Search

DNA, RNA ve Protein molekülleri gibi yüklü makromoleküllerin bir elektrik alan içerisinde (-) ve (+) yüklü kutuplar arasında bir kutuptan diğerine doğru hareket ettirilerek ayrıştırılması yöntemine elektroforez denir. Klasik elektroforez işleminde güç kaynağı, UV-LED transillüminatör ve jel görüntüleme için kullanılan cihaz ve malzemeler, süreç kontrolü, süreç sonunda jelde oluşan bandların yoğunluk ve baz çifti hesabı gibi işlemler birbirinden ayrı işlemler olarak ve deneyi yapan kişiler tarafından yapılmaktadır. Kişi ve ortamdaki dış etmenler analizlerdeki hassasiyeti düşürebilmekte ve sonuçlar üzerinde hatalara neden olabilmektedir. Bu hataları en aza indirerek analiz hassasiyetini arttırmak için, kullanılan cihazların işlem sırasına göre çalışabilmesi ve hesaplama işlemlerin otomatik olarak bir mikroişlemci ve mikrodenetleyici arabirimleri tarafından yapılabilmesini sağlayan gömülü sistemlerden faydalanılmaktadır. Bu tez çalışması güncel gömülü sistem teknolojileri kullanılarak geliştirilen mini jel elektroforez sistemi ile ilgili yapılan tasarım ve uygulama çalışmalarını içermektedir. Elektroforez işlemi süresi içerisinde güç kaynağı voltaj değerinin ayarlanarak sabitlenmesi, güç kaynağının çalışma süresi, süre sonunda jelin altındaki UV-LED transillüminatör çalıştırılarak jel görüntülerinin kamera yardımıyla, Python programlama dilinde geliştirilen gömülü sistem arayüzü kontrolü ile elektronik ortama alınması ve sonrasında baz çiftlerinin bulunduğu bandların belirlenmesinde uygulanabilir ve verimli sonuçlar elde edildiği görülmüştür. Bunlara ek olarak gömülü sistem tabanlı mini jel elektroforez sistemi (GSTMJES-Mini Gel Electrophoresis System Based Embedded System-MGESBES) ile laboratuvar ortamında uygulanan jel elektroforez işleminin kontrol hassasiyeti ve işlem doğruluğu ile band belirleme ve baz çifti sayılarının ölçümündeki hataların azaltılabildiği gözlenmiştir. Ayrıca bu tez çalışmasında; laboratuvar ortamında yapılacak analizlerin daha hızlı, kesin ve kolaylıkla sonuçlanmasına ve değerlendirilmesine yardımcı olmak için yapılan deneysel çalışmalar belirtilmektedir. Elektroforez işlemi sürecinde kullanıcı arayüzü ile anlık bilgi alma, işlem sonunda jele UV-LED ışığı uygulayıp band görüntüsü elde etme ve süreç sonunda band görüntülerinin otomatik olarak elektronik ortama aktarımı sağlanmaktadır. The method of separating charged macromolecules such as DNA, RNA and Protein molecules in an electric field by moving them from one pole to another between (-) and (+) poles is called as electrophoresis. In the classical electrophoresis process, power supply, UV-LED transilluminator and devices used for gel imaging, process control, density and base pair calculation of bands formed in the gel at the end of the process are carried out by the users. External factors by the userd and the environment can reduce the sensitivity in the analysis and the errors can cause on the results. In order to minimize these errors, embedded systems are used to increase the accuracy of the analysis, allowing the devices used to operate according to the process sequence and the calculation processes can be performed automatically by a microprocessor and microcontroller interfaces. This thesis includes studies on design and applications of mini gel electrophoresis system developed by using current embedded system technologies. Practicable and efficient results has been observed within fixing the power supply voltage value during the electrophoresis process, operating time of power supply, with the help of the camera of the gel images by running the UV-LED transilluminator at the bottom of the gel and at the end of the time, taking images to the digital media with embedded system interface control that developed in Python programming language, and then, in determining the bands with base pairs. In addition, the control accuracy and process accuracy of the gel electrophoresis applied by the embedded system-based mini gel electrophoresis system (GSTMJES-Mini Gel Electrophoresis System Based Embedded System-MGESBES) have been observed to reduce the errors in measuring band and base pairs. MGESBES is a system that can be developed with low power consumption and updateability, which are the obvious functional features of the embedded system. Also in this thesis; Experimental studies have been conducted to assist in faster, more accurate and easier evaluation and evaluation of laboratory analyzes through the designed embedded system control software, microprocessor, user interface, remote access and software development features. In the process of electrophoresis process, it is provided to get instant information with the user interface, by applying UV-LED light to the gel at the end of the process and to obtain band image and to transfer the band images to the digital media at the end of the process. 83

TEZ11976 Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2019. Kaynakça (s. 63-75) var. ix, 76 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Dünya genelinde hızla yayılan antibiyotik direnci ve son zamanlarda bu direnç ile ilişkilendirilen antiseptik ve dezenfektan maddelere karşı gelişen direncin epidemiyolojisi ve moleküler mekanizmalarının bilinmesi özellikle hastane kökenli infeksiyonların önlenmesi için oldukça önemlidir. Bölgemizin Suriye ile sınırı olması ve orada yaşanan iç savaş nedeniyle oluşan göç endojen floranın ve mikroorganizmalara ait direnç profillerinin zaman içerisinde değişmesine neden olmuştur. Çalışmamızda hastanemizdeki çeşitli poliklinik ve servislerden izole edilen stafilokok suşlarının antiseptik ve dezenfektan direnç genleri, spa tiplendirmesi ve Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemiyle klonal ve filogenetik ilişkileri araştırılmıştır. Laboratuvarımıza rutin olarak gönderilen materyallerden izole edilen stafilokoklar bakteriyolojik yöntemlerle ve Vitek 2 otomatize sistemle tanımlandıktan sonra tümünde qacA/B ve qacC genleri taranmış olup, MRSA olduğu belirlenen suşların spa tiplendirmeleri ve PFGE analizleri yapılıp Ridom yazılım programıyla değerlendirilmiştir. İncelenen örneklerin % 41’inde her iki gen grubu pozitif olmak üzere % 76’sının qacA/B geni, % 57’sinin qacC (smr) geni taşıdığı, tespit edilmiştir. PFGE analizi sonucu MRSA izolatlarının 5 büyük küme ve bu kümelere ait 15 alt küme içerisinde yoğunlaştıkları görülmüştür. Epidemiyolojik olarak baskın spa tipinin % 31’lik oranla t223 olduğu ortaya konmuştur. İzolatların genotipik incelemeleri, antibiyotik direnç profilleri ve hastane infeksiyonu olarak tanımlanan olgulardan izole edilme oranları değerlendirilerek t223’ün % 31’lik insidans ile dominant genotip olduğu ve bu gen kümesinin Suriye’li hastalara ait klon olduğu düşünülmüştür. Toplum kökenli olduğu düşünülen spa tiplerinin ise % 10’luk oranlarla t1347 ve t105 oldukları tespit edildi. Kısa dönemli salgın incelemelerinde ve uzun dönemli soy ilişkisi araştırmalarında spa tiplendirme yönteminin ile PFGE’nin birlikte kullanılmasının klonal ilişki tespiti için daha yüksek ayırım gücü vereceği, bu çalışmanın daha uzun süre ve daha fazla örnek kullanılarak toplum ve hastane klonlarının takibinde kullanılmasının faydalı olacağı düşünülmüştür. It is crucial to have knowledge about the epidemiology and molecular mechanisms of esistance against the antiseptics and disinfectants beside the growing antibiotic resistance with regard of preventing in particular hospital acquired infections. Borderline of 2 countries, Turkey and Syria, and intensive migration to our region from Syria are the main causatives of change on the endogenous flora and resistance profiles of microorganisms in time. In this study it was observed the antiseptic and disinfectant resistance genes of staphylococcus which were isolated from different polyclinics and services of our hospital, determined clonal and phylogenetical relationships by spa typing and PFGE. Strains which were isolated from different materials routinely in our laboratory are identified by bacteriologic methods and Vitek 2 automatised system and scaned with respect of qacA/B and qacC genes. Specified MRSA strains had been subjected to spa typing and PFGE and evaluated by Ridom software programme. QacA/B genes were existed % 76 of MRSA isolates while qacC rate was % 57. These 2 genes were co-existed on the strains with a range of % 41. According to PFGE findings there were determined 5 big clusters and 15 sub-clusters. t223 spa type was epidemiologically dominant with a range of % 31. It was estimated that the t223 is the dominant spa type with a range of % 31 with respect to genotypic investigations, antibiotic resistance profiles and due to be in the group of nosocomials and also was thought it is the Syrian clon. t1347 and t105 were evaluated as community originated spa types in ratio of % 10 of each. It is thought to be beneficial using spa typing methods with Pulsed Field Gel Electrophoresis in short-term epidemic studies, in the research of long-term clonal relations and also using this study with more examples and for longer time to monitor community and hospital associated clones. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2017-8513.

Nandrolon, kas gücünü ve performansını arttırmak üzere genellikle gençler ve sporcular tarafından sıklıkla süistimal edilen anabolik androjenik steroidler arasında yer alır. Birçok ülkede kontrole tabidir ve bu nedenle tıbbi olmayan kullanımı genellikle yasa dışıdır. Sağlığı olumsuz yönde etkilediği bilinmektedir. Önemli yan etki risklerine rağmen, yaygın olarak kötüye kullanılmaktadır. Yüksek doz ve uzun süreli kullanımı söz konusudur. Literatür taramasının sonucu olarak, nandrolon dekanoatın genotoksisitesi konusunda birkaç çalışmanın yapıldığı ve bu çalışmaların da yetersiz olduğu görülmektedir. Bu çalışmanın amacı, nandrolon dekanoatın geniş aralıktaki dozlarda V79 Çin hamster fibroblast hücrelerinde hücre canlılığı ve sitotoksik olmayan dozlarda insan lenfositlerinde DNA hasarı üzerine etkilerini değerlendirmektir. Sitotoksisite, MTT yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Nandrolon dekanoatın insan lenfositlerinde genotoksisitesi ve ayrıca H2O2 ile oluşturulan oksidatif DNA hasarına karşı etkisi alkali tek hücre jel elektroforez yöntemi (Comet yöntemi) ile belirlenmiştir. V79 hücrelerinde 250 µM üzeri konsantrasyonlarda nandrolon dekanoatın hücre canlılığını doz-bağımlı bir şekilde anlamlı olarak azaltmıştır. IC50 dozu 739 μM olarak belirlenmiştir. Nandrolon dekanoat, tek başına çalışılan tüm konsantrasyonlarında (0,5-100 μM) lenfositlerde DNA hasarına yol açmamıştır. 10-100 μM arasındaki konsantrasyonlarda doz-bağımlı olarak oksidatif DNA hasarını önemli ölçüde azalttığı; ancak düşük konsantrasyonlarında (0,5 ve 1 μM) değiştirmediği görülmüştür. Çalışmanın sonuçları, nandrolon dekanoatın, genotoksik olmayan dozlarda oksidatif stres ile indüklenen DNA hasarını azaltabileceğini göstermektedir. Sonuç olarak, nandrolonun çalışmamızda gözlenen oksidatif strese karşı olası antigenotoksisitesi toksisite mekanizmasının ortaya çıkarılmasında mevcut bilimsel çalışmalara katkıda bulunabilir, bununla birlikte daha ileri araştırmalara ihtiyaç vardır. Nandrolone decanoate is among the most widely used anabolic androgenic steroids (AAS) that are often abused by young people and athletes to improve muscle strength and performance. It is a subjected to control in many countries and so non-medical use is generally illicit. It is known to adversely affect health. Despite the risks of significant side effects, it is commonly abused. It has high dose and long term intake. As a results of literature review, it seems that a few studies have been conducted on the genotoxicity of nandrolone decanoate, which are insufficient. The aim of this study was to evaluate the effects of nandrolone decanoate on cell viability in V79 Chinese hamster fibroblast cells in a wide range of doses and DNA damage in human lymphocytes at non-cytotoxic doses. The cytotoxicity was determined using MTT assay. Genotoxicity of nandrolone decanoate in human lymphocytes as well as the effect of H2O2-induced oxidative DNA damage was determined by alkaline single cell gel electrophoresis method (Comet assay). Nandrolone decanoate significantly decreased the cell viability in a dose dependent manner at the concentrations higher than 250 μM in V79 cells. IC50 dose was found to be 739 μM. Nandrolone decanoate alone did not lead to DNA damage in the lymphocytes at all studied concentrations (0.5-100 μM). It seemed to significantly reduce oxidative DNA damage at the concentrations between 10-100 μM in a dose-dependent manner, but not to change at the lower concentrations (0.5 and 1 μM). The results of study show that nandrolone decanoate may decrease oxidative stress-induced DNA damage at non-genotoxic doses. In conclusion, the possible antigenotoxicity of nandrolone against the oxidative stress observed in our study may contribute to the current scientific studies in revealing the mechanism of toxicity; however, further research is needed. 86

Elektroforez işlemi sonucu elde edilen agaroz jel görüntülerinin analizini el ile yapmakzahmetli ve hata eğilimi yüksek olan işlemlerdir. Bu çalışmada, elektroforez sisteminiyürüten gömülü sistem için bir yazılım ve arayüz tasarlanarak bu görüntülerininanalizinin otomatik olarak yapılması gerçekleştirilmiştir. Bu tasarım sayesinde uzunsüren ölçümler ve hesaplamalar sonucu yapılan analizler gömülü sistem ile saniyeleriçerisinde yapılabilmektedir. Böylelikle yürütme işlemi biter bitmez agaroz jelgörüntüsünün incelenmesine imkân tanınmakta ve sonuçlara daha hızlı ulaşılmasısağlanmaktadır.Bu sistem ile UV altında görülen jel görüntülerinin analizi, tasarlanan arayüz yazılımıile gerçekleştirilmiştir. Görüntüler kamera aracılığı ile tasarlanan arayüz yazılımınaaktarılıp OpenCV kütüphanesiyle görüntü işleme teknikleri Raspberry pi 3 B+kullanan mini jel elektroforez sisteminin içine entegre edilmiştir.vElektroforez görüntü işleme arayüzü ve yazılımının gömülü sistem ile kullanılmasıylasistem, standart elektroforez görüntüleme sistemleri ve analiz için kullanılanbilgisayarlara göre daha kompakt bir yapıya dönüşmüştür. Yapılan karşılaştırmalarneticesinde bantların bulunma başarısı morfolojik geri çatma ve K-means yöntemlerikullanılarak artırılmıştır. Kullanıcılara kolaylık sağlaması açısından bu parametreleribir arayüz sayesinde görüntüye göre ayarlamak mümkün kılınmıştır. Tasarlanansistem klasik sistemlere göre daha hızlı, daha verimli ve daha doğru sonuçlaralmaktadır. Sistem emsallerinden daha düşük maliyete sahiptir. The analysis of agarose gel images obtained by electrophoresis process is laboriousand has high error tendency. In this study by designing a software and interface for theembedded system that runs the electrophoresis system, it is performed to analyze theseimages automatically. Via this design, the analyzes made as a result of long lastingmeasurements and calculations can be performed in seconds with the embeddedsystem. Thus, as soon as the execution is completed, the agarose gel image can beexamined and results are obtained more quickly.With this system, the analysis of gel images under UV was performed with thedesigned interface software. The images are transferred to the interface software viathe camera and the image processing techniques are integrated into the mini gelelectrophoresis system using Raspberry pi 3 B + with OpenCV library.viiBy using the electrophoresis image processing interface and software with theembedded system, the system has become more compact compared to standardelectrophoresis imaging systems and computers used for analysis. As a result of thecomparisons, the presence of the bands was increased by morphological reconstructionand K-means methods. For the convenience of users, it is possible to adjust theseparameters according to the image by means of an interface. The designed system isfaster, more efficient and more accurate than conventional systems. The system haslower cost than its peers 94

Bu çalışmada Zofenopril (ZOF) ve hidroklorotiyazitin (HCT) farmasötik preparatlarından tayini için bir kapiler elektroforez (KE) yöntemi geliştirilmiş ve yöntemi karşılaştırmak için yüksek performanslı sıvı kromatografisi (YPSK) yöntemi kullanılmıştır. Yöntemlerde iç standart (IS) olarak telmisartan (TEL) kullanılmış ve deteksiyon foto diyot dizisi (DAD) detektörle sağlanmıştır. KE yönteminde ayrım 75 µm iç çapa ve 40 cm efektif uzunluğa sahip balon hücreli kapiler ile sağlanmıştır. Optimum koşullar çalışma tamponu olarak %15 metanol içeren 10 mM borat tamponu (pH 9,00) ve 25 kV potansiyelin uygulanması ile elde edilmiştir. Bu koşullar altında ZOF, HCT ve IS'nin göç zamanları sırasıyla 4,67 dakika (dk), 3,38 dk ve 4,25 dk olarak gözlenmiştir. YPSK yönteminde ayrım için C8 kolon (3,0×150,0 mm, 3,5 µm iç çap) ve hareketli faz olarak %1 fosforik asit (H3PO4) içeren %10 asetonitril ve %1 H3PO4 içeren asetonitril çözeltileri gradient oluşturulacak şekilde 1 mL/dk akış hızında kullanılmıştır. Bu yöntemde ZOF, HCT ve IS'nin alıkonma zamanları sırasıyla 9,05 dk, 1,89 dk ve 6,53 dk olarak gözlenmiştir. Geliştirilen yöntemlerin geçerliliği doğrusallık, kesinlik, doğruluk, seçicilik, duyarlılık ve kararlılık parametreleri ile incelenmiştir. ZOF ve HCT için yöntemlerin tayin sınırı (LOQ) değerleri sırasıyla KE'de 8,28×10-8 M ve 6,31×10-8 M, YPSK'da ise 6,93×10-8 M ve 4,40×10-8 M olarak hesaplanmıştır. Geliştirilen iki yöntem de ZOF ve HCT'nin tabletlerinden tayinine başarı ile uygulanmıştır.Anahtar Kelimeler: Zofenopril, Hidroklorotiyazid, Kapiler elektroforez, Yüksek performanslı sıvı kromatografisi, Miktar tayin In this study, a capillary electrophoresis (KE) method was developed for the determination of zofenopril (ZOF) and hydrochlorothiazide (HCT) from pharmaceutical preparations and for comparison high performance liquid chromatography (YPSK) method is used. Telmisartan (TEL) was used as internal standard (IS) and the detection was achieved by photo diode array (DAD) detector in the methods. In the CE method, the separation was performed by bubble cell capillary with an inner diameter of 75 µm and an effective length of 40 cm. Optimum conditions were obtained by applying 10 mM borate buffer containing 15% methanol (pH 9,00) and 25 kV potential. Under these conditions, the migration times of ZOF, HCT and IS were observed as 4,67 min, 3,38 min and 4,25 min. In the YPSK method, for separation C8 column (3,0×150,0 mm, 3,5 µm i.d.) as mobile phase; 10% acetonitrile containing 1% phosphoric acid (H3PO4) and acetonitrile containing 1% H3PO4 solutions were used in gradient system at a flow rate of 1 mL/min. In this method, the retention times of ZOF, HCT and IS were observed as 9,05 min, 1,89 min and 6,53 min, respectively. Validation of the developed methods were examined by linearity, precision, accuracy, selectivity, sensitivity and stability parameters. The limit of quantification (LOQ) values of ZOF and HCT were 8,28×10-8 M and 6,31×10-8 M in CE and 6,93×10-8 M ve 4,40×10-8 M in YPSK, respectively. Both of the developed methods were successfully applied for the determination of ZOF and HCT from tablets.Keywords: Zofenopril, Hydrochlorothiazide, Capillary electrophoresis, High performance liquid chromatography, Determination 75

Sistemik Lupus Eritematozus Tanılı Hastalarda Akut Faz Reaktanlarının Değerlendirilmesi, Dr. Cihad SOLAK, Uzmanlık Tezi, Konya, 2019Amaç: Bu çalışmada, SLE tanısı almış kronik inflamasyonu bulunan hastalarda akut faz reaktanlarının ve serum protein elektroforezinin değerlendirilmesi ile bunların kendi arasındaki ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmaya toplam 85 SLE tanılı hasta dahil edildi. Çalışmada, tedavi değişikliği yapılmadan alınmış kan örneklerinden çalışılmış ESH, CRP, fibrinojen, serum protein elektroforezi değerleri kullanıldı. Hastalar APR değerlerine göre normal ve yüksek şeklinde ikişerli gruplara ayrılarak karşılaştırıldı.Bulgular: Hastaların yaş ortalaması 40.1±13.5 (18-69) olarak hesaplandı. Hastaların 79'u (%92.9) kadın, 6'sı erkekti (%7.1). Hastaların 30'unda (%35.3) ESH, 10'unda (%11.8) CRP ve 23'ünde (%27.1) fibrinojen değeri ve 9 (%10.6) hastada beta bandı yüzdesi yüksek bulundu. 57 (%67.1) hastada ise poliklonal gamopati tespit edildi. ESH yüksek olan grupta, serum CRP ve fibrinojen değerleri ile gama bandı yüzdesi, ESH normal olan gruptan anlamlı düzeyde yüksek bulundu (sırasıyla, p=0.055, p=0.019 ve p=0.003). Ki kare testi ile hasta oranlarına bakıldığında ise ESH yüksek gruba yalnızca fibrinojen yüksekliğinin eşlik ettiği görüldü (p

Proteom; protein ve genom sözcüklerinin birleştirilmesinden türetilmiş, belli bir genom tarafından kodlanan proteinlerin tümünü işaret kapsayan bir sözcüktür. Proteom analizine proteomik denilmektedir. Bir organizma vücudunun farklı bölgelerinde, hücre döngüsünün farklı evrelerinde ve farklı çevre koşullarında farklı protein ekspresyonlarına sahiptir. Sabit bir yapı olan ve bir organizma için çok iyi tanımlanabilen genomun aksine, proteom, hücreden hücreye farklılık gösterir ve iç ve dış uyaranlara yanıt olarak biyokimyasal etkileşimler aracılığı ile sürekli bir değişim halindedir. Amfifilik siklodekstrinler kendi kendine nanopartikül oluşturabilme yeteneğine sahip moleküllerdir. Ayrıca; bu moleküllerin intrinsik olarak bazı kanser hücre hatları üzerinde apoptotik etki gösterdiği saptanmıştır. Göstermiş olduğu özellikler nedeniyle bu yapılar nano ölçekte ilaç taşıyıcı sistem olarak literatüre girmiştir. Bu tez çalışmasında, PBO kodlu amfifilik siklodekstrin nanopartikülün HEPG-2 karaciğer kanser hücreleri üzerindeki antikanser mekanizması karşılaştırmalı proteomik yaklaşımlarla tespit edilmiştir.Amfifilik siklodekstrin nanopartiküllerin etkisiyle çoğalmanın önlendiği kanser hücre hatları, işlem görmüş hücre hatları olarak kullanılmış ve T grubu olarak isimlendirilmiş olup; hiçbir şekilde işlem görmeden çoğalmanın önlenmediği grup ise kontrol grubu olarak kullanılmış olup C grubu olarak ifade edilmiştir.T ve C gruplarından elde edilmiş lizat çözeltisinden sitozolik fraksiyonlar elde edilmiştir. Proteomik çalışmalarda, 2 boyutlu jel elektroforez (2D jel elektroforez) ile ayrılan T ve C gruplarına ait proteinler için imaj analizi çalışmaları yapılmıştır. T ve C grupları için farklılaştığı tespit edilen proteinler Matriks Yardımlı Lazer İyonizasyon Kütle Spektrometrisi (MALDI-TOF/TOF-MS) ile analiz edilmiş ve tanımlanmıştır. Bu çalışma ile ilaç taşıyıcı sistem olarak kullanılan amfifilik siklodekstrin nanopartiküllerin tek başına da karaciğer kanseri üzerine etkili olduğu proteom düzeyindeki değişimlerle gösterilmiştir. Kanser tedavisinde amfifilik siklodekstrin nanopartiküllerin ilaç taşıyıcı sistem olarak kullanıldığı durumlarda, nanopartikülün kendisinin de hücre çoğalmasını baskılamada göstermiş olduğu etki göz ardı edilmemelidir sonucuna varılmıştır. Proteome; derived from the combination of protein and genome words, is a word that covers all the proteins encoded by a particular genome. Proteome analysis is called proteomics. An organism has different protein expressions in different parts of the body, at different stages of the cell cycle, and in different environmental conditions. Unlike the genome, which is a stable structure and well-defined for an organism, the proteome differs from cell to cell and is in constant change through biochemical interactions in response to internal and external stimuli. Amphiphilic cyclodextrins are molecules capable of self-forming nanoparticles. Also; these molecules were found to have an apoptotic effect intrinsically on some cancer cell lines. Due to the properties it has shown, these structures have entered the literature as a drug delivery system at nano scale. In this study, the anticancer mechanism of PBO coded amphiphilic cyclodextrin nanoparticle on HEPG-2 liver cancer cells was determined by expressional proteomic approaches. Cancer cell lines that prevent proliferation by the effect of amphiphilic cyclodextrin nanoparticles were used as treated cell lines and named as T group; the group in which the proliferation was not prevented without being treated in any way was used as the control group and was named as the C group. Cytosolic fractions were obtained from the lysate solution taken from T and C groups. In proteomic studies, two-dimensional gel electrophoresis (2D gel electrophoresis) was performed for determination of the over or under expressed proteins belonging to T and C groups. According to the results of image analysis, the proteins found to be differentiated for T and C groups were identified by Matrix Assisted Laser Ionization Mass Spectrometry (MALDI-TOF / TOF-MS).In this study, amphiphilic cyclodextrin nanoparticles, which are used as drug delivery systems, have been shown to be effective on liver cancer alone with changes in proteome level. In cases where amphiphilic cyclodextrin nanoparticles are used as drug delivery system in cancer treatment, the effect of the nanoparticle itself on suppressing cell proliferation should not be ignored. 122

Mortalitesi ve morbiditesinin yüksek olmasının yanı sıra iş gücü kaybı psikolojik ve ekonomik yük oluşturan SHİE'ın etkenleri arasında çoğunlukla yoğun bakım ünitelerinde ÇİD infeksiyon salgınlarıyla karşımıza çıkan ve güncel yayınlarda tüm ilaçlara dirençli suşlarının yayılmaya başladığı düşünülen asinetobakter infeksiyonlarının tedavisinde ve önlenmesinde büyük zorluklar yaşanmaktadır. Son yıllarda artan direncin yayılımının önlenmesinde en önemli strateji surveyans sistemlerinin oluşturulmasıdır. Bu çalışmanın amacı; klinik patoloji oluşturan ÇİD ya da Pan-drug A.baumannii izolatları ile toplum kökenli, poliklinik hasta örneklerinden izole edilen suşlarının direnç mekanizmalarının moleküler karakterinin sorgulanması, suşlar arası klonal ilişkilerin tespiti ve uluslararası izolatlarla karşılaştırılması ve direncin hastane ve toplumda yayılımının araştırılmasıdır.Bu çalışmada; Akdeniz bölgesinde nufüs hareketinin yoğun olduğu iki büyük şehirde bulunan 3. basamak iki ayrı hastaneden 18 ay boyunca, farklı klinik servisler, yoğun bakım üniteleri ve polikliniklerden tedavi hizmeti alan hastalardan alınan örneklerden izole edilen A.baumannii suşunu değerlendirdik. İzolatlar her iki merkezde otomatize sistemlerle tanımlandıktan sonra, merkezimizde de konvansiyonel yöntemler ve blaOXA-51 gen pozitifliğiyle doğruladık.İki merkezden gelen toplam 160 izolatın 3 tanesi blaOXA-51 negatif çıktığı için çalışmaya 157 izolatla devam ettik. İzolatlar arası klonal ilişkiler PFGE yöntemiyle değerlendirilirken, MLST yöntemiyle de uluslarası izolatlarla kıyaslama yaptık.Antibiyotik direncinin moleküler mekanizmalarının tespiti için yapılan PZR bazlı çalışmaların sonucunda; 157 izolatın 139' unun (%88.5) blaOXA-23, 76'sının (%48.4) blaOXA-235,19 unun (%12.1) blaOXA-24 pozitif olduğu, 74(%47.1) ünde blaOXA-23 ve blaOXA-235 birlikte iken blaOXA-24 pozitif olan19 izolatın 1'inde blaOXA-24 ve blaOXA-235 birlikte, 7' sinde blaOXA-23 ve blaOXA-24 ile birlikte ve 8 inde her 3 genin birlikte olduğu tespit ettik. Ayrıca ülkemizde daha önce çalışılmamış blaOXA-235 geninin blaOXA-23 den sonra en yüksek oranda tespit edilen karbepenamaz geni olduğunu bulduk. Ayrıca izolatların 56'sında (%35.7) TEM genini pozitif bulduk. Bunun yanısıra izolatların tamamında adeC geni tespit edilirken, adeB, adeR, adeA, adeS genleri sırasıyla %96.8, %95.5, %90.4 ve %74.5 oranında tespit ettik. Aminoglikozid direnci açısından incelendiğinde, en yüksek oranda (%68.2) armA metilaz geni tespit edilirken, AME genleri içinde en yüksek orana(%49) aph(3)1 in sahip olduğu bulduk. Kolistin direnciyle ilişkili pmrA genini ise %95.5 oranında pozitif tespit ettik. Çalşılan 157 izolatın PFGE analizi sonucunda 79 farklı pulsotip ortaya çıkarken,149 izolat %85 benzerlik seviyesinde 14 farklı PFGE grubunda(A-Y) kümelenirken 8 izolatın tamemen ilişkisiz olduğunu tespit ettik. C grubu (n=43), G grubu (n=27), D grubu (n=21) ana gruplar olduğu C grubunda özellikle yoğun bakım izolatlarının kümelendiğini gördük. İzolatların %94.9 unda tespit edilen klonal ilişki A.baumannii izolatlarının dağılımının büyük farklılıklar oluşturmadığını düşündürdü.Çalışmamızda rastgele seçilen 41 izolata uyguladığımız MLST analizi sonucunda 2 izolat ST718,1 izolat ST158 dizi tipine ait iken kalan 38 izolatın Avrupadaki en yaygın dizi tipi olduğu bilinen ST-2 dizi tipine sahip olduğunu gördük.Bu çalışmanın Türkiye'de A.baumannii infeksiyonlarının tedavisi ve önlenmesi için oluşturulacak politikalara ışık tutacağını düşünmekteyiz. Ülkemizde salgın oluşturan klonlar net bilinmemekteyken bu çalışmayla Avrupada en yaygın olduğu bilinen CC-2 klonunun ülkemizde de en yaygın klon olduğu sonucuna vardık. There are major difficulties in the treatment and prevention of acinetobacter infections, which are among the factors of HCAI (Healthcare associated Infections) that cause high mortality and morbidity as well as loss of labor force, psychological and economic burden. Acinetobacter infections frequently encountered in intensive care units with epidemic outbreaks of MDR and are thought to be spreading with drug resistant strains in all current publications. The most important strategy to prevent the spread of increasing resistance in recent years is the establishment of surveillance systems.The aim of this study is to investigate the molecular characterization of the resistance mechanisms of MDR or Pan-drug A.baumannii isolates and community-acquired strains isolated from polyclinic patient samples, to determine clonal relationships between strains, to compare international isolates and to investigate the spread of resistance in hospital and community.In this study, we evaluated A.baumannii strain isolated from samples collected from patients receiving treatment from different clinical services, intensive care units and outpatient clinics for 18 months from two separate tertiary hospitals in two major cities in the Mediterranean region where population movement was intense. After identification of the isolates by automated systems in both centers, we confirmed them with conventional methods and with blaOXA-51 gene positivity in our center.As 3 of the 160 isolates from two centers were negative for blaOXA-51, we conducted the study with 157 isolates. We evaluated the clonal relationships between isolates by PFGE method and used MLST method for comparisons with international isolates. As a result of PCR-based studies to determine the molecular mechanisms of antibiotic resistance, we detected that from the 157 isolates, 139 (88.5%) were blaOXA-23, 76 (48.4 % )were blaOXA-235, 19 (12.1 %) were blaOXA-24 positive. While in 74 (47.1 %)of them blaOXA-23 and blaOXA-235 were both positive, we found that from 19 blaOXA-24 positive isolates, 1 was both blaOXA-24 and blaOXA-235, 7 were both blaOXA-23 and blaOXA-24 positive and in 8 of them were containing this 3 genes together. Also we found that previously unworked blaOXA-23 gene in our country, was the highest detected carbepenamase gene after blaOXA-23. In addition, we found 56 (35.7%) of the isolates were positive for TEM gene. Also, adeC gene was detected in all isolates, while adeB, adeR, adeA, adeS genes were 96.8 %, 95.5 %, 90.4 % and 74.5 % respectively.When aminoglycoside resistance examined, armA methylase gene was detected at the highest rate (68.2 %), while the highest ratio of AME genes (49 %) was found to have aph (3)1. We found that the pmrA gene associated with colistin resistance was 95.5% positive.As a result of PFGE analysis of 157 isolates, 79 different pulsotypes were detected, 149 isolates were clustered in 14 different PFGE groups (A-Y) with 85 % similarity level, while 8 isolates were totally unrelated. C group (n = 43), G group (n =27), D group (n = 21) were the main groups, especially in the C group we observed that the intensive care isolates were clustered. The clonal relationship detected in 94.9 % of the isolates suggested that the distribution of A.baumannii isolates did not produce major differences.In our study, as a result of MLST analysis of 41 randomly selected isolates, we found that 2 isolates belong to ST718, 1 isolate belongs to ST158 sequence type, while the remaining 38 isolates have ST-2 sequence type which is known to be the most common sequence type in Europe.We think that this study will shade light on the strategies to be developed for the treatment and the prevention of A. baumannii infections in Turkey.While the epidemic clones in our country are not known clearly, we concluded that the CC-2 clone, which is known to be the most common in Europe, is also the most common clone in our country. 98

Amaç: Meyerozyma guilliermondii, fırsatçı insan patojeni olarak kan dolaşımı enfeksiyonu (kandidemi) gibi ciddi enfeksiyonların etkeni bir maya türüdür. Bu çalışmada, M. guilliermondii suşlarının moleküler epidemiyolojik analizlerinde kullanılabilecek Pulse Field Jel Elektroforezi-Genomik DNA'nın Restriksiyon Enzim Analizi (PFGE-REAG) yöntemi için uygun restriksiyon enziminin belirlenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmaya, Karadeniz Teknik Üniversitesi Farabi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında izole edilen, 9 hastanın epidemiyolojik olarak ilişkili 12 M. guilliermondii suşu dahil edildi. PFGE-REAG yöntemi, CHEF DR III (BioRad, ABD) cihaz sistemi kullanılarak SfiI, NotI ve PacI restriksiyon endonükleaz enzimleri ile çalışıldı.Bulgular: SfiI ile kesim reaksiyonu sonucunda, moleküler büyüklük marker'ı aralığına dağılmış ve daha net ayırt edilebilen bantlar izlendi. SfiI ve NotI bant profilleri, karyotipleme bant profilleriyle karşılaştırıldığında; REAG protokolünün karyotiplemeden daha ayırt edici olduğu sonucuna varıldı.Sonuç: REAG-SfiI, epidemiyolojik olarak ilişkili M. guilliermondii suşlarının klonal ilişkisini belirlemede kullanılabilir. Bu çalışmayla, epidemiyolojik olarak ilişkili M. guilliermondii klinik izolatlarının klonal ilişkisinin değerlendirilmesine yardımcı olacak REAG metodunun belirlenmesine katkı sağlandı. Anahtar Kelimeler: Meyerozyma guilliermondii, Pulse Field Jel Elektroforezi, Restriksiyon Enzimi Objective: Meyerozyma guilliermondii is a species of yeast that causes serious infections such as bloodstream infection (candidaemia) as an opportunistic human pathogen. In this study, it was aimed to determine the appropriate restriction enzyme for Pulse Field Gel Electrophoresis- Restriction Enzyme Analysis of Genomic DNA (PFGE-REAG) method which can be used in molecular epidemiological analysis of M. guilliermondii strains.Materials and Methods: In this study, epidemiologically related 12 M. guilliermondii strains of 9 patients isolated in the Medical Microbiology Laboratory of the Medical School Hospital of the Karadeniz Technical University were included. PFGE-REAG method was studied by using CHEF DR III (BioRad, USA) device system with SfiI, NotI and PacI restriction endonuclease enzymes.Results: As a result of restriction reaction with SfiI, bands that were scattered across the range of molecular size markers and were more clearly distinguishable were observed. SfiI and NotI band profiles were compared with the karyotyping band profiles; It was concluded that the REAG protocol was more distinctive than the karyotyping.Conclusion: REAG-SfiI can be used to determine the clonal relationship of epidemiologically related M. guilliermondii strains. This study contributed to the determination of the REAG method which will help to evaluate the clonal relatedness of epidemiologically related M. guilliermondii clinical isolates. Key Words: Meyerozyma guilliermondii, Pulse Field Gel Electrophoresis, Restriction Enzyme 67

Sisplatinin antikanser etkisinin tesadüfen keşfedilmesinden sonra araştırmacılar platin kompleksleri üzerine yapılan çalışmalara hız vermişlerdir. Biyolojik sistemin yakından tanıdığı heteroaromatik halka olan imidazol, medisinal kimyacılar için önem taşımaktadır. Bu çalışmada 1-(4-metoksifenil)-1H-imidazol (L1), 1-benzil-1H-imidazol (L2) ve 1-fenil-1H-imidazol (L3) taşıyıcı ligandlarını içeren ve kapalı formülü [Pt(L1)2Cl2], [Pt(L1)2l2], [Pt(L2)2Cl2], [Pt(L2)2l2], [Pt(L3)2Cl2], [Pt(L3)2l2] olan 6 adet yeni platin(II) kompleksi (Kompleks 1-6) sentezlenmiştir. Klor ayrılan ligandı taşıyan kompleksler (Kompleks 1, 3 ve 5) uygun ligand ile potasyumtetrakloroplatinat'ın 0.5 N HCl çözeltisi içerisindeki reaksiyonu ile sentezlenmiştir. Ayrılan ligand olarak iyot taşıyan kompleksler ise etanol-su içerisinde çözünmüş potasyumtetraiyodoplatinat'ın üzerine uygun ligandın ilave edilmesi ile sentezlenmiştir. Sentez edilen komplekslerin yapıları, elementel analiz, infrared (FT-IR) ve 1Hidrojen Nükleer Manyetik Rezonans (1H-NMR) ile aydınlatılmıştır. Komplekslerin pBR322 plazmid DNA ve BamHI ve HindIII restriksiyon endonükleaz enzimleri ile etkileşimleri agaroz jel elektroforez yöntemi ile araştırılmıştır. Kompleks 1-6'nın fare fibroblast hücreleri (L929), adenokarsinomik insan alveolar bazal epitelyal hücreleri (A549) ve insan kolon adenokarsinom (CaCo-2) hücrelerine karşı sitotoksik etkileri MTT yöntemi test edilmiştir. IC50 değerlerine göre 1-fenil-1H-imidazol ligandına sahip Kompleks 5, A549 ve L929 hücre hattına karşı ve Kompleks 6 CaCo-2 hücre hattına karşı en aktif kompleksler olarak bulunmuştur. Kompleks 5 ve 6 standart bileşik olarak kullanılan sisplatinden daha etkili bulunmuşlardır. CaCo-2 hücre hatına karşı Kompleks 5 ve 6 hariç, klorlu komplekslerin, iyotlu komplekslerden tüm hücre hattlarında daha aktif olduğu tespit edilmiştir. Kompleks 1-6 tüm hücre hatlarına karşı referans bileşik olarak kullanılan sisplatin kadar veya daha etkili bulunmuştur. The discovery of cisplatin anticancer effect has increased the synthesis efforts of metal-based platinum complexes. The imidazole ring carrying the heteroaromatic ring system which is closely related to the biological system is of importance in medicinal discoveries. In this study, six Pt(II) complexes with the structures [[Pt(L1)2Cl2], [Pt(L1)2l2], [Pt(L2)2Cl2], [Pt(L2)2l2], [Pt(L3)2Cl2] and [Pt(L3)2l2]] bearing 1-(4-methoxyphenyl)-1H-imidazole, 1-benzyl-1H-imidazole or 1-phenyl-1H-imidazole as carrier-ligands were synthesized (Complex 1-6). Complexes of [Pt(L1)2Cl2], [Pt(L2)2Cl2] and [Pt(L3)2Cl2 were synthesized by the reaction of carrier ligands in potassium tetrachloroplatinate in 0.5N HCl solution. Complexes of [Pt(L1)2l2], [Pt(L2)2l2] and [Pt(L3)2l2] were synthesized by the reaction of the ligands with potassium tetraiodoplatinate in ethanol-water. The characterization of chemical structures were done by looking for their elemental analysis, infrared (FT-IR) and 1Hydrogen Nuclear Magnetic Resonance (1H-NMR) spectra. Interactions of complexes with pBR322 plasmid DNA and restriction endonuclease reactions of BamHI and HindIII enzymes were investigated by agarose gel electrophoresis method. The MTT method was tested for the cytotoxic effects of Complex 1-6 against mouse fibroblast cells (L929), adenocarcinomic human alveolar basal epithelial cells A549 and human colon adenocarcinoma CaCo-2 cells. According to IC50 values, Complex-5 was found to be the most active complex against the A549 and L929 cell line and the Complex-6 CaCo-2 cell line with 1-phenyl-1H-imidazole ligand. Complex 5 and 6 were found to be more effective than cisplatin used as standard compound. Against the CaCo-2 cell line, except for Complex 5 and 6, chlorinated complexes were found to be more active in all cell lines than iodinated complexes. Complex 1-6 was found to be as effective as or more active than cisplatin used as reference compound against all cell lines. 83

İNEK ve MANDA SÜTÜ KAZEİN FRAKSİYONLARININ WESTERN BLOTTING İLE KARŞILAŞTIRMALI ANALİZİAdalet DIŞHANErciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri EnstitüsüVeteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Anabilim DalıYüksek Lisans, Ocak, 2019Danışman: Prof. Dr. Zafer GÖNÜLALANKISA ÖZETBu tez çalışması; inek ve manda sütlerinde bulunan kazein fraksiyonlarının elektroforetik profillerinin belirlenmesi için planlanmıştır. İnek ve manda sütü örnekleri Kayseri'de bulunan süt işletmelerinden, 2018 Kasım ayı boyunca toplanmıştır. Genel bileşimleri tespit edildikten sonra süt örnekleri, kazein fraksiyonlarının moleküler ağırlıklarının belirlenmesi için Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforezi (SDS-PAGE) ve Western blot testi ile analiz edilmiştir. αS, β, к kazein fraksiyonlarına ait SDS-PAGE ve Western Blot Testi bulgularına göre ortalama moleküler ağırlık değerleri sırasıyla inek sütünde 24.39 dalton (Da), 25.13 Da, 28.66 Da, manda sütünde 26.12 Da, 27.85 Da, 26.88 Da olarak bulunmuştur. İnek ve manda sütü αS, β, к kazein fraksiyonlarının moleküler ağırlıkları arasında anlamlı bir farklılık olduğu saptanmıştır. Manda sütü kazein fraksiyonlarına ait ortalama moleküler ağırlıkların inek sütünden yüksek olması sebebiyle, son üründeki reolojik özellikleri olumlu yönde etkileyeceği ve verim artışına olanak sağlayacağı sonucuna varılmıştır.Anahtar Kelimeler: Manda Sütü, Moleküler Ağırlık, Elektroforez, Western Blot. COMPARATIVE ANALYSIS of BOVINE and WATER BUFFALO MILK CASEIN FRACTIONS by WESTERN BLOTTINGAdalet DIŞHANErciyes University, Institue of Health SciencesDepartment of Veterinary Food Hygiene and TechnologyMaster Thesis, January, 2019Supervisor: Prof. Dr. Zafer GÖNÜLALANABSTRACTThis thesis study is planned to determine the electrophoretic profiles of casein fractions in cow and water buffalo milk. Water bufalo and cow milk samples were collected during November 2018 from the milk processing plants in Kayseri. After being tested for each of their compotents, the milk samples were analysed for the molecular weight of their casein fractions by Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE) and Western blot test. According to the SDS-PAGE and Western blot test findings of the αs, β, к- casein fractions, the average molecular weight were 24.39 daltons (Da), 25.13 Da, 28.66 Da in cow milk and 26.12 Da, 27.85 Da, 26.88 Da in water buffalo milk, respectively. A significant difference was found between the molecular weights of cow and water buffalo milk's αS, β, к and casein fractions. Due to the higher average molecular weights of buffalo milk's casein fractions than cow's milk, it has been concluded that the water buffalo milk could positively affect the rheological properties and the yield of the end product.Key Words: Water Buffalo Milk, Molecular Weight, Electrophoresis, Western Blot. 63

GİRİŞ ve AMAÇ: Hemoglobinopatiler; hemoglobin proteininin biyokimyasal yapısını oluşturan globin zincirlerinden herhangi birisinin yapısının ya da sentezinin bozulduğu, tek gen hastalıklarının en sık görülenidir. Hemoglobinopatilerden birisi olan β-talasemi; β-globin zincir sentezinin yetersiz ya da olmaması ile karakterize, Türkiye'nin de içerisinde bulunduğu Akdeniz ülkelerinde sık görülen önemli bir halk sağlığı sorunudur. Dolayısıyla talasemi prevalansının yüksek olduğu bölgelerde talasemi önleme programlarının yürütülmesi oldukça önemlidir. Talasemi taramasında günümüzde ilk basamak yaklaşım; olguların tam kan sayımı analizlerinin yapılması, hematolojik parametrelerinde anormallik saptananların (örneğin; hipokromi, mikrositik anemi, eritrositoz gibi) ise takiben otomatize HPLC ya da kapiller elektroforez cihazı ile hemoglobin fraksiyonlarının analiz edilmesinden oluşur. Talasemi taşıyıcılığı tespitinde hemoglobin elektroforezinin yeri çok önemli olmakla birlikte pek çok klinik durumda ölçülen HbF ve HbA2 seviyelerinin değişiklik gösterdiği ve mevcut klinik durumla bu hemoglobin fraksiyon seviyelerinin uyumsuz olduğu rapor edilmiştir. HbA2 seviyesini düşüren bu klinik sebeplerden bir tanesi de δ-globin (HBD) gen değişiklikleridir. HBD genindeki mutasyonların herhangi bir klinik şikayet ya da hematolojik bulgu oluşturduğu bildirilmemiştir; ancak HbA2 seviyesini düşürerek β-talasemi taşıyıcılarında yanlış tanılara sebep olabilmektedir. Ayrıca demir eksikliği anemisi ya da α-talasemi taşıyıcılığı gibi düşük HbA2 seviyesine neden olan durumların yanında HBD genindeki mutasyonların da sorumlu olduğu bilinmektedir. HbF ve HbA2 seviyeleri üzerine etkisi olan genlerden bir diğeri de Kruppel-like factor 1 (KLF1) genidir. KLF1 genindeki mutasyonların persiste HbF yüksekliği ya da β-talasemi minör fenotipinden sorumlu olduğunu bildiren çalışmalar mevcuttur. Özellikle borderline seviyede HbA2 yüksekliği olan bireylerde HBB geni intakt ise mutlaka KLF1 geninin analiz edilmesi önerilmektedir. Mevcut araştırmada, HPLC sonrası HbF yüksekliği ya da HbA2 seviyesi anormalliği bulunan olgularda KLF1 ya da HBD genlerinin olası bir rolünün olup olmadığının ortaya konması amaçlanmıştır. GEREÇ ve YÖNTEM: Araştırma Mart 2013-Ağustos 2018 yılları arası Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Genetik Tanı ve Tedavi Merkezine HBB geni analizi için başvurmuş toplam 100 kişi ile yürütülmüştür. Olgu grubu 20'şer kişiden oluşan dört alt gruba ayrılmıştır; HPLC ile yapılan hemoglobin elektroforezinde yalnızca HbF yüksekliği saptananlar Grup A, yalnızca borderline HbA2 yüksekliği saptananlar Grup B, yalnızca borderline seviyesi üzerinde HbA2 yüksekliği saptananlar Grup C ve yalnızca HbA2 düşüklüğü saptananlar Grup D olarak tanımlanmıştır Araştırmada kontol grubu olarak kendisinde ve/veya birinci derece akrabalarında talasemi öyküsü olmayan sağlıklı toplam 20 kişiye ait laboratuarımızda mevcut olan DNA örnekleri kullanılmıştır. Araştırmaya dahil edilen olgu ve kontrol bireylerine ait toplam 100 adet DNA örneği kullanılarak hedef KLF1 ve HBD genleri analiz edilmiş ve karşılaştırılmıştır. Bunun için, hedef her bir gen için spesifik primer çifti kullanılarak PCR ürünleri çağaltılmış ve bu ürünler sanger dizi analizi yöntemiyle dizilenerek mutasyon analizleri yapılmıştır. Genlere ait elde edilen baz profilleri yardımcı software programlar yardımıyla değerlendirilmiştir.BULGULAR: Araştırma sonunda elde edilen veriler KLF1 geni açısından değerlendirildiğinde; çalışılan olgu grubu bireylerin 43'ünde (%53,75; n=80) KLF1 geninde mutasyon saptanırken (4 olguda KLF1 geninde iki mutasyon birlikte saptanmıştır), 37'sinin (%46,25) normal yapıda oldukları ortaya konmuştur. Olgu grubunda saptanan beş farklı nokta mutasyon sırasıyla 41 kişide S102P mutasyonu (36'sı heterozigot, 5'i homozigot), bir olguda M39L heterozigot mutasyonu, bir olguda P109S heterozigot mutasyonu, üç olguda F182L heterozigot mutasyonu ve bir olguda R268L heterozigot mutasyonudur. Kontrol grubunda altı kişide S102P heterozigot mutasyonu (%30; n=20) ve bir kişide P109S heterozigot mutasyonu (%5) saptanmıştır. Araştırma sonunda elde edilen veriler HBD geni açısından değerlendirildiğinde; Olgu grubunda 19 olguda (%23,75; n=80) dört farklı varyasyon tespit edilmiş; bunların üçü daha önce literatürde tanımlanmıştır [(12 olguda (%15; n=80) HbA2-Yialousa, beş olguda (%6,25) HbA2-Bornova ve bir olguda (%1,25) HbA2-Yokoshima)]. Araştırmamız kapsamında çalışılan olgulardan sadece birisinde saptanan `Delta 10(A7) Ala-->Val; HBD:c.32C>T` nokta mutasyonu ilk kez bu araştırmada tanımlanmıştır. HBD geninde mutasyon sadece Grup D olgu grubunda saptanmıştır. TARTIŞMA ve SONUÇ: β-talasemi taşıyıcılığı nedeniyle tanısal yükselmesi beklenen HbA2 seviyesi; δ-talasemi nedeniyle normal sınırlara inebilmekte ve bu bireylerin β-talasemi taşıyıcısı olduğu bilenen başka bir bireyle evliliği sonrası β-talasemi majorlu çocukları doğabilmektedir. Normal HbA2 piki nedeniyle göz ardı edilen; ileri değerlendirmeye yönlendirilmeyen bireylerin δβ-talasemi olabileceği unutulmamalıdır. Hb elektroforez sonucu normal sınırlarda olsa bile β-talasemi taşıyıcılığı saptanmış bireylerin partnerleri mutlaka DNA analiz yöntemleri ile β-talasemi taşıyıcılığı açısından değerlendirilmelidir ve eşlik edebilecek δ-talasemi açısından mutlaka HBD geni genotiplendirmesi akılda tutulmalıdır. Nitekim sınırlı sayıda olgunun dahil edildiği mevcut araştırma sonucuna göre elektroforez profilleri anormal olan şüpheli olgularda çalışılan iki gen açısından kayda değer oranda nokta mutasyonların eşlik ettiği ortaya konmuştur. Mevcut araştırmada olguların %53,75'inde KLF1 geninde ve %23,75'inde HBD genininde mutasyon saptanmıştır. Bulgularımız literatürdeki diğer araştırma sonuçları ile benzerlik göstermektedir. Borderline seviyede HbA2 seviyesine sahip olan kişiler de mutlaka ayrıntılı olarak değerlendirilmelidir. Nütrisyonel eksikliklerin, sessiz β-talasemi mutasyonlarının, β-talasemi taşıyıcılığı ile δ-talasemi birlikteliğinin, α-gen triplikasyonu/kuadriplikasyonunun yanında KLF1 gen mutasyonlarının da borderline seviyede HbA2 seviyesine neden olabileceği unutulmamalıdır. MCV ve MCH değerleri normal ya da hafif düşük olgularda görülebilen HbF yüksekliği ya da borderline seviyede HbA2 yüksekliği KLF1 genindeki mutasyondan kaynaklanıyor olabilir; ya da fenotipik olarak tipik talasemi minör ile uyumlu bulguları olan ancak HBB geninin intakt olarak saptandığı olgularda mutlaka KLF1 genotiplendirmesi de akılda tutulmalıdır. Mevcut araştırma sonucunda saptanan HBD:c.32C>T mutasyonu yeni bir hemoglobin HbA2 varyantı olarak değerlendirilmiş ve HbA2-Canakkale ismiyle literatüre kazandırılmıştır. Varyantın `HbVar` veritabanına eklenmesi ve ilgili mutasyonun görüldüğü tek nükleotid polimorfizminin (referans SNP) `rs` numarası alması hedeflenmiştir. Araştırmamız ayrıca, bilindiği kadarıyla, HbA2-Bornova varyantına sahip olgulardan oluşmuş bir serinin (n=5) sunulduğu ilk çalışmadır. Yine araştırmamız KLF1 geni mutasyonları ile HbA2 seviyesi arasındaki ilişkiyi değerlendiren Türkiye'deki ilk çalışma olması özelliğini de taşımaktadır. Türkiye'de KLF1 ve HBD genleri ile ilgili çalışmalar, bilindiği kadarıyla, oldukça azdır. Genotipik çeşitlilik açısından eşsiz bir yelpazeye sahip olan ülkemizde bu genlerle ilgili bilgi ve tecrübelerimiz arttıkça literatüre daha önce girmemiş varyantların ve fenotipik etkilerinin ortaya konulmasının da önü bu şekilde açılmış olacaktır. Sonuç olarak, hemoglobin elektroforez anormalliklerinin moleküler etyolojik sebepleri araştırılırken KLF1 ve HBD gibi globin proteini üreten ya da üretimi üzerinde etkisi bulunan diğer alternatif genlerin olası varyasyonlar açısından genotiplendirilmesinin kesin tanı açısından önemli olduğu önerilmiştir. INTRODUCTION and AIM: Hemoglobinopathies are the most common single-gene disorders, which the structure or synthesis of the any globin chains that design the biochemical structure of hemoglobin protein is impaired. β-thalassemia, one of the hemoglobinopathies, is characterized by inadequate or lack of globin chain synthesis and poses a significant public health burden in Turkey as being one of the Mediterranean countries. Thus, it is very substantial to conduct thalassemia prevention programs in regions where the prevalence of thalassemia is high. The first step approach in the screening of thalassemia comprimises complete blood count analysis of the cases and then followed by analysis of hemoglobin fractions with an automated HPLC or capillary electrophoresis device for those with abnormalities in hematologic parameters (e.g. hypochromia, microcytic anemia, erythrocytosis).The role of hemoglobin electrophoresis in the detection of thalassemia trait is very important but HbF and HbA2 levels measured in many clinical conditions have been reported to vary and these hemoglobin fraction levels are incompatible with the current clinical condition. One of the clinical manifestations that decrease HbA2 level is δ-globin gene (HBD) mutations. Mutations in the HBD gene have not been reported as having any clinical consequences or hematological findings; but, it may lead to misdiagnose the β-thalassemia carriers by decreasing HbA2 levels. It is also known that mutations in the HBD gene are also responsible for low levels of HbA2, such as also due to iron deficiency anemia or α-thalassemia trait. Another gene that affects HbF and HbA2 levels is the Kruppel-like factor 1 (KLF1) gene. There are studies implicating that mutations in the KLF1 gene are responsible for hereditary persistence HbF or β-thalassemia minor phenotype. Especially in individuals with borderline HbA2 levels, it is recommended to analyze the KLF1 gene if HBB gene is intact.In the present study, it was aimed to determine whether KLF1 or HBD genes have a possible role in patients with HbF elevation or HbA2 level abnormalities performed by HPLC.MATERIALS and METHODS: The study was conducted between March 2013-August 2018 with 100 subjects who were referred for the HBB gene analysis in Canakkale Onsekiz Mart University Medical Faculty Hospital Genetic Diagnosis and Treatment Center. The case group was divided into four sub-groups of 20 individuals. In hemoglobin electrophoresis performed by HPLC, only those with high HbF levels were identified as Group A, only those with borderline HbA2 levels were defined as Group B, only those with HbA2 levels above the borderline level were identified as Group C and only those with low HbA2 levels were identified as Group D. DNA samples present in our laboratory belonging to 20 healthy individuals who have and/or first degree relatives have no history of thalassemia are used as control group for the study. A total of 100 DNA samples from patient and control subjects recruited in the study were analyzed for target KLF1 and HBD genes and compared. For this purpose, PCR products were used by using specific primer pair for each gene and these products were sequenced by sanger sequence analysis and mutation analyzes were performed. The base profiles obtained from genes were evaluated with the help of analysis softwares.RESULTS: The data obtained at the end of the study were evaluated in terms of the KLF1 gene; mutations in the KLF1 gene were detected in 43 subjects (two mutations both were detected in four cases) (53,75%; n=80) and 37 subjects (46,25%) were found to be normal. As KLF1 gene mutations in the case groups, five different point mutations were detected; S102P mutation in 41 subjects (36 heterozygous, 5 homozygous), M39L heterozygous mutation in one case, P109S heterozygous mutation in one case, F182L heterozygous mutation in three cases, and R268L heterozygous mutation in one case were found respectively. In control group, S102P heterozygous mutation in six individuals (%30; n=20) and P109S heterozygous mutation in one individual (%5) were detected. As HBD gene mutations; four different variations were detected in 19 cases (%23,75; n=80). Three of these were previously described in the literature (HbA2-Yialousa in 12 cases (%15; n=80), HbA2-Bornova in five cases (%6,25), and HbA2-Yokoshima in one case (%1,25)). `Delta 10(A7) Ala-->Val; HBD:c.32C>T` mutation described in only one of the cases was determined in this study for the first time. Mutations in the HBD gene was found only in Group D.DISCUSSION and CONCLUSION: The level of HbA2, which is expected to be elevated due to β-thalassemia trait, may fall into normal limits because of coexistence of δ-thalassemia, and children with β-thalassemia major may be born after a marriage with another person who is known to be a carrier of β-thalassemia. It should be kept in mind that individuals who are ignored and are not directed to the further evaluation due to normal HbA2 levels may have δβ-thalassemia. Even if the hemoglobin electrophoresis result is within normal limits, partners of individuals known to be β-thalassemia trait should be necessarily evaluated in terms of the carrier of β-thalassemia by DNA analysis methods and should be noted HBD gene genotyping in case of δ-thalassemia coexistence. As a matter of fact, according to the results of the current study, where a limited number of patients were included, it was revealed that significant numbers of point mutations observed in the two target genes with suspected cases of abnormal electrophoresis profiles. In the present study, 53,75% of the subjects had a mutation in the KLF1 gene and of 23.75% had in HBD gene. Our findings are similar to those of other studies in the literature. Individuals with borderline HbA2 levels should also be considered in detail. It should be kept in mind that nutritional deficiencies, silent β-thalassemia mutations, coexistence of β-thalassemia trait and δ-thalassemia, α-gene triplication/quadruplication as well as KLF1 gene mutations may cause borderline HbA2 levels. In cases having normal or slightly low MCV and MCH values with high HbF or borderline HbA2 level or in cases with phenotypic findings consistent with thalassemia minor but in which HBB gene is detected intact may be caused by mutations in the KLF1 gene.The `HBD:c.32C>T` mutation detected as a result of the present study is evaluated as a new hemoglobin HbA2 variant and is introduced to the literature under the name of HbA2-Canakkale. It is also aimed to be deposited to the `HbVar` database and to get a new `rs number` of that single nucleotide polymorphism (SNP). Our study is also, to the best of our knowledge, the first study in which a series of cases with HbA2-Bornova (n=5) is presented. Our study also bears the distinction of being the first study in Turkey by evaluating the relationship between KLF1 gene mutations and HbA2 levels.Studies with KLF1 and HBD genes in Turkey, as far as is known, is quite limited. As our knowledge and experience on these genes increase in our country, which has a unique spectrum in terms of genotypic diversity, it will be opened in such a way to reveal the new variants of these genes that have not entered the literature before and their phenotypic effects. In conclusion, the molecular etiology of hemoglobin electrophoresis abnormalities has been suggested to be important in terms of definitive diagnosis of genotyping of variants, such as in KLF1 and HBD genes which are essential in producing globin proteins or controlling the process of globin synthesis. 147

Acinetobacter baumannii özellikle yoğun bakım ünitelerinde ve immün sistemi baskılanmış hastalarda ciddi hastane infeksiyonlarına neden olabilmektedir. Bu çalışmanın amacı çeşitli klinik örneklerinden izole edilen `Extrem-resistan/Yaygın-dirençli (XDR)` kolistin ve tigesiklin hariç tüm antibiyotiklere dirençli A. baumannii suşlarında antibiyotik direnç genlerinden blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-48-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaOXA-143-like, blaVIM-like, blaIMP-like, blaNDM-1-like, blaSPM-1-like, blaKPC-like, blaGES-like ve blaISAba-like'in belirlenmesi ve izolatlar arasındaki klonal ilişkisinin ortaya çıkarılmasıdır.Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2014-2017 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden soyutlanan A. baumannii izolatları çalışmaya alındı. Bakteri identifikasyonu konvansiyonel yöntemler ve VITEK 2 Compact (BioMerieux, France) sistemi ile yapıldı. A. baumannii izolatlarının kolistin ve tigesiklin hariç bu bakteri için önerilen tüm antibiyotiklere karşı dirençli olması esas kriterdi. Antimikrobiyal duyarlıklık testleri European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) önerileri doğrultusunda VİTEK 2 AST (Antibiotic Susceptibility Test) gram negatif bakteri kartları kullanılarak gerçekleştirildi. Yaygın ilaç dirençli A. baumannii suşlarında blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-48-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaOXA-143-like, blaVIM-like, blaIMP-like, blaNDM-1-like, blaSPM-1-like, blaKPC-like, blaGES-like ve blaISAba-like ilaç direnç genleri polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile araştırıldı ve izolatlar arasındaki klonal ilişki Pulsed-Field Jel Elektroforez (PFGE) yöntem ile belirlendi.Çeşitli klinik örneklerden soyutlanan 70 A. baumannii izolatı çalışmaya alındı. İzolatların 29 tanesi sadece kolistine, iki tanesi sadece tigesikline ve 39 tanesi hem kolistine hem tigesikline duyarlı bulunurken, diğer tüm antibiyotiklere ise dirençliydi. Yaygın ilaç dirençli 70 A. baumannii izolatının tamamında blaOXA-51-like geni ve %97,1'inde blaOXA-23-like geni tespit edildi. Diğer OXA tiplerinden blaOXA-24-like, blaOXA-48-like, blaOXA-58-like ve blaOXA-143-like genleri belirlenmedi. Karbapenemaz aktivitesinde destekleyici gen olarak görülen blaISAba-like geni ise sadece üç örnekte (%4,2) pozitif olarak bulundu. blaVIM-like, blaIMP-like, blaNDM-1-like, blaSPM-1-like, blaKPC-like ve blaGES-like genleri ise hiçbir izolatta saptanmadı. A. baumannii izolatlarının ApaI ile kesilen genomik DNA'sına yapılan PFGE yöntem ile 27 grup belirlendi. Dendogramda izolatların özellikle üç grupta (7, 10 ve 21) yoğunlaştığı görüldü. Bu grupların bazı kliniklerde (Reanimasyon Yoğun Bakım Servisi ve Dahiliye Yoğun Bakım Servis) baskın olması hastanede muhtemel küçük salgınlar oluşturduğunu düşündürdü.Bu çalışmada, blaOXA-51-like ve blaOXA-23-like gen bölgelerinin, A. baumannii izolatlarında yaygın ilaç direncinde önemli rol oynadığı görüldü. İzolatlarımızda OXA-51-like ve OXA-23-like'ün yüksek oranda tespit edilip diğer OXA tiplerinin ve metallo-?-laktamaz genlerinin tespit edilmemesi izolatlardaki yaygın ilaç direncinden bu iki tipin sinerşistik etki göstermesinin veya enzimatik mekanizmalarla beraber dış membran proteinleri ve atım pompa sistemlerinin sorumlu olabileceğini düşündürdü. Yaptığımız klonal çalışmada ise yaygın ilaç dirençli A. baumannii izolatların bazı kliniklerde baskın izolatlar olduğu ve aynı izolatların başka kliniklerde yayılmasının servisler arası transfer edilen hastalar ve çapraz bulaşlar sonucu olduğu kanısına varıldı.Anahtar Kelimeler: PCR; PFGE; Yaygın dirençli A. baumannii. Acinetobacter baumannii may lead to serious hospital infections, especially in intensive care units and in patients with compromised immune systems. The aim of this study was to determine the antibiotic resistance genes of `Extreme-resistant/Common-resistant (XDR)` A. baumannii strains which resistant to all antibiotics except colistin and tigecycline, such as blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-48-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaOXA-143-like, blaVIM-like, blaIMP-like, blaNDM-1-like, blaSPM-1-like, blaKPC-like, blaGES-like and blaISAba-like and to discover the relationship between clonal isolates from various clinical samples.A. baumannii isolates from various clinical samples were included into the study between 2014-2017 from Selcuk University Medical Faculty Hospital, Medical Microbiology Laboratory. Bacterial identification was performed by both conventional methods and VITEK 2 Compact (BioMerieux, France) system. A. baumannii isolates were recommended resistant to all antibiotics for this bacterium, except the colistin and tigecycline. Antimicrobial susceptibility tests were performed by using VITEK 2 AST (Antibiotic Susceptibility Test) gram negative bacterial cards according to the recommendations of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Common drug-resistant A. baumannii strains such as blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-48-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaOXA-143-like, blaVIM-like, blaIMP-like, blaNDM-1-like, blaSPM-1-like, blaKPC-like, blaGES-like and blaISAba-like drug resistance genes were investigated by polymerase chain reaction and clonal relationship between the isolates were determined by Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) method.Totally 70 A. baumannii isolates from various clinical samples were included in the study. 29 of all isolates were only susceptible to colistin, two isolalets to tigecycline and 39isolates to both colistin and to tigecycline, while all other antibiotics were resistant. All common drug resistant A. baumannii strains carried the blaOXA-51-like gene and in 97.1% of all strains blaOXA-23 like gene were detected. Other OXA types such as blaOXA-24 like, blaOXA-48 like, blaOXA-58 like and blaOXA-143 like genes were not identified. blaISAba-like, which is seen as a supporting gene in carbapenemase activity, was found to be positive in only three samples (4.2%). blaVIM-like, blaIMP-like, blaNDM-1-like, blaSPM-1-like, blaKPC-like and blaGES-like genes were not detected in any isolates. 27 groups were determined by PFGE method for the genomic DNA that was resricted with ApaI of A. baumanni isolates. The dendogram showed that the isolates were concentrated especially in three groups (7, 10 and 21). The predominance of these groups in some clinics (Reanimation Intensive Care Service and Internal Medicine Intensive Care Service) suggested that they were likely to create small outbreaks in the hospital.In this study, it is shown that blaOXA-51-like and blaOXA-23-like gene regions have an important role in extrem drug resistance in A. baumannii isolates. High levels of blaOXA-51-like and blaOXA-23-like genes were detected in our isolates and other OXA types and metallo-β-lactamase genes were not detected. In this case, we think that the extreme drug resistance of the isolates may be due to the synergistic effects of these two types, or that external membrane proteins and efflux pump systems may be responsible from enzymatic mechanisms. In our clonal study, it was concluded that the extreme drug resistant to A. baumannii isolates were predominant isolates in some clinics and the same isolates were spread to the other clinics by the inter-service patients and cross-contamination.Key Words: Extrem-resistan Acinetobacter baumannii; PCR; PFGE 83

Amaç: Bu çalışma, Samsun bölgesinde faaliyet gösteren tavuk parçalama tesislerindeki alet-ekipman, personel ve ürünlerde Listeria monocytogenes varlığını belirlemek, PCR yöntemi ile serotiplendirmesi, PFGE analiziyle genotiplendirilmesi amacıyla yapılmıştır.Materyal ve Metod: Samsun İlinde faaliyet gösteren 4 farklı tavuk parçalama tesisinde üretim hattından, kullanılan alet ekipmanlardan, bütün ve parça tavuklardan her ziyarette toplam 16 örnek alındı. 4 işletme 3'er kez ziyaret edilerek toplamda 192 örnek alındı. L. monocytogenes'in izolasyon ve identifikasyonu için ISO 11290-1 ve Dynal tarafından önerilen İMS bazlı klasik kültür tekniği kullanıldı. L. monocytogenes izolatlarının PCR ile doğrulanması ve serotiplendirilmesi yapıldı. L. monocytogenes izolatlarının antibiyotik dirençlilik profillerinin belirlenmesinde EUCAST ve CLSI tarafından bildirilen disk difüzyon yöntemi kullanıldı. Son aşamada PFGE tekniğiyle genotiplerin tespiti gerçekleştirildi.Bulgular: İncelenen 192 örneğin 25'i (%13) L. monocytogenes pozitif olarak belirlendi ve toplam 51 izolat elde edildi. Serotiplendirmede 51 izolatın 47'sinde (%92,2) 1/2a (3a), 4'ünde (%7,8) 1/2c (3c) olarak tespit edildi. Testler sonucunda 51 izolatın 26'sının (%51) en az bir antibiyotiğe, 13'ünün (%25,5) de birden fazla antibiyotiğe karşı direnç gösterdiği belirlendi. Ayrıca 25 izolatın (%49) herhangi bir antibiyotiğe karşı dirençli olmadığı saptandı. PFGE değerlendirilmesinde, en az %80 benzerlik esas alınarak yapılan dendrogramında ApaI enzimi ile yapılan restriksiyon işlemi neticesinde izolatların ilişkili 25 farklı küme ile 45 alt kümeye dağıldıkları, AscI enzimi ile yapılan restriksiyon işlemi neticesinde ise 29 farklı küme ile 36 alt kümeye dağıldıkları saptandı.Sonuç: Parçalama tesislerine gelen tavuklardan L. monocytogenes izole edilmesi, yetiştiricilik ve kesim aşamalarında tavukların kontamine olabildiğini göstermektedir. Parçalama işlemi sırasında alet ekipmanlar, zemin, yüzeyler ve personel vasıtasıyla etken yayılabilmektedir. Hijyen kurallarına uyulması çapraz bulaşma riskini azaltabilecektir. Aim: In this study the chicken shredding facilities operating in the region of Samsun,equipment, staff and products to determine the presence of L. monocytogenes, serotypingby PCR method and genotyping by PFGE analysis.Material and Method: In this study, a total of 16 samples were collected from theproduction line, used instrument equipments, carcasses and cut-up rawchicken at 4different chicken shredding facilities operating in Samsun province. 4 facilities werevisited 3 times and 192 samples taken in total were used as material. For the isolation andidentification of L. monocytogenes, the IMS-based classical culture techniquerecommended by ISO 11290-1 and Dynal was used. After, L. monocytogenes isolates wereconfirmed by PCR and serotyped. Disk diffusion method reported by EUCAST and CLSIwas used to determine the antibiotic resistance profiles of L. monocytogenes isolates.Finally, genotyping was performed by PFGE technique.Results: Of the 192 samples tested, 25 (13%) were identified as L. monocytogenespositive and a total of 51 isolates were obtained. In serotyping, 47 isolates (92.2%) wereidentified as 1 / 2a (3a) and 4 isolates (7,8%) were identified as 1 / 2c (3c). Twenty-six of51 isolates (51%) were resistant to at least one antibiotic, and 13 (25.5%) were resistantto more than one antibiotic. In addition, 25 isolates (49%) were found to be resistant toany antibiotic. In the evaluation of PFGE, at least 80% similarity was determined in thedendrogram of the isolates to 45 sub-clusters associated with 25 different clusters and 29different clusters and 36 sub-clusters as a result of restricting with AscI enzyme.Conclusion: Isolation of L. monocytogenes from chickens coming to shredding facilitiesshows that chickens may be contaminating during the breeding and cutting stages. Duringshredding, the tool can be spread by equipment, floor, surfaces and staff. Observinghygiene rules may reduce the risk of cross-contamination. 127

Listeria monocytogenes ile kontamine kanatlı eti ürünleri, halk sağlığı açısından önem taşımaktadır. Bu çalışmanın amacı, Türkiye'den 500 adet kanatlı örneğinde izole edilen L. monoctogenes suşlarında prevalans, serogruplandırma, virülens faktör genler, antibiyotik duyarlılık ve genetik ilişkileri saptamaktır. Kültürel yöntem EN ISO 11290-1'e göre izole edilen 103 adet (%20,6) L. monocytogenes suşundan, 100 adedi İstanbul'da satışla sunulan noktalardan, 3 adedi kesimhane kaynaklı olup suşların tümü PCR ile doğrulanmıştır. L. monocytogenes suşlarının, 1/2a-3a (%75,70), 1/2c-3c (%14,56), 1/2b-3b-7 (%5,82), 4a-4c (%2,91) ve 4b-4d-4e (%0,97) serogrup genlerini içerdiği saptanmıştır. Ayrıca, suşlarda virulens genleri (hylA, inlA, inlC, inlJ, plcA, plcB, prfA, mpl, actA, monoA-B, iap, gtcA, dltA, lip1-2a, fri ve flaA) varlığı araştırılmış ve suşların çoğunun (%95-%100) virülens genlerinin (hylA, plcA, plcB, prfA, mpl, actA, dltA, fri, flaA inlA, inlC and inlJ) büyük kısmını içerdiği belirlenmiştir. Elde edilen suşlara EUCAST'e göre ampisilin (2 µg), meropenem (10 µg), eritromisin (10 µg), trimetoprim-sulfametoksazol (25 µg), penisilin G (1U) antibiyotik duyarlılık testleri yapılmış ve dirençli suşların E-Test ve MICE testleri ile MİK değeri belirlenmiştir. Suşlarının %92'si antibiyotiklere duyarlı olup, ülkemizde ilk kez meropenem dirençli L. monocytogenes suşu rapor edilmiştir. AscI ve ApaI enzimleri ile yapılan PFGE analizi ile suşlar arasında >90'ın üzerinde benzer 18 adet pulsotip saptanmıştır. Sonuçta, halk sağlığının korunması amacıyla, kümes hayvanları işleme ortamlarında L. monocytogenes'in varlığının önlenmesi gerekmektedir.Anahtar Kelimeler: Listeria monocytogenes, Tavuk eti, PCR, Antibiyotik duyarlılık,PFGE The poultry meat products contaminated with Listeria monocytogenes are crucial for public health. The aim of this study is to investigate the prevalance, serogrouping, virulence factor genes, antibiotic susceptibility and genetic relationship of isolated strains of L. monocytogenes from 500 poultry in Turkey. According to the cultural method that based on EN ISO 11290-1, 103 (20,6%) L. monocytogenes strains which being belonged to point of sales 100 strains and slaughterhouses 3 strains were isolated and all strains were confirmed by PCR. L. monocytogenes strains were identified as 1/2a-3a (75,70%), 1/2c-3c (14,56%), 1/2b-3b-7 (5,82%), 4a-4c (2,91%) and 4b-4d-4e (0,97%) serogroup genes. In addition, the presence of virulence genes (hylA, inlA, inlC, inlJ, plcA, plcB, prfA, mpl, actA, monoA-B, iap, gtcA, dltA, lip1-2a, fri ve flaA) were searched and determined that the majority of strains (%95-100) have mostly included virulence genes (hylA, plcA, plcB, prfA, mpl, actA, dltA, fri, flaA inlA, inlC and inlJ). Antibiotic susceptibility tests of ampicillin (2 μg), meropenem (10 μg), erythromycin (10 μg), trimethoprim-sulfamethoxazole (25 μg) and penicillin G (1U) were performed on the obtained strains according to EUCAST and MIC values of resistant strains were determined by E-Test and MICE tests. 92% of the strains are susceptible to antibiotics and meropenem resistant in L. monocytogenes strains has been firstly reported in our country, Following PFGE analysis with AscI and ApaI enzymes, 18 similar pulsotypes were detected over 90% between strains. As a conclusion, the presence of L. monocytogenes must be prevented in poultry processing environments in order to protect public health.Key Words: Listeria monocytogenes, Poultry meat, PCR, Antibiotic suspectibility,PFGE 157

Aksu, İ., Evaluation of Possible Genotoxic Damage in Welders Due to Occupational Exposure, Hacettepe University Institute of Health Sciences, Ph.D. Thesis in Pharmaceutical Toxicology, Ankara, 2018. Welding is widely applied process of combining two metal pieces, in many industrial areas. Today, welding is used in many areas from simple industrial operations in small enterprises to high-tech manufacturing industries such as automotive, defense industry, aerospace. It is a very risky and dangerous practices in terms of occupational diseases. In a large number of studies on health problems caused by occupational exposure to welding, attention is drawn to the inhalation of the welding gas containing a large number of harmful substances occurring during the process. The respiratory system is in particular the target organ. Respiratory system disorders such as bronchitis, asthma, lung cancer, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), pneumonia were observed in welders. Metal fume fever is among the most common acute respiratory diseases in welders. Besides, it is known that the occupational exposure in welders, has negative effects on the skin, eyes, reproductive system and central nervous system. However, in recent years, studies on welders have concentrated on genotoxic damage. Unlike all of the effects above; genotoxic damage is a very serious condition that can trigger cancer formation, indicate late results of chronic exposure. It is known that the welding fume contains two hazardous metals, which are classified as Group 1 carcinogenic by International Agency for Cancer Research (IARC), such as chromium (Cr) and nickel (Ni). In this thesis study, the results obtained from samples of welders (n = 48) and paired controls without any exposure (n = 48) were compared. Possible genotoxic damage caused by occupational exposure has been assessed with single cell gel electrophoresis (Comet) in blood samples and micronucleus (MN) in buccal epithelial tissue samples. Genotoxic damage was found to be high in welders. This thesis was supported by Hacettepe University Scientific Research Projects Coordination Unit. Project no: THD-2015-7282. Bu tez çalışması Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeler Koordiansyon Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje no: THD-2015-7282. İÇİNDEKİLER Sayfa ONAY SAYFASI iii YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iv ETİK BEYAN SAYFASI v TEŞEKKÜR vi ÖZET vii ABSTRACT viii İÇİNDEKİLER ix SİMGELER ve KISALTMALAR xii ŞEKİLLER xiv TABLOLAR xv 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 3 2.1. Kaynak ve Kaynak İşçiliği 3 2.2. Kaynak Yöntemleri 8 2.2.1. Ark Kaynağı 8 2.2.2. Direnç Kaynağı 8 2.2.3. Gaz (Oksi-asetilen) Kaynağı 9 2.2.4. Enerji Işın Kaynakları 9 2.2.5. Katı Hal Kaynak Yöntemi 10 2.3. Kaynak İşleminde Maruz Kalınan Kimyasal Maddeler 10 ve Sağlık Üzerine Etkileri 2.3.1. Kaynak İşçilerinde Gözlenen Görme ile İlgili Rahatsızlıklar 11 2.3.2. Kaynak İşçilerinde Gözlenen Solunum Sistemi ile İlgili 12 Rahatsızlıklar 2.3.3. Kaynak İşçilerinde Gözlenen Cilt ile İlgili Rahatsızlıklar 13 2.3.4. Kaynak İşçilerinde Gözlenen Üreme Sistemi ile İlgili 13 Rahatsızlıklar 2.3.5. Kaynak İşçilerinde Gözlenen Sinir Sistemi ile İlgili 14 Rahatsızlıklar 2.3.6. Kaynak İşçilerinde Gözlenen Böbrek ile İlgili Rahatsızlıklar 15 2.3.7. Kaynak İşçilerinde Gözlenen DNA hasarı ve immün sistem 15 ilişkili Rahatsızlıklar 2.4. Kaynak Dumanının İçeriği 16 2.5. DNA Hasarı –Genotoksik Hasar 21 2.6. Genotoksisite Testleri 22 2.7. Tek Hücre Jel Elektroforez (Comet) Yöntemi 24 2.8. Mikroçekirdek Yöntemi 27 3. GEREÇ ve YÖNTEM 30 3.1. Çalışma Grubunun Seçimi 30 3.2. Çalışma Grubundan Biyolojik Örneklerin Alınması 31 3.3. Kullanılan Kimyasal Maddeler 31 3.4. Kullanılan Araç ve Gereçler 32 3.5. Hazırlanan Çözeltiler 34 3.5.1. Tek Hücre Jel Elektroforez (Comet) Yönteminde Kullanılan 34 Çözeltiler 3.5.2. Yanak Epitel Hücrelerinde Mikroçekirdek (MÇ) Yönteminde 35 Kullanılan Çözeltiler 3.6. Örneklerin Hazırlanması 36 3.7. Yöntemler 37 3.7.1. Tek Hücre Jel Elektroforez (Comet) Yöntemi 37 3.7.2. Yanak Epitel Hücrelerinde Mikroçekirdek (MÇ) Yöntemi 39 3.8. İstatistiksel Yöntemler 40 4. BULGULAR 41 4.1. Demografik Bilgiler 41 4.2. Genotoksisite Testlerine İlişkin Bulgular 43 4.2.1. Tek Hücre Jel Elektroforez (Comet) Yöntemine İlişkin Bulgular 43 4.2.2. Mikroçekirdek (MÇ) Yöntemine İlişkin Bulgular 55 5. TARTIŞMA 61 6. SONUÇ 67 7. KAYNAKLAR 69 8. EKLER Ek-1: Etik Kurul Onayı Ek-2: Bilgilendirilmiş Gönüllü Onam Formu Ek-3: Anket Formu 9. ÖZGEÇMİŞ Aksu, İ., Kaynak İşçilerinde Mesleki Maruziyete Bağlı Olası Toksik Etkilerin Değerlendirilmesi, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Farmasötik Toksikoloji Programı Doktora Tezi, Ankara, 2018. Kaynak, pek çok endüstriyel alanda, yaygın olarak uygulanan, temel amacı iki metali birleştirmek olan işlemdir. Kaynak işlemi bugün; otomotiv, savunma, havacılık gibi yüksek teknolojili üretim yapılan sanayi dallarından, küçük işletmelerde gerçekleştirilen basit endüstriyel işlemlere kadar pek çok alanda kullanılmaktadır. Meslek hastalıkları açısından oldukça riskli ve tehlikeli bir uygulamadır. Kaynak işçiliğinde mesleki maruziyetin yol açtığı sağlık sorunları üzerine yapılan çok sayıda çalışmada, işlem esnasında ortaya çıkan çok sayıda zararlı etkenler içeren kaynak gazının solunmasına, dikkat çekilmektedir. Solunum sistemi özellikle hedef organ durumundadır. Kaynak işçilerinde bronşit, astım, akciğer kanseri, kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), pnömoni gibi solunum sistemi rahatsızlıkları gözlenmektedir. Metal dumanı ateşi de kaynak işçilerinde en sık rastlanan akut solunum hastalıkları arasındadır. Bunun yanı sıra kaynak işçilerindeki mesleki maruziyetin deri, göz, üreme sistemi, santral sinir sistemi üzerine de olumsuz etkileri olduğu bilinmektedir. Bununla birlikte, son yıllarda kaynak işçileri üzerine yapılan çalışmalarda genotoksik hasar incelemeleri yoğunlaşmaktadır. Yukarıda sayılan tüm etkilerden farklı olarak, sonuçları kronik maruziyet sonrası geç ortaya çıkan genotoksik hasar, kanser oluşumunu tetikleyebilen oldukça ciddi bir durumdur. Kaynak dumanının içinde krom (Cr) ve nikel (Ni) gibi grup 1 karsinojen metal olarak değerlendirilen iki tehlikeli metalin yer aldığı bilinmektedir. Bu tez çalışmasında da, kaynak işçilerinden (n=48) ve herhangi maruziyeti olmayan eşleştirilmiş kontrollerinden (n=48) alınan örneklerden elde edilen sonuçlar karşılaştırılmıştır. Kan örneklerinde tek hücre jel elektroforez (Comet), bukkal epitel doku örneklerinde mikroçekirdek (MÇ) yöntemleriyle; mesleki maruziyetin neden olabileceği olası genotoksik hasar değerlendirilmiştir. Kaynak işçilerinde genotoksik hasarın yüksek olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeler Koordiansyon Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje no: THD-2015-7282. Anahtar Kelimeler: Genotoksisite, kaynak işçiliği, mesleki maruziyet, tek hücre jel elektroforez, mikroçekirdek.

Amaç: Bu çalışmada; çevre, gıda ve insan kaynaklı metisilin dirençli Staphylococcus aureus'ların farklı kaynaklardan izolasyonu ve identifikasyonunun ardından, metisilin dirençleri, stafilokokkal enterotoksin üretme yeteneklerinin belirlenmesi, çalışmada elde edilen izolatlara, hastane ve toplum kökenli MRSA izolatlarının da ilave edilmesiyle, farklı kaynaklardan elde edilen MRSA suşlarının aralarındaki genetik ve klonal ilişkilerin ortaya konulması amaçlanmıştır.Materyal ve Metot: Mart 2016 – Eylül 2017 tarihleri arasında Samsun ve çevresindeki dört gıda işletmesinden temin edilen 500 gıda (çiğ süt, peynir, kuşbaşı et, kıyma, köfte), 184 personele ait el yıkantısı ve burun sıvabı, 60 çevresel sıvap örneği (tezgah, tekne, bıçak, zemin, duvar) ile hastane/toplum kaynaklı 53 MRSA izolatı materyal olarak kullanıldı. Örneklerde S. aureus'ların izolasyon ve identifikasyonu ISO 6888-2 metodu ile, nuc, coa, sspA ve mecA genleri (metisilin direnç) varlığı PCR ile belirlendi. Daha sonra elde edilen izolatlarda enterotoksin genlerinin (sea, seb, sec, sed ve see) varlığı PCR ile belirlenirken, toksin oluşturma yetenekleri ise ELISA testi ile belirlendi. Son olarak da tüm izolatların klonal ve genetiksel ilişkileri PFGE ile araştırıldı.Bulgular: Gıda örneklerinin 99'undan (%19,8), personel örneklerinin 46'sından (%25) ve çevresel örneklerin 7'sinden (%11,6) toplam 173 S. aureus izolatı izole edildi. İzolatların 54'ünün (%31,2) mecA geni taşıdığı, 50'sinin (%28,9) sea, seb, sec, sed, see genlerinden bir veya daha fazlasını içerdiği, 61'inin (%35,2) toksinlerden en az birini üretebildiği belirlendi. Çalışmaya hastane/toplum kaynaklı 53 MRSA izolatının da eklenmesi sonucu tüm izolatlar arasındaki klonal ve genetiksel ilişkiler PFGE ile araştırıldı. Bir gıda personeli burun izolatı ile bir hastane aspirat izolatının %100, başka bir gıda personeli burun izolatı ile bir hastane yara akıntısı izolatının %90,9, bir el yıkantısı izolatı ile bir peynir izolatının %100, iki çiğ süt izolatı ile bir hastane kan kültürü izolatı arasında da %83,3 oranında benzerlik bulundu.Sonuç: İncelenen gıda, çevre ve personel örneklerinde metisilin dirençli ve enterotoksijenik S. aureus'ların yüksek oranda bulunması, hastane ve gıda kaynaklı MRSA izolatlarının büyük oranda klonal benzerlik göstermesi halk sağlığı açısından ciddi risk oluşturduğu görülmüştür.Anahtar Kelimeler: Çevre, gıda, insan kaynaklı MRSA; klonal ilişki; PFGE; S. aureus. Aim: The purpose of this study is to isolate and identify environment, food and human related MRSAs; to determine their methicillin resistance and their ability to reproduce staphylococcal enterotoxin and to present the genetic and clonal relationship between MRSA strains obtained from different sources after adding hospital and society-based MRSA isolates to the isolates obtained in the study.Material and Method: Between March 2016 and September 2017, 500 food (raw milk, cheese, meat cubes, minced meat and meatball), 184 staff handwash/nasal swab and 60 business environmental (counter, basin, knife, floor, wall) swab samples were taken from four food establishments in and around Samsun. Following the isolation and identification of S. aureus from the samples, nuc, coa, sspA genes were analyzed. ELISA test was applied for enterotoxin genes sea, seb, sec, sed, see and methicillin resistance gene mecA analysis and toxin reproducing ability. 53 hospital/society-based MRSA isolates were included in the MRSAs obtained and clonal and genetic relationships of all isolates were researched with PFGE.Results: A total of 173 S. aureus, 99 (19,8%) from food, 46 (25%) from staff and 7 (11,6%) from environmental samples, were isolated. It was found that 54 (31,2%) of the isolates carried mecA gene, 50 (28,9%) included one or more of sea, seb, sec, sed, see genes and 61 (35,2%) could reproduce at least one of the toxins. 53 hospital/society-based MRSA isolates were added in the study and clonal and genetic relationships were researched with PFGE. One food staff nasal isolate and one hospital aspiration isolate showed 100% clonal similarity, while another food staff nasal isolate and one hospital wound discharge isolate showed 90,9% clonal similarity and one handwash isolate and one cheese isolate and one floor isolate and one raw milk isolate showed 100% clonal similarity. Two raw milk isolates and one hospital blood culture isolate were found to be 83,3% similar.Conclusion: It was concluded that the results that staff working in food production and the food they produced with their hands had high rates of methicillin resistant and enterotoxigenic S. aureus, and that human, food and business environment related MRSA strains were clonally similar in high rates pose a serious risk in the field of public health.Key Words: Clonal relationship; environment, food, human related MRSA; PFGE; S. aureus. 137

Glomerüler hastalıklar etiyolojilerine (primer veya sekonder), patogenezlerine ve klinik özelliklerine göre sınıflandırılabilir. En iyi tedavi yanıtının alınması ve en uygun hastalık takibinin planlanması için glomerülonefritlerin primer-sekonder ayrımının yapılması çok önemlidir. Bu ayrımda klinik prezentasyon, çeşitli laboratuvar belirteçleri, böbrek biyopsisinin histopatolojik bulguları yardımcı olmaktadır. Fakat klinik pratikte birçok vakada primer-sekonder ayrımında zorluklar yaşanmaktadır. Protein elektroforezi, plazmadaki proteinleri fiziksel özelliklerine göre ayırma yöntemidir. Protein elektroforezi birçok kronik inflamatuar sistemik hastalığın tanı ve takibinde kullanılmaktadır. Birçok biyokimyasal ve serolojik testlere göre çok daha ucuz ve pratik bir tanı yöntemidir. Çalışmamızda bu yöntemin glomerülonefritlerin etiyolojilerinin aydınlatılmasında yardımcı olup olamayacağının belirlenmesi amaçlandı.Çalışmamızda 2008-2016 tarihleri arasında Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Nefroloji Kliniğinde proteinüri, hematuri, böbrek yetmezliği gibi çeşitli nedenler ile yapılan böbrek biyopsileri tarandı. Tanı anında protein elektroforezi olan ve primer veya sekonder glomerülonefrit tanısı kesinleştirilen hastalar çalışmaya dâhil edildi.Yapılan biyopsilerin 258'inde (%59,7) primer glomerülonefrit tanısı kondu. En sık membranöz glomerülonefrit saptanırken (%32,2). Sekonder glomerülonefritler hastaların %40,3'ünde saptandı. En sık sekonder glomerülonefrit nedeni amiloidoz olarak bulundu (%28,1). Serum protein elektroforezi bandları primer ve sekonder glomerülonefritlerde karşılaştırıldığında albümin fraksiyonunun primer glomerülonefritlerde; α2 ve gama fraksiyonlarının sekonder glomerülonefritlerde dah yüksek olduğu saptandı. Eritrosit sedimentasyon hızı ve C-reaktif protein düzeyleri sekonder glomerülonefritlerde daha yüksekti.Primer ve sekonder glomerülonefritlerin ayrımında çeşitli zorluklar yaşanmaktadır. Yeni bulunan moleküllerin ve genetik testlerin daha zamana ihityaçları vardır. Serum protein elektroforezi ucuz, basit ve ulaşımı çok daha kolay bir test olması hasebiyle; özellikle gama bandının hastanın diğer laboratuar ve klinik özellikleri ile birlikte yorumlanması klinisyene primer sekonder glomerülonefrit ayrımında yardımcı olabilir. Sekonder glomerülonefrit için kabul görecek gama yüzdesi eşik değeri çalışmamızı destekleyen yayınlar ile mümkün olabilir. Glomerular diseases can be classified according to etiology (primary or secondary), pathogenesis and clinical features. It is very important to distinguish the primary-secondary glomerulonephritis for the best treatment response and to plan the most appropriate follow-up. Clinical presentation, various laboratory markers, histopathological findings of kidney biopsy are helpful in this distinction. However, there are difficulties in distinction between primary and secondary in many cases in clinical practice, Protein electrophoresis is a method of separating proteins in the plasma according to their physical properties. Protein electrophoresis is used in the diagnosis and follow-up of many chronic inflammatory systemic diseases. It is a much cheaper and more practical diagnostic method than many biochemical and serological tests. In our study, it was aimed to determine whether this method could be helpful in elucidating the etiology of glomerulonephritis.In the present study, kidney biopsies which were performed in Nephrology Clinic, Uludag University Medical Faculty between the years 2008-2016 for various reasons such as proteinuria, hematuria, renal failure etc, were evaluated. Patients who had protein electrophoresis at the time of diagnosis and who had absolute diagnosis with primary or secondary glomerulonephritis were included in the study.Primer glomerulonephritis was diagnosed in 258 of the biopsies (59.7%). The most common glomerulonephritis was membranous glomerulonephritis (32.2%). Secondary glomerulonephritis was observed in 40.3% of patients. The most common secondary cause of glomerulonephritis was found as amyloidosis (28.1%). When the serum protein electrophoresis bands were compared in primary and secondary glomerulonephritis, the albumin fraction was higher in primary glomerulonephrites; α2 and gamma fractions were higher in the secondary glomerulonephrites. Erythrocyte sedimentation rate and C-reactive protein levels were higher in secondary glomerulonephritis.There are various difficulties in distinguishing primary and secondary glomerulonephritis. Newly found molecules and genetic tests require more time to ube used in clinical practice. Due to the fact that serum protein electrophoresis is cheap, simple and much easier to access; interpretation of the gamma band in conjunction with other laboratory and clinical features of the patient may help to distinguish primary secondary glomerulonephritis. The threshold value of the percentage for secondary glomerulonephritis may be possible with publications supporting our study. 44

Silicon (Si) is the second most abundant element after oxygen that was mainly found in granite, flint, quartz rocks and stones. Exposure to crystalline silica (SiO2) occurs mainly in foundry, processing of diatomaceous earth, brick and ceramics manufacturing. It is known that long term exposure to respirable crystalline silica cause fibrosis and silicosis. Variable diseases such as lung cancer, pulmonary tuberculosis, chronic obstructive pulmonary disease and autoimmune diseases have been associated with occupational crystalline silica exposure. It is reported that crystalline silica exposure can increase the formation of reactive oxygen species and deterioration of the immune and genetic parameters. Occupational crystalline silica exposure is still considered as a major health problem all over the world, especially in the developing countries. The aim of this study was to evaluate the possible genotoxic damage in ceramic workers. For this purpose, the blood and buccal epithelial cell samples were taken from the workers exposed to crystalline silica (n=99) and their controls (n=81). The DNA damage in isolated lymphocytes and whole blood cells by alkaline single cell electrophoresis, micronucleus (MN) frequencies in buccal epithelial cells and 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine (8-OHdG) levels in plasma samples were determined. In this study, it is found that DNA damage in blood and lymphocytes, MN frequencies in buccal epithelial cells and plasma 8-OHdG levels were significantly increased in crystalline silica exposed workers when compared to their controls. These results showed that occupational crystalline silica exposure cause genotoxic damage that may lead to important health problems in ceramic workers. TÜBİTAK 1002 Hızlı Destek Programı (Proje no: 115S079) ve TÜBİTAK BİDEB 2211/A Yurt İçi Doktora Burs Programı. ONAY SAYFASI iii YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iv ETİK BEYAN SAYFASI v TEŞEKKÜR vi ÖZET vii ABSTRACT viii İÇİNDEKİLER ix SİMGELER ve KISALTMALAR xii ŞEKİLLER xv TABLOLAR xix 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 3 2.1. Partikül Madde Tanımı ve Sınıflandırılması 3 2.2. Partiküllerin Solunum Sistemindeki Davranışları ve Akciğerlerin Savunma Mekanizması 4 2.3. Silikanın Yapısı, Genel Özellikleri, Doğada Bulunuşu ve Kullanım Alanları 8 2.3.1. Silikanın Yapısı 8 2.3.2. Silikanın Genel Özellikleri 9 2.3.3. Silikanın Doğada Bulunuşu ve Kullanım Alanları 10 2.4. Silikaya Maruziyet Yolları 11 2.4.1. Çevresel Maruziyet 11 2.4.2. Mesleki Maruziyet 12 2.5. Silikanın Biyolojik Yazgısı 16 2.6. Silika Toksisitesi 17 2.6.1. Silika Toksisitesinin Mekanizmaları 17 2.6.2. Silika Toksisitesini Etkileyen Faktörler 18 2.6.3. Deneysel Çalışmalarda Görülen Toksik Etkiler 20 2.6.4. İnsanlarda Görülen Toksik Etkiler 22 2.7. Reaktif Oksijen Bileşikleri, Etkileri, Oksidatif DNA Hasarı ve 8-hidroksi-2’-deoksiguanozin (8-OHdG) 30 2.7.1. Reaktif Oksijen Bileşikleri 30 2.7.2. Reaktif Oksijen Bileşiklerinin Etkileri ve Oksidatif DNA Hasarı 32 2.7.3. DNA Katım Ürünleri ve 8-hidroksi-2’-deoksiguanozin (8-OHdG) 34 2.8. Türkiye’de ve Dünyada Toz Maddeler ile Kristal Silikaya İlişkin Yasal Düzenlemeler 35 2.9. Çalışmada Kullanılan Yöntemler 44 2.9.1. Tek Hücre Jel Elektroforez (COMET) Yöntemi 44 2.9.2. Mikroçekirdek (MÇ) Yöntemi 46 2.9.3. Plazmada 8-hidroksi-2’-deoksiguanozin (8-OHdG) Tayini 54 3. GEREÇ ve YÖNTEM 55 3.1. Çalışma Grubunun Seçimi 55 3.2. Çalışma Grubundan Biyolojik Örneklerin Alınması 56 3.3. İşçi Grubunun Akciğer Filmleri 56 3.4. İşçi ve Kontrol Grubunun Spirometrik İncelemesi 58 3.5. İşyeri Ortamında Toz Ölçümü 58 3.6. Kullanılan Kimyasal Maddeler 58 3.7. Kullanılan Araç ve Gereçler 59 3.8. Hazırlanan Çözeltiler 61 3.8.1. Tek Hücre Jel Elektroforez (COMET) Yönteminde Kullanılan Çözeltiler 61 3.8.2. Yanak Epitel Hücrelerinde Mikroçekirdek (MÇ) Yönteminde Kullanılan Çözeltiler 63 3.8.3. Plazmada 8-Hidroksi-2’-deoksiguanozin (8-OHdG) Tayininde Kullanılan Çözeltiler 63 3.9. Örneklerin Hazırlanması 65 3.9.1. Plazma Eldesi 65 3.9.2. Lenfosit Eldesi 65 3.10. Yöntemler 65 3.10.1. Tek Hücre Jel Elektroforez (COMET) Yöntemi 65 3.10.2. Yanak Epitel Hücrelerinde Mikroçekirdek (MÇ) Yöntemi 67 3.10.3. Plazmada 8-Hidroksi-2’-deoksiguanozin (8-OHdG) Düzeylerinin Değerlendirilmesi 68 3.11. İstatistiksel Yöntemler 69 4. BULGULAR 71 4.1. Demografik Bulgular 71 4.2. Spirometrik İnceleme Sonuçları 81 4.3. Uluslararası Çalışma Örgütü (ILO) Sınıflamasına Dayanarak Akciğer Filmlerinin Değerlendirilmesi 82 4.4. İşyeri Ortamında Toz Ölçüm Sonuçları 83 4.5. Tek Hücre Jel Elektroforez (COMET) Yöntemine İlişkin Bulgular 83 4.5.1. Lenfositlerde Tek Hücre Jel Elektroforez (COMET) Yöntemine İlişkin Bulgular 83 4.5.2. Kan Hücrelerinde Tek Hücre Jel Elektroforez (COMET) Yöntemine İlişkin Bulgular 94 4.6. Yanak Epitel Hücrelerinde Mikroçekirdek (MÇ) Yöntemine İlişkin Bulgular 93 4.7. Plazmada 8-Hidroksi-2’-deoksiguanozin (8-OHdG) Düzeylerinin Değerlendirilmesine İlişkin Bulgular 117 4.8. Parametreler Arası Korelasyonunun Değerlendirilmesi 128 5. TARTIŞMA 129 6. SONUÇ ve ÖNERİLER 142 7. KAYNAKLAR 146 8. EKLER Ek-1: Etik Kurul Onayı Ek-2: Bilgilendirilmiş Gönüllü Onam Formu Ek-3: Anket Formu 9. ÖZGEÇMİŞ Silisyum (Si), başlıca granit, çakmak taşı, kuvars kaya ve taşlarında yer alan, doğada oksijenden sonra en çok bulunan ikinci elementtir. Silika (SiO2) kristallerine mesleki maruziyet, başlıca dökümcülük, diyatome toprağının işlenmesi, seramik ve tuğla yapımı sırasında meydana gelmektedir. Solunabilir kristal silikaya uzun süreli maruziyetin fibrozis ve silikozise neden olduğu bilinmektedir. Akciğer kanseri, tüberküloz, kronik tıkayıcı akciğer hastalığı ve otoimmün hastalıklar gibi bazı hastalıklar da mesleki kristal silika maruziyeti ile ilişkilidir. Kristal silika maruziyetinin reaktif oksijen bileşiklerinin oluşmasına, immün ve genetik göstergelerin bozulmasına neden olduğu rapor edilmiştir. Mesleki kristal silika maruziyeti özellikle gelişmekte olan ülkeler olmak üzere tüm dünyada halen önemli bir sağlık sorunu olarak görülmektedir. Bu çalışmanın amacı, seramik işçilerinde olası genotoksik etkilerin incelenmesidir. Bu amaçla kristal silikaya maruz kalan seramik işçilerinden (n=99) ve kontrollerinden (n=81) kan ve yanak epitel hücre örnekleri alınmıştır. Kan örnekleri ve izole lenfositlerde tek hücre jel elektroforez (COMET) yöntemi ile DNA hasarı, yanak epitel hücrelerinde mikroçekirdek (MÇ) sıklığı ve plazma örneklerinde 8-hidroksi-2’-deoksiguanozin (8-OHdG) düzeyleri incelenmiştir. Çalışmada, kontrol grubuyla karşılaştırıldığında, kristal silikaya maruz kalan işçilerin kan ve lenfosit örneklerinde DNA hasarının, yanak epitel hücrelerinde MÇ sıklığının ve plazma 8-OHdG düzeylerin anlamlı derecede artmış olduğu saptanmıştır. Bu sonuçlar, seramik işçilerinde mesleki kristal silika maruziyetinin, genotoksik hasara neden olarak önemli sağlık sorunlarına yol açabileceğini göstermektedir.

Depresyon, dünya nüfusunun yaklaşık %20 gibi büyük bir kısmını etkileyecek kadar yaygın olması yanında; günlük yaşam işlevselliğini bozarak neden olduğu yeti kayıpları, ekonomik sonuçları ve yüksek intihar eğilimi nedeniyle de en önemli psikiyatrik sorunlardan biri olma özelliğini sürdürmektedir. Major depresyon tanısında biyokimyasal tekniklere dayalı bir tanı sistemi henüz geliştirilmemiştir. Bu çalışmanın amacı, sıçanlarda zorunlu yüzme testi ile oluşturulmuş depresyon modeli ile depresyon sırasında değişim gösteren serum örneklerindeki proteinlerin tanımlanmasıdır. Depresyon ve kontrol gurubu olarak ayrılan toplam 14 hayvandan alınan serum örnekleri kromatografik yöntemlerle ayrıştırılıp daha sonra 2 boyutlu elektroforez ile karşılaştırılması yapıldı. İki boyutlu elektroforez sonrasında bilgisayar yazılımı ile ifadelerinde farklılık gösteren toplam 9 potansiyel tanı proteini dizisi belirlendi.Çalışmanın son aşaması olan MALDI-TOF analizi aşamasında, guruplar arasında farklı ifade edildiği belirlenen noktaların dizileri elektriksel alanda aminoasit kalım sürelerini hesaplama yoluyla belirlendi. Aralarında anlamlı farklılık bulunan protein ifadeleri karşılaştırılarak elde edilen 9 farklı noktanın ayrı ayrı ya da birkaçı birlikte kullanılarak potansiyel biyobelirteçler olabilecekleri sonucuna varıldı Aside from its pervasiveness, whereby it affects as much as 20% of the world's population, depression continues to be one of the most important psychiatric problems due to the loss of power caused by disrupting daily life functioning, economic consequences, and high suicidal tendency. A diagnostic system based on biochemical techniques for major depression has not yet been developed. In this study, we aimed to identify the proteins in serum samples that change during depression with the major depression model created by forced swimming test in rats. Serum samples taken from 14 animals, as divided by depression and control groups, were separated by chromatographic methods and then compared with 2D electrophoresis. After the two-dimensional electrophoresis, a total of 9 potential diagnostic protein sequences were identified, which differed in their expressions with computer software.During the last phase of the study of the MALDI-TOF analysis, the sequences of points identified differentially among the groups were determined by calculating the durations of amino acid residues in the electrical field. By comparing protein expressions with significant differences among them, it was concluded that 9 different points could be used together as a potential biomarker. 84

Bu çalışmada, insanlarda idrar ve gaita örneklerinden izole edilen enterokokların ısı şok proteinlerinin sentezi araştırıldı. Bu amaçla multipleks PCR tekniği ile incelenen 32 idrar örneğinden 20 (%62.5) adet, 60 gaita örneğinden de 10 (%16.6) adet olmak üzere toplam 30 adet E. faecalis identifiye edildi. İncelenen 177 idrar örneğinden 8 (%4.5) adet ve 46 gaita örneğinden de 22 (%47.8) adet olmak üzere toplam 30 adet E. faecium identifiye edildi. SDS-PAGE yöntemiile yapılan protein bant analizlerinde; E. faecalis ve E. faecium referans suşları ile ön deneme amacıyla farklı sürelerde farklı ısı uygulamaları yapılarak ısı şok poteini (HSP) sentezinin optimal olarak görülebildiği ısılar ve uygulama süreleri belirlendi. E. faecalis referans suşunun 42 C ve 45 C'lerde ayrı ayrı 30'ar dk. süre ile strese maruz bırakılması sonucunda, her iki ısı uygulaması ile 38, 68 ve 120 kDa moleküler ağırlıkta yeni ve farklı protein molekülleri sentezlediği belirlendi. E. faecium referans kültürünün ise 42 C ve 52 C'lerde ayrı ayrı 30'ar dk. süre ile strese maruz bırakılması sonucunda her iki ısı uygulaması ile 67, 73, 80 ve 120 kDa moleküler ağırlıkta yeni ve farklı protein molekülleri sentezlediği belirlendi. İncelenen 30 adet E. faecalis izolatında 30 dk süre ile uygulanan 42 C'lik ısıda 38 (%3.3), 43 (%50) ve 120 (%80) kDa'luk protein molekülleri tespit edildi. 45 C'lik ısıda da yine 38 (%6.6), 43 (%26.6) ve 120 (%66.6) kDa'luk protein molekülleri gözlendi. Aynı sayıdaki E. faecium izolatlarında ise 30 dk. süre ile uygulanan 42 C'lik ısıda sadece 3 (%10) izolatın 120 kDa'luk protein molekülü sentezlediği gözlenirken; 52 C'lik ısıda 38 (%33.3), 43 (%3.3), 56 (%3.3) ve 120 (%6.6) kDa'luk protein molekülü sentezlediği tespit edildi.Anahtar Sözcükler: E. faecalis, E. faecium, SDS-PAGE, Isı Şok Proteini, HSP In this study, the synthesis of heat shock proteins (HSP) was investigated in enterococci isolated from urine and stool samples of humans. For this purpose, a total of 30 E. faecalis isolates, 20 (62.5%) from 32 urine and 10 (16.6%) from 60 stool samples were identified by multiplex PCR technique. A total of 30 E. faecium isolates were identified as 8 (4.5%) from 177 urine and 22 (47.8%) from 46 stool samples. In protein band analysis performed on SDS-PAGE; E. faecalis and E. faecium reference strains were subjected to different heat treatments at various application times for preliminary testing to determine optimal temperatures and application times for HSP synthesis. According to the treatment of E. faecalis reference strain with 42 C and 45 C temperatures for 30 min. separately, new and different protein molecules as 38, 68 and 120 kDa molecular weight, were determined respectively. After treatment of E. faecium reference strain at 42 C and 52°C temperatures for 30 min. respectively, it synthesized new and different protein molecules at 67, 73, 80 and 120 kDa molecular weight at both heat treatments. Protein molecules of 38 (3.3%), 43 (50%) and 120 (80%) kDa were detected at 42 C in 30 E. faecalis isolates. Same protein molecules were also observed at 45°C. While only 3 E. faecium isolates synthesized 120 kDa protein at 30 min with 42°C treatment, 38, 43, 56 and 120 kDa protein molecules were observed at 52°C.Keywords: E. faecalis, E. faecium, SDS PAGE, Heat Shock Protein, HSP 64

Bu çalışmada farklı poliklinik ve kliniklere başvuran hastalardan immünfiksasyon elektroforezi (İFE) istenme endikasyonlarını, hastaların klinik velaboratuvar bulguları ile korelasyonunu saptamayı ve kesin tanı almış monoklonalgammopati (MG) olgularının sınıflamasını yaparak klinik dökümünü çıkarmayıamaçladık.Çalışmaya Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde Aralık 2013 -Temmuz 2016 tarihleri arasında 4474 farklı hastanın İFE sonuçları alındı. MGsaptanan 472 hasta retrospektif olarak değerlendirildi. Hastalar yaş, cinsiyet,serum ve idrar İFE sonuçları, İFE istemi yapılan klinikler, İFE istenmeendikasyonları ve kesin tanıları ile incelendi.Hastaların medyan yaşı 64 (17-90); toplam 472 hastanın %47.5'ikadın %52.5'i erkekti. İFE isteminin %74'ü Hematoloji, %13.1'i İçHastalıkları, %5'i diğer İç Hastalıkları birimleri tarafından, geriye kalanlar diğerpoliklinikler tarafından farklı endikasyonlarla istenmişti.MG saptanan 472 hastanın %59,5'inde multipl myelom öntanısı, %13,3'ünde lenfoma ön tanısı, %2,5'inde polinöropati, %0.4'ündeamiloidoz ön tanısı ile İFE istendiği görüldü. 114 hastada ise farklı nedenler ileIFE istenildiği ya da istem nedenine ulaşılamadığı görüldü. Kesin tanı almış veMG olan olgularda, %44,5 plazma hücre hastalıkları ve %14,6 lenfoproliferatifhastalıklar saptandı. MG'ye non-hematolojik hastalıklardan en sık romatolojikhastalıklar eşlik etmekteydi.MG olan hastaların serum İFE Ig ve hafif zincir dağılımında en sık IgGkappa MG (%35,3), 2. sıklıkta IgG lambda MG (%10,8) saptandı. İdrar İFE izotipdağılımlarında ise en sık kappa hafif zincir MG (%5,6), 2. sıklıkta lambda hafifzincir MG (%2.4) saptandı.Sonuç olarak, İFE'nin en sık hematoloji ve diğer iç hastalıkları birimleritarafından istendiği ve İFE istenme nedeninin en sık multiple myelom velenfoproliferatif hastalıkları saptamaya ve takibine yönelik olduğu görülmüştür.Bunun dışında özellikle polinöropati ile seyreden durumlar, otoimmün hastalıklargibi açıklanamayan, farklı klinik prezentasyonla gelen ve nadir görülen birçokhastalıkta da MG saptanma olasılığı düşünülmeli ve diğer bölümlerdekihekimlerin bu konu ile ilgili farkındalığı arttırılmalıdır. In this study, we aimed to demonstrate different indications to orderimmunofixation electrophoresis (IFE) from different inpatient and outpatientclinics, correlations between IFE results and patients' clinical and laboratorycharacteristics and classify confirmed cases of monoclonal gammopathy (MG).Four thousand six hundred and two IFE tests conducted between December2013 and July 2016 were included in this study. Five hundred cases with MG wereretrospectively evaluated. Age, gender, serum and urine IFE results, clinical data,indication to order test and final diagnosis were accessed from medical filesretrospectively.Out of 472 patients with MG, median age was 64 years (range 17-90),52.5% were male and 47.5% were female. 74% of IFEs were ordered byHematology, 13.1% were ordered by General Internal Medicine department, 5%were ordered by other internal medicine departments; remainder were ordered bydifferent clinics.%59,5 of IFEs were ordered as diagnostic workup for multiple myeloma,13,3% were ordered to diagnose possible lymphoma; 2.5% for diagnostic workupof polyneuropathy and 0.4% were ordered for diagnostic workup of amyloidosis.Indication to order IFE was unaccessable for 114 patients.Within the patients with definitive diagnosis and MG, 44.5% patients hadplasma cell diseases, and 14.6% had lymphoprofilerative diseases. Most commonnon-hematological condition associated with MG were rheumatological diseases.Patients with MG were most commonly positive for IgG-Kappa MG(35,3%) and IgG-Lambda MG (10,8%) in serum IFE. Most common MG in urineIFE were kappa light chain MG (5,6%), and lambda light chain MG (2.4%). In conclusion, IFE were most commonly ordered by Hematology and otherbranches of Internal Medicine. Most common indication to order IFE was todiagnose and follow up plasma cell and lymphoproliferative diseases. However,clinicians should also be aware of other indications to order IFE in diagnosticworkup of rare diseases with different clinical presentations such as unexplainedpolyneuropathies or autoimmune diseases which may be associated with MG.Awareness of clinicians within other disciplines should be increased regarding theusefulness of IFE and rare clinical presentation of MG. 85

Grup A Streptokoklar (GAS), 5-15 yaş grubunda görülen tonsillofarenjitin major bakteriyel sorumlusudur. GAS'lar solunum yolları dışında deri ve yumuşak dokuda primer süpüratif enfeksiyonlar, romatizmal ateş, glomerülonefrit gibi geç komplikasyonların yanı sıra nadiren de nekrotizan fasiit, bakteriyemi, toksik streptokok şok sendromu (STŞS), puerperal sepsis, pnömoni ve menenjit gibi yüksek mortalite ile seyreden hastalıklara yol açarlar.GAS virulansında çok sayıdaki adeziv ve invaziv proteinin yanı sıra M proteini, adezyon ve invazyonu ile birlikte konak immun cevabından kaçış ve immunopatogenezin oluşumundan sorumludur. Bu güne kadar 250'den fazla M genotipi tespit edilmiştir. M protein genotiplerinin enfeksiyonun prognozu ile ilişkisi gösterilmiş ve M genotipinin prognoz için prediktif öneme sahip olduğu bildirilmiştir. Ayrıca M proteinlerinin serotiplendirilmesi veya emm genotip tayini, GAS enfeksiyonlarının sürveyansında altın standart olarak kabul edilmektedir. Diğer taraftan GAS tarafından salgılanan süperantijenler (Sags) malign seyreden stereptokok enfeksiyonlarının patogenezinde rolü kesin olarak ispatlanmıştır.Bu çalışmada, tonsillofaranjit dışı klinik yakınması olan hastalardan tanı amacı ile alınan klinik örneklerden izole edilen GAS suşlarında emm genotipleri ve SAgs genlerinin suşlar arasında dağılımı, klinik tablo ile bu genotipler arasındaki ilişki ve bu ilişkinin filogenetik özellikleri sorgulanmıştır. Test suşları Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarı ve bölge hastanelerinden temin edilmiştir. Grup A streptokokların M proteinlerinin tiplendirilmesi emm geninin sekans analiz ile yapılmıştır. GAS izolatların Sags ve diğer virülans gen profilleri polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile belirlenmiştir. Suşlar arasındaki klonal ilişki Pulsed-field jel elektroforezi (PFGE) yöntemi ile tanımlanmıştır. emm-PCR sonucunda 86 izolatta emm geni pozitif bulunmuştur. CDC databazı kullanılarak yapılan emm tiplendirmesinde 22 (%25.58) ayrı emm tipi tespit edilmiş ve emm tiplerinin prevalansını irdelediğimizde en yaygın görülen tiplerin sırası ile emm28 (%22.09), emm1 (%18.60), emm12 (%13.95), emm3 (%11.62) ve emm89 (%3.48) olduğu görülmüştür. SAgs tipleri, Dnaz, proteaz gibi virülans genlerinin tespiti ve prevalansı irdelendiğinde; en prevalan tiplerin SpeG (%58.13), SpeC (%56.97), sdaB (%53.48), mac (%53.48) geninin olduğu tespit edilmiştir. PFGE analiz değerlendirmesinde izolatlar arasında anlamlı bir klonal ilişki bulunmadığı görülmüştür. Sonuç olarak ülkemizde GAS virulans faktörlerinin tespiti ve prevalansı için bölgesel çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Group A Streptococcus (GAS), are the major bacterial agents of tonsillopharyngitis observed between the 5-15 age group. GAS causes late complications such as respiratory system infections, primary suppurative infections of skin and soft tissue, rheumatic fever, glomerulonephritis , and also associated with the diseases in a few cases of necrotizing fasiit, bacteremia, toxic streptococcus shock syndrome (STSS), puerperal sepsis, pneumonia and menengitis with high mortality. M protein is responsible for adhesion and invasion to escape from host immune response and the formation of the immunopathogenesis as well as the numerous adhesive and invasive proteins in virulence of GAS. Until today over than 250 M genotypes were determined. The relationship between M protein genotypes and prognosis of infection was shown and the predictive importances of M genotype for prognosis were reported. It is considered that serotyping of M protein or determination of emm genotype is gold standard for surveillance of GAS infections. On the other hand, the role of superantigens (Sags) secreted by GAS in the pathogenesis of malignant characterized streptococcus infections has been proven. In this study, distribution of emm genotypes, Sags genes, the relation between clinical table and these genotypes and the phylogenetic properties of this relation among the GAS strains isolated from the clinical samples taken from the patients with clinical symptoms excluding tonsillopharyngitis were investigated. Test strains were obtained from Central Laboratory of Çukurova University Balcalı Hospital and regional hospitals. M protein of Group A streptococcus was typed by sequence analysis of emm genes. Sags and other virulence gene profiles of GAS isolates were determined by polymerase chain reaction (PCR) method. Clonal relationships between strains were described by the Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) method. As a result of emm-PCR was found positive emm genes in 86 isolates. emm typing using the CDC database have been identified 22 (%25.58) different emm types. When examined the prevalence of emm type, it was found that the most common type is emm28 (%22.09), emm1 (%18.60), emm12 (%13.95), emm3 (%11.62) and emm89 (%3.48), respectively. When the detection and prevalence of virulence genes such as SAgs types, Dnase, protease were examined, the most prevalent types were SpeG (%58.13), SpeC (%56.97), sdaB (%53.48), mac (%53.48) genes. PFGE analysis showed no significant clonal relationship between isolates. In conclusion, regional studies are needed for the detection and prevalence of GAS virulence factors in our country. 89

ÖZETAmaç: Bu tez çalışmasında insan prekürsör insülin proteinlerinin Pichia pastoris ve Escherichia coli hücrelerinde rekombinant olarak üretilmesi ve bu hücrelerin insülin sentez etme kapasitelerinin karşılaştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: İnsan insülin proteinini kodlayan gen, insan orijinli HeLa hücrelerinden elde edilen genomik DNA üzerinden polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile hazırlandı. Elde edilen insülin geni pPink-HC, pET-14b ve pGFP plazmit vektörlerine klonlandı. Oluşturulan plazmit vektörlerin ön kontrolleri uygun restriksiyon enzdonükleaz enzimleri ile kesildikten sonra agaroz jel elektroforezi teknikleri ile yapıldı. Plazmitlerin nihai kontrolleri DNA dizi analizleri ile gerçekleştirildi. Plazmitler kimyasal yöntemle ve/veya elektroporasyon yöntemiyle konak hücrelere transforme edildi. Farklı ortam koşullarında üretilen hücrelerde sentez edilen insülin prekürsör proteinleri poliakrilamid jel elektroforezi ve Western melezleme teknikleri ile incelendi.Bulgular ve Sonuç: HeLa hücrelerine ait genomik DNA üzeriden PZR ile çoğaltılan insan insülin geni DNA fragmentindeki intron bölgesi invers (ters) PZR tekniği ile çıkartılarak, maya ve bakteri ekspresyon vektörlerine başarılı bir şekilde klonlandı. Pichia pastoris maya hücrelerine plazmit aktarımında elektroporasyon yönteminin kimyasal yönteme göre çok daha etkili olduğu saptandı. Plazmit aktarılan P. pastoris hücrelerinin genomlarında insülin genini taşıdıkları PZR ile belirlendi. Elde edilen maya ve bakteri transformantlarından hazırlanan total protein örneklerinde prekürsör insülin proteinleri Western melezleme tekniği ile belirlendi. Transformant maya kültürleri salgı formunda proteinler için de analiz edildi, fakat salgı formunda insülin belirlenemedi. Pichia pastoris hücrelerinde, E. coli hücrelerine göre çok düşük düzeylerde insülin proteini sentez edildiği görüldü. Bunun, çalışmada P. pastoris için kullandığımız plazmitler vektörlerden, hücreleri üretme koşullarından ve/veya konak proteaz aktivitesinden kaynaklanabileceği sonucuna varıldı.ABSRACTAim: In this thesis, it was aimed to produce recombinant human precursor insulin proteins in Pichia pastoris and Escherichia coli cells and to compare insulin synthesis capacities of these cells.Material and Methods: The gene encoding human insulin was amplified with polymerase chain reaction (PCR) by using the genomic DNA of HeLa cells. The resulting insulin gene fragments were cloned into pPink-HC, pET-14b and pGFP plasmids. Preliminary controls of the recombinant plasmids were carried out with restriction enzyme digestions followed by agarose gel electrophoresis. Final control of plasmids was carried out by DNA sequencing. Plasmids were transformed into the host cells by chemical method and / or electroporation. The insulin proteins synthesized in the cells grown in different culture conditions were examined by polyacrylamide gel electrophoresis and Western blotting.Results and Discussion: After removing of the intron region of insulin gene amplified from genomic DNA of HeLa cells with PCR by using inverse PCR technique, the resulting DNA fragmentswere successfully cloned into the expression vectors.The electroporation method for plasmid transformation to P. pastoris was found more effective compering to chemical methodes. Integrated insulin genes into the genom of P. pastoris were identified by PCR. The insulin proteins in total protein samples extracted from transformant yeast and bacteria were analysed with Western blotting.Transformant yeast cultures were also analyzed for secreted proteins, but it could not be identified secreted insulin. Comparing to E. coli, very low level of insulin protein was synthesized in P. pastoris cells. It was concluded that the low level insulin synthesis may depend on the expression plazmits, culture conditions and / or protease activity of P. pastoris.

Sisplatinin antikanser etkisinin keşfiyle, metal bazlı komplekslerinkemoterapide kullanımına ilgi artmıştır. Sisplatinin yan etkileri araştırmacılarıyan etkileri daha az olan yeni platin kompleksleri sentezine itmiş ve böyleceligandlar değiştirilerek daha az yan etkili ikinci, üçüncü kuşak platin komplekslerisentezlenmiştir. Azot taşıyan heterosiklik halka benzimidazol, medisinal vefarmasötik keşiflerde önemli rol taşımaktadır. Bu çalışmada, 5(6)-klorobenzimidazol (L1), 5(6)-metilbenzimidazol (L2), 5(6)-kloro-2-metilbenzimidazol (L3) ve 5(6)-metil-2-metilbenzimidazol (L4) taşıyıcı ligandlarınıiçeren [PtL12Cl2], [PtL12I2], [PtL22Cl2], [PtL22I2], [PtL32Cl2], [PtL32I2], [PtL42Cl2] ve[PtL42I2] gibi çeşitli platin(II) komplekslerinin sentezi araştırılmıştır. Taşıyıcıligandlar Phillips yöntemiyle sentezlenmiş ve etanol-su içerisinde çözülerek üzerinesırasıyla, potasyum tetrakloroplatin veya potasyum tetraiyodoplatin reaksiyon ileKompleksler (1-8) sentezlenmiştir. Kimyasal yapıları, elemental analiz, infrared(IR), 1Hidrojen Nükleer Manyetik Rezonans (1H-NMR) yöntemleri ileaydınlatılmıştır. Komplekslerin biyolojik aktiviteleri pBR322 DNA plazmidininagaroz jel elektroforezinde kullanılmasıyla, pBR322 DNA plazmidinin form I ve IIbandındaki elektroforetik hareketlilik yeteneğine bakılarak ve BamHI ve HindIIIenzimleriyle kesilerek belirlenmiştir. Sonuç olarak Kompleks 6 ve 8 hariç tümbileşikleri çeşitli konsantrasyonlarda aktivite göstermiştir ve kompleks 3 plazmidDNA'nın hareket ve yoğunluğunda değişiklik gösteren en etkili kompleks olarakbelirlenmiştir.Anahtar kelimeler: benzimidazol, platin kompleksleri, pBR322 plazmidDNA, agaroz jel elektroforez ABSTRACTInvestigation on Synthesis, Characterization and Biological Activities of Platinum (II) Complexes with Benzimidazole DerivativesEver since the discovery of cisplatin has shown the anticancer activity, it has raised interest in the field of metal complex-based chemotherapy. It sides effects pushed forward more advanced cisplatin researches, and by changing the ligands, the second, third generation platinum based drugs were discovered with less undesirable effects. A benzimidazole is nitrogen heterocycles which plays a key role in medicinal and pharmaceutical discoveries. This study investigates the synthesis of eight platinum (II) complexes with various structures [PtL12Cl2], [PtL12I2], [PtL22Cl2], [PtL22I2], [PtL32Cl2], [PtL32I2], [PtL42Cl2] and [PtL42I2] containing 5(6)-chlorobenzimidazole (L1), 5(6)-methylbenzimidazole(L2), 5(6)-chloro-2-methylbenzimidazole(L3) and 5(6)-methyl-2-methyl benzimidazole (L4) as carrier ligands. The carrier ligands were synthesizesd by following Phillips'method and synthesized Complexes (1-8) were obtained by the reaction of the carrier-ligand with potassium tetrachloroplatinate and potassium tetraiodoplatinum respectively in ethanol-water solvent. The characterization of chemical structures were done by looking for their elemental analysis, infrared (IR) and 1Hydrogen Nuclear Magnetic Resonance (1H-NMR) spectra. Their biological activity was examined by interacting with pBR322 plasmid DNA and inhibition of BamHI ve HindIII restriction enzym activity using agarose gel electrophoresis, and determined by the fact their ability to modify an electrophoretic mobility through the form I and II bands belonging on pBR322 DNA plasmid. Therefore, except of the complexes 6 and 8, all synthesized compounds exhibit activity to their altered concentrations, and the complex 3 tremendously showed higher impact on mobility and density of DNA plasmid.Key words: benzimidazole, platinum complexes, pBR322 DNA plasmid, agarose gel electrophorese. 92

Selüloz asetat geleneksel olarak Çözelti asetilasyon ve Lif asetilasyon olmak üzere iki yöntemle sentezlenir. Endüstriyel ölçekte en çok kullanılan yöntem olan asetik asit yöntemiyle selüloz asetat sentezi; aktivasyon, asetilasyon, çöktürme ve yıkama olmak üzere dört kademede yapılmaktadır. Ancak aktivasyon ve asetilasyon kademesinde kullanılan kimyasal maddeler, serbest asetik asit içeriği yüksek ürünler elde edilmesine ve sistemin yüksek asiditesi sebebiyle selüloz zincirlerinde degradasyon meydana gelir. Bu tez çalışması kapsamında; sözü edilen sorunları en az düzeye indirmek için Asetik asit (Kontrol), Etil asetat, Etil laktat yöntemleri ile asetilasyon, Çinko klorür veya Potasyum Asetat katalizörlüğünde asetilasyon ve DMSO/TBAF çözücü sisteminde vinil asetat ile transesterleştirme olmak üzere 6 farklı yöntem ile selüloz asetat sentezlenmiş; sentezlenen selüloz asetatların ve bu asetatlardan üretilen filmlerin özellikleri incelenmiştir. Literatürde daha önce rastlanmayan Etil asetat ve Etil laktat yöntemleri ilk defa bu tez çalışması kapsamında geliştirilmiştir. Asetik asit yönteminde % 15 civarında olan serbest asit içeriği Etil asetat yönteminde % 10; Etil laktat yönteminde ise % 6,5 civarına kadar düşürülebilmiştir. Etil asetat yöntemi ile oda sıcaklığı ve % 1 katalizör oranında gerçekleştirilen sentez sonucunda 2,32 SD değeri elde edilmiştir. Etil asetat yöntemiyle sentezlenen selüloz asetatlardan üretilen filmlerin yapısının Asetik asit yöntemiyle üretilen selüloz asetat filmlerine oranla daha az gevrek olduğu tespit edilmiştir. Cellulose acetate is synthesized by two different methods; solution acetylation and fibrous acetylation. Having been the most used method for production of cellulose acetate, the acetic acid method is carried out in four steps: activation, acetylation, precipitation and washing steps. The chemicals used in activation and acetylation stages, however, cause products with high free acidity. Also, polymerisation degrees of cellulose and cellulose acetate were decreased because of the high acidity in acetylation medium. In this thesis, to diminish the problems arising from acetic acid process, cellulose acetates were synthesized by six different methods: Acetic acid method (control), Ethyl acetate method, Ethyl lactate method, Zinc chloride or Potassium acetate catalyzed acetylation and transesterification by vinyl acetate in DMSO/TBAF. Then, synthesized cellulose acetates were characterized by standard test methods and used in the production of cellulose acetate films too. Ethyl acetate and lactate processes, which were not found in the literature before, were developed within the scope of this study. Free acidity amount of cellulose acetatate produced by acetic acid method was 15%; while the amount of free acidity was diminished by ethyl acetate method and ethyl lactate to 10% and 6.5% respectively. In the room temperature and with 1% amount of catalyst, cellulose acetate (DS: 2.32) was synthesized by ethyl acetate method. On the other hand, the texture of cellulose acetate film produced from ethyl acetate method was less brittle that those of acetic acid method. 292

Paraproteinemiler; birçok hastalığın ortak laboratuvar bulgusu olup tarama ve tanılarında serum protein elektroforezi önemli bir yere sahiptir. Çalışmamıza; Trakya Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi'ne dört yıl sürecinde başvuran olguların arşivde var olan 4106 adet serum protein elektroforezi dahil edildi. Monoklonal gammopati tespit edilen olguların demografik, klinik ve laboratuvar özellikleri geriye dönük olarak ayrıntılı değerlendirildi. İstatistiksel metotlar ile hastalıkların görülme sıklıkları ve diğer özelliklerinin karşılaştırmaları yapıldı. Elektroforezlerin %46.2'sinin patolojik olduğu, %22.6'sında poliklonal gammopati, %4.8'inde monoklonal gammopati ve %1.3'ünde hipogammaglobulinemi saptandı. Monoklonal gammopati'li olgularda; %64.8 ile en sık multipl myelom, 2. sıklıkta %25.1 ile önemi bilinmeyen monoklonal gammopati izlendi. Hastanemizde önemi bilinmeyen monoklonal gammopati görülme sıklığı %1.2 bulundu. Bu olguların yaş ortalaması 70.2'ydi. Erkeklerde 4 kat daha fazla görüldüğü, 40 yaş altında olgu görülmediği ve 80 yaş üzerinde %3.6 oran ile en sık görüldüğü saptandı. Multipl myelom görülme sıklığı %3.4 olarak bulundu. Bu grubun yaş ortalaması 68.9 olup erkeklerde 1.5 kat daha fazlaydı. 70-79 yaş arası grupta %6.7 ile en sıktı. Waldenström makroglobulinemisi sıklığı %0.09, sessiz multipl myelom sıklığı da %0.07 olarak bulundu. Önemi bilinmeyen monoklonal gammopatili olguların izlem sürecinde myeloma ya da diğer hematolojik habis hastalıklara dönüşümü görülmedi.Sonuç olarak; dünya genelinde en sık görülen paraproteinemi önemi bilinmeyen monoklonal gammopati iken çalışmamızda en sık multipl myelom görülmüştür. Bu farklılığın hastanemizin üçüncü basamak bölge hastanesi olması ve hastaların çevre illerden myelom ön tanısı ile gelmiş olmasından kaynaklandığını düşünmekteyiz. Anahtar kelimeler: serum protein elektroforezi, paraproteinemi, önemi bilinmeyen monoklonal gammopati Paraproteinemias are the laboratory findings of many diseases and protein electrophoresis has an important role for screening and diagnosis of them. 4106 serum protein electrophoresis of the cases who have admitted to Trakya University Medical Faculty Hospital during 4 years were included in our study. Demographic, clinical and laboratory findings of the cases in which monoclonal gammopathy were detected were evaluated retrospectively. We compared prevelans of diseases and other features with statistical methods. %46.2 of electrophoresis were pathologic and in %22.6 of them polyclonal gammopathy, in %4.8 monoclonal gammopathy, in %1.3 hypogammaglobulinemia was detected. Among the cases with monoclonal gammopathy, multiple myeloma was the most common pathology with %64.8 and monoclonal gammopathy with undetermined significance was the second one with %25.1. The prevelance of monoclonal gammopathy in our hospital was %1.2. Mean age of this cases was 70.2 It was detected four times more in men, not detected in age 80 with %3.6. The prevelance of multipl myelom was %3.4. Mean age of patients with this disease was 68.9 and it was detected 1.5 times more in men. It was most commonly detected in 70-79 age group with %6.7. Waldenström makroglobulinemia's prevelance was %0.09, smoldering multipl myeloma's prevelance was %0.07. Transformation of monoclonal gammopathies to myeloma or other heamatologic malignant diseases during follow up was not seen. In conclusion while the most common paraproteinemia is monoclonal gammapathy in the world, in our study it was multiple myeloma. We think that this difference is due to our hospital is a third level regional hospital and the patients frequently admit to our hospital as they are already prediagnosed as multiple myeloma. Key words: Serum protein electrophoresis, monoclonal gammopathy with undetermined significance 86

Bu çalışmada, 2 numaralı konumlarında -H/ -metil/ -izopropil/ -izobütil/ -sec-bütil/ -1H-imidazol-4-ilmetil veya -4-hidroksibenzil gruplarını taşıyan yedi adet benzimidazol ligandı (1-7), ve bu ligandları ve ayrılan ligand olarak klor taşıyan yedi adet dikloroplatin(II) (1a-7a) ve ayrıca ayrılan ligand olarak oksalat gruplarına sahip yedi adet oksalatoplatin(II) (1b-7b) türevi bileşik sentezlenmiş ve insan HeLa serviks kanser hücrelerine karşı in vitro sitotoksik etkileri araştırılmıştır. Bileşiklerin plazmid DNA etkileşim ve BamHI ve HindIII kesim enzimi aktiviteleri jel elektroforez yöntemi ile yapılmıştır. Benzimidazol taşıyıcı ligandları 1,2-fenilendiamin ile uygun karboksilik asit veya aldehitin 4-5 N HCl veya kobalt(II) hidroksit veya sodyum bisülfit varlığında kondenzasyonu ile elde edilmiştir. Dikloroplatin(II) kompleksleri uygun ligand ve potasyum tetrakloroplatinatın etanol veya izopropanol-su karışımı içerisindeki reaksiyonu ile sentezlenmiştir. Oksalatoplatin(II) kompleksleri uygun ligand ve potasyum bis(oksalato)platinat(II) dihidratın etanol veya izopropanol-su karışımı içerisindeki reaksiyonu ile elde edilmiştir. Bileşiklerin kimyasal yapısı elemental analiz verileri, IR, 1H-NMR ve HRMS spektrumlarından yararlanılarak kanıtlanmıştır. Karboplatine yakın orta derecede sitotoksik etki göstermeleri nedeni ile 2-(H, izopropil, 1H-imidazol-4-ilmetil ve 4-hidroksibenzil)benzimidazol taşıyıcı ligandlarına sahip Bileşik 1a, 3a, 3b, 6, 7a ve 7b daha ileri çalışmalar için dikkate değer bulunmuştur. In this study, seven benzimidazole ligands (1-7) which contain –H/ -methyl/ -isopropyl/ -isobutyl/ -sec-butyl/ -1H-imidazol-4-ylmethyl or -4-hydroxybenzyl group in their second position, and seven platinum(II) complexes (1a-7a) with the carrier ligands (1-7) and the chloro leaving ligands and also seven platinum(II) complexes (1b-7b) with the carrier ligands (1-7) and the oxalato leaving ligands have been synthesized and evaluated for their in vitro cytotoxic activities against the human HeLa servix cancer cell line. The plasmid DNA interactions and inhibition of the BamHI and HindIII restriction enzyme activities have been also studied by using gel electrophoresis method. The benzimidazole carrier ligands have been obtained by condensing 1,2-phenylendiamine with an appropriate carboxylic acid or aldehyde derivatives in the presence of 4-5 N HCl or cobalt(II) hydroxide or sodium bisulfite. Dichloroplatinum(II) complexes have been synthesized by using suitable ligands and potassium tetrachloroplatinate(II) in ethanol or isopropanol-water mixture. Oxalatoplatinum(II) complexes have been synthesized by using suitable ligands and potassium bis(oxalate)platinate(II) dihydrate in ethanol or isopropanol-water mixture. The chemical structure of the compounds have been characterized by their elemental analysis data, IR, 1H-NMR and HRMS spectra. Compounds 1a, 3a, 3b, 6, 7a and 7b which having 2-(H, isopropyl, 1H-imidazol-4-ylmethyl and 4-hydroxybenzyl)benzimidazole carrier ligands, found to be noteworthy for furter studies, due to moderate in vitro cytotoxic activity close to carboplatin. 158

Çalışmamızda Salmonella'ların virulansında etkili olan faktörlerin genetik boyutunu araştırmak, son yıllarda ortaya çıkan çoklu ilaç dirençli kökenlerin antibiyotik direncinde etkili olan genleri ve üzerilerinde taşındıkları plazmitleri saptamak son olarak da kökenler arası klonal ilişkileri belirlemek amaçlandı. Salmonella Patojenite Adası-1'de bulunan invA, sipA, sipD, sopB, sopD, sopE2, Salmonella Patojenite Adası-2'de bulunan ssaR, sifA ile plazmit üzerinde bulunan spvB, prot6E klasik virulans genleri polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırıldı.Antibiyotik duyarlılık sonuçlarına göre ampisiline dirençli ya da orta düzey direnç gösteren yedi kökende beta laktam direncinden sorumlu TEM-1, SHV-1 ve CTX-M-1 genleri ve plazmit aracılı kinolon direncinden sorumlu qnrA1, qnrB1, qnrS1 genleri ile trimetoprim-sulfometoksazol kombinasyonuna direnç gösteren bir kökende sulfonamid direncinden sorumlu sulI, sulII genleri araştırıldı. Direnç gelişimi ve aktarımında önemli bir yer tutan plazmitlerin varlığı ve kökenler içindeki dağılımı polimeraz zincir reaksiyonu tabanlı replikon tiplendirmesi ile belirlendi.Kökenler arasındaki klonal ilişki Pulsed Field Jel Elektroforezi yöntemi ile araştırıldı.Araştırılan yedi kökenden üçünde blaTEM-1, altısında, blaSHV-1, birinde blaCTX-M-1, beşinde qnrS1 ve birinde qnrB1 geni saptandı. Trimetoprim-sulfometoksazol dirençli kökende sulI geni bulunurken, sulII geni bulunmadığı gözlendi. Kökenlerin birinde TEM-1 ve qnrS1, ikisinde SHV-1 ve qnrS1, birinde TEM-1, SHV-1, CTX-1 grubu ve qnrS1, birinde TEM-1, SHV-1 ve qnrB1, birinde SHV-1 ve sulI genleri birlikte saptandı.50 kökende 25 replikonun araştırılması sonucunda, kökenlerin tümünde (%100) FIIS, 13'ünde (%26) I1, birinde I2 (%2), dördünde (%8) P, birinde (%2) A/C ve dördünde (%8) X1 replikonu saptandı. 50 adet Salmonella kökeninden 46'sı pulsed field jel elektroforezi ile tiplendirilebildi ve kökenlerin dendogramında sekiz küme, 25 özgül profil ve 33 pulsotip saptandı. Tüm kökenlerin hem SPA-1 hem de SPA-2'deki klasik virulans faktörlerinin tümüne sahip olduğu bu nedenle kökenlerimizin patojenik potansiyellerinin yüksek olduğu ve antibiyotik dirençli kökenlerin ilgili direnç genlerinden en az birini taşıdığı bu nedenle antibiyotik direnci açısından fenotip genotip ilişkisinin var olduğu söylenebilir. In this study we aimed to reveal the factors that effect virulence of Salmonella, to identify the antibiotic resistance genes and plasmids that confer to resistance to several antibiotics in multidrug resistant strains and to determine clonal relationship between the strains.InvA, sipA, sipD, sopB, sopD, sopE2 virulence genes located in Salmonella Pathogenicity Island-1, ssaR, sifA genes located in Salmonella Pathogenicity Island-2 and spvB, prot6E genes that are carried on plasmids are investigated by using polymerase chain reaction.According to antibiotic susceptibility results seven strains which are resistant or showing intermediate resistance to ampicillin were analyzed for the presence of TEM-1, SHV-1, CTX-M-1 beta lactam resistance genes and qnrA1, qnrB1, qnrS1 plasmid mediated quinolone resistance genes. Also one strain which is resistant to trimetoprim-sulfometoxazol combination was assayed for the presence of sulI and sulII sulfonamide resistance genes. Distribution and frequency of the plasmids among the strains that are responsible for the antibiotic resistance were investigated with plasmid based replicon typing. Moreover pulsed field gel electrophoresis was conducted in order to reveal the clonal relationship within the strains. Among the seven strains, blaTEM-1 was found in three, blaSHV-1 was found in six, blaCTX-M-1 was found in one, qnrS1 was found in five and qnrB1 was found in one strain. Trimetoprim-sulfometoxazol resistant strain was found as positivite to presence of sulI whereas negative to sulII. In addition, in one strain TEM-1 and qnrS1, in two strain SHV-1 and qnrS1, in one strain TEM-1, SHV-1, CTX-M-1 and qnrS1, in one strain TEM-1, SHV-1 and qnrB1 and in one strain SHV-1 and sulI genes were detected together.Plasmid based replicon typing assay demonstrated that among the 50 strains all carried FIIS (100%) 13 (26%) carried I1, one (2%) carried I2, four (8%) carried P, one (2%) carried A/C and four (8%) carried X1 replicon. 46 out of 50 strains were typed by using pulsed field gel electrophoresis. 46 strains were classified into eight major clusters, 33 pulsotypes and eight different clustersExperiments revealed that all strains carrying all virulence genes located on both Salmonella Pathogenicity Island 1-2, and plasmids suggested high potential of pathogenicity. In addition, all antibiotic resistant starins carried at least one of the resistance genes of interest indicating phenotype-genotype association in antibiotic resistance. 83

Bu çalışmada, Elazığ ve Malatya illerindeki 100 farklı kümesten 3 farklı kesimhaneye getirilen broyler'lerde Clostridium perfringens'in varlığı konvansiyonel kültür ve PZR yöntemleri ile araştırılarak, söz konusu etkenin bölgedeki yaygınlığı ve dağılımı ile ilgili verilerin toplanması amaçlandı. Bu amaçla hayvanların büyüme dönemlerinde Malatya'da bulunan bir işletmeye ait 30 kümes ziyaret edildi. Malatya ve Elazığ'daki kanatlı kesimhanelerinden alınan 500 bağırsak ve 500 karaciğer örnekleri olmak üzere toplam 1000 numune incelendi. Alfa- toksin (α), beta-toksin (β), epsilon-toksin (ε), iota-toksin (ι), enterotoksin (Cpe), beta2 (β2) toksin genlerine spesifik primerler kullanılarak multiplex-PZR yöntemi ile izolatların toksin tiplendirmesi yapıldı. Ayrıca izolatlar, hasta ve sağlıklı kanatlı hayvanlardaki rolü henüz ortaya konulamamış olan NetB toksin geni yönünden PZR yöntemi ile incelendi.Elazığ ve Malatya'daki farklı kümeslerden izole edilmiş 61 izolata Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemi uygulanarak genotiplendirme yapıldı. Gel Compare II yazılım sistemi (version3.0; Applied Maths, Sint-Martens-Latem, Belgium) kullanılarak bant profilleri analiz edildi. PFGE profillerinin, dendogramı oluşturularak kümeleşme analizi yapıldı.Bu çalışmada Malatya ve Elazığ illerindeki broyler piliçlerde karaciğer ve ince bağırsaklarında toplam C. perfringens yaygınlığı %66 olarak tespit edildi. Toplam 660 C. perfringens izolatın 657'si α toksin geni yönünden pozitif bulunurken, diğer toksin genlerinin hiçbirine rastlanmadı. Kalan üç örnek ise tiplendirilemedi. Çalışmada incelenen hiçbir izolatta NetB toksin geni saptanamadı. Kümesler arasında 30 farklı PFGE genotipi tespit edildi ve heterojen bir dağılım gözlendi. Bu çalışma ile Türkiye'de ilk kez kanatlı hayvanlarda hem NetB toksin geni araştırılmış, hem de C. perfringens izolatlarının PFGE profilleri saptanmıştır. The aim of the current study was to investigate the prevalance of Clostridium perfringens in broilers which was brought for slaughter to 3 different slaughterhouses from 100 different broiler flocks in Elazig and Malatya provinces by conventional culture and PCR techniques. For this aim, 30 coops which were located in Malatya were visited during the growing period of broilers. A total of 500 intestines and 500 livers have been collected. Toxin genotyping were performed by using multiplex-PCR to the Alfa-toxin (α), beta-toxin (β), epsilon-toxin (ε), iota- toxin (ι), enterotoxin (Cpe), β2 toxin genes. Besides all isolates were analysed for the NetB toxin gene using PCR. Also, a total of 61 isolates collected from different coops in Elazig and Malatya provinces were genotyped by Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) technique. Band profiles were analysed using the Gel Compare II software (version3.0; Applied Maths, Sint-Martens-Latem, Belgium). The dendogram of PFGE profiles was established and clustering analysis was performed. The prevalance of C. perfringens was detected as 66% in broilers located in Elazig and Malatya provinces. 657 out of 660 C. perfringens isolates was detected as positive for Alfa-toxin (α) while none of the other toxin genes could identified. It has not been genotyped the rest 3 samples. NetB toxin gene couldn't detected in none of the isolates examined. Thirty different PFGE genotypes were detected and a heterogeneous distribution was seen. Both NetB toxin gene and the PFGE profiles of C. perfringens isolates were investigated in broilers for the first time in Turkey in the current study. 107

Bu çalışma, pek çok hastalığın tedavisi ve önlenmesinde yaygın olarak kullanılan timokinonun ratlarda serum protein fraksiyonlar üzerindeki etkilerinin araştırılması amacıyla planlandı.Bu amaçla,14 adet 200-250 g ağırlığında erkek rat kullanıldı.Çalışma grupları; 7 rattan oluşan;bir adet kontrol (k) ve 7 deneme grubundan oluştu.Kontrol grubuna dört hafta boyunca hergün mısır özü yağı ağızdan verildi.TQ grubu,mısır özü yağında çözdürülen 30 mg/kg/gün timokinon çözeltisi,dört hafta boyunca ağızdan uygulandı.Deneme sonunda,kalpten alınan kanların serumları ayrıldı.Serum protein fraksiyonlarının sellüloz asetat elektroforezi metodu ile total protein, albumin,alfa-1,alfa-2 fraksiyonları ve A/G oranı bakımından TQ uygulanan grup ve kontrol grubu arasında önemli bir fark (p>0.05) olmadığı görüldü.TQ grubunda beta-globülin fraksiyonu artarken (p0.05). Beta-globülin fractions in the TQ group were higher than control's (p

Bruselloz, insanlara bulaşabilen, ancak öncelikle çiftlik hayvanlarını hedef alan Brucella cinsi bakteriler tarafından oluşturulan infeksiyöz, genellikle subakut veya kronik seyirli zoonoz bir hastalıktır. Hayvanlarda sebep olduğu kayıplar dikkate alınırsa bruselloz evcil hayvanların en önemli hastalıklarından biri olarak kabul edilir. Brucella enfeksiyonlarının kontrol ve eradikasyonunda akut vakalarda erken tanı ve doğru tedavi, risk gruplarının zamanında aşılanması, salgın suşlarının genotiplendirilerek salgının kaynağının tespiti ve bakterinin insan ve hayvan popülasyonlarındaki hareketinin izlenmesi, böylece bulaş yolunun belirlenmesi, bölgesel hakim genotiplerin ortaya çıkarılması, bu genotiplerin eradikasyonu için aşı ve tedavi seçeneklerinin araştırılması, kısaca genotipik sürveyans hayati önem taşır. Son yıllarda Multi-Locus Variable Number Tandem Repeat Analysis (MLVA) yönteminin Brucella türleri arasındaki genotipik ilişkinin araştırılmasında da kullanılabileceği gösterilmiştir.Çalışmamızın amacı Bölgemizde Brucella klinik izolatlarının epidemiyolojik özelliklerinin MLVA ve Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemleri ile tespit edilmesi ve bu yöntemlerin uygulanabilirliğinin incelenmesidir.Fenotipik olarak biyotiplendirilmiş olan 118 hayvan kaynaklı Brucella izolatı AMOS-ERY-PCR yöntemiyle tür düzeyinde identifiye edildikten sonra genotipik ilişkileri PFGE ve MLVA-16 yöntemleri ile araştırıldı.AMOS-ERY-PCR ile izolatların 101'i B. melitensis, 17'si ise B. abortus olarak tespit edildi ve biyotipleme sonuçları ile uyumlu olduğu görüldü. MLVA yöntemi ile toplam 28 genotip tespit edildi ve ayırt edici gücünün oldukça yüksek olduğu belirlendi (HGDI=0,9071). Ancak, B. melitensis Rev-1 aşı suşu olarak izole edilen 26 suşun tamamının MLVA profilinin aynı olduğu ve en baskın genotip olduğu tespit edildi.Sonuç olarak, MLVA-16 yönteminin bölgesel hakim olan genotiplerin belirlenmesinde ayırt edici olduğu gözlendi. Ayrıca, elde edilen sonuçlar Tarım, Gıda ve Hayvancılık bakanlığı ve ilgili kuruluşlarla paylaşıldı. Brucellosis is an infectious, usually subacute or chronic zoonotic disease caused by bacteria of the Brucella genus that can infect humans but primarily infects livestock. Considering the losses in animals that it causes, brucellosis is considered to be one of the most important diseases of domestic animals. In control and eradication of Brucella infections, early diagnosis and correct treatment of acute cases, timely vaccination of risk groups, detection of the source of the outbreak by genotyping the pandemic strains and monitoring of the bacterial movement in human and animal populations, thus, determination of the transmission path, discovery of the regional predominant genotypes, also investigation of vaccination and treatment options for the eradication of these genotypes, briefly, genotypic surveillance is very important. In recent years, is shown that the Multi-Locus Variable Number Tandem Repeat Analysis (MLVA) method can be successfully used for the the detection of the relationship between the genotypes of the Brucella species.In our study, we aimed to determine the epidemiological features of the clinical Brucella isolates using the MLVA and Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) methods and to investigate the applicability of these methods in our Region.Following the identification to species level using the AMOS-ERY-PCR method of the phenotypically biotyped 118 Brucella isolates of animal origin, genotypic relationships were investigated using the PFGE and MLVA methods.By AMOS-ERY-PCR, 101 and 17 of the isolates were detected as B. melitensis and B. abortus, respectively, and these results were accordant with biotyping results. A total of the 28 genotypes was detected by MLVA and its discriminative power was very high (HGDI=0,9071). However, MLVA profiles of all of the 26 strains isolated as B. melitensis Rev-1 vaccine strain were identical and they were the predominant genotype.In conclusion, it was observed that the MLVA-16 method is discriminative for determination of the regional predominant genotypes. Besides, the results were shared with the Ministry of Agriculture, Food and Livestock and the relevant organizations. 80

TEZ10782 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2015. Kaynakça (s. 60-67) var. xiii, 68 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Antimikrobiyal direnç risk faktörü bulunmayan toplum kökenli intraabdominal enfeksiyonlarda önemli bir sorun değil iken, hastane kökenli enfeksiyonlarda yüksek mortalite oranlarına yol açmaktadır. Özellikle de, Escherichia coli, Klebsiella pneumonia, Acinetobacter baumannii ve Pseudomonas aeruginosa gibi tersiyer peritonit etkeni olarak sıklıkla izole edilen gram negatif bakterilerle yapılan güncel çalışmalar New Delhi Metallobetalaktamaz (NDM-1) gibi neredeyse bütün antibiyotiklere karşı direnç gelişmesine sebep olabilen yeni mekanizmalar açığa çıkarmaktadır. Hastanemizde de altta yatan hastalıkları daha fazla olan hasta grubunda cerrahi uygulanması yanı sıra daha komplike ameliyatların gerçekleştirilmesi nedeniyle, bölgemizdeki diğer üçüncü basamak hastanelere göre daha ağır abdominal sepsis olguları görülmektedir. Bu hastalarda kaynak kontrolü ile birlikte erken ve etkili antimikrobiyal tedavi hayat kurtarıcıdır. Bu sebeple, etken mikroorganizmaların fenotipik ve genotipik özelliklerinin birlikte değerlendirilmesi daha da önemli hal almaktadır. Çalışmamızın amacı hastanemizde intraabdominal enfeksiyonlu hastalardan sekonder ve tersiyer peritonit etkeni olarak izole edilen gram negatif bakterilerin direnç paternlerinin tespiti ve aralarındaki filogenetik ilişkinin belirlenmesidir. Çalışmamızda, Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesinin Genel Cerrahi Servisinde ve Cerrahi Yoğun Bakım Ünitesinde sekonder ve tersiyer peritonit klinik tanısı ile yatarak takip edilen ardışık hastalar iki grup halinde incelendi. Birinci grubu başka bir hastanede opere edilen hastalar; ikinci grubu ise çalışma yapığımız hastanede opere edilen hastalar oluşturdu. Her iki grup hastadan da kan kültürü ve/veya pürülan akıntısı varsa sürüntü örneği alındı. İzolatların tür düzeyinde identifikasyonu ve antibiyotik direnç paternlerinin tespiti VITEK 2 otomatize sistemle yapıldı. Moleküler olarak dirençli olan suşlar arasındaki akrabalık ilişkisini bulmak için Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemi kullanıldı. Çalışma sonunda; peritonit tanısı konan hastalardan izole edilen 32 Gram(-) suşun 20’si E.coli, 6’sı K. Pneunmoniae, 3’ü P.aeruginosa, 1’i Proteus spp, 1’i A. baumannii ve 1’i Achromobacter xylosoxidans olarak belirlendi. Kullandığımız PFGE yöntemi izolatlarımız arasında önemli bir klonal ilişkinin bulunmadığını gösterdi. Although antimicrobial resistance is not important problem in Community-acquired infections having no risk factors, it brings about high mortality rates in Hospital-acquired intraabdominal infections. Recent studies performed on gram negative bacteria such as Escherichia coli, Klebsiella pneumonia, Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa, especially frequently isolated as causative agents of tertiary peritonitis, reveal novel mechanisms such as New Delhi Metallo-?-lactamase (NDM-1) that may cause a resistance development against almost all antibiotics. Cases with abdominal sepsis occur to be more serious in our hospital than other tertiary hospitals of our region due to application of surgery in patients with more predisposing diseases as well as performing of more complicated operations. In those patients early and efficient treatment together with surveillance of sources is life-saving. Thus, collective evaluation of the phenotypic and genotypic characteristics of causative microorganisms is becoming more important. In our study, we aimed to detect the resistance patterns of the gram negative bacteria isolated from patients with intraabdominal infection in our hospital as causative agents of secondary and tertiary peritonitis and to determine the phylogenetic relationships between these isolates. In the study, consecutive patients hospitalized in the General Surgery Clinic and Surgical Intensive Care Unit due to clinical diagnosis of secondary and tertiary peritonitis were investigated in two different groups. While first group was consisted of patients operated in other hospitals, second group was consisted of patients operated in our hospital. Blood culture samples and/or swab samples from purulent discharge were obtained from patients of both groups. Specieslevel identification and antibiotic resistance patterns were carried out using VITEK 2 automated system. For detection of molecular relationships between the resistant isolates the Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) method was used. Among the 32 Gram(-) strains isolated from patients that diagnosed as peritonitis 20 E.coli, 6 K.pneumoniae, 3 P.aeruginosa, 1 Proteus spp, 1 A. Baumannii and 1 Achromobacter xylosoxidans isolates have been identified. PFGE method which we used revealed no significant clonal relationship between our strains. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TYL-2014-2718.

MÜLTİPL MYELOM HASTALARINDA HEMATOPOETİK KÖK HÜCRE NAKLİ SONRASI İLERLEME VE YİNELEMEYİ GÖSTERMEDE İDRAR İMMUNFİKSASYON ELEKTROFOREZİNİN YERİMültipl myelom tanısı serum ve/veya idrarda bulunan monoklonal immunoglobulini tespit etmeye dayanmaktadır. 2000'li yılların başına kadar; MG'yi tespit etmek için kullanılan serolojik testleri serum ve idrar PE testi ve serum ve idrar İFE testi oluşturmuştur. 2001 yılında nicel SSHZ ölçümü mümkün olmuştur. SSHZ ölçümünün mümkün olmasıyla MG'leri tespit etmede kullanılan laboratuvar testlerinin tanısal hassasiyeti oldukça artmıştır. MM hastalarınının %95'inden fazlasının serumunda SHZ gösterilmiştir. Hastaların %50'sinden fazlasının MM tanısı aldığında azalmış kreatinin klerensine sahip olduğuna ve yaklaşık %20 hastanın ise hastalığın seyrinde böbrek yetmezliğine ilerlediği gösterilmiştir. Dolayısıyla idrardaki BJ proteini serumla korele olmamaktadır ve hastalık aktivitesini yeterince gösterememektedir. Sonuç olarak SSHZ düzeyinin çalışılmaya başlanması idrar çalışmalarının tanı algoritmasındaki yerinin sorgulanmasına sebep olmuştur. SSHZ testinin idrar İFE testinden her durumda daha duyarlı olduğu ve idrarda proteinürisi olmayan hastada tanısal algoritmadan idrar İFE testini çıkarmanın tanısal hassasiyette minimal kayıp yaptığını destekleyen çok sayıda çalışma yapılmıştır.Çalışmaya MM tanısı almış ve OKHN/AKHN yapılmış ve nakil sonrası belli zamanlarda nüks olan; 49 erkek, 29 kadın; toplam 78 hasta alındı. Hastaların yaş aralığı 26 ile 66 arasında olup ortanca yaş 55'dir. Tanı anı SSHZ düzeyleri çalışılmış 30 hastadan sadece 2'sinin SSHZ oranı normal olarak bulunmuştur. 28 hastanın (%93.4) SSHZ oranı ise anormal olarak saptanmıştır. Tanı anı idrar İFE testi ve SSHZ düzeyleri birlikte çalışılmış hastalardan; idrar İFE testinde monoklonal protein tespit edilen hastaların tamamında SSHZ oranı anormal olarak bulunmuştur. Tanı anı %94.4 tanı koyma oranı ile serum İFE testinin, tanı koyma oranı en yüksek test olduğu tespit edilmiştir. Tanı anı SPE, Serum İFE ve SSHZ ölçümününden oluşan test kombinasyonunu ile hastaların %97.2'sine tanı konmuştur. Bu test kombinasyonuna İdrar İFE testini ekleyince ek olarak 2 hastaya daha tanı konabilmiştir. Yapılan çalışmada nüks anı hastalara SPEP+serum İFE+SSHZ düzeyleri birlikte çalışılırsa hastaların %95'ine nüks tanısı konulurken, bu testlere idrar İFE testini ekleyince ek olarak kimseye nüks tanısı konamamıştır. Sonuç olarak çalışmamızda idrar İFE testini bu 3'lü test kombinasyonuna eklemenin tanısal duyarlılığı artırmadığı ortaya çıkmıştır. Nüks anı idrar İFE testi pozitif olan hastalar incelenirse bu hastalardan sadece birinin SSHZ oranı normal bulunmuştur. Bu hastanın SSHZ düzeyleri artmasına karşın SSHZ oranı normal sınırlar içersinde kalmıştır. Ayrıca bu hastanın nüks anı serum İFE testi ve SPEP testinde monoklonal protein saptanmıştır. Sonuç olarak, çalışmamıza göre, ilerleme ve yinelemenin anlaşılmasında, hastaların izlemlerinde; 24 saatlik idrarda yeni proteinürisi saptanan, protein miktarında artış olan, veya klinik olarak nüks bulgusu olup diğer serolojik testlerle kanıtlanamayan hastalar dışındaki hastalara rutin olarak idrar İFE testinin yapılması anlam taşımamaktadır. THE ROLE OF URINE IMMUNOFIXATION IN SHOWING PROGRESSION OR RELAPS OF MULTIPLE MYELOMA PATIENTS AFTER HEMATOPOIETIC STEM CELL TRANSPLANTATION The diagnosis of multiple myeloma is based on detecting the monoclonal immunoglobulin in blood and/or urine. Until the year 2000, SPE, UPE, serum IFE and urine IFE are the most commonly used techniques for detecting the MG. Following the succesful development of measuring serum FLC levels and determining monoclonality by establishing the ratio of κ and λ, the diagnostic sensitivity of serologic tests that detecting monoclonality has considerably increased. Studies show that free light chains are shown in serum of more then %95 of all MM patients. Renal failure occurs in %20 of myeloma patients, and there is some renal pathology in more than one-half of patients. As a result of that; the presence of Bence Jones proteins in the urine does not correlate well with the serum and it cannot be used to assess the activity of the disease. With the introduction of quantitative serum assays for Ig free light chain, the role of urine IFE in the diagnosis of MG came under question.Many reported studies suggest that the replacement of urine IFE studies with SFLC assays cause minimal loss in diagnostic accuracy.Our study included 78 MM patients, who received autologous or allogeneic stem cell transplantations during their treatments and relapsed after treatment. Of the patients 49 were men and 29 women. The age range of the patients was between 26 to 66 years with a median age of 55 years.30 patients whose serum FLC test have been studied at the time of diagnosis only 2 (6.6%) of these had normal SFLC levels. Among all the patients whose SFLC levels and urine İFE studied together during diagnosis, all the ones detected with light chains in their urine were also found to have abnormal SFLC levels. Comparison of the diagnostic sensitivity of the tests yielded that serum IFE is the most sensitive test with a sensitivity of 94.4%. Furthermore, using a combination of SPE, serum IFE and SFLC tests, 97.2% of the patients can be diagnosed correctly. After adding the urine İFE test to this combination, two more patients could be diagnosed. Studying the SPE, Serum IFE and serum FLC ratio tests together at the time of relapse or progression make it possible to diagnose relapse in %94.9 of patients. Adding the urine IFE this combination does not help in diagnosing a relapse or progression. In other words, our study shows that urine İFE does not contribute to the sensitivity of the combination of the above three tests in diagnosing relapse or progression. In conclusion, we are not suggesting a routine study of urine İFE in scanning the relapse or progression for MM patients after autologous or allogeneic transplantation except for those who have presence or increase in their 24 hours urine proteins or who has evidence of clinical relapse but have not been proved by other serologic tests. 69

Efedrin, Norefedrin, Guafenezin ve Parabenler'in tayini amacıyla, iki yöntem geliştirilmesi ve karşılaştırılması amaçlanmıştır. Mikroemülsiyon elektrokinetik kromatografi (MEEKC) ve misel elektrokinetik kromatografi (MEKC) yöntemleri kullanılarak, tampon pH'ı tampon konsantrasyonu, surfaktan konsantrasyonu, ko-surfaktan konsantrasyonu, organik fazı oluşturan çözücünün konsantrasyonu optimizasyonları ile, en uygun ayırma ve tayini gerçekleştirmek amaçlanmıştır. MEKC için en iyi sonuçlar elektrolit çözeltisinin 70 mM SDS içerdiği pH 9.5, 5 mM borat tamponu ile elde edilmiştir. Ayrıca çözeltiye organik modifiye edici ACN, %15 oranında eklenmiştir. Kapiler koşulları da optimize edilerek, 20 s enjeksiyon süresi ve 30 ˚C kaset sıcaklığı optimum değer olarak seçilmiş, ayırma için +22 kV kullanılmıştır. MEEKC için yapılan optimizasyon çalışmalarında, pH 11, 10 mM Borat tamponu %96.7 (a/a) oranında olacak şekilde, buna ek olarak %1.4 SDS, %1.2 1-butanol ve % 0.7 etil asetat bulunan bir elektrolit çözeltisinin kullanılması ile ayrım sağlanmıştır. 20 s enjeksiyon süresi ve 40 ˚C kaset sıcaklığı kullanılmıştır. Kalibrasyon çalışmaları ile yöntemlerin doğrusallıkları incelenmiştir. Validasyon çalışmalarında bulunan LOD değerleri, GUA, MP, NE ve EPH için sırasıyla MEKC yönteminde 0.56; 0.72; 0.38 ve 0.25 µg.mL-1 olarak hesaplanmış, MEEKC yönteminde ise 0.45; 0.61; 0.38 ve 0.46 µg.mL-1 olarak hesaplanmıştır . LOQ değerleri ise, ilk yöntemde, 1.68; 2.17; 1.13 ve 0.76 µg.mL-1 iken, ikinci yöntemde1.36; 1.86; 1.15 ve 1.38 µg.mL-1 olarak bulunmuştur. Son olarak şurup preparatının analizi ve geri kazanım çalışması yapılmış, bulunan sonuçlar istatistiksel olarak incelenmiştir. The aim of the study was to develop and compare two capillary electrophoresis methods for the determination of Ephedrine, Norephedrine, Guaifenesin and Methylparaben. In MEEKC and MEKC methods, parameters were optimized according to the best separation and determination results. In MEKC method, the best results were obtained by using a pH 9.5, 5 mM borate buffer electrolyte solution including 70 mM SDS and 15% ACN. While optimizing the capillary conditions, the best separation was obtained by using 30˚C cassette temperature and +22 kV separation voltage with an injection time of 20 s. In MEEKC, the optimum conditions were obtained by using a mixture of pH 11, 10 mM borate buffer 96.7% (w/w) and 1.4% SDS , 1.2% 1-butanol and 0.7% ethyl acetate in microemulsion solution. Injection time of 20 s and temperature of 40˚C were chosen for the separation. The linearity of the methods were between 1-25 µg.mL-1 for both MEKC and MEEKC. In validation studies, the LOD and LOQ values for GUA, MP, NE and EPH were found to be 0.56; 0.72; 0.38 and 0.25 µg.mL–1 and 0.45; 0.61; 0.38 and 0.46 µg mL–1 respectively by MEKC. In MEEKC LOD and LOQ values for the analytes were found to be 1.68; 2.17; 1.13; 0.76 µg.mL–1 and 1.36; 1.86; 1.15 and 1.38 µg.mL-1 respectively. Finally, the recovery studies were obtained by the analysis of the syrup preparation and the results were analyzed statistically. 100

İlktaç, M. (2014). Campylobacter cinsi bakterilerin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi. İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji ABD. Doktora Tezi. İstanbul. Çalışmamızda 2004-2011 yılları arasında izole edilen Campylobacter cinsi bakteriler arasındaki genetik çeşitliliğin ve klonal ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya dâhil edilen 341 Campylobacter suşunun cins ve tür düzeyinde tanısı hem fenotipik hem de moleküler yöntemlerle yapılarak bu yöntemler karşılaştırılmış ayrıca C. jejuni ve C. coli suşları flaA-RFLP ve PFGE yöntemleriyle tiplendirilmiştir.PCR yöntemiyle 341 suşun 300 (% 88)'ü C. jejuni, 37 (% 10.8)'si C. coli, dördü (% 1.2) ise C. jejuni/C. coli dışı türler olarak identifiye edilmiştir. Hippurat hidrolizinin Campylobacter suşlarının % 3'ünde yalancı negatif; % 9.4'ünde ise yalancı pozitif sonuç verdiği ve hippurat testi ile toplam olarak suşların yaklaşık % 12'sinde yanlış sonuç alındığı saptanmıştır.C. coli suşlarının tamamı flaA-RFLP ve PFGE ile tiplendirilebilirken; 300 C. jejuni suşunun flaA-RFLP ve PFGE ile sırasıyla 298 (% 99.3)'i ve 297 (% 99)'si tiplendirilebilmiştir. C. jejuni ve C. coli tiplendirmesinde PFGE'nin ayırt etme gücünün flaA-RFLP'ninkinden daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Her iki türde de kombine yöntemin ayırt etme gücünün her bir yöntemin tek başına ayırt etme gücünden daha yüksek olduğu saptanmıştır. Kombine yöntem sonuçlarına göre 295 C. jejuni suşunun 201, 37 C. coli suşunun ise 25 farklı genotipe ayrıldığı; C. jejuni genotiplerinin % 80'ininde ve C. coli genotiplerinin ise % 64'ünde sadece tek bir suşun bulunduğu belirlenerek her iki türde de genetik çeşitliliğin oldukça fazla olduğu saptanmıştır.İki ayrı hastanın farklı zamanlarda gönderilen dışkı örneklerinden izole edilen iki Campylobacter suşundan birinin C. jejuni; diğerinin ise C. coli olduğu belirlenmiş ve bu hastalarda farklı türlerle bir mikst infeksiyon veya yeni bir infeksiyon söz konusu olabileceği sonucuna varılmıştır. Moleküler tiplendirme sonuçlarına göre, üç hastanın herbirinin farklı dışkı örneklerinden izole edilen iki C. jejuni suşunun birbirinden farklı olduğu ve bu hastalarda büyük bir olasılıkla farklı genotipten iki C. jejuni suşu ile mikst infeksiyon söz konusu olduğu belirlenmiştir.Bu çalışma; uzun bir dönemde izole edilen oldukça fazla sayıda suşun incelenmesi, C. jejuni suşları ile birlikte C. coli suşlarının da tiplendirilmesi, hippurat testi sonuçlarının moleküler yöntemlerle karşılaştırılması, tiplendirmede iki farklı moleküler yöntemin birlikte kullanılarak sonuçların kombine olarak değerlendirilmesi ve aynı hastada hem farklı türden Campylobacter suşları hem de farklı genotipten C. jejuni suşlarıyla mikst infeksiyon/yeni infeksiyonun gösterilmesi açısından ülkemizde yapılan ilk araştırma olma özelliğine sahiptir. Ilktac, M. (2014). Molecular typing of Campylobacter spp. İstanbul University, Institute of Health Science, Medical Microbiology Department. PhD Thesis. İstanbul. In our study it was aimed to investigate the genetic variety and clonal relation among Campylobacter spp. isolated between 2004-2011.Phenotypic and molecular methods carried out for genus and species level identification of 341 strains included in the study were compared; C. jejuni and C. coli strains were typed by flaA-RFLP and PFGE.Of 341 isolates, 300 (88 %) were identified as C. jejuni, 37 (10.8 %) as C. coli and four (1.2 %) as non-jejuni/non-coli by PCR method. Hippurate hydrolysis resulted in false negative result for 3 % and false positive result for 9.4 % of Campylobacter strains and it was found that with hippurate hydrolysis test inaccurate results were obtained for 12% of the strains totally.While all C. coli strains were able to be typed by flaA-RFLP and PFGE; of 300 C. jejuni strains, 298 (99.3 %) and 297 (99 %) could be typed by flaA-RFLP and PFGE respectively. For typing of C. jejuni and C. coli, the discriminatory power of PFGE was found to be higher than that of flaA-RFLP. For both species, the discriminatory power of combined method was detected to be higher than that of each method alone. According to the results of combined method, genetic variety was found to be high for both species; with 295 C. jejuni strains dividing into 201 and 30 C. coli strains dividing into 25 different genotypes with respectively 80 % and % 64 of C. jejuni and C. coli genotypes including only one strain.One of the two strains isolated from the stool samples of two different patients collected on different time intervals was found to be C. jejuni and the other strain to be C. coli. It was figured out that mixed infection or new infection could be the case for these two patients. According to molecular typing results, two C. jejuni strains isolated from different stool samples of three patients each were found to be different from one another and mixed infection with two C. jejuni strains of different genotypes was figured out to be the most probable case.This is the first study in our country in terms of investigating high number of Campylobacter strains, typing of C. coli strains as well as C. jejuni, comparing hippurate hydrolysis test results with molecular methods, evaluating the typing results with combined method using two different molecular typing methods together and indicating mixed infection or new infection of patients with both different Campylobacter species and C. jejuni strains with different genotype. 141

Amaç: Acinetobacter baumannii' de karbapenem direnç mekanizmaları arasında en yaygın olanı OXA tipi enzimlerdir. Son yıllarda yapılan çalışmalar bu enzim tipleri arasında özellikle OXA-58 enziminin karbapenem direncinin yayılımında öne çıktığını göstermektedir. Hastanemizde özellikle yoğun bakım hastalarından üretilen izolatların %90' nından fazlası karbapenemlere dirençlidir. Ancak günümüze kadar hastanemiz izolatlarındaki karbapenemaz tiplerine yönelik kapsamlı bir çalışma yapılmamıştır. Bu çalışmada 2000-2011 yılları arasında kan kültürlerinden üretilmiş olan karbapenemlere dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında, OXA tipi karbapenemazların varlığı ve bunlar arasında OXA-58' in gerek sıklık gerekse klonalite ve epidemiyolojik özellikler açısından değişimlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışmaya 2000-2011 yıllarında Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma Hastanesi kan kültürlerinden izole edilmiş, `CLSI` (Clinical and Laboratory Standarts Institute) önerilerine uygun olarak karbapenemlere dirençli bulunan 216 Acinetobacter baumannii izolatı alınmıştır. İzolatlarda OXA-58 varlığı polimeraz zincir tepkimesi (PZT) ve diğer sık görülen OXA tipi enzimlerin (OXA-23-benzeri, OXA-24-benzeri ve OXA-51-benzeri) varlığı bir multipleks PZT yöntemi ile araştırılmıştır. İzolatlar arasındaki klonal ilişki ApaI restriksiyon enzimi kullanılarak `Pulsed-field` Jel Elektroforezi (PFGE) yöntemi ile belirlenmiştir.Bulgular: PZT uygulamaları bulgularına göre izolatların tümünde bu türe özgü olduğu bilinen OXA-51-benzeri gen bölgesi pozitif olarak bulunmuştur. OXA-23-benzeri ve OXA-58 gen bölgesi pozitiflik oranları ise yıllara göre değişkenlik göstermiştir. Çalışma izolatlarının %52,8' inde (n=103) OXA-58 gen bölgesi ve %43,5' inde (n=94) OXA-23-benzeri gen bölgesi pozitif bulunmuştur. PFGE analizi ile tiplendirmede, 18 farklı PFGE paterni ayırt edilmiştir. Tüm paternler arasında A ve D' nin baskın paternler olduğu, çalışmaya dahil edilen izolatların %71' inin (n=153) (73 izolat A paterni ve 80 izolat D paterni olmak üzere) bu paternler ile temsil edildiği saptanmıştır. Sonuç: Çalışma bulgularına göre karbapenemlere dirençli A.baumannii izolatlarında OXA-58 tipi enzim varlığı en sık görülen OXA-tipi enzim olmakla birlikte 2009 yılından itibaren OXA-23-benzeri enzim prevalansı daha yüksektir. PFGE bulgularına göre en sık görülen iki paternden, A' nın OXA-58 enzimi üreten izolatların çoğunu temsil ettiği, son iki yıla ait izolatlarda ise en sık görülen PFGE paterninin çoğunlukla OXA-23-benzeri enzim üreten izolatları temsil eden D paterni olarak değiştiği bulunmuştur. Sonuçta, karbapenem direncinden sorumlu enzim tipindeki değişimin, klonal değişim ile ilişkili olduğu görülmüştür. Bu sonuç enfeksiyon kontrol önlemlerinin alınabilmesi için, dirençli klonların izlenmesi gerektiğini işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, OXA-tipi karbapenemazlar, OXA-58, `Pulsed Field` Jel Elektroforezi. ABSTRACTObjective: OXA type enzymes are considered the most prevalent reason of carbapenem resistance in Acinetobacter baumannii. Studies in recent years have shown that OXA-58 is the frequent enzyme type among OXA-type enzymes. Although more than 90% of A.baumannii isolates which were especially isolated from intensive care units are resistant to carbapenems in our institution, there were no comprehensive study about carbapenemase types. The aim of the present study was to determine the presence of OXA type carbapenemases, especially OXA-58 and to investigate the epidemiological changes and clonal relations among the study isolates. Method: A total of 216 A.baumannii isolates which were isolated from blood cultures in Dokuz Eylul University Hospital were included in this study. All isolates were resistant to carbapenems according to Clinical and Laboratory Standarts Institute (CLSI) recommendations. The presence of OXA-58 enzyme were investigated using a polymerase chain reaction (PCR) assay and other three type of OXA enzymes (OXA-23-like, OXA-24-like and OXA-51-like) were investigated using a multiplex PCR assay. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) with ApaI as the restriction enzyme was performed to show the clonal relationship between the isolates.Results: PCR results have shown that all isolates produced the intrinsic OXA-51-like carbapenemase. Frequency of OXA-23-like and OXA-58 enzymes were changed between 2000-2011. Of the study isolates, 52,8% (n=103) harbored OXA-58 and 43,5% (n=94) harbored OXA-23-like enzyme. Eighteen unrelated pulso type were revealed by PFGE analysis. Among the PFGE patterns, pattern A and D represented 71% of the isolates (n=153) in which 73 isolates were represented by pattern A and 80 isolates were representedn by pattern D.Conclusion: In our study, it was revealed that although OXA-58 enzyme was harbored by most of the isolates, prevelant enzyme type has changed since 2009 as OXA-23-like enzyme. In accordance with this result, most frequent PFGE pattern has changed from type A to type D for isolates from 2010-2011. As the conclusion of our study, it was shown that change of the main enzyme type which is the reason of carbapenem resistance is related with clonal change. The finding indicates to necessity of following up the resistant clones to apply appropriate infection control measures.Key Words: Acinetobacter baumannii, OXA-type carbapenemases, OXA-58, Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE). 104

Bu çalışmada, Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'na getirilen toplam 200 adet süt örneği Streptococcus uberisyönünden incelendi. İzole edilen etkenlerin tür düzeyinde virulans ilişkili gen dağılımının belirlenmesi amacıyla multipleks PCR metodu uygulandı. İncelenen 200 süt örneğinin 35 (%17.5)'inden Streptococcus uberis izolasyonu gerçekleştirildi. Polimeraz zincir reaksiyonu ile konvansiyonel olarak identifiye edilen S. uberis suşları incelendiğinde toplam 35 adet izolatın tamamında (% 100) 1400 bp fragment aralığında16S rRNAgeni tespit edilmiştir. Virulans genleri tek olarak incelendiğinde, 32 (% 91) suştan hasB, 32 (% 91) suştan gapC, 32 (% 91) suştan skc, 30 (% 86) suştan cfu, 30 (% 86) suştan hasC, 30 (% 86) suştan hasA, 29 (% 83) suştan sua, 28 (% 80) suştan oppF, 25 (% 71) pauA, 9 (% 26) suştan Ibp geni identifiye edilmiştir. pauB genine ise rastlanmamıştır.Sonuç olarak mastitis vakalarından izole edilen S. uberis etkenlerinin virulans genlerinin dağılımı incelendiğinde etkenin patojenitesi açısından kapsül formasyonunu eksprese eden genlerin önemli role sahip olduğu ortaya konulmuştur, ayrıca serin proteaz enzimi sentezinde görevli olan genlerin de dikkate değer oranda dağılım gösterdiği görülmüştür.Anahtar Kelimeler: Streptococcus uberis, mastitis, virulans genleri, mPCR In this study, a total of 200 milk samples were brought to Adnan Menderes University Faculty of Veterinary Medicine Department of Microbiology and examined with regard of Streptococcus uberis. The multiplex PCR method was applied in order to determine the prevalance of virulence associated genes.35 (% 17.5) Streptococcus uberis isolation was made from the examined 200 milk samples.The strains which were conventionally identified as S. uberis were examined with Polymerase Chain Reaction and in complete (% 100) 35 isolates, 16S rRNA gene was detected. While virulence associated genes are examined individually, hasB was identified out of 32 (91 %) strains, gapC was identified out of 32 (91 %) strains, skc was identified out of 32 (91 %) strains, cfu was identified out of 30 (86 %) strains, hasC was identified out of 30 (86 %) strains, hasA was identified out of 30 (86 %) strains, sua was identified out of 29 (83 %) strains, oppF was identified out of 28 (80 %) strains, pauA was identified out of 25 (71 %) strains, Ibp was identified out of 9 (26 %) strains. There was not made any pauB gene identification.As a result, when the prevalance of virulence genes are examined which belongs to S. uberis agents that are isolated from mastitis cases, it is exhibited that the genes which expresses the capsule formation play an importan role with regard to the pathogenicity of the agent, in addition, it its seen that the genes which employ the synthesis of serine protease enzymes shown significant prevalance.Keywords: Streptococcus uberis, mastitis, virulence genes, mPCR 53

Vankomisin dirençli enterokoklar nozokomiyal enfeksiyon sebebi olan patojenler arasında artan sıklıkta izole edilmektedir. Enfeksiyonların yayılımının önlenmesinde ve kontrolünde, intestinal kolonizasyonu olan hastaların erken tespiti ve nozokomiyal enfeksiyon salgını ile ilişkilerinin gösterilmesi gereklidir. Vankomisin dirençli enterokok izolatları ile salgın arasındaki ilişkinin gösterilmesinde moleküler epidemiyolojik yöntemlerle klonal ilişkinin tespiti gereklidir. Bu amaçla çok sayıda moleküler genotiplendirme yöntemi kullanılmıştır. Bu yöntemlerden PFGE; nozokomiyal salgınların sürveyansında, salgın izolatlarının ilişkilendirilmesi ve salgın kaynağının tespit edilmesinde, ayrım gücü en yüksek olan ve ?altın standart? olarak kabul edilen bir yöntemdir. Bu çalışmada İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalımızdan 40 adet (2012-2013), Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalından 33 adet (2009-2012) ve İstanbul Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuarlarından elde ettiğimiz 7 adet (2012) toplamda 80 adet; 32?si rektal sürüntüden, 48?i çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş olan; vankomisine dirençli enterekok suşu değerlendirilmiştir; Maldi-Tof ile tür tanımı yapılan izolatların %96?sının E. faecium ve baskın genetik direnç yapısının Van A olduğu, yapılan PFGE sonucunda bazı E. faecium klonlarının birçok farklı merkezde yayıldığı, çok merkezli yayılan klonların bu özelliklerinin nedenini araştırmak için ileri çalışmalara ihtiyaç duyulduğu sonucuna varılmıştır.Anahtar Sözcükler: Genotipleme, PFGE, MALDİ-TOF, VRE Vancomycin resistant Enterococci are isolated in increasing frequency among the pathogens that cause nosocomial infections. Early detection of patients with intestinal Vancomycin resistant Enterococci colonization and the demonstration of their relationship with the hospital infection outbreaks are necessary in controlling and preventing the spread of these infection. In order to show, the relationship between Vancomycine resistant Enterococci isolates and the outbreak, the detection between molecular epidemiological methods and clonal connection is needed. For this purposes, a large number of molecular-based genotyping methods have been used. Among these methods, PFGE is considered as the `gold standard? with the highest discriminatory power in the surveillance of nosocomial outbreaks, and the detection of the outbreak origin and the association between outbreak isolates. In this study, a total of 80 VRE strains. whose 32 isolated from rectal swabs and 48 from different clinical samples were included in this sudy. 40 VRE strains were obtained from the Microbiology Department of Cerrahpaşa Medical Faculty in İstanbul University (2012-2013), 33 VRE strains from the Microbiology Department of Medical Faculty in Gazi University (2009-2012), and 7 VRE strains from the Microbiology laboratory of Samatya Education and Research Hospital (2012) were evaluated. The identifications of the species by Maldi-Tof resulted as %96 of E. faecium. The predominant genetical resistance structure of VRE was detected as Van A. As PFGE results,there have been a dissemination of some of dominant E. faecium clones in most of the different centers .It was conluded that to evaluate the cause of this dissemination of these dominant clones needs to be evaluated by further studies in future.Keywords: Molecular typging, PFGE, MALDİ-TOF, VRE 80

2009-2010 yılları arasında hastanemiz Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına gelen çeşitli materyallerden izole edilen 33 adet Pseudomonas aeruginosa ve 48 adet Acinetobacter baumannii suşu çalışma kapsamına alındı.Bakterilerin tanımlanması standart klinik mikrobiyolojik yöntemler ile yapılmış, bu yöntemlere ek olarak daha iyi tanımlamanın yapılaması için API 20NE (Biomerieux) sistemleri kullanılmıştır. Bakterilerin invitro koşullarda antibiyotiklere direnç durumları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Bakterilerin klonal ilişkisi epidemiyolojik tiplendirmenin altın standardı olarak tanımlanan PFGE ile araştırıldı. P. aeruginosa suşlarının % 30,3?ü imipenem, % 39,4?ü aztreonama, % 30,3?ü amikasin, % 36,4?ü seftazidim, % 33,3?ü meropenem, % 30,3?ü sefepim, % 27,3?ü gentamisin, % 30,3?ü piperasilin-tazobaktama dirençli bulunmuştur. A. baumannnii suşlarının %93,8?i piperasilin-tazobaktama, %77,1?i amikasine, %47,9?u gentamisine, %83,3?ü sefepime, %72,9?u imipeneme, %72,9?u meropeneme, %87,5?i seftazidime, %91,7?i aztreonama dirençli bulunmuştur. Bu çalışmada izole ettiğimiz suşların %40?ı çoklu antibiyotik direncine sahipti. %60?ı tüm antibiyotiklere duyarlı bulundu. En duyarlı oldukları antibiyotik ise %70 oranıyla CN, AK ve TPZ?ye olduğu saptandı. PFGE yöntemiyle tiplendirilen 33 adet P. aeruginosa suşundan 18 (%54,5) genotip saptandı. Bu genotiplerden 5 adeti küme oluşturan suşları içermektedir. Her kümedeki suş sayısı 2-8 arasında değişmektedir. Toplam 17 (%51,5) suş küme oluşturmaktadır. Bu suşlardan 4 adeti yakın ilişkili olarak değerlendirildi. Üç veya daha az bant farkı oluşturma kriteri dikkate alındığında suşların 21 (%63,6)?i klonal yönden ilişkili bulundu. İzolatların 12 adeti (%36,3) özgü PFGE profili gösterdi. Kırksekiz adet A. baumannii suşundan ise 13 (%27.08) genotip saptandı. Genotiplerden 8 adeti küme oluşturan suşları içermektedir. Herbir kümedeki suş sayısı 2 ile 12 arasında değişmektedir. Toplam 41 (%85,4) suş küme oluşturmaktadır. Bu suşlardan 2 adeti yakın ilişkili olarak değerlendirildi. Üç ya da daha az bant farkı oluşturma kriteri dikkate alındığında suşların 43 (%89,5)?ü klonal yönden ilişkili olarak değerlendirildi. İzolatların 5 adeti (%10,4) özgü PFGE profili gösterdi.Sonuç olarak yoğun bakım ünitesinden izole edilen 33 P. aeruginosa ve 48 A. baumannii suşunun çapraz geçişi gösterilmiştir. Bazen bir hasta bir iki ay ara ile aynı tür bakterinin farklı genotipiyle, bazende farklı hastalar aynı genotiple enfekte olmuştur. Çapraz bulaşın yüksek derecede saptanması ve özellikle A. baumannii suşlarının birçok ilaca karşı yüksek direnç oranları göstermesi yoğun bakım ünitelerinde acil önlemler alınması gerektiğini göstermektedir.Anahtar Kelimeler: P. aeruginosa, A. baumannii, PFGE, klonal ilişki, genotip, bant farkı A total of 33 Pseudomonas aeruginosa and 48 Acinetobacter baumannii strains isolated from the various materials at our hospital medical microbiology laboratory between 2009 -2010 include our study.The identification of bacteria were done with standart clinic microbiological methods and API 20NE (Biomerieux) methods were used for the better characterization. The antibiotic resistance of isolates was defined with disc diffusion method by following Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) advices. The clonal relationship of the strains were investigate with the PFGE which is the most important methods for epidemiologic classification. The rate of antibiotic resistance of P. aeruginosa are 30,3% to imipenem, 39,4% to aztreonam, 30,3% to amikasin, 36,4 % to ceftazidim, 33,3% to meropenem, 30,3 % to cefepim, 27,3% to gentamicin, 30,3% to piperacilin tazobactam. The rate of resistance of A. baumannnii strains are 93,8% to piperacilin-tazobactam, 77,1% to amikasine, 47,9% to gentamicine, 83,3% to cefepim, 72,9% to imipenem, 72,9% to meropenem, 87,5% to ceftazidim, 91,7% to aztreonam. In this study 40 %of the isolates had a multiple antibiotic resistance. Sixty percent of the isolates showed resistance to all antibiotics. The most effective antibiotic is CN, AK and TPZ with the rate of 70%. PFGE yielded 18 genotype ( % 54,5 ) among the 33 P. aeruginosa strains. Five of these genotypes included the clustered strains, each cluster included 2 to 8 strains. The total clustering rate was 51,5% (17/33 strains). Four strains were defined as closely related. A total 21 isolates showed PFGE profiles having less than four DNA bant differences from each other. This result indicated 63,6% clonal relationship among the P. aeruginosa strains. Twelve strains 36,3(%) showed unique PFGE profile. We determined 13 PFGE types (27,08%) among 48 A. baumannii strains. Of these geneotypes, 8 were cluster including 41 (85,4%) strains, 5 (10,4%) were unique.. The range of cluster varied from 2 to 12 strains. Two strains were defined as closely relationship. If three or less DNA band differences criteria is considered, 43 of these strains (89,5% ) were classified in clonal relationship.In conclusion; we founf cross-transmission among the 33 P. aeruginosa and 48 A. baumannii strains isolated from intensive care unit in a six-month period. Sometimes, it was found that a patient was infected with the different genotypes of the same bacteria within a mounth or two mounth and someties different patients were infected by the same genotypes. The high crosss-transmisson rates among the tested isolates and high antibiotic resistance among the and, A. baumannii strains indicates the necessity of emergancy precaution to keep infection off in the intensive care unite. Keywords: P. aeruginosa, A. baumannii, PFGE, clonal relationship, geneotype, band differences 107