Search

Birçok kanserin tedavisinde yaygın olarak kullanılan kemoterapötik bir ajan olan doksorubisin (DOX), hedef dışı organlarda ciddi toksik etkilere sebep olmaktadır. Bu çalışmanın amacı, DOX'un sıçan karaciğer ve kan dokularında meydana getirdiği zararlı etkileri ve bu hasar üzerinde güçlü antioksidan maddeler içeren bir arı ürünü olan propolis (PRPLS)'in olası koruyucu etkisini Azaltılmış Toplam Yansıma-Fourier Dönüşüm Kızılötesi (ATR-FTIR) spektroskopisi ve biyokimyasal testler ile moleküler düzeyde ortaya çıkarmaktır. Bu amaç doğrultusunda, erkek Sprague dawley sıçanlar 4 farklı gruba ayrılmıştır; kontrol (n=7), DOX (2,5 mg/kg'lık 6 enjeksiyon, kümülatif doz: 15 mg/kg; n=7), PRPLS (200 mg/kg, günlük; n=6) ve DOX + PRPLS (15 mg/kg, kümülatif; 200 mg/kg, günlük, sırasıyla; n=7). Sıçanlara 20 gün boyunca her gün 200 mg/kg PRPLS oral gavaj yöntemi ile 2,5 mg/kg DOX 10., 12., 14., 16., 18. ve 20. günlerde intraperitonel olarak verilmiştir. Deneyin 21. günü hayvanlardan karaciğer ve kan örnekleri alınmış, karaciğer dokuları ATR-FTIR spektroskopisi ile incelenmiş, kan plazma örneklerinde total antioksidan seviyesi (TAS) ve total oksidan seviyesi (TOS) ölçülmüş ve oksidatif stres indeksi (OSI) hesaplanmıştır. Sonuçlar DOX'un karaciğerde glikojen ve nükleik asit miktarında azalmaya, lipid ve protein miktarında artışa ve bu moleküllerin metabolizmasında, yapısında ve konformasyonunda bazı önemli değişikliklere sebep olduğunu göstermiştir. DOX ayrıca lipid peroksidasyonuna, membran akışkanlığında bir artışa, membran düzeninde bir azalmaya ve protein denatürasyonuna neden olmuştur. TAS ve TOS deney sonuçları, DOX'un kan dokusunda oksidatif stres yarattığını göstermiştir. PRPLS tek başına verildiğinde karaciğerde herhangi bir toksik etkiye sebep olmamış ancak kanın TAS miktarını artırarak organizmaya fayda sağlamıştır. DOX'tan önce verilen PRPLS DOX'un kanda yarattığı oksidatif stresi önlemiş ancak karaciğer dokusundaki biyomoleküllerde yarattığı zararlı etkilere karşı yeterli koruyucu etki gösterememiştir. Bu çalışma, DOX'un karaciğer ve kan dokularında önemli derecede hasar oluşturduğunu ve PRPLS'nin burada uygulanan doz ve zamanda kandaki oksidatif stresi önlediğini fakat karaciğer dokusunda bu hasarı önlemede yetersiz olduğunu göstermiştir. Doxorubicin (DOX), a chemotherapeutic agent widely used in the treatment of many cancers, causes serious toxic effects in non-target organs. The aim of this study is to examine the harmful effects of DOX on the rat liver and blood tissues and the possible protective effect of propolis (PRPLS), a bee product containing strong antioxidant substances, on these damage at the molecular level with Attenuated Total Reflection-Fourier Transformation Infrared (ATR-FTIR) spectroscopy and biochemical tests. For this purpose, male Sprague Dawley rats were divided into 4 groups; control (n=7), DOX (2.5 mg/kg in six injections; cumulative dose: 15 mg/kg; n=7), PRPLS (200 mg/kg, daily; n=6) and DOX + PRPLS (15 mg/kg, cumulatively; 200 mg/kg, daily; respectively; n=7). The rats were given 200 mg/kg PRPLS by oral gavage every day for 20 consecutive days and 2.5 mg/kg DOX intraperitoneally on the 10th, 12th,14th,16th, 18th and 20th day of the experiment. On the 21st day of the experiment liver and blood samples were collected, the liver tissues were examined by ATR-FTIR spectroscopy, total antioxidant level (TAS) and total oxidant level (TOS) were measured in blood plasma samples obtained from animals and oxidative stress index (OSI) was calculated. The results showed that DOX caused a decrease in the amount of glycogen and nucleic acid, an increase in the amount of lipid and protein and some important changes in the metabolism, structure and conformation of these molecules in the liver. It also induced lipid peroxidation, a decrease in membrane order and an increase in membrane dynamics. DOX also induced lipid peroxidation, an increase in membrane fluidity, a decrease in membrane alignment, and protein denaturation. The results of TAS and TOS experiments showed that DOX induces oxidative stress in the blood tissue. When PRPLS was given alone, it did not cause any toxic effects in the liver but it benefited the organism by increasing the amount of TAS in the blood. PRPLS administered before DOX, prevented the oxidative stress induced by DOX in the blood however, it was not able toshow a protective effect against the harmful effects of DOX on biomolecules in the liver. This study revealed that DOX causes significant damage to liver and blood tissues, and PRPLS at the dose and time administered here prevents oxidative stress in the blood but is insufficient to prevent this damage in liver tissue.

Hassas tıp uygulamaları, geleneksel tedaviden farklı olarak kanser hastaları arasındaki bireysel farklılıkları dikkate alarak hastaları sınıflandırır. Yapılan alt tipleme ile kanser teşhisi ve tedavi yanıtının tahmini için yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi gerekmektedir. Bu çalışmada, sistem biyolojisi yaklaşımları kullanılarak, rahim ağzı kanserinin en yaygın onkojenik iki türü olan HPV-16 enfekte ve HPV-18 enfekte grupları ayrı ayrı incelenmiştir. Her iki alt-tip için kanserin gelişimi ile ilgili ayırıcı biyobelirteçler sunularak, hassas tıp uygulaması olabilecek alt-tip özgü teşhis ve tedavi yöntemleri bağlamında moleküler hedefler sunulması amaçlanmıştır. Literatürde var olan çalışmalar, hastalık heterojenliği ve alt-tip bilgilerinden bağımsız olarak doğrudan rahim ağzı kanserine odaklanmıştır. İlk defa bu çalışmada HPV-16 ve HPV-18 enfekte hasta grupları ile ilgili transkriptomik veri ayrı ayrı çalışılmıştır. Rahim ağzı kanserinde alt-tip özgü diyagnostik, prognostik ve ilaç hedefi olabilecek biyobelirteçlerini belirlemek için mikrodizi meta-analizi yapılmıştır. İlk olarak incelenen protein-protein etkileşimlerindeki hub proteinlerde iki alt-tipte de ortak olan 8 protein (AR, AURKA, BRCA1, CDKN2A, EZH2, MYC, PCNA, STAT) dışında, 17’şer protein alt-tiplere özgü hub proteinler olarak bulunmuştur. Transkripsiyonel düzenlemede önem arz eden TF ve miRNA’lar arasında işaretçi molekül algoritması ile ön plana çıkanlar bulunmuştur. TF’lerde alt-tipleri ayırt edebilecek belirgin farklılık gözlenmemekle birlikte, sadece HIF1α HPV-18 enfekte grubunda işaretçi TF bulunmuştur. HPV-16 özgü sadece hsamiR-101-3p ve hsa-let-7d-5p bulunmuştur. HPV-18 enfekte gruba özgü ise 81 miRNA vardır. Çalışmanın en sonunda ise hub proteinlerin bazılarını hedef alan ilaçlar üzerinden ilaç yeniden konumlandırma yapılmıştır. HPV-16 enfekte kanser tedavisi için ibuprofen ve procainamide ilaçları; HPV-18 enfekte kanserler için ise hydralazine ve memantin önerilen ilaçlardandır. Precision medicine aims to classify patients by considering individual differences among cancer patients, unlike traditional treatments. Novel biomarkers should be determined for cancer diagnosis and prediction of treatment response via sub-typing. In this study, HPV-16 and HPV-18 infected groups which are the two most common oncogenic types of cervical cancer, were examined separately using system biology approaches. By presenting differential biomarkers related to the development of cancer for both subtypes, it is aimed to present molecular targets for subtype-specific diagnosis and treatment options from the precision medicine perspective. Previous studies have focused on cervical cancer regardless from disease heterogeneity and subtype information. For the first time in this study, transcriptomic data on HPV-16 and HPV-18 infected patient groups were studied separately. Meta-analysis of microarray datasets was performed to identify subtype-specific biomarkers and drug targets in cervical cancer. Protein-protein interactions were constructed, and 17 proteins were found as hub proteins specific to subtypes, except common 8 proteins (AR, AURKA, BRCA1, CDKN2A, EZH2, MYC, PCNA, STAT). Among the TF and miRNAs, which are important in transcriptional regulation were found as reporter biomolecules. Although no significant difference was observed in TF that could distinguish subtypes, HIF1α was the only reporter TF for HPV-18 infected group. hsa-miR-101-3p and hsa-let-7d-5p were found specific to HPV-16 group while there were 81 miRNAs specific to HPV-18. Lastly, drug repositioning was performed focusing drugs that target some of the hub proteins. Ibuprofen and procainamide drugs were repurposed for the treatment of HPV-16 infected cancer whereas hydralazine and memantine were repurposed drugs for HPV-18 infected cancers.

Bu çalışma, yaşlıların akılcı ilaç kullanımına yönelik bilgi ve uygulamalarının incelenmesi amacıyla yapılmıştır. Tanımlayıcı türdeki çalışma 382 yaşlı birey ile yürütülmüştür. Veriler Akılcı İlaç Kullanım Anketi ile yüz yüze görüşme yöntemiyle toplanmıştır. Veriler tanımlayıcı analiz yöntemleri ve ki-kare testi ile değerlendirilmiştir. Çalışmada yaşlıların %72.5'i doktor tavsiyesi olmadan ilaç kullandıklarını, %23.6'sı doktora danışmadan ilaç dozlarını artırıp/azalttıklarını, %91.1'i doktorun önerdiği ilaç saatlerine uyduklarını, %44.2'si de doktorun önerdiği süreden önce ilaç kullanmayı bıraktıklarını ifade etmişlerdir. Yaşlılarda akılcı ilaç kullanımı ile ilgili en önemli sorunların doktor tavsiyesi olmadan ilaç kullanımı ve ilacın önerilen süreden önce bırakılmasıdır. Bu sonuçlar doğrultusunda yaşlıların akılcı ilaç kullanımı konusunda desteklenip, bilgilendirilmesi ilaçların akılcı kullanımına önemli katkı sağlayacaklardır. This study was conducted to examine the knowledge levels and practices of older individuals about rational drug use. This descriptive study was conducted on 382 older individuals. The data were collected with the Rational Drug Use Survey through face-to-face interview method. The data were evaluated through the chi-square test and descriptive analysis methods. In the study, 72.5 % of the older individuals stated that they used drugs without a prescription of a doctor, 23.6 % stated that they increased/decreased their doses without consulting the doctor, 91.1 % stated that they complied with the drug hours recommended by the doctors, and 44.2 % stated that they quit medication before the date prescribed by the doctor. The most important problems of older individuals concerning the rational drug use were determined to be using drugs without the prescription of a doctor and quitting the medication before the date recommended by the doctor. In line with these results, informing and supporting older individuals about rational drug use will make significant contribution for the rational drug use. 65

WWOX protein ifadesi çoğu insan kanserlerinde sıklıkla kaybolur veya azalır. WWOX protein ifadesi kaybı üçlü negatif meme kanserlerinde sık görülmektedir. İmmün sistem meme kanseri gelişiminde, ilerlemesinde ve kontrolünde aktif rol oynamaktadır. Programlanmış hücre ölüm ligandı 1 (PD-L1), immün sistemden kaçışa katılan önemli immün kontrol noktası molekülüdür. PD-L1 çeşitli immün hücrelerde ve meme kanseri de dâhil olmak üzere birçok farklı tümör tiplerinde ifade edilir. STAT3, PD-L1 ifadesinin düzenlenmesinde önemli rol oynar. PD-L1'in, JAK aracılı STAT3 fosforilasyonu ve aktivasyonu nedeniyle meme kanseri hücre hatlarında ifadesi yüksektir. Kanser hücrelerinde STAT3 sinyal yolağı, IFN-?'nın atipik bir sinyal ileticisi olarak aktive edilir. WWOX proteini IL-6 / JAK2 / STAT3 sinyal iletim yolağı üzerinden kanser hücrelerinin büyümesini ve metastazını STAT3'e bağlı olarak baskılamaktadır. WWOX'un aşırı ifadesi bazal meme kanseri hücrelerinde STAT3 aktivitesini inhibe eder. Tüm bu bulgular, WWOX'un PD-L1 ifadesinin düzenlenmesinde olası bir rol oynayacağını ve böylece meme kanserinin ilerlemesinde ve metastazında potansiyel bir baskılayıcı olarak görev yapacağını göstermektedir. Bu tezin amacı WWOX'un MDA-MB-231 insan üçlü negatif meme kanseri hücrelerinde bazal düzeyde ve/veya IFN-? ile uyarılmış PD-L1 ifadesi üzerindeki etkilerini araştırmaktır. MDA-MB-231 hücrelerinde WWOX'u aşırı ifade etmek için geçici transfeksiyonlar gerçekleştirildi. Wwox proteininin aşırı ifadesi western blot ile değerlendirildi. PD-L1 ifadesi flow sitometri sistemi ile analiz edildi. IFN-? uygulanmamış, WWOX ifade eden hücrelerde WWOX ifade etmeyen hücrelere göre istatistiksel olarak anlamlı artmış PD-L1 ifadesi saptandı (p=0,05). Bu bulgulara ek olarak, IFN-? uygulanmış, WWOX ifade eden hücrelerde WWOX ifade etmeyen hücrelere göre istatistiksel olarak anlamlı artmış PD-L1 ifadesi saptandı (p=0,05). Sonuç olarak, WWOX ifade etmeyen MDA-MB-231 hücreleri ile karşılaştırıldığında MDA-MB-231 hücrelerinde WWOX ifadesinin arttırılması IFN-? varlığında veya yokluğunda PD-L1 ifadesini anlamlı olarak azaltmaktadır. WWOX protein expression is often lost or reduced in most human cancers. Loss of Wwox protein expression is common in triple negative breast cancers. The immune system plays an active role in the development, progression and control of breast cancer. Programmed cell death ligand 1 (PD-L1) is an important immune checkpoint molecule involved in escape from the immune system. PD-L1 is expressed in a variety of immune cells and many different tumor types, including breast cancer. STAT3 plays an important role in the regulation of PD-L1 expression. PD-L1 is overexpressed in breast cancer cell lines due to JAK-mediated STAT3 phosphorylation and activation. The STAT3 signaling pathway is activated as an atypical signal transmitter of IFN-? in cancer cells. WWOX suppresses growth and metastasis of cancer cells through the IL-6 / JAK2 / STAT3 signal transduction pathway, depending on STAT3. Overexpression of WWOX inhibits STAT3 activity in basal breast cancer cells. All these findings suggest that WWOX can play a possible role in the regulation of PD-L1 expression and thus act as a potential suppressor in the progression and metastasis of breast cancer. The aim of this thes is to investigate the effects of WWOX on PD-L1 expression at basal level and / or IFN-? stimulated in MDA-MB-231 human triple negative breast cancer cells. Transient transfections were performed to overexpress WWOX in MDA-MB-231 cells. Overexpression of the WWOX protein was assessed by western blotting. PD-L1 expression was analyzed by flow cytometry system. A statistically significant increase in expression of PD-L1 was found in cells expressing WWOX compared to cells not expressing WWOX (p=0.05). In addition to these findings, a statistically significant increase in expression of PD-L1 was found in cells expressing WWOX in IFN-? treated cells compared to cells not expressing WWOX (p=0.05). As a result, the increase of WWOX expression in MDA-MB-231 cells significantly decreased PD-L1 expression levels in the presence or absence of IFN-? compared to MDA-MB-231 cells not expressing WWOX.

Gıdaların doğal yollardan hastalıkların önlenmesi ve tedavisindeki etkinliğinin bilimsel olarak ortaya konulması sağlığımızın korunmasında beslenme desteğinin önemini arttırmaktadır. Bu sebeple gıda takviyeleri daha fazla tüketilir hale gelmiştir. Bu tez çalışmasında; MCF-7 (insan meme adenokarsinoma), HT-29 (insan kolorektal adenokarsinoma) ve DLD-1 (insan kolon adenokarsinoma) kanser hücre hatlarında antikanserojenik etki göstereceği düşünülen gıda takviyesi olarak kullanılan liyofilize apilarnilin ve ana arı larvasının sitotoksik etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu nedenle hücre proliferasyonunu engelleyici olduğu düşünülen gıda takviyesi olarak kullanımı artan apilarnil ve ana arı larvasının in vitro çalışılması planlanmıştır. MCF-7 (insan meme adenokarsinoma), HT-29 (insan kolorektal adenokarsinoma) ve DLD-1 (insan kolon adenokarsinoma) kanser hücre hatlarında, apilarnilin ve ana arı larvasının sitotoksik dozu ve IC50 değeri MTT yöntemi ile tespit edilmiştir. Çalışmadan elde edilen bulguların değerlendirilmesi ile kanserli hastaların tedavi sürecinde yaşadığı olumsuzluklar ve ilaçların yarattığı güçlü yan etkiler düşünüldüğünde, antioksidan ve antikanserojen etkisi olan gıda takviyelerinin geliştirilmesi ve kullanılması önem arzetmektedir. Bu çalışmamız literatüre, kanser hastaları arasında gıda takviyelerinin kullanımındaki artış nedeniyle, apilarnil ve ana arı larvası gibi son zamanlardaki popüler arı ürünlerinin geniş çaplı çalışmalarla insan sağlığı üzerine etkisi ve sağlık profesyonellerinin bu konuda hastalarını bilinçlendirmesi için önemli katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Scientifically demonstrating the effectiveness of foods in the prevention and treatment of diseases in natural ways increases the importance of nutritional support in the protection of our health. For this reason, food supplements have become more consumed. In this study; It was aimed to investigate the cytotoxic effects of lyophilized apilarnil and queen bee larvae, which are used as food supplements and also thought to have anticarcinogenic effects on MCF-7 (human breast adenocarcinoma), HT-29 (human colorectal adenocarcinoma) and DLD-1 (human colon adenocarcinoma) cancer cell lines. Moreover, apilarnil and queen bee larvae are thought to inhibit cell proliferation. Therefore, in vitro study of apilarnil and queen bee larvae were chosen among the food suplements. In MCF-7 (human breast adenocarcinoma), HT-29 (human colorectal adenocarcinoma) and DLD-1 (human colon adenocarcinoma) cancer cell lines, the cytotoxic dose and IC50 value of apilarnil and queen bee larvae were determined by MTT method. Considering the findings obtained from the study and the negative effects experienced by cancer patients during the treatment process and the strong side effects caused by drugs, it is important to develop and use food supplements with antioxidant and anticarcinogenic effects. It's thought that this study will contribute to the literature, due to the increase in the use of food supplements among cancer patients, the effect of recently popular bee products such as apilarnil and queen bee larvae on human health with large-scale studies and health professionals to raise awareness of their patients on this issue.

Kronik böbrek yetmezliği (KBY), glomerüler filtrasyon hızındaki (GFH) azalmanın bir sonucu olarak böbrek fonksiyonlarında kronik ve ilerleyici bir bozulma olarak tanımlanmaktadır. KBY kronik inflamatuvar bir süreçtir. IL-1?, IL-6, IL-17, IL-21 ve IL-33 gibi pro-inflamatuvar sitokinler böbrek hasarını arttırırken IL-10, IL-13, TGF-? gibi anti-inflamatuvar sitokinler inflamatuvar süreci baskılayarak böbrek hasarını azaltırlar. Speksin, glikoz ve lipit metabolizmasının düzenlenmesinde rol oynayan bir nöropeptittir. Bunun yanında kardiyo-renal fonksiyonların düzenlenmesini de sağlamaktadır. Adropin, glikoz ve lipid metabolizması ile ilişkili birçok yolu düzenleyen bir peptittir. Bu iki peptitin inflamasyon ile ilişkili yolları düzenleyebileceği belirtilmiştir. Bu bilgiler ışığında çalışmamızda; Adenin ile indüklenen KBY modelinde speksin ve adropin uygulanmasının böbrek hasarı ve inflamatuvar süreç üzerindeki etkilerinin belirlenmesi amaçlanmaktadır. KBY modeli wistar albino sıçanlara adenin solüsyonu verilerek oluşturulmuştur. Renal fonksiyon testleri otoanalizör ile ölçülmüştür. Böbrekteki histopatolojik değişiklikler hematoksileneozin boyama sonrasında ışık mikroskobu ile değerlendirilmiştir. Böbrek dokusunda IL-1?, IL-10, IL-17A, IL-18, IL-21, IL-33, KIM-1, NGAL, TNF-?, TGF-?, TIMP-1 genlerinin ekspresyonları gerçek zamanlı PCR ile belirlenmiştir. Adeninin indüklediği KBY grubunda kontrol grubuna kıyasla 24 saatlik idrar hacmi, serum kreatinin, BUN ve idrar protein düzeyleri artmıştır. Bunun yanında renal hasar, TIMP-1 ve IL-33 düzeyleri KBY gelişimi ile artış göstermiştir. Adropin uygulanması 24 saatlik idrar hacmi ve idrar protein düzeylerini KBY grubuna kıyasla azaltmıştır. Bunun yanında renal hasar, NGAL, TIMP-1, IL-17A ve IL-33 düzeyleri adropin uygulanması ile azalmıştır. Benzer olarak, speksin uygulanması 24 saatlik idrar hacmi ve idrar protein düzeylerini KBY grubuna kıyasla azaltmıştır. Bunun yanında KIM-1, TIMP-1 ve IL-33 düzeyleri speksin uygulanması ile azalmıştır. Adropin+speksin uygulanması KBY grubuna kıyasla renal hasar, KIM-1, NGAL, TIMP-1, IL-1?, IL-17A, IL-18, IL-33, TGF-? ve TNF-? seviyelerini azaltıcı etki göstermiştir. Bizim sonuçlarımız bu peptitlerin inflamasyon ve böbrek hasarında koruyucu etkiye sahip olabileceğini göstermektedir. Chronic renal failure (CRF) can be defined as a chronic and progressive loss of kidney function as a result of a reduction in glomerular filtration rate (GFR). CRF is a chronic inflammatory process. Pro-inflammatory cytokines such as IL-1?, IL-6, IL-17A, IL-21 and IL-33 also trigger renal damage, however anti-inflammatory cytokines such as IL-10, IL-13, TGF-? reduce the renal damage by supressing the inflammatory process. Spexin is a neuropeptide involved in the regulation of glucose and lipid metabolism. In addition, it also regulates cardio-renal function. Adropin is a peptide that regulates many pathways associated with glucose and lipid metabolism. It has been noted that these two peptides can regulate pathways associated with inflammation. In light of this information, our study aims to determine the effects of specsin and adropin administration on kidney damage and inflammatory process in adenine-induced CRF model. The CRF model was created by giving adenine solution to Wistar albino rats. Renal function tests were measured with an autoanalyzer. Histopathological changes in the kidney were evaluated by light microscopy after hematoxylene eosin staining. Expression of IL-1?, IL-10, IL-17A, IL-18, IL-21, IL-33, KIM-1, NGAL, TNF-?, TGF-?, TIMP-1 genes in kidney tissue were determined by real time PCR. 24-hour urine volume, serum creatinine, BUN, and urine protein levels increased in the adenine-induced CRF group compared to the control group. In addition, renal damage, TIMP-1 and IL-33 levels increased with the development of CRF. Administration of Adropin reduced 24-hour urine volume and urine protein levels compared to the CRF group. In addition, renal damage, NGAL, TIMP-1, IL-17A and IL-33 levels were reduced by administration of adropin. Similarly, administration of spexin reduced 24-hour urine volume and urine protein levels compared to the CRF group. In addition, the levels of KIM-1, TIMP-1 and IL-33 decreased with the application of spexin. Administration of Adropin+spexin showed effect in reducing levels of renal damage, KIM-1, NGAL, TIMP-1, IL-1?, IL-17A, IL-18, IL-33, TGF-? and TNF-? compared to CRF group. Our results suggest that these peptides may have protective effects on inflammation and kidney damage.

Ağrı kişinin yaşamını olumsuz yönde etkileyen hoş olmayan bir durum olarak tanımlanabilir. Kronik ağrı etkili bir şekilde tedavi edilmediği sürece sedanter bir yaşam, obezite, psikolojik problemler kaçınılmaz olmaktadır. Amaç; Kronik ağrı kontrolünde beslenmenin, yaşam tarzı, bağırsak hastalıklarının varlığı, uyku düzeni, vücut kitle indeksi ve vücut kas/yağ miktarlarının etkisinin olup olmadığını araştırmaktır.18-50 yaş arası kronik ağrı nedeniyle tedavi gören ya da görmeyen 50 erkek ve 50 kadın hasta ile çalışmaya başlandı. Hastaların seçiminde ciddi kalp rahatsızlığı, diabet, hipertiroidi, hipotiroidi, hipertansiyon, alzeimer, demans, parkinson, inme hastalığı, psikiyatrik hastalığı olanlar, ağrısı haricinde ilaç kullanımı olanlar çalışmaya dahil edilmedi. Bu nedenle 2 kadın 8 erkek, toplam 10 hastada yukarıda saydığımız çeşitli ek kronik hastalıklar tespit edildiğinden çalışmadan çıkarılmışlardır. Bu nedenle 48 kadın, 42 erkek hastayla çalışmaya devam edildi. Çalışma Amasya Üniversitesi Sabuncuoğlu Şerefeddin Eğitim ve Araştırma Hastanesine ağrı sebebiyle başvuran veya kronik ağrısı olan kişilerde yapıldı. Çalışmaya katılan hastalar en az 12 saat aç bırakılarak antekubital venden skan örnekleri alındı. Alınan kan örnekleri Amasya Üniversitesi Merkez Laboratuarında 20 dakika süre ile santrifüj edilerek -80 0C'de 1 hafta süre ile tüm örnekler alınıncaya kadar saklandı. Çalışmamızda triptofan kan konsantrasyon değerleri 0,58-1,57 µg/ml, tirozin kan konsantrasyon değerleri 35-102 µg/ml normal olarak kabul edildi. Bu değerlerin üstü değerler yüksek olarak kabul edildi. Çalışmamızda elde edilen anket bilgileri (egzersiz, uyku, yeme alışkanlıkları, kronik ağrısı, bağırsak rahatsızlığı varlığı, yaş, cinsiyet, aldığı tedaviler), vücut analiz tartısı sonuçları (vücut kitle indeksi, vücut kas/yağ oranları) ve alınan kan örneklerinin (plazma triptofan ve tirozin düzeyleri) birbirleri ile karşılaştırmaları istatistiksel anlamlılık açıdan değerlendirildi. Sonuç olarak kronik ağrı kontrolünde diyet ve vücut kitle indeksinin önemli olduğunu fakat triptofan ve tirozin değerlerinin tek başına anlam ifade etmediği saptanılmıştır. Sağlıklı yaşam için gerekli olan spor tedavinin seyrinde olumlu etkiler göstermektedir Pain can be defined as an unpleasant condition that negatively affects a person's life. Unless chronic pain is treated effectively, a sedentary life, obesity and psychological problems are inevitable. Goal; To investigate whether nutrition, lifestyle, presence of intestinal diseases, sleep patterns, body mass index and body muscle/fat amounts affect chronic pain control. The study was initiated with 50 male and 50 female patients aged 18-50 years, either treated or untreated for chronic pain. Patients who have severe heart disease, diabetes, hyperthyroidism, hypothyroidism, hypertension, Alzheimer's, dementia, Parkinson's disease, stroke, psychiatric disease, and those who took medication other than pain were not included in the study. For this reason, since various additional chronic diseases mentioned above were detected in a total of 10 patients, 2 women and 8 men, they were excluded from the study. Therefore, the study continued with 48 female and 42 male patients. The study was conducted in people who applied to Amasya University Sabuncuoğlu Şerefeddin Training and Research Hospital due to pain or had chronic pain. The patients participating in the study were fasted for at least 12 hours and scan samples were taken from the antecubital vein. The blood samples taken were centrifuged for 20 minutes in Amasya University Central Laboratory and stored at -80 0C for 1 week until all samples were taken. In our study, tryptophan blood concentration values of 0,58-1,57 µg/ml and tyrosine blood concentration values of 35-102 µg/ml were accepted as normal. Values above these values were considered high. Survey information (exercise, sleep, eating habits, chronic pain, presence of bowel disease, age, gender, treatments), body analysis scale results (body mass index, body muscle/fat ratio) and blood samples (plasma tryptophan) obtained in our study and tyrosine levels) were evaluated in terms of statistical significance. As a result, it was determined that diet and body mass index are important in chronic pain control, but tryptophan and tyrosine values alone do not make sense. Sports, which is necessary for a healthy life, have positive effects on the course of treatment.

Bu çalışmada, yaygın endüstriyel kullanımı sebebi ile sucul ortamlarda çok fazla miktarlarda bulunan nano malzemelerden biri olan gümüş nanopartiküllerin (AgNP) hümik asit ile kaplanmış formlarının (AgNP+HA) sucul organizmalara etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Öncelikle çalışmada kullanılan nanopartiküllerin karakterizasyon işlemleri yapılmıştır. Bu amaçla Zeta boyut analizi, Atomik kuvvet mikroskobisi, Elektron mikroskobisi (SEM), UV-Vis spektroskopisi ve Fourier dönüşümlü kızılötesi spektroskopisi (FTIR) gibi yöntemler kullanılmıştır. Daha sonra akvaryumlarda adaptasyonu sağlanmış sazan balıklarına (Cyprinus carpio L., 1758) farklı dozlarda (0,03 ppm AgNP; 0,3 ppm AgNP; 3,0 ppm AgNP; 0,03 ppm AgNP+HA; 0,3 ppm AgNP+HA; 3,0 ppm AgNP+HA) ve farklı sürelerde (4 ve 21 gün) AgNP ve AgNP+HA uygulanmıştır. Sonuçta elde edilen hematolojik değerler birbirleriyle karşılaştırılmıştır. Analiz sonucunda, kontrol grubuna göre sadece AgNP uygulanan gruplarda doz miktarına bağlı olarak akut ve subkronik sürelerde total lökosit sayılarında artış, lenfosit, eritrosit, hemoglobin ve hematokrit değerlerinde ise istatiksel açıdan anlamlı azalmalar tespit edilmiştir (p

Amaç: Çalışmamızda üçlü negatif meme kanseri (TNBC) hücrelerinde miR-3977 ile eEF2K, PD-L1 ve FOXM1 üçlü baskılanmasının tümörigenez üzerindeki etkisinin yanısıra, bu hücrelerdeki doğal öldürücü hücre (NK) aracılıklı immün yanıt etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Üçlü negatif meme kanseri hücreleri olarak MDA-MB-436, MDA-MB-231, BT-20 hücre hatları ve doğal öldürücü hücreler olarak kordon kanı doğal öldürücü hücreleri ve NK-92 hücre hattı grubu olarak kullanılacaktır. Tümörogenez çalışmaları için koloni oluşum analizleri, miRNA ve siRNA mimik transfeksiyonu, RNA ekstraksiyonu, miRNA ve mRNA ters transkripsiyonu, RT-qPCR analizi, protein ekstraksiyonu ve immünoblotlama analizi, hücre hareketliliği, migrasyon ve invazyon testleri, akım sitometri testi, miRNA nanoparçacıklarının hazırlanması, ortotopik ksenogreft tümör modeli ve istatistiksel analiz metotları kullanılacaktır. NK ayrıcalıklı immünoyanıtın belirlenmesi çalışmaları için ise Ko-kültür yöntemi uygulanarak Kromiyum (Cr51) analiz metotları kullanılacaktır.Bulgular: Çalışmamızda miR-3977'nin rolü araştırılmış ve miR-3977'nin TNBC'de anlamlı derecede daha uzun hasta sağkalımı ile ilişkili olduğu ve anlamlı derecede daha kısa genel hasta sağkalımı ile ilişkili olan proto-onkojenik eEF2K seviyeleri ile ters korelasyonlu olduğu bulunmuştur. Sonuçlarımız miR-3977'nin eEF2K, PD-L1 ve FOXM1 mRNA'ların 3'-tercüme edilmemiş bölgesine (3'-UTR) doğrudan bağlandığını ve bu genlerin ekspresyonlarını baskılayarak TNBC'de hücre proliferasyonunu, motilitesini ve invazyonunu inhibe ettiğini göstermiştir. Ayrıca, miR-3977 nanopartiküllerinin sistemik intraperitoneal uygulama ile in vivo terapötik olarak verilmesi, eEF2K, PD-L1 and FOXM1 sinyal yolaklarını, intratümöral proliferasyonu ve anjiyogenezi inhibe ederek ve apoptozu indükleyerek ortotopik TNBC tümör ksenograft modelinde tümör büyümesini geciktirmiştir. Önemli bir şekilde, çalışmamızda ilk kez, eEF2K, PD-L1 veya FOXM1 inhibisyonunun NK-92 ve CBNK hücrelerinin sitotoksisitesini indüklediği, miR-3977 veya siRNA tedavilerinin NK aracılıklı immün sistem yanını arttırmada etkili olabileceği gösterilmiştir.Sonuçlar: Çalışmamız, üçlü negatif meme kanseri hücrelerinde miR-3977 gen terapisi ile hem EF2K hem FOXM1 hem de programlanmış hücre ölüm (PD-L1) mekanizmalarının yeniden aktivasyonunu hem de bu hücrelere karşı aktive olmuş NK aracılıklı immün yanıt ile karsinogenez sürecinin durdurulmasını ve tümör hücrelerinin yıkımını birlikte yürüten ilk çalışma olması nedeniyle yüksek bir özgün değere sahiptir. Dahası, miR-3977'nin eEF2K ve FOXM1 sinyal yolaklarının çift hedeflenmesiyle TNBC'de tümör baskılayıcı rolü olduğu ve miR-3977 tabanlı gen terapisinin TNBC'de potansiyel bir terapötik strateji olabileceği düşünülmektedir. Aim: In our study, we aimed to determine the effect of triple suppression on eEF2K, PD-L1 and FOXM1 with miR-3977 in triple negative breast cancer (TNBC) cells, as well as identified the natural killer cell (NK) mediated immune response effect in these cells.Materials and Method: As triple negative breast cancer cells MDA-MB-436, MDA-MB-231, BT-20 cell lines; as natural killer cells cord blood natural killer cells and NK-92 cell line will be used. To identified tumorigenesis studies colony formation assay, miRNA and siRNA mimic transfection, RNA extraction, miRNA and mRNA reverse transcription, RT-qPCR assay, protein extraction and immunoblotting assay, cell mobility, migration and invasion assays, flow cytometry, preparation of miRNA nanoparticles, orthotopic xenograft tumor model and statistical analysis methods will be used. To determination of NK mediated immunoassay studies Chromium (Cr51) analysis methods will be used.Results: In our study, we investigated the role of miR-3977 and found that miR-3977 is associated with significantly longer patient survival in TNBC and inversely correlated with levels of proto-oncogenic eEF2K, which was associated with significantly shorter overall patient survival. We showed that miR-3977 directly binds to the 3′-untranslated region (3'-UTR) of eEF2K, PD-L1 and FOXM1 mRNAs and suppresses their expression, leading to inhibition of TNBC cell proliferation, motility, and invasion. Moreover, in vivo therapeutic delivery of miR-3977 nanoparticles by systemic intraperitoneal administration delayed tumor growth of orthotopic TNBC tumor xenograft models by inhibiting eEF2K, PD-L1 and FOXM1, intratumoral proliferation and angiogenesis, and inducing apoptosis. Importantly in our study it has been shown at the first time, with either miR-3977 or siRNA treatments of each eEF2K, CD274 or FOXM1 inhibition NK-92 and CBNK cells cytotoxicity were induced.Conclusion: Our study has a high specific value due to miR-3977 gene therapy in triple negative breast cancer cells as it is the first study to both re-activate the programmed cell death (PD-L1) mechanisms and to stop the carcinogenesis process and the destruction of tumor cells with the activation of NK-mediated immune response against these cells. Furthermore, our findings provide new insights into the tumor suppressor role of miR-3977 by dual-targeting of eEF2K and FOXM1 signaling axis and suggest that miR-3977-based gene therapy may be a potential therapeutic strategy in TNBC. 125

Koroner arter ektazi (KAE), en az bir koroner arterde komşu normal koroner arter segmentine göre 1.5 kat veya daha fazla genişleme olarak tanımlanmaktadır. KAE etiyolojisinde bağ doku hastalıkları yer almaktadır. KAE'de, koroner arter duvarı bağ dokunun zayıflamasının, pozitif yeniden biçimlenmesine neden olduğu gösterilmiştir. Prolidaz ise kollajen metabolizmasında, yeni matriks oluşumunda ve hücre büyümesinde rol alan bir enzimdir. Bu çalışma prolidazın eksprese olduğu PEPD genindeki varyasyonlarının ve serum prolidaz düzeyinin KAE hastalarında risk faktörü olarak klinik fenotip ile biyokimyasal parametrelerle birlikte değerlendirildiği ilk kapsamlı çalışmadır. 76 KAE hastası ve 76 kontrole ait DNA örneklerinde PEPD geni yeni nesil dizileme yöntemi olan MiSeq ile dizilenmiştir. KAE grubunda hipertansiyon (p=0,006) ve hiperlipidemi prevalansı (pA varyasyonunda (GA+AA) genotipine (p=0,04) ve PEPD rs1698070 T>C varyasyonunda (TC+CC) genotipine sahip olanlarda (p=0,05) serum prolidaz düzeyi daha düşüktür. Kontrol grubunda PEPD rs17569 G>A varyasyonunda (GA+AA) genotipine sahip olanlarda serum prolidaz düzeyi (p=0,01) yüksektir. Haplotip analizlerinde KAE riski açısından özellikle rs1061338 nadir G alleli ve 17570 normal G allelini birlikte taşımanın KAE risk artışıyla yakın ilişkili olduğu gözlenmiştir. Sonuç olarak, PEPD genindeki değişimlerin KAE gelişimine katkıda bulunduğu söylenebilir. Coronary artery ectasia (CAE) is defined as an dilatation of at least one coronary artery 1.5 times or more than the adjacent normal coronary artery segment. Connective tissue diseases are involved in the etiology of CAE. In CAE, weakening of the coronary artery wall connective tissue has been shown to cause positive remodeling. Prolidase is an enzyme involved in collagen metabolism, new matrix formation and cell growth. This is the first comprehensive study to evaluate the variability of prolidase-expressed PEPD gene and serum prolidase level together with clinical phenotype and biochemical parameters as risk factors in CAE patients. PEPD gene was sequenced by MiSeq, a new generation sequencing method, in DNA samples of 76 CAE patients and 76 controls. In the CAE group, hypertension (p=0,006) and hyperlipidemia (pA variation (GA+AA) genotype (p=0,04) and rs1698070 T>C variation (TC+CC) genotype (p=0,05). Serum prolidase levels (p=0.01) were higher in the control group with genotype in PEPD rs17569 G>A variation (GA+AA). In haplotype analysis, it was observed that rare G allele 17570 and normal G allele rs1061338 together was closely associated with increased CAE risk. In conclusion, it can be said that changes in PEPD gene contribute to the development of CAE. 167

Dünyanın gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerinde kanser, insanların beşte birinin ölümüne neden olmaktadır. En yaygın görülen kanser türleri; prostat, meme, akciğer, kolon/rektum ve serviks kanserleridir. Kanser, mutasyonların kademeli olarak birikmesi sonucu oluşur. Bu mutasyonlar hücreye; programlı hücre ölümüne direnç, anjiyogenezi indüklemek, proliferatif sinyal vermeyi sürdürmek, büyüme baskılayıcılardan kaçınma ve güçlü metastaz potansiyeli kazandırmaktadır. Akciğer kanseri kemoterapisinde arzu edilen ve ideal olan, kullanılan ilaçların sadece kanserli dokuyu (malign hücreleri) etkilemesi ve sağlıklı hücreler üzerinde en az toksik etkiye sahip olmasıdır. Kanser patogenezinde rol oynayan önemli yolaklardan biri Janus kinaz (JAK-Janus Kinase) ve sinyal iletici ve transkripsiyon aktivatörü (STAT-Signal transducers and activators of transcription) elemanlarından oluşan JAK/STAT sinyal yolağıdır. Flavonoidlerin antikanserojen, antitrombotik, antibakteriyel, antifungal, antiviral ve kardiyovasküler hastalıklara karşı koruyucu özelliklere sahip oldukları düşünülmektedir. Moleküllerin kimyasal yapısında meydana gelen değişiklikler, molleküllerin biyolojik etkilerini radikal bir şekilde değiştirebilmektedir. Mevcut kemoterapi ajanlarının toksik etkileri; daha az toksik aynı zamanda daha etkili bileşiklerin sentezi için bir gereklilik meydana getirmiştir. Bu tezin amacı, yeni sentezlenen bazı flavonoid türevi moleküllerin, akciğer adeno karsinoma hücrelerinde (A549) STAT3 yolağı üzerinden, antiproliferatif etkilerini incelemek ve antiproliferasyonun bu moleküller tarafından kontrol edilen STAT3 yolağı mekanizmalarını araştırmaktır. Çalışmamızda; A549 hücreleri, yeni sentezlenen flavonoid türevi moleküller ile çeşitli konsantrasyonlarda (1-100M), muamele edilerek MTT ile uygun konsantrasyonları belirlenmiş ve gen ekspresyon analizleri qRT-PCR kullanaılarak gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak yaptığımız çalışmada, sentetik olarak üretilen 4 flavonoid türevi bileşik arasından seçilen 5M bileşiğinin A549 hücre hattında 50µM, 75 µM ve 100µM konsanstrasyonlarda antiproliferatif etkisinin olduğu istatistiksel olarak gösterilmiştir. Antiproliferasyonun; JAK/STAT sinyal yolağı üzerinden gerçekleşmediği, MAPK gibi muhtemel başka sinyal yolakları üzerinden gerçekleştiği sonucuna ulaşılmıştır. Cancer causes the death of one fifth of people in developed and developing countries of the world. The most common types of cancer are prostate, breast, lung, colon / rectum and cervical cancers. Cancer occurs as a result of gradual accumulation of mutations. These accumulated mutations cause resistance to programmed cell death, induce angiogenesis, maintain proliferative signaling, avoid growth suppressors, and potent metastasis potential. What is desirable and ideal in lung cancer chemotherapy is that drugs used only affect cancerous tissue (malignant cells) and have the least toxic effect on healthy cells. One of the important pathways involved in the pathogenesis of cancer is the JAK / STAT signaling pathway, consisting of Janus kinase (JAK) and signal transducers ve activators of transcription (STAT). Flavonoids are thought to have anticancer antithrombotic, antibacterial, antifungal, antiviral and protective properties against cardiovascular diseases. Changes in the chemical structure of molecules can radically alter the biological effects of molecules. The toxic effects of existing chemotherapeutic agents have created a requirement for the synthesis of less toxic but also more effective compounds. The aim of this thesis is to investigate the antiproliferative effects of some newly synthesized flavonoid derived molecules via STAT3 pathway in lung adeno carcinoma cells (A549) and to investigate the mechanisms of STAT3 pathway controlled by these molecules. In this study, after the A549 cells covered the surface of the culture dishes at a rate of 70-80%, SF (serum free medium; serum free) medium was added to the cultures instead of the medium containing 10% FCS. Cells were incubated for 24 hours under these conditions. The newly synthesized flavonoid derivative molecules were then treated with various concentrations (1-100µM). MTT analysis and gene expression analysis with qRT-PCR were performed.As a result, in our study, it has been shown that 5M compound selected among 4 synthetically produced flavonoid derivative compounds has antiproliferative effect at 50µM, 75µM and 100µM concentrations in A549 cell line. It was concluded that the antiproliferation effect did not take place via the JAK / STAT signal pathway, but it could be possible through other signal pathways as MAPK. 78

Alzheimer hastalığı (AH) çok yönlü nörodejeneratif bir bozukluk olup, çoğunlukla nörofibriler yumak ve senil plakların eşlik ettiği beyin hasarı ile karakterizedir. Yapılan çalışmalar hipergliseminin oksidatif stres, mitokondriyal disfonksiyon, inflamasyon ve eksitotoksisitenin AH'nın başlaması ve ilerlemesine aracılık ettiğini göstermiştir. Günümüzdeki tedavi rejimleri, AH'da görev alan çoklu mekanizmaları baskılayamamaktadır. Endokannabinoid sistem, nöronal plastisiste, nöroinflamasyon, nörodejenerasyon, sirkadyan ritim ve redoks homeostazı gibi birçok fizyolojik süreçte görev almaktadır ve AH patogenezine karşı etkili olabileceği bildirilmiştir. Bu nedenle, bu tez çalışmasında endokannabinoid araşidoniletanolamid (AEA) ve 2-araşidonilgliserol (2-AG), sentetik kannabinoid CP 55940 ve WIN 55,212-2 ve yağ asidi amid hidrolaz (FAAH) enzim inhibitörü URB 597 bileşiklerinin, primer hipokampal nöronlarında hiperglisemi ve oligomerik amiloid beta peptid (Aβ1-42) ile oluşturulan nörotoksik modeldeki nöroprotektif özellikleri araştırılmıştır. Bu amaçla, hücreler artan konsantrasyonlarda (1 nM- 1 μM) kannabinomimetiklerle 6 saat boyunca muamele edildikten sonra 150 mM GLU (24 saat) ve takiben 500 nM Aβ1-42 (24 saat) ile inkübe edilmiştir. Hücre canlılığı, hücre içi reaktif oksijen türevleri (ROS), Aβ düzeyleri, mitokondri membran potansiyeli (ΔΨm), antioksidan enzim aktiviteleri (SOD, CAT, GPx, GRx), oksidatif-nitrozatif stres son ürünleri (AGE, HNE ve 3-NT), inflamatuvar belirteçler (iNOS, IL-1β ve TNF-α) ve antioksidan (p-Nrf2), nörogenez (p-CREB) ve metabolik (p-GSK3β) proteinlerin düzeyleri ölçülmüştür. Kannabinomimetikler Aβ seviyelerini, oksidatif-nitrozatif stres son ürünlerini ve inflamuvar belirteçlerin düzeylerini azaltırken, hücre canlılığını, ΔΨm ve antioksidan enzim aktivitelerini artırmakta, ayrıca p-GSK3β, p-Nrf2 ve p-CREB protein düzeylerinde artış meydana getirmektedirler. Bulgularımız, kannabinoid türevlerinin antioksidan, anti-inflamatuvar ve nöroprotektif etkilerinden dolayı hipergliseminin eşlik ettiği AH'da potansiyel terapötik ajanlar olabileceğini göstermiştir. Alzheimer's disease (AD) is a multifactorial neurodegenerative disorder linked to various mechanisms converging to damage the brain. Senile plaques and neurofibrillary tangles are commonly found in the brains of AD patients. Several studies suggest that hyperglycemia renders oxidative stress, mitochondrial toxicity, inflammation and excitotoxicity, playing all important roles in the onset and progression of AD. Current treatment regimens are unable to counteract the multiple mechanisms involved in AD. The endocannabinoid system (ECS) has been shown to orchestrate several physiological responses such as neuronal plasticity, neuroprotection, anti-inflammatory events, circadian rhythm, redox homeostasis. The multi-targeted effectiveness of the ECS emerges as a potential approach to treat AD. Therefore, herein we investigated the neuroprotective properties of the endocannabinoids arachidonylethanolamide (AEA) and 2-arachidonoylglycerol (2-AG), the synthetic cannabinoids CP 55-940 and WIN 55,212-2, and the fatty acid amide hydrolase (FAAH) inhibitor URB597, on a combined hyperglycemia HG+oligomeric amyloid β peptide (Aβ1-42) neurotoxic model in primary hippocampal neurons. For the experiments, cells were treated with the cannabinoid agents at growing concentrations (1 nM to 1 μM) for 6 h, and then co-treated with 150 mM GLU (24 h), followed by incubation with 500 nM Aβ1-42 (24 h). Cell viability/survival, intracellular levels of reactive oxygen species (ROS), Aβ mitochondria membrane potential (ΔΨm), antioxidant enzyme (SOD, CAT, GPx and GRx) activities, biological products of oxidative-nitrosative stress (AGE and HNE adducts and 3-NT), and endpoints of inflammatory responses (iNOS, IL-1β and TNF-α) and antioxidant (p-Nrf2), neurogenetic (p-CREB) and metabolic (p-GSK3β) protein levels were all quantified. Cannabinomimetics were able to reduce oxidative-nitrosative endpoints and inflammatory markers in a differential manner and promote cell viability, ΔΨm, antioxidant enzyme capacity. Morever, p-Nrf2, p-CREB and p-GSK3β protein levels were increased by cannabinomimetics. According to our findings, cannabinoidomimetics can be considered as potential therapeutic agents against AD concominant with hyperglycemia due to their antioxidant, anti-inflammatory and neuroprotective effects. 167

Biyotinidaz enzimi biyotin vitamini geri dönüştüren bir enzimdir. Biyotin yağların, karbonhidratların ve proteinlerin metabolizmasında önemli rol oynayan karboksilaz enzimlerinin kofaktörü olarak kullanılır. Biyotinidaz enzim eksikliği bu tür enzimlerin aktivitesini azaltarak, otozomal resesif kalıtımlı nörokutanöz bulgulara yol açan metabolik bir hastalığa neden olur. Biyotinidaz eksikliği, vücuda proteine bağlı şekilde alınan biyotinin bağlı olduğu proteinden serbestleşmesinin bozulması sonucu vücutta meydana gelen metabolik değişikliklerin gözlendiği bir hastalık olarakda bilinmektedir. Biyotinidaz eksikliği görülen hastalarda; nöbet, hipotoni, alopesi, eritemli deri lezyonları, gelişme geriliği, konjonktivit, görme ve işitme bozuklukları gibi ketolaktik asidoz ve organik asideminin eşlik edebileceği nörolojik ve kutanöz bulgular ortaya çıkmaktadır. Bu tür hastalara biyotin takviyesi, bu semptomları hafifletilmesine ve bazen tamamen durdurulmasını sağlar. Bu hastalığın, yeni doğan taramalarında tanısı konabilir ve bulgularının ortaya çıkması önlenebilmektedir. Türkiye biyotinidaz eksikliğinin en sık görüldüğü ülkeler arasında olup ve Şanlıurfa bu hastalığın en çok gözlendiği şehirlerarasında yer almaktadır. Bu çalışmada biyotinidaz enzim eksikliği olan çocuklarda Neurokinin A, S-100B ve Resistin moleküllerinin hastalığın patogenezindeki rolünü tespit etmek amacıyla yapıldı. Çalışmada biyotinidaz ezim aktivitesi %10'nun altında olduğu tespit edilen 30 hasta çocuk ve biyonidaz enzim aktivitesi normal seviyede olan 30 sağlıklı çocuktan kan örnekleri alındı. Alınan kan örneklerinden elde edilen serum örneklerindeki Neurokinin A, S-100B ve Resistin seviyeleri ELİSA yöntemiyle incelendi. Yapılan çalışma sonucunda hasta bireylerde Neurokinin A, S-100B ve Resistin seviyelerinin kontrol gurubuna göre anlamlı (P

Akciğer kanseri dünya genelinde hem erkek hem de kadınlarda kanser ölümlerinin birinci nedenleri arasındadır. Son yıllarda çok sayıda klinik çalışmalara rağmen, akciğer kanserinde belirgin bir iyileşme sağlanamamıştır. Kemoterapik ajan olan cisplatin, kanser hücrelerinde gelişimi ilerlemeyi durdurucu etki gösterirken bununla birlikte sağlıklı hücreleri de yok etmektedir. Kemoterapik ilaçlarla birlikte fitoterapik bileşikler kullanılarak antikanser etkinin arttırılması ve yan etkilerinin azaltılmasına yönelik çalışmalar yapılmaktadır. Tıbbi bitkiler sadece terapötik ajan olarak değil, farmakolojik araştırmalar ve ilaç geliştirme için önemlidir. Sunulan çalışmada, akciğer kanserine etkileri araştırılan bitki endemik Sideritis phrygia dır. Böylelikle kemoterapetik ajan olarak kullanılan Cisplatin in akciğer kanseri hücre hattı olan küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (A549) hücrelerinde, etkinliği ve Sideritis phrygia sulu ekstresinin muhtemel koruyucu etkinliği belirlenmeye çalışılmıştır. A549 hücre hattında Sideritis phrygia ekstresinin antikanserojenik etkinliği sitotoksisite ve genotoksisite parametreleriyle araştırılmıştır. A549 hücre hattı üzerine Sideritis phrygia ekstraktlarının en etkin dozunun belirlenmesi amacıyla MTT yöntemi kullanılarak hücre canlılığı belirlendi. A549 hücre hattı üzerine Sideritis phrygia ekstraktlarının sitotoksik olmayan dozları (100 µg/mL kadar olan) bulunmuş ardından genotoksite analizlerine geçilmiştir. Bu tez çalışmasında Sideritis phrygia ekstraktlarının (10 µg/mL ve 1 µg/mL) genotoksik bir hasar oluşturmadığı görülmüştür. Cisplatin uygulanan gruplarda bir genotoksik hasar meydana gelmiştir ve kanser hücrelerinin sağ kalımını ortadan kaldırabildiği çalışmamızla da gösterilmiştir. Cisplatin tarafından oluşturulmuş toksisiteyi engelleme amaçlı Sideritis phrygia ekstraktı nin 100 µg/mL ve 10 µg/mL uygulamalarının etkili olduğu görülmüştür. Uygun doz seçimlerinde cisplatin hem akciğerde hemde diğer dokularda genotoksisitesini azaltmaya yönelik koruyucu tedavilere takviye edici olarak koruyucu etkisinin olduğu düşüncesini desteklemektedir. Mikronükleus frekansları incelendiğinde gruplar arasındaki farklılıklar istatiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Lung cancer is one of the leading causes of cancer deaths in both men and women worldwide. Despite numerous clinical studies in recent years, no significant improvement has been achieved in lung cancer. Cisplatin, a chemotherapeutic agent, has an inhibitory effect on cancer cells and destroys healthy cells as well. Studies are carried out to increase the anticancer effect and reduce the side effects by using phytotherapy compounds together with chemotherapeutic drugs. Medicinal plants are important not only as therapeutic agents, but also for pharmacological research and drug development. In the presented study, the plant endemic Sideritis phrygia is its effects on lung cancer. Thus, the efficacy of Cisplatin used as a chemotherapeutic agent in non-small cell lung cancer (A549) cells, which is a lung cancer cell line, and the possible protective efficacy of Sideritis phrygia aqueous extract were tried to be determined. The anticarcinogenic efficacy of Sideritis phrygia extract in the A549 cell line was investigated by the cytotoxicity and genotoxicity parameters. Cell viability was determined using the MTT method in order to determine the most effective dose of Sideritis phrygia extracts on the A549 cell line. Non-cytotoxic doses (up to 100 µg / mL) of Sideritis Phrygia extracts were found on the A549 cell line, and then genotoxicity analyzes were started. In this thesis study, it was observed that Sideritis phrygia extracts (10 µg / mL and 1 µg / mL) did not cause any genotoxic damage. A genotoxic damage occurred in the cisplatin applied groups, and our study has shown that it can eliminate the survival of cancer cells. It has been observed that 100 µg / mL and 10 µg / mL applications of Sideritis phrygia extracts for the purpose of preventing toxicity caused by cisplatin are effective. In appropriate dose choices, cisplatin supports the idea that it has a protective effect as a supplement to preventive treatments aimed at reducing genotoxicity in both lung and other tissues. When the micronucleus frequencies were examined, the differences between the groups were not found to be statistically significant.

Amaçlar: Malign periferik sinir kılıfı tümörü(MPSKT) teşhis ve tedavisi zor olan agresif bir tümördür. Büyüme inhibitörü geni 2(ING2) apoptozu başlatma, hasarlı DNA onarımı, hücresel yaşlanmayı kontrol etme, hücre proliferasyonu durudurma, kromatinin yeniden düzenlenmesi gibi fonksiyonları olan bir tümör baskılayıcı gendir. Çalışmamızda ING2 ekspresyon düzeyinin MPSKT patogenezindeki rolünü, ekspresyon seviyesi ile klinikopatolojik faktörler arasındaki ilişkiyi ve prognoz üzerindeki rolünü incelemeyi amaçladık.Gereç ve Yöntem: 2000-2019 yılları arasında MPSKT tanısı alan ve ameliyat öncesinde radyoterapi veya kemoterapi almayan uygun 40 hasta seçildi. Hastalarının parafin bloklarından normal ve tümörlü doku örnekleri alındı. Örneklerden RNA izolasyonu yapılarak RT-PCR yöntemi ile ING2 mRNA eskpresyon düzeyleri ölçüldü. Tümörlü ve sağlam dokularda ölçülen ING2 mRNA Delta Ct, Delta-Delta Ct değerleri karşılaştırıldı. 12 hastada ING2 mRNA düzeyi ölçülemediğinden istatiksel değerlendirme 28 hasta üzerinden yapıldı.Bulgular: Tümörlü dokularda ING2 mRNA ekspresyon düzeyinde normal dokuya göre istetiksel olarak anlamlı bir düşüş olduğu izlendi (p=0,008). Buna rağmen cinsiyet, etiyoloji, histopatalojik grade ve sağkalım ile ekspresyon düzeyi arasında herhangi bir istatiksel anlamlı fark veya korrelasyonun bulunmadı.Sonuç: ING2 gen ekspresyonunun tümörlü dokularda normal dokulara göre düşük bulunması ING2 geninin MPSKT'lerinde bir tümör baskılayıcı gen olduğu belirlendi. Bulgulara dayanarak ING2 gen ekspresyon seviyesinin MPSKT gelişimine katkıda bulunabileceği ancak sağkalım ve histopatalojik evre üzerine etkisi olmadığı tespit edildi. Anahtar sözcükler: MPSKT, sarkom, büyüme inhibitörü 2, ekspresyon Aim: Malignant peripheral nerve sheath tumor (MPNST) is an aggressive tumor that is difficult to diagnose and treat. Inhibitor of growth 2(ING2) is a tumor suppressor gene with functions such as initiating apoptosis, damaged DNA repair, controlling cellular aging, halting cell proliferation, and rearranging chromatin. In our study, we aimed to investigate the role of ING2 expression in MPNST pathogenesis, relation with clinicopathological factors and its role in prognosis.Materials and Methods: 40 patients who were diagnosed as MPNST between 2000-2019 and did not receive radiotherapy or chemotherapy before surgery were selected. After that healthy and tumorous tissue samples were retrieved from parafine blocks. By isolating RNA we measured ING2 mRNA expression levels in tumorous and non-tumorous tissue samples with RT-PCR method. ING2 mRNA Delta Ct, Delta-Delta Ct values measured tumorous and non-tumorous tissues were compared. Statistical analysis was performed on 28 patients, since ING2 mRNA level could not be measured in 12 patients.Results: We found out that ING2 mRNA expression levels in tumorous tissues significantly decreased compared to healthy tissues (p=0,008). However, ING2 expression in MPNST was not significantly correlated with other clinical parameters as gender, etiology, histopathological grade and survival.Conclusion: Our results showed that ING2 gene expression level was decreased in tumor tissues compared to normal tissue. Based on the findings, it can be suggested that the level of ING2 gene expression may contribute to the development of MPNST but has no effect on survival and histopathological stage.Keywords: MPNST, sarcoma, Inhibitor of growth 2, expressionThis study was funded by Scientific Research Projects Coordination Unit ofIstanbul University-Cerrahpasa. Project number: TTU-2019-34077 90

Bu çalışmada; bentonit nanopartiküllerinin, zeolit minerallerinden zeolit 4A nanopartiküllerinin ve bunların nanokompozitlerinin melanom hücreleri üzerine etkileri incelendi. Çalışmada insan G361 kutanöz melanom hücre hattı kullanıldı. Uygun sayıda pasajlamalar ile çoğaltılan melanom hücrelerine flasklar içerisinde belirlenen farklı konsantrasyon aralıklarında bentonit ve zeolit 4A nanopartikülleri hem ayrı ayrı hem de nanokompozit olarak uygulanarak 24 saat inkübasyondan sonra MTT viabilite testi ile hücre canlılık ölçümleri yapıldı. Bentonit, zeolite 4A nanopartikülleri ve nanokompozitleri için sitotoksik dozlar ve etkin dozlar (IC50) belirlendi. Ayrıca, hücre lizatlarında ELİSA tekniği ile apoptoz analizi yapılarak kaspaz-3 düzeyleri değerlendirildi. Yapılan analizlerde bentonit ve zeolit 4A nanopartikülleri hem ayrı ayrı hem de nanokompozit formda G361 melanom hücrelerinde doza bağımlı sitotoksik etkiler göstermiştir. Bu iki ajan kompozit halindeyken sinerjik etki göstererek birbirlerinin sitotoksik etkisini potansiyelize ederek her ikisi için gerekli etkin dozların azaltılabilmesine imkan sağlamıştır. Ayrıca, sitotoksisiteye rağmen bu ajanların hücrelerde kaspaz-3 düzeylerini değiştirmediği görülmüştür. Bu da bu ajanlarla görülen sitotoksisitenin nekroz gibi apoptozdan farklı yolaklarla oluştuğunu veya apoptoza giderken kaspaz-3 kaskadını kullanmadığını düşündürmektedir. Bunun aydınlatılabilmesi için daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır. In this study; the effects of bentonite nanoparticles and zeolite 4A nanoparticles and their nanocomposites on melanoma cells were investigated. Human G361 melanoma cell line was used in the study. The viability measurements were made by MTT viability test after 24 hours incubation by applying bentonite and zeolite 4A nanoparticles both separately and as nanocomposite at different concentration ranges determined in flasks to melanoma cells grown by appropriate number of passages. Cytotoxic doses and effective doses (IC50) were determined for bentonite, zeolite 4A nanoparticles and nanocomposites. In addition, the cell lysates were analyzed for apoptosis by ELISA technique and caspase-3 levels were evaluated. In the analyzes, bentonite and zeolite 4A nanoparticles showed dose-dependent cytotoxic effects in G361 melanoma cells both separately and in composite form. These two agents showed a synergistic effect in the nanocomposite state, thereby potentiating the cytotoxic effect of each other, allowing the effective doses needed for both to be reduced. In addition, these agents did not alter caspase-3 levels despite cytotoxicity. This suggests that the cytotoxicity seen with these agents is caused by different pathways than apoptosis such as necosis or that it does not use the caspase-3 cascade when going to apoptosis. Further studies are needed to clarify this.

Shwachman-Diamond sendromu (SDS, OMIM #260400) ekzokrin pankreas disfonksiyonu, iskelet bulguları, kemik iliği yetmezliği, miyelodisplastik sendrom ve lösemi (özellikle akut miyeloid lösemi) için artmış risk ile karakterize otozomal resesif bir hastalıktır. Ribozomopatiler içerisinde kalıtsal kemik iliği yetmezlikleri altında sınıflandırılan klinik olarak heterojen ve tanısı zor olan bu sendrom için son yıllarda yeni genlerde mutasyonlar bildirilerek hastalığın genetik heterojenliği de ortaya konmuştur. Bu çalışmada Türkiye genelinden SDS ön tanısı ile gönderilen hastaların fenotipik ve genotipik bulguları incelenmiştir. Ayrıca SDS fenotipi gösteren fakat bilinen genlerde herhangi bir mutasyon saptanmayan 8 bireye tüm ekzom dizileme (WES) analizi yapılarak etiyolojiye yönelik yeni genlerin bulunması hedeflenmiştir. Yapılan WES analizi sonucunda bir hastada TBXAS1 geninde patojen olduğu in silico olarak belirlenen bir varyant saptanmıştır ve asıl tanının Ghosal hematodiyafizyel sendrom olduğu belirlenmiştir. SDS fenotipinde görülen hemen hemen tüm bulgulara sahip bir hastada ise homozigotluk haritalamasının da yapılmasıyla güçlü bir aday gene ulaşılmıştır. Bu gen mikrotübül ilişkili protein ailesine ait bir protein kodlamakta olup günümüzde insanlarda herhangi bir fenotip ile ilişkilendirilmemiştir. Yine SDS fenotipi ile uyumlu bir hastada ekzositozda görevli olduğu bilinen bir gende nadir nonsense bir değişiklik saptanarak olası başka bir aday gene ulaşılmıştır. Kalan 5 hastada ise homozigot ve bileşik heterozigot filtrelemeler ile saptanan varyantlardan herhangi bir aday gene ulaşılamamıştır. Heterozigot varyant filtrelemesi ise devam etmektedir. Sonuç olarak çalışma hedefi olan yeni genlerin bulunmasına yönelik ilk basamak gerçekleştirilerek güçlü aday genler belirlenmiştir. Bu genlere yönelik fonksiyonel çalışmaların yapılması etiyolojinin aydınlatılmasına önemli katkı sağlayacaktır. Shwachman-Diamond syndrome (SDS, OMIM #260400) is an autosomal recessive disorder characterized by exocrine pancreatic dysfunction, skeletal manifestations, bone marrow failure, increased risk for myelodysplastic syndrome and leukemia (especially acute myeloid leukemia). SDS is classified under hereditary bone marrow failure among ribosomopathies. Recently mutations in new genes have been reported for this syndrome and genetic heterogeneity of the disease which is also clinically heterogeneous, has been demonstrated. In this study, phenotypic and genotypic findings of patients who have SDS preliminary diagnosis was examined. Besides it was aimed to find new genes for etiology by performing whole exom sequencing (WES) analysis in 8 individuals who had SDS phenotype but no mutation was detected in known genes. As a result of WES analysis, a variant which was identified as pathogenic in silico in TBXAS1 gene (causes Ghosal hematodiaphyseal syndrome) was detected in one patient. In another patient with almost all findings of SDS phenotype, a strong candidate gene was revealed by WES analysis and homozygote mapping. This gene encodes a protein of the microtubule-associated protein family and is not currently associated with any phenotype in humans. And a rare nonsense change was detected in a gene which associated with exocytosis in the third patient compatible with SDS phenotype and so another possible candidate gene was revealed. In the remaining 5 patients, no candidate gene was identified from the variant tables by homozygote and compound heterozygote filtration. As a result, strong candidate genes were determined by performing WES as the first step to find new genes that are the aim of this study. Functional studies of these genes will contribute to the elucidation of the etiology and also disease pathogenesis. 151

Son yıllarda, beyaz yağ doku (BYD) ve kahverengi yağ dokudan (KYD) farklı olarak yeni bir yağ doku (bej yağ doku) tipinden de bahsedilmektedir. Bej hücreler KYD gibi termogenez yeteneğine sahiptir. Çeşitli uyaranlara yanıt olarak bej yağ hücreleri `kahverengileşme` adlı bir süreç ile BYD'de gelişebilmektedir. Bu yüzden yeni potansiyel uyaranlarla BYD kahverengileşmesi sağlanarak obezite ve ilişkili hastalıkların önlenmesi son yıllarda yoğun bir biçimde çalışılmaktadır. Taurinin vücutta bir çok fizyolojik görevinin olmasının yanı sıra obezite ve ilişkili metabolik bozukluklar üzerinde faydalı etkileri bulunmaktadır. Bu nedenle, çalışmamızda taurin takviyesinin BYD kahverengileşmesi ve obeziteyi azaltma üzerinde etkilerinin olup olmadığını araştırmayı amaçladık.Otuz iki erkek C57BL/6 fare çalışma için kullanıldı. Fareler kontrol, kontrol + taurin, yüksek yağlı diyet (YYD), YYD + taurin olmak üzere 4 gruba ayrılarak 20 hafta boyunca beslendi. Taurin içme suyu içinde (% 5) verildi. Farelerden epididimal BYD örnekleri alındı ve bu dokulardan RNA izolasyonu yapıldı. FLCN, mTOR, TFE3, PGC-1α, PGC1-1β, AMPK, S6K ve UCP1 gen ifadeleri real-time PCR ile belirlendi. Taurin takviyesi YYD ile indüklenen obeziteyi azalttı. Hiçbir grupta UCP1 ifadesi tespit edilmedi. YYD grubu ile YYD + taurin grupları arasında hiçbir gen ifadesi yönünden istatistiksel olarak anlamlı fark yoktu. PGC-1α, PGC-1β ifadeleri hem YYD hem de YYD + taurin gruplarında azaldı. Sonuç olarak, bu çalışmada, taurin YYD ile beslenen farelerde obeziteyi azalttı, fakat epididimal BYD kahverengileşmesini etkilemedi. In recent years, a new type of adipose tissue (beige adipose tissue) has been mentioned, unlike white adipose tissue (WAT) and brown adipose tissue (BAT). Beige cells are capable of thermogenesis like BAT. In response to various agents, beige cells can develop within WAT through a process called `browning`. Therefore, the prevention of obesity and related diseases by providing WAT browning with new potential agents has been extensively studied in recent years. Taurine has many physiological functions in the body and has beneficial effects on obesity and related metabolic disorders. For this reason, we aimed to investigate whether taurine supplementation has effects on browning of WAT and attenuating obesity.Thirty-two male C57BL/6 mice were used for the study. Mice were divided into 4 groups as control, control + taurine, high fat diet (HFD) and HFD + taurine, and fed for 20 weeks. Taurine was given in drinking water (5%). Epididymal WAT samples were obtained from mice and RNA was extracted from these tissues. Expression levels of FLCN, mTOR, TFE3, PGC-1α, PGC1-1β, AMPK, S6K and UCP1 genes were measured by real-time PCR.Taurine supplementation reduced HFD-induced obesity. No UCP1 expression was detected in any of the groups studied. Any of the gene expressions were not significantly different between HFD and HFD + taurine groups. Reduced PGC-1α and PGC-1β expressions were observed in both HFD and HFD + taurine groups.In conclusion, taurine reduced the obesity in HFD fed mice, but had no effect on browning of epididymal WAT in this study. 95

Glioblastom (GB) son derece invazif karaktere sahip malign bir beyin tümörüdür. Glioblastom hastaları ortalama 12-15 ay arası yaşamlarını sürdürebilmektedir. Dolayısıyla hastalığa erken tanı konulabilmesi büyük önem arz etmektedir. Çeşitli hastalıklarda erken tanıda biyobelirteç olarak otoantikor çalışmaları olumlu sonuçlar vermektedir. Fakat hasta serumlarında otoantikor araştırmaları, kanserde bilinen proteinlere karşı sürdürülmektedir. Bu doğrultuda, kanser hasta serumlarında yapılan bir çalışmada da p53 otoantikorlarına rastlanılmıştır. Ancak, yeni otoantijenlerin saptanabileceği otoantikor taramaları rapor edilmemiştir. Bu çalışmada, gliom hastalarının tümör dokusunda ve tümör barındırmayan epilepsi (kontrol) olgularında otoantikor-otoantijen etkileşimi araştırılmıştır. Serum ile etkileşimine bağlı olarak otoantijenin GB'lere özgü bir profil sergilediği tespit edilmiştir. Bu kapsamda, proteomiks çalışmaları ile GB'lerde ekspresyon düzeyi yüksek olan proteinler belirlenip, immünhistokimya ve western blot yöntemleri ile protein düzeyi doğrulanmıştır. En yüksek skorlu proteinlere yönelik immünpresipitasyon ve immünfloresan çalışmaları ile yüksek gradlı gliomlarda, solüt taşıyıcı proteinlerden SLC3a2'ye karşı otoantikor etkileşiminin varlığı saptanmıştır. Bu çalışma, yüksek gradlı gliomlarda diyagnostik ve prognostik öneme sahip SLC3a2 otoantikorlarının varlığını, ve SLC3a2 etkileşiminin yüksek gradlı gliom ile düşük gradlı gliom hasta serumlarından ayırt edilebilecek şekilde gerçekleştiğini göstermiştir. Ayrıca GB'lerde SLC3a2'nin büyük oranda fosforile olduğunu ve serum etkileşiminin özgün bir şekilde diğer yüksek gradlı gliomlardan farklılık gösterdiğini ortaya koymuştur. Klinik olarak incelendiğinde, GB hastalarında SLC3a2 otoantikor reaktivitesi ile sağ kalım süreleri arasında pozitif korelasyon saptanmıştır (p=0.043; R=0.517). Glioblastoma (GB) is a malignant brain tumor with an extremely invasive character. The median survival is only 12-15 months for glioblastoma patients. Therefore, early diagnosis of the disease is of great importance. The autoantibody studies give promising results as a biomarker in early diagnosis of various diseases. However, autoantibody studies using patient sera are carried out against proteins already known in cancer. On this basis, p53 autoantibodies were found in a study conducted in cancer patient sera. To date, investigation of autoantibodies to detect new autoantigens have not been reported yet. In this study, the autoantibody-autoantigen interaction was investigated both in tumor tissue of glioma patients and in epilepsy (control) cases. It has been detected that the autoantigen exhibits a GB specific profile due to its interaction with the serum. In this context, proteins with high expression levels in GBs were determined by proteomics studies. Additionally, the protein level was confirmed by immunohistochemistry and western blot methods. Immunoprecipitation and immunofluorescence studies against highly expressed proteins revealed the presence of autoantibody interaction against SLC3a2, one of the solute carrier proteins, in high grade gliomas. The SLC3a2 interaction in high grade glioma patient sera was distinguishable from low grade glioma patient sera. Therefore, this study indicated that SLC3a2 autoantibodies have diagnostic and prognostic significance in high grade gliomas. It is demonstrated that the SLC3a2 is highly phosphorylated in GBs. Furthermore, the serum interaction uniquely differs between GBs and other high grade gliomas. In clinical aspect, a positive correlation was found between SLC3a2 autoantibody reactivity and survival of GB patients (p = 0.043; R = 0.517). 81

Daha sonra doldurulacaktır. Daha sonra doldurulacaktır. 0

Yaşlıklıkta çeşitli nedenlerle sınırlı seviyede sıvı alımı ve yaşanan sıvı kayıpları önemli sağlık sorunlarına neden olabilmektedir. Bu durum yaşlılarda ölüm gibi ağır sonuçlara varacak riskleri barındırmaktadır. Araştırma evde yaşayan yaşlı bireylerin sıvı alım durumları ve etkileyen faktörleri belirlemek amacıyla tanımlayıcı-ilişkisel türdedir. Araştırmanın örneklemini Kırşehir il merkezinde ikamet eden ve evinde yaşayan 98 yaşlı birey oluşturmuştur. Veriler sayı, yüzde, ortalama olarak özetlenmiş değerlendirmelerde sıvı açığı miktarı ve etkileyen faktörler arasındaki ilişki Pearson Korelasyon analizi, Spearman korelasyon analizi ve Ki Kare analizi kullanılarak incelenmiştir. Araştırmaya katılan bireylerin günlük ortalama sıvı alım miktarlarının 1721,4±478,6 ml. olduğu ve 89 bireyin (%90,8) ise günlük almaları gereken miktardan daha az sıvı aldıkları tespit edilmiştir. Ayrıca bireylerin depresyon seviyeleri ve günlük yaşam aktivitelerinde başkalarına olan bağımlılıkları ile sıvı açığı düzeyleri arasında pozitif yönlü ve anlamlı bir ilişkiye rastlanmıştır. Son olarak bireylerin yaş gruplarına, eğitim düzeylerine ve birlikte yaşadıkları kişi durumuna göre günlük sıvı tüketim düzeyleri incelendiğinde anlamlı bir farklılık bulunmuştur. Yaşlıların özellikle sıvı alım durumları ile etkileyen faktörler yönünden izlenmesi ve yeterli sıvı tüketim alışkanlığının kazandırılmasının önemli olduğu sonucuna ulaşılmıştır.Anahtar Kelimeler: Yaşlılar, su tüketimi, dehidrasyon. Limited fluid intake and loss of fluid can cause important health problems for a variety of reasons. This situation carries risks that may have serious consequences such as death in the elderly. The research is descriptive-relational in order to determine the fluid intake of elderly people living at home and the factors affecting them. The sample of the study consisted of 98 elderly individuals living in Kırşehir city center and living in their home. The data were summarized as number, percentage, and mean, and the relationship between the amount of fluid deficit and the influencing factors was analyzed using Pearson Correlation analysis, Spearman correlation analysis and Qui-square analysis. The average daily fluid intake of the individuals participating in the study was 1721.4 ± 478.6 ml. and 89 individuals (90.8%) consumed less fluid than they should take daily. In addition, a positive and significant relationship was found between individuals' depression levels and their dependence on others in their daily life activities and their fluid deficit levels. It was concluded that it is important to monitor the elderly especially in terms of fluid intake and factors affecting them, and to gain sufficient fluid consumption habits.Keywords: Aged, water consumption, dehydration. 106

Pankreas kanseri, agresif ve malign özelliği yüksek olan, erken tanısının zor olması ve hızlı metastaz kabiliyeti ile ölüm oranı yüksek olan bir kanser türüdür. Diğer kanser türlerinde olduğu gibi pankreas kanserinde de kemoterapik ve radyoterapik uygulamalar, kanser hücrelerinde oluşan direnç mekanizması tedaviyi başarısız kılmaktadır. Son yıllarda klinik olarak kullanılan platin bazlı antikanser ilaçlara alternatif, yeni kemoterapötik metal bazlı komplekslerin keşfedilmesine yönelik araştırmalar, büyük ilgi görmektedir. Çalışmamızda kimyasal araştırma grubu tarafından yeni sentez edilen platin (II) sakkarinat kompleksinin (trans[Pt(sac)2(pph2cy)2]) PANC-1 pankreas kanseri hücreleri üzerindeki sitotoksik/apoptotik etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Amacımız doğrultusunda yeni sentez platin (II) sakkarinat kompleksinin (trans-[pt(sac)2(pph2cy)2]) sitotoksik etkisini belirlemek için MTT ve SRB testi yapılmış, 24 ve 48 saatler için IC50 ve IC90 değerleri hesaplanmıştır. Ayrıca flow sitometrisi yöntemi ile 12 ve 24 saatler için Anneksin V, Kaspaz 3/7, mitokondri membran potansiyeli ve oksidatif stres parametrelerine bakılarak hücre ölüm metodu değerlendirilmiştir. Çalışmamız sonucunda yeni sentez platin (II) sakkarinat kompleksinin (trans-[Pt(sac)2(pph2cy)2]) PANC-1 hücreleri üzerinde gösterdiği apoptotik ve sitotoksik etkileri nedeniyle pankreas kanseri tedavisinde ümit vaadedici bir antikanser ajan olarak değerlendirilebileceği düşünülmüştür. Pancreatic cancer is a type of cancer that has high aggressive and malignant features, has a high early mortality rate and rapid metastasis, and a high mortality rate. As with other types of cancer, chemotherapeutic and radiotherapeutic applications in pancreatic cancer, the resistance mechanism formed in cancer cells make the treatment unsuccessful. Researches on the discovery of new chemotherapeutic metalbased complexes, which are alternative to platinum-based anticancer drugs, which have been used clinically in recent years, are of great interest. In our study, it was aimed to investigate the cytotoxic / apoptotic effect of the newly synthesized platinum (II) saccharinate complex (trans- [Pt (II) 2 (pph2cy) 2]) on PANC-1 pancreatic cancer cells. In line with our aim, MTT and SRB tests were performed to determine the cytotoxic effect of the new synthesis platinum (II) saccharinate complex (trans- [Pt (II) 2 (pph2cy) 2]) and IC50 and IC90 values were calculated for 24 and 48 hours. In addition, cell death method was evaluated by looking at Anneksin V, Caspase 3/7, mitochondrial membrane potential and oxidative stress parameters for 12 and 24 hours with flow cytometry method. As a result of our study, it was thought that the new synthesis platinum (II) saccharinate complex (trans- [Pt (II) 2 (pph2cy) 2]) can be evaluated as a promising anticancer agent in the treatment of pancreatic cancer due to its apoptotic and cytotoxic effects on PANC-1 cells. 67

Kolorektal kanser (CRC), dünyada kanser bağlantılı ölümlerin ana nedenlerinden birisidir. Gaitada gizli kan testi ve görüntüleme tekniği olarak esnek sigmoidoskopi ile CRC tespit edilmektedir. Maalesef bu tekniklerin bazı kısıtlamaları bulunmaktadır; gaitada gizli kan testinin duyarlılığı düşüktür ve esnek sigmoidoskopinin incelenmesi için ucu ışıklı bir hortumla kalın bağırsağın makattan itibaren yaklaşık 60 cm lik kısmının taranması hasta açısından zorluklar yaratmaktadır. Eksozomlar, salındığı hücre orijinine bağlı olarak protein, lipit, mRNA, miRNA'lar içeren yaklaşık 100 nm'lik küçük membran keseciklerdir. Kan, idrar, hücre/doku lizatları gibi pek çok vücut sıvısından elde edilebilen eksozomlar; hücreler arası iletişim, sinyal iletimi, genetik materyal transferi ve immünolojik yanıtın düzenlenmesi gibi farklı biyokimyasal süreçlerde görev almaktadır. Birçok miRNA'nın kanser dokularında yüksek ekspresyon göstermesi, onları teşhis ve hastalığın seyrinin belirlenmesinde oldukça önemli kılmaktadır. Eksozomal miRNA'lar potansiyel kanser belirteçleri olarak büyük ilgi çekmektedir. Yapılan bu tezin amacı, sağlıklı ve HT-29 kolon kolorektal karsinom hücrelerinden eksozomal miRNA'ların qRT-PCR ile ekspresyon seviyelerinin belirlenmesi ve geleneksel kolon kanseri teşhisine alternatif, pratik ve hassas bir sıvı biyopsi tekniği önermektir. Ancak hem yapılan deneysel verilerin hem de hasta sayısının az olması sebebiyle miR-19a-3p, miR-21 ve miR-1246'nın kolorektal kanser tanısında kullanılabilmesi için daha kapsamlı bir araştırma yapılması gerektiği sonucuna varılmıştır. Colorectal Cancer (CRC) is one of the causes of cancer and cancer-related deaths in the World. CRC is detected by occult blood test and which of imaging techniques as flexible sigmoidoscopy. Unfortunately, these techniques have some limitations; the sensitivity of occult blood test is low and the screening of a portion of the intestinal caudate about 60 cm long is difficult for the patient to illuminate the flexible sigmoidoscopy. Exosomes are small membrane vesicles about 100 nm for protein, lipid, mRNA, miRNA, depending on the cell culture released. Exosomes that can obtain many body fluids such as blood, urine, cell/tissue lysates; intercellular communication, signal transduction, genetic material transfer, and different biochemical processes. The high expression of many miRNAs in cancer tissues makes them very important in the identification of the diagnosis and the course of the disease. Exosomal miRNAs are of great interest as potential cancer biomarkers. This thesis aims to propose an alternative, practical and sensitive fluid biopsy technique to identify expression levels of exosomal miRNAs in healthy and HT-29 colon colorectal carcinoma cells by qRT-PCR and to diagnose traditional colon cancer. However, it was concluded that more comprehensive research should be conducted to use miR-19a-3p, miR-21 and miR-1246 in the diagnosis of colorectal cancer due to both experimental data and the low number of patients. 81

Kanser, hücrenin düzensizce bölünerek işlevsizleşmesine neden olan, çeşitli genetik değişikliklerden kaynaklanan bir hastalık adıdır. Glioblastoma multiforme (GBM) en sık görülen birincil insan beyin tümörü formlarındandır ve oldukça invaziftir. Kondrosarkom, kıkırdak dokusu oluşturan kondrositlerden köken almaktadır ve kemik kanserleri arasında en sık görülen ikinci malign tümör tipini oluşturur. Mezotelyoma; akciğer, kalp ve karın zarında gelişen, nadir görülen ancak oldukça öldürücü bir kanser türüdür. Geleneksel kanser tedavilerine karşı yanıtı oldukça düşük olan glioblastoma, kondrosarkoma ve mezotelyoma için bilinen etkili bir tedavi yöntemi henüz bulunmamaktadır. Zingeron, zencefil (Zingiber officinale) bitkisinde bulunan bir biyoaktif fenolik bileşiktir. Zingeronun başka kanser hücreleri üzerinde etkilerini inceleyen çalışmalar olmasına karşın, glioblastoma (YKG-1), kondrosarkoma (OUMS) ve mezotelyoma (H2452) hücre hatları üzerine etkileri yeterince araştırılmamıştır. Bu tezin amacı; in vitro koşullar altında zingeronun YKG-1, OUMS ve H2452 hücre hatları üzerindeki sitotoksisitesini MTS ile tespit etmek, DNA fragmantasyon deneyi aracılığıyla gözlenen ölümlerin apoptotik ölüm olup olmadığını değerlendirmek, yara iyileştirme ve koloni oluşturma deneyleriyle hücrelerin invazyon ve metastaz yeteneklerindeki değişim hakkında fikir sahibi olmak ve hücrelerin toplam antioksidan protein miktarındaki değişimi DPPH (2,2-Diphenyl-1-picrylhydrazyl) süpürme deneyi ile ortaya koymaktır. Sonuç olarak; YKG-1, OUMS ve H2452 için zingeronIC50 değerleri sırasıyla 17,825 mM, 15,875 mM ve 12,96 mM olarak belirlenmiş ve her hücre tipi için hesaplanan değerler arasında istatistiksel bir fark bulunmamıştır (p>0.05). Her üç hücre için de 24, 48, 72 ve 96 saatlik zingeron muamelesinin DNA fragmantasyonuna neden olmadığı gözlenmiş, ancak zingeron ile muamele edilmiş hücrelerin yara iyileştirme hızının etanol ve kontrole göre önemli bir biçimde azaldığı sonucuna ulaşılmıştır (p 0.05). It was observed that 24, 48, 72 and 96 hours of zingeron treatment did not cause DNA fragmantation for all three cells, but the wound healing rate of the zingeron treated cells decreased significantly compared to ethanol and control (p

Araştırma kronik hastalığı olan yaşlılarda vitamin ve biyoelementlerin kullanım sıklığı, kullanım özellikleri ve bu özellikler üzerine sosyodemografik değişkenlerin etkisini belirlemek amacıyla tanımlayıcı, kesitsel türde yapılmıştır. Araştırmanın örneklem grubunu Kırşehir il merkezinde bulunan bir Aile Sağlığı Merkezi'nde kayıtlı 260 yaşlı birey oluşturmuştur. Veriler sayı, yüzde ve ortalama olarak özetlenmiş, değerlendirmelerde Ki-kare analizi kullanılmıştır. Çalışmaya katılan yaşlı bireylerin yaş ortalaması 69,0±3,83 olup %51,2'si kadındır. Yaşlıların %32,3'ü vitamin ve biyoelementleri, %12,3'ü biyoelementleri, %20,0'ı ise vitaminleri kullanmaktadır. Yaşlıların kullandıkları biyoelementler sırasıyla Kalsiyum (%4,7), Magnezyum (%3,1), Demir (%1,5), ve Çinko (%1,5)dur. Yaşlıların kullandıkları vitaminler ise sırasıyla C vitamini (%8,8), D vitamini (%6,2) ve B12 vitaminidir (%5,0). Yaşlıların %12,5'i biyoelementleri, %13,8'i ise vitaminleri reçetesiz kullanmaktadır. Vitamin ve biyoelementleri kullanan bu yaşlıların %18,5'i hastalıklardan korunmak, %13,8'i ise hastalıkların tedavisi için kullanmaktadır. Sağlık personeline danışarak vitamin ve biyoelementleri kullanma oranı yaşlılarda %23,1'dir. Çalışmaya katılan yaşlı bireylerde; kadın cinsiyetinde, bekar olanlarda, hayatının uzun bir bölümünü ilçe, kasaba, köyde geçirenlerde, sağlık durumunu kötü algılayanlarda, herhengi bir işte çalışmayanlarda, sağlık kurumuna ulaşımda sorun yaşamayanlarda biyoelement kullanma oranları yüksek olarak belirlenmiştir (p

Polikistik over sendromu (PKOS), üreme çağındaki kadınlarda sıklıkla görülen ve yumurtlama sorunlarına bağlı infertilitenin en önemli nedeni olan endokrin ve metabolik düzensizliktir. PKOS'un nedenleri tam anlaşılmamakla birlikte, sendromda folikülün ve yumurtanın tam olarak olgunlaşamadığı, sonucunda kistik foliküllerin yumurtalık içerisinde biriktiği ve metabolik düzensizlikleri beraberinde getirdiği bilinmektedir. Yumurta hücresi kümülüs granüloza hücreleri (KGH) ile çevrelenmiş durumdadır. Bu hücreler folikül içeriğini düzenlemekten ve steroid hormonların salgılanmasından sorumlu olan mural granüloza hücreleri (MGH) ile birlikte folikülü oluşturmaktadır.Bu çalışmada aynı öncül hücreden köken alan (öncül granüloza hücreleri) bu iki somatik hücre grubu arasında PKOS'ta değişiklik gösteren mRNA ve miRNA ifadeleri incelenmektedir. Tez kapsamında literatürde bulunan bağımsız mikrodizin verileri naiv meta-analiz yöntemi ile analiz edilmiş, daha önceki çalışmada PKOS-kontrol grupları arasında MGH'lerde ifade farklılığı gösteren miRNA ifadeleri PKOS grubunda MGH-KGH sınıfları arasında araştırılmış ve mRNA-miRNA ilişkisinden yola çıkılarak PKOS'ta rol oynadığı bilinen yolakların bu iki hücre grubu arasındaki ifade düzensizlikleri araştırılmıştır.Tez çalışması sonucunda daha önce PKOS ile ilişkisi tespit edilmiş 7 miRNA'dan 5 tanesinin MGH-KGH sınıfları arasında ifade farklılığı gösterdiği tespit edilmiştir. Bu miRNA'lara ait potansiyel hedefler biyoinformatik olarak tespit edilmiş, naiv meta-analiz sonucunda PKOS-spesifik olarak ifade farklılığı gösterdiği tespit edilen 1372 gen ile kesiştirilerek ortak bir mRNA listesi elde edilmiştir. Ortak liste ile yapılan yolak analizleri sonucunda genlerin literatürde PKOS ile ilişkilendirilmiş MAPK, insülin, Wnt, TGF-β gibi yolaklarda zenginleştiği tespit edilmiştir. Elde edilen veriler miRNA ve mRNA moleküllerinin yumurta mikroçevresindeki bu somatik hücrelerde değişen ifadelerinin, yumurta-folikül olgunlaşmasını etkileyerek PKOS'un gelişiminde rol oynayabileceğini göstermektedir. Polycystic ovary syndrome (PCOS) is an endocrine and metabolic disorder which is the most common cause of infertility due to ovulation problems. Although the causes of PCOS are not fully understood, it is known that the follicle and oocyte do not fully mature in the syndrome, as a result cystic follicle accumulate in the ovary and cause metabolic disorders. The oocyte is surrounded by the cumulus granulosa cells (CCs), which are responsible for regulating follicle content and secreting steroid hormones, and the mural granulosa cells (MGCs).In this study, mRNA and miRNA expressions were identified between these two somatic cell groups originating from the same precursor cell (precursor granulosa cells) in PCOS. The independent microarray data in the literature were analyzed by naive meta-analysis method. Also, the expression profiles of miRNAs, which had been identified in our previous study between PCOS-control groups in MGCs, between MGCs and CCs in PCOS were identified. In addition, pathway dysregulations in PCOS between these somatic cells were investigated based on the mRNA-miRNA relationship.As a result of this thesis, it was identified that 5 of 7 miRNAs that were previously associated with PCOS showed expression differences between MGC-CC classes. Potential targets of these miRNAs were bioinformatically identified, and a common list of mRNAs was obtained by crossing with 1372 PCOS-specific genes which were identified from naive met-analysis. As a result of the common list pathway analysis, genes were found to be enriched in pathways such as MAPK, insulin, Wnt, TGF-β, which were related with PCOS in the literature. The data obtained show that changing expressions of miRNA and mRNA molecules in these somatic cells in the oocyte microenvironment may play a role in the development of PCOS by affecting oocyte-follicle maturation. 116

Pankreas kanseri genellikle hastalığın son evrelerinde belirti veren sinsi bir hastalıktır.Bununla birlikte günümüzün en ölümcül 4. kanser türü olarak bilinmektedir.Kemoterapi tedavisi sonrasında hücrelerin kazandığı direnç kanser ölümlerinin başlıcasebeplerinden biridir. Bu sebeple, birçok kanser türünün yanı sıra, pankreas kanseritedavisine yönelik yeni ilaç ve tedavi stratejileri bulmak amacıyla birçok çalışmayapılmaktadır. Sakkarin türevli bileşiklerin kanser tedavisinde umut verici etkilerindendolayı geliştirilerek ilaç olarak kullanılabilir olması ön görülmektedir. Tatlandırıcıolarak kullanılmakta olan sakkarin (sacH), yapısındaki birden fazla verici ucuyla çokyönlü ve ilginç bir liganttır. Dolayısıyla bu tez çalışmasında, yeni sentezlenen sakkarintürevli bir bileşiğin (MP2) insan pankreas kanseri hücre hattı (Panc1) üzerinesitotoksik etkisi araştırılmıştır. Sakkarin türevli bileşiğin hücre canlılığı üzerineetkileri SRB canlılık testi ile incelenmiştir. MP2 bileşiğinin belirlenen dozlarındakihücre ölüm mekanizmasının belirlenmesi için akım sitometrisi kullanılmıştır.Sonuç olarak, yeni sentezlenen sakkarin türevli bileşiğin Panc1 hücre hattında hücreölümünü tetiklediği bulunmuştur. MP2 bileşiğinin pankreas kanserinde tedaviseçeneği olabileceği öngörüsüyle farklı deneylerin yapılması ve farklı kanser türleriüzerinde de in vitro deneylerin yapılması gerektiği sonucuna varılmıştır. Pancreatic cancer is an insidious disease that usually presents in the late stages of thedisease. However, it is known as the 4th deadliest cancer type today. Cell resistancegained after chemotherapy treatment is one of the main causes of cancer deaths.Therefore, many studies have been conducted to find new drugs and treatmentstrategies for pancreatic cancer treatment as well as many types of cancer. It isenvisaged that saccharin derived compounds can be developed and used as medicinesdue to their promising effects in cancer treatment. Saccharin (sacH), used as asweetener, is a versatile and interesting ligand with multiple donor tips in its structure.Therefore, in this thesis study, the cytotoxic effect of a newly synthesized saccharinderived compound (MP2) on human pancreatic cancer cell line (Panc1) wasinvestigated. The effects of saccharin-derived compound on cell viability wereinvestigated by SRB viability test. Flow cytometry was used to determine the cell deathmechanism at the determined doses of the MP2 compound.As a result, the newly synthesized saccharin derived compound was found to triggercell death in the Panc1 cell line. It was concluded that different experiments should beperformed and in vitro experiments should be performed on different types of cancerwith the assumption that MP2 may be a treatment option in pancreatic cancer 53

Hücre dışı matriks (ECM) yapısı hücreleri mekanik kuvvetlere karşı bir arada tutarak dokulara yapısal destek kazandırır. Doku hasarı sonucunda ECM'de başta kolajenler olmak üzere geri dönüşüşüz yapısal protein birikimi gözlenen patoloji fibrozis olarak isimlendirilir. Fibrozisin iskelet kası veya çeşitli diğer organlarda gerçekleşmesi geri dönüşümsüz işlev kaybına yol açmaktadır. Fibrozis sürecinde görev alan düzenleyici proteinlerin aydınlatılması, bu patolojik sürecin yavaşlatılmasına yönelik önemli hedefler ortaya koyabileceği düşünülmektedir. Adipocyte Enhencer Binding Protein 1 / Aortic Carboxypeptidase Like Protein (AEBP1/ACLP) mutasyonları insanlarda daha esnek ve hasara açık bağ dokusu ile karakterize Ehlers-Danlos Sendromu ile ilişkisi bulunmuş ve bu proteininin kolajen organizasyonu ile ilişkili olabileceği düşünülmüştür. Hücre farklıaşması ve fibrozis sürecinde ifadesinin arttığı bilinen AEBP1/ACLP'nin ECM olgunlaşması sürecinin bir düzenleyicisi olabileceği düşünülmektedir. İşlevi tam olarak bilinmeyen AEBP1/ACLP proteinin işlevsel ortaklıkları hakkında bilgiler de sınırlıdır. Protein-protein etkileşimlerinin yüksek ölçekli genom bilim araçları ve biyoinformatik analizlerle aydınlatılması proteinlere işlev atfetmek için önemli bir yaklaşımdır. Bu tez çalışmasında protein-protein etkileşimlerinin keşfi için kullanılan `Proximity-Proteomics` teknolojisi için gerekli deneysel araçların üretilmesi ve biyoinformatik yöntemlerle iskelet kasına ait transkriptom ve proteom verilerinde AEBP1/ACLP proteinini ifadesine yönelik veri madenciliği çalışmalarının yapılması planlanmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda AEBP1/ACLP'nin çevresindeki proteinlere kimyasal etiket ekleyebileceği deneysel araçlar hazırlanmıştır. Biyoinformatik analizlerle in vitro ve in vivo deneylerde matrizom proteinlerinin ifadesi transkriptom ve proteom düzeylerinde incelenmiştir. Farklı hücre gruplarında ve doku hasarlarında üretilen matrizom, kolajenler başta olmak üzere karşılaştırmalı şekilde analiz edilmiş, ifadesi ortak ve ayrılan gen listeleri elde edilmiştir Extracellular Matrix (ECM) is the mechanical supportive structure for cells and tissues. Chronic damage may cause loss of ECM integrity that may result in fibrosis which is the progressive and irreversible accumulation of ECM proteins such as collagens. Fibrosis leads to loss of function in tissues and organs where it may develop likewise the skeletal muscle. Understanding the key regulators of this process may help to stop the progressive detorioration. Mutations in the Adipocyte Enhencer Binding Protein 1 / Aortic Carboxypeptidase Like Protein (AEBP1/ACLP) gene have been associated with Ehlers-Danlos Syndrome, characterized with increased elasticity in connective tissues that are vulnerable to physical damage. These findings point to the fact that AEBP1/ACLP may contribute to collagen organization. AEBP1/ACLP was observed to be upregulated in differentiation and fibrosis in the skeletal muscle along with ECM synthesis and organization. Thus it has been hypothesized that AEBP1/ACLP might be a mediator of fibrosis and ECM maturation process. Yet, neither the function nor the protein partners for AEBP1/ACLP has been defined. Identification of protein-protein interactions using high throughput technologies of a protein helps to understand it's unknown function. In order to conduct such high-throughput proteomics analyses, proximity proteomics tools are developed and validated in this thesis work. Furthermore, AEBP1/ACLP expression was analyzed in transcriptome and proteom studies conducted in various skeletal muscle sample sets. Thses analyzes were directed to dissect out alterations in matrisome proteins in both in vivo and in vitro conditions. Differentially expressed common gene sets were identified in different cell and tissue types modeling regeneration and differentiation that pinpointed alterations of matrisome proteins. 114

Kütle spektrometrelerindeki son teknolojik ilerlemeler ve buna paralel olarak geliştirilen yöntemler, kompleks biyolojik numunelerdeki proteinlerin derinlemesine incelendiği geniş ölçekli çalışmalara imkan sağlamaktadır. Proteomik stratejilerdeki bu etkileyici gelişim sayesinde kanser biyolojisindeki anlayışımız da artmaktadır. Kötü prognoz sergileyen ve düşük sağkalım oranına sahip akciğer kanseri için çalışmalar, genel olarak erken tanı ve kişiselleştirilmiş tedaviye odaklanmıştır. Bu nedenle kütle spektrometresi tabanlı proteomik yaklaşımlar, daha etkili ve uygun tedavi için doku veya vücut sıvılarındaki hedeflenebilecek proteinlerin tespitinde modern ve umut verici teknolojiler olarak görülmektedir. Bu amaçla çalışmamızda büyük hücreli karsinom (BHK) hastalarına ait klinik örneklerin geniş ölçekli proteomik analizleri gerçekleştirilmiştir. Öncelikle doku örnek setinin protein profili ortaya çıkarılmış ve ifade değişimi olan proteinler tespit edilmiştir. Daha sonra aynı hastalara ait serum örnekleri incelenmiş ve doku örnek setiyle ortak protein ifade farklılığı görülen proteinlerin PRM analiziyle doğrulaması yapılmıştır. Yapılan informatik analiz sonrasında doku örnek setinde 6000'in üzerinde ve serum örnek setinde 500'ün üzerinde protein tanımlanmıştır. Gruplar arası değerlendirme sonrasında anlamlı ifade farklılığı olan tümör doku grubunda 503 ve BHK serum grubunda 52 protein tespit edilmiştir. Ayrıca 7 proteinin hem serum hem de dokuda benzer ifade değişimine sahip oldukları tespit edilmiş, elde edilen sonuçlar serum örneklerindeki tekrarlı PRM analizleriyle doğrulanmıştır. Bu çalışma sayesinde diğer akciğer kanserlerinin yaygın görülen histolojik alt türlerinin aksine daha az çalışmaya rastlanılan büyük hücreli karsinom olgularında, MS tabanlı proteomik yaklaşımlar kullanılarak binlerce protein aynı anda hassas bir şekilde incelenmiş ve geniş kapsamlı veriler elde edilmiştir. Bu nedenle çalışmamızın, BHK için yapılacak sonraki çalışmalara katkı sağlayacak önemli bir veri kaynağı olacağını değerlendirmekteyiz. Recent technological advances in mass spectrometers and methods developed in parallel allow large-scale studies in which proteins in complex biological samples are examined in depth. Thanks to this impressive development in proteomic strategies, our understanding in cancer biology is also strengthened. Studies have generally focused on early diagnosis and personalized treatment for the lung cancer which has poor prognosis and low survival rates. Therefore, proteomic approaches based on mass spectrometry are seen as modern and promising technologies in detecting possible target proteins in tissue or body fluids for more effective and appropriate treatment. For this purpose, large-scale proteomic analyzes were carried out in clinical samples from large cell carcinoma (LCC) patients. Firstly, protein profile of tissue sample set was revealed and differentially expressed proteins were found out. Later, serum samples of the same patients were examined and proteins with common expression differences in tissue sample set were confirmed by PRM analysis.Mass spectrometry analysis resulted in identification of over 6000 and 500 proteins in the tissue and serum sample sets, respectively. Among these proteins, 503 proteins in tissue sample groups, and also 52 proteins in serum sample groups were found to be statistically significant. In addition, 7 proteins were detected to have similar expression changes in both serum and tissue samples, and the results were confirmed by repeated PRM analysis in serum samples.Lots of proteins were examined refinedly using MS-based proteomic approaches and comprehensive data were obtained in serum and tissue samples of the large cell carcinoma that was studied much less than the common lung cancer subtypes. Hereby, we are of the opinion that our study will be an important data source that will contribute to future studies for BHK. 166

Çocuklarda otoimmünite araştırmaları çoğunlukla ya rastlantısal yada aile hikayesinde bir yakınında benzeri şikayetleri bulundurması ile başlar. Kadın nüfusun en sık görülen otoimmün hastalığı Hashimato tiroiditinde (HT), moleküler mekanizmalar ve bireyin genetik altyapıları suçlanmaktadır. Çalışmamızda 66 katılımcıya 32 HT 34 sağlıklı kız serum örnekleriyle ortalama yaş 16,13±2,16, hastalar 15,69±2,16 kontrol 16,54±1,34 olarak eş yaş grubu alındı. Hasta grubun ortalama TSH (µIU/ml) düzeyi 2,96±2,02, kontrol grubunda 1,41±0,58 düzeyinde bir fark (p0.05). hsa-mir-133b nin hasta grubunun ΔCt değeri -2,59±2,69, kontrol grubunda -2,43±2,27 bulunmuştur. p=,440(>0.05).miRNA'lar şu an bilinen haliyle moleküler translasyon sonrası gen ekspresyonları ve aktivasyon inaktivasyonunda hücre bölünmesinde e apoptozunda rol oynayan kısa 18-24 nano bazlık RNA fragmentleridir. Bunları kandan serum ve plasma haliyle inceleyerek potansiyel hastalıkları patogenezini çözmede hücre fizyolojisi de sadece hayal edebildiğimiz ölçüde derinlere inmektedirler.Anahtar Kelimeler : Adolesan, Kız, Çocuk, Hashimato Tiroiditi, Otoimmün Tiroidit,miRNA, serum miRNA In children, autoimmunity studies often begin with similar complaints in a random or family history. The most common autoimmune disease of the female population is Hashimoto's thyroiditis (HT), the molecular mechanisms of and the genetic background of the individual is blamed. In our study, mean age 16,13±2,16 were included in 66 participants with 32 HT 34 healthy girl. The mean TSH (µIU/ml) level of the patient group was 2,96 ± 2,02, the control group had a difference of 1,41±0,58 (p 0.05). The ΔCt value of hsa-mir-133b was -2.59 ± 2.69 and -2.43 ± 2.27 in the control group. p = 440 (> 0.05).miRNA's are short-term 18-24 nanobase rna fragments that are currently involved in cell division, apoptosis in molecular translation after gene expression and activation or inactivation. By examining these in their serum and plasma form from the blood, they are only deep in the way we can imagine in cell physiology to solve the pathogenesis of potential diseases.Keywords: Adolescent, Child, Girl, Hashimato Thyroiditis, Otoimmüne Thyroiditis,miRNA, Circulating miRNA 89

Türkiye İstatistik Kurumu 2014 verileri Türkiye'de 2. ölüm nedeni erkeklerde %24,8 kadınlarda %16 oranında kanser varlığı göstermiştir. Otofaji, hücre içerisinde uzun ömürlü protein ve hasar görmüş organellerin, lizozom tarafından uzaklaştırılmasında görevli fizyolojik yolaktır. Otofajide görev alan ATG olarak adlandırılan genlerde oluşan mutasyonların çeşitli kanser ve hastalıkların oluşmasına etkisi olduğu gösterilmiştir. Kanser tedavisinde sıklıkla uygulanan tedavi yöntemi olan radyoterapinin (RT) uygulama sonrası genetik dizi değişikliklerine ve yan etkilere neden olduğu bulunmuştur. Bu epidemiyolojik ve moleküler bilgiler ışığında, bu çalışmada gastrointestinal sistem tümörü (Özefagus, Mide, Rektum) olan ve neoadjuvan RT uygulanan hastalarda, ATG5, ATG12 ve ATG9B genlerinde oluşan ekzon farklılıkları dizi analizi yöntemiyle incelenmiştir. ATG5 ve ATG12 geni için hastaların RT öncesi (RTÖ) ve RT ortası - RT bitiminde (RTS) genomları karşılaştırılmış ve hiçbir fark bulunamamıştır. ATG9B geni incelendiğinde, 4 hastada (%17,4) tüm evrelerde frameshift mutasyon (FS) oluşurken, 2 hastada (%8,7) RTÖ'de ATG9B geninde 8G tekrar içeren bölgede GGG (valin) delesyonu oluşmuş ancak RTS'de bu durum gözlenmemiştir. Bu mutasyonun DNA tamir enzimleri tarafından giderildiği düşünülmüştür. FS görülen hastalarda aminoasit kaybı protein karakterini pozitif non-polardan negatif polara dönüştürürken erken stop kodonu oluşarak 183 aminoasit içeren proteini 146'ya indirerek 37 aminoasit kaybına yol açar. Hastalar RTÖ ve RTS olarak gruplandırıldıklarında, RTÖ CA 19-9 değerleri, ATG9B mutasyon (ATG9BMut) olmuş hastalarda RTÖ'de ATG9B wild-tipi (ATG9BWT) taşıyan hastalara kıyasla yaklaşık 2 kat yüksektir. CEA bakımından RTÖ ve RTS ATG9BWT ayrışması anlamlıdır (Mann-Whitney, p=0,0175). RTS CA19-9'un ATG9BMut ve ATG9BWT olan hastalarda ayrışması anlamlıdır (t-test, p=0,0245). Hastalar FS ve 3G delesyonu olarak gruplandırıldığında, RTÖ'de 3G delesyonu RTS'de ATG9BWT hastaların CA19-9 değerleri anlamlı düşüş gösterirken (t-test, p=0,0165), ATG9B-FS mutasyon hastaların RTS CA19-9 değerleri yükseliş göstermiştir. İncelenen genler kıyas edildiğinde, tandem G mononükleotit tekrarlarının hotspot bölgeler olduğu bulunmuştur. ATG9BMut olan hastalara klinik olarak RT önermemek daha uygun olabilir.Anahtar kelimeler: GIS neoplazmlar, Otofaji, Radyoterapi, Dizileme,Radyogenomik According to data retrieved from Turkish Statistics Institute (TUIK), the second major mortality cause in Turkey is cancer with the rate of 24.8% in men and 16% in women. Autophagy is one of the physiologic cell pathway that is continuously recycling old proteins and renewing damaged organelles by using lysosome. Genes responsible for autophagy pathway is called Autophagy Related Genes (ATG) family and some studies show that; mutations occurring in ATG family genes evoke to various cancer and some pathologic conditions. Radiotheraphy (RT) which is commonly preferred treatment option for cancer patients shows a strong correlation between genetic variation in genome of patients and serious side effects. This epidemiological and molecular information diverted us to conduct exon mutation analysis for ATG5, ATG12 and ATG9B genes of patients who diagnosed with gastrointestinal tumors (esophagus, stomach or rectum) after treatment with neoadjuvant RT. There is no exon variations detected for ATG5 and ATG12 genes before RT and middle-after radiothreaphy (after RT). However for ATG9B gene, exon variation analysis of 4 patients (17.4%) resulted frameshift mutation for before RT and after RT. Exon variation analysis of 2 (8.7%) patients resulted GGG deletion in 8G mononucleotide tandem repeat region but that mutation was eliminated after RT. One can speculate that, this mutation was removed by DNA repair enzymes. FS mutation results in truncated protein (146 aa) which is 37 aa less than WT (183 aa) homolog due to formation of nonsense codon in genetic code. Protein characteristic changed from positive non-polar to negative polar. When patiens assigned to groups as before RT and after RT, CA19-9 levels in ATG9BMut patients is two times more compared to ATG9BWT patients. Differentiation between CEA serum levels in before RT and after RT of ATG9BWT patients is significant (Mann-Whitney, p=0,0175). Differentiation between CA19-9 levels in after RT of ATG9BMut and ATG9BWT patients is significant (t-test, p=0,0245). When patients assigned to groups as FS and deletion mutation; 3G deletion carriers at before RT responded better to RT by resulting decline in CA19-9 levels (t-test, p=0,0165) whereas FS mutation carriers showed rise in CA19-9 levels after RT. When ATG genes are compared, monoguanine repeat regions are most likely to be hotspot for mutations. It may clinically be advised that, patients who carry ATG9BMut allel are not suitable candidate for ameliorating cancer with RT.Key Words: GIS neoplasm, Autophagy, Radiotherapy, Sequencing,Radiogenomics 145

Parkinson hastalığı (PH) titreme, konuşma bozukluğu, beynin duyarlı bölgelerindeki nöronların kaybı ile karakterize ve dünyada Alzheimer'dan sonra en sık görülen ikinci nörodejeneratif hastalıktır. Son yıllarda yapılan çalışmalar borun insan ve hayvan sağlığı için gerekli bir element olduğunu göster-mektedir. Diğer yandan PH'nn hala kesin olarak tedavisi yapılamamaktadır. Yapılan bu tezde ise anti-oksidan özellikleri, yüksek kararlı kimyasal yapıları ve ilaç taşıyıcı nano boyutlarından dolayı bor nitrür nanopartiküllerinin, MPP+ ile oluşturulan deneysel parkinson modeli üzerindeki nöroprotektif etkileri araştırılmıştır. Tezde, insan embriyonal karsinom Ntera-2 (NT-2) hücre hattı Retinoik Asit (RA) uygula-ması ile nöron benzeri hücrelere dönüştürülmüş ve ardından hücrelere deneysel parkinson modeli oluş-turmak için MPP+ uygulanmıştır. Deneysel parkinson modeline geniş doz aralığında (0,19-100 mg/L) bor nitrür nanopartikülleri uygulanmış ve nanopartiküllerin nöron koruyucu etkinlikleri belirlenmiştir. Hücre-lerdeki canlılık oranlarının belirlenmesi için 3-(4,5-dimetil-tiazol-2-il) 2,5-difeniltetrazolyum bromid (MTT) ve laktat dehidrogenaz (LDH) testleri uygulanmıştır. Ardından toplam antioksidan kapasite (TAK) ve toplam oksidan seviye (TOS) analizleri ile hücrelerdeki antioksidan ve oksidan değerlerin deği-şimleri hesaplanmıştır. Önemli apoptoz belirteçlerinden olan kromozomal integriteleri belirlemek için hücreler, Hoechst 33258 floresan boyama metodu kullanılarak mikroskop altında analiz edilmiştir. Bor nitrür nanopartiküllerin hücrelerdeki asetilkolinesteraz (AChE) aktivitesi üzerine olan etkileri AChE kolo-rimetrik testi ile belirlenmiştir. Son olarak hücrelerin ölüm yolakları akış sitometrisi kullanılarak ortaya konulmuştur. Sonuçlar, bor nitrür nanopartiküllerinin hücreler üzerinde belirli dozlarda herhangi bir toksik etkiye sebep olmadığını göstermiştir. Bor nitrür nanopartikül uygulaması deneysel parkinson modelinde MPP+ toksisitesinin neden olduğu oksidatif stresi azalttığı fakat AChE seviyelerinde herhangi bir etkiye neden olmadığı belirlenmiştir. Akış sitometrisi analizi de bor nitrür nanopartikül uygulamasının deneysel parkinson modelinde canlılığı arttırdığını göstermiştir. Parkinson disease (PD) is characterized by shaking, speech disturbance, loss of neurons in sensi-tive areas of brain and the second most common neurodegenerative disorder after Alzheimer's disease in world. Boron is require element for health of human and animal. It is still not possible to fully treat PH. In this thesis, neuroprotective effects of boron nitride nanoparticles were investigated due to their antioxi-dant effects, high chemical stability and nanoscale of them to drug delivery on experimental parkinson model which composing with MPP+. In the study, human pluripotent embryonal carcinoma Ntera-2 (NT-2) cell line was trans differentiated like a neuron cell with Retinoic acid (RA) then differentiated cells were treated with MPP+ to create experimental parkinson model. Boron nitride nanoparticles were applied to experimental parkinson model in wide dose range (0,19-100 mg/L) then neuroprotective efficacy of nanoparticles was determined. To determine the viability of cells, 3-(4,5-dimethyl-thiazol-2-yl) 2,5-diphenyltetrazolium bromide (MTT) and lactate dehydrogenase (LDH) tests were performed. Then, analysis of the changes in the antioxidant and oxidant values in cells were calculated with total antioxi-dant capacity (TAC) and total oxidant level (TOS) tests. Cells were analyzed under the microscope using the Hoechst 33258 fluorescence staining method to determine chromosomal integrities which are impor-tant markers of apoptosis. The effects of boron nitride nanoparticles on acetylcholinesterase (AChE) activity in cells were determined by AChE colorimetric test. Finally, death pathways of the cells were determined using flow cytometry. As a result, it was shown that boron nitride nanoparticles do not cause toxic effect at spesific doses on cells. Boron nitride nanoparticle application in experimental parkinson model reduced the oxidative stress caused by MPP + toxicity but did not cause any effect on AChE le-vels. Flow cytometry analysis also showed that application of boron nitride nanoparticle increased viabi-lity of cells in parkinson model. 53

Baş boyun kanserleri ağız boşluğu, burun, farenks, larenks, tükürük bezlerinde başlayan bir grup kanserdir. Ras, intristik GTP bağlanma ve GTPaz özelliklerine sahip bir proteindir. Hem büyüme arttırıcı hemde büyüme inhibe edici yolakları aktive etme yeteneğine sahiptir. RASSF ailesi RAS onkogeninin büyümesini engelleyici özellikler gösterir. 10 proteinden oluşan RASSF ailesi tümör baskılayıcı olarak görev alır ve tümör alt gruplarında promotör bölgesinin hipermetilasyonu ile inaktivite edilirler. Hücre döngüsü kontrolü, apoptoz, hücre göçü ve mitoz kontrolünde görev aldıkları tahmin edilmektedir. Apoptoz ve hücre siklusunun durmasında ve birçok kanserde azaldığı belirlenmiştir. Çalışmamızda baş boyun kanseri tanısı konmuş 69 hastanın tümör dokuları ve sağlıklı dokuları arasındaki RASSF4 gen ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. İstatistiksel olarak bir anlamlılık saptanmamıştır (p>0,05). Çalışmamızda ayrıca 69 baş boyun kanserli hasta ve 70 sağlıklı bireyden alınan DNA örnekleri ile RS7896801 ve RS884879 gen varyantlarının saptanması için Real-time PZR tekniği kullanılmıştır. Deneysel çalışmalar sonucunda RS7896801 için hasta grupta G allel taşıma sıklığı 2,4 kat artmıştır (p=0,015, χ2=5,95, OR: 2,4, %95 güven aralığı=1,18-5,26). AA genotipi taşıma sıklığı ise kontrol grubunda istatistiksel olarak artmıştır (p=0,015, χ2=5,95, OR: 1,8, %95 güven aralığı=1,10-3,18). RS884879 genotip ve allel dağılımları incelendiğinde sağlıklı grupta CC genotipi taşıma sıklığı hasta grubuna göre 2,2 kat artmıştır (p=0,048, χ2=3,92, OR: 2,2, %95 güven aralığı=0,97-5,05). Hasta grubunda ise T allel taşıma sıklığının anlamlı olarak arttığı gözlemlenmiştir (p=0,048, χ2=3,92, OR: 2,5, %95 güven aralığı=0,98-6,74). RASSF4 serum düzeyi çalışma gruplarında ELISA tekniği ile tayin edilmiştir. Gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farkılılık saptanmamıştır. (p>0,05). Çalışmamız Türkiyede baş boyun kanseri hastalarında RASSF4 geninin gen ekspresyon seviyeleri, serum düzeyleri, RS7896801 ve RS884879 gen varyantları arsındaki ilişkiyi araştıran ilk araştırma olma niteliğindedir. Elde edilen bu ilk verilerin RASSF4 proteini için yapılacak ileri çalışmalara öncülük edeceği inancını taşımaktayız. Head and neck cancers are classified as group cancers that initiates in tissues of oral cavity, nose, pharynx, larynx and salivary glands. RAS is a protein that shows intrinsic GTP binding and GTPase. It has the ability to activate the pathways controlling acceleration and inhibiton of growth. RASSF gene family can inhibit the growth of RAS oncogene. The family consists of 10 proteins that act as a tumour supressor and inactivated by the hypermethilation of promotor area in tumour subgroups. It is estimated that this gene family has a role in cell cycle control, apoptosis, cell migration and mitosis control. A decrease in the gene expression was reported when apoptosis and cell cycle comes to a halt along with the occurence of cancer. This study evaluated RASSF4 gene expression levels in healthy and diseased tissues dissected from the patients (n=69) diagnosed with head neck cancer. No statistical difference was observed (P>0,05). DNA samples taken from 69 diseased and 70 healthy subjects was evaluated to determine areas of RS7896801 and RS884879 gene variants. Results for RS7896801 revealed a x2.4 increase of G-allel presence in diseased group (p=0,015). For control, the increase in presence of AA genotype was statistically significant (p=0,015). Distribution of genotype and allels for RS884879 showed an increase of x2,2 in CC genotype for healthy group (p=0,048) whereas in diseased group, the presence of T allel showed a significant increase (p=0,048). Serum levels of diseased (n=69) and control (n=70) group was tested by using ELISA technique. No statistically significant differences was observed between the study groups (p>0,05).Our study reveals the first data about the RASSF4 gene expression levels, serum levels and areas of RS7896801 and RS884879 gene variants in head and neck cancers. We believe that this study will play a pioneering role for the next studies on RASSF4 gene. 95

İnsan immün yetmezlik virüsü yani HIV, edinsel immün yetmezlik sendromuna yani AIDS' e neden olur. İlk defa 1980 yılında tanımlandı, şimdi ise dünya çapında bir pandemi haline gelmiştir. İlk olarak sub-Saharan Afrika da saptandı. Günümüzde bilinmektedir ki ; bazı birey kemokin reseptörlerinde doğumsal olarak meydana gelen gen polimorfizminden dolayı HIV' e karşı doğal bir bağışıklığa sahiptirler. Normal şartlarda lenfositler ve monositler üzerinde CD4 ile gp120 proteini arasında ilk bağlanmadan sonra HIV-1'in hedef hücreye girişini ilerleten iki adet kemokin reseptörü tanımlanmıştır ve bu koreseptörler CCR5 ve CXCR4 olarak adlandırılırlar. Bu çalışma da, doğumsal HIV bağışıklık oluşumunda genetik zeminin aydınlatılmasına katkıda bulunabilmek amacıyla HIV doğal direncini oluşturduğunu düşündüğümüz ilgili genlerin polimorfizmi ile HIV doğal bağışıklık arasındaki ilişki araştırıldı.Çalışmada gönüllülük esasına dayanarak ve etik kurallar çerçevesinde kişi mahremiyetini ön planda tutarak daha önce tanısı konulmuş 50 HIV/AIDS pozitif birey yazılı onamları alınarak kontrol grubu olarak, 50 HIV/AIDS negatif birey de yine yazılı onamları alınarak araştırma grubu olarak çalışmaya dahil edildi. Çalışma ve kontrol grubuna dahil toplam 100 bireyden detaylı öyküleri ile birlikte periferal kan örnekleri EDTA(Etilendiamin tetraasetik asit)'lı ve jelli tüplere onam formu imzalatılarak Yeditepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde alındı. Çalışma kapsamında ki tüm bireylerin HIV/AIDS pozitif ve negatiflikleri ; jelli tüplerden elde edilen serum örnekleri kullanılarak immunoassay sistemin de (Siemens,Almanya) ELISA yöntemi ile çalışılarak tekrar gösterildi . Bireylere ait diğer jelli tüplerdeki kan örneklerinden serumları ayrıldı ve bu serum kısmından DNA izolasyonları yapıldı. İzole edilen DNA örneklerinden uygun primerler kullanılarak hedef bölge Klasik Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile çoğaltıldı, bir sonra ki aşamada restriksiyon enzimleri kullanılarak kesim protokolü uygulanarak thermal cycler (Techne,İngiltere) cihazın da hedef bölgemiz restriksiyon enzimleri ile kesildi ve ardından agaroz jel elektroforezi yöntemi ile yürütülüp sonucunda elde edilen bantlar jel görüntüleme cihazın (Biorad,ABD) da görüntülenerek karşılaştırıldı.Yaptığımız bu çalışma sonucunda elde ettiğimiz DNA bant görüntülerinde anlaşıldı ki çalışmaya dahil olan çalışma gurubumuzda ki 50 HIV negatif bireyin sahip oldukları CXCR4 ve CCR5 kemokin reseptörlerin de bir mutasyon mevcut değildir. Yani araştırmaya katılan 50 birey çalışma konumuz olan CXCR4 ve CCR5 kemokin reseptörlerin de doğuştan gelen mutasyon sonucu HIV enfeksiyonuna karşı dirence sahip değillerdir. Gerçekleştirilen restriksiyon aşamasının ardından yapılan agaroz jel elektroforez yöntemi ile görülmüştür ki tüm olgulara ait oluşan DNA bantları CCR5 için 236bp, CXCR4 için ise 190bp büyüklüğünde'dir, yani tüm bireylerin doğal fenotip DNA molekülüne sahip olduklarını CXCR4 ve CCR5 kemokin reseptörlerinde bir gen polimorfizmine sahip olmadıklarını buna bağlı olarakta bireylerin HIV enfeksiyonuna karşı bir dirençlerinin olmadığını gösterir. Eğer CXCR4 kemokin reseptörü için agaroz jel üzerinde elde ettiğimiz bant yaklaşık 173 bp olsaydı, bu durumda bir mutasyon varlığını tespit etmiş olurduk. Aynı şekilde CCR5 kemokin reseptörü için agaroz jel üzerinde elde ettiğimiz bant 201 bp civarında olsaydı, bir mutasyon, gen polimorfizminden bahsetmiş olacaktık. Az sayıda insan HIV ile enfeksiyona dirençlidir, çünkü bu insanların yardımcı reseptörleri olan CCR5 ve CXCR4 kemokin reseptörlerinde mutasyon vardır. CCR5 geninde homozigot delesyon içeren kişiler virüsle çok kez karşılaşmalarına rağmen enfeksiyona dirençlidirler. Bu delesyon için heterozigot olan bazı enfekte kişiler ise, uzun süre AIDS aşamasına gelmedikleri tespit edilmiştir. Human immunodeficiency virus (HIV) causes acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). It was first described in 1980 as a disease and now has become a world-wide pandemic. It was first identified in Sub-Saharan Africa. Nowadays, it is known that some individuals have an innate immunity to HIV because of the gene polymorphism occurring congenitally in the chemokine receptors. Under normal conditions, two chemokine receptors promoting the entry of HIV-1 into the target cell after the initial binding of gp120 protein to CD4 on lymphocytes and monocytes were defined, and these co-receptors are called CCR5 and CXCR4. In this study, the correlation between the polymorphism of the relevant genes, which are thought to create inborn resistance to HIV, and innate immunity to HIV was investigated in order to contribute to enlighten the genetic basis in the formation of innate immunity to HIV.The study included 50 previously diagnosed HIV/AIDS positive individuals as the control group and 50 HIV/AIDS negative individuals as the study group on a volunteer basis and within the framework of ethics rules by giving particular importance to individual privacy after their individual written consents were obtained. Peripheral blood samples were taken from a total of 100 individuals included in the study and control groups in EDTA and gel tubes along with their detailed medical history in Yeditepe University, Medical Faculty Hospital by signing consent form. HIV/AIDS positivity and negativity of all individuals in the study were redemonstrated by studying the serum samples obtained from gel tubes on immunoassay system (Siemens, Germany) using the ELISA method. Serums were separated from the blood samples of the individuals in other gel tubes and DNA isolation was performed from this serum portion. Using the appropriate primers from the isolated DNA samples, the target region was amplified by Classical Polymerase Chain Reaction (PCR), and in the next stage, using the the restriction enzymes and carrying out the cutting protocol, our target region was cut on a thermal cycler (Techne, England) device with restriction enzymes, and then processed with the agarose gel electrophoresis method, and the bands obtained were compared on a gel imaging device (Biorad, USA).The DNA band images we obtained as a result of this study revealed that there was no mutation in CXCR4 and CCR5 chemokine receptors of 50 HIV negative individuals in our study group. In other words, 50 individuals participated in our study did not have resistance to HIV infection subjects in CXCR4 and CCR5 chemokine receptors as a result of innate mutation. The agarose gel electrophoresis performed after the restriction stage showed that the resulting DNA bands of all cases were 236bp for CCR5 and 190bp for CXCR4, that is, all individuals had a wild type DNA molecule and they did not have any gene polymorphism in CXCR4 and CCR5 chemokine receptors, and accordingly indicating that the individuals had no resistance to HIV virus. If the band size that we obtained on the agarose gel for CXCR4 chemokine receptor was about 173 bp, we would have detected the presence of a mutation in this case. Likewise, if the band size that we obtained on the agarose gel for the CCR5 chemokine receptor was about 201 bp, we would have also mentioned a mutation, gene polymorphism. A limited number of people are resistant to HIV infection, because these people have a mutation in CCR5 and CXCR4 chemokine receptors, which are co-receptors. People who have homozygous deletions in CCR5 gene are resistant to the infection despite encountering the virus many times. It has been found that some of the infected individuals who are heterozygous for this deletion do not reach the AIDS stage for a long time. 87

Kanser, normal hücrelerde anormal ve kontrolsüz hücre büyümesiyle oluşan ve diğer dokulara da yayılabilen genetik bir hastalıktır. Kanser hücreleri de normal hücreler gibi vital ihtiyaçlarını karşılayabilmek için besine ihtiyaç duyarlar. Besinlerin enzimler aracılığıyla enerjiye dönüşümü metabolik yolaklarda gerçekleşir. Kanser hücrelerinin normal hücrelere oranla, artan biyosentez ihtiyaçları bulunur. Metabolik yolakların yeniden programlanması artmış metabolit kullanımı düzenler. Glukoz ise kanser hücrelerinin tükettiği metabolitlerin başında gelmektedir. Çalışmamızda düşük ve yüksek glukozlu besiyeri ortamında seçtiğimiz 3 lösemi hücre hattı üzerinden glukoz metabolizmasının kanser için terapötik hedef olup olamayacağını araştırdık.Öncelikle bu hücre hatlarında, düşük glukozlu ortamda hücre canlılıklarının azaldığını tespit ettik.Çalışmamız sonucunda ise; glukozun kısıtlandığı durumlarda glukoz taşıyıcılardan GLUT3 ve onkojenik bir transkripsiyon faktörü olan STAT3 ve PKM2 gen ekspresyonlarının azaldığını belirledik.Bulgularımız kanser metabolizmasının düzenlenmesinde STAT3 geninin rolü olduğunu ve ileride yapılacak çalışmalar için de ön veriler oluştuğunu belirtmektedir.Anahtar Sözcükler: Glukoz; Lösemi; STAT3; Kanser Metabolizması Cancer is a genetic disease caused by abnormal and uncontrolled cell growth in normal cells and spreading to other tissues. Cancer cells, like normal cells, need nutrients to fulfill their vital needs. The transformation of nutrients into energy through enzymes occurs in metabolic pathways. Cancer cells have increased biosynthesis needs compared to normal cells. The reprogramming of metabolic pathways regulates the use of increased metabolites. Glucose is one of the metabolites consumed by cancer cells.In our study, we investigated whether glucose metabolism could be a therapeutic target for cancer through 3 leukemia cell lines in low and high glucose medium.First of all, we determined that cell viability in these cell lines decreased in low glucose concentrations.As a result of our study; we found that GLUT3 and an STAT3 -oncogenic transcription factor-and PKM2 gene expressions, were decreased in the cases where glucose was restricted.Our findings indicate that the STAT3 gene plays a role in the regulation of cancer metabolism and that preliminary data are generated for future studies.Key Words: Glucose; Leukemia; STAT3; Cancer Metabolism 57

Pankreas kanseri, 6 ay ortalama hasta sağkalımı ile son derece zayıf sağkalım oranlarına sahip en agresif kanserlerden biridir ve karşılanamayan bir terapötik zorluğu temsil etmektedir. Pankreas kanseri ilerleyişini ve mekanizmaları hala tam olarak anlaşılamamıştır. Yalnızca tümör hücrelerini hedef alan stratejilerin pankreas kanseri hücrelerini ortadan kaldırmada başarısız olduğu ve metastazı, ilaca direnci ve hasta ölümlerini önlediği kanıtlanmıştır. Kanser kök hücreleri hücre göçü / istilası, ilaç direnci ve metastaz özellikleri sebebiyle önemli klinik etkilere sahiptir. NOTCH ve ilişkili sinyal yolaklarının kanser kök hücrelerinde yüksek/artmış aktivite gösterdikleri; bu hücrelerin sürdürülmesi ve sağkalımı için önemli olduğu bilinmektedir. NOTCH1'in pankreas kanseri kök hücrelerinin regülasyonundaki fonksiyonel rolü açıklığa kavuşmamıştır. Planlanan çalışmayla klinikte kullanılan toksik olmayan nanolipozom teknolojisi ile NOTCH1'i hedefleyen miRNA temelli tedavi modeli uygulanmıştır. NOTCH1 hedef alınarak kanser kök hücre özelliklerinin baskılandığı, tümör büyümesi ve yayılmasının durduğu görülmüştür. Tedavi yaklaşımı olarak etkin bir şekilde kullanılabileceği öngörülmektedir ., Pancreatic cancer is one of the most aggressive cancers with extremely poor survival rates with an average patient survival of 6 months and represents an unmet therapeutic challenge. The progress and mechanisms of pancreatic cancer are still not fully understood. Strategies targeting tumor cells alone have been shown to fail to eliminate pancreatic cancer cells and prevent metastasis, drug resistance, and patient deaths. Cancer stem cells have important clinical effects due to cell migration / invasion, drug resistance and metastasis. NOTCH and related signaling pathways exhibit high / increased activity in cancer stem cells; it is known to be important for the maintenance and survival of these cells. The functional role of NOTCH1 in the regulation of pancreatic cancer stem cells remains unclear. In the planned study, a miRNA based treatment model targeting NOTCH1 was applied with non-toxic nanoliposome technology used in the clinic. By targeting NOTCH1, it was observed that cancer stem cell properties were suppressed and tumor growth and spread stopped. It can be used effectively as a treatment approach.

Meme kanseri dünya genelinde kadınlarda görülen en yaygın malignitedir. Hormon ve çevresel etkenler, kimyasallar, dışarıdan östrojen alımı, geç menopoz, ilk doğumun geç yaşlarda gerçekleşmesi, aile hikayesi, artmış vücut-kitle indeksi, menopoz sonrası obezite, iyonize radyasyona maruz kalma ve sigara/alkol kullanımı gibi pek çok faktörün meme kanseri riskini arttırdığı belirtilmiştir. Ayrıca yapılan çalışmalar; kanser başlangıcında, birikmiş olan genetik hasarın proto-onkogenlerin aktivasyonuna yada tümör baskılayıcı genlerin inaktivasyonuna yol açtığını ve bunun sonucunda hücre proliferasyonu ve programlı hücre ölümü arasındaki dengenin bozulduğunu göstermektedir.Kanser riskini belirleyen parametrelerden biri olan gen polimorfizm çalışmaları, artmış hücre proliferasyonu ve bozulmuş apoptozla ilgili birçok çalışmada kullanılmaktadır. Apoptotik hücre ölümüne yol açan sinyal yolakları evolüsyonda yüksek derecede korunmuştur ve apoptotik proteinler tarafından kontrol edilmektedir. Apoptoz inhibitor proteinlerin (IAP) apoptozu, Bcl-2'yi de içeren diğer anti-apoptotik inhibitör ailesinden daha fazla baskıladığı bilinmektedir. Kanser oluşumunda bu proteinlerin yer aldığına dair en güçlü bulgu survivin proteininin varlığıdır. Survivinin kaspazların inhibisyonu üzerinden etki gösterdiği ve aynı zamanda da hücre kontrolüne dahil olduğu öne sürülmektedir. Survivin geni; akciğer, mide, kolon, beyin, prostat, non-Hodgkin lenfoma gibi pek çok yaygın kanser türünde ifade edilmektedir. Survivin genindeki, tek nükleotid polimorfizmlerinden biri CDE/CHR represör bağlama bölgesinde lokalize genin promotor bölgesi içinde yer almaktadır. Bu polimorfizmin (G/C) survivin geninin aşırı ekspresyonu ile ilişkili olduğu gösterilmiştir. Ayrıca kanser hücre hattında CDE/CHR represör motiflerinde bağlanmanın fonksiyonel olarak bozulması ile hücre döngü bağımlı transkripsiyonu değiştirmekte olduğu da gösterilmiştir. Survivin genindeki bir diğer tek nükleotid polimorfizmi olan -625G/C'nin birçok kanser türünde genin ekspresyon seviyesinde değişikliğe neden olabileceği gösterilmiştir.Çalışmamızda apoptoz yolağındaki Survivin proteinini kodlayan genlerde meydana gelen kritik gen polimorfizmlerinin Türk toplumuna ait meme kanserli vakalarda incelenmesi ve bu polimorfizmlerin populasyondaki genotip ve allel frekanslarının saptanması amaçlanmaktadır. Breast cancer is the most common malignancy in woman worldwide. It is reported that hormone and environmental factors, chemicals, external estrogen intake, late menopause, late birth of the first birth, family history, increased body-mass index, post-menopausal obesity, ionizing radiation exposure and smoking / alcohol use etc. has increased breast cancer risk. Also, the studies previously performed has shown that the accumulation of genetic damage in onset of cancer causes to activation of proto-oncogenes or inactivation of tumor supressor genes and so, cause to distruption of the balance between cell proliferation and programmed cell death. Gene polymorphism studies, which are one of the parameters that determine cancer risk, are used in many studies related to increased cell proliferation and impaired apoptosis. Pathways leading to apoptotic cell death are highly conserved in the evolution and controlled by apoptotic proteins. Apoptosis inhibitor proteins (IAP) are known to suppress apoptosis more than other apoptotic inhibitor family including Bcl2. It has been asserted that survivin exerts its effect via the inhibition of caspases and is also involved in cell control. Survivin gen has been expressed in many cancer types such as lung, stomach, colon, brain, prostate, non-Hodgkin lymphoma. One of the single nucleotide polymorphisms in the Survivin gene is located within the promoter region of the localized gene at the CDE / CHR repressor binding site. This polymorphism (G / C) has been shown to be associated with overexpression of the gene of survivin. This polymorphism has also been shown to alter cell cycle-dependent transcription by functional degradation of binding in the CDE / CHR repressor motifs in the cancer cell line. Another single nucleotide polymorphism of Survivin gene, the -625G / C has been shown that it might be cause to change in expression level of the survivin gene in many cancer types.In our study, it is aimed to analysis of critical gene polymorphisms which occurs in the genes encoding Survivin protein in breast cancer patients belonging to public of Turkey and to determine the genotype and allele frequencies of these polymorphisms in Turkish population. 135

Mesane kanseri tümörlerinin tedavisinde, kemoterapötiklerin kullanımının etkinliğinin araştırılması ve yan etkilerini azaltmak amaçlı çeşitli ilaç kombinasyon çalışmaları bireyler için büyük önem taşımaktadır. Farklı kanser hücre hatlarında Vitamin D' nin anti-proliferatif, farklılaşmayı ve hücre içi metabolik olayları regüle edici etkiye sahip olduğu gösterilmiştir. Sisplatin ise mesane kanserinde kullanılan kemoterapötik ilaçlardan biridir. Araştırmamız in vitro düzeyde yapılmış olup T24, ECV-304 ve HUVEC hücre hatları üzerinde Vitamin D ve sisplatin dozlarının kombinasyonları sitotoksik, apoptotik ve ilaç direnci konularında değerlendirmeye tabi tutulmuştur. Mesane kanseri tedavisinde kullanılan sisplatinin, Vitamin D ile birlikte kullanımında olası yan etkilerini azaltmaya yönelik doz azaltıcı ve etkinlik arttırıcı fonksiyonunun olup olmayacağı değerlendirilmiştir. Çalışmamız da ulaştığımız veriler bizlere T24 mesane kanseri hücre hattında 24 saat MTT sonuçlarına göre 500nM kalsitriol dozunun 5µg/ml sisplatin ile kombine kullanımı ile, sadece sisplatin kullanımı ile karşılaştırıldığında anti-proliferatif etkinliğini arttırdığını (p

Kondrosarkom, kemik kanserleri türleri içinde en yaygın görülen ikinci türdür. Bu kanser türünde fibröz bağ doku etki görür ve kıkırdak ve kemik anormal düzeylerde büyüme gösterir. Kapsaisin, kırmızı acı biberde bulunan aktif bir ikincil metabolittir. Kapsaisinin glioma, meme kanseri, idrar kesesi kanseri ve kan kanseri gibi birçok farklı türden kanser hücreleri üzerinde öldürücü etkisi olduğu gösterilmiştir. Etki mekanizmasını açıklamaya yönelik yapılan çalışmalar, kapsaisinin kanser hücrelerinde hücre döngüsü ve apoptoz süreçlerini etkilediğini ortaya koymuştur. Ancak kapsaisinin kıkırdak hücreleri üzerine etkisi için yapılan çalışmalar bu etkinin benzer bir şekilde gerçekleşip gerçekleşmediğini ortaya koyamayacak denli kısıtlıdır. Bu tezin amacı; in vitro koşullar altında kapsaisin muamelesinin, sağlıklı ve kanserli kıkırdak hücrelerinin hayatta kalabilirliklerini nasıl etkilediğini saptamak ve hücrelerin apoptoz, migrasyon ve invazyon yeteneklerindeki değişikliklere ışık tutmaktır. Çalışmamızda, kondrosarkom ve kondrosit hücrelerinde kapsaisinin IC50 değerleri, hem fetal sığır serumu (FBS) içeren hem de içermeyen ortamda MTS aracılığıyla belirlenmiştir. Buna göre FBS'li ortamda IC50 değeri OUMS (kondrosarkoma) hücreleri için 254 μM CHO (sağlıklı kondrosit) hücreleri için ise 284 μM olarak hesaplanmış ve iki yönlü ANOVA testi bu değerlerin istatiksel olarak bir fark taşımadığını ortaya koymuştur (p>0.05). Western blot aracılığıyla FBS'siz ortamda Siklin E seviyesinde anlamlı bir düşüş olduğu gözlenmiştir (p0.05). Ancak, FBS'li ve FBS'siz ortamda yetiştirilen aynı hücreler karşılaştırıldığında, azalan Siklin E miktarının hücrelerin IC50 değerlerini belirgin bir şekilde düşürdüğü tespit edilmiştir (p 0.05). In the cells grown in non-FBS medium, a significant reduction in the level of cyclin E protein (p0.05). However, when the same cells in non-FBS and FBS media were compared, lowered cyclin E levels were found to cause a significant decrease in IC50 values of capsaicin on both cells (p

Amaç: Geleneksel histopatolojik ve immünohistokimyasal yöntemlere karşın pediatrik kanserlerin ayırıcı tanısında, özellikle küçük, yuvarlak hücreli tümör morfolojisinde ve bazen iğ hücreli tümör morfolojisinde zorluklar yaşanabilir. Bu durumlarda, kromozomal anormalliklerin belirlenmesi yararlı olabilir. Tek problu bir örnekte FISH yöntemiyle tek bir translokasyonun veya delesyonun incelenmesi, söz konusu kromozomal anormallik tek bir tip olamayacağından her zaman kesin bir yanıt vermeyebilir. Varyasyonlar bulunabilir ve bu nedenle tanı için birden fazla alanı incelemek gerekebilir. Bu çalışmanın amacı, tüm genom karşılaştırmalı genomik hibridizasyon yönteminin ayırıcı tanıda zorluk yaşayan pediatrik kanserlerde yerini değerlendirmektir.Yöntem: Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyonda (KGH), tüm genomda 135.000 prob ve gen başına 3 prob olarak tarandı. Parafin blok dokulardan çalışmak mümkündü. Dr. Behçet Uz Çocuk Hastanesi Patoloji Laboratuvarı arşivinden, ayırıcı tanıda güçlük yaşayan 24 olgunun parafin bloklarından DNA ekstraksiyonu yapıldı ve her olguda tüm kromozomlarda saptanan anomalilerin kontrol karşılaştırması yapıldı. Belirlenen kromozomal anomaliler, klinikopatolojik bulgular ile karşılaştırıldı.Bulgular: Tipik olarak gözlenen kromozomal anomaliler ile birlikte, tartışmalı önemi olan ek değişiklikler tespit edildi. ES / PNET olgularımızda kontrole kıyasla en sık kopya sayısı farklılığı srGAP2, RGPD5, NPHP1, GTF2IRD2, PDXDC1 genlerinde bulunmuştur. Andiferansiye nöroblastom hastalarımızda en sık sayıda kopya sayısı değişikliği; Defensin beta 106A, Defensin beta 103B, RGPD5 geni ve MAGE ailesi üyesi A12, SPANX ailesi üyesi D sarkom antijeni genlerinde tespit edilmiştir. Özellikle küçük yuvarlak hücreli indiferan tümör grubunda en sık sayıda kopya sayısı değişiklikleri immünoglobulin superfamily member 2, kalsiyum / kalmodulin bağımlı protein kinaz II beta, POM121 transmembran nükleoporin, Ankyrin repeat domain 30B, Solute carier family 6 member, Peptidil prorolil izomeraz B, siklofilin A, RLD alanı içeren E3 ubiquitin protein ligaz 2, Tryptophan 2.3-dioxygenase genlerinde tespit edildi.Sonuç: Tüm genom KGH yöntemi, ayırıcı tanıda zorluk yaşanan pediatrik kanserlerde faydalı olabilir. Ancak, parafin dokusunun incelenmesinde teknik zorluklar olduğundan, tümörlerden taze doku depolanması, genetik ve moleküler incelemeler için yararlı olacaktır. Yöntemin bir kısıtlılığı da, kromozomal anomalilerin belirlenmesine rağmen, in situ hibridizasyon gibi translokasyonun rapor edilememesidir.Anahtar Kelimeler: Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (KGH), nadir Pediatrik Kanserler, Ayırıcı Tanı Objective: Despite conventional histopathological and immunohistochemical methods, difficulties may be experienced in the differential diagnosis of pediatric cancers, especially in small, round-cell and sometimes in spindle-cell tumours. In these cases, determination of chromosomal abnormalities may be helpful. Examination of a single translocation or deletion with the FISH method in a sample with a single probe may not always yield a definitive response as the chromosomal abnormality in question may not be a single type. Variations may be found and therefore, it may be necessary to examine more than one domain for diagnosis. The aim of this study was to evaluate the place of the whole genome array comparative genomic hybridization method in pediatric cancers where difficulty is experienced in differential diagnosis.Method: In Comparative Genomic Hybridization (CGH), 135,000 probes were scanned as 3 probes per gene in all genomes. It was possible to analyze paraffin block tissues obtained from the archive of the Pathology Laboratory of Dr Behcet Uz Children's Hospital. DNA extraction was made from the paraffin blocks of 24 cases where difficulty had been experienced in making the differential diagnosis and in each case, comparisons with control samples were made for all anomalies in all chromosomes with microarray technology. The chromosomal anomalies determined were compared with the clinicopathological findings. Results: Together with the typically observed chromosomal anomalies, additional derangements with debatable importance were determined. In our ES/ PNET patient cohort, most frequently the number of copies were altered in genes srGAP2, RGPD5, NPHP1, GTF2IRD2, PDXDC1. In our undifferentiated neuroblastoma patient, most frequently the number copies were determined in genes Defensin beta 106A, Defensin beta 103B, RGPD5 gene and MAGE family member A12, SPANX family member D sarcoma antigen. In indifferentiated malignant tumors especially in the group of small round cell malignant tumors, most frequently the number copies were detected in immunoglobulin superfamily member 2, calcium / calmodulin- dependent protein kinase II beta, POM121 transmembrane nucleoporin, Ankyrin repeat domain 30B, Solute carrier family 6 member, Peptidylprolyl isomerase B, cyclophilin A, RLD domain-containing E3 ubiquitin protein ligase 2, Tryptophan 2.3-dioxygenase.Conclusion: The whole genome CGH method may be useful in pediatric cancers where difficulties are experienced in making differential diagnosis. Since, technical difficulties are experienced in the examination of paraffin-embedded tissue samples. storing fresh tissue samples from each tumor will be helpful for genetic and molecular examinations. A limitation of the method is that although chromosomal anomalies can be determined, contrary to in situ hybridization translocation of the chromosomal abnormality can not be determined.Key Words: Comparative Genomic Hybridization (CGH), Rare Pediatric Cancers, Differential Diagnosis 65

Son yıllarda allerjik hastalıkların sıklığındaki artışın çevre-gen etkileşimleri sonucu oluşan epigenetik değişimlerle açıklanabileceği düşünülmektedir. Bu çalışma da alerjik riniti ve astımı olan çocuklarda dolaşımda yer alan bazı miRNA'ların ifadelerindeki değişimi saptayarak hastalık patogenezinde rol oynayabilecek aday miRNA'ları tanımlamayı hedefledik.Çalışmaya 20 sağlıklı çocuk, 20 mevsimsel allerjik rinitli, 20 astımlı ve 12 perennial allerjik rinitli çocuk dahil edildi. Mevsimsel allerjik rinitli hastalar alerjen sezonunda ve sezon dışında karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. Allerjik hastalıklarla ilişkisi olabileceği düşünülen miRNA'ların (miR-181a, miR-133b, miR-125b, miR-126 ve miR-206) ifadelerindeki değişim RT–PCR yöntemi ile belirlendi ve kontrol örneklerininki ile kıyaslandı. Sonuçlar 2− ΔΔCT metodu kullanılarak analiz edildi.Çalışmaya dahil edilen sezon dışı mevsimsel AR'li grupta miR-125b'nin ve miR-181'nın ekspresyonunda kontrol grubuna göre azalma olduğu belirlenmiştir (p=0.039, p=0.014). Mevsimsel AR'li grupta allerjen sezonunda aday miRNA'ların ekspresyonları sezon dışına göre kıyaslandığında ise miR-125b ve miR-181a'nın ekspresyonlarının arttığı gözlemlenmiştir (p=0.027, p=0.001). Astımlı ve perennial allerjik rinitli hastaların bulunduğu grupta ise miR-206'nın ekspresyonunda kontrol grubuna göre azalma olduğu bulunmuştur (p=0.002, p=0.024). Çalışmamız mevsimsel AR'li hastaların kontrol grubu ile kıyaslandığında miRNA ekspresyonlarında anlamlı farklılıklar olduğunu, AR'li hastalarda allerji sezonu öncesi ve sezonda da ekspresyon seviyelerinde farlılıklar olduğunu göstermiştir. Ayrıca astımlı hastalar ile mevsimsel AR'li hastalar karşılaştırıldığında iki hastalıkta farklı miRNA'lar hastalıkla ilişkili olarak saptanmıştır. Tüm bu sonuçlar, miR-181a, miR-125b'nin mevsimsel alerjik rinit için ve miR-206'nın ise atopik olmaya astım için aday biyobelirteç olabileceğini göstermektedir. The increase in the frequenccy of allergic disease in recent years thought to be explain by epigenetic changesas a result of gene-environment interactions. In this study we aimed to identify the miRNAs which may have a role in disease pothogenesis in children with allergic rhinitis and asthma by determining of the changes in expression of some circulating miRNAs.The study included 20 healthy children, 20 seasonal allergic rhinitis, 20 asthmatic and 12 perennial allergic rhinitis children. Patients with seasonal allergic rhinitis were evaluated comparatively in and out of the allergen season. The changes in the expressions of miRNAs (miR-181a, miR-133b, miR-125b, miR-126 and miR-206) thought to be related to allergic diseases were determined by RT-PCR and compared to that of the control samples. The results were analyzed using the 2− ΔΔCT method.In seasonal AR (non-allergen season) group, miR-125b and miR-181a expression levels were observed to be lower than control group (p=0.039, p=0.014). In the seasonal AR group, in allergen season miR-125b and miR-181a miRNAs expression levels were observed to be higher than the out of allergen season (p=0.027, p=0.001). Also, in the group of patients with asthma and perennial allergic rhinitis, the expression of miR-206 was found to be decreased compared to the control group (p=0.002, p=0.024).Our study showed that there were significant differences in miRNA expression when the control group and seasonal AR patients were compared. Also, there were differences in expression levels in AR patients before and after the allergy season. In addition, different types of miRNA were found to be associated with the disease when the asthma and seasonal AR patients were compared. All these results showed that miR-181a, miR-125b can be a candidate biomarker for seasonal allergic rhinitis and miR-206 can be a candidate biomarker for non-atopic asthma. 112

Osteosarkom çocuklarda ve yetişkinlerde görülen en yaygın kemik kanseri türüdür. ARID3A (AT-zengini etkilişim domeyni 3A) bir DNA bağlanıcı proteindir, hücre döngüsü ilerleyişi için E2F ile işbirliği yapar ve ayrıca geniş çapta biyolojik işlevleri ile doğrudan bir p53 hedef genidir. Orjinalde bir nüklear protein olarak tanımlanmış olan X'e bağlı apoptoz inhibitör proteini (XIAP) ile ilişkili faktör 1 (XAF1) bir tümör baskılayıcı gendir ve bütün normal dokularda bolca ifade edilirken pek çok insan kanserlerinde ya yoktur ya da düşük düzeylerde mevcuttur. ''Gerçekten ilginç yeni gen'' (RING) parmak proteini 114 (RNF114/ZNF313) bir çinko bağlanıcı protein kodlayan gendir ki çoklu insan kanserlerinde sık genomik amplifikasyon sergiler. ZNF313 hücre döngüsü ilerlemesi, farklılaşma ve yaşlılık düzenlenmesinde hayati rollere sahip olan bir ubikutin E3 ligazıdır. ZNF313 başlangıçta bir XAF1- etkileşim proteini olarak tanımlanmıştır ve XAF1' in stabilitesini ve proapoptotik etkisini arttırır. Biz, osteosarkomda ARID3A (Rb/E2F1 ve p53 tümör baskılayıcı yolaklarının her ikisinin de fonksiyonel bir bağlayıcısıdır) XAF ve ZNF313 arasında olası bir etkileşim olabileceği hipotezini kurduk. Böylesi etkileşim ve onun mekanizmaları henüz açıklığa kavuşturulmamıştır. Bu çalışmada, osteosarkom hücre hattı U2OS' de ARID3A' susturulması ve aşırı ifadesi gerçekleştirildi ve RNA seviyeleri Real-Time Quantitative Reverse Transcription PCR (RT-PCR) ile ölçüldü. Şunu farkettik ki ARID3A ' nın susturulması osteosarkomda p53, XAF1 ve ZNF313' ün ifadelerini düşürmüş ve aşırı ifadelendirilmesi bu genlerin ifadelerini arttırmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlar ARID3A' nın osteosarkomda doğrudan XAF1 ve ZNF313 ifadelerini düzenlediğini belirtmektedir. Çalışmamız, osteosarkomda ARID3A yolu üzerinden XAF1 ve ZNF313 ' ün hedeflenmesi vasıtasıyla bir tedavi seçeneği daha sunmuştur. Sonuçlarımız şunu önermektedir ki ARID3A' nın XAF1 ve ZNF313 ifadelerini doğrudan düzenlediği şekliyle osteosarkomda teröpetik bir hedef olarak kullanılabilir. Bu yüzden buluşlarımızın onaylanması için daha ileri çalışmalara geresinim duyulmaktadır.Anahtar Kelimeler: ARID3A, Osteosarkom, p53, XAF1, ZNF313 Osteosarcoma is the most common type of bone cancer in children and adolescents. ARID3A (AT-rich interactive domain 3A) is a DNA binding protein, cooperates with E2F for cell cycle progression and also a direct p53 target gene with a wide range of biological processes. X-Linked Inhibitor of Apoptosis (XIAP)-associated factor 1 (XAF1), which was originally identified as a nuclear protein, is a tumor suppressor gene and is ubiquitously expressed in all normal tissues, but absent or present at very low levels in many human cancers. `Really interesting new gene` (RING) finger protein 114 (ZNF313/RNF114) is a zinc-binding protein encoding gene, which exhibits a frequent genomic amplification in multiple human cancers. ZNF313 is a ubiquitin E3 ligase that has a critical role in the regulation of cell cycle progression, differentiation and senescence. It was initially identified as an XAF1-interacting protein, which upregulates the stability and proapoptotic effect of XAF1. We hypothesized that there might have a possible interaction between ARID3A (which is the functional connector of both Rb/E2F1 and p53 tumor suppressor pathways), XAF1 and ZNF313 in osteosarcoma. Such interaction and their mechanisms has not yet been elucidated. In this study, silencing and overexpression of ARID3A in osteosarcoma cell line U2OS was performed and the RNA levels have been measured by Real-Time Quantitative Reverse Transcription PCR (RT-PCR). We noticed that silencing and overexpression of ARID3A decreased and increased the expression of P53, XAF1 and ZNF313 respectively in osteosarcoma. Our obtained results indicate that ARID3A regulates XAF1 and ZNF313 directly in osteosarcoma. Our study has given one more option in the treatment of osteosarcoma by targeting XAF1 and ZNF313 via ARID3A. Our results suggest that ARID3A may be used as a therapeutic target in osteosarcoma as it regulates the expressions of XAF1 and ZNF313 directly. Therefore, further studies are needed to confirm our findings.Keywords: ARID3A, Osteosarcoma, p53, XAF1, ZNF313 100

Günümüzde, kütle spektrometresi tabanlı proteomik yaklaşımlar hücrenin fizyolojik ve patolojik süreçlerinde meydana gelen farklılıkların tespit edilmesinde ve hastalıkların moleküler gelişiminin ve seyrinin aydınlatılmasında güçlü araçlar haline gelmiştir. Bu bakımdan, MS-tabanlı fosfoproteomik, kanser gelişimindeki düzensiz yolakların ve fonksiyonel proteinlerin daha ayrıntılı bir şekilde ortaya çıkarılmasında önemli bir rol üstlenmektedir.Çalışmamızda küçük hücreli dışı akciğer karsinomlarının (KHDAK) nadir görülen bir alt tipi olan büyük hücreli karsinom (BHK) hastalarının kontrol ve tümör dokularına ait fosfoproteomik profillerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Literatürde de çok az çalışmanın olduğu bu alt gruba ait hasta dokuları, ilk olarak etiketsiz görece kantifiksayona uygun olacak şekilde hazırlanmış ve sonrasında keşif modunda kütle spektrometresi analizleri yapılmıştır. Elde edilen fosfoproteomik profiller güçlü informatik programlar yardımıyla incelenerek anlamlı ifade farklılıkları ortaya çıkarılmıştır. Böylece toplamda 2314 fosfoprotein tanımlanmış ve bunların 2194'ü yüksek güvenirlikte kantifiye edilmiştir. En az iki kat ifade değişimi olan 324 fosfoproteinden 156'sı anlamlı olarak artmış ve 168'i azalmıştır. Bu fosfoproteinlerin bir kısmı doğrulaması yapılmak üzere seçilmiş ve hedefli proteomik yaklaşımla yeniden analiz edilmiştir. Bu sayede geleneksel yöntemlerden farklı olarak 70'in üzerinde protein hem çok kısa bir sürede hem de çok daha az bir maliyetle hassas bir şekilde incelenmiş ve gruplar arasındaki ifade farklılıkları doğrulanmıştır. Bu çalışmayla ülkemizde ilk defa KHDAK alt grubu olan BHK hakkında detaylı fosfoproteomik veriler elde edilmiştir. Bildiğimiz kadarıyla, bu çalışma, BHK tümör dokularının kendi sağlıklı dokularına karşı incelendiği, hastalık ile ilgili önemli farklılıkların ortaya çıkarıldığı ve ifade değişimlerinin yine MS tabanlı bir yöntemle doğrulandığı ilk büyük ölçekli fosfoproteomik çalışmadır. Nowadays, mass spectrometer-based proteomic approaches have become powerful tools for detecting differences in the physiological and pathological processes of the cell and for clarifying the molecular development and course of disease. In this respect, MS-based phosphoproteomics plays an important role in the elucidation of irregular pathways and functional proteins in cancer development in more detail.In this study, we aimed to determine phosphoproteomic profiles in control and tumor tissues of patients with large cell carcinoma (LCC), a rare subtype of non-small cell lung carcinomas (NSCLC). The patient tissues of this subtype, where there are very few studies in the literature, were first prepared in accordance with the label-free relative quantification, and then mass spectrometry analyzes were performed in discovery mode. The obtained phosphoproteomic profiles were examined with the help of powerful informatics programs and significant expression differences were revealed.Thus, a total of 2314 phosphoproteins have been identified and 2194 of them have been quantified with high confidence. Of the 324 phosphoproteins with at least two-fold changes in expression, 156 were significantly up-regulated and 168 were down-regulated. A number of these phosphoproteins were selected for validation and re-analyzed by targeted proteomic approach. In this way, unlike traditional methods, over 70 proteins were examined more precisely in a very short time and at a much less cost and the expression differences between the groups were verified. In this study, for the first time in our country, detailed phosphoproteomic data about the LCC (and NSCLC) was obtained. To our knowledge, this is the first large-scale phosphoproteomic study, in which LCC tumor tissues were examined against their own healthy tissues, significant differences were revealed related to the disease and expression differences were verified with a MS-based method again. 180

Oral kanser tüm kanserler arasında görülme sıklığı açısından 6. sırada yer alır ve oral kanserlerin yaklaşık %90 lık kısmını skuamoz hücreli karsinomlar (OSCC) meydana getirir. 5 yıllık sağ kalım oranı yaklaşık %50 olan OSCC; etyolojisinde yaş, cinsiyet, ırk, sigara ve alkol kullanımı, genetik faktörler, HPV gibi birçok etken bulundurmasının yanı sıra çoğunlukla oral kavitede bulunan premalign lezyonlar (OPML) olarak tanımlanan lezyonların dönüşümü sonucu meydana gelirler. OPML malign transformasyonla ilişkili olması hem displazi gelişimini ve maligniteye dönüşüm riskini önceden belirleyebilecek biyobelirteç olarak kullanılmasında hem de tedavide potansiyel ilaç hedeflerinin belirlenmesinde yararlanılabilir. OSCC'nin moleküler genetiği hakkında önemli bilgiler elde edilmesine rağmen, karsinogenez mekanizması henüz net değildir ve mekanizmayı anlamak çok önemlidir. Oral kavite kolay gözlemlenebilir bir bölgedir ancak OSCC, klinik olarak gözlemlenebildiği aşamada hastalığın ileri evrede olması nedeniyle yüksek morbidite ve mortaliteye sahiptir. Oral kavitenin premalign lezyonlarının hücreleri maligniteye dönüşme riskinin yüksek olduğu lökoplaki grubu, az riskli olan oral liken planus ve oral likenoid displazi grupları, malin grup ve kontrol olarak kullanılacak sağlıklı grup ile çalışma gerçekleştirilecektir. Çalışmamızda epigenetiğin kanser oluşumundaki rolünün anlaşılması ve hastalığın değerlendirilmesi açısından kullanılabilecek biyobelirteç olarak genlerin sağlayabileceği potansiyel aydınlatılmaya çalışılmaktadırDNA metilasyonu, tümor oluşumu ve progresyonunda önemli bir role sahiptir. Tümör baskılayıcı genlerin promoter bölgelerinde anormal metilasyon ile gerçekleşen gen sessizleşmesi, yeni biyobelirteç arayışı açısından erken tanı ve tarama için umut vaadeden önemli bir mekanizmadır. Çalışmamıza premalign lezyonlardan, literatürde maligniteye dönüşme riski yüksek olduğu bildirilen lökoplaki ile malignite potansiyeli düşük olan oral liken planus ve oral likenoid displazi dahil edilmiştir. Çalışmamızda literatürdeki bu bilgi eksikliğini gidererek OPML'nin maligniteye dönüşüm riski, yüksek ve düşük malignite dönüşüm riski taşıyan OPML grupları arasında ve OPML ile OSCC arasındaki moleküler farklılıklar sağlıklı kişilerden elde edilecek veriler bazında belirlenmiş ve PAX1'in non-invaziv yöntemlerle tanı, teşhis ve tedavide kullanılabilecek bir biyomarker olma potansiyeli incelenmiştir. Oral cancer is the 6th most common cancer in the World and approximately 90% of oral cancers are squamous cell carcinomas (OSCC). OSCC with a 5-year survival rate of approximately 50%; In addition to having many factors such as age, sex, race, smoking and alcohol use, genetic factors, HPV, they are mostly caused by transformation of lesions which are defined as premalign lesions (OPML) in oral cavity. The relevance of OPML to malignant transformation can be used both as a biomarker for predicting the development of dysplasia and the risk of conversion to malignancy, and for determining potential drug targets in treatment. Although important information about the molecular genetics of OSCC has been obtained, the mechanism of carcinogenesis is not yet clear and it is very important to understand the mechanism. The oral cavity is an easily observable region, but OSCC has high morbidity and mortality due to the advanced stage of the disease at the stage of clinical observation. Premalign lesions of the oral cavity will be treated with leukoplakia group with high risk of conversion to malignancy, oral lichen planus with low risk, oral lichenoid dysplasia groups, malin group and healthy group to be used as control. In our study, the role of epigenetics as a biomarker which can be used to understand the role of epigenetics in cancer formation and to evaluate the disease is tried to be elucidated.DNA methylation has an important role in tumor formation and progression. Gene mutation with abnormal methylation in promoter regions of tumor suppressor genes is a promising mechanism for early diagnosis and screening in terms of new biomarker search. In our study, leukoplakia, which has been reported to have a high risk of conversion to malignancy, has been included in our study, including oral lichen planus and oral lichenoid dysplasia with low malignancy potential. In the present study, by eliminating this information deficiency in the literature, the risk of conversion of OPML to malignancy, between OPML groups with high and low risk of malignant transformation and molecular differences between OPML and OSCC were determined on the basis of data obtained from healthy individuals. The potential of PAX1 to be a biomarker which can be used in the diagnosis and treatment by non-invasive methods is investigated. 119

Malign infantil osteopetrozis otozomal resesif bir hastalıktır ve tek tedavi yöntemi allojenik hematopoetik kök hücre tedavisidir. Tez çalışmasının ana hedefi, osteopetrozis hastalığında hematopoetik nişin modellenmesidir. Bu kapsamda TCIRG1 mutasyonu taşıyan üç osteopetrozis hastasının periferik kan mononükleer hücrelerinden Uyarılmış Pluripotent Kök Hücre (uPKH) hatları elde edilmiştir. uPKH hatları ilk olarak Hematopoetik Kök Hücre'lere (HKH) daha sonra myeloid progenitor ve osteoklast hücrelerine farklılaştırılmıştır. Uyarılmış Pluripotent Kök Hücre'lerden elde edilen Hematopoetik Kök Hücre (uHKH) kaynaklı osteoklast hücreleri taramalı elektron mikroskop (SEM), akım sitometri, immünfloresan boyama ve osteoklast spesifik moleküler belirteç ifadesi değerlendirilerek karakterize edilmiştir. In vitro hematopoetik niş modelleme için, osteopetrotik–HKH ve sağlıklı-ve/veya osteopetrotik MKH'leri arasındaki etkileşimi değerlendirmek amacıyla kemik iliği MKH ve uHKH'lerin farklı kokültür kombinasyonları yapılmıştır. Kokültür deneylerinden sonra, MKH'lerde HKH'lerin kinetiği ile ilişkili genlerin ifadesi analizi edilmiş ve migrasyon deneyleri yapılmıştır. Bütün uPKH hatları morfoloji, pluripotensi yüzey belirteçleri, pluripotensi ile ilişkili gen ifade profili açısından EKH'lere benzer özellikler göstermiştir. Bütün uPKH hatları başarılı bir şekilde HKH'lere, myeloid progenitörlere ve osteoklastlara farklılaştırılmıştır. Osteopetrotik uPKH kaynaklı osteoklast hücreleri Kathepsin K ve TRAP ile zayıf boyanmış, osteoklast spesifik yüzey belirteç ifadesi gözlemlenmiş, ancak zayıf aktin halka ve kısa podozom oluşumu, Kathepsin K, Kalsitonin-R ve NFATC1 ifadesinin ise önemli ölçüde azaldığı tespit edilmiştir. Sağlıklı-kontrol uHKH'leri ile kokültür sonrası, Jagged-1, Ang-1, Kit-L, Sdf-1 ve Opn ifadesi artmıştır. Osteopetrotik MKH'lerde artmış N-kadherin ifadesi gözlemlenmiş, ancak sağlıklı uHKH'ler ile kokültür sonrası azalmıştır. Kontrol uHKH'ler ile karşılaştırıldığında osteopetrotik uHKH'lerin migrasyon potansiyelinin bozulduğu gözlemlenmiştir. Sonuç olarak, osteopetrozisde disfonksiyonel osteoklast hücreleri defektif HKH niş oluşumuna neden olmaktadır. Bunun da temel nedenleri MKH kompartmanında görülen değişim ve HKH'lerin nişteki yerleşiminin bozulmasıdır. Malignant infantile osteopetrosis is an autosomal recessive disorder. The only available treatment is allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. The objective of this study was to model hematopoietic niche in ostepetrosis. hiPSC lines were generated from peripheral blood mononuclear cells of three patients carrying TCIRG1. IPSC lines were differentiated first into HSCs, then into myeloid progenitors and osteoclasts using a step-wise protocol. iHSCs-derived osteoclasts were characterized by scanning-electron-microscope(SEM), flow-cytometry, IF-staining and expression of osteoclast-specific molecular markers. Different coculture conditions with bone marrow-derived-hMSCs and iHSCs were set up to study the interaction between osteopetrotic-HSCs and healthy- and/or osteopetrotics-MSCs as an in vitro hematopoietic niche model. After coculture, expression of the genes in MSCs related to HSC kinetics were analyzed and migration assays were done. All iPSC lines were showed typical ESC features with regards to morphology, pluripotency surface markers and pluripotency-associated gene expression profile. All lines were differentiated succesfully into HSCs, myeloid progenitors and osteoclasts. Osteopetrotic-iPSCs-derived osteoclasts were weak positive for Cathepsin K, and TRAP, were showed weak positive actin ring and short podosome formation, and exhibited osteoclast-spesific surface markers, but showed significantly reduced expression of Cathepsin K, Calcitonin-R, and NFATC1compared to controls. Following coculture with healthy-control iHSCs, the expression of Jagged-1,Ang-1,Kit-L,Sdf-1, and Opn increased while overexpression of N-cadherin decreased after coculture in osteopetrotic MSCs. The migration potential of osteopetrotic iHCSs were found impaired compared to control-iHSCs. In conclusion, our results indicate that dysfunctional osteoclasts in osteopetrosis lead to defective HSC niche formation resulting from altered MSC compartment, and abnormal HSC homing besides insufficient marrow space resulting from defective bone resorbtion. 163

Peptide structured small molecules function in the regulation of a variety of physiological processes and intercellular communication. In this study, precursor sequences of known 17 CXCL chemokine molecules were analyzed through a rationalistic and genuine algorithm. Small peptide molecules derived from these precursor sequences were determined and those (15 out of 17 molecules) which are appropriate for synthesis and in vitro testing were selected. The effects of these molecules on activation, proliferation and cytokine synthesis of immune cells in peripheral blood were assayed in the presence of various stimulants. Small peptide molecules derived from CXCL chemokine precursors (11 molecules) were determined with a potential to modulate immune responses. Three molecules (Pep8, Pep14, Pep17-2) determined to possess the highest impact were synthesized and labeled with fluorescein and data were gathered on their interaction with specific types of immune cells. In conclusion, our study was demonstrated that many peptide derivatives synthesized affect the immune responses in different aspects and various sensitivities. These small peptide molecules interacted with especially myeloid cells. These interaction capacities of small peptide molecules were considered to be candidates for targeting acute myeloid leukemia (AML) cells. The highest interaction between peptides and AML cell lines was observed between Pep14 and THP-1, which is a monocytic subgroup of AML cell lines. We observed that CD11bhigh cells more prone to uptake these peptides compared to CD11blow ones. These small peptides specific endocytosis mechanisms were evaluated and it was observed that they can use all endocytic pathways. TÜBİTAK İÇİNDEKİLER ONAY SAYFASI iii YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iii ETİK BEYAN v TEŞEKKÜR vi ÖZET vii ABSTRACT viii İÇİNDEKİLER ix SİMGELER ve KISALTMALAR xii ŞEKİLLER xv TABLOLAR xx 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 4 2.1. Doğal İmmünite Ve İnflamasyon 4 2.2. Miyeloid Hücre Gelişimi 8 2.3. Kemokinler 11 2.3.1. Kemotaksis 11 2.3.2. Kemokin Ailesi 13 2.4. İnflamasyon Ve CXCL Kemokinler 14 2.5. Kemokin Biyosentezi 18 2.5.1. Kemokinlerin Hücre İçi Taşınımı Ve Salımı 19 2.5.2. Kemokinlerin Post-Translasyonel Modifikasyon İle Biyoaktivite Kazanması 20 2.5.3. Alternatif Kesimler Sonucu Açığa Çıkan Küçük Peptit Moleküllerinin Biyoaktif Özellikleri 24 2.6. Küçük Peptitlerin Hücreler İle Etkileşimi 25 2.7.Endositoz 29 2.7.1. Klatrin-Aracılı Endositoz (Clathrin-Mediated Endocytosis) 30 2.7.2 Kaveol-Aracılı Endositoz (Caveolae-Mediated Endocytosis) 31 2.7.3 Makropinositoz 32 ix 2.7.4 Fagositoz 34 3. GEREÇ VE YÖNTEM 36 3.1. Çalışmada Kullanılan Malzemeler 36 3.2. Hazırlanan Tampon Ve Çözeltiler 37 3.3. Cxcl Kemokinlerine Ait Öncül Peptit Dizilerinin Belirlenmesinde Kullanılan Tasarım Algoritması 38 3.4. Küçük Peptit Moleküllerinin Sentezi Ve Çözülmesi 40 3.5. İnsan Periferik Kan Mononükleer (Pkm) ve Polimorfonükleer (Pmn) Hücre İzolasyonu 40 3.6. Lökosit Alt-Tiplerinin Saflaştırılması 41 3.6.1 Manyetik-Aktive Hücre Ayrımlaması (Magnetic-Activated Cell Sorting, Macs) 43 3.6.2 Floresan-Aktive Hücre Ayrımlaması (Fluorescence-Activated Cell Sorting, Facs) 43 3.7. Hücre Sayımı 44 3.8. Hücre Kültürü 45 3.9. Mtt Yöntemi İle Canlılık Analizleri 45 3.10. Pkm Hücrelerinin Uyarılması 46 3.11. Akım Sitometri Analizleri 47 3.12. Karboksi Floresan Süksinimidil Ester (Carboxyfluorescein Succinimidyl Ester, Cfse) Boyama İle Hücre Çoğalma Analizi 49 3.13. Enzim İlintili İmmün Test (Enzyme Linked Immunosorbent Assay, Elısa) Deneyleri 50 3.15. Hücre Yüzey Floresan Işımasının Söndürülmesi (Quenching) 54 3.16. Endositoz İnhibitörlerinin Toksik Olmayan Dozlarının Belirlenmesi 54 3.17. Küçük Peptit Moleküllerinin Hücre İçine Alım Yollarının Belirlenmesi 55 3.18. Floresan Mikroskopi 56 3.19. İstatistiksel Analizler 56 4. BULGULAR 57 x 4.1. CXCL Kemokinlere Ait Öncül Peptit Dizilerinin İn Silico Analizler İle Tasarlanması 57 4.2. Belirlenen CXCL Öncül Dizilerinden Türevlenen Küçük Peptitlerin Periferik Kan Hücrelerinin Canlılığına Etkisi 69 4.3. CXCL Öncül Dizilerinden Türevlenen Küçük Peptit Moleküllerinin Periferik Kan Mononükleer Hücrelerinin Aktivasyonuna Etkileri 73 4.4. CXCL Öncül Dizilerinden Türevlenen Küçük Peptit Moleküllerinin Periferik Kan Mononükleer Hücrelerinin Çoğalması Üzerine Etkileri 80 4.5. CXCL Öncül Peptit Dizilerinden Türevlenen Küçük Moleküllerin Periferik Kan Mononükleer (PKM) Hücrelerinden Üretilen Salgılanan Sitokin Düzeyleri Üzerine Etkileri 83 4.6. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2 Küçük Peptitlerinin İmmün Hücreler İle Etkileşimi 88 4.7. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2 Küçük Peptitlerinin Lökositler İle Zaman Ve Sıcaklığa Bağlı Etkileşimi 4.8. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2 Küçük Peptitlerinin Periferik Kan Lökositleri İle Etkileşiminin Floresan Mikroskopi Doğrulaması 4.9. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2 Peptit Moleküllerinin Lösemi Hücre Hatları İle 93 97 Miyeloid Hücre Etkileşimi 100 4.10. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2’nin Miyeloid Hücrelerle Etkileşim Kapasitesinin Hücrelerin Olgunluk Düzeyi İle İlişkisi. 116 4.11. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2 Küçük Peptit Moleküllerinin Hücre İçine Alım Mekanizmalarının Araştırılması 117 5. TARTIŞMA 122 6. SONUÇ ve ÖNERİLER 140 7. KAYNAKLAR 143 8. EKLER EK-1: Tez Çalışması İle İlgili Etik Kurul İzinleri EK-2. Orjinallik Ekran Çıktısı EK-3. Dijital Makbuz 9.ÖZGEÇMİŞ Peptit yapılı küçük moleküller pek çok fizyolojik sürecin düzenlenmesinde ve hücrelerarası iletişimin sağlanmasında rol alır. Bu çalışmada, bilinen 17 adet insan CXCL kemokin öncül dizilerinden türevlenen küçük peptit molekülleri rasyonel ve özgün bir algoritma ile irdelemiş, bu dizilerden türevlenen küçük peptit molekülleri belirlenmiş ve in vitro kullanıma uygun olacak ve sentezlenmesi mümkün peptitler (15 molekül) seçilmiştir. İlgili küçük peptit moleküllerinin periferik kan immün hücrelerinin çeşitli uyaranlar altında aktivasyonunu, çoğalmasını ve sitokin sentezini nasıl etkilediği araştırıldı. İmmün düzenleyici etki gösterme olasılığı olan CXCL kemokin öncül dizilerinden türevlenen küçük peptit molekülleri saptandı. En yüksek etkiye sahip olduğu belirlenen üç molekül (Pep8, Pep14 ve Pep17-2) floresan ile işaretli olarak sentezletildi ve hangi immün hücre tipleri ile daha çok etkileştikleri hakkında bilgiler edinildi. Çalışmamız sonucunda elde edilen pek çok peptit türevinin immün yanıtları farklı açılardan ve farklı hassasiyette etkileyebileceği sonucuna varıldı. Bu küçük peptit moleküllerinin en çok miyeloid hücreler ile etkileşim gösterdiği belirlendi. Bu etkileşim kapasitelerinden dolayı akut miyeloid lösemi (AML) hücrelerini hedeflemede kullanılabilecek adaylar olduğu düşünüldü. AML hücre hatlarının özellikle monositik alt-tipi olan THP-1 hücre hattı ile Pep14 arasında en yüksek etkileşim görüldü. Genel olarak peptitler olgunlaşma düzeyi daha ileride bulunan CD11byüksek hücreler ile daha çok etkileşim gösterdi. İlgili peptitlerin endositoz mekanizmaları da değerlendilmiş olup, reseptör aracılı girişin yanı sıra diğer endositoz mekanizmalarını da kullanabildikleri belirlendi.

Balıkesir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, Kanser ülkemizde ve dünya çapında çok fazla rastlanan ciddi sorunlarla yaşamı tehdit eden bir hastalıktır. Kanserli hücrelerin yapısı değiştiğinde normal fonksiyonlarını yapamayıp başka fonksiyonlar kazanırlar. Buğdayın (Triticum aestivum) gelişmekte olan ülkelerde kullanımı gün geçtikçe artmaktadır. Buna bağlı olarak buğday çimeninin önemi de her geçen gün tartışmalara yol açmaktadır. Yapılan çalışmalar tahıl kökenli beslenmenin birçok hastalığa (kanser, diyabet, kardiyovasküler hastalıklar) karşı koruyucu olduğunu göstermiştir. Bu çalışmada, buğday çimi (Triticum aestivum L.) ekstresinin (BÇE) farklı konsantrasyonlarının farklı hücre hatları prostat kanser hücre hattı (PC3), insan kordon bağı ven endoteliyal hücre hattı (HUVEC), karaciğer kanser hücre hattı (HEP3B), pankreas kanser hücre hattı (PANC-1) üzerindeki 24, 48 ve 72 saatteki etkileri incelenmiştir. Yapılan canlılık testleri sonucunda en yüksek etkinin PC3 hücrelerinde olduğu belirlenmiştir. BÇE uygulaması PC3 ve HUVEC hücrelerinde morfolojik olarak da değişikliklere sebep olmuştur. PC3 hücrelerine BÇE uygulamasının pro apoptotik BAX ve otofaji ilişkili Beklin 1 gen ekspresyonuna etkileri mRNA seviyesinde Real Time PCR yöntemi kullanılarak ve protein seviyesinde ise Western Blot yöntemi kullanılarak aydınlatılmıştır. Çalışmalarımız sonucunda PC3 hücrelerinde BÇE uygulamasına bağlı olarak meydana gelen hücre ölümünde apoptotik hücre ölüm yolağının etkili olabileceği konusunda veriler elde edilmiştir. Bu çalışma sonucunda elde edilen verilerin kanser tedavisi alanında daha sonra yapılacak çalışmalara ışık tutacağı öngörülmektedir., Cancer is a life-threatening disease with serious problems in our country and worldwide. When the structure of cancerous cells change, they cannot perform their normal functions and gain of new other functions. The use of wheat (Triticum aestivum) in developing countries is increasing day by day. Accordingly, the importance of wheat grass leads to controversy. Studies have shown that cereal-based nutrition is protective against many diseases (cancer, diabetes, cardiovascular diseases). In this study, the effect of different concentrations of wheatgrass (Triticum aestivum L.) extract (WGE) on different cell lines prostate cancer cell line (PC3), human umbilical vein endothelial cell (HUVEC), HEP3B, pancreatic cancer cell line (PANC-1) at 24, 48 and 72 hours time intervals ) was investigated. As a result of vitality tests, the highest effect was observed in PC3 cells. WGE application also caused morphological changes in PC3 and HUVEC cells. The effects of WGE administration on PC3 cells on pro apoptotic BAX and autophagy-related Beclin 1 gene expression were elucidated by using Real Time PCR method at mRNA level and by using Western Blot method at protein level As a result of our studies, data have been obtained that apoptotic cell death pathway can be effective in cell death due to WGE application in PC3 cells. It is predicted that the data obtained as a result of this study will shed light on future studies in the field of cancer treatment., Bu tez çalışması Balıkesir Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri (BAP) tarafından 2018/181 nolu proje ile desteklenmiştir.

Multipl Miyelom-Notch sinyal yolağı arasındaki ilişkinin belirlenmesi ve ilgili mekanizmalarının netleştirilmesi için yoğun çalışılan araştırma konularındandır. Yapılacak bu çalışma ile multiple myelom ve notch sinyal yolağı arasındaki ilişkiyi kemoterapi tedavisi boyunca belirlemek amaçlanmaktadır. Böylece bu çalışma ile hastaya uygulanması planlanan kemoterapi tedavi rejimi kombinasyonunu belirlemede ve tedavi süresince hekimlere yarar sağlayacağı düşünülmektedir. Çalışma sonuçlarının anlamlı çıkması halinde günümüzde uygulanan kanser direncine karşı yararlı olduğu düşünülen çoklu ilaç kombinasyonlarının tercih edilmesi eğilimini arttırması planlanmaktadır. Çalışma için Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Girişimsel Olmayan Klinik Araştırmalar Etik Kurulu'ndan 10.08.2017 tarihinde onay alınmıştır. Çalışmada 04.12.2017-1.07.2019 tarihleri arasında Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Hematoloji Polikinliği tarafınca multiple myelom tanısı konulan, kemoterapi tedavisine başlanılan hastalardan kemoterapi öncesi ve sonrası her ay olmak üzere 4 ay boyunca 5'er ml serum tüpüne kan alınmıştır. Çalışmamızda elde edilen; Notch1, Notch2, Jagged1, Jagged2'nin kemoterapi öncesi ve sonrası 4 ay boyunca ölçülen düzeyler SPSS analiz programına girlerek paired samples t test te değerlendirildiğinde sonuçlarımızın anlamsız çıktığı görülmüştür. Bunun nedenleri arasında N sayımızın (22) düşük olması, bağımlı değişken sayılarımızın çeşitli nedenlerden dolayı eşit olmadığı ve kontrol grubunun çalışmaya dahil edilmediği gösterilebilir. Notch1, Notch2, Jagged1, Jagged2 düzeylerin ortalamaları alındığında aylar arasındaki azalış ve artışlar fark edilmiştir. Sonuçlar korelasyon analizi ile değerlendirildiğinde bazı aylar arasındaki düzeylerde korelasyon anlamlı çıkmıştır. Ayrıca myelomun farklı alt tiplerine sahip hastalarda ayrı ayrı değerlendirme yapılarak daha spesifik sonuçlar elde edilebilir. Multiple Myeloma is one of the most researched topics to determine the relationship between Notch signaling pathway and clarify the related mechanisms. The aim of this study is to determine the relationship between multiple myeloma and notch signaling pathway throughout chemotherapy treatment. Thus, it is thought that this study will help physicians to determine the combination of chemotherapy treatment regimen planned to be administered to the patient and during treatment. If the results of the study are significant, it is planned to increase the tendency to use multiple drug combinations that are thought to be beneficial against cancer resistance applied today. Approval was obtained from Aydın Adnan Menderes University Faculty of Medicine, Non-Interventional Clinical Research Ethics Committee on 10.08.2017. In this study, between the dates 04.12.2017-1.07.2019, Aydin Adnan Menderes University Faculty of Medicine Research and Application Hospital by the Hematology Polyclinic patients diagnosed with multiple myeloma and chemotherapy treatment was started before and after chemotherapy every month for 4 months, 5 ml of serum tube. Obtained in our study; When the levels of Notch1, Notch2, Jagged1, Jagged2 were measured for 4 months before and after chemotherapy by entering the SPSS analysis program, paired samples t test showed that our results were meaningless. The reason for this is that our N number (22) is low, our dependent variable numbers are not equal for various reasons and the control group is not included in the study. When the averages of Notch1, Notch2, Jagged1, Jagged2 levels are taken, decreases and increases are observed between the months. When the results were evaluated by correlation analysis, there was a significant correlation between the levels in some months. In addition, more specific results can be obtained by evaluating separately in patients with different subtypes of myeloma. 78

Glioblastoma (GB) bilinen en malin beyin tümörüdür. GB, radyoterapi ve kemoterapi uygulamalarına moleküler ve klinik özellikleri açısından sıklıkla dirençlidir. Kemoterapide kullanılan en yaygın ilaç Temozolomid (TMZ)'dir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda, leptinin kanser tedavisinde gelişen kemoterapötik dirençte rol oynayabileceği belirtilmektedir. Bu tez çalışmasında; Glioblastoma'da TMZ'ye karşı gelişen kemoterapötik dirençte, leptin ve/veya leptin antagonistinin (SHLA) olası rolünün araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada T98G, U373 MG ve LN-405 GB hücre serileri kullanılmıştır. Bu hücrelerde TMZ, leptin ve SHLA'nın sitotoksisitesi MTT ile saptanmıştır. TMZ, leptin ve SHLA'nın tekli kullanımlarının ve ikili, üçlü kombinasyonlarının TMZ direnç yolağında yer alan MGMT, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 genlerinin ekspresyonları üzerine etkisi RT-PZR ile saptanmıştır. Moleküllerin genomik DNA hasar etkisi COMET ve hücre döngüsüne olan etkileri ise akım sitometri ile belirlenmiştir. TMZ, leptin ve SHLA'nın TMZ direnç yolağındaki genlerin ekspresyonlarına olan etkileri birbirinden farklılık göstermektedir. Genomik DNA hasarı ve hücre döngüsü açısından hücre serileri arasında anlamlı farklılıklar saptanmıştır. Elde edilen veriler TMZ, leptin ve SHLA'nın hücre tipine göre kemoterapötik dirence farklı düzeyde katkı sağladığı, leptinin özellikle MGMT ekspresyonunu arttırdığı, MMR genlerinde ise genel olarak değişikliğe neden olmadığı tespit edilmiştir. Leptin ve SHLA'nın tek başlarına genomik DNA'da hasar oluşturabildiği ve hücrelerin G1 fazında birikmesine neden olduğu ancak kombinasyonlarda bu etkinin hücre tiplerine göre farklılık gösterdiği saptanmıştır. Sonuçlarımız, leptin ve SHLA'nın tek ve kombine kullanımlarının TMZ kemoterapötik direncinde rol alabileceğini ve bu etkinin hücre tipine göre ve gen spesifik olarak değiştiğini göstermektedir. Bu tez çalışması, leptin ve SHLA'nın TMZ direncindeki etkisinin araştırıldığı ilk çalışmadır. Glioblastoma (GB) is the most malignant brain tumor. GB is often resistant to radiotherapy and chemotherapy treatment in terms of molecular and clinical features. Temozolomide (TMZ) is the most common drug as chemotherapy. Recent studies have indicated that leptin may play a role in chemotherapeutic resistance to cancer treatment. In this thesis; We aimed to investigate the possible role of leptin and/or leptin antagonist (SHLA) in chemotherapeutic resistance to TMZ in GB. T98G, U373 MG and LN405 GB cell lines were used in this study. The cytotoxicity of TMZ, leptin, and SHLA was determined by MTT. The effect of single use of TMZ, leptin and SHLA and combinations of binary and triple on to the expressions of MGMT, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 genes in TMZ resistance pathway was determined by RT-PCR. Genomic DNA damage effect of molecules was determined by COMET and cell cycle effects was determined by flow cytometry. The effects of TMZ, leptin and SHLA on the expression of genes in the TMZ resistance pathway differ from each other. It determined that there were significant differences among cell lines in terms of the effects of genomic DNA damage and cell cycle. Data obtained show that TMZ, leptin, and SHLA contribute to chemotherapeutic resistance at different levels in each cell type, leptin especially increases MGMT expression and does not cause general changes in MMR genes. Our results suggest that leptin and SHLA alone can cause DNA damage and accumulation in the G1 phase, but these effects vary in the combination of leptin and SHLA according to cell types. Our results indicate that leptin and SHLA, alone and combined, may play a role in the chemotherapeutic resistance to TMZ, and these effects vary with cell type and gene-specific. This is the first study investigating the effects of leptin and SHLA on TMZ resistance. 118

Tip 2 Diyabet hastalığı patogenezinde beta hücre fonksiyon ve kütle kaybı ile senkronize ortaya çıkan, ayrıca genetik ve çevresel faktörleri içeren oldukça karmaĢık metabolik bir bozukluktur.MODY (Maturity Onset Diabetes Of The Young) geni beta hücre fonksiyon kaybıyla iliĢkili ikincil ortaya çıkan otozomal dominant kalıtılan ve nadir rastlanan bir Tip 2 Diyabet formudur.Tip 2 Diyabet formlarından biri olan MODY‟e sebep, birçok gende mutasyon belirlenmiĢtir. Bu mutasyonlardan Glukokinaz geninde gerçekleĢen ve glukozun algılanmasında bozukluk Ģeklinde ortaya çıkan Ģekli MODY2 olarak isimlendirilmektedir.ÇalıĢmamızda; T2DM (Type 2 Diabetes mellitus) hastaları ile sağlıklı bireylerden oluĢturduğumuz hasta ve kontrol grupları arasında MODY2 gen polimorfizlerinin T2DM hastalığı üzerine etkisini araĢtırdık.Hasta ve kontrol gruplarından aldığımız kan örneklerinde DNA izolasyonu yapılmıĢ ve Real Time PCR yöntemiyle genotipler belirlenmiĢtir. YapmıĢ olduğumuz çalıĢmalar sonucunda elde ettiğimiz genotipler ile hastalık arasında iliĢki olup olmadığına bakılmıĢ ve MODY2 geninde G>A polimorfizminin, Türk Popülasyonunda incelendiği çalıĢma da vakaların A Alleli taĢıma durumunun hastalık oluĢma oranını 3.26 kat arttırdığı, G Alleli taĢıma durumunun ise hastalık oluĢma oranını 5.43 kat azalttığı gibi anlamlı bir sonuca varılmıĢtır. Elde edilen verilere göre çalıĢmamızın hastalığın önlenmesi ve tedavisinin geliĢimine katkı sağlayacağı düĢünülmekle birlikte, Türk popülasyonunda öncü çalıĢma niteliği taĢımaktadır. Type 2 Diabetes is a highly complex metabolic disorder that occurs in the pathogenesis of beta-cell function and mass loss, and also contains genetic and environmental factors.MODY (Maturity Onset Diabetes Of The Young) gene is a rare autosomal dominant inherited type 2 diabetes associated with beta cell function loss.One of the Type 2 Diabetes moths, the mody cause, has not been mutated in many genes. These mutations occur in the glucokinase gene, and the release of glucose in the form of the appearance of the disorder is called MODY2.In our study, we investigated the effect of MODY2 gene polymorphisms on T2DM disease among the patients and control groups formed by T2DM patients and healthy individuals.DNA isolation was made from blood samples taken from patient and control groups and genotypes were determined by PCR Method.As a result of the studies, the relationship between genotypes and the disease was investigated and it was observed that G>A polymorphism in the mody 2 gene was examined from the Turkish population and the rate of disease occurrence of the cases with A Allelic transport increased 3.26 times.It was concluded that G allele transport condition decreased the rate of disease occurrence by 5,43 times.According to the data obtained, it is thought that our study will contribute to disease prevention and treatment and it is a pioneering study in Turkish population. 98