Search

Bu çalışmada, her biri Y kromozomunda bulunan SRY genine ait iki, DBY ve AMELY genine ait tek bölge ile Y-özel bir mikrosatelit olan SRYM18 DNA dizi analiz yöntemleriyle incelenmiştir. SRY, DBY ve AMELY genine ait dizi analizi yapılan bölgelerde herhangi bir tek nükleotid polimorfizmi saptanmazken, SRYM18 mikrosatellitine ait 141,143 ve 145 bazlık üç farklı büyüklükte parça saptanmıştır.Yerli koyun ırklarındaki anasal genetik çeşitliliğin belirlenmesi için bu on koyun ırkından dokuzu mtDNA kontrol bölgesinin 531 bç'lik dizi bilgileri kullanılarak incelenmiştir. Dokuz adet yerli ırkta mtDNA'nın kontrol bölgesinde bulunan 531 bazlık parçanın dizi analizi sonucunda yerli koyun ırklarında yüksek bir haplotip çeşitliliği belirlenmiştir. Ayrıca yerli koyun ırkları üç temel haplogrup olan A,B ve C içinde gruplanmış ve Akkaraman ırkından tek bir hayvan nadir E haplogrubunda saptanmıştır.SRY, SRYM18, genetik çeşitlilik, mtDNA, evciltme In this study two SRY genes, one region of DBY and AMEL genes and SRYM18 Y-specific microsatellite (each of them are located on of Y chromosome ) were investigated by using DNA sequence techniques in 10 Turkish native sheep breeds. While any base substitution was not found on the regions sequenced of SRY, DBY and AMELY, have been found three different base of size as 141, 143 and 145bp belong to SRYM18.9 of 10 sheep breeds were investigated to determinate maternal genetic diversity on Turkish native sheep breeds by using sequence information of 531 bp of mtDNA control region. As a result of sequence analysis of 531 bp of mtDNA control region have been detected a high genetic diversity on Turkish native breeds. While these breeds have grouped into three major maternal haplo groups as A,B and C, one animal from Akkaraman breed was detected into rare E haplogroup.SRY, SRYM18, genetic diversity, mtDNA, domestication 103

Eritroblastosis Fetalis, gebelerde annenin Rhesus (Rh) faktör negatif (-), fetüsün ise Rh pozitif (+) olmasıyla gerçekleşen ve fetal hidropsa sebebiyet vererek ölüme neden olabilen yenidoğanın hemolitik hastalığıdır. Hamilelik sürecinde, Rh ve cinsiyet tespitinde kullanılan koryon villüs, amniyosentez ve kordosentez örneklemesi gibi invaziv yöntemler düşük riskine neden olmakta ve müdahale zamanı da gebelik haftasına bağlı olarak değişmektedir. Bunların yanında, invaziv olmayan ultrasonografi, indirekt ve direkt coombs testleri gibi yöntemler de kullanılmaktadır. Ancak bu tetkiklerin duyarlılığı invazif yöntemler kadar yüksek olmadığından yeni yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Son yıllarda gelişen maternal kandan elde edilen hücre dışı (hd)fetal DNA'ların tesbitinin yapılması prenatal tanıda önemli tekniklerin geliştirilmesine olanak tanımıştır. Çalışmamızda, invaziv işlem gerektirmeden gebelerden alınan periferik kandan fetüse ait hdDNA izole edilerek, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemiyle RhD genine ait ekzon 5 ve ekzon 7 bölgeleri ve SRY genine özgü tasarlanan primerler yardımıyla Fetal Rh ve cinsiyet belirlenmesi gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla, toplam 100 Rh (-) gebeden toplanan örneklerde hdDNA'lar izole edilerek Rh D ve SRY analizleri yapıldı. 100 olgunun 54'ü bu süreçte doğum gerçekleştirdi ve elde edilen sonuçlar doğum sonrası bebeğe ait Sağlık Bakanlığı Bebek Takip Sistemi'nde bulunan sonuçlar ile karşılaştırıldı. Analiz sonuçlarımızla Yenidoğan Takip Sisteminden elde edilen sonuçlarla yapılan karşılaştırmada, Rh D geni için 54 vakada 3 uyuşmayan negatif sonuç, SRY için ise 1 uyuşmayan negatif sonuç belirlenmiştir. Kalan 46 olgunun karşılaştırmalı analizi ise doğumlar gerçekleştirdikten sonra yapılacaktır. Bulunan sonuçlar bebek takip sistemi güncellendikçe konfirme edilecektir. Elde edilen sonuçlara göre, bu teknik ile maternal plazmadan yeterli miktarlarda ve kalitede hdDNA elde edilerek genetik tanı amacıyla fetal Rh D ve SRY'nin belirlenebileceği anlaşılmıştır. Bu metod kullanılarak, Rh uyumsuzluğundan kaynaklanan Eritroblastosis Fetalis ve cinsiyetin belirlenmesine katkı sağlayabileciği, Konjenital Adrenal Hiperplazi, Hemofili, Duchenne Muscular Distrofi gibi hastalıkların erken dönemde belirlenmesine imkân sağlayabilecektir. Böylece, bu teknik kullanılarak elde edilen veriler ışığında erken dönemde tedaviye başlanılabilmesi ve gereksiz yapılan tedavi ve maliyetin önüne geçilebilecektir. Anahtar Kelimeler: Hücre dışı DNA, Eritroblastosis Fetalis, Rh D, SRY, Konjenital Adrenal Hiperplasia Anahtar Kelimeler: Hücre dışı DNA, Eritroblastosis Fetalis, Rh D, SRY, KonjenitalAdrenal Hiperplasia Erythroblastosis Fetalis is a condition in which the mother is Rhesus (Rh) factor negative (-)and the fetus is Rh positive (+) and can cause causing fetal hydropsia and death. During pregnancy, invasive methods including corrion villus, amniocentesis and cordocentesis sampling could be used in the detection of Rh and gender, which all might cause miscarriages and the interference time of these procedures varies depending on the gestational week. In addition, non-invasive methods including ultrasonography, indirect and direct coombs tests are also applied. However, the sensitivity of these tests is not as high as the invasive methods. For these reasons, new methods are needed. Detection of cell free fetal DNA derived from maternal blood in recent years has enabled the development of important techniques in prenatal diagnosis. In our study, fetal Rh and gender analysis were performed by utilizing the fetal cell free DNA obtained from pregnant women whole blood with non- invasive procedure with the specific primers of exons 5 and 7 for RhD gene and SRY gene and were analized by real-time polymerase chain reaction (PCR) method. For this purpose, a total of 100 Rh (-) pregnant women were collected and cell free DNAs were isolated and Real Time PCR and Rh D and SRY analyzes were performed. 54 of the 100 cases that we collected were delivered their babies during this process and the analysis results were compared with the Turkish Ministry of Health New Born Follow up System. In the Rh D comparison, there were 3 false negative results in 54 cases and SRY gene there were 1 false negative result. The remaining 46 cases the analysis were completed and will be confirmed when the system is updated with new born babies.According to these results, the use of this technique could be applied as a genetic diagnostic test to the determinethe fetal RhD and the SRY from maternal plasma. The early diagnosis of erythroblastosisfetalis due to Rh mismatch and Congenital Adrenal Hyperplasia, Hemophilia and Duchenne Muscular Disrophy due to the presence of SRY may lead to apply this technıque as an early diagnostic test and early assessment of the result for the treatment modalities. Therefore, the unnecessary stress, treatment and the cost to the patient could be prevented. Key Words: Cell free DNA, Erythroblastosis Fetalis, Rh D, SRY, Congenital Adrenal Hyperplasia 66

46,XY seks reversal, etiyolojisinde birçok genetik faktörün rol oynadığı bir hastalıktır. 46,XY seks reversalın en sık nedenleri arasında (%15) SRY geninde görülen mutasyonlar tanımlanmakla birlikte; SF1, SOX9, WT1, WNT4, FOXL2, ATRX, DHH, MAP3K1 ve CBX2 gibi birçok otozomal lokalizasyonlu genin de mutasyonlarında seks reversal ortaya çıkmaktadır. Bu genlerdeki mutasyonlar izole ya da sendromik gonadal disgeneziye neden olmaktadır. Bu çalışmada, izole 46,XY seks reversala neden olduğu bilinen SRY, WT1 ve CBX2 genine dizi analizi yapılmış ve bu genlerde patojenik değişiklik izlenmemiştir.Tek gen mutasyonları dışında 9. kromozomun p kolunun ve 10. kromozomun q kolunun terminal bölge delesyonları ile X kromozomunun p21-p22 bölgesinin (DAX1) duplikasyonunun da 46,XY seks reversal hastalığı etiyolojisinde bildirilmiş olması nedeniyle, söz konusu genlerde mutasyon bulunmayan hastalara Array (Affymetrix Tüm Genom SNP Array 2.7) analizi yapılmıştır.Bu çalışmada, daha önce bildirilmiş olan 9. kromozomun p kolu, 10. kromozomun q kolunda delesyon ve X kromozomunun p21-p22 bölgesinde duplikasyon saptanmamakla birlikte birçok kayıp ve kazanç bölgesi tespit edilmiştir. İki olgumuzda, 8. kromozomun q24.3 bölgesinde saptanan duplikasyonun, literatürde gonadal disgenezisi olan bir olguda da bildirilmiş olması nedeniyle bu bölgenin seks reversal etiyolojisinde rol oynayabileceği düşünülmüştür. 8. kromozomun q24.3 bölgesinde bulunan ve duplikasyonları veri tabanlarında polimorfik olarak bildirilmeyen, spermatogenez ve hücre farklılaşmasında rol alan ve gonadlarda eksprese olan ZFP41 geni başta olmak üzere, GLI4, TOP1MT, RHPN1, ZC3HC, TIGD5, PYCRL, TSTA3, BREA2 ve PUF60 genleri aday gen olabileceği düşünülmüştür. Disorders of sex development (DSD) involve several conditions ranging in severity from mild genital abnormalities to complete sex reversal, that result from abnormalities during gonadal determination and differentiation. Sex determination and differentiation in humans are processes that involve the interaction of several genes such as SF1, SOX9, WT1, WNT4, DAX1, FOXL2, ATRX, DHH, MAP3K1 and CBX2. The Sex determining Region on the Y gene (SRY) is located on the short arm of the Y-chromosome and is the crucial switch that initiates testis determination and subsequent male development. Mutations in SRY gene are responsible for sex reversal in approximately 15%of 46,XY sex reversal (46,XY DSD) cases.In this study we research mutations for SRY, WT1 and CBX2 genes with DNA sequence analysis. No pathogenic mutation was detected in these genes. We used the Array (Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 2.7) to analyse copy number variation in 10 individuals with unexplained 46,XY sex reversal. Choromosome 8q24.3 duplication detected in two cases, this region previously reported in a patient with gonadal dysgenesis. So we focused this region and we describe ZFP41, GLI4, TOP1MT, RHPN1, ZC3HC, TIGD5, PYCRL, TSTA3, BREA2 and PUF6 genes as candidate genes, which could have been responsible for sex reversal.Many genes need to be investigated to revealed to the etiology of 46,XY sex reversal. This study supports that using array systems provides better to have novel gene/genes. 133

TEZ8901 Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2010. Kaynakça (s. 86-94) var. xii, 95 s. : res. ; 29 cm. The discovery of cell free fetal DNA in the maternal circulation has driven developments in noninvasive prenatal diagnosis in the past decade. Detection of paternally derived alleles in cell free fetal DNA is becoming well established. Analysis of fetal DNA from maternal plasma by new techniques such HRM analysis offers great potential for noninvasive prenatal diagnosis. We examined 104 maternal plasma samples from 57 pregnant women carrier of sickle cell anemia, 32 pregnant women carrier of beta thalassemia and 15 healthy control subjects. Fetal DNA was extracted from 1 mL plasma samples. To detect male fetuses SRY and DYS14 markers specific to the Y chromosome analyzed by nested PCR and RT-PCR. DYS14 and beta globin were used for quantitation of fetal and total DNA levels respectively. Alternative to traditional methods in invasive prenatal diagnosis, we used HRM analysis for genotyping of fetal DNA in hemoglobinopathies. We detected Y chromosome specific DYS14 in maternal plasma of 100% women bearing male fetuses in early pregnancy. The value was 93.7% with SRY by nested PCR. The levels of total and fetal DNA increased with gestational age. We observed greater MoM values of fetal DNA in sickle cell anemia pregnancies compared to thalassemia and healthy groups. The MoM values were smaller in thalassemia pregnancies compared to other groups (p

Bu çalışmada 46, XY DSD (Cinsel Farklılaşma Bozukluğu = Disorders of Sexual Development) (eski tanım ile erkek psödohermafroditizmi), olan hastalarımızdan klinik ve laboratuar bulgulara göre androjen duyarsızlığı sendromu (AIS) tanısı alan hastaların klinik ve laboratuar verilerini irdelemek ve androjen reseptör gen (AR) ve 5 alfa-redüktaz tip 2 genlerinin (SRD5A2) moleküler analizlerini yaparak klinik tanıyı teyit etmeyi amaçladık.Çalışmaya 49 aileden toplam 56 hasta alındı. Hastalar Prader Evresine göre parsiyel ve komplet AIS (PAIS ve CAIS) olarak ayrıldı. Hastaların bazal ve hCG uyarılı testosteron ve dihidrotestosteron düzeyleri karşılaştırıldı. Tüm hastalarda öncelikle AR geninde ?hot spot? mutasyonların görüldüğü 4 ve 5. ekzonlar sekanslandı. Daha sonra mutasyon olasılığı yüksek hastalarda tüm AR geni sekanslandı. Ayrıca, anne-babası arasında akraba evliliği olan hastalarda SRD5A2 geni sekanslandı.Hastaların en sık getirilme nedeni doğumda belirsiz cinsiyetti. Olguların 10 tanesi komplet androjen duyarsızlığı iken, 46 olgu parsiyel androjen duyarsızlığı mevcut idi. 12 olguda eşlik eden başka organ anomalileri vardı ve olguların tümü PAIS idi. 5 olguda kromozom yapısı 46,XY kuruluşundan farklıydı ve bu hastalarda SRY pozitif olarak bulundu. CAIS ve PAIS olgularının laboratuar verileri arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar yoktu. Bazal ve uyarılı testosteron düzeyi ile androjene fallik yanıt arasında anlamlı bir korelasyon yoktu. CAIS olgularının tümünde cinsiyet kız olarak belirlenmişti, PAIS olgularının büyük çoğunluğu da erkek yönünde yetiştirilmişti. Kız olarak yetiştirilip daha sonra cinsiyeti erkek yönünde değiştirilen PAIS olguları vardı, ancak cinsiyetini erkek yönünden kız yönüne dönüştürülen hastamız yoktu. Hastaların tümünde AR geninin 4 ve 5. ekzonlarında mutasyona rastlanmadı. AR geninin tüm ekzonlarının sekanslanması sonucunda altı olguda mutasyon bulunarak, moleküler olarak AIS tanısı kanıtlanmış oldu. Klinik olarak AIS düşünülen ancak anne-baba arasında akrabalık olması nedeniyle SRD5A2 geni çalışılan 2 kız kardeş olgumuzun moleküler analizinde mutasyon (5 alfa-redüktaz eksikliği) saptandı.Sonuç olarak, 46,XY DSD olgularında testosteron biyosentez defektleri ekarte edilmiş hastalarda AIS ve 5 alfa-redüktaz eksikliği ayrımının, ve ayrıca CAIS ve PAIS ayrımının yalnızca klinik ve hormonal verilerle kesin biçimde yapılabilmesinin mümkün olmadığı ve kesin tanıda moleküler analiz yapılmasının gerekli olduğu sonucuna varılmıştır. The aim of the study was to assess the clicinal and hormonal features, and to analyse androgen receptor (AR) and 5 alpha-reductase type 2 (SRD5A2) genes in the patients with 46,XY disorders of sex development (DSD).This study included 56 patients from 49 families, having clinical features of androgen insensitivity syndrome (AIS). Patients were classified as partial or complete AIS (PAIS or CAIS) according to genital stage (Prader stage). Basal and hCG-stimulated testosterone (T), dihydrotestosterone (DHT) and T/DHT ratio were assessed and compared between two groups. Hot spot (4th and 5th exons) regions of the AR gene were sequenced in all patients. Thereafter, whole AR gene was sequenced in those patients, with high index of clinical suspicion. SRD5A2 gene was sequenced in the patients, in whom no mutation was detected in AR gene.The most common presentation of the patients was ambiguous genitalia. Out of 56 patients, 10 cases were CAIS and 46 cases were PAIS. Among these patients, 12 cases (all of them were PAIS) had some congenital anomaly/anomalies involving non-genital organs. We found different chromosomal constitution in 5 cases, but SRY analyses were normal in all. Hormonal data between PAIS and CAIS were not statistically different. There was no correlation between basal or stimulated androgen levels and fallic enlargement response to androgen test. Gender assignment was made as female in all CAIS cases, whereas majority of PAIS cases assigned to male sexual identity.We did not find any mutation in 4th and 5th exons of AR gene in all patients. Diagnosis of AIS was made in 6 cases by sequencing entire AR gene, thereafter. Two sisters were diagnosed to have 5 alpha-reductase deficiency by molecular analysis of SRD5A2 gene.In conclusion, endocrinological tests may not be reliable for the differential diagnosis of 46,XY DSD, especially differentiating AIS and 5 alpha-reductase deficiency, and PAIS and CAIS. DNA analysis must be employed as a tool for the early and precise diagnosis of the these patients. 82

Y kromozomu delesyonları ve kistik fibrozis transmembran regülatör (CFTR) geni mutasyonları erkek infertilitesinde rol oynayan genetik anomalilerin başında yer almaktadır. Özellikle Y kromozomunun uzun kolundaki (Yq) azoospermi faktör (AZF) bölgesinin delesyonları spermatogenezi engelleyerek non-obstrüktif azoospermiye, CFTR gen mutasyonları ise vas deferens agenezisine neden olarak obstrüktif azoospermiye yol açtığı birçok çalışmada gösterilmiştir.Bu çalışmada; vas deferens agenezisi olan hastalarda AZF ve CFTR gen mutasyonlarının araştırılması amaçlanmıştır. 29'u çift, 15'i tek taraflı vas deferens agenezisi olan hastaların periferik kan örneklerinden kromozom analizi ve DNA izolasyonu yapıldı. AZF gen delesyonlarını tespit etmek için polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yapıldı. AZF a, b ve c bölgelerinden ikişer adet sequence-tagged- sites (STS) bölgesi ve kontrol olarak da SRY ve ZFY bölgeleri kullanıldı. Kullanılan STS bölgeleri: AZF a için, sY84 ve sY86; AZF b için, sY127 ve sY134; AZF c için ise, sY254 ve sY255'idi. Çalışmamızda vas deferens agenezisi olan hiçbir hastada kromozom anomalisi ve AZF delesyonu tespit edilmedi.CFTR geni için ise, tarama kiti kullanılarak en sık görülen 19 mutasyona bakıldı. Sadece üç hastada (%6,98) mutasyon tespit edildi. Çift taraflı vas deferens agenezisi olan iki hastada I148T, bir hastada da N1303K mutasyonu heterozigot olarak bulundu (% 10). Tek taraflı vas deferens agenezisi olan hastalarda ise mutasyon rastlanılmadı.Sonuç olarak, vas deferens agenezisi olan hastalarda kromozom analizi ve AZF gen delesyonlarına bakılmasının çok gerekli olmadığı, fakat çift taraflı vas deferens agenezisi olan hastalarda CFTR gen mutasyonlarının araştırılmasının önemli olduğu kanısındayız. Ayrıca CFTR geninde mutasyon çıkan hastaların eşlerinin de araştırılıp, eşinde de mutasyon çıktığı takdirde doğacak çocukların kistik fibrozis olma olasılığının artacağı bildirilmelidir.Anahtar kelimeler: Doğumsal vas deferens yokluğu, AZF, erkek infertilitesi, CFTR Y chromosome microdeletions and Cystic Fibrosis Transmembrane Regulator (CFTR) gene mutations are the genetic abnormalities which play role in male infertility. It is shown in many studies that especially Azoospermia Factor (AZF) regions on long arm of Y chromosome lead to non-obstructive azoospermia by preventing spermatogenesis and CFTR gene mutations lead to obstructive azoospermia by causing congenital vas deferens agenesis. The aim of this study is to investigate the AZF and CFTR gene mutations in patients who had vas deferens agenesis. Peripheral blood examples were taken to examine chromosome analysis and DNA isolation from 44 patients. 29 individuals with bilateral absence of vas deferens and 15 with unilateral absence of the vas deferens were analyzed for AZF deletions and CFTR gene mutations. Fort-four patients with normal cytogenetic findings with CAVD were included in the study. In these patients microdeletion analysis was performed by polymerase chain reaction (PCR) method on DNA extracted from peripheral blood. In each case 6 sequence-tagged- sites (STS) in azoospermia factor (AZF) regions were tested: sY84, sY86 (AZFa); sY127, sY134 (AZFb); sY254, sY255 (AZFc) and control primers were SRY and ZFY. There was no deletion in AZF gene. For CFTR mutations, we used screening kit that has been provides to screen common 19 mutations. I148T mutations for CF were found as heterozygosis mutation in two patients of CBAVD and N1303K mutations for CF were found as heterozygosis mutation in the one patient. No mutations could be patients CUAVD.According to our study, search for chromosome analysis and AZF gene deletions in patients with have vas deferens agenesis is not very necessary, but search for CFTR gene mutations especially in pattients who have bilateral vas deferens agenesis is very important. Furthermore, the wife of the patients who had CFTR gene mutations have to be investigated. Because, if they have gen mutations too, the possibility of being cystic fibrosis for their children will increase..Key words: Congenital vas deferens agenesis, AZF, male infertility, CFTR 71

Primordial germ cells (PGCs) provide an excellent tool to better understand ancestor?descendent relationships as well as the efficiency and molecular mechanisms governing pluripotency in the reprogramming of somatic cells, since the latter type of cells have a relatively lower efficiency of conversion to pluripotent cells. This kind of comparison has gained credence from the commonalities regarding the expression of key transcription factors such as octamer-binding transcriptionhttp://en.wikipedia.org/wiki/Transcription_factor factor-4 (Oct3/4), SRY-related HMG box (Sox2), myelocytomatosis (c-Myc), and Nanog, as well as redundancy in terms of Kruppel-like factor 2 (Klf2), Kruppel-like factor 5 (Klf5), estrogen-related receptor beta (Esrrb), and estrogen-related receptor gamma (Esrrg) compensating for the absence of Kruppel-like factor 4 (Klf4). However, the exogenous addition of any one of these factors was found to be important, thereby implying that the expression level is important. L-Myelocytomatosis (L-myc) was shown to improve reprogramming efficiency without affecting tumorigenic potential. Molecular aspects of epigenetic reprogramming during the acquisition of pluripotency, as well as tumorigenic potential, have also been discussed, thus providing an understanding of the factors that can improve the former without increasing the possibility of neoplastic transformation. An improved understanding of the molecular events would pave the way for the development and use of endogenous biomolecules as well as currently available chemical reprogrammers for improving the efficiency of conversion of PGCs into cells of the stem cell lineage. Such chemicals, when adequately tested, can possibly be an alternative to viral vectors, since the introduced transgenes can become oncogenic.