Search

Epilepsi, merkezi sinir sisteminin bir kısmının veya tümünün anormal deşarjlar ile karakterize nöbetlere yol açan hastalıktır. Dünya genelimde yaklaşık 65 milyon epilepsi hastası vardır ve her yıl bu sayıya 40-70/100.000 yeni olgu eklendiği bildirilmiştir. Bu hastaların tedavileri için kullandıkları antiepileptik ilaçların yan etkileri ise fazladır. S-adenozil metiyonin (SAM-e), başlıca biyolojik metil donörüdür. Her hücrenin sitozolünde sentezlenir ve esas olarak transmetilasyon reaksiyonlarında kullanılır. Böylece metil grubu, DNA, histonlar ve diğer proteinlerin yanısıra fosfolipidlerde dahil olmak üzere çok çeşitli alıcı subsratlara aktarılır. Metilasyonun çeşitli hücresel süreçleri belirlemedeki kritik rolü göz önüne alındığında, SAM-e metabolizmasındaki anormalliklerin, nörolojik ve psikiyatrik hastalıkların oluşumundaki kritik rolü daha iyi anlaşılır. Metil transfer reaksiyonları ile epilepsi arasındaki bağlantı iyi bilinmektedir. Ancak SAM-e epilepsi üzerindeki etkisini değerlendiren çalışmalar eksiktir. S-adenozil metiyonin (SAM-e) transmetilasyon reksiyonuna dahil olması nedeniyle potansiyel antiepileptik özelliklere sahip olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmada 2-3 aylık ve 230±30 gr ağırlığında sprague dawley cinsi dişi sıçanlar (n=49) kullanılacaktır. Sıçanlar; kontrol, epilepsi oluşturulacak ratlara nöbete girmeden 2 saat önce 50 mg/kg, 100 mg/kg, 200 mg/kg SAM-e ve nöbet esnasında 50 mg/kg, 100 mg/kg, 200 mg/kg SAM-e verilen olmak üzere 7 gruba ayrılmıştır. Her hayvan için elde edilen kayıtlardan; epileptiform aktivite başlama latensi, diken-dalga frekansı ve diken dalga genliği software aracılığıyla hesaplanacaktır. Latens, her bir periyottaki diken-dalga sıklığı, diken-dalga genliği parametrelerin ölçümleri bakımından incelenecektir. Nöbet öncesi ve esnasında uygulanan SAM-e'nin gruplarda oluşturduğu farklılıklar Kruskal-Wallis testi ile incelenecektir. İstatistiksel olarak farklılık tespit edilen gruplar post hocDunn testi ile belirlenecektir. İstatistik anlamlılık düzeyi olarak P

Fotodinamik terapi ile indüklenen, akut oksidatif strese maruz kalan hücrelerin, bu strese vereceği yanıtta genetik ve epigenetik değişikliklerin olası bağlantısına odaklandık. Fotoduyarlaştırıcı aracılı apoptozda yer alan mekanizmaları anlamak, terapötik etkinliğini artırmak bu yöntemin daha etkin kullanımını sağlayabilir. Bu çalışmanın amacı, HepG2 kanser hücrelerinde, ışık kaynağının farklı dozları kullanılarak, in vitro fotodinamik terapi uygulamasının mitokondriyal apoptoz genlerinin göreceli ekspresyonlarındaki değişim ve apoptoz yanıtından sorumlu moleküler, epigenetik mekanizmaları ve ajanların biyouyumlukları araştırıldı. Çalışmamızda üç farklı tipte fotoduyarlı ajandan elde ettiğimiz sonuçların fotodinamik terapi alanına biyomalzeme olarak katkı sağlayabileceğini düşünmekteyiz. Çalışmanın ilk kısmında, fotoduyarlı ajanların hücre canlılığına olan fototoksik etkisi test edildi. Ksenon ışık kaynağını kullanarak, ALA, Çinko ve Silisyum fotuduyarlaştırıcılar 600 mW/cm 2 'lik ışıma dozunda sırasıyla, 100 sn, 200 sn ve 300 sn süreler ile 0 saat, 24 saat ve 48 saat inkübasyon süreleri boyunca 10 farklı fotoduyarlı madde dozunda inkübe edilerek her bir zaman ve ışıma dozu için IC50 değerleri hesaplandı. Belirlenen bu IC50 değerlerinden 48 saat süre ile 100 sn ışıma dozu için hücrelerin apoptoz, genetik ve metilasyon ile ilgili gen analizleriyle ajanların biyomalzeme olup olmayacakları ilgili değerledirmelerde bulunuldu. Sitokrom c, Nrf2 ve Keap1'in epigenetik düzenlenmesinin, oksidatif stres veya ilaç metabolizması ile ilgili hastalıkların tedavisinde olası bir terapötik hedef olacağı düşünülmektedir. Bu malzemelerin, metilasyon inhibitör veya aktivatör adayları olup olamayacağı değerlendirildi. Bu malzemelerin ışıklı ve ışıksız olarak HepG2 hücrelerinde önemli miktarda apoptozu indüklediği gözlendi. Işıklı uygulamalarda apoptoz genlerinin ekspresyonunda, kontrol grubuna göre belli bir artış yaşandı. Sonuç olarak, tüm kullanılan fotoduyarlı biyomalzemelerin fototoksik, apoptotik ve epigenetik bir etkiye sahip olduklarını düşünmekteyiz. We focused on the possible link between genetic and epigenetic changes in the response of cells exposed to acute oxidative stress induced by photodynamic therapy. Understanding the mechanisms involved in photosensitizer mediated apoptosis and increasing its therapeutic efficacy may enable more effective use of this method. The aim of this study was to investigate changes in relative expression of mitochondrial apoptosis genes and molecular, epigenetic mechanisms and bioavailability of drugs responsible for this apoptosis response in HepG2 cancer cells by using different doses of light source in vitro. We think that results obtained from three different types of photosensitive agents in our study may contribute to field of photodynamic therapy as a biomaterial. In the first part of the study, phototoxic effect of photosensitive agents on cell viability was tested. Using a xenon light source with ALA, Zinc and Silicon photosensitizers were incubated at an irradiation dose of 600 mW/cm 2 for 100 s, 200 s, and 300 s, respectively, for 0 hour, 24 hours, and 48 hours incubation times, with 10 different doses of photosensitive drugs. IC50 values were calculated for each time and each irradiation dose. From these determined IC50 values, it was evaluated whether the agents would be biomaterials with gene analyzes related to apoptosis, genetics and methylation for 48 hours and 100 sec irradiation dose. Epigenetic regulation of Cytochrome c, Nrf2 and Keap1 is thought to be a possible therapeutic target in the treatment of diseases related to oxidative stress or drug metabolism. It was evaluated whether these materials could be methylation inhibitor or activator candidates. It was observed that these materials induced a significant amount of apoptosis in HepG2 cells with and without light. There was a certain increase in the expression of apoptosis genes in light treatments compared to control group. In conclusion, we think that all used photosensitive biomaterials have a phototoxic, apoptotic, and epigenetic effect.

Son yıllarda yapılan bazı çalışmalar çeşitli kanserlerde bazı genlerin biyobelirteç olabileceğini göstermiştir. Buna bağlı olarak yapılan genom boyu taramalarda ALX genlerinin de normal dokulara kıyasla metilasyon farklılıkları gösterip bu biyobelirteçlerden olabileceği gösterilmiş olmakla birlikte özellikle ALX3 geninde yapılan çalışmaların sayısı çok azdır. Buna karşılık yapılan bu az çalışmada bile ALX3 geninin metilasyon profilindeki farklılıklar bazı kanserlerde normal dokulara kıyasla farklılık göstermiştir. Ancak literatürde ALX3 geni ve akciğer kanseri arasında bir ilişkiye rastlanmamıştır. Bu bakımdan bu çalışmada ALX3 geni ve akciğer kanseri arasındaki ilişkinin gen ifadesi ve metilasyon profilleri açısından incelenmesi ve bu genin akciğer kanseri patogenezinde bir biyobelirteç olup olamayacağının bulunması amaçlanmıştır. Bu amaçla bu tez çalışmasında in vitro olarak A549 ve H1299 akciğer kanseri hücre hatları ile Beas-2B normal akciğer dokusu hücre hattı kullanılmıştır. Metilasyon analizi için COBRA yöntemi, gen ifadesi analizi için ise Gerçek-Zamanlı PCR yöntemi kullanılmıştır. Sonuç olarak akciğer kanseri hücre hatları normal akciğer dokusu hücre hattına kıyasla belirgin şekilde hipermetilasyon göstermiş olup gen ifadelerinde belirgin bir farka rastlanmamıştır. Sonuçlara göre ALX3 geni akciğer kanserinde belirgin bir hipermetilasyon modeli sergilediği için biyobelirteç olma potansiyeli bulunmaktadır. Yapılan bu in vitro analizlere ek olarak aynı araştırmaların in vivo bir şekilde hasta örneklerinde yapılmasının bu potansiyelin kesinleştirilmesine fayda sağlayabileceği düşünülmektedir. Tüm bu sonuçlar ışığında ALX3 geni akciğer kanseri için potansiyel bir biyobelirteçtir ve bu genin hipermetilasyonunu tersine çevirecek bir biyoteknolojik ilaç geliştirilmesi yönünde yapılabilecek çalışmalar için temel oluşturmaktadır. Some studies in recent years have shown that some genes may be biomarkers in various cancers. Accordingly, although it has been shown in genome-wide scans that ALX genes show methylation differences compared to normal tissues and may be one of these biomarkers, the number of studies especially on the ALX3 gene is very few. However, even in these few studies, differences in the methylation profile of the ALX3 gene differed in some cancers compared to normal tissues. However, no relationship was found between the ALX3 gene and lung cancer in the literature. In this regard, in this study, it was aimed to examine the relationship between the ALX3 gene and lung cancer in terms of gene expression and methylation profiles and to find out whether this gene can be a biomarker in the pathogenesis of lung cancer. For this purpose, A549 and H1299 lung cancer cell lines and Beas-2B normal lung tissue cell lines were used in vitro in this thesis study. COBRA method was used for methylation analysis and RealTime PCR method was used for gene expression analysis. As a result, lung cancer cell lines showed significant hypermethylation compared to normal lung tissue cell lines, and no significant difference was found in gene expressions. According to the results, ALX3 gene has the potential to be a biomarker since it exhibits a prominent hypermethylation pattern in lung cancer. In addition to these in vitro analysis, it is thought that performing the same studies on patient samples in vivo may help to confirm this potential. In the light of all these results, the ALX3 gene is a potential biomarker for lung cancer and forms the basis for studies to develop a biotechnological drug that will reverse the hypermethylation of this gene.

Mothers Against Decapentaplegic Homolog 4 -MADH4 ya da SMAD4 olarak da bilinir- bir tümör baskılayıcı gen bölgesidir. Bu türden tümör baskılayıcı gen bölgelerinin hipermetilasyonu, organizmanın kendisinin kansere karşı ortaya koyduğu mücadelede zayıflığa yol açabilir. Pek çok bölgede gelişen kanser türünde SMAD4 metilasyonu incelenegelmektedir. Bilhassa gastrointestinal kanal ve pankreas ile ilişkili kanserlerin SMAD4 hipermetilasyonu ile ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Çok sayıda araştırmacının SMAD4 ifadesi üzerine odaklanmasına karşın, larinks kanserlerinde metilasyon spesifik polimeraz zincir reaksiyonuna göre bant yoğunluklarının ölçümü esasına dayanan hiçbir yayın bulunamamıştır. Bu çalışma, larinks kanserlerinde SMAD4 metilasyonunun rolünü aydınlatmayı hedeflemiştir. Bu çalışmaya larinks kanseri tanısı almış otuz dört hasta dahil edilmiştir. Söz konusu araştırmayı gerçekleştirebilmek adına biyopsi materyallerinden elde edilmiş tümör dokularından ve bukkal swablar ile toplanan kontrol dokularından DNA izolasyonu yapıldı. Spektrofotometrik yöntemlerle, izole edilmiş DNA örneklerinin miktarları ve saflıkları ölçüldü. Metilasyon spesifik polimeraz zincir reaksiyonu için bisülfit modifikasyonu gerçekleştirildi. Çoğaltılan tüm DNA numuneleri yatay elektroforez uygulaması için bir agaroz jele yüklendi. Bantlar ultraviyole görüntüleme kamerası altında kayıt altına alındı ve bant yoğunlukları uygun bir bilgisayar yazılımı ile ölçüldü. Elde edilen tüm sonuçlar istatistik analiz yazılımı ile incelendi. Bu araştırma, larinks kanseri tanısı almış hastaların tümör dokularındaki SMAD4 gen bölgesindeki metilasyon düzeyinin kontrol dokularına kıyasla istatistiksel olarak anlamlı düzeyde artış gösterdiğini açıkça ortaya koymaktadır (z=-2,265 ve p=0,023). Mothers Against Decapentaplegic Homolog 4 -also known as MADH4 or SMAD4- is a tumor suppressor gene region. Hypermethylation on these kinds of tumor suppressor gene regions may constitute a defect in the anticancer activity of organisms itself. Plenty of the sites has previously investigated by the standpoint of the SMAD4 methylation. Especially cancers related to the gastrointestinal tract and pancreas have found associated with SMAD4 hypermethylation. Notwithstanding numerous researchers have focused on SMAD4 expression, there is no article found on larynx cancers based on measuring band densities due to methylation-specific polymerase chain reaction. This study aimed to clarify the role of the SMAD4 methylation on larynx cancers. Thirty-four patients included in this study that diagnosed as larynx cancer. To perform this research, DNA has isolated from tumor tissues by the biopsy materials and the control material by the buccal swabs. Isolated DNA samples measured for their amount and purification by spectrophotometric methods. Bisulfite modification has performed for a methylation-specific polymerase chain reaction. All the amplified DNA specimens have loaded into an agarose gel for horizontal gel electrophoresis. Bands have recorded under an ultraviolet imaging camera and band densities measured by suitable computer software. All the results have examined by the statistical analysis software. This study manifests that there is a significant increase in the methylation levels of the SMAD4 gene region on tumor tissues diagnosed as larynx cancer than control tissues (z=-2,265 and p=0,023).

Mothers Against Decapentaplegic Homolog 4 -MADH4 ya da SMAD4 olarak da bilinir- bir tümör baskılayıcı gen bölgesidir. Bu türden tümör baskılayıcı gen bölgelerinin hipermetilasyonu, organizmanın kendisinin kansere karşı ortaya koyduğu mücadelede zayıflığa yol açabilir. Pek çok bölgede gelişen kanser türünde SMAD4 metilasyonu incelenegelmektedir. Bilhassa gastrointestinal kanal ve pankreas ile ilişkili kanserlerin SMAD4 hipermetilasyonu ile ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Çok sayıda araştırmacının SMAD4 ifadesi üzerine odaklanmasına karşın, larinks kanserlerinde metilasyon spesifik polimeraz zincir reaksiyonuna göre bant yoğunluklarının ölçümü esasına dayanan hiçbir yayın bulunamamıştır. Bu çalışma, larinks kanserlerinde SMAD4 metilasyonunun rolünü aydınlatmayı hedeflemiştir.Bu çalışmaya larinks kanseri tanısı almış otuz dört hasta dahil edilmiştir. Söz konusu araştırmayı gerçekleştirebilmek adına biyopsi materyallerinden elde edilmiş tümör dokularından ve bukkal swablar ile toplanan kontrol dokularından DNA izolasyonu yapıldı. Spektrofotometrik yöntemlerle, izole edilmiş DNA örneklerinin miktarları ve saflıkları ölçüldü. Metilasyon spesifik polimeraz zincir reaksiyonu için bisülfit modifikasyonu gerçekleştirildi. Çoğaltılan tüm DNA numuneleri yatay elektroforez uygulaması için bir agaroz jele yüklendi. Bantlar ultraviyole görüntüleme kamerası altında kayıt altına alındı ve bant yoğunlukları uygun bir bilgisayar yazılımı ile ölçüldü. Elde edilen tüm sonuçlar istatistik analiz yazılımı ile incelendi.Bu araştırma, larinks kanseri tanısı almış hastaların tümör dokularındaki SMAD4 gen bölgesindeki metilasyon düzeyinin kontrol dokularına kıyasla istatistiksel olarak anlamlı düzeyde artış gösterdiğini açıkça ortaya koymaktadır (z=-2,265 ve p=0,023). Mothers Against Decapentaplegic Homolog 4 -also known as MADH4 or SMAD4- is a tumor suppressor gene region. Hypermethylation on these kinds of tumor suppressor gene regions may constitute a defect in the anticancer activity of organisms itself. Plenty of the sites has previously investigated by the standpoint of the SMAD4 methylation. Especially cancers related to the gastrointestinal tract and pancreas have found associated with SMAD4 hypermethylation. Notwithstanding numerous researchers have focused on SMAD4 expression, there is no article found on larynx cancers based on measuring band densities due to methylation-specific polymerase chain reaction. This study aimed to clarify the role of the SMAD4 methylation on larynx cancers.Thirty-four patients included in this study that diagnosed as larynx cancer. To perform this research, DNA has isolated from tumor tissues by the biopsy materials and the control material by the buccal swabs. Isolated DNA samples measured for their amount and purification by spectrophotometric methods. Bisulfite modification has performed for a methylation-specific polymerase chain reaction. All the amplified DNA specimens have loaded into an agarose gel for horizontal gel electrophoresis. Bands have recorded under an ultraviolet imaging camera and band densities measured by suitable computer software. All the results have examined by the statistical analysis software.This study manifests that there is a significant increase in the methylation levels of the SMAD4 gene region on tumor tissues diagnosed as larynx cancer than control tissues (z=-2,265 and p=0,023). 80

Bu tez kapsamında, Me-zeolit katalizörleri kullanılarak kömür katranı yıkama yağı fraksiyonunda bulunan naftalin türevlerinin metilasyonu ile metil naftalinler ve dimetil naftalinlerin oranı arttırılmaya çalışılmıştır. Metil naftalinler ve dimetil naftalinler polietilen naftalatın (PEN) sentezinde önemli bir hammadde olan 2,6-dimetil naftalinin (2,6-DMN) üretiminde kullanılabilmektedir. Kömür katranı naftalin yağı fraksiyonundan naftalin üretiminden sonra kalan yıkama yağı, Ni ve Cu metalleri yüklenerek hazırlanan ZSM-5 ile Beta zeolit ve saf halleri üzerinde metilasyonu, sabit yataklı katalitik bir reaktörde, 300-500 °C sıcaklık aralığında ve 1-3 st-1 boşluk hızlarında gerçekleştirilmiştir. Yıkama yağında bulunan naftalinin dönüşümüne, 2-MN/1-MN oranına, 2,6-DMN/2,7-DMN oranına ve 2-6-DMN seçimliliğine, boşluk hızının, katalizörün ve sıcaklığın etkisine bakılmıştır.Gerçekleşen reaksiyon sonucu elde edilen sıvı ürünler Thermo Figan marka GC-MS cihazında, 60 m kapiler kolonda analiz edilmiş olup, ayrıca katalizörlerin karakterizasyonunda SEM, FTIR, XRF ve BET cihazları kullanılmıştır.Deneylerden elde edilen sonuçlara göre kömür kok fabrikasından alınan yıkama yağı içerisindeki dimetil naftalin seçimlilik değerleri metilasyonla artmıştır. Naftalin dönüşümü incelendiğinde ZSM-5 katalizörler için en yüksek değer %93,93, Beta katalizörler için en yüksek değer ise %93,23 olarak bulunmuştur. 2-MN/ 1-MN oranları ZSM-5 ve Beta katalizörlerinde 1-3 arasında olduğu görülmüştür. Her iki katalizör için de MN ve DMN oluşumu gerçekleşmiş ve 2,6-DMN seçimliliğinin ZSM-5 katalizörleri için %49,66 arttığı, Beta katalizörleri için ise %23,65 arttığı görülmüştür. 2,6/ 2,7-DMN oranı ise 14' lere kadar çıkmıştır. Within the scope of this thesis, it has been tried to increase the ratio of methyl naphthalenes and dimethyl naphthalenes by methylation of naphthalene derivatives in coal tar washing oil fraction using Me-zeolite catalysts. Methyl naphthalenes and dimethyl naphthalenes can be used in the production of 2,6-dimethyl naphthalene (2,6-DMN), an important raw material in the synthesis of polyethylene naphtalate (PEN). In this thesis, methylation of methyl naphthalenes (MN) on zeolite catalysts in washing oil taken from coke factory was investigated. For this purpose, methylation of the washing oil sample on pure form Beta, ZSM-5 zeolites and prepared by loading copper (Cu) and nickel (Ni) metals is carried out in a fixed bed catalytic reactor at a temperature range of 300-500°C and at space velocity range of 1-3 st-1. The conversion of naphthalene in the washing oil, 2-MN/ 1-MN ratio, 2,6-DMN/ 2,7-DMN ratio and 2,6-DMN selection, the effect of cavity speed, catalyst and temperature were investigated. Liquid products obtained as a result of the reaction were analyzed in Thermo Figan brand GC-MS device, 60 m capillary column and also SEM, FTIR, XRF and BET devices were used for characterization of catalysts. According to the results obtained from experiments, the selectivity values of dimethyl naphthalene in washing oil taken from coal coke factory increased. When the naphthalene conversion was examined, the highest value for ZSM-5 catalyst was 93,93% and the highest value for Beta catalayst was 93,23%. 2-MN/ 1-MN ratios were found to be between 1-3 in ZSM-5 and Beta catalyst. For both catalysts, MN and DMN formation occured and it was observed that the selectivity of 2,6-DMN increased 49,66% for ZSM-5 catalysts and 23,65% for Beta catalysts. The ratio of 2,6/ 2,7-DMN reached up to 14. 114

Amaç: Çalışmamızda RASSF1A ve RASSF2A tümör baskılayıcı genlerininhipermetilasyon durumlarının endometriyal kansere etkisinin incelenmesiamaçlanmıştır.Materyal Metod: Ondokuz Mayıs Üniversitesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Kliniği'nde Endometriyal CA tanısı konan 15 hasta çalışmaya dâhil edildi. EDTA' lı tüplereperiferik kan örnekleri alındı. Ayrıca, Endometriyal CA tanısı konulmuş bu 15 hastanınOndokuz Mayıs Üniversitesi Patoloji bölümünden, formaline fikse edilmiş parafingömülü tümör doku örnekleri temin edildi. Kontrol grubu için, Ondokuz MayısÜniversitesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Kliniği'nden sezeryan doğum sırasında 10sağlıklı kadından rahim doku örnekleri alındı. Periferik kan, rahim doku ve parafinegömülü tümör doku örneklerinden DNA izolasyonu yapıldı. Daha sonra DNAörneklerine bisülfit modifikasyon yöntemi uygulandı ve metilasyon spesifik PCRyapıldı. PCR ürünleri agaroz jelde yürütülerek, RASSF1A ve RASSF2A genlerininpromoter CpG metilasyon analizi yapıldı. Elde edilen sonuçlar SPSS ve Ki-kare analiziile değerlendirildi.Bulgular: RASSF1A geni promotor bölgesi metilasyona spesifik PCR analizi sonuçları,hasta kanı, tümör dokusu ve kontrol grubu örnekleri ile karşılaştırıldığında istatistikselolarak anlamlı bir fark saptanmazken (p=0,08), RASSF2A geni promotor bölgesimetilasyona spesifik PCR analizi sonuçları, hasta kanı, tümör dokusu ve kontrol grubuörnekleri ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı derecede fark görüldü(p

Amaç: Tez çalışmasında idiyopatik infertil hastalarda MLH1 ve MSH2 genlerinin promotor metilasyonları, sperm DNA fragmantasyonu ve histonca zengin sperm yüzdesinin belirlenmesi ve elde edilen sonuçların semen parametreleri, yaş ve sigara kullanımı verileriyle birlikte analiz edilmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: Çalışmaya katılan 52 kontrol ve 75 infertil erkekten alınan örneklerde sperm DNA fragmantasyonu TUNEL, histonca zengin sperm yüzdesi anilin mavisi boyama yöntemi, MLH1 ve MSH2'nin promotor metilasyon (sırasıyla n=39 ve 40) yüzdeleri MethyLight yöntemi ile analiz edilmiştir. Bulgular: Çalışmada MLH1 ve MSH2 promotor metilasyon değişimlerinin DNA fragmantasyon indeksi (DFI) üzerine etkisi görülmemiştir. MSH2 promotor metilasyonu ve DFI kontrol grubunda oligoastenoteratozoospermi (OAT) grubuna kıyasla daha düşük bulunmuştur. MLH1 promotor metilasyonu ve anilin pozitif sperm yüzdesi arasında pozitif korelasyon (P=0,0188), MSH2 promotor metilasyonu ile sperm konsantrasyonu ve toplam sperm sayısı arasında ise negatif korelasyon bulunmuştur (sırasıyla P=0,0068 ve P=0,009). Kontrol grubunun anilin pozitif sperm yüzdesi, OAT grubuna göre düşüktür (P

Over kanseri, genellikle ileri evrede teşhis edilen ve kötü sağkalım gösteren bir hastalıktır. Kadınlarda meme, kolorektal, akciğer ve rahim kanserlerinden sonra görülen beşinci en yaygın kanserdir. Son yıllarda kompleks hastalıklar ile genetik yapı arasındaki bağın incelenmesi ve buna bağlı olarak çevresel faktörlerin etkilerinin araştırılması amacıyla ikiz kardeşler arasında çok sayıda araştırma yürütülmektedir. Monozigotik ikizlerin genetik yapı olarak birbiriyle aynı olduğu bilinmektedir. Bu sebeple çevresel faktörler ve epigenetik değişikliklerin hastalıklar üzerinde etkisi olduğu düşünülmektedir. BRCA1 ve BRCA2 genleri DNA tamir mekanizmasında görev alan en önemli tümör baskılayıcı genlerdir. Bu iki gende oluşan germline mutasyonlarının özellikle meme ve over kanser riskini arttırdığı bilinmektedir. Over kanseri etiyolojisinde epigenetik mekanizmaların monozigotik ikizlerdeki rolünü araştırmak amacıyla çalışmamızda BRCA gen mutasyon taşıyıcılığı açısından pozitif olan ve biri sağlıklı iken, diğeri over kanserine yakalanmış olan monozigotik (MZ) ikiz kardeşlerde ve onların sağlıklı kardeşleri arasında tüm genomdaki metilasyon değişikliklerinin yeri ve over kanseri ile ilişkisi araştırılmıştır. Tüm genom metilasyon düzeyleri Illumina iScan cihazı ile Infinium Methylation EPIC BeadChip kullanılarak belirlenmiştir. Hasta ve sağlıklı bireyler arasında yapılan 4 farklı karşılaştırma grubunda hipermetile ve hipometile olan genler belirlenmiştir. Elde edilen bulgular, PRDM6, CYB5R4, ZNF714, OR52M1, SEMA4D, CHD1L, CAPZB, FLNB, CLUH, RBBP7, ANKRD23, RIBC1, C6orf227 isimli 13 farklı gendeki metilasyon durumunun over kanseri ile ilişkili olduğunu göstermiştir. Bunun yanı sıra NADK2, KRT38, KIAA0513, ASAM, FNDC1, GSDMA, SFT2D1, C5orf33, CD24; TTTY14, TXNDC16, XG, TRAPPC12, CXorf26, FAM122C, ARHGEF9, PQBP1, TIMM17B, FMR1, AR, AIFM1, TSC22D3, RPL36A, DOCK11 genlerindeki metilasyon değişikliklerinin BRCA1 mutasyon taşıyıcılığı ile ilişkisi olduğu düşünülmektedir.Anahtar Kelimeler: Monozigotik ikizler, DNA Metilasyonu, Epitelyal Over Kanseri,BRCA1/2 gen mutasyonu Ovarian cancer is a disease that is usually diagnosed in advanced stages with poor survival. It is the fifth most common cancer among women after breast, colorectal, lung and uterine cancers. In recent years, many studies have been conducted among twins in order to investigate the link between complex diseases and genetic structure and to investigate the effects of environmental factors. Monozygotic twins are known to be identical in genetic structure. Therefore, environmental factors and epigenetic changes are thought to have an effect on diseases. BRCA1 and BRCA2 genes are the most important tumor suppressor genes involved in the DNA repair mechanism. Germline mutations in these two genes are known to increase the risk of breast and ovarian cancer in particular. To investigate the role of epigenetic mechanisms in monozygotic twins in the etiology of ovarian cancer, we investigated the role of methylation changes among the monozygotic (MZ) twins who were positive for BRCA gene mutation and one was healthy and the other with ovarian cancer and their healthy siblings. All genomic methylation levels were determined using the Infinium Methylation EPIC BeadChip with the Illumina iScan device. Genetically determined genes were detected in 4 different comparison groups between patients and healthy individuals. The results showed that the methylation status in 13 different genes named PRDM6, CYB5R4, ZNF714, OR52M1, SEMA4D, CHD1L, CAPZB, FLNB, CLUH, RBBP7, ANKRD23, RIBC1, C6orf227 were associated with ovarian cancer. In addition, NADK2, KRT38, KIAA0513, ASAM, FNDC1, GSDMA, SFT2D1, C5orf33, CD24; Methylation changes in TTTY14, TXNDC16, XG, TRAPPC12, CXorf26, FAM122C, ARHGEF9, PQBP1, TIMM17B, FMR1, AR, AIFM1, TSC22D3, RPL36A, DOCK11 genes are thought to be related with BRCA1 mutation.Key Words: Monozygotic twins, DNA Methylation, Epithelial ovarian cancer,BRCA1/2 gene mutation 101

İntrauterin başlangıçlı sendromik boy kısalığı olan çocuklarda klinik bulguların irdelenmesi ve 11p15 bölgesinin metilasyon analiziGiriş: Boy uzaması çocuk gelişiminin temel göstergesidir. İntrauterin dönemden itibaren genetik ve epigenetik düzenlemelere kontrol edilmektedir. 11p15 bölgesinin metilasyon değişikliği, boy uzaması ile ilişkisi iyi tanımlanmış bir epigenetik düzenlenmedir. 11p15 bölgesinin hipometilasyonu Silver Russell Sendromu'nun (SRS) etyolojisinin %60'ını oluşturur. Bazı sendromik kısalıklarda da bu bölgenin hipometilasyou gösterilmiştir.Amaç: SRS ve SRS benzer intrauterin başlangıçlı sendromik ve sendromik olmayan izole idiopatik boy kısalığı olan hastalarda 11p15 bölgesinin metilasyon düzeyindeki değişikliği araştırmak ve genotip- fenotip ilişkisi kurmaktır.Gereç ve Yöntemler: İntrauterin başlangıçlı boy kısalığı olan 49 sendromik ve 16 intrauterin başlangıçlı izole idiyopatik boy kısalığı olan hasta çalışma grubunu oluşturdu. Hastalar demografik, fenotipik ve laboratuvar özellikleri yönünden değerlendirildi. 11p15 bölgesinin metilasyon düzeyi MS-MLPA yöntemiyle analiz edildi.Bulgular: Silver Russell Sendromu(SRS) tanılı 14 olgunun 11p15 bölgesinde hipometilasyon gösterildi (5 hastada borderline). Diğer grupların metilasyon analizi normaldi. Çalışma grubundaki tüm olgular arasında %12,3 hiperkalsiüri ve %9,23 insülin direnci saptandı. Sonuçlar: SRS hastalarında saptanan yüksek oranda 11p15 hipometilasyonu ; hasta seçiminin ve sınıflandırılmasının iyi yapılmasına bağlı olabileceği gibi hasta sayısının azlığına bağlı da olabilir. Borderline hipometilasyon klasik SRS kliniğinden ziyade hemihipotrofi ile bildirilmiştir. Hemihipotrofisi olan boy kısalıklı olgularda yeni bir metilasyon çalışması planlandı. İntrauterin büyüme geriliğiyle doğan çocukların artmış hiperkalsiüri ve insülin direnci gibi ortak metabolik sorunlar açısından takibi önerilir.Anahtar Kelimeler: İntrauterin Başlangıçlı Boy Kısalığı Sendromları, Boy Uzaması, 11p15 bölgesi, Metilasyon. Examination of the clinical findings in children with syndromic intrauterine onset short stature and methylation analysis of 11p15 region.Introduction: Height growth is the main indicator of healthy development. Methylation changes of 11p15 region is a well-defined epigenetic regulation for height growth. Hypomethylation of the 11p15 region is responsible for 60% of Silver Rusell Syndrome's (SRS) etiology and has been shown in some rare syndromes, also.Aim: To evaluate the methylation levels of 11p15 region in SRS, SRS-like syndromic and non-syndromic patiens. And to establish the relations between genotype and phenotype.Materials and Method: Intrauterine onset short statured 49 syndromic patients and 16 idiopathic intrauterine short statured patients examined in our study group.Demographic, examinational and laboratuary data were evaluated for patient groups. Methylation levels of 11p15 region was analyzed with MS-MLPA method.. Results: Hypomethylation of 11p15 region were shown in all 14 cases with SRS (5 borderline hypomethylated). Analyses of other groups were normal. Among the patients in our study group hypercalciuria and insulin resistance were 12.3% and 9.23%, respectively. Conclusion: The cause of high hypomethylation results in our SRS patients was interpreted as good clinical evaluation and typing of patients and/or fewness of the patients. Borderline hypomethylation is reported with hemihypotrophy rather than classic SRS features. A new study was planned to evaluate the methylation of 11p15 region in short statured patients with hemihypotrophy. Children born with intrauterine growth retardation should be followed for common metabolic problems. Key Words: Intrauterine onset Growth Restriction Syndromes, Heigth growth, 11p15, Methylation. 104

Amaç: Prader-Willi Sendromu (PWS) klinik olarak fenotipik abnormaliteler, bilişsel yetersizlik ve nörometabolik değişimlerle karakterize multisistemik bir hastalıktır. Genetik açıdan ise 15. kromozomun q11-q13 bölgesinde lokalize olan genlerin defekti ile ilişkilidir. Sağlıklı bireylerde bu bölgenin paternal alelleri aktifken, maternal alelleri damgalanmıştır. Paternal genlerin ekspresyon mekanizmasının bozulması ise PWS' ye sebep olmaktadır. PWS' nin klinik bulgularına farklı kromozomlardaki değişimler de sebep olabilmektedir. Dolayısıyla bu durum hastalığın doğru tanısının konulmasını etkilemekte, klinisyenlerin hangi moleküler testi ne zaman isteyeceğini belirlemede sorun oluşturmaktadır. Bu çalışmada PWS' nin klinik bulgularını taşıyan olgularda MS-MLPA analizi yaparak genotip-fenotip korelasyonunun sağlanması; böylece PWS ile Prader-Willi Benzeri Sendrom' un moleküler açıdan ayrımı, doğru tanı, doğru genetik danışmanlık ve uygun tedavi sağlanabilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Klinik olarak PWS' nin fenotipik özelliklerini taşıyan, kromozomal olarak normal karyotipe sahip, FISH yöntemi ile 15q11.2-q13 bölgesinde delesyon taşımadığı belirlenmiş 12 olgu çalışmaya dahil edilmiştir. MS-MLPA yöntemi ile 15q11.2-q13 bölgesinin metilasyon analizi gerçekleştirilmiş; anormal metilasyon paterni gösteren olgulara UPD değerlendirmesi mikrosatellit analizi ile yapılmıştır. Elde edilen veriler mevcut veri tabanları ve literatürle karşılaştırılarak değerlendirilmiştir.Bulgular: 12 olgunun 1 tanesinde anormal metilasyon paterni gözlenmiş ve mekanizmanın aydınlatılabilmesi için mikrosatellit analizi yapılmıştır. Bu olguda anormal metilasyon paterninin UPD' ye bağlı olduğu tespit edilmiştir. 11 olguda ise 15q11.2-q13 bölgesinde herhangi bir değişim saptanmamıştır. Sonuç: 11 olguda herhangi bir değişimin gözlenmemesi bu olguların Prader-Willi Benzeri Sendrom içerisinde yer aldığını göstermiştir. Hastalığın etiyolojisini anlamak, doğru tanı ve genetik danışmanlık verebilmek için daha geniş hasta grubuna sahip çalışmalar yapılması gerekmektedir. Anahtar Kelimeler: prader-willi sendromu, ms-mlpa, 15q11.2-13 metilasyon profili, prader-willi benzeri sendrom, upd Objective: Prader-Willi Syndrome (PWS) is a multisystemic disease characterized by clinical phenotypic abnormalities, cognitive impairment, and neurometabolic changes. Genetically, it is associated with the defect of genes localized in the q11-q13 region of chromosome 15. While paternal chromosome of this region is active in healthy individuals, maternal chromosome is imprinted. Disruption of the expression mechanism of the paternal genes causes PWS. Chromosomal changes in different chromosomes can also cause clinical signs of PWS. Therefore, this situation affects the correct diagnosis of the disease and it is a problem in determining when and which molecular test will be wanted by the clinicians. In this study, we aimed to provide the genotype-phenotype correlation by performing MS-MLPA in cases having clinical signs of PWS; to differentiate between PWS and Prader-Willi-Like Syndrome on a molecular basis; to provide accurate diagnosis, proper genetic counseling and appropriate treatment.Method: 12 cases having clinical signs of PWS, normal karyotype and no deletion on 15q11-q13 region confirmed by FISH, were included in the study. Methylation analysis of 15q11.2-q13 was performed by MS-MLPA method; microsatellite analysis for evaluating UPD was performed in cases having abnormal methylation pattern. The results were evaluated by comparing current literature and databases.Results: Abnormal methylation pattern was observed in 1 of 12 cases and microsatellite analysis was performed to understand the mechanism of abnormal methylation. In this case, abnormal methylation pattern was determined to be related to UPD. In 11 cases, no genetic changes were observed on 15q11.2-q13 regionConclusion: No chromosomal and genetic changes in 11 cases showed that these cases were included in Prader-Willi-Like Syndrome. To understand the etiology of the disease, to provide accurate diagnosis and genetic counseling studies with a larger group of patients are required.Key words: prader-willi syndrome, ms-mlpa, methylation profile of 15q11.2-q13, prader-willi like syndrome, upd 81

Tuzluluk ürün gelişimini, verimini ve kalitesini etkileyen önemli bir abiyotik stres faktörüdür. Marul tuz stresine oldukça hassas bir bitki olup, tuz stresi marul tarımını etkilemektedir. Bu çalışmada NaCl altındaki marul bitkisinde melatonin uygulamasının yaprak nispi su içeriği (%), klorofil miktarı, hücre membran hasarı (%)'na ait fizyolojik parametrelerdeki değişimler ile DNA metilasyonu ve bazı tuz toleransı ile ilgili genlerin (SOS1, SOS2, AKT1, NHX1, HKT1) mRNA ifadesine de etkileri incenlenmiştir. Böylece, tuz stresinde melatonin uygulamasının tuz toleransında fizyolojik ve moleküler düzeydeki rolü aydınlatılarak marulda tuz toleranslı genotiplerin ıslahına yol gösterici temel moleküler bilgilerin elde edilmesi hedeflenmektedir.Çalışma sonucunda, NaCl stresinin klorofil miktarı ve nispi su içeriğini azalttığı, hücre membran hasarını arttırdığı belirlenmiştir. Fakat tuzlulukla birlikte melatonin uygulamasının klorofil miktarını ve nispi su içeriğini arttırdığını, hücre membran hasarını azalttığı tespit edilmiştir. Bunun yanı sıra, elde edilen verilere göre, NaCl stresi altında gen ifadesi analizleri sonucunda Yedikule ve İvanka genotiplerinde SOS1, SOS2, AKT1, NHX1 ve HKT1 genlerinin mRNA ifade seviyelerinin arttığı ve melatonin uygulamasında bu genlerin mRNA ifade seviyelerinin azaldığı belirlenmiştir. Diğer taraftan MSAP analizi sonucuna göre, her iki genotipte de kontrole kıyasla NaCl stresinde metilasyon seviyesinde azalma belirlenirken, NaCl stresi altında uygulanan melatoninin ise tuz stresine kıyasla metilasyon seviyelerini artırdığı fakat yine de bu oranın kontrolden daha az olduğu görülmüştür. Bu sonuçlar melatoninin tuz yanıtta önemli bir bileşen olduğunu göstermiştir. Salinity is an important abiotic stress factor that affects plant growth, yield and quality. Lettuce which is a quite sensitive to salt stress and it effects plant production. In this research, effects of melatonin application on salt stressed lettuces were investigated on leaf relative water content (%), amount of chlorophyll, cell membrane damage changes (%), alterations of physiological parameters, DNA methylations and mRNA expressions of some salt tolerance genes (SOS1, SOS2, AKT1, NHX1, HKT1). Thus, it is aimed to obtain basic molecular information leading the breeding of salt tolerant genotypes the lettuce by clarifying the role of melatonin application in salt stress at physiological and molecular level in salt tolerance.As a result of the study, it was determined that NaCl stress decreased chlorophyll amount and relative water content and increased cell membrane damage. However, it was found that MEL application with salinity increases the amount of chlorophyll and relative water content and reduces cell membrane damage. In addition, it was determined that mRNA expression levels of SOS1, SOS2, AKT1, NHX1 and HKT1 genes were increased in Yedikule and Ivanka genotypes and the melatonin application of these genes decreased mRNA expression levels. On the other hand, according to the results of MSAP analysis, methylation levels of NaCl stress were decreased in both genotypes compared to control, whereas melatonin applied under NaCl stress increased methylation levels compared to salt stress, but this ratio was still less than control. These results showed that melatonin is an important component in salt response. 89

Genel olarak, biyoaktif bileşiklerin çoğu, belirgin bir antioksidan kapasiteye sahiptir. Prebiyotikler gıdalardaki bakteri ve mantarlar gibi faydalı mikroorganizmaların büyümesini veya aktivitesini indükleyen bileşiklerdir. Probiyotikler, kalın bağırsağı kolonize etmeyi amaçlayan canlı bakterilerdir. Sinbiyotik terimi, prebiyotiklerin ve probiyotiklerin sinerjik kombinasyonlarını tanımlamak için kullanılır. DNA metilasyonu gibi epigenetik mekanizmaların, gen ekspresyonunu düzenlediği gösterilmiştir. Bazı aday genlerin DNA metilasyonu dokularda ölçüldüğü zaman, biyoaktif maddelerin epigenetik etkisi hakkında bilgi verici olabilir. Biyoaktif bileşiklerin karaciğerdeki DNA metilasyon seviyeleri üzerindeki rolü günümüzde bilinmemektedir. Bu çalışmada, biyoaktif maddelerin in ovo stimülasyondan sonra önemli bir metabolik organ olan karaciğerde yol açtığı epigenetik değişiklikleri (KLHL6 ve SYK genlerin metilasyonu üzerine) incelemeyi amaçladık. Bu çalışmada, 20 Ross ve 20 Green-legged Partridgelike cinsi tavuğun karaciğer örneklerinden olmak üzere toplamda 40 numune kullanıldı. Fenol / kloroform yöntemi kullanılarak DNA izolasyonu yapıldı. Prebiyotik (galaktooligosakarit), probiyotik (Lactococcus lactis subsp. Cremoris), sinbiyotiklerin (probiyotik ve prebiyotik kombinasyonu) SYK ve KLHL6 genlerinin metilasyon seviyeleri üzerinde etkisi incelendi. Metilasyon profilleri Metilasyon spesifik qPCR yöntemi kullanılarak analiz edildi. Prebiyotik, probiyotik ve sinbiyotiklerin embriyonik gelişimin 12. gününde in ovo uygulamasıyla enjekde edilmesinin, Ross ve Greenlegged-Partridgelike cinsi tavukların karaciğerlerinde immün ile ilişkili genlerin (KLHL6 ve SYK genleri) metilasyon seviyelerine artışa neden olduğu tespit edildi. Biyoaktif maddelerin etkilerinin altında yatan moleküler mekanizmanın anlaşılması, antibiyotiklere karşı doğal alternatifler bulmak için yararlı bir yaklaşım olabilir. In general, most of the bioactive compounds have a marked antioxidant capacity. Prebiotics are compounds in food that induce the growth or activity of beneficial microorganisms such as bacteria and fungi. Probiotics are live bacteria which are intended to colonize the large intestine. The term synbiotic is used to describe synergistic combinations of prebiotics and probiotics. Epigenetic mechanisms such as DNA methylation have been shown to regulate gene expression. When DNA methylation of some candidate genes is measured in tissues, it can be informative about the epigenetic effect of bioactive substances. The role of bioactive compounds on DNA methylation levels in the liver is currently unknown. The aim of this study was to investigate the effect of bioactive substances (prebiotics, probiotics alone or combined into synbiotics) on DNA methylation profile of SYK and KLHL6. It was hypothesized that bioactive compounds can modulate the epigenetic changes of the host in liver.DNA was extracted from 20 Ross liver samples and 20 Green-legged Partridge liver samples using phenol/chloroform method. The effects of prebiotic (galactooligosaccharide), probiotic (Lactococcus lactis subsp. cremoris), synbiotics (probiotic and prebiotic combination) on the methylation levels of SYK and KLHL6 genes were examined. DNA methylation ratios determined by Quantitative Methylation Specific PCR. In ovo injection of prebiotics, probiotics and synbiotics on the 12th day of embryonic development caused increased levels of methylation of immune-related genes in the liver of Ross and Greenlegged-Partridgelike chickens. If the methylation profile of KLHL6 and SYK genes in the liver is evaluated as biomarker, we think that it can give information about its effect on immune pathways. Understanding the molecular mechanism underlying the effects of bioactive substances may be a useful approach to finding natural alternatives to antibiotics. 70

Oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC), alkol ve tütün kullanımı, coğrafi bölge, kötü ağız hijyeni gibi faktörlerin insidans ve mortalite oranlarını etkilediği oral kavite karsinomunun en sık görülen türüdür. Prof. Dr. Semra Demokan ve arkadaşlarının tamamladığı TÜBİTAK-SBAG-114S497 nolu projesinde OSCC hastalarına ait tümör ve eşlenik normal dokularda tespit edilen ekspresyon ve metilasyon array sonuçlarının biyoinformatik analizine göre Glycophorin C (GYPC) geninin CpG adacıklarının metillenmiş olduğu ve bu duruma bağlı olarak ekspresyon düzeylerinde azalma olduğu tespit edilmiştir. GYPC geni, eritrositler tarafından taşınan ve membrana entegre olabilen GPC ile GPD proteinlerini kodlayarak, kırmızı kan hücrelerinde zar stabilitesini sağlar. Kanser gelişiminde DNA hipermetilasyonu gen ifadesini baskılaması sonucu karsinogenezde önemli bir rol oynamaktadır. Çalışmamızda GYPC genindeki metilasyon durumunun OSCC'de erken tanı ve prognozda kullanılabilecek bir biyobelirteç olabilme potansiyeli araştırıldı. OSCC tanısı konulan 50 hasta ve 10 sağlıklı bireyin doku ve serum örneklerinin metilasyon ve ekspresyon durumunu incelemek için sırasıyla QMSP ve QRT-PCR yöntemi kullanıldı. Elde edilen bulgular ile klinik parametreler karşılaştırılarak istatistik analizi değerlendirildi. `GYPC geninde, hastaların tümör dokusunun %48'inde (24/50) metilasyon gözlenirken; %50' inde (25/50) tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre ekspresyon seviyesinde azalma gözlendi. Tümör dokusunda metilasyon gözlenen 24 hastanın %52'sinde (13/25) metilasyona bağlı ekspresyon seviyesinde azalış gözlendi. GYPC geninin ekspresyon azalışı ile metastaz (p=0,006), tümör dokusunda metilasyon gözlenen hastalar ile lenf nodu tutulumu (p=0,011) ve metastaz (p=0,044) arasında istatistiksel anlamlılık bulunmuştur. Buna ek olarak metilasyona bağlı ekspresyon azalışı durumu ile sigara (p=0,019), alkol tüketimi (p=0,031) ve metastaz (p=0,019) arasında istatistiksel anlamlılık gözlenmiştir.Anahtar Kelimeler: metilasyon, gen ekspresyonu, epigenetik biyobelirteç, oral skuamöz hücreli karsinom, GYPC geniBu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TYL-2018-32628 Oral squamous cell carcinoma (OSCC) is the most common type of oral cancer and the ethiological factors such as alcohol and tobacco comsumption, geographical region, poor oral hygiene affect the incidence and mortality rates of this disease. In the TUBITAK-SBAG-114S497 project completed by Semra Demokan et al., According to bioinformatics analysis of methylation and expression array results, cpg islets of the Glycophorin (GYPC) gene were methylated and expression levels were decreased in tumor and conjugated normal tissues of OSCC patients. GYPC encodes the GPC and GPD proteins that can be integrated into the membrane in erythrocytes and provides membrane stability of red blood cells. DNA hypermethylation plays an important role in erythrocytes and carcinogenesis as a result of suppressing gene expression in cancer development.In this study, we investigated the potential of methylation status in the GYPC gene as a biomarker for early diagnosis and prognosis in OSCC. In our study, tissue and serum samples of 50 patients diagnosed with OSCC and 10 healthy individuals were examined in order to investigate methylation and expression status by QMSP and QRT-PCR methods, respectively. Methylation and expression levels of GYPC gene was observed 48% (24/50) of the patients, separately. Methylation-based expression decrease observed in 12 of 24 patients who had methylation in tumor tissue. Statistically significant difference was found between GYPC expression decrease with metastasis (p=0,006) and methylation with lymph node involvement (p=0.011) and metastasis (p=0,044). In addition, significant differences found with methylation-based expression levels and smoking (p=0,019), metastasis (p=0,019), alcohol consumption (p=0,031). Key Words: methylation, gene expression, epigenetic biomarker, oral squamous cell carcinoma, GYPC geneThe present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. TYL-2018-32628 97

Amaç: Romatoid artrit (RA) çok sayıda genetik ve epigenetik faktörün etkili olduğu kronik bir inflamatuvar hastalıktır. Bu çalışma, RA hastalarında interlökin-16 (IL-16) ve matriks metalloproteinaz-3 (MMP-3) genlerinin promotör metilasyon durumlarının ve bu genleri hedeflemesi muhtemel mikro-RNA'lardan olan hsa-miR-93-5p ile hsa-miR-4668-5p'nin ekspresyon düzeylerinin RA ile ilişkisini tespit etmek amacıyla yapıldı.Materyal ve Metot: RA teşhisi konulmuş 49 hasta ve 38 sağlıklı kontrol ile çalışma grubu oluşturuldu. Gönüllü bireylere ait periferal kan numunelerinden DNA izolasyonu ile elde edilen genomik DNA'lardaki IL-16 ve MMP-3 genlerinin promotör metilasyon profilleri, metilasyon spesifik PZR metodu ile analiz edildi. Toplam 41 RA hastasında hsa-miR-93-5p ve hsa-miR-4668-5p'nin ifade düzeylerini belirlemek için kantitatif real-time PZR metodu kullanıldı.Bulgular: RA hastalarında metilasyon sıklığı; MMP-3 geni için %75.5 (37/49) ve IL-16geni için %93.9 (46/49)'du. Kontrol grubunda metilasyon sıklığı; hem MMP-3, hem de IL-16 geni için %97.4 (37/38)'di. Hasta ve kontrol grubuna ait DNA örneklerinin MMP-3 promotör bölge metilasyonları karşılaştırıldığında, metilasyon sıklıkları açısından anlamlı fark bulundu (p=0.004). Ancak, IL-16promotör metilasyon sıklıkları açısından bir fark bulunmadı (p>0.05). RA grubunda hem hsa-miR-93-5p, hem de hsa-miR-4668-5p'nin ekspresyon düzeylerinde kontrole göre anlamlı fark bulundu (p 0.05). In the RA group, expression levels of both hsa-miR-93-5p and hsa-miR-4668-5p were significantly different compared to the control group (p

Giriş ve Amaç: Üriner sistemin konjenital anomalileri (CAKUT) böbrek, üreter, mesane ve üretrayla ilgili; renal agenezi, renal hipodisplazi, antenatal hidronefroz (AH), multikistik displastik böbrek (MKDB), posterior üretral valv (PUV), vezikoüreteral reflü (VUR), üreteropelvik bileşke darlığı, ektopik böbrek ve at nalı böbrek gibi anomalileri kapsayan geniş bir hastalık grubunu içerir ve çocukluk çağında en sık görülen kronik böbrek yetmezliği nedenlerinden birisidir. Çalışmamızda CAKUT'un en büyük gruplarından biri olan multikistik displastik böbrek patogenezinde rol oynayan HNF1β geni fonksiyonu azalmasını epigenetik olarak analiz etmek ve kliniğe olan etkilerinin değerlendirilmesi amaçlandı.Yöntem: Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Nefroloji Bilim Dalı'nda multikistik displastik böbrek tanısıyla izlenen 39 hasta çalışmaya alındı. Hastaların demografik bilgileri, 24 saatlik idrarda protein değerleri ve postnatal ilk 30 günde yapılan üriner ultrasonografi verilerine hasta takip dosyalarından ulaşıldı. Hastalardan 5 ml periferik kan örneği alındı. Periferik kan örneklerinden DNA izolasyonu yapıldıktan sonra DNA örnekleri metilasyona duyarlı ve dirençli enzimler ile kesilerek HNF1B promotor bölgesinde metile ve metile olmayan örnekler real-time PZR ile amplifikasyon sonucunda belirlendi. HNF1β metilasyonu saptanan dört hastanın sabah ilk idrarlarından taze olarak izole edilen RNAlardan komplementer DNA (cDNA) elde edildi. cDNA ile HNF1β ekpresyon primeri kullanılarak renal kaynaklı hücrelerden HNF1β ekspresyon analizi gerçekleştirildi. Elde edilen Ct değerleri Qiagen Data Analysis Center'da real-time PZR ekspresyon analizi sisteminde hesaplanarak analiz edildi. On yedi hastaya YİKB ölçümü yapıldı ve standart deviasyon skorları (SDS) hesaplandı. İstatistiksel analizler SPSS versiyon 17.0 programı yardımıyla gerçekleştirildi.Bulgular: Çalışmaya 13 kız (%33,3), 26 erkek (%66,67) olmak üzere toplam 39 hasta alındı. Hastaların yaşları 2-21 yıl arasında olup, yaş ortalaması 8,74±4,65 yıl idi.Dört hastada (%10,26) HNF1β metilasyonu bulundu. Metile ve unmetile allel sayısı ortanca değerleri sırasıyla sıfır ve iki, SDS ortalamaları 0,21±0,61 ve 1,90±0,45 olarak bulundu. HNF1β metilasyonu ile cinsiyet arasında anlamlı fark bulunmadı (p=0,455). Bir hastada akraba evliliği vardı (p=0,574). Dört hastanın tamamı prenatal tanı almıştı (p=0,275). Dört hastanın hiçbirinde oligohidramniyoz öyküsü yoktu (p=0,732). HNF1β metilasyonu ile doğum haftası arasında anlamlı ilişki saptanmadı (p=0,461).HNF1β metilasyon varlığına göre hipertansiyon (p=0,542) ve proteinüri (p=0,078) oranları ile karşılaştırıldığında anlamlı ilişki olmadığı gözlendi.Kist büyüklüğü (p=0,268) ve kist lokalizasyonu (p=0,649) ile HNF1β metilasyon varlığı ile anlamlı ilişki saptanmadı. Bir hastada (%50) kistlerin boyutunda küçülme/kaybolma vardı. Bir hastada (%50) kistlerin boyutu aynı kaldı. Kistlerin boyutunda büyüme hiçbir hastada yoktu. HNF1β metilasyon varlığı ile kistlerin boyutunda küçülme/kaybolma, aynı kalma ve büyüme arasında anlamlı ilişki olmadığı gözlendi (p=0,606, p=0,457, p=0,796).HNF1β metliasyonu saptanan dört hastanın idrar örneklerinde yapılan HNF1β geni ekspresyon analizi sonucunda; hastaların idrar HNF1β ekspresyon düzeyinin sağlıklı kontrol ile daha düşük düzeyde HNF1β gen ekspresyonu gösterdiği saptandı.Çalışmamızda HNF1β geni düşük ekspresyon düzeyinin kliniğe olan etkilerinin gösterilmesi hedeflenmiştir. İnvaziv olmayan bu metodun doku analizlerine göre daha kolay uygulanabilir bir metod olduğu ilk kez gösterildi. Sonuçlarımız HNF1β metilasyonunun downstream etkilerinin kontrol edilebilmesi yönünden preliminer bulgulardır. Ayrıca gelecekte bu grup hastalarda patogenezde rol oynayan mekanizmaların düzeltilebilmesi açısından umut vaat etmektedir.Anahtar kelimeler: Ürogenital sistemin konjenital anomalileri (CAKUT), genetik, multikistik displastik böbrek, HNF-1β, metilasyon. Introduction and Purpose: The congenital anomalies of the urinary system (CAKUT) are related to the kidney, bladder and ureter that includes a large group of anomalies such as renal agenesis, renal hypodysplasia, antenatal hydronephrosis (AH), multicystic dysplastic kidney (MCDK), posterior ureteral valve (PUV), vesicoureteral reflux (VUR), ureteropelvic junction obstruction, ectopic kidney etc. CAKUT is the most common cause of chronic renal failure in childhood. The aim of this study is to evaluate the impact of decreased HNBF1b gene funciton in the pathogenesis of multicystic dysplastic kidney, which is one of the largest groups of CAKUT and to evaluate its effect on clinical outcome.Method: Thirty nine patients with multicystic dysplastic kidney who are followed up in Marmara University School of Medicine, Pediatric Nephrology Department were included in the study. Demographic data, 24-hour urine protein values and renal ultrasonographic data which made in the first 30 days of life were obtained from patient registery. Five mililiters of peripheral blood samples driven from patients were analyzed. After isolation of DNAs from blood, DNA molecules were subjected to methylation-sensitive and methylation-dependent endonuclease digestion. After digestion, methylated and unmethylated DNA fractions in the promoter region of the HNF1β gene were detected by real-time PCR. In four patients with HNF1β methylation, the complementary DNA (cDNA) was obtained from RNAs that were isolated from the first urine in the morning. Expression analysis of HNF1β was performed in renal cells using the HNF1β expression primer and cDNA. Ct values obtained were analyzed by real-time PCR expression analysis system in Qiagen Data Analysis Center. ABPM was made in seventeen patients.2 Statistical analysis was performed using of SPSS version 17.0.Results: A total of 39 patients, 13 girls (33.3%) and 26 boys (66.67%), were included in the study. The mean age was 8.74 ± 4.65 years (minimum 2- maximum 21). HNF1β methylation was found in four of the patients (10.26%). The mean standart deviation score (SDS) of the number of methylated and unmethylated alleles was 0.21 ± 0.61 and 1.90 ± 0.45, respectively.There was no significant difference between HNF1β methylation and gender (p = 0.455). One patient had consanguineous marriage (p = 0.574). All four patients were prenatally diagnosed (p = 0.275). None of the four patients had a history of oligohydramniosis (p = 0.732). There was no significant correlation between HNF1β methylation and gestational age (p = 0.461).There was no significant relationship between HNF1β methylation and hypertension (p = 0.542), and no significant relationship between HNF1β methylation and proteinuria (p = 0.078). There was no significant relationship between cyst size (p = 0.268) and localization (p = 0.649) and presence of HNF1β methylation. One patient (50%) had a disappereance-decrease of the cysts. In one patient, cysts didn't show any change in size (50%). Growth in the size of the cysts wasn't seen in any of the patients. There was no significant relationship between the presence of HNF1β methylation and increase, no change or disappereance-deacrease in size of the cysts (p = 0.457, p = 0.796 p = 0.606).HNF1β gene expression analysis performed in urine samples of four patients with HNF1β methylation, the methylated HNF1β gene had lower expression rate than the control group.In our study, we aimed to evaluate the clinical effects of lower expression levels of HNF1β gene and showed for the first time that this non-invasive method was much more easy than invasive tissue analysis. These results are preliminary findings to evluate the downstream effects of HNF1β methylation and in addition these results provide hope about repairing the meachanisms involved in the pathogenesis.Keywords: Congenital abnormalities of the kidney and urinary tract (CAKUT); genetics; multicystic dysplastic kidney, HNF-1β, methylation 105

Yüksek Lisans Tezi, Bu çalışmada, besin tüketim sıklığı ile karbonhidrat beslenen bireylerde ve protein beslenen bireylerde, Klotho geninin metilasyon düzeyi ile beslenme alışkanlığı arasındaki ilişkisinin yaşlanmaya etkisi araştırıldı. Başlangıçta kan değerleri normal ve sağlıklı bireyler ile iletişim sağlandı. Çalışmanın kapsamı, amacı, iletişim sağlanan bireylere anlatılarak, kabul eden ve onamları alınan bireyler çalışmaya dahil edildi. Yirmi kişiden oluşan örneklem grubumuzda on kişi karbonhidrat beslenen ve on kişi protein beslenenler şeklinde iki grup oluşturuldu. Bireylerin kan numunelerinde Klotho geninin metilasyon düzeyi; DNA izolasyonu, RT-PCR, Bisülfit Modifikasyonu yöntemi ile araştırıldı. Çalışmamızın karbonhidrat diyet grubunda; yağ yüzdesi ile metilasyon yüzdesi arasında çok kuvvetli anlamlı ve ters bir korelasyon saptandı (r= -0.765, p= 0.05). Karbonhidrat yüzdesi ile metilasyon yüzdesi arasında çok kuvvetli aynı yönlü korelasyon saptandı (r= 0.778, p= 0.004). BMI ile metilasyon yüzdesi arasında kuvvetli aynı yönlü anlamlı bir korelasyon saptandı (r= 0.712, p= 0.01). Kolestrol yüzdesi ile metilasyon yüzdesi arasında kuvvetli ters yönlü anlamlı bir korelasyon saptandı (r= -0.556, p= 0.04). Protein diyet grubunda ise BMI ile metilasyon arasında kuvvetli anlamlı ters korelasyon saptandı (r= -0.635, p= 0.024). Klotho gen eskpresyon seviyeleri açısından her iki grupta da anlamlı korelasyon saptanmadı (p>0.05). Çalışmamızın analiz sonucunda, karbonhidrat beslenen bireylerin Klotho geni metilasyon yüzdesi protein beslenen bireylerin Klotho geni metilasyon yüzdesinden daha yüksek bulundu. Elde ettğimiz bu veri karbonhidrat tüketimi arttıkça Klotho geni metilasyon düzeyinin arttığı sonucuna ulaştırdı. Beslenme alışkanlığı Klotho geni metilasyon seviyesini etkilemiş ancak Klotho geninin metilasyon düzeyi ile beslenme alışkanlığı arasındaki ilişkinin yaşlanmaya etkisinin daha net anlaşılması için daha ileri çalışmaların yapılması gerekmektedir., In this study, the effect of the relationship between methylation level and nutritional habits of Klotho gene on aging and carbohydrate-fed individuals and protein-fed individuals was investigated. Initially, communication with normal and healthy individuals was achieved. The scope and purpose of the study were explained to the individuals who were communicated, and the individuals who accepted and gave their consent were included in the study. In our sample group consisting of 20 people, two groups were formed as ten people fed carbohydrates and ten people fed protein. Methylation level of Klotho gene in blood samples of individuals; DNA isolation, RT-PCR and Bisulfite Modification were investigated. In the carbohydrate diet group; There was a very strong and inverse correlation between fat percentage and methylation percentage (r = -0.765, p = 0.05). There was a strong correlation between carbohydrate percentage and methylation percentage (r = 0.778, p = 0.004). A strong correlation was found between BMI and methylation percentage (r = 0.712, p = 0.01). There was a strong inverse correlation between cholesterol percentage and methylation percentage (r = -0.556, p = 0.04). In the protein diet group, there was a strong inverse correlation between BMI and methylation (r = -0.635, p = 0.024). There was no significant correlation between clotho gene expression levels in both groups (p> 0.05). As a result of the analysis of our study, the percentage of methylation of Klotho gene methylation in carbohydrate fed individuals was higher than the percentage of methylation of Klotho gene in protein fed individuals. Our data showed that as the carbohydrate consumption increases, the methylation level of Klotho gene increases. Nutritional habits influenced the methylation level of Klotho gene, but further studies are needed to understand the effect of Klotho gene methylation level and nutritional habits on aging.

Larenks kanseri baş boyun kanserleri arasında en sık görülen görülen ikinci kanser türüdür. miRNA (mikroRNA)'lar yaklaşık 18-22 nükleotid içeren, genlerin regülasyonunda görevli, kodlamayan tek zincirli RNA' lardır. Larenks kanseri dahil pek çok kanserde çok sayıda miRNA'nın farklı şekilde ifade edildiği gösterilmiştir. Aberran DNA metilasyonunun kanser dahil çeşitli hastalıkların oluşmasında ve ilerlemesinde oldukça önemli bir etken olduğu bilinmektedir. miRNA genlerindeki aberran DNA metilasyonun belirlenmesi kanserin erken dönemde tespit edilmesi ve tedavisi için önemli olabilir. 5-Aza-2'-deoxycytidine (Desitabin)'in DNA demetilasyon ajanı olduğu yapılan çok sayıdaki çalışma ile kanıtlanmıştır. Bu çalışmanın ilk aşamasında desitabin verilen Hep-2 hücreleriyle (larenks kanseri hücre hattı) ve desitabin verilmeyen Hep-2 hücrelerindeki miRNA ifade düzeylerinin değişimi mikroarray yöntemi ile araştırıldı. Yapılan mikroarray analizi sonucunda desitabin verilen Hep-2 hücrelerinde let-7b-3p'nin de dahil olduğu 30 miRNA'nın farklı şekilde ifade edildiğini tespit edildi. Mikroarray ile tespit edilen let-7b-3p'deki ifade artışı qRT-PCR ile de doğrulandı. Hep-2 hücrelerinden elde edilen bu sonuçların dokuda da konfirmasyonu için 36 larenks kanseri hastasından alınan kanserli ve normal doku hücrelerinde let-7b-3p'nin ifade düzeyi qRT-PCR ile araştırıldı ve Hep-2 hücrelerindeki ile benzer sonuç elde edildi. Desitabinin Hep-2 hücre hattında miRNA'ların ifade düzeylerine etkisi ilk defa bu çalışma ile gösterilmiştir ayrıca let-7b-3p'nin kanserlerde ifade düzeyinin arttığı ilk olarak bu çalışma ile ortaya çıkarılmıştır.Anahtar Kelimeler : Desitabin, DNA metilasyonu, mikroRNA, Hep-2 hücre hattı,Larenks Kanseri Larynx cancer is one of the second most common head and neck malignancies. miRNAs (microRNA) are non-coding single-stranded RNAs comprised of around 18-22 nucleotides and considered as a class of gene regulators. A number of miRNAs have been demonstrated that several miRNAs are expressed differently in many cancer types including larynx cancer. It is well known that aberrant DNA methylation is a very important factor in the initiation and progression of various diseases including cancers. The discovery of aberrant DNA methylation in miRNA genes may be useful in terms of early detection and treatment of cancer. 5-Aza-2'-deoxycytidine (Decitabine) is a DNA demethylating agent which has been demonstrated by numerous studies. In this study, we aimed to investigate expression profiles of miRNA in treated with 5-AzaC azacytidine Hep-2 cells (larynx cancer cell line) compared to non-treated Hep-2 cell line. As a result of the microarray analysis, we have found that 30 miRNAs including let-7b-3p are differentially expressed. Further qRT-PCR analysis confirmed the upregulated expressions of let-7b-3p in azacytidine-treated Hep2 cells and LCa tissue samples obteined 36 cancer patients being compared with their matched noncancerous tissues. The effect of decitabine on the expression levels of miRNAs in the Hep-2 cell line was shown for the first time in this study also this study revealed that the level of expression of let-7b-3p could be increased in cancers.Key Words: Decitabine, DNA methylation, microRNA, Hep-2 cell line, Larynx cancer 149

Bedensel belirti bozukluğu ve major depresyon bozukluğunun oluş nedenleri açısından bazı benzer ve farklı özellikler göstermektedir. Bu çalışmada iki bozukluk için çocukluk çağı travma öyküsü; bu travmaların kişinin kendisi ile karşısındakinin duygusal ve zihinsel süreçlerini tanıyabilme, ifade edebilme becerileri ve epigenetik değişiklikler ile ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya 18-65 yaş aralığındaki bedensel belirti bozukluğu olan 48, major depresyon bozukluğu olan 50 ve sağlıklı kontrol grubu olarak 50 katılımcı alınmıştır. Katılımcıların tümüne sosyodemografik veri formu, Mongomery-Asberg Depresyon Ölçeği (MADRS), Çocukluk Çağı Travmaları Ölçeği, Toronto Aleksitimi Ölçeği (TAÖ-20), Belirti Tarama Listesi (SCL 90-R), Gözlerden Zihin Okuma Testi uygulanmıştır. Ayrıca alınan periferik kan örneklerinden izole edilen DNA örneklerinde glukokortikoid reseptör geninin (NR3C1) üzerinde yer alan 11 adet CpG adasındaki metilasyon düzeyleri kantitatif olarak belirlenmiştir. Bedensel belirti bozukluğu olan hastaların major depresyon bozukluğu grubuna göre aleksitimi düzeyleri ve çocukluk çağı travmaları toplam puanı ile emosyonel ihmal, fiziksel ihmal, cinsel istismar puanları anlamlı olarak daha yüksek saptanmıştır. Gözlerden zihin okuma testi performansları açısından ise bedensel belirti bozukluğu grubu diğer gruplara göre anlamlı olarak daha düşük bulunmuştur. Tüm gruplarda çocukluk çağı travmaları ile aleksitimi arasında pozitif korelasyon; bedensel belirti bozukluğu grubunda çocukluk çağı travmaları ile gözlerden zihin okuma testi arasında negatif korelasyon saptanmıştır. Bedensel belirti bozukluğu grubunda glukokortikoid reseptör geni (NR3C1) metilasyon düzeyleri kontrollere göre anlamlı olarak düşük bulunurken, major depresyon bozukluğu grubunda anlamlı olarak daha yüksek saptanmıştır. Sonuçlarımız, bedensel belirti bozukluğu ve major depresyon bozukluğunun çocukluk çağında travma maruziyeti, duygu ifadesi ve diğerlerinin zihinsel durumlarını anlayabilme kapasitesi ile glukokortikoid reseptör gen metilasyonu açısından önemli farklılıklar gösterdiğine işaret etmektedir. It is known that somatic symptom disorder and major depressive disorder have similarities and differences in terms of clinical features and etiology. In this study it was aimed to compare for both disorders, childhood trauma story; the relationship between these traumas, epigenetic changes and the ability to recognize and express the emotional and mental processes of the others. 48 patients with somatic symptom disorder, 50 with major depressive disorder and 50 healthy control groups between the age of 18-65 years were included. Sociodemographic data form, Mongomery-Asberg depression rating scale (MADRS), childhood trauma questionnaire (CTQ) , Toronto alexithymia scale (TAS-20), symptom check list (SCL 90-R) and reading the mind in the eyes test were applied to all participants. In addition the methylation levels of 11 CpG sites on the glucocorticoid receptor gene (NR3C1) were quantitatively determined in DNA samples, isolated from peripheral blood samples. Alexithymia levels and childhood trauma total scores, emotional neglect, physical neglect, and sexual abuse scores were found significantly higher in patients with somatic symptom disorder according to majordepressive disorder group. In terms of reading the mind in the eyes test performances, the somatic symptom disorder group was found significantly lower compared to other groups. A positive correlation was determined between childhood trauma and alexithymia in all groups, whereas a negative correlation was found between childhood traumas and reading the mind in the eyes test in the somatic symptom disorder group. The mean methylation levels of the participants in the somatic symptom disorder group was significantly lower than the controls, while the participants in the major depressive disorder group were significantly higher. When the study results were evaluated, somatic symptom disorder and major depressive disorder have significant differences in exposure childhoodtrauma, emotional expression, the ability to understand the mental state of others and glucocorticoid receptor gene methylation. 141

Bilginin depolamasına aracılık eden nöronal devrelerdeki sinaptik etkinliğin nükleusta gen transkripsiyonunu ile düzenlendiği bilinmektedir. Belleğin nasıl depolandığını anlayabilmek için son çalışmalar, nükleusta gen transkripsiyonunu düzenleyen mekanizmalardan biri olan DNA metilasyonuna yönelmiştir. Çalışmada, korku belleğinin oluşumu ve sürdürülmesi sırasında, genç ve yaşlı sıçan beyninin hipokampus, prefrontal korteks, amigdala bölgelerinde, CaN, Reln ve Egr1 genlerin promotor bölgesinde farklı zaman noktalarındaki (1. saatte, 24. saatte, 7. ve 21. günde) DNA metilasyon değişimlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla 3-4 aylık 63 adet ve 19-20 aylık 63 adet olmak üzere 126 adet Sprague-Dawley erkek sıçanda bağlamsal korku şartlanması modeli kullanılmıştır. Beynin hipokampus, prefrontal korteks ve amigdala bölgeleri izole edilmiştir. Bu nöroanatomik bölgelerde CaN, Reln ve Egr1 genlerinin promotor bölgesindeki DNA metilasyonu değişimleri MeDIP RT-PCR analiz yöntemi ile incelenmiştir. Donma davranışı verilerine göre, genç sıçanlarda tüm zaman noktalarında korku belleği oluştuğu görülmüştür. DNA metilasyon verileri, hipokampus bölgesinde korku belleğinin oluşmasında CaN ve Reln metilasyonuna ilişkin bir düzenleme olmayabileceğini göstermiştir. Prefrontal kortekste elde edilen 1. saatteki CaN ve Reln metilasyonu artışı bu genlerin kısa süreli korku belleğinin oluşmasında yer alabileceğini düşündürmektedir. Prefrontal korteks bölgesinde CaN ve Reln metilasyonunun azalma yönündeki zamansal farklılaşmaların uzun süreli korku belleğinin depolanmasını etkilemediği görülmüştür. Amigdala bölgesinde CaN metilasyonundaki azalma bulgusu bu değişimin belleği bozmayabileceği şeklinde yorumlanmıştır. Donma davranışı verilerine göre, yaşlı sıçanlarda 1. ve 7. günde bellek oluşmadığı, 24. saatte ve 21. günde bellek oluştuğu görülmüştür. DNA metilasyon verilerinde, yaşlı sıçanlarda hipokampus bölgesinde CaN ve Reln metilasyonuna ilişkin bir düzenleme görülmemiştir. Prefrontal kortekste CaN metilasyonundaki azalmanın kısa süreli korku belleğinin oluşmasını engelleyebileceği öne sürülebilir. Korku belleğinin oluşması için prefrontal kortekste meydana gelen CaN metilasyon değişikliklerinin daha belirleyici olduğu, amigdala bölgesinde oluşan CaN metilasyonundaki artışın ise bellek oluşumu için yeterli olmayabileceği görülmektedir. Amigdala bölgesinde Reln metilasyonuna ilişkin bir düzenleme gözlenmemiştir. Bu durum Reln metilasyon değişimlerin bellek oluşumuyla sistematik olarak etkileşmeyebileceğini düşündürmektedir.Egr1 geninin metilasyonunu değerlendirebilmek üzere, hem genç hemde yaşlı sıçan beyin örneklerinden yeterince büyük bir sinyal elde edilememiştir.Sonuç olarak korku belleğinin oluşması ve depolanmasında bu genlerin metilasyonundaki farklılaşmanın artma ya da azalma yönünde zamansal olarak değişebileceği ve bu durumun korku belleğinin depolanması için mutlak bir gereklilikten çok, hücre içinde bir düzenlemeye (homeostazis) yönelik olabileceği ileri sürülebilir. It is known that the synaptic activity in the neuronal circuits mediating information storage is regulated by gene transcription in the nucleus. Recent studies to understand how the memory is stored have indicated the possible role of DNA methylation, one of the mechanisms that regulate gene transcription in the nucleus.This study is aimed to determine DNA methylation at different time points (1st hour, 24th hours, 7th and 21st days) in the promotor region of CaN, Reln and Egr1 genes in the hippocampus, prefrontal cortex, amygdala regions of young and aged rat brains during the formation and maintenance of fear memory. For this purpose, 126 Sprague-Dawley male rats, 63 for 3-4 months and 63 for 19-20 months, were used. The contextual fear conditioning model was also been used to provide the formation of a long-term memory. The hippocampus, prefrontal cortex and amygdala regions of brain were isolated. DNA methylation changes in the promoter region of CaN, Reln and Egr1 genes in these neuroanatomical regions were examined by MeDIP RT-PCR analysis method. The behavioral data show that fear memory formation is significantly observable at all time-points in young rats. DNA methylation data indicate that there may be no regulation of CaN and Reln methylation in the formation of the fear memory in the hippocampus region. An increased methylation of CaN and Reln at 1st hour in the prefrontal cortex suggests that these genes may be involved in the formation of short-term fear memory. Temporal changes such as the reduction of CaN and Reln methylation in the prefrontal cortex area does not seem to affect the long-term storage of the fear memory. The finding of a decrease in CaN methylation in the amygdala region suggests that this change may not distort memory storage. According to the behavioral data, fear memory was not successfully formed on the 1st hour and 7th day in the aged rats, meanwhile, fear memory was intact on the 24th hour and 21th day. Based on the DNA methylation data, tit appears that there is no regulation of CaN and Reln methylation in the hippocampus region in aged rats. It can be argued that a reduction in CaN methylation in the prefrontal cortex may have an interfering effect on the formation of short-term fear memory. It seems that CaN methylation changes in the prefrontal cortex may have more decisive role the formation of fear memory. On the other hand, an increase in CaN methylation in the amygdala region may not be sufficient for memory formation. No regulation of Reln methylation has been observed in the amygdala region. This suggests that Reln methylation changes may not systematically interact with memory formation.Data show that methylation levels of these genes change temporarily in the evaluated neuroanatomical sites during formation and storage of fear memory. These changes may be related with more general cellular homeostasis rather than a specific involvement with fear memory. 177

Kalp yetmezliği, sık başvuru gerektiren kronik bir hastalıktır ve mortalitesinin yüksek olması nedeniyle son yıllarda genetik araştırmalarına ağırlık verilmiştir. Bilindiği gibi trombositler, kardiyovasküler hastalıkların etyolojisinde önemli bir rol oynamaktadır. Mitokondri ise trombositlerin enerji kaynağı ve mtDNA da trombositlerin sahip olduğu tek genomik materyaldir. Kardiyovasküler hastalıkların etyolojisinde, epigenetik faktörlerle ilgili birçok çalışma yapılmıştır. MtDNA metilasyonu ise bu alanda daha yeni ve araştırılma aşamasında olan bir konudur. Bir çalışmada hipertansiyon, ateroskleroz gibi kardiyovasküler hastalıkları olan bireylerde, kontrol grubuna göre, mtDNA'nın bazı gen bölgelerinde anlamlı metilasyon artışı izlenmiştir. Biz ise çalışmamızda, trombositlerdeki mtDNA'nın artmış metilasyonunun, iskemik veya non-iskemik kalp yetmezliği etyolojisinde tanısal bir biyobelirteç olarak kullanılıp kullanılamayacağını araştırmayı amaçladık. Trombositlerdeki mtDNA metilasyon analizi, mtDNA'nın ATP sentezi ile ilişkisinden faydalanılarak yapılmıştır. Bu bağlamda analizi yapılan genler; sitokrom c oksidaz (CO), ATP sentaz, NADH dehidrogenaz (ND) ve taşıyıcı RNA (tRNA) lösin 1'dir. Çalışma, Mart 2017 – Mart 2018 tarihleri arasında Pamukkale Üniversitesi Hastanesi Kardiyoloji kliniğine başvuran, ekokardiyografide simpson metodu ile yapılan ölçümlerde ejeksiyon fraksiyonu (EF) % 40 ve altında olan 55 kalp yetmezliği hastası ve 30 sağlıklı birey ile gerçekleştirilmiştir. 55 kalp yetmezliği hastası, yapılan koroner anjiografi sonrasında iskemik ve non-iskemik kalp yetmezliği olarak 2 gruba ayrılmıştır. 30 hasta iskemik kalp yetmezliği grubunda, 25 hasta non-iskemik kalp yetmezliği grubunda yer almıştır. Çalışmamızda, Metilasyon Spesifik PCR DNA Dizi Analizinde, hem iskemik ve non-iskemik hasta gruplarında hem de kontrol grubunda, CO-1,2,3, tRNA lösin 1, ATP 6-8 ve ND5 gen bölgelerinde metilasyon saptanmamıştır. Çalışmamızın sonucuna göre kalp yetmezliği ile trombosit mtDNA metilasyonu arasında bir ilişki yoktur. Trombositlerdeki mtDNA metilasyon profilinin, iskemik ve non-iskemik kalp yetmezliği etyolojisinde tanısal bir biyobelirteç olarak kullanılıp kullanılamayacağının anlaşılması için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.Anahtar Kelimeler: Kalp yetmezliği, trombosit, mitokondriyal DNA Heart failure is a chronic disease requiring frequent referral and genetic researches have been emphasized in recent years due to its high mortality. As is known, platelets play an important role in the etiology of cardiovascular diseases. Mitochondria is the energy source of platelets and mtDNA is the only genomic material that platelets have. In the etiology of cardiovascular diseases, numerous studies have been conducted regarding the epigenetic factors. MtDNA methylation is a more recent subject that is under investigation. In one study, significant increase in methylation is observed in some gene regions of mtDNA in the individuals with cardiovascular diseases such as hypertension, atherosclerosis, when compared to the control group. In the present study, it is aimed to investigate whether increased methylation of mtDNA in the platelets can be used as a diagnostic biomarker in the etiology of ischemic or non-ischemic heart failure. mtDNA methylation analysis in the platelets is conducted by benefiting from the correlation of mtDNA with the ATP synthesis. Thus, the genes analysed are cytochrome c oxydase (CO), ATP synthase, NADH dehydrogenase (ND) and carrier RNA (tRNA) leucine 1. The study is conducted with 55 patients with heart failure having 40% or less ejection fraction (EF) in the measurements performed by the simpson method in ecocardiography who had applied to the Department of Cardiology of Pamukkale University between March 2017 and March 2018, and with 30 healthy individuals. 55 patients with heart failure are divided in 2 groups after the coronary angiography, as ischemic and non-ischemic heart failure groups. 30 patients are present in the ischemic heart failure group and 25 patients are in the non- ischemic heart failure group. In the present study, in the methylation-specific PCR DNA Sequence Analysis, no methylation is observed in both ischemic and non-ischemic patient groups and in the control group in the CO-1,2,3, tRNA leucine 1, ATP 6-8 and ND5 gene regions. According to the results of the study, there is no correlation between heart failure and platelet mtDNA methylation. Further studies are needed to understand whether the mtDNA methylation profile in platelets can be used as a diagnostic biomarker in the etiology of ischemic and non-ischemic heart failure.Keywords: Heart failure, platelet, mitochondrial DNA 63

Lahana tür ve çeşitlerinde abiyotik stres koşullarına tolerans ile ilgili çalışmalar yapılmış olsa da bu çalışmalar genellikle tarla, sera ya da saksı denemeleri şeklinde yürütülmüştür. Bu tür çalışmalarda genellikle morfolojik ölçümler ve değerlendirmeler yapılmış olup fizyolojik ve moleküler tespit çalışmalarında eksiklikler bulunmaktadır.Gerçekleştirilen bu çalışma ile NaCl uygulamaları (tuz stresi) ve antagonist olarak düşünülen Putresin uygulamaları sonucunda lahana fidelerinin genomunda DNA metilasyonu yönünden herhangi bir değişiklik meydana gelip gelmeyeceği moleküler düzeyde tespit edilmeye çalışılmıştır. Beyaz baş lahana bitkisine (Yalova-1 çeşidi) farklı NaCl ve Putresin konsantrasyonları uygulanmıştır. Bu uygulamalar çimlenme oranı, kök uzunluğu, sürgün uzunluğu, fide gücü indeksi ve çimlenme zamanının varyasyon katsayısı istatistiksel olarak önemli bulunmuştur. Kullanılan RAPD primerlerinden monomorfik bant veren 8 primer CRED-RA analizinde kullanılmıştır. Her doz için polimorfizm değerleri hesaplanmış ve ortalamalar alınmıştır. Çalışmada kullanılan MspI enzimin metilasyonun olduğu yerden kesim yapması ve HpaII enziminin ise metilasyonun gerçekleşmediği zaman kesim yapması bilgisine dayanarak alınan sonuçlar değerlendirilmiştir. Tek başına NaCl uygulamasında en düşük dozda 27,4 en yüksek dozda ise 39,6 oranında metilasyon oluşurken; tek başına putresin uygulamasında en düşük dozda %32,4 en yüksek dozda ise %20,9 metilasyon gözlenmiştir. Diğer taraftan, Putresin uygulamasının özellikle 100 mM ve daha yüksek tuz konsantrasyonlarında tuzun çimlenme oranı üzerine olumsuz etkisini azalttığı belirlenmiştir. Although studies on tolerance to abiotic stress conditions in cabbage species and varieties have been carried out, these studies have generally been carried out in field and greenhouse pot experiments. In such studies, morphological measurements and evaluations have been made and there are deficiencies in physiological and molecular detection studies.In this study, it has been attempted to determine at the molecular level whether or not any change in DNA methylation in the genome of the cabbage seedlings will occur with NaCl applications (salt stress) and with Putresin applications which are thought to be antagonists. Different concentrations of NaCl and Putresin were applied to white head cabbage (Yalova-1 variety). Germination rate, root length, shoot length, seedling index and variation coefficient of germination time of these applications was found statistically significant. Eight primers producing a monomorphic band from RAPD primers were used in the CRED-RA analysis. Polymorphism values were calculated for each dose and averages were taken. The results obtained were based on the knowledge that the MspI enzyme used in the study was cut from the site of methylation and the Hpa II enzyme was cut when the methylation was not taking place. At the lowest dose of NaCl alone 27,4% and at the highest dose 39,6% of methylation occurred. In the case of putresin alone, methylation was observed at the lowest dose of 32,4% and at the highest dose of 20,9%. On the other hand, it has been determined that the application of Putresin reduces the negative effect on salt germination rate, especially at salt concentrations of 100 mM and higher. 58

İnsanlarda kronik sigara içiciliğinin bırakılması sonucunda oluşan nikotin yoksunluğu (NY) sırasında davranışsal fonksiyonların normal dışı seyrettiği sağlık problemleri görülebilmektedir. Bu olgu deney hayvanları üzerinde gerçekleştirilen araştırmalarda da bazı boyutlarıyla teyit edilmiştir. Literatürdeki deneysel çalışmalardan elde edilen davranışsal, hücresel ve moleküler düzeydeki bilgiler konunun halen önemli deneysel sorulara gebe olduğunu ortaya koymaktadır.Çalışmamızda erkek C57BL6 farelere 12 gün boyunca günde 6 mg/kg dozunda nikotin subkutan enjeksiyonla verilmiş, en son nikotin uygulamasından 24 saat sonra yoksunluk modeli oluşturulduğu kabul edilmiştir. NY grubu farelere denk yaş ve ağırlıkta Sham grubu farelere ise aynı zaman ve şekilde serum fizyolojik enjeksiyonu uygulanmıştır. Sham grubuna kıyasla NY grubu farelerde; enjeksiyon günlerindeki vücut ağırlığı değişimleri; açık alan (ATT) ve yükseltilmiş artı labirent testleriyle (YALT) lokomotor aktivite ve anksiyete/anksiyolite durumları; akım sitometrik analizler ile hipokampus (HP) dokusunda aktif nöron oranı ve RT-PCR ile HP'da DNA metilasyon/demetilasyon ve nöral farklılaşma/aktifleşme ile ilişkili genlerinin ekspresyon seviyeleri değerlendirilmiştir.Sham grubuna kıyasla NY grubunda vücut ağırlığı, ATT ve YALT parametreleri, akım sitometrik analizle aktif nöron oranı ve ekspresyonu belirlenen genlerin çoğunluğu açısından anlamlı bir farklılık görülmemiştir (p>0,05). Fakat akım sitometrik olarak saflaştırılan aktif nöronların tüm olgun nöronlara oranı ayrıca Tet2 ve Arc genlerinin ekspresyon düzeylerinin, Sham grubuna kıyasla anlamlı düzeyde artmış olduğu tespit edilmiştir.Yoksunluk oluşturduğumuzu kabul ettiğimiz hayvanlarda naif kontrollere kıyasla vücut ağırlığı, lokomotor kabiliyet, anksiyete/anksiyolite durumlarında anlamlı farklılık bulunmaması, çok yönlü sonuçlar içeren NY literatürüyle kısmen örtüşmektedir. Ayrıca, yoksunluk neticesinde HP'da aktif nöron oranının ve aktifleşen nöronlarda verimli biçimde eksprese olduğu bilinen Arc geni ekspresyonun artması literatürle büyük ölçüde tutarlılık göstermektedir. DNA metilasyon/ demetilasyon dinamiklerinin NY sırasında durumunu ortaya koyan bir araştırma görülmemiş: DNA metilasyonunu katalizleyen DNMT1/3a enzimlerini kodlayan gen ekspresyonlarının oluşturduğumuz yoksunluktan etkilenmediği, DNA demetilasyonunu oluşturan Tet1/2/3 enzimlerinden ise yalnızca Tet2'nin ekspresyonunun kontrollere kıyasla anlamlı artış gösterdiği literatürde yeni bilgilerdir. Anahtar Kelimeler: Nikotin Yoksunluğu, Anksiyete/Anksiyolite, DNA metilasyon/demetilasyon Dinamikleri, Epigenetik Health problems can be seen when behovioral functions are abnormally observed during nicotine withdrawal (NY) as a result of chronic cessation in humans. This phenomenon has also been confirmed in some studies on experimental animals. Behavioral, cellular and molecular level information obtained from experimental studies in the literature reveals that the subject is still conceived of important experimental questions.In our study, male C57BL6 mice were given a subcutaneous injection of nicotine at a dose of 6mg/kg daily for 12 days, and the deprivation model was accepted to be established 24 hours after the last nicotine administration. NY group mice were given saline injections at the same time and in the same age and weight as Sham group mice. NY group mice compared to sham group; body weight changes on the days of injection; locomotor activity and anxiety/anxiolitic states with open area (ATT) and elevated plus maze test (YALT); flow cytometric analyzes and expression levels of genes associated with DNA methylation/ demethylation and neural differentiation/activation in HP by RT-PCR and the ratio of active neurons in the hippocampus (HP) tissue.There was no significant difference in body weight, ATT and YALT parameters, flow cytometric analysis, active neuron ratio, and the majority of genes whose expression was determined in NY group compared to sham group (p>0,05). However, it was observed that the ratio of flow cytometricly purified active neurons vs. all mature neurons and the expression levels of Tet2 and Arc genes were significantly increased compared to Sham group.The absence of significant differences in body weight, locomotor ability, anxiety/anxiolity status compared to naïve control in the animals that accepted to be deprived were partially in agreement with the NY literature with multifaceted outcomes. In addition, the increment in the active neuron ratio in HP as a result of withdrawal and the increase in the expression of Arc gene that widely known to be abundantly expressed in active neurons, are most partially concordant with the literature. Yet, no research reveals the state of DNA methylation/demethylation dynamics in NY; but newly generated in this study that the expression of genes encoding DNMT1/3a enzymes that catalyze DNA methylation is not affected by nicotin deprivation model, plus among the three DNA demetylation catalyzers that analyzed (Tet1/2/3), only Tet2 exhibited a marked alternation, an increment in NY hippocampi as compared to the counterparts. Keywords: Nicotine deprivation, Anxiety/Anxiolite, DNA methylation/demethylation dynamics, Epigenetics 76

Deride kırmızı ve sedefi renkte kabukların bulunmasıyla karakterize, immün sistem temelli kronik bir hastalık olan psoriasisin kesin tedavisinin bulunmaması nedeniyle hastaların yaşam kalitesi kötü etkilenmektedir. Efektör T hücrelerin etkinliklerini baskılamada görevli regülatör T (Treg) hücreler, yüksek düzeyde FOXP3 ekspresyonuyla karakterizedir. FOXP3 ekspresyonunun kararlılığı, CpG'ce zengin ve korunmuş intronik bölge olan TSDR metilasyonuyla ilişkilendirilmektedir. Treg hücrelerdeki metilasyonun, otoimmün hastalıkların ve psoriasisin patogenezinde rolü olduğu düşünülmektedir. Proinflamatuar özellikteki IL-17 ve IL-36 ile antiinflamatuar özellikteki IL-10 ve IL-35'in psoriasis patogeneziyle ilgili olduğu düşünülse de kesin bir sonuca varılamamıştır.Bu çalışmada, psoriasislilerde periferik kanda FOXP3 TSDR metilasyon düzeylerinin, FOXP3 mRNA ekspresyon düzeyi ve seçilmiş sitokinlerin düzeylerinin belirlenmesi ve bulguların hastalık şiddeti ve tedavi durumuyla ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Bunun için psoriasisli hasta (n=38) ve sağlıklı kontrol grubundan (n=20) alınan kan örneklerinden HRM-PCR yöntemiyle FOXP3 TSDR metilasyon analizi, real-time PCR yöntemiyle FOXP3 mRNA ekspresyon analizi ve ELISA yöntemiyle plazma interlökin düzeylerinin analizi gerçekleştirilmiştir.Hasta ve kontrol grubunda FOXP3 TSDR metile durumda olup, iki grubun erime sıcaklık değerleri ve FOXP3 mRNA düzeyleri arasında anlamlı fark bulunmamıştır. Sitokin düzeyleri incelendiğinde IL-10 hastalarda anlamlı olarak düşük bulunmuştur. Hastalarda psoriasis alan şiddet indeksi (PAŞİ) skorlarıyla IL-35 pozitif; hastalık şiddeti düşük olan hastalarda PAŞİ skorlarıyla IL-17A pozitif, FOXP3 ekspresyonuyla IL-35 negatif; hastalık şiddeti orta-şiddetli olan hastalarda PAŞİ skorlarıyla IL-36G ve FOXP3 ekspresyonuyla IL-17A pozitif korelasyon göstermektedir.Sonuç olarak FOXP3 TSDR metilasyonunun psoriasisteki durumunun daha hassas yöntemlerle araştırılması gerektiği, incelenen sitokinlerin hastalık şiddetine yönelik önemli göstergeler olabileceği, bunun için çalışmanın daha fazla kişi ve hastalığa yönelik çeşitli gruplandırmalarla incelenmesinin faydalı olacağı düşünülmektedir. Psoriasis is a common, immune-mediated inflammatory disease which is characterized by red colored plaques with well-defined borders and silvery-white dry scales on the skin. Due to psoriasis being a life-long disease and the lack of definitive treatment of the disease, patients are affected by the poor life quality. Regulator T (Treg) cells, which are responsible for suppressing the activity of effector T cells, are characterized by high levels of FOXP3 expression. The stability of FOXP3 expression is associated with the methylation of TSDR, a CpG-rich and conserved intronic region. Methylation level of Treg cells is thought to have an impact on the pathogenesis of autoimmune diseases and psoriasis. Although proinflammatory cytokines (IL-17 and IL-36) and antiinflammatory cytokines (IL-10 and IL-35) are thought to be related to the pathogenesis of psoriasis, no definite result has been obtained.In this study, it was aimed to determine the levels of FOXP3 TSDR methylation, FOXP3 mRNA expression and selected cytokines in the peripheral blood samples of patients with psoriasis and to investigate their relationship with disease severity and treatment status. To perform this task, blood samples taken from patients with psoriasis (n=38) and healthy control group (n=20). To determine FOXP3 TSDR methylation status, FOXP3 mRNA expression and interleukin levels; HRM-PCR, real-time PCR and ELISA methods were performed respectively.In the patient and control groups, FOXP3 TSDR was methylated. There was no significant difference between the melting temperature values and FOXP3 mRNA levels of two groups. Among the cytokine results, only IL-10 was found to be significantly lower in patients. There was positive correlation between IL-35 levels and psoriasis area and severity index (PASI) scores in the patient group; IL-17A levels and PASI scores in patients with mild psoriasis; IL-17A and FOXP3 expression levels, IL-36G levels and PASI scores in patients with moderate-to-severe psoriasis. There was negative correlation between IL-35 and FOXP3 expression levels in patients with mild psoriasis.In conclusion, it is suggested to analyse the FOXP3 TSDR methylation level of patients with psoriasis using more precise methods. The investigated cytokines may be important indicators of disease severity. Therefore, it would be better to use more detailed grouping and larger sample sizes in further studies. 113

Isı şok protein 90 (HSP90), ATP-bağımlı moleküler bir şaperon olup kanserin temel özellikleri olarak tanımlanan çok sayıdaki onkogenik sinyal proteinlerinin stabilitesi ve fonksiyonu için gereklidir. Son yollarda, HSP90'ın epigenetik yolaklarda da önemli rol oynadığı gösterilmiştir. Mesane kanseri, en sık görülen ürogenital kanserler içerisinde ikinci sırada yer almaktadır. Mesane kanseri, geleneksel olarak genetik bir hastalık olarak kabul edilmekle birlikte epigenetik mekanizmaların da bu hastalığın etiyolojisinde önemli rol oynadığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı HSP90 proteininin mesane kanserinde inaktive edici metilasyon düzeyine olan etkisinin belirlenmedir. HSP90 spesifik inhibitörü Geldanamisin (GA)'nin sitotoksitesi, insan mesane kanser hücre hattı T24 hücrelerinde zamana ve doza bağımlı olarak WST1 aracılığıyla, DNMT1, HDAC1 ve WIF-1 hedef genlerin ifadelenme değişimleri real-time PCR DNMT1, H3K27me3, Histone H4, H4K20me1, H4K20me3, Akt1, pAkt1(S473), SET8, KMT5C, Bax ve Bcl2 protein düzeyleri western blot kullanılarak belirlendi. Bulgularımıza göre geldanamisin yüksek dozda (10µM) hücre proliferasyonunu inhibisyonuna neden olmaktadır. Düşük ve yüksek dozlarda GA, Akt1 inhibisyonu aracılığıyla transkripsiyonel ve translasyonel düzeyde DNMT1'in ifadelenmesini ve aynı zamada HDAC1 ifadelenmesini azaltmaktadır. Bunula birlikte, GA muamelesi sonrasında DNMT ve HDAC1 gen düzeylerindeki azalmaya bağlı olarak WIF1 geninin yeniden ifadelendiği gözlemlendi. Buna ek olarak, histon post-transalsyonel modifikasyonlar (H3K27me3, H4K20me1 and H4K20me3) ve bu modifikasyonlardan sorumlu enzimlerin (SET8 ve KMT5C), GA uygulamasını takiben doz ve zaman bağlımlı olarak upregüle veya downregüle olduğu ve Histon H4 protein düzeyinde önemli bir değişimin olmadığı gözlemlendi. WIF1 yeniden ifadelenmesini takiben kanser hücrelerinde apoptotik indüksiyon belirlendi. Bizim sonuçlarımız, HSP90 proteininin moleküler etkilerinin epigenetik düzenlenme üzerine etkilerinin tam olarak belirlenmesine ve invaziv mesane kanserlerinin tedavisi için yeni moleküler hedeflerin (HSP 90 client proteinler) tanımlanmasına katkı sağlayabilecektir. Heat shock protein 90 (HSP90) is an ATP-dependent molecular chaperone that required for the stability and function of numerous oncogenic signaling proteins that determine the hallmarks of cancer. HSP90 has been shown to play an privotal role in epigenetic pathways in recent years. Bladder cancer constitutes the second most common type of cancer among urogenital cancers. Bladder cancer has traditionally been accepted as a genetic disease, however it is known that the epigenetic mechanisms also play an important role in the etiology of this disease. The aim of this thesis project to explain how the HSP90 protein affects to inactivating histone methylation markers levels in bladder cancers. Cytotoxic effect of HSP90 spesific inhibitor Geldanamycin (GA) in human bladder cancer cell line T24 was detected time and dose dependent manner with WST1, expression aberration of target genes DNMT1, HDAC1 and WIF-1 using real-time PCR and protein levels of DNMT1, H3K27me3, Histone H4, H4K20me1, H4K20me3, Akt1, pAkt1(S473), SET8, KMT5C, Bax and Bcl2 using western blot. Our results demostrated that GA caused an decreased cell proliferation at high dose (10 µM). In both low and high dose cases, GA was decreased DNMT1 at both transcriptional and translational levels via inhibition of Akt1 and therewithal HDAC1 expression. However, reexpression of WIF1 gene was observed after treatment GA based on decreased DNMT1 and HDAC1 gene levels. Furthermore we showed that histone post-translational modifications (H3K27me3, H4K20me1 and H4K20me3) and enzymes (SET8 and KMT5C) responsible for this modifications was up regulated or downregulated depend on the dose and time following GA treatment and also not observe significantly any changes at Histone H4 protein level. We demonstrated to induce apoptosis following reexpression of WIF. Our findings may offer a new approach determination of molecular effect of HSP90 on epigenetic regulation would allow us to identify new molecular targets (HSP90 client proteins) for treatment of the invasive bladder cancer.

Bu tezde, Arabidopsis thaliana türünde Strigolakton (SLs) biyosentezi ve DNA metilasyonu arasındaki ilişki DNA metiltransferaz inhibitörü olan Sülfametazin (SMZ) aracılığı ile araştırılmıştır. SLs sürgün ve kök dallanmasını düzenleyerek bitki mimarisini kontrol eden yeni keşfedilmiş karotenoid kökenli bir bitki hormonudur. A. thaliana türünde SLs biyosentezinden bir beta-karoten izomeraz (ATD27), iki karotenoid cleaveage enzimi (MAX3 ve MAX4) ve bir sitokrom P450 monooxygenase (MAX1) enzimi sorumludur. SLs ilk kez simbiyotik ve parazitik etkileşimler ile ilgili çalışmalarda ortaya çıkarılmıştır. DNA metilasyonu, bir metil grubunun sitozin nükleotidine eklenmesi sonucunda meydanagelen epigenetik bir değişimdir. Sülfametazin (SMZ) bir çeşit DNA metilasyon inhibitörüdür. Çalışmada, SMZ ile muamele edilmiş bitkilerde SLs biyosentezinde görevli MAX4 ve sinyal iletiminden sorumlu D14 genlerinin anlatımları araştırılmıştır. Bitkiler içerisinde 50 µM SMZ ilave edilmiş veya hiçbir katkı yapılmamış Murashige Skoog (1962) besin ortamlarında yetiştirilmiştir. Bu çalışma ile ilk kez, SLs biyosentezi ve algılanmasında epigenetik süreçlerin etkileri incelenmiştir.Anahtar sözcükler: Strigolaktonlar, Sülfametazin (SMZ), DNA Metilasyonu In this thesis, the relationship between Strigolactones (SLs) biosynthesis and DNA methylation in Arabidopsis thaliana have been investigated using SMZ as DNA methyltransferase inhibitor. SLs are recently discovered carotenoid derived plant hormones that control plant architectureby coordinating root and shoot branching. In A. thaliana, a beta carotene isomerase (AtD27), two carotenoid cleavage (MAX3 and MAX4) and a cytochrome P450 monooxygenase (MAX1) enzymes are responsible for SLs biosynthesis. SLs have been revealed with studies on symbiotic and parasitic interactionsfor the first time. DNA methylation is an epigenetic modification as a result of a methyl group addition to a cytosine in DNA helix. Sulfamethazine (SMZ) is a kind of DNA methylation inhibitor. In the study, the gene expression levels of D14 and MAX4 responsible for signaling and biosyntesis of SLs respectively, were investigatedin SMZ treated plants. Plants were cultured in Murashige Skoog (1962) medium with or without 50 µM SMZ. With this study, the effects of epigenetic processes on SLs biosynthesis and perceptionwere examinedfor the first time.Keywords: Strigolactones, Sulfamethazine (SMZ), DNA Methylation 54

IgA nefropati (IgAN), son dönem böbrek yetmezliğine (SDBY) yol açan en yaygın glomerüler hastalıklardan biridir. COSMC, C1GALT1 enzimi ile birlikte IgA1'in glikolizasyonunda rol oynayan moleküler bir şaperondur. IgAN hastalarında GdIgA1 seviyesi artarken, COSMC mRNA seviyesinin düştüğü gösterilmiştir, fakat bu mekanizma henüz açıklanmamıştır. Bu çalışmada COSMC gen promoter bölgesinin CpG adalarının metilasyon pofilinin GdIgA1 düzeyi ve COSMC mRNA seviyesine etkisi araştırılmıştır. Çalışmaya IgAN tanısı alan 30 hasta, hastalarla birinci derece akrabalığı bulunan 11 sağlıklı kişi ve herhangi bir hastalığı olmayan 6 sağlıklı birey dahil edildi. Hastaların B lenfositlerinde COSMC geninin promoter bölgesinin DNA metilasyonu ve aynı genin ekspresyon düzeyi RT-PCR yöntemi ile serum ve hücre kültür süpernatantındaki GdIgA1 düzeyi ELISA yöntemi ile çalışıldı. Hastaların, hasta yakını ve sağlıklı kontrollere göre serum GdIgA1 düzeyi yüksek, COSMC mRNA seviyesi düşük bulundu. Ancak hastaların COSMC geni promoter bölgesinin DNA metilasyon düzeyindeki artış belirgin değildi. Hastaların B-lenfositleri IL-4 veya 5-Aza-2'-deoksisitidin (AZA) ile muamele edilip kültüre edilmiştir. AZA ile muamele edilen grupta (Grup III) metilasyon hiçbir ajanla muamele edilmemiş gruba (Grup I) göre belirgin olarak azaldığı, COSMC mRNA seviyesinin arttığı ve GdIgA1 seviyesinin azaldığı görüldü. IL-4 ile muamele edilen grupta (Grup II) ise tedavi sonrası, IgAN lenfositlerinde COSMC mRNA seviyesi başlangıca göre belirgin olarak azaldığı fakat COSMC DNA metilasyonundaki artışın belirgin olmadığı görüldü. COSMC geninin promoter bölgesinin DNA metilasyon profilinin IL-4 veya AZA ile değiştirilmesi, IgAN lenfositlerinde COSMC mRNA ve GdIgA1 seviyesindeki değişikliklerle spesifik olarak korelasyon göstermedi. Bulgularımız, IgAN hastalarında düşük COSMC mRNA ve artmış GdIgA1 seviyesini desteklemekle birlikte, COSMC promoter bölgesinin hipermetilasyonunun, IgAN lenfositlerinde COSMC mRNA ekspresyonunun azalması ve GdIgA1 düzeyinin artışı ile ilişkili olabileceğini dair bir yargıya varmamız için yeterli görülmemektedir. IgA nephropathy (IgAN) is one of the most common glomerulary diseases that cause end-stage renal disease. COSMC, is a molecular chaperone which has a role in IgA1 glycolisation together with C1GALT1. It was demonstrated that while GdIgA1 increased in IgAN patients, COSMC mRNA level decreased, however this mechanism has not been clarified yet. Researchers investigated the effect of methylation profile of CpG islands in COSM gene promotor region on GdIgA1 level, and COSMC mRNA in the present study. Thirty patients diagnosed as having IgAN, 11 healthy individuals who were first degree relatives of the patients, and 6 healthy individuals were included in the study. The DNA methylation and expression level of the same gene in promoter region of COSMC gene in B lymphocytes of patients were studied using RT-PCR, and the GdIgA1 level in serum and cell culture supernatant was studied using the enzyme-linked immuno sorbent assay (ELISA). Serum GdIgA1 level was found higher, and COSMC mRNA level was lower in patients compared with patients' relatives and healthy controls. However, the increase in DNA methylation level in COSMC gene promoter region of patients were not significant. B-lymphocytes of patients were treated and cultured using IL-4 or 5-Aza-2'-deoxycytidine (AZA). Methylation in Group III, that was treated using AZA, significantly decreased compared with Group I, which was not given any agent, however, COSMC mRNA level increased, and GdIgA1 level decreased. The level of COSMC mRNA in IgAN lymphocytes significantly decreased after treatment compared to the beginning in Group II, that was treated using IL-4, however, the increase in COSMC DNA methylation was not significant. The change of DNA methylation profile of COSMC gene promotor region using IL-4 or AZA did not indicate any correlation with the changes in COSMC mRNA and GdIgA1 levels in IgAN lymphocytes. Although our findings support low levels of COSMC mRNA and increased GdIgA1 levels in IgAN patients, it does not provide sufficient information to make a judgement that the hypermethylation of COSMC promotor region was associated with the decrease in COSMC mRNA expression in IgAN lymphocytes, and the increase in GdIgA1 level. 100

Amaç: Bu çalışma kapsamında GBM tanısı alıp, Bevacizumab kullanan hastalarda p53 mutasyonu, MGMT metilasyonunun anti-anjiyogenik tedaviyi belirlemedeki prediktif önemini değerlendirme amaçlanmaktadır.Yöntem: 2008-2015 yılları arasında Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde Glioblastoma multiform histopatolojik tanısını alan, Tıbbi Onkoloji Polikliniğine başvuran ve Irinotekan ile kombine Bevacizumab tedavisi gören olgular retrospektif olarak gözden geçirildi, 27 olgu dahil edildi. Hastaların yaş, cinsiyet ve sağ kalım süreleri araştırıldı. Pyrosekans yöntemi ile MGMT metilasyonu araştırıldı. Yüksek Çözünürlüklü Erime Analizi ile TP53 mutasyonu tarandı. Bulgular SPSS ver.18 programı ile değerlendirildi.Bulgular: Olguların 12 (% 44,4)'sinde metile MGMT, 15 (% 55,6)'inde unmetile MGMT DNA'sı saptandı. Metile olguların unmetile olgulara göre daha uzun süre yaşadığı gözlendi (p=0,047). Olguların 10'unda TP53 mutasyonu saptandı. Mutasyonlu ve mutasyonsuz olguların sağ kalım süreleri arasında bir farklılık saptanmadı (p=0,080).Sonuç: Bu çalışmada Bevacizumab kullanan GBM hastalarında MGMT metilasyonu tespitinin prediktif olarak önem taşıdığı saptandı. Ancak TP53 mutasyonu bulgularına göre, prognostik veya prediktif olarak bir fark ortaya çıkarmadığı görüldü. Objective: The aim of this study is to evaluate the mutation of TP53, methylation of MGMT for predictive value anti-angiogenic treatment to patient with GBM diagnosis and used Bevacizumab.Method: The glioblastoma multiforme cases which were diagnosed in Akdeniz University Faculty of Medicine Department between 2008- 2015 and Irinotekan with Bevacizumab combine treatment taken were reviewed retrospectively. 27 cases were included for the study. All cases were evaluated for age, gender and survival time. MGMT methylation researched with Pyrosequencing. TP53 mutation scanned with High Resolution Melting Analysis. All data evaluated with SPSS ver.18 programme. Results: The presence of MGMT methylation was demonstrated in 12 (% 44,4) cases and the rest of 15 (% 55,6) cases weren't. The patients without methylated MGMT DNA had taller survival compared to methylated group (p= 0,047). TP53 mutation detected to 10 cases. There was no statistically significant difference between mutation and no mutation groups survey (p=0,080). Conclusion: It was concluded that in order to demonstrate the expected predictive and prognostic factors in glioblastoma patients, evaluating the presence of methylation of MGMT. Although mutation of TP53 was not prognostic or predictive difference due to our results. 73

Tüm şiddetli ve şüpheli ölümlerde, ölüm zaman ve nedenini belirlemek için bir otopsiye ihtiyaç duyulmaktadır. Önceki araştırmacılar, postmortem biyokimya ve moleküler biyoloji, ölüm prosedüründe yer alan hücrelerin ve organların morfolojik ve fonksiyonel değişiklikleriyle kurulamayan genel patofizyolojik değişiklikleri incelemek için kullanmıştır. Bu çalışmada, ölüm zamanının tayininde global DNA metilasyonunun etkinliğini değerlendirmek amacıyla 2 ila 27 saat arasında değişen postmortem aralıklarla ATK'dan aldığımız 21 insan kas doku örneğinden Quick-DNA ™ Miniprep Plus Kit (Katalog No. D4068 & D4069) ile izole edilen DNA kullanılmıştır. DNA metilasyonun miktarı tayininde öncelikle elde edilen DNA örneklerin 5-mC DNA ELISA Kiti (Katalog No. D5325 & D5326) ile modifiye edilmiştir. Sonuçlarımız, postmortem insan kas doku örneklerinde zamana bağlı olarak postmortem ilk 27 saatte global DNA metilasyonunun stabil olduğunu göstermektedir. Sonuçlara göre ölüm zaman tayininde ilk 27 saatte global DNA metilasyonu etkinliği ve PMA arasında anlamlı bir korelasyon bulunmamıştır. Bu nedenle, postmortem insan kas dokularındaki araştırmasında global DNA metilasyonun incelemek konusunda daha fazla çalışma ile desteklemesine ihtiyaç bulunmaktadır. All violent and suspicious deaths require an autopsy to determine the time and possible cause of death. Previous researchers use postmortem biochemistry and molecular biology to examine the general pathophysiological changes involved in the death procedure that cannot be established by morphological and functional changes of cells and organs. In this study however, we used DNA isolated from 21 human psoas muscle tissue samples obtained from ATK subjected to postmortem intervals ranging from 2 to 27 hours by using Quick-DNA ™ Miniprep Plus Kit (Catalog No. D4068 & D4069). In determining the amount of global DNA methylation, the DNA samples obtained were first modified with 5-mC DNA ELISA Kit (Katalog No. D5325 & D5326) according to the manufacturer's recommendations. Our results indicated that global DNA methylation are stable in the first 27 hours in postmortem human psoas muscle tissue samples. According to the results, there was no significant correlation between global DNA methylation effect and PMI in the first 27 hours time-dependent postmortem. For this reason therefore, there is need for further comprehensive research on global DNA methylation in post mortem human muscle tissues in determining time of death. 86

Anadolu Üniversitesi ve Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi tarafından ortak yürütülen program. DNA metil transferaz inhibitörü (DNMTi) olan nükleotid analogları apoptoz ile ilişkili genlerin ve metilasyon ile susturulan tümör baskılayıcı genlerin ekspresyonunu yeniden düzenleyebilir. Böylece, tümör hücrelerinde apoptoz oluşumu tetiklenebilir. DNA metil transferaz inhibitörü olan (sitidin analogu) zebularin bu ajanlardan birisidir. Bu çalışmada zebularinin SKBR-3 meme kanseri hücre hattında sitotoksisite ve apoptoz mekanizması üzerine olan etkilerini analiz etmeyi amaçladık ve bu çalışma literatürde bu konudaki ilk çalışma olduğundan önemlidir. Çalışmada kullanılan SKBR-3 hücreleri %10 FBS ve %1 penisilin/streptomisin içeren DMEM besiyerinde uygun kültür ortamında büyütülmüştür. Zebularinin hücre canlılığı, hücre büyümesi, hücre transformasyonu ve hücre göçü üzerine etkilerinin araştırılması için, sırasıyla MTT deneyi, sağkalım deneyi, soft-agar koloni oluşum deneyi ve yara iyileşmesi deneyi gerçekleştirilmiştir. Aynı zamanda, apoptotik mekanizmadaki etkilerini anlamak için, bisülfit modifikasyonu sonrasında metilasyon spesifik HRM (MS-HRM) ile kaspaz-3, kaspaz-8 ve kaspaz-9’un metilasyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen bulgular neticesinde zebularinin hücre canlılığını, hücre büyümesini (p

On yılı aşkın süredir gerçekleştirilen bilimsel çalışmalar, çevresel kirleticilerin genom ve/veya epigenom düzeyinde değişmelere neden olduğunu göstermiştir. Artan veriler çevresel kirleticilerin epigenetik modifikasyonları değiştirebildiğini göstermiştir. Epigenom düzeyinde meydana gelen değişmelerin başta kanser olmak üzere birçok hastalığın etiyolojisinde tek başına ve/veya başka mekanizmalarla birlikte rol oynayabileceği bilinmektedir. Bu bağlamda, çevresel kirleticilerin epigenetik mekanizmaları değiştirerek/etkileyerek bazı hastalık süreçlerini değiştirebileceği düşünülmektedir. Tez çalışmasında, Uluslararası Kanser Araştırmaları Ajansı (IARC - The International Agency for Research on Cancer) tarafından insanda karsinojen potansiyeli yüksek olarak ilan edilen 2 adet pestisit in vitro koşullarda epigenetik modifikasyonlardan total DNA 5 metilsitozin (5mC) miktarını değiştirip değiştirmediği araştırılmıştır. Bu amaçla, Glyphosate ve Tetrachlorvinphos pestisitlerinin çeşitli konsantrasyonları ile A549 hücreleri in vitro koşullarda muamele edilmiştir. 12 ve 24 saat muamelelerin sonunda izole edilen DNA örnekleri ELISA yöntemine dayalı kit yardımıyla total 5mC miktarı belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre Glyphosate ile 12 ve 24 saat muamele sonucunda total 5mC miktarı artmıştır. 24 saatlik muamelede, total 5mC miktarı istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Araştırılan konsantrasyonlar, sitotoksik olmayan dozlardır. Diğer taraftan, Tetrachlorvinphos ile muameleden sonra ölçülen total 5mC miktarı negatif kontrole göre artmıştır. Bu artışlar konsantrasyon artışı ile birlikte olup, en yüksek konsantrasyonların neden olduğu 5mC miktarının istatistiksel olarak anlamlı olmadığı görülmüştür. Bu çalışma ile karsinojenik olduğu bildirilen iki pestisitin, DNA metilasyon miktarlarını değiştirdiği belirlenmiştir. Total 5mC miktarı, bu iki pestisit için birer maruziyet biyomarkırı olabileceği gibi karsinojenite için de bir etki mekanizması olabileceği önerilmektedir. Scientific studies performed over a decade showed that environmental pollutants cause changes at the genome and / or epigenome level. Increased data have shown that environmental pollutants can alter epigenetic modifications. It is known that alteration occurring at the epigenome level can play a role in the etiology of many diseases, especially cancer, alone and / or with other mechanisms. In this context, it is thought that environmental pollutants can change some disease processes by changing / affecting the epigenetic mechanisms. In the thesis study, it was investigated whether the amount of total DNA 5 methylcytosine-5mC was changed as epigenetic modifications in response to two pesticides in vitro conditions, which were declared high human carcinogenic potential by the International Agency for Research on Cancer (IARC). For this purpose, A549 cells were treated with various concentrations of Glyphosate and Tetrachlorvinphos pesticides in vitro. At the end of 12 and 24 hour treatments, total 5mC amount of DNA samples were determined by using kit based ELISA method. According to the results obtained, total amount of 5mC was increased as a result of treatment with Glyphosate for 12 and 24 hours. Treatment for 24 hours, total amount of 5mC was found statistically significant. The concentrations investigated are non-cytotoxic doses. On the other hand, the total amount of 5mC measured after treatment with Tetrachlorvinphos was increased relative to the negative control. These increases were accompanied by concentration increases, and the amount of 5mC caused by the highest concentrations was not found to be statistically significant. In this study, two pesticides reported to be carcinogenic changed DNA methylation quantities. The total amount of 5mC is suggested to be an action mechanism for carcinogenicity as well as exposure biomarkers for these two pesticides. 97

Plasenta Gelişiminde Rol Alan Genlerin Promoter DNA Metilasyon ProfilleriGebelik komplikasyonlarından korunma yolları ve erken tedavimodalitelerinin geliştirilememesinin nedeni etiyopatofizyolojilerinin tamaydınlatılamamış olması ve yüksek riskli gebeleri saptayabilecek etkili bir taramametodunun olmayışıdır. Global kantitatif değerlendirmeyi sağlayabilecekbiyomarkerların bulunması ile patolojinin sınırları ve hastanın tedavi yanıtıöngörülebilir ve düzenlenebilir.AMAÇ: Oksijen ve besin transportu, plasentanın morfolojik karakteri,salgılanan faktörler ve epigenetik etkilere göre düzenlenmektedir. Epigenetikmekanizmalardan son dönemde önem kazanan DNA metilasyonunun değiştirilebilirolduğu gösterilmiştir ve günümüzde tanı ve tedavide kullanılmaktadır. Bizim buçalışmadaki amacımız plasentasyonda rol alan genlerden VEGF, PIGF ve sFLT-1'inIUGR, Preeklampsi ve GDM gibi yaygın obstetrik komplikasyonlarda plasental DNAmetilasyon değişikliklerini değerlendirmektir.Çalışmamızın hedefi, sık karşılaşılan komplikasyonların ortak patogenezi olanplasental anjiogenezde rol alan genlerdeki metilasyon profillerinin marker adayıolarak değerlendirilmesi, erken taramalar yapılabilmesi ve geri dönüşümlü olduğubilinen bu epigenetik durumların tedavi yönetiminde kullanılabilmesine katkısağlamaktır.YÖNTEM VE HASTALAR: Ocak 2016 - Şubat 2017 tarihleri arasındaIsparta Süleyman Demirel Üniversitesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Bölümündenrutin takipli 35-40 gebelik haftasında sezaryen ile doğumu gerçeklesen ve çalışmakriterlerine uygun 15 PE, 15 GDM, 15 IUGR tanısı almış 15'i de tamamen sağlıklıgebeden plasental örnekler alındı. Gebelerin antropometrik ölçümleri ve demografikverileri kayıt edildi. VEGF, sFLT-1, PIGF genlerinin DNA metilasyon düzeyleri 'YeniNesil Sekanslama' işlemi ile belirlendi. Veriler SPSS 23 programı aracılığıyla analizedilmiştir. Verilerin dağılım özelliklerinden dolay ortalamalar için ANOVA veTUKEY çoklu karşılaştırma testlerinden faydalanılmış; veriler arasındaki ilişkileriortaya çıkarmak için Spearman korelasyon analizi kullanılmıştır.BULGULAR: Gönüllüler, demografik verileri benzer aralıkta olacak şekildeseçilmiştir. Demografik verilerle metilasyon profilleri arasında anlamlı ilişkibulunmamıştır.VEGF, sFLT-1, PIGF genlerine ait tüm noktaların metilasyon değerlerininortalamasının gelişen komplikasyon çeşidine göre farklılaşmasını irdeleyen ANOVAanalizinde anlamlı fark bulunamamıştır. Ardından her bir genin bölgesel analizlerideğerlendirilmiştir.sFLT 1 genine ait 265., 430. pozisyondaki primer noktası metilasyondeğerlerinde; VEGF genine ait 668., 776., 784., 845., 863 pozisyondaki primernoktası metilasyon değerlerinde; PIGF genine ait 1600., 1620. pozisyondaki primernoktası metilasyon değerlerinde anlamlı fark görülmüştür.80SONUÇ: Çalışmamızın bulguları VEGF, sFLT-1, PIGF genlerinin bazınoktalarındaki DNA metilasyon değişimlerinin yaygın obstetrik komplikasyonlarınpatogenezinde, klinik oluşumunda ve şiddetinde önemli rol oynayabileceğinigöstermiştir. Ancak prediktif değere ulaşabilmesi için öncelikle daha geniş hastagrupları ile standardize edilmiş tüm genom çalışmaları niceleyici uygulamalarlayapılarak ilgili gen bölgelerinin netleştirilmesi gerekmektedir. Bunun için Yeni nesilDNA sekanslama işlemi gibi net metotların kulla niminin artacağını düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: DNA Metilasyonu, VEGF, PlGF, FLT1, Preeklampsi, Gestasyonel Diyabetes, İntrauterin Gelişme Geriliği, Plasenta Promoter DNA Methylation Profiles of Genes Effective in Placental DevelopmentalProcess The cause of absence preventive processes from complications of pregnancyand early treatment modalities is unsettled ethiopathophysiologies of thesecomplications and diagnostic interventions can define higher risky pregnancies. If thebiomarkers that evaluates the global genom countitatively are defined, confines of thepathology and patient response to treatment can be predicted and arranged.PURPOSE: Oxygen and nutrients transport are regulated due to plasentalmorphology, secreted factors and effects of epigenetics. DNA methylation which is anepigenetic mechanism gains importance recently, is modifiable and utiziable fordiagnosis and treatment. The aim of this study is evaluation of DNA methylationchanges according to great obstetric complications like PE, IUGR, GDM of VEGF,sFLT-1, PIGF genes have roles on placentation.The goal of our study is evaluation of methylation profiles of genes have roleon common pathogenesis of great obstetric syndromes due to placental angiogenesis,the possiblty of early screening and utilty for management via reversibilty of DNAmethylation.MATERIAL and METHOD: All placental samples had taken from totaly 60pregnants who routinely followed at Suleyman Demirel University Gynecology andObstetrics Department, compatible with study criteria and diagnosed as PE, GDM,IUGR and 15 healthy pregnants after birth at 35- 40 gestational week. Antropometricmeasurements and demographic informations of pregnants are noted. DNAMethylation levels of VEGF, sFLT-1 and PIGF genes are analysed by 'NewGeneration DNA Sequencing' method. Data collections analysed via SPSS 23programme. Because of data distrubution ANOVA and TUKEY comparised tests areused for means; PEARSON correlation analysis is used to reveal relationbetweendatas.RESULT: Pregnants are choiced according to similar demographiccharacteristics. The methylation levels were not changed significantly due todemographic characteristics. The ANOVA analyses that examine differences in meanmethylation levels of all points of VEGF, sFLT-1, PIGF genes due to types ofcomplication, seen no statistically significant difference. Then regional analyses ofeach genes was evaluated. There was statistically significant difference is establishedin levels of methylation at the position 265. and 430. primer points of sFLT-1 gene; atthe position 668., 776., 784., 845. and 863. primer points of VEGF gene and at theposition 1600. and 1620. primer points of PIGF gene.CONCLUSION: The findings of our study indicate changes of DNAmethylation in some regions of VEGF, sFLT-1, PIGF genes may have role onpathogenesis, clinical symptoms and severity. But clarifying of related regions ofgenes via whole genom studies with a large population and standardized cantitative 82processes is necessary to reach predictive values. We think that sharper methods likenew generation DNA sequencing utility may incrase. 106

AMAÇ: DNA metilasyonu, yeni gelişmelerle birlikte araştırmacılara merak uyandıran entemel epigenetik mekanizmalardan biridir. Teknolojinin gelişmesiyle hızlı ilerlemelerkaydeden analiz yöntemleri sayesinde metilasyonun farklı rollerinin ortaya çıkması, özelliklehastalıklar üzerindeki etkilerinin keşfedilmesini kolaylaştırmıştır. DNA'nın kimyasaldeğişimiyle genlerde ifadesel farklılıklar sağlayan bu mekanizmada meydana gelebilecek birhata ya dadüzensizlik, birçok hastalığın temelinde yatan sorunları oluşturabilir. Bu çalışmadaamacımız, yenidoğanlarda ağır metallerin Global DNA Metilasyonu (GDM) paternindeyarattığı değişikliklerin araştırılmasıdır.GEREÇ VE YÖNTEM: Bu çalışma 80 yenidoğanın kordon kanında Alüminyum, Civa, Bakırve Kurşun ağır metal düzeyleri ve DNA metilasyon dağılımları değerlendirilerek yapıldı.Gruba dahil edilme kriterleri sigara içmeyen, demir takviyesi alan sağlıklı term gebelerdi.Alüminyum ve Civa, indüktif olarak eşleştirilmiş plazma ve Kütle spektrometresi (ICP MS)yöntemiyle, Bakır ve Kurşun Atomic absorption spectrometry (AAS) yöntemiyle çalışıldı.DNA Metilasyon düzeyleri; ThermoPureLink Genomic DNA Mini Kit/250 preps, EpigentecMethylFlash Methylated DNA 5-MC Quantification Kit Colorimetric/96 assays, EpigentecMethylFlash Global DNA Hydroxymethylation(5-hmc) ELİSA Easy Kit kullanılarak ölçüldü.Ağır metal düzeyleri ile DNA metilasyon dağılımları karşılaştırıldı.BULGULAR: Alüminyum ölçümleri 1,16 µg/L ile 13,98 µg/L arasında değişmekte olup,ortalama 5,45±3,50 µg/L saptanmıştır. Bakır ölçümleri 14,53 µg/dl ile 70 µg/dl arasındadeğişmekte olup, ortalama 33,41±13,11 µg/dl saptanmıştır. Kurşun ölçümleri 0,32 µg/dl ile3,49 µg/dl arasında değişmekte olup, ortalama 1,35±0,50 µg/dl saptanmıştır. Civa ölçümleri0,10 µg/L ile 1,65 µg/L arasında değişmekte olup, ortalama 0,50±0,32 µg/L saptanmıştır.Çalışmamızda baktığımız ağır metal düzeyleri kabul edilebilir referans aralığında 6bulunmuştur. (Referans aralığı ; Alüminyum:1-14 µg/L , Bakır:20-70 µg/dl, Kurşun:0-10µg/dl , Civa:0-10 µg/L olarak alınmıştır.)DNA metilasyonu düzeylerine göre hastalar üç gruba ayrıldığında; Alüminyum ve Bakırdüzeyleri ile DNA metilasyonu düzeyleri arasında herhangi bir ilişki gösterilemedi.(p>0.05).(DNA metilasyonu 0,04 ile 0,89 arasında değişmekte olup, ortalama 0,18±0,15 saptanmıştır.DNA metilasyon düzeylerine göre ayırdığımız grupların; % 25.3'ünün DNA metilasyonu0,10'dan küçük, %44,0'ünün 0,11-0,20 ve %30,7'sinin 0,21'den büyüktür.)DNA metilasyonu ile kurşun ölçümleri arasında anlamlı farklılık saptanmıştır. (p=0.041;p0.05). (DNA methylation was between 0,04 and 0,89, averaging 0,18±0,15. 25.3%or patients DNA methylation was lower than 0,10, 44.0% was between 0,11 and 0,20 and30.7% was higher than 0,21)A significant difference was detected between DNA methylation and Copper levels (p=0.041;p

Larenks kanserleri, baş-boyun kanserleri arasında en yaygın olarak görülen ikinci kanser tipidir. Larenks kanserlerinin etiyolojisinde sigara, alkol gibi fiziksel ve kimyasal karsinojenlerin zararlı etkisine maruz kalmak gibi çevresel etkenler gözlenmekte, bunlar aynı zamanda hücresel immuniteyi de baskılamaktadır. Günümüzde larenks kanserinde erken tanı, prognoz, nüks riski olan hastaları ayırt etmeye yönelik güvenilir biyobelirteçler bulunmamaktadır.Çalışmamızda 50 larenks kanserli hastanın tümör, eşlenik normal doku ve vücut sıvıları (tükürük, serum) ile 20 sağlıklı bireye ait normal doku ve vücut sıvıları (tükürük, serum) kullanılarak TNFA geninde metilasyona bağlı ekspresyon durumu ile promoter bölgesinde bulunan c.-238G>A, c.-308G>A, c.-806C>T, c.-857C>T, c.-863C>A ve c.-1031T>C polimorfizmleri incelenmiştir. Hastaların %84'ünde TNFA geninin promoter bölgesinde metilasyon gözlenirken, %56'sında TNFA gen ekspresyonunda azalma görülmüştür. Metilasyon görülen hastaların %42'sinde metilasyona bağlı ekspresyon durumunda azalma gözlenmiştir. Metilasyon varlığı ile hastaların klinikopatolojik verileri karşılaştırıldığında ileri evre hastalarda (evreIII-IV), erken evre hastalara (evreI-II) göre metilasyon varlığı görülmüştür. TNFA gen polimorfizmleri ile hasta ve sağlıklı gruptaki genotip ve allel frekansları değerlendirildiğinde c.-308G>A ve c.-1031T>C polimorfizmlerinin hastalık riski açısından istatistiksel olarak anlamlı olduğu bulunmuştur. Hasta ve kontrol grupları arasında polimorfik değişikliklerin haplotip frekansları incelendiğinde ise, c.-238G>A/c.-308G>A, c.-238G>A/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-863C>A, c.-308G>A/ c.-1031T>C, c.-857C>T/c.-863C>A, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-857C>T, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-863C>A, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-857C>T/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-863C>A/c.-1031T>C haplotip kombinasyonlarının anlamlı derecede hastalık riski ile ilişkili oldukları gözlenmiştir. TNFA geninde gözlenen metilasyona bağlı olarak ekspresyon yokluğunun ve polimorfik farklılıkların larenks karsinogenezi ile ilişkili olduğu düşünülmektedir. Çalışmamıza daha geniş hasta grubunda devam ederek istatistiksel anlamlılığı arttırmayı hedeflemekteyiz. Larynx cancer is the most common cancer type in the head and neck cancer. In the etiologic factors of larynx cancer, exposure to the harmful effects of physical and chemical carcinogens, such as tobacco usage, alcohol consumption. There is no reliable biomarkers in larynx cancer to predict prognosis and early diagnosis.In our study, the polymorphic differences (c.-238G>A, c.-308G>A, c.-806C>T, c.-857C>T, c.-863C>A, c.-1031T>C) in the promoter region with the methylation and expression states of the TNFA gene examined in patients with larynx cancer and healthy individuals.The promoter region of the TNFA gene was methylated in 84% of patients compared to those in matched normal tissue and in the expression status of TNFA gene was not observed 56% of the patients. in the expression status was observed in 42% reduction depending on the methylation. When we analyzed the association of the clinical variables with the methylation status, observed higher in advanced stage patients (stageIII-IV), compared to early stage patients (stageI-II). When we compared allele and genotyp frequencies, -308 G> A and c.-1031T>C significantly associated with reduced risk of cancer.We used the SNPalyze test for case–control haplotype analysis and found highly significant association was observed for the c.-238G>A/c.-308G>A, c.-238G>A/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-863C>A, c.-308G>A/ c.-1031T>C, c.-857C>T/c.-863C>A, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-857C>T, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-863C>A, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-857C>T/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-863C>A/c.-1031T>C haplotypes.The lack of expression due to methylation observed in the TNFA gene and polymorphic differences are thought to be related to LC. We aim to increase statistical significance in progress to include a larger cohort of patients. 95

Folate is a vital B vitamin which is easily water-soluble. It is a natural source which is found in the herbal and animal foods. Folate has important duties in the human metabolism, one of them is the adjustment of the level of plasma homocysteine. Reduction in MTHFR (methylenetetrahydrofolate reductase),which is in charge of the metabolism of homocysteine activity affects the level of homocysteine. Therefore MTHFR is an important enzyme in folate metabolism. Some of the mutations occurring in the MTHFR gene is a risk factor for various diseases and may be caused the hyperhomocysteinemia or the homocystinuria, and they also may lead to metabolic problems. MTHFR is effective in the important pathways such as DNA synthesis, methylation reactions and synthesis of RNA. C677T and A1298C are the most commonly occurring polymorphisms in the gene of MTHFR. The frequency of these polymorphisms show differences in the populations. MTHFR, folate distribution, metabolism of homocysteine and S-adenosylmethionine, by the MTHFR methylation the genetic defects have the potential of affecting the risk of disease in the negative or positive way.

5 alfa redüktaz 2 enzim eksikliği erkek genotipli (46,XY) bireylerde, cinsel gelişim bozukluğuna neden olan, otozomal resesif kalıtılan bir hastalıktır. Testosteron üretimi normal olan hastalarda 5 alfa redüktaz tip 2 enzim yokluğunda testosteronun dihidrotestosterona dönüşümü yetersiz kalmakta ve dihidrotestosteron seviyesindeki düşüklüğe bağlı olarak embriyolojik gelişim sırasında yetersiz virilizasyon oluşmaktadır. Erkek genotipine sahip bu hastalarda dişi dış genitalya, ambigus genitalya, mikropenis ve hipospadias gibi klinik semptomlar ortaya çıkmaktadır. 5 alfa redüktaz 2 enzim eksikliği düşünülen hastalarda altın standart tanı yöntemi genital cilt fibroblast kültürü enzim analizidir. Ancak pratikte kesin tanı SRD5A2 geni mutasyon analizi ile tanı konulmaktadır. Biz de bu çalışmada 5 alfa redüktaz 2 enzim eksikliği ön tanısıyla izlenen ve dizi analizi ile mutasyon tespit edilemeyen dolayısıyla genetik tanı konulamayan hastalarda, metilasyon değişikliklerini incelemeyi ve bu hastalara metilasyon analizi ile tanı koymayı amaçladık.Çalışma grupları 12 hasta ve 12 kontrol olgusudan oluşturuldu. Hem hasta, hem de kontrol grubunun periferik venöz kanlarından elde ettiğimiz DNA materyaline bisülfit modifikasyonu uygulayıp, pirosekans yöntemi ile SRD5A2 geninin promotor bölgesinde yer alan 6 CpG adacığının metilasyon değişimlerini belirledik. 12 hastanın 5`inde metilasyon oranları kontrol grubu ortalamasından yüksek bulundu. Ancak istatistiksel analizlerde kontrol grubu ile hasta grubu arasında anlamlı bir fark bulunamadı. Ayrıca bölgeye özgü CpG adacıklarının metilasyon değerleri tek tek incelendiğinde; 8 hastanın metilasyon oranları, 2.,3.,4. CpG adacığında, kontrol grubunun ortalamasından anlamlı derecede yüksek olduğu saptandı.Daha gelişmiş tekniklerle benzer çalışmaların yapılması, 5 alfa redüktaz 2 enzim eksikliğini düşündüren klinik bulgularla başvuran hastalarda etiyolojik tanı oranlarını artıracak ve metilasyon değişikliklerinin rutin tanı yöntemi olarak kullanılmasını sağlayacaktır. 5-alpha-reductase 2 deficiency, a 46,XY disorder of sexual development is inherited autosomal recessive manner. Although cases have normal testosterone levels, virilization was impaired during embryogenesis due to the defective conversion of testosterone to dihydrotestosterone. Clinical manifestations of the disease are female external genitalya, ambigus genitalya, mikropenis, hypospadias on 46,XY individuals. 5-alpha-reductase 2 deficiency disease gold standard diagnostic tool is genital skin fibroblast culture enzyme analysis. In practice definitive diagnosis is made by SRD5A2 mutation analysis. In this research we aim to determine methylation changing on SRD5A2 promotor region with 5-alpha-reductase 2 deficiency patients without SRD5A2 mutation and confirm the diagnosis.Experimental group is composed 12 patients and 12 controls. We perform bisülfit modification to DNA that extract from blood, then SRD5A2 gene promotor region is sequenced by pyrosequencing technic. We determined methylation changing on 6 CpG islands. We detected 5 patient have high methylation rate compared with control group. But statistical analysis didn't show significant difference between control group and patient group. Also 8 patients have significant high methylation rate on 2., 3., 4., CpG islands by islands evaluated separately. If the similar researches are done by more advanced technics, 5-alpha-reductase 2-deficiency patient diagnose rate can be raise. Also methylation changing can be use for practical diagnostic tool on these patients. 78

Epigenetik, DNA dizisinde bir değişiklik yapılmaksızın DNA ve histon yapısının değiştirilmesiyle gen ifadesinde elde edilen modifikasyonlardan oluşur. Epigenetik işlemler arasında DNA metilasyonu, çevrim sonrası histon değişimleri ve kromatin şekillenmesi gibi uygulamalar vardır. CpG dinükleotidleri içindeki sitozin artıklarının metilasyon yapıları gen ifadesine ilişkin önemli epigenetik bilgiler sunar. Metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR) folat metabolizmasında, DNA sentezinde ve remetilasyon tepkimelerinde temel düzenleyici olarak görev yapan bir enzimdir. MTHFR, 5,10-metiltetrahidrofolat'ın 5-metiltetrahidrofolat'a indirgendiği tepkimeyi katalize eder. Bu çalışmada nedeni açıklanamayan erkek infertilitesi ile MTHFR geni metilasyon düzeyi arasındaki ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. Hasta ve kontrol grubunun demografik verileri; sayı (n), %, χ2, mean, min, max değerler ve ortalama verilerek açıklanırken, MTHFR geni üzerinde çalışılan bölgeye özgü metilasyon düzeylerinin anlamlı düzeyde farklılaşıp farklılaşmadığını belirlemek amacıyla Mann-Whitney U kullanılmıştır (n, mean, std deviation, U Değeri, z ve p). Hasta grubu (azoospermik+oligozoospermik) yaş ortalaması 30.00±6.3, kontrol grubu yaş ortalaması 33.00±5 olarak belirlenirken, Azoospermik hasta grubunun yaş ortalaması 31.54±5.6, oligozoospermik hasta grubunun yaş ortalaması ise 31.39±7.0 olarak saptanmıştır. Çalışmaya dahil edilen hasta ve kontrol grubunda kullanılan kitin içeriğine uygun olarak MTHFR geni promotor bölgesinde bisülfit uygulamasından sonra sekans dizisinde de [GGTTATTGAGTTATYGATGGGGGYGAGGATAYGGGT] belirtildiği üzere üç CpG adacığının metilasyon düzeyleri de değerlendirilmiştir. MTHFR geni promotor bölgesine özgü 1. CpG Adacığı, 2. CpG Adacığı, 3. CpG Adacığı ve 3 CpG adacığının metilasyon düzeyleri toplamı değerlendirildi. Hasta Grubu (Azoospermik+Oligozoospermik) ile kontrol grubu arasında ve azoospermik hasta grubu ile kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptandı (p 0.05). Anahtar Kelimeler: Azoospermi, oligozoospermi, MTHFR, erkek infertilitesi Epigenetics is characterized with modificiations in gene expressions through changes in DNA and histone structure without changing DNA lineage. Epigenetic procedures include DNA methylation, posttranslational modification, and chromatine formation. Methylation patterns of cytosine residues in CpG dinucleotides provide substantial data about gene expression. methy-lenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) is a basic regulatory enzyme in DNA synthesis, remetyhlation reactions, and folate metabolism. MTHFR catalyzes the reaction which reduces 5,10-methyltetrahydrofolate to 5- methyltetrahydrofolate. This study was conducted to investigate the correlation between unexplained male infertility and MTHFR gene methylation levels. The demographic data of the patients and the control group were analyzed with number (n), %, χ2, mean, min, max values and median values. Mann-Whitney U test was used to determine whether or not MTHFR gene methylation levels significantly differ (n, mean, std deviation, U values, z and p). The average age of the patient group (azoospermic+oligozoospermic) was 30.00±6.3 while that of the control group was noted to be 33.00±5. The average age was found to be 31.54±5.6 for the former and 31.39±7.0 for the latter. Methylation levels of CpG islands were also evaluated following bisulfite sequencing [GGTTATTGAGTTATYGATGGGGGYGAGGATAYGGGT] in MTHFR gene promotor region in the patient group and the control group zone. The results indicated that there was a statistically significant difference between the MTHFR gene promotor region methylation levels of 1. CgG Island, 2. CgG Island, 3. CgG Island and the total meythlation levels of three groups in the patient group (Azoospermic+Oligozoospermikc) and the control group (Azoospermic) (p 0.05).Keywords: Azoospermia, oligozoospermia, MTHFR, male infertility 81

Sentetik monomer olarak endüstride polikarbonat plastik ve epoksi reçinesinin üretiminde kullanılan bisfenol A (BPA), endokrin bozucu özelliğinden dolayı özellikle insan sağlığında yüksek risk oluşturmaktadır. Normal koşullarda BPA'nın plastik taşıyıcılardan gıda, içecek ve çevreye salınımı söz konusu olmakta ve bu durum da insanların bu kimyasala maruziyetine yol açmaktadır. Son zamanlarda endokrin etkiler gösteren çevresel kimyasalların gen ifadesindeki değişiklikler üzerindeki rolünün epigenetik mekanizmalar ile ilişkili olabileceği alternatif bir yol olarak ortaya çıkmaktadır. Bu nedenle, epigenetik mekanizmalardan DNA metilasyonunun endokrin bozucu kimyasalların toksisitelerinde önemli bir rol oynayabileceği düşünülmektedir. Tez çalışmasının amacı; sıçan böbrek hücrelerinde (NRK-52E) BPA'nın doza bağlı olarak gelişen toksisitesinde global DNA hipometilasyonu ve bazı genlerin CpG adası promotor hipermetilasyonu ve ekspresyonlarının rolünün araştırılmasıdır. BPA'nın NRK-52E hücreleri üzerine sitotoksik etkisi MTT ve NRU testleriyle araştırılmış olup, 24 saatlik maruziyette IC50 değeri sırasıyla 105 µM ve 88 µM olarak bulunmuştur. DNA metilasyonu analizinde NRK-52E hücreleri doza bağlı toksisiteyi incelemek için 1 nM, 10 nM, 100 nM, 1 µM ve 10 µM konsantrasyonlarda 24 saat ve süreye bağımlı toksisiteyi incelemek için ise 100 nM konsantrasyonda 24, 48, 72, 96 saat ve 6 gün süre ile BPA'ya maruz bırakıldı. Global 5-metilsitozin (5-mC) düzeyi Eliza kitler kullanılarak ölçüldü ve 100 nM konsantrasyonunda 24, 48, 72 ve 96 saat BPA ile maruziyetlerinde azalma gözlendi. BPA ile maruz bırakılmış NRK-52E hücrelerinde bisülfit dönüşümünü takiben metilasyona özgü polimeraz zincir reaksiyonu sonucunda Rassf-1 ve c-myc genlerinin promotör bölgelerinde metilasyonda ve ekspresyonlarında değişiklikler gözlendi. Sonuç olarak, BPA toksisitesinde bir epigenetik mekanizma olarak global ve gene-özgü DNA metilasyonunun rolü olabileceği ortaya çıkmaktadır. Bisphenol A (BPA), as synthetic monomer used in industry in the production of polycarbonate plastic and epoxy resins, has endocrine disruptor properties and high risk on human health. Under normal circumstances, the release of BPA from plastic carrier being concerned and especially new born babies in intensive care units are exposed to high amounts of BPA. It is shown to have estrogenic properties for BPA that transferred to the baby through breast milk, and also during pregnancy the fetus has high risk by trans-placental route. However, more recently, epigenetic-induced alteration in gene expression has emerged as an alternative way in which environmental compounds may exert endocrine effects. Therefore, epigenetic events such as DNA methylation may play an important role in the toxicity of endocrine disrupting chemicals. The aim of this study is to investigate the effects of BPA in global DNA methylation, CpG promoter DNA methylation and gene expressions in rat kidney epithelial cells (NRK-52E). IC50 value of BPA was determined as 105 mM and 88 mM in NRK-52E cells by MTT and NRU test, respectively. For DNA methylation analysis, NRK-52E cells were treated with BPA to investigate dose-dependent toxicity at 1 nM, 10 nM, 100 nM, 1 µM and 10 µM concentrations for 24 hours, and to investigate time-dependent toxicity at 100 nM concentration for 24, 48, 72, 96 hours and 6 days. It was observed that decrease in global DNA methylation at the concentration of 100 nM BPA after 24, 48, 72 and 96 hours by using 5-methylcytosine Elisa kit. It has been observed alterations on CpG island promoter methylation by methylation specific polymerase chain reaction following bisulfite conversion and expression profile of Rassf-1 and c-myc genes after BPA exposure in NRK-52E cells. In conclusion, it has been suggested that global and gene-specific DNA methylation have a role on BPA's toxicity as epigenetic mechanism. 101

Amaç: Bu çalışmamızda astımlı hastalarda e cadherin genindeki promoter bölgesinde metilasyon oranının, sağlıklı kontrol grubundaki hastalarla karşılaştırılması ve epigenetik faktörlerin astıma etkisinin olup olmadığının değerlendirilmesini amaçladık.Gereç ve Yöntem: Celal Bayar Üniversitesi Çocuk Acil servisi veya çocuk solunum allerji polikliniğine başvuran ve daha önce 3 aydan uzun inhale ya da sistemik steroid kullanım öyküsü bulunmayan 5-15 yaş grubu arasındaki astımlı hastalar çalışmaya dahil edilmiştir. 20 atopik astım, 22 non-atopik astım ve 20 kontrol olmak üzere toplam 62 olgu alınmıştır. Hastaların yaş, cinsiyet bilgileri, baba mesleği ile rutin tetkiklerinden, total IgE düzeyleri ve eozinofili durumu kaydedilmiştir. Hastanın rutin tetkikleri sırasında alınan kandan ayrılan 2 cc periferik kandan standart protokol ile DNA izole edilmiştir. ECAD geninin promoter bölge metilasyonunun değerlendirilmesi amacıyla bu DNA örneklerinde metilasyon spesifik PCR (MSP) yapılmıştır. Veriler SPSS-18 istatistik paket programı kullanılarak yorumlanmıştır.Bulgular: Çalışmada değerlendirilen 20 atopik astım, 22 nonatopic astım, 20 kontrol grubu toplam 62 olgu'nun e-cadherin promoter bölge metilasyonuna bakıldı. Çalışmaya dahil edilen bireylerin gruplara göre metilasyon durumları değerlendirildiğinde farklı gruplarda yer alan bireylerin metilasyon durumları arasında istatiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır (p= 0,734). Farklı çalışma grupları içerisinde yer alan bireylerin metilasyon durumları benzerdir. Sonuç: Yapılan tüm çalışmalar gösteriyor ki epigenetik modifikasyonlar ve E-cadherin astım etyopatogenezinde önemli bir yer tutmaktadır. Bizde bu amaçla epigenetik faktörlerin E-cadherin üzerindeki etkisini araştırmak için astımlı hastalar ve kontrol grubundaki olgularda E-cadherin promoter bölgesindeki metilasyon oranlarına baktık . 62 hastalık çalışma grubunda çalışmaya dahil edilen bireylerin metilasyon durumlarına göre dahil oldukları gruplar değerlendirildiğinde metilasyon durumu farklı olan bireylerin dahil oldukları gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Aim: Our purpose in this study, ın patients with asthma, which is the promoter of the epithelial barrier of E-cadherin protein molecule to evaluate the methylation r, to understand their role in asthma pathogenesis of epithelial barrier and the consequent epithelial protein is to contribute to the development of current treatment modalities in the treatment of asthma.Material methods: Asthmatic patients between 5-15 years of age will be included in the study and this paitent more than 3 months ago with no history of inhaled or systemic corticosteroids. Patients admitted to Celal Bayar University Hospital Pediatric Emergency Service or Pediatric Clinic will be included in this study. 20 atopic asthma, 20 non-atopic asthma, 10 control group will be a total of 50 cases . Age, gender information, a family history of atopy, routine tests, skin prick tests, pulmonary function tests, total IgE levels will be saved. When Routine blood tests taken during the patient's peripheral blood , 2 cc of peripheral blood to be separated for DNA isolation . The promoter of ECAD gene will be evaluated methylation. İn this DNA sample to be applied methylation specific PCR.Results: 20 atopic asthma, 22 nonatopic asthma, and 20 control groups were evaluated for e-cadherin promoter region methylation in the study. When the methylation status of the subjects included in the study were evaluated according to the groups, no statistically significant difference was found among the individuals in the different groups (p= 0,734). The methylation status of individuals in different study groups is similar.Conclusion: All studies show that epigenetic modifications and E-cadherin have an important role in the etiopathogenesis of asthma.To investigate the effect of epigenetic factors on E-cadherin for this purpose, we looked at the rates of methylation in the E-cadherin promoter region in asthmatic patients and in the control group. There were no statistically significant differences between the groups when the groups included in the study included 62 subjects who were included in the study. 76

HEPATOPANKREATİKOBİLİYER KANSERLİ HASTALARIN SERUMLARINDA TFPI2 GEN METİLASYON PROFİLİNİN ARAŞTIRILMASIGiriş-Amaç: TFPI2'nin çeşitli kanserlerde tümör supresör gen olduğu ve promotor metilasyonu içeren epigenetik değişimler yoluyla sessizleştirildiği bulunmuştur (20). Bu araştırmada hepatopankreatikobiliyer kanser hastalarının serum örneklerinde TFPI2 metilasyon profilini araştırarak girişimsel olmayan tanısal veya prognostik belirteç olarak kullanılabilirliğini tartışılmıştır.Gereç-Yöntem: Çalışmaya katılan 70 hepatopankreatikobiliyer kanserli hastanın ve üst gastrointestinal yakınması olup, hepatobiliyer kanser saptanmayan 28 sağlıklı bireyin serum örnekleri alınarak -80oC'da saklanılmıştır. Hasta grubundaki bireylerin uzak metastazları kaydedilmiş ve sağkalım açısından takip edilmiştir. DNA izolasyonu bisülfit uygulanması yapılmış ve realtime PCR ile metilasyon durumları değerlendirilmiştir. Sonrasında bisülfit sekans analizleri yapılarak metile bölgeler belirlenmiştir.Bulgular: Kontrol grubunda üç hastada DNA izolasyonu sağlanamadığı için istatistiksel analize katılmamıştır. Tanısal açıdan HCC grubunda metilasyon ile anlamlı ilişki saptanırken, kolanjiosellüler ve pankreas kanserlerinde anlamlı ilişki saptanmamıştır. Metastaz ile metilasyon profili arasında anlamlı ilişki saptanamamıştır. Sağkalım açısından ise pankreas kanser grubunda, metilasyon profili ile anlamlı ilişki saptanmıştır ve unmetile hastalarda sağkalım daha uzun olarak saptanmıştır. Fakat HCC ve kolanjiosellüler kanser grubunda anlamlı farklılık saptanmamıştır.Sonuç: Çalışmamızın sonucunda, TFPI2'nin tanısal açıdan HCC için, sağkalım açısından değerlendirildiğinde ise pankreas grubunda anlamlı olabileceği saptanmıştır. Fakat kesin sonuçlar için, daha geniş hasta popülasyonları ile yapılacak çalışmalara ihtiyaç vardır.Anahtar Kelimeler: TFPI2, metilasyon, hepatopankreatikobilier, sağkalım Introduction: Recent studies have shown tumour suppressor function of TFPI2 in various cancers and epigenetic silencing with promoter methylation (20). We aimed to investigate the methylation profile of TFPI2 in patients with hepatopancreaticobiliary cancer and discuss the use of TFPI2 as a non-invasive diagnostic or prognostic marker.Material and Methods: 70 patients with hepatopancreaticobiliary cancer and 28 healthy individuals with upper gastrointestinal complaints and without cancer were included in this study. Serum samples were collected from patient groups and control group and stored in -80°C. Distant metastases of patients were recorded and patients were monitored for survival. DNA was extracted from each serum sample and extracted DNA was treated with bisulfide. Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction was performed to evaluate the methylation status. Bisulfide sequencing analysis was also performed to determine the methylated regions.Results: Three patients were excluded from statistical analysis due to failure in DNA extraction. We found significant correlation between methylation profile and diagnosis in HCC group but not in cholangiocellular and pancreas groups. There was no significant correlation between methylation profile and metastasis. We found significant correlation between methylation profile and survival in pancreas group but not in cholangiocellular and HCC groups.Conclusion: In conclusion, our study demonstrated that serum TFPI2 methylation could be used as a potential marker for non-invasive detection of HCC. It is also demonstrated that survival and TFPI2 methylation can be significantly correlated. Further studies with larger populations are needed.Keywords: TFPI2, methylation, hepatopancreaticobiliary, survival 107

ÖZETAmaçFat mass and obesity-associated protein (FTO) DNA ve RNA'yı oksidatif olarak demetileeden bir enzimdir. FTO'nun katalitik aktivitesinin araştırıldığı birçok çalışma olmasınarağmen FTO'nun varlığı veya yokluğunun hücre proteomuna etkisi henüz çalışılmamıştır.Bu çalışmanın amacı, mutant (R316Q) ve yabanıl FTO proteinlerinin 3T3-L1 hücrelerininsoluble proteomunda yaratacağı olası değişiklikleri araştırmaktır.YöntemYabanıl ve mutant FTO proteinlerini eksprese eden 3T3-L1 hücrelerinden elde edilenprotein lizatları DIGE deneyinde kullanıldı. Farklıcalık gösteren protein spotları jellerdenkesilerek MALDI-TOF/TOF ile tanımlandı.BulgularKarşılaştırılan jellerde 300'den fazla protein spotu belirlenmiş fakat bunlardan sadecesekiz tanesi jeller arasında farklılık göstermiştir. Bu proteinlerden bazıları yapısal proteinlerolup yabanıl tip FTO ekspresyonu sonrası artışları çok düşük seviyededir. Diğer taraftantanımlanan bu proteinlerden bir tanesi olan heteronuclear ribonucleoprotein K (HNRPK)'nınekspresyonu hem mutant hem de yabanıl FTO ekspresyonu sonrası 3 kat artmıştır.Sonuç3T3-L1 hücrelerinde FTO ekspresyonuna bağlı HNRPK seviyesinde artış görülmüştür. Busonuç, HNRPK'nın pre-mRNA işlenmesi, hnRNA'nın nüklear mekaniması, DNA hasarınap53/TP53 cevabı gibi oldukça önemli fizyolojik fonksiyonlara katılan multifonksiyonel birprotein olması açısından değerlidir. ABSTRACTObjectiveFat mass and obesity-associated protein (FTO) is an enzyme that oxidativelydemethylates DNA. Although there are numerous studies regarding its catalytic function, theoverall existance or absence of FTO on cellular proteome has not been investigated. Thepurpose of this study,thus,was to investigate the changes in soluble proteome of 3T3-L1 cellsupon expression of WT and the mutant (R316Q) FTO proteins.Methods3T3-L1 cells expressing either WT or the mutant FTO proteins were used in DIGEexperiments. Spots displaying differences in their abundancies were cut from the gels andidentified by MALDI-TOF/TOF.ResultsMore than 300 protein spots were detected on the gels but there were only eight spotsdisplayed differences in their abundancies. Some of these protein spots arose from structuralproteins and their increase was barely evident after expression of WT-FTO protein. On theother hand, one of those protein spots that belonged to heteronuclear ribonucleoprotein K(HNRPK) displayed a more than 3-fold increase in its abundancy when both WT and themutant proteins were expressed.ConclusionsWe demonstrated an increase in HNRPK levels upon FTO expression. This finding maybe very important since HNRNPK is a multifunctional protein involving several importantphysiological functions including pre-mRNA processing, nuclear metabolism of hnRNAsand p53/TP53 response to DNA damage. 73

Methylation is a chemical reaction in biological systems for normal genome regulation and development. It is a well known type of epigenetic mechanism. Methylation which regulates gene expression via epigenetic events like gene activation, repression, and chromatin remodelling, consists of two methylation systems. One of these systems is DNA methylation whereas the other is protein (histone) methylation. These systems are associated with some fundamental abnormalities and diseases. This review highlights the role of methylation in normal genome function, how it can be arranged and which diseases it cause. Furthermore, the role of methylation in some diseases and its functions in epigenetic mechanism has been reviewed. [Archives Medical Review Journal 2012; 21(4.000): 274-282]