinoma. The retinoblastoma gene (Rb) on chromosome 13q and p 53 gene on chromosome 17p are the most widely studied tumor suppressor genes. Abnormalities on angiogenesis, extracelllular matrix and adhesion molecules are effective in progression of cancer. In addition, microsatellite instability as well as various epigenetic factors are also shown to be effective in the progression and development of bladder carcinoma. Further studies are required for enlightening the complicated mechanisms of the development and the progression of bladder carcinoma.

Bu çalışmada, hücre döngüsünde fonksiyonel olan genlerin ve yeni onkogen adayı URG4'ün işlevsel rollerini, ekspresyon düzeyinde kantitatif olarak tanımlayarak, elde edilecek bulgulardan geliştirilecek olan gen ekspresyon profil modeli ile lökomogenezdeki değişimlerin araştırılması amaçlandı.Çalışmamıza 0-18 yaş aralığında 40 yeni tanı ALL-AML olguları ve 6 kontrol grubuna ait kemik iliği örnekleri çalışmamıza dahil edildi. Toplam RNA'ları elde edildikten sonra, komplementer DNA sentezleri gerçekleştirildi. Elde edilen cDNA'lar 96 kuyucuklu plate'lere uygun karışımlar hazırlanarak yüklendi ve LightCycler® 480 Gerçek Zamanlı RT-PZR'da kantitatif olarak değerlendirildi.T-ALL grubunda, CHEK1, URG4, CCNG1, CCNC, CDC16, KRAS, CDKN2D; Prekürsör B-ALL grubunda CCND2, ATM, CDK8, CHEK1, TP53, CHEK2, CCNG2, CDK4, CDKN2A, E2F4, CCNC, KRAS; AML grubunda CCND2, CDK6 genlerinde ekspresyon artışlarının anlamlı oldukları saptandı.Lökomogenezde sorumlu sinyal yolakları kısmen tanımlanmış olsa da, akut lösemi alt gruplarında anlamlı olarak saptanan yeni genetik belirteçler, akut lösemilerin erken tanı ve tedavisinde yeni protokollerinin geliştirilmesine olanak sağlayabilecektir. The aim of the study is to the determine the profiles of cell cycle genes and a new candidate oncogene of URG4 which play role in leukemia, establishing the association between the early prognosis of cancer and the quantitation of genetic changes, and bringing a molecular approach to definite diagnosis.In this study, 40 newly diagnosed patients? with ALL-AML in the range of 0-18 years and 6 control group patients? bone marrow samples were included. Total RNA was isolated from samples and then complementary DNA synthesis was performed. The obtained cDNA?s have been installed 96 well plates after prepared appropriate mixtures and assessed with LightCycler ® 480 Real-Time PCR quantitatively.CHEK1, URG4, CCNG1, CCNC, CDC16, KRAS, CDKN2D genes in the T-ALL group,; CCND2, ATM, CDK8, CHEK1, TP53, CHEK2, CCNG2, CDK4, CDKN2A, E2F4, CCNC, KRAS genes in the precursor B-ALL group and CCND2, CDK6 genes in the AML group have shown significant increase in mRNA expression level.In the featured role of acute leukemia the regulating signaling pathways of leukomogenesis partially defined, although identification of new genetic markers in acute leukemia subgroups, will allow the development of early diagnostic and new treatment protocols. 163

126

Tez (doktora) - Anadolu Üniversitesi, Anadolu Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalı, Kayıt no: 156327, İnsan mutant N-ras onkogeninin ekspresyonunun, p53, mdm2, p19 ve ß-aktin proteinlerinin seviyelerinin üzerindeki etkisi hücre kültürü ortamında Western Blot yöntemiyle araştırılmıştır. Mitojenik aktivitesi düşük olan besiyerinde (% 10 HS) büyütülen CO25 miyoblast hücreleri farklılaşarak miyotüp oluşturmaktadırlar. Ancak transformasyon besiyerinde (% 10 HS+Dex) büyütüldüklerinde taşıdıkları mutant N-ras onkogeninin etkisiyle farklılaşmayı durdurarak sürekli çoğalmakta ve yığınlar oluşturmaktadır. Mitojenik aktivitesi yüksek fakat Dex. içermeyen (% 10 FBS) besiyerinde büyütülen CO25 hücreleri belli bir sayıya ulaştıklarında kontakt inhibisyon etkisiyle çoğalmayı durdurmakta ve oldukları safhada kalmaktadırlar.

7.0ZET Amaç: Menopozun ve hormon replasman tedavisinin (HRT), endometriumda estrojen ve progesteron reseptörleri ile bcl-2 ve c-myc proto-onkogen proteinleri üzerine etkilerinin immünohistokimyasal yöntemle araştırılması. Araştırmanın yöntemi: Tanımlayıcı kontrollü Çalışmanın yapıldığı yer ve olgular: Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı'na başvuran 29 HRT almayan ve 25 kontinü kombine HRT alan postmenopoz olgu. Yapılan işlem ve ölçüm: Olguların endometriyal doku örnekleri histopatolojik olarak incelendikten sonra, immünohistokimyasal yöntemle estrojen ve progesteron reseptörü ile bcl-2 ve c-myc proto-onkogen proteinlerinin monoklonal antikorları kullanılarak boyandı ve incelendi, immünboyanmanın yaygınlık ve şiddeti semikantitatif skorlandı. Bulgular: HRT alan olgularda stroma hücrelerinde estrojen ve progesteron reseptör ekspresyonları almayanlarınkinden yüksek bulunmuştur (p

ÖZET Kadınlarda ortaya çıkan kanserlerin %30 unu meme kanserleri oluşturmaktadır ve kadınlarda kansere bağlı ölümlerin en önemli nedenlerinden birisidir. Meme kanseri kadın popülasyonunda yaklaşık 1/12 insidansla en yaygın malignensidir. Tümör gelişimi, tümör süpresör genlerin fonksiyon kaybı mutasyonlarını ve özellikle protoonkogenleri aktifleyen mutasyonlan içeren çok adımlı bir prosestir. Fakat, meme tümörü gelişiminde onkogenlerin rolü belirsizdir. Ekspresyonları neoplastik gelişme ve transformasyona katkıda bulunabilir. Onkogen amplifikasyonu kanserde sık görülen bir genetik değişikliktir. Çalışmamızda, 14 inflitratif duktal karsinoma, 4 inflitratif lobüler karsinoma, 1 comedo karsinoma, 1 papiller karsinoma ve 5 normal meme dokusu FISH ile incelendi. İnsan meme tümöründe gen amplifikasyon ve delesyonlarını belirlemek için FISH tekniği kullanılmaktadır. însan meme tümörü taze kesitlerin interfaz nükleuslarına c-erbb-2, c-myc, int-2 onkogenlerinin ve 20ql3 bölgesi amplifikasyonu ile p53 tümör süpresör gen delesyonu varlığını saptamak için kromozomlara özgü loküs spesifik problar kullanan FISH tekniğini uyguladık. P53 ve int-2 delesyonlan meme kanseri hastalarında sırasıyla 5/20, 2/20 olarak saptandı. P53 loküsünde LOH ile diğer genetik değişiklikler arasında istatistiksel olarak birliktelik yoktu. Sonuçlarımız p53 de LOH in inflitratif duktal karsinomada çok sık ortaya çıktığını göstermiştir. P53 delesyonu lenf nodu tutulumu ile uyumlu değildi. P53 gen sekansmdaki değişiklikler tümör ilerleyişi ile ilişkili olabilir. Çalışmamızda, p53 geninde heterozigozite kaybının tümör oluşumundaki ilk adım olabileceği sonucuna varılmıştır. 20 meme kanseri hastasının 3 ünde erbb-2, 4 ünde c-myc, ikisinde int-2 ve 3 ünde 20ql3 bölge amplifikasyonu bulundu. Biz meme kanserinde farklı histolojik tiplerin gelişiminde iıeu aşın ekspresyonunun geç adım olabileceğine karar verdik ve lenf nodu pozitifliği ile birlikteliğini saptadık. Sonuçlarımız onkogenlerin meme kanserine yol açan primer değişiklikler olmadığını göstermektedir. Erbb-2 ve c-myc genleri ve 20ql3 bölgesi anomalileri meme lezyonlarının patogenezinde geç dönemde rol oynarlar. Bu sekanslardaki bir veya daha çok değişiklikler tümör ilerleyişi ile ilişkili olabilir. Sonuçlarımız FISH tekniğinin, meme kanseri dokusu nükleuslannda gen varlığını veya yokluğunu belirlemek için çok hızlı, kullanışlı ve güvenilir olduğunu göstermiştir. IX SUMMARY The breast cancer accounts for a %30 of all cancers occuring in females and it is one of the major causes of cancer-related deaths in women. It is the commenest maligancy in the female population with an incidence at approximately lin 12. Tumorigenesis is a multistep process involving loss of function mutations of tumor supressor genes and mutations of dominantly acting proto-oncogenes. The role of oncogenes in breast tumorigenesis is unclear. Its expression might contribute to neoplastic growth and transformation. Oncogene amplification is a frequent genetic alteration in canser. In our study, fourteen inflitratif ductal carcinoma, four infiitratif lobuler carcinoma, one comedo carcinoma, one papiller carcinoma and five normal breast tissue have been investigeted by FISH. FISH can be used to evaluate amplification and deletion of gene in human breast tumors. We have applied fluorescent in situ hybridization (FISH) that using locus specific probes for chromosome to assess the presence c-erbB-2, c-myc, int-2 oncogene, 20ql3 site amplification and p53 tumor supressor gene deletion in interphase nuclei of fresh specimen of human breast tumors. P53 and int-2 gen deletions were found in 5/20 and 2/20 of breast cancer patients respectively. There was no association between LOH at the p53 locus and other genetic events by statistical. Our results demonstrate that LOH at p53 arises more frequently in the infiltrative ductal carcinoma. P53 deletions was no associated with lymp-node involvement. The alterations in p53 gene sequence may be associated with tumor progression. We conclude that loss of heterozigoz'rty of p53 gene may be an early step in the development of tumorigenesis. Erbb-2, c-myc, int-2 and 20ql3 overexpression was found in 3/20, 4/20, 2/20 and 3/20 of breast cancer patient restpectively. We conclude that neu overexpression may be a late step in the development of a distinc histolocig type of carcinoma of the breast, we could find association of overexpression with lymp- node status. Our results suggest that oncogenes are not the primary alterations leading to breast cancer. Erbb-2 and c-myc genes and 20ql3 site abnormality have a role in late pathogenesis of breast lesions. These alterations in one or more of these sequences may be associated with tumor progression. The results show that FISH tecnique is rapid, reproduciple, suitable and reliable for determining presence or absence of gene in nucleus of breast cancer tissue. 84

7. ÖZET Bu araştırmada, K.T.Ü Farabi Hastanesi Üroloji Polikliniğine prostat şikayetiyle başvuran, 19 prostat kanseri ve 19 BPH tanısı alan 38 hastaya ait biyopsi materyalleri doku kültürü ve FISH yöntemleriyle kromozomal anomaliler yönünden araştırılmıştır. Çalışmamızda prostatik doku örneklerine 7, 8, 9, 10, 17, X ve Y DNA probları ile FISH uygulanmıştır. Çalışmamızda %41 oranında sayısal anomali tespit edilmiştir. Yedi farklı prob ile yapılan FISH sonucunda sırasıyla %68 oranında kromozom 9'da, %63 oranında kromozom 7'de, %58 oranında kromozom 8 'de, %37 oranında kromozom 17'de, %32 oranında kromozom Y'de ve %26 oranında kromozom 10' da sayısal anomali gözlenmiştir. BPH örneklerinde anlamlı bir anomaliye rastlanmamıştır. Çalışılan her iki grup (prostat kanseri ve BPH) arasında istatistiki olarak anlamlı farklar bulunmuştur. Ayrıca tümör başlangıcı ve ilerlemesinde etkili olan primer ve sekonder anomaliler tespit edilmiştir. Anahtar kelimeler: Prostat kanseri, kanser sitogenetiği, Floresan In Situ Hibridizasyon SUMMARY In this study, we determined primer and seconder chromosome aberrations of 19 prostate cancer and 19 BPH using tissue culture and FISH (Fluoresan In Situ Hybridisation) analysis. Alpha satellite probes spesific for chromosomes 7, 8, 9, 10, 17, X and Y were used in FISH assays with the prostatic tissue samples. We observed numerical aberrations about 41% of the tumors studied. The range of aberrant copy number of chromosomes 9 (68%), 7 (63%), 8 (58%), 17 (37%), Y (32%) and 10 (26%) were observed. We did not observe significant aberrations in BPH samples. Between prostate cancer and BPH, significant differences in numerical aberrayions were determined. In addition, we also observed primer and seconder aberrations taking part in theinitiation and progression of tumors. Key words: Prostatic neoplasms, cancer cytogenetics, FISH (fluoresan In Situ Hybridisation) 95

ÖZET Poliaminler, küçük molekül ağırlıklı polikatyonik moleküller olup normal ve transforme hücrelerde çeşitli biyolojik aktivitelere sahiptirler. Hücre içi poliamin düzeyleri hücrelerin çoğalma hızlan ile doğru orantılıdır. Polikatyonik yapıya sahip olduklarından direkt olarak nükleik asitlere bağlanabilirler. Hücrede kazein kinaz II gibi bazı protein kinazlar poliaminlerle aktive olurlar, özellikle kanser hücrelerinde poliamin miktarlarının yüksek olduğu bilinmektedir ve poliamin düzeylerinin düşürülmesi ile hücre artışının durdurulabileceği düşünülmektedir. Bu çalışmada poliamin analoglan BE 4-4-4-4 ve BEPUT, ve poliamin sentez inhibitörleri DFMO ve metil GAG olmak üzere dört farklı poliamin ilaç kullanıldı. Bu ilaçların hücre içi poliamin düzeyine olan etkileri ve buna bağlı olarak hücre çoğalması üzerine olan etkilerini araştırıldı. Deneyler insan kaynaklı NCI-H82 küçük hücreli akciğer kanseri hücre dizisinde yapıldı ve bu hücrelerin özellikle ilk 24 saatte 4 kattan fazla arttığı gözlendi. Poliamin ilaçların hücre çoğalması üzerine olan etkileri doz- ve zaman-bağımlı olarak çalışıldı. Poliamin analoglannın etkilerinin doz-bağımlı olduğu, poliamin sentez inhibitörlerinin ise her konsantrasyonda aynı etkiye sahip oldukları görüldü. En yüksek inhibisyon 10 uM konsantrasyonda BEPUT ile elde edildi (%65). İlaçların hücre çoğalmasını zaman-bağımlı olarak da inhibe ettikleri ve bu etkinin toksik olmadığı izlendi. Poliamin ilaçların hücre içi poliamin düzeylerine önemli bir etkileri görülmedi. En yüksek inhibisyon DFMO ile elde edilirken (%34), bu etkinin hücre çoğalmasına olan etkisi ile uyumlu olmadığı düşünüldü. Sonuç olarak poliamin analoglan poliamin sentez inhibitörlerinin aksine hücre içi poliamin düzeylerini önemli oranda değiştirmeden hücre çoğalmasını inhibe etmektedirler. Bunun sebebi poliamin analoglannın hücre içerisinde çok çeşitli hedeflerinin olması ve doğal poliaminlerle yanşarak etki göstermeleridir. Bu nedenle kısa inkübasyon sürelerinde bile poliamin analoglannın hücre çoğalmasını inhibe ettikleri gözlenebilmektedir. Poliamin sentez inhibitörleri ise hücre içi doğal poliamin biyosentezini engelleyerek etki gösterdiklerinden, 24 saatlik inkübasyon süresi hücre çoğalması üzerine inhibitor etkilerini görmek için yeterli olmamaktadır. Dolayısıyla bu veriler gelecekte farklı kanser türleri için poliamin ilaçlann değişik formlannın klinik çalışmalarda kullanılabileceğini düşündürmektedir. iv ABSTRACT Polyamines are low molecular weight polycationic molecules. They have various biological activities in normal and transforming cells. Because of their polycationic nature, they can bind directly to nucleic acids. They can also activate protein kinases such as casein kinase II. Polyamine levels are high in cancer cells. Therefore it has been suggested that reducing polyamine levels would inhibit cancer cell proliferation. In this study four different polyamine drugs are used, polyamine analogs BE 4-4-4-,4 and BEPUT, and polyamine synthesis inhibitors DFMO and methyl GAG. We investigated the effects of these drugs on cancer cell proliferation and intracellular polyamine levels. We used a human small cell lung carcinoma cell line, NCI-H82 and we found that these cells proliferated more than four times in 24 hours. The dose-dependent and time-dependent effects of polyamine drugs were analyzed. The effects of polyamine analogs were found to be dose-dependent while polyamine synthesis inhibitors had a constant inhibitory effect on cell proliferation at every concentration used. The most pronounced inhibitory effect (%65) was observed with BEPUT at 10 uM concentration. The drugs were also effective in inhibiting cell proliferation in a time-dependent way and no toxic effect was observed. Polyamine drugs did not significantly change the intracellular polyamine levels. The most pronounced inhibition was observed with DFMO which reduced total intracellular polyamines to 34% but there was no parallelism between this effect and the inhibition of cell proliferation. We conclude that polyamine analogs inhibit cancer cell proliferation without having a significant effect on intracellular polyamine levels. This is probably because polyamine analogs compete with natural polyamines and have diverse targets in the cell. Thus, they inhibit cell proliferation even in short incubation periods. The 24-hour incubation time is not sufficient to see the effect of polyamine synthesis inhibitors. Our results indicate that different types of polyamine drugs can be used in clinical trials for different types of cancer. 47