Search

Molds are ubiquitous microorganisms in nature found onair, soil, water and organic matter. Molds can adversely affect the health ofhumans and animals by producing toxic metabolites. Molds also cause spoilage offoods which results in economic loss. Identification of molds grown in foods iscrucial for the studies on inhibition of mold growth on foods, knowledge ofresistant and mycotoxigenic species. Conventional identification procedures arebased on the recognition of the colony morphology and microscobic observations.Since traditional identification procedures are time consuming and requirespecified personnel, there is a need for more rapid and reliable techniques toidentify molds. Rapid methods are expensive and need to be standardized withextensive studies due to insufficient databases. Combination of conventionaland rapid methods increases the accuracy of the studies. In this review,conventional, molecular, matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight(MALDI-TOF) and fourier transform infrared spectroscopy (FT-IR) methods used toidentify molds were investigated., Küfler doğada hava, toprak, su ve organik maddelerüzerinde yaygın olarak bulunabilen mikroorganizmalardır. Küfler tarafından üretilentoksik metabolitler nedeniyle, küflerin insan ve hayvan sağlığı üzerindeolumsuz etkileri bulunmaktadır. Küfler gıdaların bozulmasına neden olarakekonomik kayıplara da sebep olmaktadır. Gıdalarda gelişen küflerin tanımlanmasıdirençli türler, mikotoksijenik türler ve küf gelişiminin inhibisyonu gibikonularda çalışmalar yapılmasında gereklidir. Küflerin tanımlanması kolonimorfolojisi ve mikroskobik özelliklerinin belirlenmesine dayanan gelenekselyöntemler ile gerçekleştirilmektedir. Geleneksel yöntemlerin zaman alıcı olmasıve deneyimli personel gerektirmesi nedeniyle, daha hızlı ve güveniliryöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Hızlı yöntemlerin maliyeti yüksek olup, aynızamanda veri tabanlarının yetersiz olması nedeniyle kapsamlı araştırmalar ile standartlaştırılmasıgerekmektedir. Geleneksel ve hızlı yöntemlerin birlikte kullanılmasıçalışmaların doğruluğunu arttırmaktadır. Bu derleme çalışmasında, küflerintanımlanmasında kullanılan geleneksel yöntemler, moleküler yöntemler, matriksile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi(MALDI-TOF MS) ve fourier transform infrared spektroskopisi (FT-IR) yöntemleriincelenmiştir.

Amaç: Bu proje, Kızılırmak Deltası'nda otlatılan mandalarda paramphistomosise neden olan türler ve arakonaklarını saptamak amacıyla yapılmıştır. Materyal ve Metot: Ağustos 2016 - Temmuz 2018 tarihleri arasında haftada bir kez Atakum ve Bafra ilçe mezbahalarına gidilerek kesilen 139 manda incelenmiştir. Aynı tarihlerde ilkbahar ve sonbahar mevsiminde ayda bir kez, hayvanların otladığı meralara gidilerek 550 sümüklü örneği toplanmıştır. Laboratuvarda ergin parazitler, morfolojik, histolojik ve moleküler, larva dönemleri moleküler yöntemlerle teşhis edilmiştir. Histolojik tanı için 10 µm kalınlıkta kesitler alınmış ve hematoksilen eozin ile boyanmıştır. Moleküler teşhis için erginler ve arakonaklardan elde edilen larval formların ITS-2+ ve Cox-1 gen bölgeleri PCR ile çoğaltılmıştır. ITS2+ rDNA gen bölgesinin çoğaltılması ile elde edilen PCR ürünlerine dört endonükleaz enzimi MseI, HaeIII, RsaI, Bsh1236I kullanılarak PCR-RFLP uygulanmıştır.Bulgular: İncelenen 139 mandanın 45'i (%32,37) paramphistomid türlerle enfekte bulunmuş, 45 hayvandan 4754 parazit toplanmıştır. Hayvan başına parazit sayısı 2-1884 (ort. 105.6) arasında değişmiştir. İncelenen 300 G. truncatula örneğinin 19'unda larval formlar tespit edilmiştir. Çalışmada 45 ergin örneğin tamamında ve arakonaklardan elde edilen 19 gelişme aşamasından 12'sinde (%4) C. daubneyi moleküler olarak tespit edilmiştir. Histolojik kesitlerle enfekte hayvanların tümünde C. daubneyi ve üç hayvanda P. cervi saptanmıştır. Son konaklardaki ergin parazitler (MH939278) ve arakonaklarda bulunan larval formlara ait DNA dizilimleri (MH939279) GenBank'a kayıt edilmiştir.Sonuç: Ülkemizde ilk kez C. daubneyi moleküler olarak teşhis edilmiş ve arakonağı G.truncatula olarak belirlenmiştir. Kızılırmak Deltası'ndaki mandalarda baskın tür olarak C. daubneyi belirlenmiş, ancak miks enfeksiyon şeklinde olmak üzere, üç hayvanda P. cervi'ye rastlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Calicophoron daubneyi; Galba truncatula; Manda; Paramphistomum cervi; Samsun; Türkiye. Aim: This project was carried out to determine amphistomid species parasitized in water buffalo (WB) grazing in the Kızılırmak Delta and their intermediate host.Material and Method: Between August 2016 and July 2018 abattoirs in Bafra and Atakum districts were visited once a week and 139 slaughtered WBs were examined. During the same period, in the spring and autumn once a month 550 snail samples were collected from pastures grazing WBs. Adult parasites were identified using histological and molecular methods and larval stages were only identified with molecular method in the laboratory. For histological diagnosis, mature parasites were cut as 10 µm thicknes and stained with hematoxylin eosin. The ITS-2 + and Cox-1 gene regions of adults and larval forms obtained from intermediate hosts were amplified using PCR. PCR-RFLP analysis were applied to PCR products obtained from amplification using four endonuclease enzymes; MseI, HaeIII, RsaI, Bsh1236I. Results: 45 out of 139 WBs (32.4%) were infected with Paramphistomid species and 4761 parasites were collected from 45 infected animals. The number of parasites per animal ranged from 2-1884 (mean. 105.8). Larval forms were found in 19 of 300 G.truncatula samples. In this study, C.daubneyi was determined molecularly in all 45 adult specimens and in 12 of 19 developmental stages (4%) obtained from intermediate hosts. Using histological section method C.daubneyi was determined in all infected animals and P.cervi in only 3 animals. DNA sequences of adult parasites in the definitive hosts (MH939278) and larval forms found in intermediate hosts (MH939279) were recorded in GenBank.Conclusion: For the first time C.daubneyi was identified molecularly and its intermediate host was determined as G.truncatula in our country. C.daubneyi was identified as the dominant species in buffaloes in Kızılırmak Delta, in addition P.cervi was found in three animals as mixed infection.Keywords: Calicophoron daubneyi; Galba truncatula; Paramphistomum cervi; Samsun; Turkey; Water buffalo 156

Çalışmamızın amacı piyasada satışa sunulan hayvan yemlerinden izole edilen Aspergillus genusuna ait türlerde ribotoksin gen bölgesinin varlığının araştırılmasıdır. Yapılan çalışmalar incelendiğinde ribotoksin üretici funguslar arasında Aspergillus genusuna ait türlerin fazlalığı dikkati çekmektedir. Ribotoksinler, protein sentezi inhibisyonuna ve apoptozis ile hücre ölümüne yol açan, 28S rRNA'nın büyük ölçüde korunmuş sarcin/ricin domainindeki fosfodiester bağ üzerinde oldukça spesifik bir nükleolitik aktivite sergileyen ribozom inaktive edici proteinlerin bir ailesidir. Çalışmamızda Ege Bölgesinde büyükbaş ve küçükbaş hayvan yemi satan yerlerden alınan 16 hayvan yemi örneği kullanılmıştır. Bu yem örneklerinden izole edilen fungusların tümünün fenotipik yöntemler ile tanısı yapılmış ve bunlardan 27 adet Aspergillus genusuna ait izolatın tanısı genotipik yöntemler ile doğrulanmıştır. Genotipik tanı amacıyla, funguslarda korunmuş gen bölgesi olan ITS gen bölgesi için spesifik universal primerler olan ITS1 ve ITS4 primerlerinin kullanıldığı polimeraz zincir reaksiyon (PCR) yöntemi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen PCR ürünleri dizi analizine gönderilmiştir. Analizden gelen sekans sonuçları Finch TV (Blast) ve ApE programı kullanılarak değerlendirilmiştir. Tür tayini, araştırmacıların kullanımına açık olan Gen Bankası'nın https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (NCBI) web sayfasında, nükleotid dizilerinin kıyaslanarak benzerliklerinin incelenmesi ile yapılmıştır. Bu incelemeler sonucunda 27 Aspergillus izolatında 13 farklı Aspergillus türü tespit edilmiştir. Genotipik olarak tanısı yapılan tüm Aspergillus suşlarında ribotoksin gen bölgesinin varlığını araştırmak amacıyla, funguslarda ribotoksin gen bölgesi için spesifik olduğu belirtilen KQ1-KQ2 primerleri ile PCR yapılmıştır. Elde edilen tüm ürünlerin sekans analizi yapılmış ve NCBI sayfasında sonuçlar incelenmiştir. Sonuçta 27 izolattan bir Aspergillus clavatus türünde mitogillin ailesinden cytotoxin clavin/c-sarcin ve bir Aspergillus fumigatus türünde mitogillin ailesinden Aspf 1 ribotoksin gen bölgesi varlığı tespit edilmiştir. Ayrıca ribotoksin gen bölgesine spesifik primerlerle yapılan PCR sonrasında Aspergillus aculeatus türünde elde edilen PCR ürününün dizi analizi sonuçlarına göre Aspergillus aculeatus hypothetical proteine ait kısmi mRNA ile %95 dizi homolojisi gösterdiği saptanmıştır. Her geçen gün yeni ribotoksin çeşitlerinin keşfedildiği düşünülürse ileride yapılacak çalışmalar bu protein bölgesinin de ribotoksinlerle bağlantısı olabileceğini düşündürmektedir., The aim of study is researching gene region responsible for ribotoxin production in Aspergillus species which belongs to the genus Aspergillus isolated from animal feed in the market. When the studies are examined, among the ribotoxin producing fungi, the excess of species belonging Aspergillus genus is remarkable. Ribotoxins are a family of ribosome inactivator proteins which have a fairly high specific activity against the phosphodiester bond of the sarcin/ricin loop universally preserved in 28S rRNA, leading to protein synthesis inhibition and cell death by apoptosis. In our study, 16 animal feed taken from places which selling cattle and sheep feed in Aegean Region were used. All of the fungi isolated from these feed samples were identified by phenotypic methods, and the identification of the 27 isolates belonging to Aspergillus genus was confirmed by genotypic methods. For the genotypic diagnosis, the polymerase chain reaction (PCR) method was performed using the universal primers ITS1 and ITS4 which spesific for the ITS gene region conserved in the fungus. The resulting PCR products were submitted for sequence analysis. Sequence results from the analysis were evaluated using Finch TV (Blast) and ApE program. The species identification was made by examining the similarities of the nucleotide sequences in the Gene Bank's https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (NCBI) website, which is open to the use of researchers. As a result of these researchs, 13 different Aspergillus species were detected in 27 Aspergillus isolates. In order to research the presence of the ribotoxin gene region in all genotypically identified Aspergillus strains, PCR was performed with KQ1-KQ2 primers that were specific for the ribotoxin gene region in the fungi. Sequence analysis of all the obtained products was carried out and the results were examined on the NCBI page. As a result, the presence of mitogillin family cytotoxin clavin / c-sarcin gene region in an Aspergillus clavatus species and the presence of mitogillin family Aspf 1 ribotoxin gene region in an Aspergillus fumigatus species from 27 Aspergillus isolates. In addition, it was determined that 95% sequence homology with the partial mRNA of Aspergillus aculeatus hypothetical protein was shown by the sequence analysis of the PCR product obtained from the Aspergillus aculeatus strain after PCR with the primers specific to the ribotoxin gene region. Considering that new ribotoxin varieties are being discovered every passing day, future studies suggest that this protein region may also be linked to ribotoxins.

Bu çalışmada, Styrax officinalis ve Dianthus erinaceus endemik bitki türlerinin kök kısımlarındaki bakteriyal ve fungal endofit çeşitliliğinin, kültürden bağımsız bir yaklaşım olan DGGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Bitkilerin köklerindeki endofitik bakteri ve fungus çeşitliliği 16S rDNA, ITS DGGE parmak izi ve filogenetik analizler kullanılarak ortaya çıkarılmıştır. Bitki örnekleri İzmir ilinin Kemalpaşa ilçesinden toplanmış ve aynı gün içinde laboratuvara getirilmiştir. Köklerin yüzeyleri sterilize edildikten sonra sterilite kontrolü yapılmıştır. Akabinde bitki örneklerinden total DNA izolasyonu, 16S rDNA ve ITS DGGE amplikonlarının jelden geri kazanımı ve dizi analizi gerçekleştirilmiştir. İki bitki örneğinden toplam 10 bakteriyel ve 13 fungal filotip elde edilmiştir. Filotipler NCBI-GenBank veribanındaki bakteri ve funguslara ait diziler ile benzerlikleri bakımından karşılaştırılmıştır. Bitki örneklerinin kök kısımlarındaki dominant endofitik bakteri çeşitliliğinin çoğunluğunu Protobacteria filum ve alt filumlarının oluşturduğu belirlenmiştir. Bitkilerdeki endofitik fungus çeşitliliğinin ise Ascomycota filumuna dahil Penicillium sp., Alternaria sp. ve kültürü yapılmamış Cladosporium sp. gibi fungus genuslarından oluştuğu belirlenmiştir. Çalışmamızda D. erinaceus'un endofitik bakteri ve fungus çeşitliliğinin S. officinalis'e göre daha yüksek olduğu saptanmıştır., This study was aimed to evaluate the bacterial and the fungal endophyte diversity of the root parts of Styrax officinalis and Dianthus erinaceus endemic plant species by culture independent DGGE method. The endophytic bacterial and fungal communitiy structures in the roots of the plants were revealed using 16S rDNA, ITS DGGE fingerprinting and phylogenetic analysis. Plant samples were collected from Kemalpaşa district of İzmir province and brought to the laboratory at the same day. The surface of the roots were subjected to sterilization and cheched for their sterility. Following the total DNA isolation from plant samples, recovery of 16S rDNA and ITS DGGE of the amplicons from the gel and sequence analysis were performed. A total of 10 bacterial and 13 fungal phylotypes were obtained from two plant samples. Phylotypes were compared with NCBI-GenBank database in terms of their similarities to the bacterial and fungal sequences. It has been determined that the majority of the dominant endophytic bacterium diversity in root parts of plant specimens is constituted by Protobacteria phylum and subfilums. The fungal diversity is constituted by Penicillium sp., Alternaria sp. and uncultured Cladosporium sp. belonging to the Ascomycota phylum. In our study, the endophytic bacterial and fungal diversity of D. erinaceus was found to be higher than S. officinalis.

Fitaz (E.C 3.1.3.8, myo-inozitol hegzakisfosfat fosfohidrolaz) fitik asidin inorganik fosfat ve myo inozitol fosfatlara hidroliz reaksiyonlarını katalizleyen enzimdir. Son yıllarda hayvan yetiştiriciliğinde ve insan beslenmesinde fitik asit fosforundan daha etkin şekilde faydalanılması ve çevre kirliliğinin azaltılması amacıyla fitatı parçalayan enzimlerle ilgili çalışmalar hız kazanmıştır. Ayrıca, myo-inozitol fosfatların hazırlanması ile, kağıt endüstrisi ve toprak iyileştirmede fitaz enzimi kullanılmaktadır. Yem katkısı olarak kullanılan fitazların yemlerin pelletlenme aşamasında yüksek sıcaklıklarda inhibe olmaması için termostabilitesinin yüksek olması aranılan en önemli özelliklerden biridir. Bu amaç doğrultusunda son yıllarda termostabil fitaz enzim arayışları hız kazanmıştır. Fitazlar, mikroorganizmalar, bitkiler ve hayvanlar gibi birçok kaynaktan tanımlanmıştır. Bu kaynaklar içinde mikroorganizmalar özellikle de küfler tercih edilen ticari fitaz üreticileridir. Bu çalışmada, Ege bölgesinde yer alan sıcak su kaynaklarından alınan toprak ve sediment örnekleri ile mantar çiftliklerinden alınan kompost örneklerinden 50 adet termofilik/termotolerant fungus izolasyonu gerçekleştirilmiş ve bu fungus izolatları polifazik yaklaşımla tanımlanmıştır. 50 adet izolatın fitaz aktivitesi kantitatif olarak belirlenmiştir. 50 adet izolattan 44 adedinin (%88) aktif fitaz üreticisi oldukları belirlenmiştir. İçlerinden en yüksek spesifik aktiviteye sahip izolat olan 4.5.37 numaralı izolat ileri çalışmalar için seçilmiştir. İzolata ait fitaz enzimi fermantasyonla üretilmiş ultrafiltrasyon yöntemi ile deriştirilmiştir. Deriştirilmiş enzim preparatı optimum sıcaklık, optimum pH, ısıl ve pH kararlılığı, çeşitli inhibitörlerin, ağır metallerin, denatürantların, deterjanların, etkileri, proteaz kararlılığı, çeşitli organik çözgenlerin etkisi ve substrat spesifitesi gibi özellikler bakımından karakterize edilmiştir. Bu karakterizasyon çalışmaları ve tanımlama çalışması sonucunda Aspergillus tubingensis olarak tanımlanan, 4.5.37 numaralı izolatın ürettiği fitaz enziminin birçok koşul bakımından (geniş bir sıcaklık ve pH aralığında aktivite gösterme, ısıl ve pH kararlılığı, metal iyonlarına, proteazlara karşı kararlılık, substrat spesifitesi) endüstriyel uygulamalarda kullanılması için uygun olduğunu göstermektedir. Sonuç olarak, Aspergillus tubingensis, 4.5.37 fitazının ticari bir fitaz olarak kullanılabilecek bir enzim olduğu düşünülmektedir., Phytase (E.C 3.1.3.8, myo-inozitol hegzakisfosfat fosfohidrolaz), is the enzyme catalyses the hydrolysis of phytic acid to inorganic phosphate and myo inositole phosphate. In recent years, studies have been accelerated on the use of phytate-degrading enzymes in livestock farming and human nutrition in order to make more effective use of phytic acid phosphorus and to reduce environmental pollution. In addition, phytase enzyme is used in the paper industry and soil improvement by preparation of myo-inositol phosphates. The high thermostability of the phytases used as feed additives for preventing feeds from being inhibited at high temperatures during the pelleting phase is one of the most demanded characteristics. To this end, the search for thermostable phytase enzymes has accelerated in recent years. Phytases are defined by many sources such as microorganisms, plants and animals. Among these sources, microorganisms, especially molds, are preferred commercial phytase producers. In this study, 50 thermophilic / thermotolerant fungus were isolated from soil samples and sediment samples collected from hot springs in Aegean region and compost samples taken from mushroom farms and these fungus isolates were identified by polyphasic approach. The phytase activity of 50 isolates was quantitatively determined. 44 of 50 isolates (88%) were determined as active phytase producers. 4.5.37 numbered isolate with the highest specific activity, was selected for further studies. The phytase enzyme of this isolate was produced by fermentation and was concentrated by ultrafiltration. Concentrated enzyme preparation is characterized in terms of optimum temperature, optimum pH, thermal and pH stability, properties of various inhibitors, heavy metals, denaturants, detergents effects, protease stability, effect of various organic solvents and substrate specificity. These characterization and identification studies have shown that phytase enzyme produced by isolate No. 4.5.37, which is identified as Aspergillus tubingensis, is suitable for many conditions in industrial applications such as (activity in a wide range of temperature and pH, thermal and pH stability, stability to metal ions, protease stability, substrate specificity). As a result, Aspergillus tubingensis, 4.5.37 phytase is thought to be an enzyme that can be used as a commercial phytase.

Bu tez çalışmasında, 2 farklı grupta olmak üzere toplam 10 adet orijinalbenzimidazol türevi molekül sentezlenmiştir (4a-h, 6a,b).Tasarlanan türevlerin sentezi için öncelikle ilgili benzaldehitlerin sodyummetabisülfit (Na2S2O5) tuzları hazırlanmıştır.1,2-Diaminobenzen-4-karboksilik asit ile DMF ortamda halka kapatmareaksiyonuyla istenen benzoik asit türevleri elde edilmiştir (1a-d). Benzoik asittürevleri tiyonil klorür ile reaksiyona tabi tutularak, açil klorürler (2a-d) eldeedilmiştir. Piperidin ve ilgili piperazin türevleri sübstitüe edilerek de sonuçmoleküllere (4a-h) ulaşılmıştır.6a-b Türevlerinin sentezi için; ilgili sodyum metabisülfit tuzları (5a-b), 4,5-dikloro-1,2-diaminobenzen ile DMF ortamda halka kapatma işlemine tabi tutulmuştur. Bubasamaklardan sonra saflaştırma yöntemleri uygulanmıştır.Sentezlenen bileşiklerin saflıkları İTK, erime noktası tayinleri ve elemental analizverileri ile değerlendirilmiştir. Yapıların aydınlatılmasında 1H-NMR, 13C-NMR,Mass (ESI) Spektroskopilerinden yararlanılmıştır. Tez kapsamında sentezlenenürünlerin analiz sonuçları, istenen kimyasal yapıda olduklarını ve memnun edicisaflıkta elde edildiklerini kanıtlar niteliktedir.Sentezlenen moleküllerin antimikrobiyal etkileri S. aureus, E. feacalis, P.aeruginosa, E. coli, C. albicansa karşı ampisilin ve mikonazol referans alınarak invitro ortamda tüp dilüsyon yöntemi test ile edilmiştir. Within the scope of this master thesis 2 different group 10 original benzimidazolederivative molecules has been synthesized (4a-h, 6a,b).For the synthesis of benzimidazole derivatives, firstly Na2S2O5 salts of relatedbenzaldehides were prepared.1,2-Diaminobenzene-4-carboxylic acid and sodium metabisulphite salts reacted inDMF for the ring-closure reaction, with that way benzoic acid derivates has obtained(1a-d).Benzoic acid derivatives were reacted with thionyl chloride to give acyl chlorides(2a-d). Substitution of piperidine and piperazine derivatives with acyl chlorides gavefinal molecules (4a-h).6a,b Derivatives were synthesized via the ring-closure reaction of Na-metabisulphitesalts (5a-b) with 4,5-dichloro-1,2-diaminobenzene in DMF. After that stepspurification have been applicated to the final compounds.Purified molecules were evaluated by TLC, melting point determination andelemental analysis data. 1H-NMR, 13C-NMR, Mass (ESI) spectroscopies were usedfor elucidation of the structures. Analyze results of these molecules are proving thatthey are in desired chemical structure and their purification is satisfactory. 139

TEZ11514 Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2018. Kaynakça (s. 111-132) var. xviii, 160 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Bu çalışmada; paketlenmiş balık ürünleri, çiğ keçi sütü ve peynirden elde edilen toplam 29 gıda örneğinden laktik asit bakteri (LAB)’leri izole edilmiştir. Tanımlaması yapılan 131 LAB izolatının antimikrobiyal aktivitesi, organik asitleri (asetik, propiyonik, bütirik) üretme potansiyelleri ve antibiyotik direnç özellikleri araştırılmıştır. LAB üyeleri Lactobacillus spp; Lb. rhamnosus, Lb. paracasei subsp. paracasei, Lb. brevis, Lb. Sunkii, Lb. Zeae, Lb. casei. Lactococcus spp.; L. lactis subsp. lactis ve cremoris, Leuconostoc spp.; Leu. Mesenteroides subsp. mesenteroides, Weissella spp.; W. confusa ve W. cibaria, Enterococcus spp.; E. hirae, E. faecalis, E. lactis, E. faecium, E. gallinarum, E. durans, E. casseliflavus, E. thailandicus olarak karakterize edilmiştir. LAB üyelerin antibiyotik direnci; Weisella spp.’lerin tamamı vancomycin, tetracycline, rifampicin, penicillin, ampicillin, gentamycin antibiyotiklerine Enterococcus spp.’ler, %50 ile %100 arasında tüm antibiyotiklere; Leuconostoc spp.’lerin %100’ü ampicilin ve streptomycin, Lactobacillus spp.’lerin %100’ü ampicillin antibiyotiğine dirençli bulunmuştur. LAB izolatları ortalama asetik asit üretimi Weisella, Leuconostoc, Lactococcus, Lactobacillus, Enterococcus, Streptococcus ve Pediococcus suşları tarafından sırasıyla 656.93, 628.96, 503.18, 462.19, 330.09, 298.48 ve 276.88 mg/L olarak belirlenmiştir. Ortalama propiyonik asit üretiminde en yüksek Leuconostoc, Enterococcus ve Lactococcus suşları tarafından sırasıyla 42.36, 20.36 ve 20.25 mg/L, ortalama bütirik asit üretimi Lactobacillus, Enterococcus ve Weisella suşları tarafından sırasıyla 22.00, 11.66 ve 11.04 mg/L olarak belirlenmiştir. LAB üyeleri Listeria monocytogenes, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus ve Salmonella Paratyphi A üzerinde ayrıca Klebsiella pneumonia, E.coli, Bacillus Subtilis ve Campylobacter jejuni üzerinde de antagonistik etki göstermiştir. In this study, lactic acid bacteria (LAB) strains were isolated from totally 29 samples of packed seafood, raw goat milk and cheese. Totally 131 isolates were phenotypically and morphologically characterised using biochemical tests. Later, the isolated LABs were investigated for antibiotic resistant, antagonistic activity and organic acids (acetic, propionic, butyric) production. Lactobacillus isolates were identified as Lb. rhamnosus, Lb. Paracasei subsp. paracasei, Lb. brevis, Lb. sunkii, Lb. zeae, Lb. casei while Lactococcus were identified as L. lactis subsp. lactis and cremoris. Leuconostoc was identified as Leu. mesenteroides subsp. mesenteroides, Weissella; W. confusa and W. cibaria. Enterococcus were also named as E. hirae, E. faecalis, E. lactis, E. faecium, E. gallinarum, E. durans, E. casseliflavus, E. thailandicus. Weisella isolates were resistant to vancomycin, tetracycline, rifampicin, penicillin, ampicillin and gentamycin. Enterococcus isolates were resistant to all antibiotics between 100% and 50% while Leuconostoc isolates (100%) were resistant to ampicillin and streptomycin. Lactobacillus isolates were 100% resistant to ampicillin antibiotic. Acetic acid production was 656.93, 628.96, 503.18, 462.19 330.09, 298.48 and 276.88 mg/L by Weisella, Leuconostoc, Lactococcus, Lactobacillus, Enterococcus spp., Streptococcus and Pediococcus sp., respectively. Butyric acid production by Lactobacillus, Enterococcus and Weisella spp. Was 22.00, 11.66 and 11.04 mg/L while propionic acid formation was found to be 42.36, 20.36 and 20.25 mg/L by Leuconostoc spp. Enterococcus spp. and Lactococcus, respectively. LAB strains mostly showed antagonistic activity on Listeria monocytogenes, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus and Salmonella Paratyphi A as well as Klebsiella pneumonia, Campylobacter jejuni, E.coli and Bacillus subtilis Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: SÜF2012D7.

Bu çalışmada, Bingöl ve Diyarbakır illerinden Eylül 2016 ile Mayıs 2017 dönemlerinde toplanan Dytiscidae familyasının 9 cinsine ait 19 türün PCR yöntemiyle MtDNA örnekleri elde edilerek moleküler düzeyde araştırılmıştır. Bu türlerin mitokondriyal COI genlerinin mükleotit sekansları ve PCR genomik dizileri moleküler belirteç olarak kullanıldı. Mitokondriyal DNA dizi analizleri BLAST taraması yoluyla yapıldı. 19 türe ait mitokondriyal COI gen dizileri, türlerin tanımlamasında kullanılan MEGA 7.0 programı yardımı ile filogenetik soy ağacı oluşturularak benzerlikleri karşılaştırıldı. Türlerin yakınlık dereceleri, Neighbour Joining (NJ) ve Minimum Evolution (ME) soy ağaçları kullanılarak belirlenmeye çalışıldı. Analiz sonuçlarına göre; Agabus faldermanni Zaitzev (1927) sisteme kayıtlı nükleotid dizileriyle %100 örtüşürken, bu değer; Agabus biguttatus (Olivier, 1795), Agabus bipustulatus (Linnaeus, 1767), Agabus conspersus (Marsham, 1802), Agabus glacialis Hochhuth, 1846, Agabus nebulosus (Forster, 1771), Bidessus calabricus Guignot, 1957, Hydroglyphus geminus (Fabricius, 1792), Hydroporus planus (Fabricius, 1782), Hydroporus pubescens (Gyllenhal, 1808), Ilybius chalconatus (Panzer, 1796), Laccophilus minutus (Linnaeus, 1758), Laccophilus poecilus Klug, 1834 ve Nebrioporus stearinus suavis (Sharp, 1882) türlerinde %99; Hydroporus discretus Fairmaire and Brisout, 1859, Hydroporus tessellatus (Drapiez, 1819) ve Scarodytes halensis halensis (Fabricius, 1787) türlerinde %98; Hydroporus palustris (Linnaeus, 1761) ve Liopterus haemorrhoidalis (Fabricius, 1787) türlerinde %97 olarak belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Bingöl, Diyarbakır, Dytiscidae, COI, Moleküler tanımlama In this study, 19 species belong to 9 genera of family Dytiscidae were collected from Bingöl and Diyarbakir provinces between September 2016 and May 2017. DNA from these species were extracted and amplified by using PCR method. The nucleotide sequences of the mitochondrial COI genes of these species were analysed and the PCR genomic sequences of the COI gene were used as molecular markers. Mitochondrial DNA sequence analysis was carried out by BLAST screening. 19 Mitochondrial COI gene sequences of these species were compared and phylogenetic tree was built by using MEGA 7.0 programme, used for the species identification. DNA sequences by using two different analyzed methods were analyzed with Neighbor-joining and Minimum Evolution methods. The nucleotide sequence analysis showed that the similarity of specimens collected from various locations in Bingöl and Diyarbakir provinces were as below: %100 similarity to Agabus faldermanni (Zaitzev (1927), 99% similarity to Agabus biguttatus (Olivier, 1795), Agabus bipustulatus (Linnaeus, 1767), Agabus conspersus (Marsham, 1802), Agabus glacialis (Hochhuth, 1846), Agabus nebulosus (Forster, 1771), Bidessus calabricus (Guignot, 1957), Hydroglyphus geminus (Fabricius, 1792), Hydroporus planus (Fabricius, 1782), Hydroporus pubescens (Gyllenhal, 1808), Ilybius chalconatus (Panzer, 1796), Laccophilus minutus (Linnaeus, 1758), Laccophilus poecilus (Klug, 1834) and Nebrioporus stearinus suavis (Sharp, 1882); 98% similarity to Hydroporus discretus Fairmaire and Brisout, 1859, Hydroporus tessellatus (Drapiez, 1819) and Scarodytes halensis halensis (Fabricius, 1787); 97% similarity to Hydroporus palustris (Linnaeus, 1761) and Liopterus haemorrhoidalis (Fabricius, 1787). Key Words: Bingöl, Diyarbakır, Dytiscidae, COI, Molecular identification Bu çalışma Dicle Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü ( DÜBAP Proje No: FEN 17.007) tarafından maddi olarak desteklenmiştir.

Çalışmada 50 adet Mengen peyniri örneğinden toplam 117 adet laktik asit bakterisi izole edilmiş ve laktik asit bakteri florası % 44.5 Enterococcus spp., % 29.9 Lactobacillus spp., % 25.6 Lactococcus spp. olarak belirlenmiştir. Elde edilen izolatların asidifikasyon kapasiteleri ile proteolitik aktiviteleri tespit edilmiş, en iyi asidifikasyona ve proteolitik aktiviteye sahip 22 adet suş 16S rDNA dizi analizi ile tanımlanmıştır. Tanımlaması yapılan suşların 15’i (% 63) Enterococcus spp., 5’i (% 21), Lactococcus spp., 1’i (% 4) Lactobacillus spp. ve 1’i (% 4) Weissella spp. olarak belirlenmiştir. 15 adet Enterococcus spp. izolatından; 9’u (% 60) Enterococcus faecium, 4’ü (% 26.7) Enterococcus faecalis ve 2’si (% 13.3) Enterococcus durans olarak; 5 adet Lactococcus spp. izolatından, 3’ü (% 60) Lactococcus lactis subsp. lactis, 2’si (% 40) Lactococcus garvieae olarak tanımlanmıştır. Lactobacillus spp. ve Weissella spp. olarak tanımlanan suşların ise sırasıyla Lactobacillus casei ve Weissella viridescens olduğu tespit edilmiştir. Tanımlanan suşlar içerisinden aynı anda hem düşük proteolitik aktivite hem de yüksek asidifikasyon aktivitesi özelliği gösteren bir adet Lactococcus lactis subsp. lactis suşu, Enterokoklar arasından bir adet Enterococcus faecalis, bir adet Enterococcus faecium ve iki adet Enterococcus durans suşu en iyi starter kültür özelliklerine sahip suşlar olarak belirlenmiştir. In the study 117 colonies were isolated from 50 Mengen cheese samples and they were determined as 44.5% Enterococcus spp., 29.9%, Lactobacillus spp., 25.6% Lactococcus spp. Among strains, 22 pieces having the most appropriate acidification capability and proteolitic activity were selected and identified by 16S rDNA sequencing. 15 pieces of these strains (63%) were identified as Enterococcus spp., 5 pieces (21%) were identifed as Lactococcus spp., 1 piece (4%) as Lactobacillus spp. and 1 piece (4%) as Weissella spp. The Enterococcus strains were identified (15 pieces) as the following; 60% were Enterococcus faecium, 26.7% Enterococcus faecalis, 13.3% Enterococcus durans. The Lactococcus strains were identified (5 pieces) as the following; 60% Lactococcus lactis subsp. lactis, 40% Lactococcus garvieae and the others were determined as Lactobacillus casei and Weissella viridescens. One of the defined strains were identified as Lactococcus lactis subsp. lactis, one of them were identified as Enterococcus faecalis, two of them were identified as Enterococcus durans, one of the stains Enterococcus faecium were identified as potential starter culture due to high acidification characteristics and low proteolytic activity.

Trüf mantarları yüksek proteine sahip yer altı mantarları olarak bilinirler. Morfolojik olarak birbirlerine benzeyen bu mantar türlerinin tanımlamaları zor ve yanıltıcı olabilmektedir. Bu mantarlar besin olarak tüketildiği gibi tedavi amaçlı yüzyıllardır şifa kaynağı olarak kullanılmaktadırlar. Trüf mantarlarının antimikrobiyal ajan olarak kullanılabilmesi için dünya genelinde araştırmalar hızla artmaktadır. Bu çalışmada, Niğde İlinin çeşitli istasyonlarından toplanan trüf mantarları çalışılmıştır. Öncelikle morfolojik tanımlamaları yapılmış, daha sonra moleküler tanımlamaları yapılmıştır. DNA'ları izole edilen örneklerin ITS dizilerine uygun primerle çoğaltılmış ve PZR ürünlerinin sekans analizleri yapılmıştır. Elde edilen diziler Genbank veritabanıyla karşılaştırılarak mantar örneklerinin teşhisleri gerçekleştirilmiştir. Terfezia örneklerinin tümü Terfezia claveryi olarak teşhis edilmiştir. Bu mantarlardan metanol ve etanol kullanılarak elde edilen ekstrelerin antimikrobiyal aktiviteleri disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir. Mikroorganizmalara karşı oluşan zonlar ölçülmüştür. Sonuçlar çalışmada kullanılan mantar ekstrelerinin, test edilen mikroorganizmaların gelişmeleri üzerinde değişik düzeylerde etkiye sahip olduğunu göstermiştir., Truffles are known as hipogeous mushrooms which include high amount of protein. Morphological characterization of these mushrooms are difficult and can take much time. It can also be misleading to distinguish these mushrooms from each other. They have been used as medicine of some illnesses for centuries as much as they are consumed as food. World wide researches about using these mushrooms as antimicrobial agents highly draw attention. In this study truffles collected from different locations from Niğde were characterized morphologically. Molecular identifications of the samples were performed afterwards. PCR products were sent for sequence analysis after ITS fragments were amplified with suitable primers with respect to DNA isolation of samples. The obtained data were compared with Genbank database for samples' determination. All samples were found to be as Terfezia claveryi. Samples were extracted by ethanol and methanol to determine antimicrobial activity using disc diffusion method. Antimicrobial zones against microorganisms were measured. Results indicated that extracts of the mushrooms show antimicrobial activities at different levels against test microorganisms.

Çilek hem sanayiye elverişli hem de taze olarak tüketilebilen çok lezzetli ve hoş kokulu bir meyve türüdür. Ayrıca bol miktarda A,B,C vitaminleri, kalsiyum, demir ve fosfor gibi mineral maddeler içerir. Son verilere göre ülkemiz 353,173 ton ile dünya çilek üretiminde üçüncü sırada yer almaktadır. Çilek bitkisi çok fazla fungal hastalığa maruz kalmaktadır. Bu fungal hastalıklar başlıca yaprak, meyve gibi kısımları hastalandıran toprak üstü hastalıklar ve kök ile kök boğazını hastalandıran toprak kaynaklı hastalıklar olarak sınıflandırılmaktadır. Aydın ilinde çilek bitkisinde fungal kontaminasyonun moleküler olarak tanımlanması ve Botrytis cinerea türünün populasyonlarının yapısını belirlenmesine yönelik bir çalışma mevcut değildir. Bu nedenle beş (Umurlu, Köşk, Sultanhisar, Atça ve Yenipazar) lokaliteden toplanan hastalıklı bitkilerden 347 küf şuşu elde edilmiştir. Bu küf şuşlarından morfolojik olarak 11 farklı cins tanımlanmıştır. Moleküler tanımlama için 78 örneğin rDNA ITS gen bölgesi çoğaltılmış ve GENEBANK verileri ile kıyaslanması sonucunda da 11 cinse ait 20 farklı tür tanımlanmıştır. Botrytis cinerea türünün populasyonlarının yapısını belirlenmesi içinde dokuz mikrosatellit bölgesi çalışılmıştır. Çalışılan beş lokalite de yapılan analizler sonucunda genetik bir yapılanma olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak çilekte kontamine olan fungusların hem morfolojik hem de moleküler tanılanması bir birini desteklemiştir. Beş Botrytis cinerea populasyonun iki gruba ayrıldığı tespit edilmiştir.Anahtar Sözcükler: Çilek, Moleküler Tanımlama, rDNA ITS, Botrytis cinerea, Mikrosatellit, Aydın Strawberry is a kind of delicious and aromatic fruit which can be consumed as fresh and also is suitable for industry. Besides, it contains A, B, C vitamins, calcium, iron and phosphorus in rich amounts. According to last data, our country is in the third place of strawberry production with 353.173 tons. However, strawberry is exposed to many fungal diseases. These fungal diseases are mainly classified as the diseases over the soil which is affective to parts like leaves and fruits and the diseases under the soil which makes the roots and the neck rots sick. In Aydın province, there isn't a study for molecular identification of fungal contamination in strawberry and for determination of population structure of Botrytis cinerea. For this reason, 347 strains are obtained from the sick plants which are collected from five different areas. From these strains, 11 morfologically different kinds are identified. For molecular identification, rDNA ITS gene part of 78 examples are multipled and as a result of the compare with GENEBANK data, 20 different kind that belong to 11 species are determined. Nine microsatellite area are studied to determine the population structure of Botryris cineara species. As a result of analysis in five areas, it is determined that there is a genetical structure. As a consequence of this study, both molecular and morfological identification results of the contaminated fungus in strawberry supported each other. It is determined that five Botrytis cineara populations are separated to two groups.Keywords: Strawberry, Molecular Identification, rDNA ITS, Botrytis cinerea, Microsatellite, Aydın 87

Yem bitkilerinden izole edilen 70 adet LAB (Laktik Asit Bakterisi) izolatlarının biyokimyasal ve moleküler tanılaması yapılmıştır. LAB izolatlarının tamamı Gram pozitif, oksidaz negatif, katalaz negatif olduğu belirlenmiştir. Moleküler tanılama çalışmalarından BIOLOG GEN III tanılama sistemi ile 70 LAB izolatının: 21 tanesi Lactobacillus plantarum, 6 tanesi L. brevis, 3 tanesi L. bifermentas, 2 tanesi L. gasseri, 2 tanesi L. fructivorans, 1 tanesi L. aviarius ss araffinosus, 1 tanesi L. buchneri, 3 tanesi Enterococcus faecium, 3 tanesi E. gallinarum, 1 tanesi E. durans, 1 tanesi E. mundtii, 5 tanesi Pediococcus pentosaceus, 2 tanesi P. parvalus, 5 tanesi Leuconostoc citreum, 3 tanesi Brochotrix campestris, 2 tanesi Corynebacterium phocae, 2 tanesi Cornobacterium gallinarum, 1 tanesi Cornobacterium inhibens, 2 tanesi Weisella halotolerans, 1 tanesi Streptococcus suis serogroup, 1 tanesi S. salivarus, , 1 tanesi S. anginosus, 1 tanesi S. galolyticus ss galloyticus türleri olduğu tanımlanmıştır. BİOLOG GEN III Tanılama sistemi ile tanılanan LAB bakterilerden laktik asit üretme yeteneklerine göre 10 adet seçilmiş ve bu izolatların tamamında planF-pREV primeri 318 bç büyüklüğünde DNA parçasını çoğaltmıştır. WeiF-WeiR 5 izolatta 725 bç büyüklüğünde, 800R-27F primeri ise 7 izolatta 800 bç büyüklüğünde, FB-1492r primeri ise 3 izolatta 1200 bç büyüklüğünde bant oluşturduğu gözlenmiştir. Bakterilerin tanılamasında çalışmada kullanılan primerlerin, türlerin ayırımı için uygun olmadığı belirlenmiştir. Bundan dolayı çalışmada kullanılan izolatların ayrımı için farklı primerlerin ve tekniklerin geliştirilmesi gerektiği öngörülmektedir.Anahtar Kelimeler: Polimeraz Zincir Reaksiyonu, Moleküler Tanılama, Lactobacillus, Silaj, BIOLOG GEN III Seventy LAB (lactic acit bacteria) strains isolated from forage crops were dignosed by biochemical and molecular methods. All LAB isolates were determined as Gram-positive, oxidase negative, catalase-negative. Molecular diagnostic studies by BIOLOG GEN III diagnostic system with the 70 LAB isolates showed that: of which 21 Lactobacillus plantarum, 6 Lactobacillus brevis, 5 Pediococcus pentosaceus, 5 Leuconostoc citreum, 3 Lactobacillus bifermentas, 3 Enterococcus faecium, 3 Brochotrix campestris, 3 Enterococcus gallinarum, 2 Lactobacillus gasseri, 2 Lactobacillus fructivorans, 2 Pediococcus parvalus, 2 Corynebacterium phocaea, 2 Carnobacterium gallinarum, 2 Weisella halotolerans and one for each of Enterococcus durans, Streptococcus suis serogroup, Lactobacillus aviarius ss araffinosus, Enterococcus mundtii, Streptococcus salivarius, Carnobacterium inhibens, Lactobacillus buchneri, Streptococcus anginosus and Streptococcus galolyticus ss galloyticus. Of isolates diagnosed by BIOLOG GEN III LAB diagnostic system, randomly selected 10 isolates were found to produce primers planF - pREV 318 bp sized DNA fragment. Also, five of these 10 isolates consisted 725 bp in size bans with WeiF-WEiR prirmers. Additionally, seven isolates of these ten isolates 800 bp sized band with 27F - 800R Primers and three of them produced 1200 bp size band wıth FB- 1492 primers. The primers used in diagnostics of bacterial species was determined to be unsuitable for the separation of species. Therefore, different techniques and primers need to be developed for the separation of isolates used in this study.Key Words: Polimerase Change Reaction, Molecular Identification, Lactobacillus, Silage, BIOLOG GEN III 53

Anyonlar biyoloji, tıp, kataliz ve çevre baĢta olmak üzere çok geniĢ bir alanda temel rol oynarlar. Son 20 yılda anyonik türlerin seçici tanınmasında kullanılmak üzere yapay reseptörlerin dizaynı ve sentezlenmesine önemli bir ilgi gösterilmiĢtir. Yapay reseptörlerle anyon ve katyon tanınması supramoleküler kimyanın en hızlı geliĢen disiplinlerinden biridir. Anyon tanıma reseptörleri arasında bağlanma merkezi olarak amid, üre ve tiyo üre grupları taĢıyan tripodal reseptörler en yaygın olarak kullanılan yapılardır. Mikrodalga teknolojisinin organik kimyada kullanımı son on yılda yaygın olarak araĢtırılmıĢ ve çok sayıda yayın ve review, birçok kimyasal dönüĢümün mikrodalga koĢullarında baĢarıyla yürütülebileceğini göstermiĢtir. En önemlisi, mikrodalga tekniği reaksiyon süresini oldukça kısalttığı gibi, yüksek verime, daha az yan ürün oluĢumuna, yeĢil kimyaya uyumlu bir Ģekilde daha kolay çalıĢılmasına, çözücüsüz organik dönüĢümlere, atom ekonomisine ve seçici reaksiyonlara imkân vermektedir. Bu çalıĢma kapsamında, birinci aĢamada mikrodalga irradasyon yöntemi kullanarak bir seri amid tabanlı tripodal reseptör sentezlendi. Ġkinci aĢamada sentezlenen tripodal reseptörlerin anyon ve katyon tanıma özellikleri 1H NMR titrasyon tekniği kullanılarak incelendi. ÇalıĢmanın ilk aĢamasında; yan kollarda amidoalkol grubu bulunduran yeni I. grup kiral tripodal reseptörler sentezlendi. Bu amaçla, nitrilotriasetikasit 5 farklı (S)-(-)-aminoalkolle (R:Benzil, Fenil, Ġzopropil, Ġzobütil, Metil) 1:3 oranında alınarak tespit edilmiĢ optimum mikrodalga koĢullarında etkileĢtirilerek oldukça yüksek verimlerle (≥%90) kiral tripodal reseptörler elde edilmiĢtir. Yan kollarda taç eter grubu bulunduran yeni II. grup tripodal reseptörlerin (iki adet) sentezi için ise nitrilotriasetikasit sırasıyla 4′ -aminobenzo-15-taç-5 ve 4′ - aminobenzo-18-taç-6, 1:3 oranında alınarak tespit edilmiĢ optimum mikrodalga koĢullarında etkileĢtirildi. Ayrıca II. grup tripodal reseptörlerin klasik olarak sentezi de gerçekleĢtirildi. VI ÇalıĢmanın ikinci aĢamasında, sentezlenen tüm tripodal reseptörlerin hem H2PO4 - , HSO4 - , C6H5CO2 - , CH3CO2 - , ClO4 - , F- , Cl- , Branyonlarının tetrabutilamonyum (TBA) tuzlarıyla anyon tanıma hem de (R)-Feniletilamonyumperklorat (R-AM1), (S)- Feniletilamonyumperklorat (S-AM1), (R)-Naftiletilamonyumperklorat (R-AM2), (S)- Naftiletilamonyumperklorat (S-AM2) tuzlarıyla katyon tanıma (enantiyomerik tanıma) çalıĢmaları 1H NMR titrasyon yöntemiyle incelenmiĢ ve Benesi- Hildebrand denkleminin modifiye edilmiĢ NMR versiyonu ve Graphpad Prizm 6 paket programı kullanılarak değerlendirilmiĢtir. Anahtar Kelimeler: Anyon tanıma, Katyon tanıma, Kiral tripodal reseptörler, Amitler, Mikrodalga, NMR Titrasyonu. Anions play a fundamental role in a wide range mainly in biology, medicine, catalysis and the environment. Design and synthesis of artificial receptors to use selective recognition of anionic species has attracted considerable interest in the past two decades. Recognition of anions and cations by artificial receptors is one of the fastest growing disciplines in the field of supramolecular chemistry. Use of microwave irradiation in organic chemistry has been widely studied in the last decades and a great deal of papers and reviews has shown that a variety of chemical transformation can be carried out successfully by microwave irradiation. Most importantly, microwave technique reduces reaction time and allows higher yield, less formation of side product, easier studying in accord with green chemistry protocols, solvent-free organic transformation, atom economy and selective reactions. In the scope of the study, firstly a series of amide based tripodal receptors was synthesized by using microwave irradiation. In the second stage anionic and cationic recognition properties of the tripodal receptors was investigated by using 1H NMR titration technique. In the first stage of the study; new group 1 chiral tripodal receptors containing amidoalcohol moiety on their side arms were synthesized. For this aim, Nitrilotriacetic acidwas reacted with five different (S)-(-)-aminoalcohols (R: Benzyl, phenyl, isopropyl, isobutyl, methyl) in 1:3 ratio under the optimum microwave conditions to give the chiral tripodal receptors in very high yields (≥90%) Nitrilotriacetic acid was reacted with 4-aminobenzo-15- crown-5 and 4-aminobenzo-18-crown-6, respectively, under the optimum microwave conditions in 1:3 ratios to give group 2 new tripodal receptors containing crown ether group on their side arms. In addition, group 2 new tripodal receptors were synthesized by the conventional way. In the second stage of the study, both anion and cation recognition (enantiomeric recognition) properties of all synthesized tripodal receptors were investigated by 1H NMR VIII titration method with tetrabuthylammonium (TBA) salts of the anions (H2PO4 - , HSO4 - , C6H5CO2 - , CH3CO2 - , ClO4 - , F- , Cl- , Br- ) and with (R)-phenylethyl ammonium perchlorate (RAM1), (S)-phenylethyl ammonium perchlorate (S-AM1), (R)-naphylethyl ammonium perchlorate (R-AM2), (S)-naphylethyl ammonium perchlorate (S-AM2) salts, respectively and the results were discussed using the modified NMR version of Benesi-Hildebrand equation and Graphpad Prism 6 package program. Keywords: Anion recognition, Cation recognition, Tripodal receptor, Amides, Microwave, NMR titration. Bu tez 109-T-787 no’lu proje ile TÜBİTAK, 13-FF-77 no’lu proje ile Dicle Üniversitesi Bilimsel Araştırma Koordinatörlüğü tarafından desteklenmiştir.

The root knot nematode (Meloidogyne chitwoodi Golden, O'Bannon, Santo et Finley, 1980) is an important pest of potatoes throughout the world. It is in international quarantine list of many countries. This species was first reported in Nigde and Nevşehir in 2009 Turkey. The objective of the study was to identify the species of root-knot nematodes collected from potato fields in the province of Bitlis where potatoes are grown extensively in 2010. 16 potato tubers were found infected with the root knot nematode. Egg masses and females of root knot nematodes were obtained using binocular stereo microscope from the infected tubers. For the morphological identification of individuals, female vulva and second term juveniles were prepared. At the same time DNA was extracted from egg masses of nematodes and SCAR primers (JMV1, JMV2 and JMVhapla) were used in PCR. Specific SCAR fragment were obtained from the extracted DNA. The multiplex PCR reaction produced the 540 bp fragment for M. chitwoodi. Both the morphological and molecular methods showed that the samples were M. chitwoodi. This study was the first to show the existence of the species in Eastern Anatolian region. The species attacks potato tubers and make them unmarketable due to deformation, lowers the quality of potato chips and french fries for the processing industry.

WOS: 000327676500011 The root knot nematode (Meloidogyne chitwoodi Golden, O'Bannon, Santo et Finley, 1980) is an important pest of potatoes throughout the world. It is in international quarantine list of many countries. This species was first reported in Nigde and Nevsehir in 2009 Turkey. The objective of the study was to identify the species of root-knot nematodes collected from potato fields in the province of Bit lis where potatoes are grown extensively in 2010. 16 potato tubers were found infected with the root knot nematode. Egg masses and females of root knot nematodes were obtained using binocular stereo microscope from the infected tubers. For the morphological identification of individuals, female vulva and second term juveniles were prepared. At the same time DNA was extracted from egg masses of nematodes and SCAR primers (JMV1, JMV2 and JMVhapla) were used in PCR. Specific SCAR fragment were obtained from the extracted DNA. The multiplex PCR reaction produced the 540 bp fragment for M. chitwoodi. Both the morphological and molecular methods showed that the samples were M. chitwoodi. This study was the first to show the existence of the species in Eastern Anatolian region. The species attacks potato tubers and make them unmarketable due to deformation, lowers the quality of potato chips and french fries for the processing industry.

Bu araştırmada; Tekirdağ Bağcılık Araştırma İstasyonu tarafından melezleme çalışmaları sonucunda tescil edilmiş olan, Tekirdağ Çekirdeksizi, Trakya İlkeren, 2B-56 (Reçel üzümü), 3A-261 (Güz üzümü), Barış üzüm çeşitlerinin ve ebeveynlerinin 19 SSR lokusu (VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD24, VVMD27, VVMD28, VVMD31, VrZAG62, VrZAG79, VMC2C3, VMC2H4, VVIB01, VVS1, VVIH54, VrZAG83, VVMD21, ZAG112, ZAG64, ZAG47) kullanılarak, genetik düzeyde allel profilleriyle genetik tanımlamaları yapılmıştır. Tekirdağ Çekirdeksizi, Trakya İlkeren, 2B-56, 3A-261 çeşitlerinde, 19 SSR lokusundaki allellerin uyumluluğu söz konusu iken, Barış çeşidinde, 4 lokusta allellerin uyumluluğu görülmüş fakat 15 lokusta ebeveynleri ile ortak allele sahip olmadığı görülmüştür. Ayrıca İtalya x 2B-56 (65 adet) ve Ribol x 3A-261 (32 adet) melez kombinasyonlarından elde edilen F1'lerin, SCC8 ve SCF27 çekirdeksiz lokusu primerleri ile çekirdeklilik ve çekirdeksizlikleri araştırılmış, bulunan sonuçlar morfolojik değerlendirmelerle paralellik göstermiştir. Melezleme çalışmaları sonucunda elde edilen F1'lerde, çekirdeksizliğin erken dönemde tespitinde adı geçen iki lokusun kullanılabilir olduğu tespit edilmiştir. In this research, allele profiles in genetic level and genetic identification of Tekirdağ Çekirdeksizi, Trakya İlkeren, 2B-56 (Reçel üzümü), 3A-261 (Güz üzümü) and Barış grape varieties, which were registered by Tekirdağ Viticulture Research Station as a result of crossbreeding studies, and their parents have been done by using 19 SSR loci (VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD24, VVMD27,VVMD28, VVMD31, VrZAG62, VrZAG79, VMC2C3, VMC2H4, VVIB01, VVS1, VVIH54, VrZAG83, VVMD21, ZAG112, ZAG64, ZAG47). It is observed that alleles in 19 SSR loci were compatible in Tekirdağ Çekirdeksizi, Trakya İlkeren, 2B-56, 3A-261 grape varieties whereas in Barış grape variety, allelles were compatible in 4 loci; but in 15 loci they were not sharing the same alleles with their parents. Moreover, SCC8 and SCF27 seedless locus primers and seeded/seedless traits of F1s derived from the hybrid combinations of Italy x 2B-56 (65 pieces) and Ribol x 3A-261 (32 pieces) were investigated and the obtained results indicated parallelism with the morphological assessments. It is confirmed that the two abovementioned locus could be used in the early stage determination of seedlessness in F1s obtained as a result of crossbreeding studies. 102

Bu çalışma, geleneksel ev tipi ve endüstriyel salamura asma yapraklarının mikroflorasını belirlemek amacıyla yapılmıştır. Yapraklar, ülkemizde yoğun olarak üretim yapılan Tokat, Manisa ve Erzincan yörelerinden seçilmiştir. Denemede ürünün gıda güvenliği ve fermantasyonda rol alabilecek muhtemel floranın belirlenmesi amaçlanmış, bu nedenle Toplam Aerobik Mezofilik Bakteri (TAMB), Psikrotrofilik, Pseudomonas, Maya ve Küf (PDA ve YGC'de gelişen), Laktik Asit Bakterileri (Laktokoklar ve Laktobasiller), Enterobacteriaceae, Enterekoklar, Staphylococcus aureus sayımı gerçekleştirilmiştir. Sayımı yapılan mikroorganizmalarda ortalama sayı sırası ile; 0.88, ?2, ?2, 3.92, 4.01, ?2, ?2, 0.09, 0.04, ?2 olarak tespit edilmiştir. Kimyasal analizlerden ise pH, asitlik ve tuz tayini yapılmış olup ortalamalar sırası ile; 3.37, %1.32, %12.62 olarak tespit edilmiştir. Tuz oranlarının %1,75 ila %25,00 gibi geniş bir aralıkta değişkenlik gösterdiği tespit edilmiştir. Araştırma sonucunda; salamura asma yapraklarının mikroflorasının genel olarak maya türleri tarafından oluştuğu görülmüş olup 12 farklı maya suşu izole edilmiştir. Tür bazında ise; izole edilen mayalar Pichia subpelliculosa, Debaryomyces hansenii, Zygosaccharomyces bisporus, Pichia membranifaciens, Hanseniaspora uvarum olarak tanılanmıştır. This study has been carried out to identify the microflora of brined grapevine leaves which were produced by traditional methods. Leaves was collected primarily from Manisa, Tokat and Erzincan regions where brined grape leaf production is made mostly. In the study, Total Aerobic Mesophilic Bacteria (TAMB), Psychrotrophic bacteria, Pseudomonas, Yeast and Mould (on PDA and YGC), Lactic Acid Bacteria (presumptive lactic acid bacteria on MRD and M17), Enterobacteriaceae, Enterococcus and S.aureus, were counted in order to identify the microflora which have a role in food safety and fermentation. In sequence, means of enumerations are found; 0.88, ?2, ?2, 3.92, 4.01, ?2, ?2, 0.09, 0.04, ?2. As of chemical analyses pH, acidity and salt was measured. Means of chemical analyses are found; 3.37, 1.32%, and 12.62%, respectively. Salt percentages varies from 1,75 to 25,00%. As a result, microflora of brined grape leaves consists of yeast species which are Pichia subpelliculosa, Debaryomyces hansenii, Zygosaccharomyces bisporus, Pichia membranifaciens, Hanseniaspora uvarum. 62

Lactobacillus plantarum species isolated from naturally prepared pickles samples. Isolates were identified using both chemical and molecular methods. Chemical identification was made by gram staining, colony morphology and catalase test. Molecular identification was made by Polymerase Chain Reaction method using different Lactic acid bacteria for specialized primers. For the rec A gene region of L. plantarum 318 bp fragments were amplified. Twenty-two L. plantarum isolates were obtained at the end of the isolation and identification. Isolated samples are stored in order to determine starter culture possibilities and genetic contents.

Bu çalışmada, sulu çözeltiden Co2+, Ni2+ gibi metal iyonlarının (M2+) uzaklaştırılması için iyon baskılanmış polimerik malzemeler hazırlandı. Metal iyonlar 8-hidroksikinolin (HQ) ile şelatlaştırılarak ikili kompleks elde edildi. İyon baskılanmış polimerlerin hazırlanması için akrilamit (AAm) ve metakrilik, itakonik, gibi akrilik asit türevleri (XA) monomer olarak seçildi. Fonksiyonel monomerler ve ikili kompleksi içeren çözelti çeşitli çapraz bağlayıcılarla (etilen glikol dimetakrilat (EGDMA), trimetilolpropan trimetakrilat (TMPTMA) gibi) polimerleştirilerek ve ardından uygun bir yöntemle bu polimerlerden hedef iyon (M2+) uzaklaştırılarak iyon baskılanmış polimerler (IIP'ler) elde edildi. Ayrıca metal iyon kullanılmadan aynı yolla kontrol polimerler (NIP/CP) sentezlendi. Polimerik malzemelerin karakterizasyonu FTIR/ATR, TGA, DSC, SEM ve XRD ile yapıldı. IIP'lerin hazırlanması sırasında fonksiyonel monomer, çapraz bağlayıcı ve hedef iyon türü değiştirilerek hedef iyonun tanınmasına etkileri araştırıldı. Hazırlanan polimerlere hedef iyonun ve karışımdan hedef iyonun adsorpsiyonu ve adsorpsiyona etki edecek derişim, pH, sıcaklık, derişim, kütle gibi etkenler incelendi. IIP'lerin her birinin seçicilik çalışması yapılarak, IIP'lerin ard arda kullanılabilirliği yapılan adsorpsiyon-desorpsiyon işlemleri ile araştırıldı. In this study, imprinted polymeric materials prepared in order to remove metal ions (M2+) such as Co2+, Ni2+ from the aqueous solution. Metal ions through being chelated with 8-hydroxyquinoline (HQ) a binary complex obtained. To prepare ion imprinted polymers acrylamide (Aam) and methacrylic (Mac), itaconic acid (IAc) together with the acrylic acid derivations (XA) are chosen as monomers. Functional monomers and solution with binary complex, and various crosslinker such as ethylene glycol dimethacrylate (EGDMA) and trimethylolpropane trimethacrylate (TMPTMA) polymerized then with an appropriate method the target ion (M2+) will be removed and ion imprinted polymers (IIP) obtained. Moreover, control polymers (NIP/CP) synthesized through the same method without using metal ion. The structural characterization of the polymers carried out via FT-IR/ATR, TGA, DSC SEM and XRD. During the preparation of the IIPs, the functional monomer, crosslinker and target ion type changed and the effects of recognition of the target ion examined. In the prepared polymers adsorption of target ion from the mixture and the factors that influenced the adsorption of concentration, pH, temperature, concentration and mass examined. Selectivity of each of IIP'lerin work done, the consecutive utility of the IIPs researched with the adsorption and desorption processes. 141

Cronobacter spp. (Enterobacter sakazakii), özellikle yenidoğanlarda ve bağışıklığı baskılanmışlarda menenjit, septisemi, nekrotizan enterokolit ve nadiren de invazif infeksiyonlara yol açan, Enterobacteriaceae ailesinde yer alan Gram negatif çomak şeklinde fırsatçı bir patojendir. Cronobacter spp.'nin farklı kaynaklardan izole edilmesine rağmen, toz bebek mamalarıyla ilişkilendirildiği belirtilmektedir. Bunda bebeklerin gıda kaynaklı hastalıklara daha duyarlı olmalarının yanı sıra hazır toz mamaların steril ürünler olmamaları ve hazırlanması sırasında yapılan hataların etkisi büyüktür. Yenidoğan yoğun bakım ünitelerinde oda sıcaklığında uzun besleme süresi ve mama kaplarının tekrar kullanılması risk faktörü olarak tanımlanmaktadır. Cronobacter spp. infeksiyonlarından korunabilmek için, etkenin üreme, canlı kalma, inaktivasyon koşulları gibi özellikleri ile izolasyon ve identifikasyon yöntemlerinin bilinmesi önemlidir. Cronobacter spp. ile ilgili çalışmalar oldukça sınırlıdır. Çalışmamızda 52 toz bebek maması, 82 kullanıma hazır sulandırılmış mama ve 6 adet yenidoğan beslenme tüpü olmak üzere 140 örnek, Cronobacter spp. varlığı açısından hem kültür hem de moleküler saptama yöntemleri ile incelenerek bakterinin yenidoğanlarda oluşturduğu riskin ortaya konması amaçlandı. Toplanan örnekler önce tamponlanmış peptonlu su içerisinde 1 gecelik inkübasyonla zenginleştirildikten sonra, bu sıvıdan Cronobacter spp. için özelleştirilmiş kromojenik agar, Mac Conkey agar ve kanlı agara ekimler yapılarak üremeleri değerlendirildi. Aynı karışımdan 1ml örnek moleküler incelemeler için -70ºC'ye kaldırıldı ve 2 farklı PZR ile incelendi. Kültür ve PZR'ye dayalı incelemelerin hiçbirinde Cronobacter spp. saptanmadı. Elli iki toz bebek maması örneğinden 32(%62)'sinde, 82 kullanıma hazır sulandırılmış mama örneğinin 71(%87)'inde ve altı beslenme tüpü örneğinin 5(%83)'inde başka bakteriler üredi. Üremelerin %41'i Enterobacteriaceae ailesine ait bakterilerden oluşmaktaydı. Mama hazırlanırken kullanılan sterilizasyonundaki eksiklikler ve çevre kaynaklı kontaminasyonların sorumlu tutulabileceği yüksek üreme oranları, mamaların yenidoğanlarda ciddi infeksiyonlara yol açabilecek başka bakteriler için de uygun bir kaynak olabileceğine işaret etmektedir. Bu tarz risklerin azaltılması için toz bebek mamalarının hazırlanması, saklanması ve bebeklerin beslenmesi sırasında hijyen kurallarına uymada gerekli özen gösterilmelidir. Cronobacter spp. (Enterobacter sakazakii) are Gram negative bacilli within the Enterobacteriacea family which cause meningitis, septicemia, nerotizing enterocolitis and rarely invasive infections especially in infants and in immunocomprimised patients. Although Cronobacter spp. have been isolated from different sources, powdered infant formulas serve as the main source for these bacteria. powdered infant formulas are reported as the main sources of outbreaks. Besides the babies are more prone to food-borne diseases, incorrect preparation, storage and handling of infant foods which are non-sterile are other contributing factors do date. Long feeding periods at room temperature and re-using the food pans in neonatal intensive care units are defined as a risk factor. For the prevention of Cronobacter infections, ,t is important to know the growth, survival, inactivation conditions, the isolation and identification methods of these bacteria. Although the reported frequency of Cronobacter spp. infections has increased during the last twenty years, the data about this bacteria in our country is rather limited. In our study, in total 140 samples including 52 powdered infant formula, 82 prepared infant formula and 6 neonatal feeding tubes, were examined by both culture and polymerase chain reaction for the presence of Cronobacter spp.. Following the collection, the samples were enriched by overnight incubation in buffered peptone water, subcultures were performed on Mac Conkey agar, blood agar and chromogenic agar, which is selective for Cronobacter spp. In addition 1 ml overnightly incubated peptone-eater enrichments were stored at -70ºC for molecular examinations. In none of the examinations based on the culture and PCR, Cronobacter spp. is determined. On the other hand in 32 (62%) of 52 powdered infant formulas, in 71 (87%) of 82 prepared infant formulas and in 5(83)% of 6 feeding tubes grew other bacterias. Reproduction is observed in 5 (83%) of 6 feeding tubes. 41% of the isolates are belonged to the Enterobacteriaceae family. The high bacterial growth rates, which mquipment and contamination originating from the environment during the preparation of formula indicate that the infant formula may be reservoirs also for other bacteria which may cause severe infections in the early infancy. In order to reduce this kinds of the risks, hygienic measures should be taken during the reconstitution, storage of the formula and feeding of the babies. 73

Tüberküloz dışı mikobakterilerin günümüzde 125'den fazla türü tanımlanmıştır. Tüberküloz dışı mikobakteriler çevrede her yerde, sıklıkla toprakta, hem doğal hem de işlenmiş su kaynaklarında bulunmaktadır. Genellikle immün süpresif tedavi alan ya da immün yetmezliği olan insanlarda hastalık oluşturmasına rağmen bağışıklık sistemi normal kişilerde de TDM'lerin neden olduğu enfeksiyonların sıklığı giderek artmaktadır. Tüberküloz dışı mikobakteri türleri arasında klinik seyir ve tedaviler farklılık göstermektedir. Tüberküloz dışı mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanabilmesi için ucuz, kolay ve hızlı sonuç veren yöntemin uygulanması, TDM türleri ile meydana gelen enfeksiyonların klinik ve ekonomik açıdan duyarlı olduğu bilinen ilaçlar ile etkin tedavilerine olanak sağlar.Bu amaçla Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarında, 2004-2010 yılları arasında solunum yolu örneklerinden soyutlanan 156 adet TDM izolatı çalışmaya alındı. Tüberküloz dışı mikobakterilerin hsp65 gen bölgesini hedef alan PZT-restriksiyon enzim analizi yöntemi (PRA) kullanıldı.Çalışmamızda TDM'lerin tür dağılımı; Mycobacterium abscessus tip 1 (69/156), Mycobacterium xenopi (26/156), Mycobacterium fortuitum (14/156), Mycobacterium porcinum tip 1, Mycobacterium septicum tip 1, Mycobacterium peregrinum tip 2 (14/156), Mycobacterium simiae tip 5, Mycobacterium lentiflavum tip 1, Mycobacterium florentinum tip 1 (5/156), Mycobacterium intracellulare tip 1, Mycobacterium chimaera tip 1 (5/156), Mycobacterium genavense tip 2, M. simiae tip 1 (4/156), Mycobacterium chelonae (2/156), Mycobacterium novocastrense (1/156), Mycobacterium gordonae tip 6 (1/156), Mycobacterium colombiense tip 1, Mycobacterium avium s. avium tip 2 (1/156), Mycobacterium massiliense tip 1, Mycobacterium bolletii tip 1, M. abscessus tip 2 (2/156), M. avium s. avium tip1, M. avium s. paratuberculosis tip 1, M. avium s. silvaticum tip 1 (2/156) olarak sonuçlandı. On TDM izolatı hsp65 PRA yöntemi ile tanımlanamadı.Sonuç olarak, doğada çok yaygın olarak bulunan tüberküloz dışı mikobakteriler günümüzde artan sıklıkta ciddi enfeksiyonlara neden olmaktadır. Antimikrobiyal duyarlılıklarındaki farklılıklar nedeniyle TDM'lerin etkin ve doğru şekilde tedavi edilmesi ayrıca epidemiyolojik verilerin elde edilebilmesi için TDM'lerin tür düzeyinde tanımlanması önemlidir. Bu amaçla kullanılan hsp65 PRA yöntemi, kolay uygulanabilen, hızlı, güvenilir ve ucuz bir yöntemdir. More than 125 species of non-tuberculous mycobacteria (NTM) has been defined recently. NTM species can be easily isolated in soil, natural or purified water sources. Although these agents are considered as pathogens in immune compromised or immune suppressed patients, rate of infection in patients with intact immune system has also increased. The clinical course and therapy can differ among different species of NTM. Cheap, fast and simple methods in identification of NTM species should be helpful to eliminate the pathogens cost effectively.In this study, 156 isolates of NTM collected from respiratory tract between 2004 and 2010 in Dokuz Eylul University Central Laboratory have been studied. PCR-restriction enzyme analysis (PRA) targeting hsp65 gene location has been used to identify NTM species.In our study, distribution of the identified species were as follows; Mycobacterium abscessus type 1 (69/156), Mycobacterium xenopi (26/156), Mycobacterium fortuitum (14/156), Mycobacterium porcinum type 1, Mycobacterium septicum type 1, Mycobacterium peregrinum type 2 (14/156), Mycobacterium simiae type 5, Mycobacterium lentiflavum type 1, Mycobacterium florentinum type 1 (5/156), Mycobacterium intracellulare type 1, Mycobacterium chimaera type 1 (5/156), Mycobacterium genavense type 2, M. simiae type 1 (4/156), Mycobacterium chelonae (2/156), Mycobacterium novocastrense (1/156), Mycobacterium gordonae type 6 (1/156), Mycobacterium colombiense type 1, Mycobacterium avium s. avium type 2 (1/156), Mycobacterium massiliense type 1, Mycobacterium bolletii type 1, M. abscessus type 2 (2/156), M. avium s. avium type 1, M. avium s. paratuberculosis type 1, M. avium s. silvaticum type 1 (2/156). Ten isolates of NTM could not be identified with hsp65 PRA.In conclusion, wide spread distribution of NTM species in nature causing serious infections have been increased recently. It is important to identify NTM on a species basis to supply with proper antibacterial treatment since there are certain susceptibility differences to antibacterial drugs; furthermore, the data also holds an epidemiological importance. For that manner, to identify NTM species, hsp65 PRA method is cheap, fast, reliable and simple to use in daily practice. 74

Sunulan çalışmanın amacı, çevre sularında eser miktarda bulunan 17ß-östradiol'ün (E2) tayinine yönelik kuvars kristal mikroterazi (QCM) biyosensör hazırlanmasıdır. QCM biyosensör, QCM çipinin altın yüzeyine E2 baskılanmış poli(2-hidroksietil metakrilat-N-metakriloil-(L)-tirozin metil ester) (poli(HEMAT)) partiküllerinin tutturulmasıyla hazırlanmıştır. Çalışmanın ilk aşamasında, kalıp molekülle (E2) etkileşmesi için uygun yapıda fonksiyonel monomer olarak seçilen N-metakriloil-L-tirozin metil ester (MAT), L-tirozin metil ester ve metakriloil klorürün reaksiyona sokulmasıyla sentezlenmiştir. Sentezlenen MAT monomeri NMR ve FTIR çalışmaları ile karakterize edilmiştir. Baskılanmış partiküller, E2 varlığında MAT ve EDMA'nın miniemülsiyon polimerizasyon reaksiyonu ile hazırlanmıştır. Ayrıca baskılanmamış poli(HEMAT) (NIP) partiküller aynı yöntemle sadece ortama kalıp molekül (E2) eklenmeksizin sentezlenmiştir. Sentezlenen partiküller zeta boyut analizörü ile karakterize edilmiştir. Daha sonra E2 baskılanmış partiküller QCM çipinin altın yüzeyine damlatılıp, 37°C'de 6 saat kurutulmasıyla tutturulmuştur. Hazırlanan QCM sensörler, atomik kuvvet mikroskobu (AFM), elipsometre, FTIR-ATR ve temas açısı ölçümleri ile karakterize edilmiştir. Kalınlık ölçümleri ve AFM görüntüleri, partiküllerden oluşan ince filmlerin hemen hemen tek tabakalı olduğunu göstermektedir. Karakterizasyon çalışmalarının ardından elde edilen baskılanmış ve baskılanmamış sensörler QCM sistemine bağlanarak hedef moleküle ait kinetik ve afinite bağlanma çalışmaları yapılmıştır. Baskılanmış partiküllerin, baskılanmamış partiküllere göre hedef moleküle (E2) daha fazla duyarlılık göstermiştir. Adsorpsiyon kinetikleri farklı derişimlerdeki E2 çözeltilerinin QCM sisteminden geçirilmesiyle belirlenmiştir. Langmuir adsorpsiyon modeli, bu afinite sistemi için en uygun model olarak bulunmuştur. E2 baskılanmış poli(HEMAT) partiküllerin seçiciliğini göstermek için E2, stigmasterol ve kolesterolün yarışmacı adsorpsiyonu araştırılmıştır. Sonuçlar, baskılanmış sensörün E2 için yüksek seçiciliğe ve duyarlılığa sahip olduğunu göstermektedir. The aim of this study is preparation of quartz crystal microbalance (QCM) biosensor for the detection of a trace amount of 17ß-estradiol in environmental waters. QCM biosensor was prepared by attachment of 17ß-estradiol imprinted poly(2-hydroxyethyl methacrylate-N-methacryloyl-L-tyrosine methyl ester) (poly(HEMAT)) particles on the gold surface of QCM sensor. In the first step, N-methacryloyl-L-tyrosine methyl ester (MAT) monomer, which is chosen as the appropriate functional monomer, was synthesized via a reaction between methacryloyl chloride and L-tyrosine methyl ester. Synthesized MAT monomer was characterized by 1H-NMR and FTIR. The imprinted particles were prepared by miniemulsion polymerization reaction of MAT and EGDMA in the presence of 17ß-estradiol. Non-imprinted poly(HEMAT) (NIP) particles were synthesized by the same experimental procedure without 17ß-estradiol. The synthesized particles were characterized zeta-sizer measurements. In order to prepare the gold surface of QCM sensor, a small amount of 17ß-estradiol imprinted particles were dropped on the gold surface and then dried at 37°C for 6 hours. Prepared QCM sensors were characterized with atomic force microscopy (AFM), ellipsometer, fourier transform infrared spectro-photometry (FTIR) and contact angle measurements. The thickness measurements and AFM observations indicated that the particle thin films were almost monolayer. After the characterization studies, the imprinted and non-imprinted QCM sensors were connected to QCM system to obtain the kinetic and affinity studies for the target molecule. Imprinted particles showed more sensitivity to 17ß-estradiol than non-imprinted ones. 17ß-estradiol solutions with different concentrations were applied to QCM system to determine the adsorption kinetics. Langmuir adsorption model was found as the most suitable model for this affinity system. In order to show the selectivity of the 17ß-estradiol imprinted poly(HEMAT) particles, competitive adsorption of 17ß-estradiol, stigmasterol and cholesterol was investigated. The results showed that the imprinted nanosensor has high selectivity and sensitivity for 17ß-estradiol. 102

Bu çalışmada, Türkiye'nin farklı bölgelerinden tesadüfen toplanan geleneksel yoğurt örneklerinden izole edilen Streptococcus thermophilus ve Lactobacillus bulgaricus türleri kimyasal ve moleküler yöntemlerle tanımlanmıştır. Moleküler tanımlama 16S ribozomal RNA'yı kodlayan DNA bölgeleri kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu metodu ile yapılmıştır. Tanımlanan 115 S. thermophilus ve 35 Lb. bulgaricus izolatının plazmit DNA izolasyonları yapılmış, tüm izolatlar içerisinde S. thermophilus'ların 78, Lb. bulgaricus'ların ise 26 tanesinin değişen sayılarda plazmit taşıdığı belirlenmiştir. S. thermophilus'ların plazmit içeriğinin (1-4), Lb. bulgaricus'lardan (1-2) daha fazla olduğu tespit edilmiştir. İzolatlarda antibiyotik dirençliliği ortaya koymak üzere; kanamisin, kloramfenikol, eritromisin, ampisilin, rifampisin, tetrasiklin, vankomisin ve gentamisin antibiyotiklerinin dört farklı konsantrasyonu kullanılmıştır. İzolatların en fazla dirençliliği kanamisin (% 53)'e gösterdiği, rifampisin (%17)'e karşı ise duyarlı oldukları tespit edilmiştir. Antibiyotik direnç özelliklerinin, izolatların plazmit içeriği ile doğrusal bir ilişkisi tespit edilememiştir. İzole edilen bakteri türlerinin amonyak ve 12 farklı biyojen amin (putresin, kadaverin, spermidin, triptamin, 2-feniletilamin, spermin, histamin, serotonin, tiramin, trimetil amin, dopamin, agmatin) üretme özellikleri 5 farklı amino asit (tirozin, lizin, histidin, ornitin, arjinin) ekli besi ortamında incelenmiş, S. thermophilus'ların 0.03-12487.99 mg/L, Lb. bulgaricus'ların ise; 0.2-6153.36 mg/L biyojen amin ürettiği tespit edilmiştir. Biyojen amin üretme özelliğinin türler arasında ve tür içinde farklılık gösterdiği ortaya çıkmıştır. Araştırma bulgularına göre, yurt genelinden toplanan geleneksel yoğurt örneklerindeki mikroorganizmaların gıda kalite ve güvenliği açısından risk etmeni taşıyabildiği, gıdalarda kullanılacak kültürlerin kalite ve güvenlik sağlama adına teyitlerinin yapılmasının gerekli ve yararlı olacağı sonucuna varılmıştır. In this study, Streptococcus thermophilus and Lactobacillus bulgaricus species isolated from traditional yoghurt samples that randomly collected from different region of Turkey were identified using chemical and molecular methods. Molecular identification which used 16S ribosomal RNA encoding DNA region was made by Polymerase Chain Reaction method. Plasmid DNA isolation of identified 115 S. thermophilus and 35 Lb. bulgaricus species were carried out and among the isolates, 78 S. thermophilus and 26 Lb. bulgaricus containing various numbers of plasmids were determined. Plasmid contents of S. thermophilus (1-4) were found to be higher than that of Lb. bulgaricus (1-2). In order to reveal of antibiotic resistance of isolates, four different concentrations of kanamycin, chloramphenicol, erythromycin, ampicillin, rifampicillin, tetracycline, vancomycin and gentamicin were used. It was found that isolated species have high resistance (53%) to kanamycin whereas less resistance was (17%) to rifampicillin. No linear correlations were found between antibiotic resistance and plasmid contents of isolated species. Ammonia and 12 different biogenic amines (putrescine, cadaverine, spermidine, tryptamine, 2-phenylethylamine, spermine, histamine, serotonine, tyramine, trimethyl amine, dopamine, agmatine) production of isolates were examined in five different amino acid containing medium. Biogenic amines production of S. thermophilus and Lb. bulgaricus species were found to be 0.03-12487.99 mg/L and 0.2-6153.36 mg/L respectively. The results revealed that biogenic amine production of isolates showed diversity between species and within species. According to the results, isolated microorganism from traditional yoghurt samples which are collected from different region of country may carry risk factors for food quality and safety. Thus, in food industry before using them, confirmation of the quality and safety of cultures will be necessary and useful. 259

Romatoid Artrit (RA), kronik otoimmün inflamatuvar hastalıklar içerisinde en yaygın görülen romatizmal hastalıktır. Günümüzde halen RA' nın etiyopatogenezi açıklığa kavuşturulmamış olmasına rağmen, hastalığın gelişim sürecinde T hücrelerinin önemli bir rol aldığı bilinmektedir. Bu etkilerini makrofaj ve B hücrelerinin aktivasyonu aracılığı ile gösterirler. Merkezi ve periferal T hücrelerinin, immün yanıt esnasında oluşan aktiviteleri programlı hücre ölümü olarak bilinen apoptozis ile düzenlenmektedir. TRAIL (TNF ile ilişkili apoptozisi aktive eden ligand) ekspresyonundaki bozukluk sonucu oluşan timosit apoptozisi, otoimmün hastalıklarla sonuçlanmaktadır. Bizde burada T hücrelerinin yüzeyindeki TRAIL reseptör ve ligand kompozisyonlarını belirleyerek, RA' lı hastalarda TRAIL' in hastalığın gelişim ve ilerlemesindeki rolünün saptanması ve bunun hastalığın seyri ile ilişkisi araştırıldı. Bu sayede RA' nın patofizyolojik mekanizmasında TRAIL ve reseptörlerinin T hücrelerinin fonksiyonunu nasıl etkilediği belirlendi.Bu amaçla yapılan akış sitometrisi ile yapılan analizler sonucunda RA' lı hastalarda sağlıklı bireylerle karşılaştırıldığında, hem CD4+ hem de CD8+ T hücrelerde TRAIL ligand ve hem ölümcül (DR4/DR5) hem de dekoy reseptör (DcR1/DcR2) ekspresyonlarında belirgin şekilde artış saptandı. Bu artışlar, RA' nın klinik değerlendirmesinde, hastalığın aktivite skoru olarak kullanılan DAS28 skorlaması ile karşılaştırıldı. Burada özellikle CD8+ T hücrelerindeki, en fazla DcR1 olmak üzere DR4 ve DcR2 ekspresyonundaki artışın DAS28 ile korele olduğu saptandı.Sonuç olarak, T hücre yüzeyindeki TRAIL ligand ve reseptör ekspresyon profillerindeki farklılıklar, TRAIL' in RA patogenezinde önemli bir role sahip olabileceğine göstermiştir. Rheumatoid Arthritis (RA) is the most common, chronic autoimmune inflammatory disorder. Although the pathogenesis of disease is unclear, it is well known that T cells play a major role in both development and perpetuation of RA through activating macrophages and B cells. Apoptosis or programmed cell death regulates central and peripheral T cells activity during the immune response. Since the lack of TNF-Related Apoptosis Inducing Ligand (TRAIL) expression resulted in defective thymocyte apoptosis leading to an autoimmune disease, we explored evidence for alterations in TRAIL/TRAIL receptors? expression on peripheral T lymphocytes in the molecular mechanism of RA development.Accordingly, we performed a flow cytometric analysis to examine the T cell associated TRAIL and its receptors expression profile in patients with RA. Significant up-regulation of TRAIL and its receptors (both death and decoy) was detected on both CD4+ and CD8+ T cells in RA patients compared to control individuals. The correlation between TRAIL and its? receptor expression profile was compared with clinical RA parameters such as RA activity (DAS28) scoring. Intriguingly, only the CD8+ T cell associated DR4 death receptor and both decoy receptors (DcR1 and DcR2) displayed a positive correlation with patients? DAS scores.In conclusion, differential alteration of TRAIL death and decoy receptor expression profiles on T cells indicates that these profiles might be important in revelation of RA pathogenesis. 68

Kamçılı bir protozoon olan Trichomonas vaginalis, dünyadaki viral olmayan cinsel yolla bulaşan hastalıkların en yaygını olan trikomoniyozun sebebidir.Dünyada her yıl 5 milyon kişinin parazit ile enfekte olduğu ve 170 milyon kişinin risk altında olduğu bildirilmektedir.İnsanların T. vaginalis ile infekte olması her zaman hastalık belirtilerine neden olmamakta, özellikle erkeklerde asemptomatik seyir göstermektedir.Bu çalışmanın amacı 2009 yılı Haziran, Temmuz, Ağustos aylarında Fırat Üniversitesi Hastanesi ve Elazığ Sarahatun Kadın Hastalıkları ve Doğum Hastanesi'nin Kadın Hastalıkları ve Doğum Poliklinikleri'ne vajinal yakınmalarla başvuran kadınlarda T. vaginalis'i saptamak için mikroskobi, kültür, seroloji ve moleküler biyolojik yöntemlerin değerlendirilmesidir.Pelvik muayene esnasında posterior vaginal forniksten alınan örneklerde direkt mikroskobik inceleme, Giemsa boyama, kültür yöntemi ve PZR (Polimeraz zincir reaksiyonu) uygulanarak T. vaginalis araştırıldı. Olguların 6'sında T. vaginalis saptanırken yaş grubu, öğrenim durumu, mesleği, yakınması, kullanılan tuvalet türü ve doğum kontrol yöntemi ile T.vaginalis görülme sıklığı arasında anlamlı bir ilişki görülmedi.T. vaginalis'in tanısında direkt inceleme, boyama ve kültür yöntemlerinin yanında PZR'ın uygulanması sonucun güvenilirliğini artırmaktadır. The protozoan flagellate Trichomonas vaginalis is the cause of human trichomoniasis, the most common non-viral sexually transmitted diseases in the world.It is known that 5 million people are infected and 170 million people are under risk of infection with this protozoon each year throught the world.Although people are infected with T. vaginalis, sometimes there are no symptoms. Especially in men, infection is frequently asymptomatic.The aim of the study is evaluation of the microscopy, medium, serology and molecular biology methods to detect the Trichomonas vaginalis on women with vaginal complains gynaecology and obstetrics policlinic in the hospital of Firat University, and Sarahatun Women diseases hospital in June, July, August 2009T vaginalis were examined from the samples which were taken from posterior vaginal forniks during pelvic examination using the direct microscopic examination, giemsa staining, culture method and PCR. T. vaginalis were observed in 6 cases and we have found no significant relationships between T. vaginalis prevalence and age group, education level, occupancy, complains, the used toilet and contraceptive methods.In the diagnosis of T. vaginalis not only the direct microscopy, stained, culture methods but also the PCR increase the reliability of the result. 94

WOS: 000283392500005 The objective of this study was to identify the root-knot nematode (Meloidogyne spp) samples, by molecular and morphological methods that have been collected from different regions of Turkey. The seventy-nine root-knot nematode samples were first homogenized by inoculating susceptible tomato cultivar 'Simita F1' with single egg masses. Then, second stage larvae obtained from homogenized-egg masses were used for DNA isolation. The molecular identification of the samples were conducted with species-specific SCAR (sequence characterized amplified region) and PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) markers The morphological identification of the samples were carried out using dissected-fixed vulva of female and second stage larvae collected from susceptible tomatoes (homogenized samples) Results showed that four root-knot nematode species, Meloidogyne javanica (Treub, 1885) Chitwood, Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) Chitwood, Meloidogyne arenaria (Neal, 1889) Chitwood and Meloidogyne chitwoodi Golden, O'Bannon, Santo et Finley, 1980 were the most common in Turkey Of the 79 samples, 28 (35%), 22 (28%), 21(27%), and 8 (10%) were identified molecular and morphological methods to be M. javanica, M. incognita, M. arenaria and M chitwoodi, respectively It was determined that all the samples collected from potato crop in mid-Anatolia were belong to M chitwoodi

Deniz ekosistemindeki fiziksel, kimyasal ve biyolojik faktörlerin değişmesi çevresel faktörlere çabuk cevap verebilen mikro-alglerin aşırı çoğalma göstermesine neden olmaktadır. Belli bir mikro-alg populasyonundaki değişim, ekosistemdeki şartlara dair ileriye yönelik fikir vermektedir.Su ekosistemlerinin kontrolünü ve yakın gelecekteki zararlı etkileri öngörmeyi amaçlayan bu izlemeler, genellikle canlıların morfolojileri dikkate alınarak mikroskopi tayini ile yürütülmektedir. Bu tayinlere ek olarak moleküler yöntemlerin de kullanılması ekosistem geleceğine dair teyid edici olmaktadır.Çalışmamızda Marmara Denizi'nde izlenen biyoindikatör mikro-alg türlerinden Prorocentrum minimum ve Skeletonema costatum türlerinin moleküler yöntemlerle tayini gerçekleştirilmiştir. Ayrıca aşırı çoğalma dönemlerinin altyapısını oluşturan çevresel faktörlerin meydana getirdiği populasyon içi ve populasyonlar arası genetik heterojenite tespit edilmiştir. The changes in physical, chemical or biological parameters in marine ecosystem may have prompt responses such as sharp increases in the population size of some micro-algal species. Analysis of a definite micro-algae population make it possible to predict the condition of an ecosystem in future.The control of marine ecosystems and prediction of harmful effects are in general performed by microscopic methods. Supporting these traditional methods, PCR-based molecular diagnostic methods can be used to monitor micro-algal blooms.In this study, bio-indicator micro-algae species, Prorocentrum minimum and Skeletonema costatum, are diagnosed by molecular techniques. Intra-specific and inter-spesific genetic heterogeneity of these species which might be an indication and also a consequence of the background bloom forming environmental conditions were also determined. 92

The objective of this study was to identify the root-knot nematode (Meloidogyne spp.) samples, by molecular and morphological methods that have been collected from different regions of Turkey. The seventy-nine root-knot nematode samples were first homogenized by inoculating susceptible tomato cultivar 'Simita F1' with single egg masses. Then, second stage larvae obtained from homogenized-egg masses were used for DNA isolation. The molecular identification of the samples were conducted with species-specific SCAR (sequence characterized amplified region) and PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) markers. The morphological identification of the samples were carried out using dissected-fixed vulva of female and second stage larvae collected from susceptible tomatoes (homogenized samples). Results showed that four root-knot nematode species, Meloidogyne javanica (Treub, 1885) Chitwood, Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) Chitwood, Meloidogyne arenaria (Neal, 1889) Chitwood and Meloidogyne chitwoodi Golden, O'Bannon, Santo et Finley, 1980 were the most common in Turkey. Of the 79 samples, 28 (35%), 22 (28%), 21 (27%), and 8 (10%) were identified molecular and morphological methods to be M. javanica, M. incognita, M. arenaria and M. chitwoodi, respectively. It was determined that all the samples collected from potato crop in mid-Anatolia were belong to M. chitwoodi.

Moleküler seviyede kiralite çalışmaları modern kimyanın en temel konusu olmaya başlamıştır. Bu konuya ilgi duyulmasının önemli sebebi çoğu biyomoleküllerin kiral doğasından ve bu moleküllerin diğer moleküllerle etkileşiminden kaynaklanmaktadır. Kullanılan tıbbi ilaçlar ve zirai ilaçların çoğunda kiral moleküller bulunmaktadır. Asimetrik sentez konusu son yıllarda hızla çok büyük gelişme kaydederken, bu yöntem halen saf homokiral bileşiklerin çoğunun hazırlanması için pratik bir metot sağlayamamıştır. Moleküler seviyede kiral tanımaya etki eden faktörleri tamamen anlamak için çok sayıda materyal tasarlanıp sentezlenmektedir. Supramoleküler kimyanın bu yönlü çalışılmasıyla kazanılan bilgi, enzim-substrat ve antikor-antijen etkileşimleri gibi biyolojik tanıma olaylarında etkili olan etmenlerin anlaşılmasını sağlayacağından dolayı da ayrı bir öneme sahiptir. Bu proje kapsamında, C2-simetrisine sahip ester ve amit fonksiyonel grup taşıyan ve pridin ünitesi içeren bir seri, yeni kiral makrosiklik sentezlenecek ve bunların moleküler tanıma özellikleri 1H NMR yöntemiyle araştırılacaktır. Böylelikle kiral merkez üzerindeki sübstitüentlerin ve pridin ünitesinin enantiyomerik tanımaya etkisi karşılaştırmalı olarak incelenebilecektir. The study of chirality at the molecular level has emerged as a central theme in contemporary chemistry. Much of the situmulus for this interest originated from the chiral nature of of many biomolecules and their interaction with other molecules. Chiral molecules find use in pharmaceuticals and agrochemicals. While the field of asymmetric synthesis has progressed at a tremendeus rate in recent years, there are still many instances where these methods do not provide a practical means of the preparation of pure homochiral compounds. Fundamental to the development of such materials is a thorough understanding of the factors affecting chiral recognition at the molecular level. The knowledge gained through the study of this aspect of supramolecular chemistry is also of importance because of the insight it may give us into the forces driving biological recognition phenomena such as enzyme-substrate and antibody-antigen interactions. In this project, we will be synthesis a number of novel C2-symmetric chiral macrocycles bearing ester and amides functional groups and contains pyridil units and investigation of their molecular recognition properties by 1H NMR titration methods. Thus, the effect of pyridine unit and substituent on the chiral center to enantiomeric recognition will be comparatively investigated. 80

Bu çalışmada biyokimyasal, fenotipik ve genotipik yöntemler yardımı ile çiğ koyun sütünden geleneksel olarak üretilen Urfa peynirlerinde hakim laktik floranın suş düzeyinde karakterizasyonunun yapılması ve endüstriyel düzeyde Urfa peyniri üretiminde kullanılabilecek özgün starter kültür çeşidinin belirlenmesine yönelik veri elde edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla; Şanlıurfa ilinin farklı bölgelerinde geleneksel olarak üretilen 20 adet taze peynir örneği toplanmış ve % 14 (w/v) tuz içeren salamura içerisinde 3 ay depolandıktan sonra mikrobiyolojik analizler gerçekleştirilmiştir. Farklı besiyerlerinden izole edilen (MRS, M17 ve KAA) 180 izolatın Gram boyama ve katalaz testlerinden sonra 143 izolat laktik asit bakterisi olarak tanımlanmıştır. Fenotipik testler ve 16S rDNA sekans dizi analizi ile izolatların tür ve suş düzeyinde sınıflandırmaları yapılmıştır. Analiz sonuçlarına göre 143 izolatın % 48.95 Enterococcus spp., % 40.55'inin Lactococcus spp., % 9.10'unun Lactobacillus spp., % 0.69'unun Streptococcus spp., % 0.69'unun ise Leuconostoc spp. türüne ait olduğu belirlenmiştir. En baskın tür olarak tespit edilen enterokokların % 40,0'ı Enterococcus faecium, % 32.8'i E. durans, % 18.5'i E. faecalis; laktokoların % 62.71'i Lactococcus lactis spp. lactis, % 30.50'si ise Lactococcus garvieae olarak sınıflandırılmıştır. Laktokok grubu bakterilerin büyük bir çoğunluğu (%74.57) % 6.5 NaCl'de gelişim göstererek laktokoklara göre atipik özellik göstermiştir. İzole edilen tüm suşların kapasiteleri ve bakteriyosin üretime yetenekleri incelenmiştir. Bu sonuçlar ışığında 3 laktokok izolatı (Lactococcus lactis spp. lactis suş no:62, Lactococcus garvieae suş no:44, Lactococcus lactis spp. cremoris suş no:63) starter kültür olarak kullanılarak Urfa peyniri üretilmiştir. 90 gün olgunlaştırılan peynirlerde depolama süresince kimyasal analizler yapılmış ve elde edilen sonuçlar önceki çalışmalar ile karşılaştırılmıştır. Depolama süresince deneme peynirinin proteoliz düzeyinin belirlenmesinde üre-PAGE elektroforez, RP-HPLC peptid profilleri ve toplam serbest amino asit analizleri yapılmıştır. Depolamanın 90. gününde ?s1-kazein parçalanma ürünlerinin açığa çıktığı belirlenmiştir. Olgunlaşma periyodu süresince hem hidrofilik hem de hidrofobik peptidlerin konsantrasyonunda artış meydana geldiği belirlenmiştir. Toplam serbest amino asit içeriğinde de depolama süresince sınırlı ancak düzenli bir artış olduğu saptanmıştır. Elde edilen sonuçlar piyasa örnekleri ile karşılaştırıldığında deneme peynirinde meydana gelen proteoliz düzeyinin piyasa örneklerinden daha düşük olduğu belirlenmiştir. Deneme peynirinin uçucu maddelerin bileşen profilinde olgunlaşma süresince meydana gelen değişimler SPME GC-MS tekniği ile izlenmiş ve buna göre 66 farklı uçucu aroma bileşeni tespit edilmiştir. In this study, characterization of dominant strains of lactic flora in traditional Urfa cheese made from sheep?s milk, was done using biochemical, phenotypic and genotypic methods. Selection of promising species and strains of lactic acid bacteria for the purpose of development of novel starter culture candidates was the prime aim of the present study. For this purpose, 20 fresh Urfa cheese samples were collected from 4 different regions of Şanlıurfa province. The cheeses were stored in dense brine solution (14%, w/v) under controlled conditions for a period of 3 months. Microbiological cultivation was carried out using M17, MRS and KAA mediums. In total, 180 isolates were harvested and 143 of them were characterized as lactic acid bacteria. 143 isolates were classified using phenotypic tests and 16S rDNA sequence analysis. According to the results obtained the percentage distributions of the lactic acid bacteria isolated were as follows: 48.95 % Enterococcus spp., 40.55 % Lactococcus spp., 9.10 % Lactobacillus spp., 0.69 % Streptococcus spp. and 0.69 % Leuconostoc spp. Among the Enterococcus spp., Enterococcus faecium (40.0 % of total enterococcus strains) was the most frequently present species, followed by E. durans (32.85 %), E. faecalis (18.57 %), respectively. Lactococcus lactis spp. lactis (62.71 % of total lactococcus species) and Lactococcus garvieae (30.50 %) were the most frequently present lactococci species. The majority of lactococcal isolates showed an atypical phenotypic behaviour since they grew in the presence of 6.5 % NaCl. Acidification and bacteriocin production abilities were also determined for each isolate. Three lactococcus isolates (Lactococcus lactis spp. lactis (strain no:62), Lactococcus garvieae (strain no:44), Lactococcus lactis spp. cremoris (strain no:63) were used as candidate starter culture in the production of Urfa cheese. During 90 days of storage, chemical analysis were carried out and the results of the experimental cheese were compared with previous studies. To determine the level of proteolysis during ripening period of the experimental cheese, urea-PAGE electrophoresis, RP-HPLC and total free amino acid analysis were carried out. Urea-PAGE electrophoretograms revealed that at the end of ripening period, ?s1-casein degradation products became visible. The peptide profile of the cheese sample as determined by RP-HPLC during ripening period showed that both hydrophilic and hydrophopic peptide concentrations were increased. Accordingly, total free amino acid content increased to a limited extend during ripening period. Results revealed that the development of proteolysis in Urfa cheese was rather limited, compared with the market samples. A total of 66 volatile components were identified during ripening period of cheese samples by solid-phase microextraction by gas chromatography-mass spectrometry. 161

Kök-ur nematodu türleri (Meloidogyne spp.) tüm dünyada bitkisel üretimde önemli verim ve kalite kayıplarına sebep olmaktadır. Bu çalışmada Türkiye Kök-ur nematodu türlerinin saptanması amacıyla, farklı alanlardan 79 adet Kök-ur nematodu populasyonu toplanarak moleküler ve morfolojik yöntemlerle teşhis çalışması yapılmıştır. Elde edilen Kök-ur nematodu populasyonları bir yumurta paketi ile hassas domates `Simita F1' çeşidi üzerinde saflaştırılmıştır. Saflaştırılan yumurta paketlerinden elde edilen ikinci larva dönemindeki bireylerinden DNA izolasyonu yapılmış, türe spesifik primerlerle PCR kurularak Meloidogyne türleri teşhis edilmiştir. Aynı zamanda her populasyona ait ikinci dönem larvaların ve hassas domates bitkilerinin köklerinden elde edilen dişi bireylerin vulva kesitlerinden daimi preparatlar yapılarak morfolojik yöntemlerle de teşhis çalışmaları yapılmıstır. Moleküler ve morfolojik yöntemlerle yapılan teşhis sonucunda 4 türün M. incognita, M. arenaria, M. javanica ve M. chitwoodi, ülkemizde yaygın olduğu tespit edilmiştir. Türkiye genelinden elde edilen 79 Kök-ur nematodu populasyonundan 22 adedinin M. incognita, 21 adedinin M. arenaria, 28 adedinin M. javanica ve 8 adedinin de M. chitwoodi olduğu saptanmış olup, bunların bulunma oranları sırasıyla, % 28, % 27, % 35 ve %10 olarak saptanmıştır. Bu türlerden M. chitwoodi Türkiye nematod faunası için yeni kayıt niteliğindedir. Patates örneklerinden elde edilen Kök-ur nematodlarının tamamının M. chitwoodi olduğu tespit edilmiştir. Tespit edilen Meloidogyne türlerinin illere ve ürün gruplarına göre dağılımı ülkemiz tarımı için önemli bilgiler sunmaktadır. 8 adet M. incognita, 13 adet M. arenaria ve 7 adet M. javanica populasyonlarının virülentliği Picasso ve Malike F1 domates çeşitlerinde incelenmiştir. Sonuçlarda denemeye alınan hiçbir populasyonun virülent olmadığı saptanmıştır. Root-knot nematodes (Meloidogyne spp.) cause significant quality and yield losses in crops throughout the world. The objective of this study was to identify the root-knot nematode samples, by molecular and morphological means, that have been collected from different regions of Turkey. The seventy-nine root-knot nematode samples were first homogenized by inoculating susceptible tomato cultivar `Simita F1? with single egg masse.Then, second stage larvae obtained from homogenized-egg masses were used for DNA isolation. The molecular identification of the samples were conducted with species-specific SCAR (sequence characterized amplified region) and PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) markers. The morphological identification of the samples were carried out using dissected-fixed vulva of female and second stage larvae collected from susceptible tomatoes (homogenized samples). Results showed that four root-knot nematode species, M. incognita, M. arenaria, M. javanica and M. chitwoodi were the most common in Turkey. Of the 79 samples, 22 (28 %), 21 (27 %), 28 (35 %), and 8 (10 %) were identified to be M. incognita, M. arenaria, M. javanica and M. chitwoodi, respectively. This is the first report for M. chitwoodi in Turkey. All the samples that were collected from potato crop in mid-anatolia belong to M. chitwoodi. The distribution of Meloidogyne species by region and crop offers important insight for Turkish agriculture. 8, 13 and 7 populations of M. incognita, M. arenaria and M. javanica were used in this study respectively. Result showed that none of these populations belonging to three different root-knot nematode species were able to overcome the resistance controlled by single dominant gene Mi in tomato, indicating that populations were not virulent. 94

Bağcılık için yerkürenin en elverişli iklim kuşaklarından biri üzerinde bulunan Türkiye, asmanın gen merkezi olmasının yanı sıra son derece eski ve köklü bir bağcılık kültürüne de sahiptir. Eskişehir ili iklimi birinci derecede şaraplık üzüm yetiştiriciliği için uygundur. Kayseri ilinde ise; sofralık ve çekirdekli kurutmalık üzüm yetiştiriciliği ile ön plana çıkmaktadır. Bu çalışmada, Eskişehir ve Kayseri illerinde yetiştirilmekte olan 39 çeşit ile 2 referans çeşit olmak üzere toplam 41 çeşidin genetik analizleri 15 SSR lokusu (VVMD5, VMC2C3, VrZAG79, VVMD24, VVMD27, VVMD28, VVS2, VrZAG62, VVIB01, VMC2H4, VVMD7, VVIH54, VVMD31, VrZAG83, VRG1) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Kullanılan 14 primerde çeşitler arası yeterli ayrım sağlanırken VRG1 lokusunda yüksek orandaki null allel şüphesinden dolayı dendoğram 14 lokus ile oluşturulmuş; 4 sinonim ve 1 homonim çeşit tespit edilmiştir. Lokuslarda gözlenen allel sayısı 2 ile 12 arasındadır. Turkey, is one of the most important area for viticulture because of its suitable climatic zone, being valuable grape germplasm resources, has very long viticulture history. Eskişehir?s climate is suitable for wine grape growing but Kayseri?s appropriated not only for wine grape growing, and also for table and raisn grapes. In this study, 39 grape genotips grown in Eskişehir and Kayseri and 2 reference cultivars geneticallly characterized using 15 SSR locus (VVMD5, VMC2C3, VrZAG79, VVMD24, VVMD27, VVMD28, VVS2, VrZAG62, VVIB01, VMC2H4, VVMD7, VVIH54 VVMD31, VrZAG83, VRG1). However clustring established just with 14 locus because of high frequency of null allel on VRG1 locus, indicated 4 synonym and 1 homonym genotypes. Number of alleles per locus ranged between 2 and 12. 79

Bu araştırmada İzmir Çamaltı Tuzlası'ndan alınan örneklerden halofilik mikroorganizma izolasyonu gerçekleştirilerek bu mikroorganizmaların biyoteknolojik öneme sahip bazı enzimlerinin taramaları ve biyokimyasal testlerinin yanı sıra moleküler karakterizasyonları yapılmaya çalışılmıştır.Tuzlanın iki farklı yerinden alınan toprak örneklerinden saflaştırılan 14 izolatın ekstraselüler extremozim taramalarında % 48,2'sinin esteraz, % 28,5'nin proteaz, % 100'ünün DNaz aktivitesine sahip oldukları; lipaz, amilaz jelatinaz ve selülaz aktivitelerine ise sahip olmadıkları görülmüştür. Proteaz aktivite ölçüm sonuçlarında % 99 benzerlik oranıyla Halobacterium salinarum olarak saptanan 2 nolu izolatın, % 0,5 maya özütü içeren SW-25 (pH 7.0) ortamında 4. gün 2 U aktivite, 5. gün ise 2,5 U aktiviteye sahip olduğu görülmüştür. Farklı besin, azot kaynaklarının ve farklı NaCl konsantrasyonlarının proteaz üretimine etkisi incelendiğinde maya özütünde; 2,6 U ve et özütünde; 1,2 U ayrıca 3,5M NaCl içeren ortamda 2,3 U aktivite ve 4M NaCl içeren ortamda 2 U aktivite gösterdiği görülmüştür. İzolatların 16S rDNA moleküler tanıları sonucu 1,4,6,7,10,11,13 nolu izolatlar % 99 oranında Haloferax alexandrinus, 5 nolu izolat % 98 oranında Haloferax alexandrinus, 12 nolu izolat % 96 benzerlik oranıyla Haloferax alexandrinus, 3 nolu izolat % 99 Haloferax sp. HSC4, 8 nolu izolat % 97 Haloferax YT 228, 2 nolu izolat % 99 Halobacterium salinarum R1 strain, 9 nolu izolat % 97 Halobacterium salinarum olarak tanılanmıştır. In this research we tried to isolate halophilic microorganisms from İzmir Camaltı Saltern and screened their enzymes with biotechnological importance and molecular identification besides biochemical tests.In the extracellular extremozyme screening of 14 isolates isolated from soil samples taken from two different parts of saltern, we observed that % 48.2 has esterase activity, % 28.5 has protease activity, % 100 has DNase activity but any lipase, amylase, gelatinase and cellulase activity have been detected.Compared to protease production capacities of isolates, isolate 2 was the best protease producer and identified as Halobacterium salinarum with % 99 sequence similarity. Isolate 2 reached to 2 U activity in SW-25 (pH:7.0) medium containing % 0.5 yeast extract at 4th days and 2.5 U activity at 5th days.When we investigated effect of different nutrition, nitrogene sources and NaCl concentration on protease production, we observed the best activities in medium containing yeast extract with 2.6 U activity and meat extract with 1.2 U activity; 2.3 U activity in medium containing 3.5M NaCl and 2 U activity in medium containing 4M NaCl.At the result of 16S rDNA molecular identification, isolates identified as Haloferax alexandrinus with % 99 sequence similarity are 1,4,6,7,10,11,13; isolate identified as Haloferax alexandrinus with % 98 sequence similarity is 5; isolate identified as Haloferax alexandrinus with % 96 sequence similarity is 12; isolate identified as Haloferax sp. HSC4 with % 99 sequence similarity is 3; isolate identified as Haloferax sp. YT 228 with % 97 sequence similarity is 8; isolate identified as Halobacterium salinarum R1 strain with % 99 sequence similarity is 2; isolate identified as Halobacterium salinarum with % 97 sequence similarity is 9. 108

Pseudomonas aeruginosa'nın özellikle çoklu ilaca dirençli suşları hastane infeksiyonu etkenleri arasında önemli bir yere sahiptir. Beta-laktamaz üretimi, gram-negatif bakterilerde beta-laktam antibiyotiklere dirençte önemli bir mekanizmadır. Türkiye kaynaklı olan PER-1 ve OXA-10 grubu beta-laktamazlar (OXA-11/14/16) P. aeruginosa'da seftazidim direncine neden olurlar.Bu çalışmada, hastane infeksiyonu etkeni P. aeruginosa suşlarında seftazidim direncine neden olan PER-1 ve OXA-10 grubu beta-laktamaz enzimlerini moleküler yöntemler ile hızlı ve güvenilir olarak tanımlamak, görülme sıklıklarını ortaya koymak ve bu izolatların klonal yakınlıklarını saptayarak yeni oluşacak hastane infeksiyonu olgularını kontrol altına almak hedeflenmektedir.Seftazidime dirençli 50 adet P. aeruginosa izolatında PER-1 ve OXA-10 grubu gen bölgeleri PZR ile tespit edildi. Suşların klonal yakınlıkları RAPD-PZR yöntemiyle belirlendi ve PFGE ile epidemiyolojik analizleri yapıldı. PER ve OXA-10 grubu gen bölgelerinin restriksiyon analizleri yapılarak tipleri belirlendi.İncelenen suşlarda %46 oranında PER-1 ve %78 oranında OXA-10 enzimi tespit edildi. P. aeruginosa izolatları arasında saptanan dört ana klonun yüksek prevalanstan sorumlu olduğu RAPD-PZR sonuçları ile ortaya kondu. PFGE yönteminde de üç ana klonun belirlenmesi izolatların büyük oranda ilişkili olduğunu destekledi. RFLP analizi ile PER-1 ve OXA-11/14/16 enzim genotipleri tanımlandı. Ondokuz Mayıs Ünversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde izole edilen seftazidim dirençli P. aeruginosa suşlarında PER-1 ve OXA-10 enzimlerinin yaygın olduğu ve bu enzimi üreten birçok suşun ?klonal ilişkili? oluşunun horizontal yayılıma işaret ettiği sonucuna varıldı.ABSTRACTDETERMINATION OF PER-1 AND OXA-10-LIKE BETA-LACTAMASES IN CEFTAZIDIME-RESISTANT PSEUDOMONAS AERUGINOSA ISOLATES BY MOLECULAR METHODSMehtap ÜNLÜ SÖĞÜT, Ph.D. ThesisUniversity of Ondokuz Mayıs Samsun, June 2008Pseudomonas aeruginosa strains, especially multidrug resistant, have great of importance among nosocomial infection isolates. Production of beta-lactamase is an important mechanism in gram-negative bacteria for resistance to beta-lactam antibiotics. PER-1 and OXA-10 like beta-lactamases (OXA-11-14-16) were first reported from Turkey, and caused ceftazidime resistance in P. aeruginosa.In this study, our aim was to identify PER-1 and OXA-10 like beta-lactamase enzymes which caused ceftazidime resistance in nosocomial P. aeruginosa strains as fast and correctly by molecular methods, to determine the prevalance of these enzymes and to get the nosocomial infections under control by determining their clonal relationship.PER-1 and OXA-10 presence was sought by PCR in 50 ceftazidime resistant P. aeruginosa strains. Clonal relationship of strains was determined by RAPD-PCR and epidemilogic analysis of isolates was investigated by PFGE. Types of PER-1 and OXA-10 like beta-lactamases were analysed by RFLP.PER-1 and OXA-10 like beta-lactamases were detected in 46 % and 78 % of P. aeruginosa strains, respectively. RAPD-PCR results releaved dissemination that the four main clones which were determined among P. aeruginosa isolates are responsible for the high prevalence. The determination of three main clones by PFGE also supported that the isolates are nearly related. PER-1 and OXA-10 11-14-16 types were identified by RFLP analyse. We concluded that, the prevalence of PER-1 and OXA-10 enzymes among ceftazidime resistant P. aeruginosa isolate was high in our hospital. PER-1 and OXA-10 producers were being transmitted horizontally as most of the isolates are clonally related.Key Word: Pseudomonas aeruginosa, beta-lactamases, PER-1, OXA-10, molecular epidemiology. Pseudomonas aeruginosa strains, especially multidrug resistant, have great of importance among nosocomial infection isolates. Production of beta-lactamase is an important mechanism in gram-negative bacteria for resistance to beta-lactam antibiotics. PER-1 and OXA-10 like beta-lactamases (OXA-11-14-16) were first reported from Turkey, and caused ceftazidime resistance in P. aeruginosa.In this study, our aim was to identify PER-1 and OXA-10 like beta-lactamase enzymes which caused ceftazidime resistance in nosocomial P. aeruginosa strains as fast and correctly by molecular methods, to determine the prevalance of these enzymes and to get the nosocomial infections under control by determining their clonal relationship.PER-1 and OXA-10 presence was sought by PCR in 50 ceftazidime resistant P. aeruginosa strains. Clonal relationship of strains was determined by RAPD-PCR and epidemilogic analysis of isolates was investigated by PFGE. Types of PER-1 and OXA-10 like beta-lactamases were analysed by RFLP.PER-1 and OXA-10 like beta-lactamases were detected in 46 % and 78 % of P. aeruginosa strains, respectively. RAPD-PCR results releaved dissemination that the four main clones which were determined among P. aeruginosa isolates are responsible for the high prevalence. The determination of three main clones by PFGE also supported that the isolates are nearly related. PER-1 and OXA-10 11-14-16 types were identified by RFLP analyse. We concluded that, the prevalence of PER-1 and OXA-10 enzymes among ceftazidime resistant P. aeruginosa isolate was high in our hospital. PER-1 and OXA-10 producers were being transmitted horizontally as most of the isolates are clonally related.Key Word: Pseudomonas aeruginosa, beta-lactamases, PER-1, OXA-10, molecular epidemiology. 110

ÖZET Yüksek Lisans Tezi mis vinifera L. ov. BÜZGÜLÜ'NÜN RAPD ANALÎZÎ ÎLE GENETİK TANIMLANMASI Burçin POLAT Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilin Dalı Danışman: Yrd. Doç. Dr. E. Sümer ARAŞ Eş Danışman: Prof. Dr. Gökhan SÖYLEME20GLU Bu çalışmada, Tekirdağ Bağcılık Araştırma Enstitüsü Milli Kolleksiyon Bağında bulunan çeşit gruplarından, Büzgülü grubuna ait üzüm çeşitlerinin, genetik farklılık ve benzerlikleri göz önüne alınarak, RAPD analizi ile moleküler tanımlama çalışması yapılmıştır. Değişik illerden toplanmış olan 14 büzgülü üzüm çeşni üzerinde yapılan bu araştırma Büzgülü çeşitleri ile yapılmış ilk çalışma olma niteliğini taşımaktadır. Bu çalışmada; asma (Vltis vinifera L.) için en uygun DNA izolasyonunu belirlemek amacı ile yaygın olarak kullanılan iki yöntem denenmiştir. Tüm örneklerde Lefort et aL (1998) DNA izolasyon yöntemi uygulanmıştır, ancak yeterli saflıkta ve miktarda elde edilemeyen beş örnek için Lodhi et al. (1994) DNA izolasyon yöntemi uygulanmıştır. Araştırmada kullanılan 20 primerden en fazla, P123, OPA18, OPA15, OPF06, P232, P394, OPA15, P166 primerlerinde polimorfik bantlar elde edilirken, OPA3, OPAİ, OPO03 primerleri polimorfizm göstermemiştir. Amplifikasyon bantlarının büyüklükleri ve sayılan sırası ile 100- 3000 baz çifti ve 5-22 adet arasında değişmiştir. Çeşitlere ait benzerlik indeksi ve buna bağlı olarak hazırlanan genetik ilişki dendogramında, Kara Büzgülü 643 (Muğla) ve Büzgülü 572 (Eskişehir) çeşitleri, 0,725 ile en düşük benzerlik oranını verirken, Sık Büzgülü 516 (Konya) ve Büzgülü 738 (Kütahya) çeşitleri 0,919 ile en yüksek benzerlik oranını vermiştir. Dendogram incelendiğinde, cografik bir ayırımın söz konusu olduğu, aynı ekolojide yetiştirilen bitkilerde genetik benzerliklerin daha yüksek olduğunu söylemek mümkün olabilmektedir. 2003,55 sayfa ANAITTAR KELİMELER: Moleküler Tanımlama, RAPD, Vitis vinifera L., DNA izolasyonu, benzerlik indeksi, dendogram ABSTRACT Masters Thesis GENETIC IDENTIFICATION of Vitis vmifera L. ov. BÜZGÜLÜ RAPD ANALYSIS Burçin POLAT Ankara University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology Supervisor Yrd. Doç. Dr. E. Sümer ARAS Prof Dr. Gökhan SÖYLEMEZO?LU In this study, according to the genetic differences and similarities of Büzgülü grape variety among the varieties from Tekirdağ Vineary Research Institute National Germplasm Repository Vineyard, genetic identification study was conducted with RAPD analysis. This research which was performed with 14 büzgülü grape varieties that were collected from different provinces is the first with this group. hi this study in order to identify the most suitable DNA isolation protocol two different methods were tested. DNA isolation method by Lefort et aL (1998) was employed in all samples but in five samples that did not yield good quality DNA, isolation method by Lodhi et al.(1994) was applied. While the primers P123, OPA18, OPA15, OPF06, P232, P394, P166 primers yielded the most polymorphic bands among the primers tested, OPA1, OPA3, OPO03 primers did not show polymorphism. Amplified fragments ranged from 100-3000 bp and the number of bands for each primer varied from 5 to 22. According to the similarity index and the cluster analysis of the varieties the lowest similariuy obtained was found between Kara Büzgülü 643 (Muğla) and Büzgülü 572 (Eskişehir) with the value of 0,725, on the other hand Sık Büzgülü 516 (Konya) and Büzgülü 738 (Kütahya) varieties gave the highest similarity ratio with 0,9 1 9. When cluster analysis was examined, it is possible to suggest the existence of a geographical discrimination and genetic similarities were higher in plants mat were grown in similar ecologies. 2003,55 sayfa Key Words : Molecular identification, RAPD, Vitis vmifera L., DNA isolation, similarity index, cluster analysis 55

Prunus Necrotic Ringspot Virus (PNRSV), kültüre alınmış sert çekirdekli türlerin çoğunu değişen derecelerde infekte ederek ciddi hastalıklara neden olmaktadır. Virüsün aşı, polen ve tohumla taşındığı bilinmektedir. Etmen, fidanlıklarda ciddi hastalıklara neden olabilirken ağaçların düşük standartlarda ve yavaş gelişmesine de neden olmaktadır. Bu çalışmada prufikasyon, elektron mikroskopi, serolojik ve moleküler karakterizasyon yöntemleri Doğu Akdeniz Bölgesi PNRSV izolatlannın saptanması ve tanılanması için kullanılmıştır. Arazi survey çalışmalarından seçilen örnekler ELISA ile testlenmiş ve infekteli olarak saptanan bitkiler, izolatların odunsu ve otsu bitkilere taşınmasında inokulum kaynağı olarak kullanılmıştır. Bu şekilde biyolojik indeksleme ve mekanik inokulasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. PNRSV'nin kirazdan purifikasyonu fenolik bileşiklerden dolayı yeterli saflıkta başanlamamıştır. PNRSV'nin daha kesin olarak saptanması için moleküler teknikler kullanılmıştır. Bu amaçla Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) çalışması infekteli bitkilerden elde edilen total RNA'lann sulandırılarak ve sulandırılmadan kullanılması yolu ile gerçekleştirilmiştir. DNA bandları agaroz jelin ethidium bromide solüsyonunda boyanması ile elde edilmiştir. Anahtar kelimeler: PNRSV, ELISA, Biyolojik Karakterizasyon, Moleküler Tanılama Prunus Necrotic Ring Spot Virus (PNRSV) infects and causes serious diseases in varying degrees in many of cultivated stone fruit species. The virus is known to be transmissible through grafting and also by pollen and seeds. The agent can cause serious diseases in nurseries, where it cause poor standards and reduced tree growth. In this study purification, electron microscopy, serological and molecular characterization aspects have been studied for the detection and identification of Eastern Mediterranean PNRSV isolates. The samples collected by field survey have been tested by ELISA and the infected plants were used as inoculum for the transmission of the isolates to the woody and herbaceous indicator plants by means of biological indexing and mechanical inoculations. The purification of PNRSV was not successful from cherry due to presence of phenolic compounds. Sensitive detection of PNRSV was done by means of molecular detection technique. For this purpose reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed for the diluted and undiluted total RNA of infected samples and the DNA bands were observed by staining agarose jel in ethidium bromide solution. Key words: PNRSV, ELISA, Biological Characterization, Moleculer Identification 97

Crown eterlerin en önemli özellikleri, değişik bir çok metal, ammonyum ve diazonyum katyonları ile kompleks oluşturabilmeleridir. îlk makrosiklik bileşik Pedersen tarafından sentezlenmiş ve o günden sonra kimyacılar bu bileşiklerin kiral türevlerinin enzimatik ve diğer reaksiyonlarda kiral tanıma için bir model oluşturduğunu farkettiler. îlk sentetik kiral makrosiklik bileşik 1 972 yılında Wudl ve Gaeta tarfından Z-prolin kullanılarak sentezlenmiştir. Sentezlenen kiral crown eterler protonlanmış amin ve amin bileşiklerinin moleküler tanınmasında ve ayrıca değişik reaksiyonlarda kiral katalizör olarak kullanılmıştır. Kiral amin bileşiklerini ayırmak için kullanılan aminoasit veya türevleri, siklodekstrinler, karbonhidratlar içinde kiral crown eterler durağan faz olarak en etkili bileşiklerdir. Crown eterlerde kiral merkez yan kollar üzerinde bulunduğunda Z-amino asitleri, amino asit K+ tuzlarım ve dipeptit K+ karboksilatları kloroform membranından seçici bir şekilde taşıdıkları gösterilmiştir. Almost as soon as the synthetic macrocyclic compounds became known through the work of Pedersen, chemist realized that asymmetric derivatives of these molecules could serve as models for the study of chiral recognition in enzymatic and other processes. The first synthetic chiral molecule was synthesized by Wudl and Gaeta in 1 972. The study of enantiomeric recognition of amine and protonated amine compounds is of significance since these compounds are basic building blocks of biological molecules. In nature, transport of amino acids through cell membrane is highly specific process owing to the chiral recognition properties of natural carriers. When chiral centers are located on pendant arms, chiral crown ethers show enantioselective transport of Z-aminoacids, amino acids K+,Na+,Li+ salts and dipeptideK+ carboxylates through a bulky chloroform membrane .

Crown eterlerin en önemli özellikleri, değişik bir çok metal, ammonyum ve diazonyum katyonları ile kompleks oluşturabilmeleridir. îlk makrosiklik bileşik Pedersen tarafından sentezlenmiş ve o günden sonra kimyacılar bu bileşiklerin kiral türevlerinin enzimatik ve diğer reaksiyonlarda kiral tanıma için bir model oluşturduğunu farkettiler. îlk sentetik kiral makrosiklik bileşik 1 972 yılında Wudl ve Gaeta tarfından Z-prolin kullanılarak sentezlenmiştir. Sentezlenen kiral crown eterler protonlanmış amin ve amin bileşiklerinin moleküler tanınmasında ve ayrıca değişik reaksiyonlarda kiral katalizör olarak kullanılmıştır. Kiral amin bileşiklerini ayırmak için kullanılan aminoasit veya türevleri, siklodekstrinler, karbonhidratlar içinde kiral crown eterler durağan faz olarak en etkili bileşiklerdir. Crown eterlerde kiral merkez yan kollar üzerinde bulunduğunda Z-amino asitleri, amino asit K+ tuzlarım ve dipeptit K+ karboksilatları kloroform membranından seçici bir şekilde taşıdıkları gösterilmiştir. Almost as soon as the synthetic macrocyclic compounds became known through the work of Pedersen, chemist realized that asymmetric derivatives of these molecules could serve as models for the study of chiral recognition in enzymatic and other processes. The first synthetic chiral molecule was synthesized by Wudl and Gaeta in 1 972. The study of enantiomeric recognition of amine and protonated amine compounds is of significance since these compounds are basic building blocks of biological molecules. In nature, transport of amino acids through cell membrane is highly specific process owing to the chiral recognition properties of natural carriers. When chiral centers are located on pendant arms, chiral crown ethers show enantioselective transport of Z-aminoacids, amino acids K+,Na+,Li+ salts and dipeptideK+ carboxylates through a bulky chloroform membrane 86