Search

Det finns många biotekniska analys- och detekteringsmetoder. Metoderna används för identifiering och kvantifiering av biomarkörer. Denna studie har analyserat detekteringsmetoder i de fall där två hjärtspecifika biomarkörer används, troponin och kreatinkinas. Studien avsåg att först identifiera tillämpningsfrekvensen av detekteringsmetoder i Sverige samt internationellt. Vidare identifieras sambandet mellan avgörande parametrar i val av detekteringsmetod. Metoden gick ut på att först bestämma den mest frekventa detekteringsmetoden i Sverige med hjälp av en enkät som skickades till olika laboratorier, sedan studerades tidigare studier publicerade på olika internationella databaser. Studierna som tillämpades var på hjärtspecifika troponin och kreatinkinas för att identifiera val av detekteringsmetod, detekteringskaraktäristika och användarvänlighetsparametrar. Studiens resultat visade att nationellt finns det tre detekteringsmetoder som är de mest använda för identifiering av kreatinkinas: masspektrometri, elektrokemisk luminescence och spektrometri. Internationellt är den dominerande metoden däremot elektrokemisk luminescence. För troponin är den dominerande metoden nationellt: elektrokemisk luminescence och flödescytometri, medan internationellt: elektrokemisk luminescence. Elektrokemisk luminescence är i många fall en stark vinnare i tillämpningen. Ytterligare iakttogs korrelationskoefficienter mellan parametern för att identifiera det starkaste respektive svagaste sambandet. Avgörande parametrar i val av elektrokemisk luminescence, visar på flera samband. Elektrokemisk luminescence och kreatinkinas tilldelas en korrelationskoefficient nära ett för parametrar som volym och känslighet och en korrelationskoefficient nära minus ett för linjärt mätområde och volym, samt kostnad och minimummängd. Medan för troponin och elektrokemisk luminescence erhålls en korrelationskoefficient nära ett för parametrar som känslighet och kostnad och en koefficient nära minus ett för kostnad och tid. There are many biotechnological analysis- and detection methods. The methods are used for identification and quantification of biomarkers. This study has analyzed detection methods incases where two heart-specific biomarkers are used, troponin and creatine kinase. The study was intended to first identify the application frequency of detection methods in Sweden and internationally. Then identify the relationship between crucial parameters in the choice of detection method. The method consisted of first determining the most frequent detection method in Sweden with the help of a questionnaire that was sent to different laboratories, then previous studies published on various international databases were observed. The studies applied were on topics regarding cardiac-specific troponin and creatine kinase to identify choice of detection method, detection characteristics, and ease of use parameters. The results of the study showed that nationally, the detection methods most used for creatine kinase are mass spectrometry, electrochemical luminescence, and spectrometry. Internationally, however, the dominant method is electrochemical luminescence. For troponin, on a national level the dominant methods are electrochemical luminescence and flow cytometry, while internationally: electrochemical luminescence. Electrochemical luminescence is in many cases a strong winner in application. In addition, correlation coefficients are observed between the decisive parameters for a detection method, to identify the strongest and weakest relationships. Electrochemical luminescence and creatine kinase are assigned a correlation coefficient close to one for parameters such as volume and sensitivity and a correlation coefficient when minus one for measurement range and volume, as well as cost and minimum amount. While for troponin and electrochemical luminescence, a correlation coefficient close to one is obtained for parameters such as sensitivity and cost and a coefficient close to minus one for cost and time.

Paints mostly consist of three major components which are binder, pigment/filler andsolvent. Many other components are added in smaller amount and these are calledadditives. One of these additives is defoamers which are added to the paint todecrease foam which can cause defects in the dried paint for example as pores. Thisstudy was about investigating if the defoamers can be identified and quantified withhigh performance liquid chromatography coupled to mass spectrometry. This includessample preparation, chromatographic separation and detector settings. Calibrationcurves where constructed for paints containing different concentrations of defoamerand for a paint with 0% defoamer where different concentration of defoamer whereadded. Standard addition was done for a paint. Matrix effects were investigated bycomparing signal from defoamer in MeOH compared in paint. This study showed thatthe sample preparation of paints should involve dilution in MeOH or water followedby adding of formic acid and centrifugation and filtration to avoid problems in theinstrument. It is possible to identify if a defoamer is present in paint. Quantificationhas not been achieved, due to possible matrix effects and different response whendefoamer is added to the paint before analysis compared to when the defoamer isadded in the manufacturing process.

QPrEST är en ny intern standard för absolut kvantifiering av proteiner utvecklat av företaget Atlas Antibodies AB. I en marknad där det redan finns etablerade standarder kan det vara svårt att konkurrera ut de nuvarande produkterna. Därför har denna rapport gjorts vilken består av en marknadsanalys av nuvarande standarder, statistisk undersökning av publicerade artiklar inom absolut kvantitativ proteomik samt en global kundundersökning med 35 svarande. Resultaten har legat till grund för förbättringsförslag till Atlas Antibodies AB för bättre marknadsföring och lansering av sin nya produkt, QPrEST. Slutsatsen från denna rapport är att Atlas Antibodies AB måste nischa in sin produkt till kvantifiering av ett målprotein då det är där standarden presterar bäst.

Allt eftersom problemen med fossila ämnen blir mer tydliga dras industrins uppmärksamhet till trä som en förnybar råvara och energikälla. I Sverige finns stora resurser av barrträd, vilket har betytt mycket för landets ekonomi och kommer förmodligen att göra det i framtiden också. Ett stort problem vid nyplantering av barrträd är dock angrepp av skadeinsekter, som kan leda till att så mycket som 40 % av trädplantorna dör inom ett år. Nyligen har ett ämne som förekommer i barrträd, metyljasmonat, uppmärksammats för sina skyddande effekter. Då det är naturligt och helt bionedbrytbart har det föreslagits som ett miljövänligt alternativ till traditionella pesticider. För kommersialisering och vidare utveckling bör dock ämnets påverkan på trädet undersökas. Vi undersökte sammansättningen av aminosyror i barken hos behandlade och obehandlade plantor med kapillärelektrofores. Metoden som användes visade sig dock ha dålig reproducerbarhet, vilket gjorde resultaten opålitliga. De tydde på att metyljasmonatbehandlingen inte ändrade sammansättningen dramatiskt, men det krävs en mer robust metod för att dra säkra slutsatser. Vi undersökte även förekomst och mängd av terpener i barkproverna med GC-MS. Fem stycken terpener karakteriserades: 3-karen, D-limonen, β-fellandren, geranyl linalool och thunbergol. Metoden visade god reproducerbarhet och tillförlitlighet, men mer data behövdes för att kunna dra slutsatser med statistisk säkerhet. Samtliga prover visade sig innehålla mätbara halter av 3-karen, β-fellandren och thunbergol. Resultaten antyder att koncentrationen av terpener överlag ökade efter metyljasmonatbehandling och detta var särskilt tydligt för β-fellandren. Det fanns anledning att tro att genetiska faktorer påverkade resultatet av behandlingen, då vissa kloner svarade starkare på behandlingen än andra.

Allt eftersom problemen med fossila ämnen blir mer tydliga dras industrins uppmärksamhet till trä som en förnybar råvara och energikälla. I Sverige finns stora resurser av barrträd, vilket har betytt mycket för landets ekonomi och kommer förmodligen att göra det i framtiden också. Ett stort problem vid nyplantering av barrträd är dock angrepp av skadeinsekter, som kan leda till att så mycket som 40 % av trädplantorna dör inom ett år. Nyligen har ett ämne som förekommer i barrträd, metyljasmonat, uppmärksammats för sina skyddande effekter. Då det är naturligt och helt bionedbrytbart har det föreslagits som ett miljövänligt alternativ till traditionella pesticider. För kommersialisering och vidare utveckling bör dock ämnets påverkan på trädet undersökas. Vi undersökte sammansättningen av aminosyror i barken hos behandlade och obehandlade plantor med kapillärelektrofores. Metoden som användes visade sig dock ha dålig reproducerbarhet, vilket gjorde resultaten opålitliga. De tydde på att metyljasmonatbehandlingen inte ändrade sammansättningen dramatiskt, men det krävs en mer robust metod för att dra säkra slutsatser. Vi undersökte även förekomst och mängd av terpener i barkproverna med GC-MS. Fem stycken terpener karakteriserades: 3-karen, D-limonen, β-fellandren, geranyl linalool och thunbergol. Metoden visade god reproducerbarhet och tillförlitlighet, men mer data behövdes för att kunna dra slutsatser med statistisk säkerhet. Samtliga prover visade sig innehålla mätbara halter av 3-karen, β-fellandren och thunbergol. Resultaten antyder att koncentrationen av terpener överlag ökade efter metyljasmonatbehandling och detta var särskilt tydligt för β-fellandren. Det fanns anledning att tro att genetiska faktorer påverkade resultatet av behandlingen, då vissa kloner svarade starkare på behandlingen än andra.

Thisis an experimental study of lipid residues within the field of laboratoryarcheology. Pottery was made in a time like manner and used to cook grain and Icelandmoss and exposed to an organized biodegradation experiment inside an incubatorfor later analyzes with the GC-MS-method. Tests were also taken from pottery,grain and Iceland moss that had not been exposed for a biodegrading attempt.The grain is a domesticated cereal and the Icelandic moss fungi-alga mix. Thetest results showed mostly saturated fatty acids, sterols and monoacylglycerolsof saturated fatty acids. Within the laboratory archeology, ergosterol has beensuggested as a possible biomarker for yeast and alcohol fermentation. TheIceland moss contains ergosterol and is therefore relevant for the study whenit can be compared to archeological pottery that contains ergosterol. Theresults didn’t show any traces of ergostrol with the biodegraded pottery, butlow traces of cholesterol witch probably is contaminations from the handlingwith the pottery.

Trombin är ett trypsinliknande serinproteas som har stor del i kroppens reglering av blodets fluiditet och koagulation genom att det klyver faktorer som slutligen leder till att blodet kan koagulera och fibrin bildas. Syftet med det här projektet har varit att syntetisera fragment som designats med datorgrafiska metoder på Astra Zeneca och sedan analysera fragmenten med affinitetskromatografi med trypsin immobiliserad på kiselgelspartiklar. I projektet har även ett nytt koncept prövats, nämligen att analysera reaktionsblandningarna direkt med hjälp av trypsinkolonnen utan att först isolera och rena föreningarna. De designade fragmenten har syntetiserats med standardmetoder, bl.a. har N,N’dicyklohexylkarbodiimid (DCC) använts. DCC är ett kopplingsreagens som kopplar ihop aminer med karboxylsyror genom skapande av en amidbindning, peptidbindning. Ibland då lite mer komplicerade peptider skall göras, kan aminoänden eller karboxyländen skyddas med en skyddsgrupp, för att dessa inte ska reagera under reaktionssteget och för att man ska få den peptiden man är ute efter. Vätskekromatografi-masspektrometri, LC-MS har använts för identifiering av reaktionblandningarna (substanserna). Resultaten visade att två av de framställda föreningarna retarderades på trypsinkolonnen, vilket innebär att de växelverkar med trypsin och att s.k. hits, träffar erhållits. Synteserna verkar ha gått bra, då LC-MS har visat att det är rätt produkt som finns i kolven. Projektet har visat att det går att designa fragment som man syntetiserar och sen analyserar med AFC-MS. AFC-MS har dessutom visat vara en lämplig metod för screening av svagt bindande fragment. Through different, intricate mechanisms, the body regulates the coagulation and the fluidity of the blood. This is an important part of the hemostasis if for example bleeding occurs, or to provide the body with oxygen and nutrition. Thrombin is a trypsin like serine protease that plays an important role in this process since it is cleaving factors that eventually lead to coagulation of the blood and production of fibrin. The aim of this project has been to synthesize fragments that have been designed with computer graphical methods by Astra Zeneca and then to analyze the fragments with affinity chromatography that has trypsin immobilized on silica particles. The project also introduces a new concept i.e. to analyze reaction mixtures on the trypsin column without first isolating and purifying the compounds. The design fragments are synthesized by earlier reported standard methods. N, N'-dicyclohexylcarbodiimide (DCC) was used as coupling reagents to form amide or peptide bonds between carboxylic acids and amines. In some of the reactions the amino group or the carboxylic groups of the amino acid were protected, to prevent these from interfering in the reaction and avoid to formation of unwanted substances. After the reactions the protecting groups were removed in different ways. If it is attached to the amine as a Boc-group (the most common protecting group to protect amino groups) it would be removed with trifluoracetic acid, and if the carboxyl group was protected, the protecting group would be removed with catalytical hydrogenolysis, for example by adding sodium hydroxide. To analyze if the right product has been acquired, analyzes with liquid chromatography-masspectrometry has been performed. The results showed that two of the prepared fragments were retarded on the trypsin column meaning that they interact with trypsin i.e. hits were obtained. The results showed that the two fragments that were analyzed with the trypsin column did retard a bit, which implies that they interact with trypsin. The synthesis seems to have been successful since the liquid-chromatography has shown that the right product has been made. This project has proven that it is possible to design fragments with computer graphical methods before synthesizing and analyzing with AFC-MS. AFC-MS has also been shown to be a suitable method for screening of weak binding fragments.