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[ES] La detección de variantes constituye un hecho de interés a la hora de desarrollar programas de mejora genética, especialmente en Solumun melongena donde el número de marcadores moleculares disponibles son más escasos que en otras especies de la familia de las Solanaceas. La secuenciación mediante nanoporo es una técnica novedosa desarrollada por Oxford Nanopore Technologies que permite la secuenciación de amplicones largos (>10 kb) con un aparato portátil y en tiempo real. Con el uso de softwares específicos, las lecturas obtenidas pueden ser mapeadas frente al genoma de referencia de la especie y una de las aplicaciones es la detección de polimorfismos entre distintos cultivares. En este trabajo se ha llevado a cabo un estudio preliminar sobre el uso de la secuenciación mediante nanoporo para la detección de variantes tipo SNP. Además, se ha realizado una evaluación de los softwares utilizados para el mapeo (BWA-mem, Minimap 2 y Bowtie 2) y para la identificación de variantes (Samtools, Freebayes y Clair 3) en genes de interés de diferentes entradas de berenjena. Entre los resultados obtenidos se destacaría que los programas Minimap 2 y BWA-mem son los más eficientes para el mapeo de lecturas largas y que para la identificación de variantes los softwares Clair 3 y Samtools serían los más precisos. Por otro lado, ha sido necesario optimizar el protocolo para la amplificación de amplicones de genes de gran tamaño. De modo que los resultados de este trabajo permitirán contribuir al avance del establecimiento de ese método de secuenciación para la detección de variantes en laboratorios con un equipamiento mínimo. ., [EN] The detection of variants in Solanum melongena is significant when developing plant breeding programs, especially in S. melongena, due to the lack of molecular markers compared with other species of the Solanaceae family. Nanopore sequencing is a novel technique developed by Oxford Nanopore Technologies that allows the sequencing in real time of long amplicons (>10 kb) with a portable device. The reads obtained with the sequencer can be mapped against the reference genome of the species. One of the main applications is the detection of polymorphisms between different cultivars. In this work, we conducted a preliminary study on nanopore sequencing to detect SNPs-like variants. In addition, we perform an analysis of the software used for mapping (BWA-mem, Minimap 2 and Bowtie 2) and the identification of variants (Samtools, Freebayes and Clair 3) in genes of interest from different brinjal accessions. Regarding the results obtained, Minimap 2 and BWA-mem software are the most efficient for long-read mapping; meanwhile, Clair 3 and Samtools software were the most accurate for SNP identification. Also, it was necessary to optimize the protocol for amplifying long gene amplicons. The results of this work will contribute to establishing this sequencing method for detecting variants in laboratories with minimal equipment.

Las enfermedades neurodegenerativas, como la enfermedad de Alzheimer (EA) y la enfermedad de Parkinson (EP), representan un grave problema de salud pública, sobre todo en los países occidentales, donde el envejecimiento creciente de la población augura un incremento sustancial de la prevalencia de estas patologías. A pesar de que ciertos tratamientos proporcionan una disminución de las manifestaciones clínicas, el avance del proceso neurodegenerativo es irreversible. La identificación de los mecanismos, como la interacción entre factores genéticos y medio-ambientales, implicados en la etiología y evolución de estas patologías es de importancia capital. En el presente trabajo de tesis se explora el papel de la metilación del ADN genómico y el mosaicismo genético en enfermedades neurodegenerativas. El análisis del perfil de metilación del ADN se realizó empleando dos arrays de metilación: “HumanMethylation” (27K y 450K, IlIumina), cuyas sondas distribuidas estratégicamente por todo el genoma, permiten detectar cuantitativamente el estado de mutilación de unos 27.000 y 450.000 dinucleótidos CpG, respectivamente. La comparación de un total de 60 individuos (28 con enfermedad de Alzheimer, 3 con enfermedad de Parkinson y 29 controles) ha permitido identificar el perfil de metilación del genoma de distintas áreas del sistema nervioso central (SNC) (corteza, amígdala, hipocampo, hipotálamo, protuberancia, sustancia negra y cerebelo), mostrando la existencia de un patrón diferencial entre hombres y mujeres, asociado a la inactivación del cromosoma X, un patrón independiente para cerebelo, y un patrón de metilación de un conjunto de dianas característico de los estadíos 3 y 4 de Braak de la EA. Asimismo, se observaron diferencias significativas de metilación (1.112 CpGs, p, Neurodegenerative disorders, such as Alzheimer's disease (AD) and Parkinson's disease (PD), represent a major issue of public health in developing countries where the aging of the population is leading to a progressive increase of its prevalence rates. Currently, several therapeutic strategies help to palliate clinical symptoms, but the neurodegeneration is progressive and irreversible. Identification of underlying mechanisms leading to these disorders is essential to improve patient's life expectancy and quality. In this context, many efforts have been focused on identifying genetics and environment causes of these disorders with little success, highlighting the need to evaluate new mechanisms and factors involved. The present thesis project has explored the implication of new mechanisms, such as DNA methylation and somatic mosaicism in AD and PD. The analysis of DNA methylation was performed with a new methylation array technology: 'HumanMethylation' (27K and 450K, IlIumina), whose probes strategically distributed along the human genome, enables to quantify the methylation state of around 27,000 and 450,000 CpG sites, respectively. The pattern of methylation of 60 subjects (28 AD, 3 PD and 29 unaffected) with four to seven brain regions (cortex, amygdala, hippocampus, hypothalamus, pons, substantia nigra and cerebellum) has been assessed. The study has shown three ma in clusters depending on gender (female/male), brain area (cerebellum vs others) and disease stage (AD3 vs AD4). In addition, a' differential analysis performed in individual CpG sites proved the presence of significant differences associated to AD patient's cerebellum (1112 CpG sites, p