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[ES] La enfermedad de Wilson (EW) es un trastorno hereditario autosómico recesivo, con una prevalencia de 1/30.000, causado por mutaciones en ATP7B. Este gen codifica para una ATPasa transportadora de cobre, con expresión específica en hígado y cerebro. Se trata de un trastorno multisistémico, con presentación clínica caracterizada por el depósito anormal de cobre como resultado de la deficiencia de ATP7B, siendo lo más frecuente las manifestaciones hepáticas, neurológicas y psiquiátricas. El diagnóstico diferencial de la EW no es sencillo: la sintomatología es diversa, no todos los pacientes presentan los signos clínicos típicamente asociados y los marcadores indicativos de la acumulación del cobre no son del todo sensibles ni específicos de la patología. La evaluación clínica en los pacientes se basa en la escala de Leipzig, que engloba manifestaciones clínicas y hallazgos de pruebas bioquímicas, pero es el resultado del análisis genético de ATP7B lo que permite establecer un diagnóstico certero de la EW. Algunos pacientes pueden llegar a ser diagnosticados con EW conforme al resultado de aplicar esta escala, pero tras el estudio genético adecuado no se logran identificar en dichos casos mutaciones en ATP7B causantes de la patología. Estos cuadros clínicos, que mimetizan al observado en pacientes con EW al presentar signos y síntomas similares, pero con distinta etiología, se denominan fenotipos Wilson-like. Identificar los genes implicados en una enfermedad Wilson-like es importante para mejorar el diagnóstico de los pacientes, ya que, en ocasiones, se podría prescribir un tratamiento basado en quelantes de cobre y realmente no padecer la EW. Por ello, en este trabajo se analizarán datos de secuenciación de exoma y genoma completo de casos con fenotipo Wilson-like, a fin de identificar mutaciones candidatas en otros genes que pudieran ser causantes de una clínica coincidente con la EW. A partir del total de variantes registradas en las muestras de interés, se aplicarán distintas estrategias de filtrado y priorización y se llevarán a cabo análisis de segregación en muestra de familiares según disponibilidad. Por último, se completará con estudios funcionales para investigar la posible patogenicidad de variantes candidatas. Puesto que la EW cuenta con un tratamiento para disminuir y/o evitar la acumulación de cobre en el organismo, alcanzar en los pacientes un diagnóstico temprano es crucial para establecer una pauta terapéutica con quelantes del cobre lo antes posible. De lo contrario, se convierte en un trastorno con mal pronóstico. Actualmente, el seguimiento de los pacientes incluye pruebas bioquímicas (función hepática, parámetros del metabolismo del cobre y hierro en suero y orina) y de imagen (elastografía hepática, resonancia magnética nuclear cerebral) que en la práctica resultan insuficientes para establecer el diagnóstico y limitantes para asegurar adherencia y cumplimentación terapéuticas. En este sentido, existe la necesidad de identificar nuevos marcadores que permitan anticipar la progresión de la enfermedad. Los microRNAs (miRNAs) son moléculas de 16-22 pb no codificantes que participan en la regulación de la expresión génica a nivel post-transcripcional, altamente conservados evolutivamente y que son liberados en biofluidos como respuesta a procesos fisiológicos, razón por la que son ampliamente investigados como biomarcadores no invasivos en diversas patologías. En estudios previos del laboratorio, se identificó mediante miRNA-seq un listado de miRNAs de interés significativamente desregulados en plasma de pacientes EW, hallazgo también validado mediante PCR cuantitativa (qPCR). Entre ellos destacan tres miRNAs previamente asociados a procesos inflamatorios, metabolismo del hierro y de lípidos. Con el propósito de ahondar en el papel de estos tres miRNAs de interés en el contexto fisiopatológico de la EW, en este trabajo se propone investigar su detección mediante qPCR en muestras de plasma tanto de, [EN] Wilson disease (WD) is an autosomal recessive inherited disorder, with a prevalence of 1/30.000, caused by mutations in ATP7B. This gene encodes for a copper-transporting ATPase with specific expression in liver and brain. It is a multisystemic disorder, with a clinical picture characterized by abnormal copper deposition as a consequence of ATP7B deficiency, with hepatic, neurologic and psychiatric manifestations being the most common. Differential diagnosis of WD is not simple: symptomatology is diverse, not all the patients present with typical described clinical signs and indicative markers of copper accumulation are not enough sensitive not even specific of the pathology. Clinical evaluation of patients is based on the Leipzig scale, which encompasses clinical manifestations and biochemical test findings; however, it is the result of the genetic analysis of ATP7B that allows a definitive WD diagnosis. Some patients are diagnosed of WD according to the clinical evaluation with the Leipzig scale, but no disease-causing mutations in ATP7B are identified in them. These clinical pictures, which mimic to the described in WD patients by presenting similar signs and symptoms but with different aetiology, are known as Wilson-like phenotypes. Identifying the genes involved in a Wilson-like disease is important to improve the diagnosis of patients, since, on occasions, a treatment based on copper chelating agents could be prescribed and actually not suffer from WD. Therefore, in this work, exome and genome sequencing data from Wilson-like phenotype cases will be analysed, in order to identify candidate mutations in other genes that could be associated with a clinical picture compatible with WD. Different filtering and prioritization strategies will be applied over the total amount of variants registered in samples of interest. Moreover, segregation analysis will be pursued if familial samples are available. To conclude this part, functional studies will be carried out to investigate pathogenicity of candidate variants. Since WD has a specific chelation therapy to help reducing and/or preventing copper accumulation in the organism, achieving an early diagnosis is important for setting up a rationale monitoring disease progression plan. Otherwise, it becomes in a disorder with a poor prognosis. Currently, patient s clinical follow-up includes biochemical (liver function, copper and iron metabolism parameters in serum and urine) and imaging tests (transient elastography and brain MRI) but in practice they are insufficient to establish a definitive diagnosis and limiting to assure adherence and compliance to therapy. On this regard, there is an urge to identify new markers that facilitate anticipating disease progression. MicroRNAs (miRNAs) are evolutionary-conserved non-coding molecules of 16-25 bp which participate in post-transcriptional regulation of gene expression and that are released in biofluids as a response to physiological processes, consequently they are broadly studied as non-invasive biomarkers for a large number of diseases. In previous studies from our laboratory, a list of miRNAs of interest were identified as significantly deregulated in miRNA-seq analysis from WD plasma samples; these findings were also validated by quantitative PCR (qPCR). Among them, three miRNAs previously associated to inflammation, lipid and iron metabolism stand out. With the aim of further explore the role of these three miRNAs in the pathophysiological context of WD, in this work we propose to investigate its detection by qPCR in plasma samples from wild-type and Atp7b-/- mouse model as well as a comparative analysis of registered levels. This will allow to confirm in the WD mouse model the result previously obtained in patients, thus being a starting point for its study in new treatment monitoring and in the discovery of potential therapeutic targets.

El cáncer de colon se sitúa como uno de los tumores más relevantes a nivel social, con una tasa de entre el 30 y 50% de recaídas tras la resección. Como herramienta de estudio en este tumor, la biopsia líquida se ha abierto paso en diferentes ámbitos, tales como la detección de la heterogeneidad tumoral o la enfermedad mínima residual (EMR). El fundamento de esta estrategia es detectar el ADN tumoral circulante (ctDNA), que se encuentra diluido en el ADN libre circulante (cfDNA), siendo necesario el uso de tecnologías aptas para la detección a frecuencias bajo el 1%. La hipótesis de esta tesis se apoya en variantes somáticas para detectar el ctDNA y definir la heterogeneidad tumoral, la EMR y las variantes desarrolladas en la recaída, a la vez que se desarrollan los aspectos técnicos para esta detección. Para ello, se obtuvo tejido, sangre y plasma de 150 pacientes de cáncer de colon localizado seguidos a lo largo de 5 años. A partir de la secuenciación del tejido tumoral y de la eliminación de las variantes germinales, se establecieron variantes somáticas para la realización de ensayos personalizados. Para cada paciente se desarrollaron ensayos específicos de PCR digital para detección del tumor y la EMR en las diferentes muestras de plasma: diagnóstico, postoperatorio (6-8 semanas) y seguimientos. También se realizó una descripción de la heterogeneidad tumoral a través de la secuenciación del plasma al diagnóstico y de la enfermedad metastásica mediante la secuenciación de exoma del plasma de los pacientes que recayeron. Por otra parte, con un enfoque más tecnológico, se desarrolló una estrategia basada en reducción de ruido de fondo y otra en el uso de marcaje molecular, ambas por amplicones, para bajar el límite de detección al 0,1%. Todo esto pretende desarrollar la utilidad de la biopsia líquida en cáncer de colon en el contexto clínico y establecer metodologías que permitan un correcto estudio del ADN tumoral circulante. Colon cancer is known as one of the most relevant cancers worldwide. Relapse happens for almost 30-50% of the patients after surgical resection. Helping in its study, liquid biopsy has arisen for different purposes, such as early detection, identification of tumoral heterogeneity or minimal residual disease (MRD). This tool has been focused on detection of fragments of DNA from the tumor among the complete cell-free DNA (cfDNA) that could be isolated from plasma. This tumor-derived fraction is known as circulating tumor DNA (ctDNA), and it usually comprises less than 1% of the total cfDNA. Our hypothesis is based on tumor somatic variants as main tool for detection of ctDNA in order to determine possible tumor heterogeneity, MRD, and even new mutations which may have arisen during relapse. Moreover, this thesis will also explore the technical aspects of ctDNA detection. For validation of the hypothesis, tumoral tissue, blood, and plasma from 150 patients who were initially diagnosed with localized colon cancer were employed. These patients were also followed for 5 years. From tumor sequencing and germline variant filtering, somatic variants for each patient were selected. Personalized assays for evaluation of MRD employing digital PCR were designed to evaluate plasma samples at diagnosis, postoperative timepoint (6-8 weeks) and follow-ups. Tumor heterogeneity was also explored with targeted sequencing in baseline cfDNA and whole exome sequencing in relapsing plasmas. Simultaneously, from a technological perspective, a strategy of background noise reduction through wild type characterization and other based on molecular tagging were developed. Both techniques were expected to lower the limit of detection to 0.1%. Taken together, all these approaches try to define how useful liquid biopsy could be in the clinical setting of colon cancer and describe suitable methodologies for study of ctDNA.

L'hepatitis C és una de les principals causes de cirrosi i carcinoma hepatocel·lular a nivell mundial. El 2015, l'Organització Mundial de la Salut (OMS) va elaborar un pla estratègic per a l'eliminació de les hepatitis víriques com a problema de salut pública el 2030. Per tal d'aconseguir-ho, és necessari dissenyar estratègies de prevenció, diagnòstic i tractament innovadores. Malgrat ser un dels principals focus d'hepatitis C, les taxes de diagnòstic i tractament en persones que s'injecten drogues (PQID) són molt baixes. L'estudi HepCdetect II es va centrar en la millora del diagnòstic i caracterització de l'epidèmia pel virus de l'hepatitis C (VHC) en PQID. El projecte es va dur a terme en 410 PQID en actiu i que acudien a serveis de reducció de danys a Catalunya, on els usuaris poden obtenir material d'injecció. Es va avaluar la detecció de la infecció virèmica (RNA-VHC) en mostres de sang seca obtinguda per punció dactilar (dried blood spots, DBS) com a estratègia de cribratge i confirmació del VHC alternativa a l'algoritme clàssic, que es basa en la detecció dels anticossos i, si positius, la detecció del RNA-VHC en plasma venós. Els DBS permetrien descentralitzar el diagnòstic i evitar la venopunció, entre d'altres avantatges. La tècnica basada en DBS va resultar molt sensible i especifica (97,2% i 100%, respectivament), i no es van observar diferencies significatives en el nombre d'individus amb infecció virèmica identificats en comparació amb l'algoritme clàssic en dos passos. També es va estudiar la diversitat genètica del virus tant inter- com intra-hoste (el VHC circula dins l'individu en forma de múltiples variants estretament relacionades entre sí) mitjançant seqüenciació massiva. Això va permetre diferenciar els individus amb una infecció aguda (dins els sis primers mesos de la infecció) de les infeccions cròniques amb una sensibilitat del 93,3% i una especificitat del 95,0%. El 13,5% dels participants amb hepatitis C varen ser identificats com infeccions agudes, el que va permetre determinar el perfil d'aquests participants. A la vegada, es va poder estimar la incidència del VHC, que oscil·lava entre 31 i 59/100 persones/any. Paral·lelament, es va dur a terme un anàlisi filogenètic a partir de les dades de seqüenciació, que va permetre identificar aquells individus involucrats en events de transmissió recents (el 46,8% de les PQID amb infecció virèmica), i descriure el seu perfil, el que permetrà dissenyar estratègies de prevenció i tractament més dirigides. Per últim, es va avaluar un assaig en el punt d'atenció (Xpert® HCV VL Fingerstick) que utilitza sang capil·lar fresca per a la detecció i quantificació del RNA-VHC en una hora en PQID en un dels centres de reducció de danys. Aquest assaig va mostrar una sensibilitat del 98,4% i una especificitat del 100% en comparació amb el mateix assaig en mostres aparellades de plasma venós. Les dues tècniques avaluades (DBS i Xpert® HCV VL Fingerstick) són ben acceptades per la població de PQID i faciliten la descentralització i simplificació del diagnòstic en una població amb baixa vinculació al sistema sanitari, amb el potencial d'ajudar a assolir els objectius d'eliminació establerts per la OMS. La hepatitis C es una de las principales causas de cirrosis y carcinoma hepatocelular a nivel mundial. En 2015, la Organización Mundial de la Salud (OMS) elaboró un plan estratégico para la eliminación de las hepatitis víricas como problema de salud pública en 2030. Para conseguirlo, es necesario diseñar estrategias de prevención, diagnóstico y tratamiento innovadoras. Pese a ser uno de los principales focos de hepatitis C, las tasas de diagnóstico y tratamiento en personas que se inyectan drogas (PQID) son muy bajas. El estudio HepCdetect II se centró en la mejora del diagnóstico y caracterización de la epidemia por el virus de la hepatitis C (VHC) en PQID. El proyecto se llevó a cabo en 410 PQID en activo y que acudían a servicios de reducción de daños en Cataluña, donde los usuarios pueden obtener material de inyección. Se evaluó la detección de la infección virémica (RNA-VHC) en muestras de sangre seca obtenida por punción dactilar (dried blood spots, DBS) como estrategia de cribado y confirmación del VHC alternativa al algoritmo clásico, que se basa en la detección de los anticuerpos y, si positivos, la detección del RNA-VHC en plasma venoso. Los DBS permitirían descentralizar el diagnóstico y evitar la venopunción, entre otras ventajas. La técnica basada en DBS resultó muy sensible y especifica (97,2% y 100%, respectivamente), no observándose diferencias significativas en el número de individuos con infección virémica identificados en comparación con el algoritmo clásico en dos pasos. También se estudió la diversidad genética del virus tanto inter- como intra-huésped (el VHC circula dentro del individuo en forma de múltiples variantes estrechamente relacionadas entre sí) mediante secuenciación masiva. Esto permitió diferenciar a los individuos con una infección aguda (dentro de los seis primeros meses de la infección) de las infecciones crónicas con una sensibilidad del 93,3% y una especificidad del 95,0%. El 13,5% de los participantes con hepatitis C fueron identificados como infecciones agudas, lo que permitió determinar el perfil de estos participantes. A su vez, se pudo estimar la incidencia del VHC, que oscilaba entre 31 y 59/100 personas/año. Paralelamente, se llevó a cabo un análisis filogenético a partir de los datos de secuenciación, que permitió identificar a aquellos individuos involucrados en eventos de transmisión recientes (el 46,8% de las PQID con infección virémica), así como describir su perfil, lo que permitirá diseñar estrategias de prevención y tratamiento más dirigidas. Por último, se evaluó un ensayo en el punto de atención (Xpert® HCV VL Fingerstick) que utiliza sangre capilar fresca para la detección del RNA-VHC en una hora en PQID en uno de los centros de reducción de daños. Este ensayo mostró una sensibilidad del 98,4% y una especificidad del 100% en comparación con el mismo ensayo en muestras pareadas de plasma venoso. Las dos técnicas evaluadas (DBS y Xpert® HCV VL Fingerstick) son bien aceptadas por la población de PQID y facilitan la descentralización y simplificación del diagnóstico en una población con baja vinculación al sistema sanitario, con el potencial de ayudar a alcanzar los objetivos de eliminación establecidos por la OMS. Hepatitis C is a leading cause of cirrhosis and hepatocellular carcinoma worldwide. In 2015, the World Health Organization (WHO) developed a strategic plan for the elimination of viral hepatitis as a public health problem by 2030. To achieve this, innovative prevention, diagnosis and treatment strategies need to be designed. Despite being a major hotspot for hepatitis C, diagnosis and treatment rates in people who inject drugs (PWID) are very low. The HepCdetect II study focused on improving the diagnosis and characterization of the hepatitis C virus (HCV) epidemic in PWID. The project was carried out in 410 active PWID attending harm reduction services in Catalonia, where users can obtain injection material. The detection of active infection (HCV-RNA) in dried blood spot (DBS) samples was evaluated as an alternative HCV screening and confirmation strategy to the classical algorithm, which is based on antibody detection and, if positive, RNA-HCV detection in plasma. DBS would allow for decentralization of diagnosis and avoidance of venipuncture, among other advantages. The DBS-based technique was very sensitive and specific (97.2% and 100%, respectively), with no significant differences in the number of individuals with active infection identified compared to the classical two-step algorithm. The genetic diversity of the virus was also studied both at inter- and intra-host level (HCV circulates within the individual as multiple closely related variants) by next-generation sequencing. This allowed us to differentiate individuals with acute infection (within the first six months of infection) from chronic infections with a sensitivity of 93.3% and a specificity of 95.0%. Among those participants with active hepatitis C infection, 13.5% were identified as acute infections, which made it possible to determine their profile. We also estimated the incidence of HCV, which ranged from 31 to 59/100 person-years. In parallel, a phylogenetic analysis was carried out from sequencing data, which made it possible to identify those individuals involved in recent transmission events (46.8% of those PWID with viremic infection), as well as their profile, which will allow to design targeted prevention and treatment strategies. Finally, a point-of-care assay (Xpert® HCV VL Fingerstick) using capillary blood was evaluated for 1-hour HCV-RNA detection in PWID at one of the harm reduction centers. This assay showed 98.4% sensitivity and 100% specificity in comparison with the same assay in paired venous plasma samples. The two assays evaluated (DBS and Xpert® HCV VL Fingerstick) are well accepted by the study population and facilitate the decentralization and simplification of diagnosis in a population with low linkage to the healthcare system, with the potential to help achieve the elimination targets set by the WHO.

Traballo Fin de Grao en Medicina. Curso 2020-2021 Los Trastornos del Espectro Autista (TEA) son un grupo heterogéneo de entidades encuadradas en los trastornos de neurodesarrollo (TND) que se caracterizan por alteraciones en la comunicación e interacción social y patrones restringidos y repetitivos. Su etiología es multifactorial, de base predominantemente genética pero modificada por la interacción con el ambiente. La heredabilidad en estos trastornos se estima en torno a un 83%. Entre las variaciones genéticas implicadas hay variación común que contribuye a la enfermedad, pero también variaciones raras funcionales que explican un 40% de los casos. En estas se incluyen CNVs, deleciones y duplicaciones microeestructurales del genoma que explican menos del 10% de los casos, junto a una proporción mayoritaria de mutaciones puntuales. Estas últimas exigen el uso de paneles de genes o el análisis de exomas o genomas completos para su identificación. En este trabajo se analiza un caso clínico de TEA de especial dificultad diagnóstica que requiere el análisis masivo de exomas. La secuenciación del exoma se llevó a cabo con Secuenciación de Nueva Generación (NGS). Sobre las variantes identificadas se llevó a cabo un proceso de filtrado, priorización e interpretación de variantes en función de sus características. El análisis identificó una mutación de novo en el gen MAGEL2 que introduce un codón de parada en la secuencia del gen dando lugar a una proteína truncada. Esta mutación no ha sido descrita previamente, pero dadas sus características puede considerarse patogénica y permite justificar el fenotipo del paciente Os Trastornos do Espectro Autista (TEA) son un grupo heteroxéneo de entidades encadradas nos Trastornos do Neurodesenvolvemento (TND) que se caracterizan por alteracións na comunicación e interacción sociais e patróns restrinxidos e repetitivos. A súa etioloxía é multifactorial, de base predominantemente xenética pero modificada pola interacción co ambiente. A heredabilidade nestes trastornos estímase en torno ao 83%. Entre as variacións xenéticas implicadas hai variación común que contribúe a enfermidade, pero tamén variacións raras funcionais que explican un 40% dos casos. Nestas inclúense CNVs, delecións e duplicacións microestructurais do xenoma que explican menos do 10% dos casos, xunto a unha proporción maioritaria de mutacións puntuais. Estas últimas esixen o uso de paneis de xens ou a análise de exomas ou xenomas completos para a súa identificación. Neste traballo analízase un caso clínico de TEA de especial dificultade diagnóstica que require da análise masiva de exomas. A secuenciación do exoma levouse a cabo con Secuenciación de Nova Xeración (NSG). Sobre as variantes identificadas levouse a cabo un proceso de filtrado, priorización e interpretación de variantes en función das súas características. A análise identificou unha mutación de novo no xen MAGEL2 que introduce un codón de parada na secuencia do xen dando lugar a unha proteína truncada. Esta mutación non foi descrita previamente, pero dadas as súas características pode considerarse patoxénica e permite xustificar o fenotipo do doente Autism Spectrum Disorders (ASD) are a heterogeneous group of entities framed within the Neurodevelopmental Disorders (NDD) that are characterized by alterations in communication and social interaction and restricted and repetitive patterns. This disorders have a multifactorial etiology, with a predominantly genetic basis but modified by interaction with the environment. Heritability in these disorders is estimated at around 83%. Among the genetic variations involved there is common variation that contributes to the disease, but also rare functional variations that explain 40% of the cases. These include CNVs, deletions and microstructural duplications of the genome that explain less than 10% of cases, and a majority proportion of point mutations. The point mutations require the use of gene panels or the analysis of exomes or whole genomes for their identification. In this work we analyze a clinical case of ASD of special diagnostic difficulty that requires massive exome analysis. Exome sequencing was performed with Next Generation Sequencing (NGS). The variants identified were filtered, prioritized and interpreted according to their characteristics. The analysis identified a de novo mutation in the MAGEL2 gene that introduces a stop codon in the gene sequence resulting in a truncated protein. This mutation has not been previously described, but for its characteristics it can be considered pathogenic and allows to justify the patient's phenotype

[ES] Las enfermedades cardiovasculares se deben a trastornos del corazón y de los vasos sanguíneos. Según la Organización Mundial de la Salud, son la principal causa de muerte a nivel mundial, siendo responsables de 17 millones de muertes cada año aproximadamente. Un tipo de enfermedad cardiovascular son las miocardiopatías, que comprenden cambios estructurales y funcionales del músculo cardiaco causando una disfunción mecánica y/o eléctrica del mismo. Hay varios tipos de miocardiopatías que se clasifican según sus causas, en este caso destacamos la miocardiopatía dilatada que tiene tanto causas genéticas como no genéticas. El 35% de los casos están causados por genes mutados que codifican proteínas sarcómeras, citoesqueléticas o de envoltura nuclear. Hasta el momento se han identificado varios genes que se asocian a la presencia de esta patología de diferentes tipos. Se sabe que diferentes factores ambientales como la presencia de hipertensión o diabetes modifica el riesgo de desarrollar un gran número de problemas cardiacos, incluida la miocardiopatía dilatada. Esta enfermedad se caracteriza por una disfunción sistólica y diastólica, producidas por la dilatación del ventrículo izquierdo, por una disfunción contráctil y por el aumento de las presiones de llenado. Si bien, no hay suficiente información sobre el efecto de los genes asociados con el desarrollo de esta patología y el desarrollo de enfermedades de alto riesgo cardiovascular, como puede ser la hipertensión. En este proyecto se realiza un estudio poblacional general de los marcadores descritos previamente asociados con esta patología, utilizando el método de NGS para identificar los polimorfismos de interés. Analizar la importancia de variantes genéticas previamente asociadas con el desarrollo de esta patología en la regulación de los niveles de presión arterial es importante para poder establecer los mecanismos que puedan tener en común el desarrollo de estas dos enfermedades. Así, genes que pueden afectar al desarrollo del corazón o modificarlo en presencia de determinados factores, podrían afectar al desarrollo del sistema circulatorio y provocar el desarrollo de niveles alterados de presión arterial; conociéndose ya que varios de estos genes modulan los niveles de presión arterial. Además, como los niveles elevados de presión arterial es un factor de riesgo importante, aquellas variantes que también supongan unos mayores niveles de presión arterial podrían tener un efecto mayor sobre la miocardiopatía dilatada. Por otro lado, se lleva a cabo un estudio estadístico para ver las posibles asociaciones con dicha patología y otros parámetros relacionados con el riesgo cardiovascular como el BMI, perímetro de cintura y diabetes tipo 2 entre otros., [EN] Cardiovascular diseases are caused by disorders of the heart and blood vessels. According to the World Health Organisation they are the number 1 cause of death globally, accounting for approximately 17 million deaths each year. One type of cardiovascular diseases are cardiomyopathies which is mainly characterized by structural and functional changes of the heart muscle causing mechanical and/or electrical dysfunction of the heart muscle. There are several types of cardiomyopathies that are classified according to their causes, in this case we focus on dilated cardiomyopathy which has both genetic and non-genetic causes. The 35% of cases are caused by mutated genes encoding sarcomeric, cytoskeletal or nuclear envelope proteins. So far, various genes have been identified that are associated with the presence of this pathology of different types. Environmental factors such as the presence of hypertension or diabetes modify the risk of developing a number of cardiac problems, including dilated cardiomyopathy. This disease is characterised by systolic and diastolic dysfunction, caused by left ventricular dilatation, contractile dysfunction and increased blood pressures. Nowadays, there is little information on the effect of genes associated with the development of this pathology and the development of high-risk cardiovascular diseases, such as hypertension. In this project, a general population study of the previously described markers associated with this pathology is carried out, using the Next Generation Sequencing method to identify the polymorphisms of interest. It is important to analyse the importance of genetic variants previously associated with the development of this pathology in the regulation of blood pressure levels in order to establish the mechanisms that may be common to the development of these two diseases. There are some genes that can affect the development of the heart or modify it in the presence of some factors, could affect the development of the circulatory system and cause the development of altered blood pressure levels; several of these genes are already known to modulate blood pressure levels. Furthermore, as elevated blood pressure levels is an important risk factor, those variants that also result in higher blood pressure levels may have a greater effect on dilated cardiomyopathy. Moreover, a statistical study is carried out to see the possible associations with this pathology and other parameters related to cardiovascular risk such as BMI, waist circumference and type 2 diabetes among others.

[ES] La enfermedad de Wilson (EW) es un trastorno hereditario del metabolismo del cobre causado por mutaciones en ATP7B, que codifica una proteína transportadora de cobre en el hígado. Su mal funcionamiento provoca un fallo en la excreción biliar de cobre y una acumulación progresiva de este metal en el organismo, especialmente en hígado y cerebro. En este trabajo, se explora la posible utilidad de miRNAs circulantes en plasma para identificar biomarcadores que sirvan para controlar la progresión de la enfermedad en pacientes con EW bajo tratamiento. Los modelos desarrollados para cada miRNA mostraron un buen rendimiento al clasificar a los pacientes con factores de evolución desfavorable, por lo que estos tres miRNAs se proponen como candidatos para mejorar el seguimiento clínico o para respaldar la eficacia de nuevas terapias en la EW., [CA] La malaltia de Wilson és un trastorn hereditari del metabolisme del coure causat per mutacions en ATP7B, que codifica per a una proteïna transportadora del coure al fetge. El seu mal funcionament produeix alteracions en l'excreció biliar i l'acumulació progressiva de coure, especialment en fetge i cervell. Es va explorar la possible utilitat del perfil de miRNAs circulants com biomarcadors de progressió de la patologia hepàtica. L'avaluació dels models obtinguts per a cadascun dels tres miRNAs va mostrar un bon rendiment per a classificar al grup de pacients amb factors d’evolució desfavorable, en conseqüència, es proposen com a candidats per tal de millorar el seguiment clínic o comprovar l’efectivitat de noves teràpies en la malaltia de Wilson., [EN] Wilson disease (WD) is an inherited disorder of copper metabolism caused by mutations in ATP7B, which encodes for a liver copper-transporting protein. Its dysfunction causes a deficit in biliary copper excretion and a progressive accumulation of this metal in the organism, mainly in liver and brain. In this work, circulating miRNAs profiling in plasma has been accomplished to identify biomarkers that could serve to monitor disease progression in WD patients under chelation therapy. Developed models for each miRNA exhibited good performance classifying patients with poor outcome factors, consequently, these three miRNAs are proposed as candidates to improve clinical follow-up or to support efficacy of novel therapies in WD., Esta Tesis Doctoral ha sido financiada por los siguientes proyectos de investigación: “Avanzar en el diagnóstico y la prognosis de la enfermedad de Wilson” Duración: 2016-2019, Fundació Per Amor a l’Art (FPAA) IP: C. Espinós; “Bases genéticas y biomarcadores pronóstico de la enfermedad de Wilson y Wilson-like” 2020-2022, Fundació Per Amor a l’Art (FPAA) IP: C. Espinós; “Estudios clínicos, bases genéticas y biomarcadores pronóstico en enfermedades raras neurodegenerativas” 2019-2021, Instituto de Salud Carlos III (Expediente: PI18/00147) IP: C. Espinós; “De genes a terapia en enfermedades neurodegenerativas y neuromusculares” 2018-2021, Generalitat Valenciana, Programa Prometeo para grupos de investigación de excelencia (Expediente: PROMETEO/2018/135) Consorcio de investigadores formado por F. V. Pallardó (coordinador), J.M. Millán, I. Galindo, P. Sanz, T. Sevilla y C. Espinós.

The pathology has evolved together with scientific and technological advances, perhaps being the oncologydiscipline where these advances have been incorporated more quickly into daily practice. Molecular pathology stems from advances in the understanding of the human genome and the subsequent description of cancer genomes, as well as from the rapid simplification and cheapening of molecular techniques. Molecular pathology offers not only a more comprehensive description of the characteristics of cancer, but also provides the treating physician with a range of cancer weaknesses that are therapeutic targets. La patología ha ido evolucionando conjuntamente con los avances científicos y tecnológicos, siendo quizá ladisciplina oncológica donde estos avances se han incorporado más rápidamente a la práctica diaria. La patología molecular nace de los avances en la comprensión del genoma humano y la subsecuente descripción de los genomas del cáncer, así como de la rápida simplificación y abaratamiento de las técnicas moleculares. La patología molecular ofrece no solo una descripción más comprehensiva de las características del cáncer, sino que también le otorga al médico encargado del tratamiento, un abanico de debilidades del cáncer que son blancos terapéuticos.

In the present study, bacterial communities in soil and water samples, from artisanal leaching pools with cyanide, were characterized by dependent and independent culture analyzes. For the characterization of the culturable bacterial community, classical techniques of microbiology were used, until obtaining pure strains, which were identified at the molecular level. On the other hand, unculturedbacterial communities were characterized by next-generation sequencing of the 16S rRNA gene. The culturable bacterial community was mainly represented by the genera Pseudomonas, Bacillus and Acinetobacter; while the predominant uncultured communities, in soil samples, were the proteobacteria (12.91%), Firmicutes (11.32%), Actinobacteria (11.25%) and Bacteroidetes (10.16%). On the other hand, in water samples, the edges of Firmicutes (59.16%) and Actinobacteria (38.99%) predominated., En el presente estudio, las comunidades bacterianas en muestras de suelo y agua, procedentes de pozas artesanales de lixiviación con cianuro, fueron caracterizadas por análisis dependientes e independientes de cultivo. Para la caracterización de la comunidad bacteriana cultivable, se emplearon técnicas clásicas de microbiología hasta la obtención de cepas puras, las cuales fueron identificadas a nivel molecular. Por otro lado, las comunidades bacterianas no cultivables fueron caracterizadas por secuenciación de próxima generación del gen ARNr 16S. La comunidad bacteriana cultivable estaba principalmente representada por los géneros Pseudomonas, Bacillus y Acinetobacter; mientras que las comunidades no cultivables, predominantes en muestras de suelo, fueron los filos Proteobacteria (12.91%), Firmicutes (11.32%), Actinobacteria (11.25%) y Bacteroidetes (10.16%). Por otro lado, en muestras de agua predominaron los filos Firmicutes (59.16%) y Actinobacteria (38.99%).

En el presente estudio, las comunidades bacterianas en muestras de suelo y agua, procedentes de pozas artesanales de lixiviación con cianuro, fueron caracterizadas por análisis dependientes e independientes de cultivo. Para la caracterización de la comunidad bacteriana cultivable, se emplearon técnicas clásicas de microbiología hasta la obtención de cepas puras, las cuales fueron identificadas a nivel molecular. Por otro lado, las comunidades bacterianas no cultivables fueron caracterizadas por secuenciación de próxima generación del gen ARNr 16S. La comunidad bacteriana cultivable estaba principalmente representada por los géneros Pseudomonas, Bacillus y Acinetobacter; mientras que las comunidades no cultivables, predominantes en muestras de suelo, fueron los filos Proteobacteria (12.91%), Firmicutes (11.32%), Actinobacteria (11.25%) y Bacteroidetes (10.16%). Por otro lado, en muestras de agua predominaron los filos Firmicutes (59.16%) y Actinobacteria (38.99%). In the present study, bacterial communities in soil and water samples, from artisanal leaching pools with cyanide, were characterized by dependent and independent culture analyzes. For the characterization of the culturable bacterial community, classical techniques of microbiology were used, until obtaining pure strains, which were identified at the molecular level. On the other hand, uncultured bacterial communities were characterized by next-generation sequencing of the 16S rRNA gene. The culturable bacterial community was mainly represented by the genera Pseudomonas, Bacillus and Acinetobacter; while the predominant uncultured communities, in soil samples, were the proteobacteria (12.91%), Firmicutes (11.32%), Actinobacteria (11.25%) and Bacteroidetes (10.16%). On the other hand, in water samples, the edges of Firmicutes (59.16%) and Actinobacteria (38.99%) predominated.

1 recurso en línea (páginas 281-292)., Lulo is one the most promising crops in the Andean region of Colombia because of its unique organoleptic properties and potential for industrial processing. In Antioquia, there has been a marked increase of lulo plants exhibiting typical symptoms of viral diseases, such as interveinal yellowing, mosaics and sprout deformation. In this research, we studied the presence of viruses infecting lulo in bulked leaf samples from Eastern Antioquia. Viruses were detected using Next-generation sequencing (NGS), with confirmation by RT-PCR. The NGS resulted in a total of 10’777,822 paired-end reads, of which 40.4% corresponded to Cucumber mosaic virus (CMV), 0.09% to Potato yellow vein virus (PYVV) and 0.06% to Alstroemeria necrotic streak virus (ANSV). Complete genome sequences were obtained for each of these viruses. RT-PCR primers for CMV and ANSV detection were designed using the assembled genomes reported in this study. Future research should investigate the effect of these viruses on crop yield, plant longevity and seed quality as well as their means of transmission, host range and specific symptoms., El lulo es uno de los renglones agrícolas más promisorios para la región andina de Colombia, gracias a sus excelentes características organolépticas y a su potencial para el procesamiento industrial. En Antioquia, se ha observado en los últimos años la presencia de plantas con síntomas de enfermedades virales, que incluyen amarillamientos intervenales, mosaicos y deformación de brotes. En este trabajo, se evaluó dicha situación en un grupo (bulk) de muestras foliares de plantas sintomáticas de lulo obtenidas en municipios del Oriente Antioqueño, utilizando la metodología molecular de secuenciación de nueva generación (NGS), y la confirmación posterior por RT-PCR. Los análisis bioinformáticos de las secuencias obtenidas (10.777.822 de reads) indicaron la presencia de tres virus de RNA en el transcriptoma evaluado; el Cucumber mosaic virus (CMV) se encontró en mayores niveles de infección (40,4% del total de reads), mientras que los otros virus corresponden al Potato yellow vein virus (PYVV) (0,09%) y Alstroemeria necrotic streak virus (ANSV) (0,06%), siendo posible obtener sus genomas completos. La ocurrencia de los tres virus fue confirmada en plantas individuales de lulo mediante pruebas de RT-PCR/secuenciación Sanger con cebadores específicos diseñados a partir de los datos de NGS (ANSV y CMV), o con cebadores reportados previamente (PYVV). En el futuro será necesario evaluar los efectos de estos virus sobre los rendimientos, longevidad de plantas y calidad de semilla en los cultivos de lulo en el país, así como sus métodos de transmisión, rango de hospedantes y sintomatología específica., Bibliografía y webgrafía: páginas 291-292

RESUMEN: El análisis de secuenciación masiva de RNA de pequeño tamaño, en combinación con diversos análisis por qPCR, pusieron de manifiesto la implicación de los microRNA en la regulación de los eventos que conducen a la regresión del tejido presente en el espacio interdigital, en los autopodios de los embriones de pollo. Durante el periodo de remodelación tisular se detectaron, a partir del análisis por secuenciación masiva, un total de 612 secuencias de microRNA de pollo (gga-miRNAs) ya conocidos, y 401 secuencias no identificadas. 36 microRNA, representados por más de 750 lecturas por millón, mostraron expresión diferencial entre las etapas 29HH (6 id) y 32HH (7,5 id ), que corresponden al inicio y al pico de la muerte celular interdigital. Veinte microRNA aumentaron su nivel de expresión al menos 1,5 veces, y 16 disminuyeron su nivel de expresión por lo menos 0,5 veces. Entre los microRNA que aumentaron su nivel de expresión encontramos microARN con reconocidas funciones proapoptóticas, de respuesta a la inflamación e implicados en senescencia celular, además de microRNA capaces de inducir cambios en el Matriz extracelular. En contraste, los microRNA con efectos antiapoptóticos demostrados en otros sistemas disminuían su nivel de expresión. En conjunto estos hallazgos indican un papel positivo de los miARN en el control de la muerte celular durante el proceso de regresión tisular. ABSTRACT: Next-generation sequencing in combination with quantitative polymerase chain reaction analysis revealed a dynamic miRNA signature in the interdigital mesoderm of the chick embryonic limb in the course of interdigit remodelling. During this period, 612 previously known chicken miRNAs (gga-miRNAs) and 401 nonidentified sequences were expressed in the interdigital mesoderm. Thirty-six microRNAs, represented by more than 750 reads per million, displayed differential expression between stages HH29 (6 id) and HH32 (7.5 id), which correspond to the onset and the peak of interdigital cell death. Twenty miRNAs were upregulated by at least 1.5-fold, and sixteen were downregulated by at least 0.5-fold. Upregulated miRNAs included miRNAs with recognized proapoptotic functions in other systems, miRNAs associated with inflammation and cell senescence and miRNAs able to induce changes in the extracellular matrix. In contrast, miRNAs with known antiapoptotic effects in other systems, became downregulated. Together, these findings indicate a role for miRNAs in the control of tissue regression and cell death in a characteristic morphogenetic embryonic process based on massive apoptosis. Esta Tesis ha sido financiada con las siguientes ayudas: • Ayuda predoctoral de formación de personal investigador (FPI) BES-2012-059674 asociada al proyecto de investigación BFU2011-24169. Ministerio de Economía y Competitividad. • Proyecto de investigación BFU2014-54026P. Ministerio de Economía y Competitividad.

En los últimos años, se ha visto un desarrollo espectacular del mundo de la genética. Esto se ha visto favorecido por el avance en las técnicas de secuenciación de nueva generación (NGS), así como por la reducción de su coste. Por otra parte, el desarrollo de la técnica de genotipado ha propiciado la aparición en el mercado de test genéticos directos al consumidor (aquellos test que se pueden comprar sin necesidad de ser prescritos por un médico). El problema de estas pruebas es que pueden llevar a una malinterpretación de los resultados, debido a la complejidad de los mismos. De ahí la importancia de un buen asesoramiento genético. En esta revisión se han analizado las técnicas de secuenciación de nueva generación y el uso de arrays para el genotipado. Se ha hecho una revisión del marco legal de los test genéticos “directos al consumidor” tanto en España como en otros países, así como un análisis del impacto que tienen estos test genéticos en los consumidores y la privacidad de datos. Within the past years, there has been a great development in genetics. This has led to the introduction of a new technology called next-generation sequencing (NGS). This breakthrough, combined with a development in bioinformatics, has contributed to a significant reduction in the cost of sequencing. On the other hand, new advances in DNA array technology have made possible the launch of direct-to-consumer genetic testing (tests that you can buy without medical prescription, commonly known as “over the counter”). Nevertheless, this tests may lead to a misinterpretation of the results, due to their complexity. Therefore, the importance of genetic counselling. This paper analyses next-generation sequencing techniques, as well as the use of genotyping arrays for genetic testing. A review of the legislation concerning DTC-GT in Spain and other countries has also been made. The impact of DTC-GT on consumers is also addressed, as well as the concerning on data privacy. Grado en Medicina

El género Potyvirus incluye un amplio grupo de virus de plantas que afectan diversos cultivos de gramíneas y dicotiledóneas en Colombia y el mundo. Su especie tipo, el Potato virus Y (PVY), es uno de los principales virus de distribución global que afecta severamente diferentes plantas solanáceas de importancia económica como la papa y el tomate, lo que ha promovido el desarrollo de investigaciones en métodos de detección, manejo y comprensión de su ciclo infectivo. La secuenciación de nueva generación (NGS) ha permitido establecer estrategias para la identificación rápida de especies virales, aún en condiciones de bajo título viral, y que en conjunto con aplicaciones bioinformáticas, representan una herramienta fundamental para el apoyo de los estudios de detección asintomática, relaciones filogenéticas y biología de los virus. Sobre este último aspecto, se destacan los estudios dirigidos a la comprensión de los mecanismos de replicación y expresión de los genomas virales, específicamente en las etapas que involucran interacciones proteína-proteína, tales como el procesamiento postraduccional de las poliproteínas potyvirales. En este trabajo se presenta la caracterización molecular de aislamientos de PVY infectando plantas de Solanum tuberosum subsp. andigena var. Diacol-Capiro en las dos principales regiones cultivadoras de papa de Antioquia (Oriente y Norte), utilizando metodologías de biología molecular como RT-PCR, pruebas de ELISA, secuenciación Sanger y NGS. Dicha información fue posteriormente empleada para proponer un modelo cinético de maduración de la poliproteína de PVY, a partir de simulaciones por Dinámica Molecular y tomando como referencia la estructura cristalográfica de la proteasa NIa-Pro del potyvirus Tobacco etch virus (TEV). La ejecución del trabajo permitió obtener un panorama de los niveles de diversidad genómica y de incidencia de PVY en las principales regiones cultivadoras de papa en Antioquia. Adicionalmente, la aplicación del modelo desarrollado aporta nueva información básica sobre el procesamiento postraduccional de este virus, un aspecto fundamental de la biología de los potyvirus. Se espera que estos resultados en su conjunto, apoyen los programas de manejo integrado de las enfermedades causadas por PVY en papa y otros cultivos en el país. Abstract: The genus Potyvirus comprises a large number of plant viruses that affect several gramineous and dicotyledonous crops worldwide. Potato virus Y (PVY), the type species of the genus, is one the most important viruses affecting solanaceous crops of economic importance around the world like potato and tomato. With the advent of Next-generation sequencing (NGS) technologies, it is now possible to quickly identify the presence of viruses infecting plants, even at low titers. In combination with bioinformatic analysis tools, NGS has become an important method for studying the basic biology of viruses, their evolutionary relationships and as a detection tool in asymptomatic plants. This work presents the molecular characterization of two PVY isolates infecting Solanum tuberosum subsp. andigena var. Diacol-Capiro in the two main potato-producing regions of Antioquia using RT-PCR, ELISA, Sanger sequencing and NGS. The genomic data was used to model the dynamic behaviour of the NIa-Pro protease in presence of each of its cognate cleavage sites and predict the maturation kinetics of each PVY isolate. This model was first tested using the X-ray structure of the NIa-Pro protein Tobacco etch virus (TEV) and validated using published experimental data. This investigation gives an overview on the genomic diversity and incidence levels of PVY in potato-producing regions of Antioquia. Upon experimental validation, the theoretical methods developed in this work could be used after NGS sequencing to make predictions on the infection cycle of potyviruses. The results presented here will be useful for integrated disease management programs against PVY in potato and other solanaceous crops. Maestría

El diagnóstico etiológico es un objetivo primordial para el manejo clínico de cada paciente. Algunos niños con cuadros clínicos complejos son objeto de una lista interminable de exámenes, lo que se ha denominado "odisea diagnóstica", y que, sin embargo, muchas veces no deja resultados concluyentes. En los últimos años, estamos siendo testigos de una verdadera revolución de la medicina genómica con la incorporación al ámbito clínico de tecnologías que prometen aumentar la capacidad de hacer diagnóstico y disminuir los tiempos. Con énfasis en pediatría, se actualizan conceptos sobre las principales ventajas y limitaciones del diagnóstico genómico, en contraposición con las metodologías usuales. Etiological diagnosis is essential in the clinical management of individual patients. Some children with complex medical conditions are subjected to numerous testing, known as "diagnostic odyssey", which often gives no conclusive results. In recent years, a revolution in genomic medicine is underway with the use of technologies that promise to increase the ability to make a diagnosis and reduce the time involved. The main advantages and limitations of genomic diagnosis, as opposed to usual methodologies are reviewed with an emphasis on Pediatrics.

ilustraciones, graficas Las infecciones por Clamydia trachomatis (Ct) se encuentran dentro de las más comunes transmitidas sexualmente y de mayor impacto en la salud pública; la tasa de infección bacteriana descrita para este microorganismo es variable según según la región geográfica y la población de estudio. En los ultimos años se han desarrollado estudios que permiten ampliar la información sobre efectos de los alelos HLA en el curso clínico de las infecciones por Ct; algunos de ellos han permitido establecer la relación directa entre la enfermedad pélvica inflamatoria (EPI) con el HLA-A31 y la presencia de Ct. A su vez, se ha encontrado que alelos como DQA1*0401 y DQB1*0402 presentan una asociación significativa y al mismo tiempo una alta prevalencia en infecciones por Ct. En algunas poblaciones de mujeres se encontró la presencia de alelos DRB1 y DQB1 y una relación directa con la presencia de Ct y la infertilidad tubárica. Las infecciones causadas por Ct y su interacción con el sistema inmune aún son tema de estudio, uno de los métodos que permite el análisis esta interacción son los modelos murinos. Algunos estudios en estos modelos han permitido demostrar que los linfocitos T CD8+ son indispensables en la resolución de las infecciones por Ct; no obstante, los linfocitos T CD4+ y los alelos HLA clase II han sido asociados con la respuesta inmune frente al patógeno. Diversas hipótesis han comprobado que las células epiteliales infectadas pueden presentar conjuntos alélicos del Complejo Mayor de Histocompatibilidad (CMH) clase II superpuestos, promoviendo así la inmunidad protectora hacia Ct. Es así como conocer los genes de los antígenos leucocitarios humanos (HLA) que se relacionan con patologías derivadas de las infecciones por Ct, permite evaluar la respuesta inmune de los hospederos. Algunos análisis realizados en poblaciones de adolescentes mostraron que existen variantes alélicas que se relacionan con la presencia de Ct; sin embargo, las asociaciones entre los alelos HLA-II y las infecciones por Ct han sido pobremente exploradas. En este contexto, el objetivo de este estudio fue determinar el efecto de los alelos y haplotipos HLA DRB1-DQB1 6 sobre el resultado de la infección, persistencia, depuración y reinfección por Ct en una cohorte de mujeres colombianas. Las muestas de este estudio corresponden a una cohorte bidireccional (prospectiva y retrospectiva); para el análisis prospectivo, se contó con muestras cervicales recolectadas entre los años 2007 y 2010 en centros hospitalarios de tres ciudades colombianas: Hospital San Juan Bautista en la ciudad de Chaparral en el departamento del Tolima; el Nuevo Hospital San Rafael en Girardot en Cundinamarca y el Hospital de Engativá Nivel II, en Bogotá, capital de Colombia; el objetivo de ese estudio fue determinar la historia natural de la infección por el virus de papiloma humano (VPH). Para desarrollar el presente estudio, se establecieron como criterios de inclusión la disponibilidad de la muestra cervical para el análisis de HLA- DRB1 y DQB1, mujeres que contaran con al menos cuatro seguimientos (visitas) y una periodicidad entre las visitas de 6 meses (± 3 meses), con el fin de determinar los efectos de los alelos y haplotipos HLA relacionados con los distintos eventos promovidos por Ct. Las muestras que cumplieron con los criterios de inclusión fueron sometidas a detección de Ct, ésta se llevó a cabo mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR), con sets de cebadores dirigidos hacia el ORF2 del plásmido críptico de Ct, amplificando los cebadores KL5/KL6 un fragmento de 350 pb y los cebadores KL1/KL2 un fragmento de 241 pb. La tipificación de los alelos HLA se realizó por NGS (de la sigla en inglés, Next Generation Sequencing) a partir de los exones 2 y 3 de los loci DRB1-DQB1 (resolución 3x) a través de la plataforma Illumina MiSeq. Como análsis adicional, a través del uso de herramientas inmunoinformáticas, se predijeron péptidos de proteínas derivadas de las serovariantes de Ct, seleccionadas para la evaluación de péptidos con alta actividad de unión a los alelos HLA-DRB1 y DQB1. Modelos proporcionales de Cox se llevaron a cabo con el fin de evaluar la relación alelos y haplotipos HLA-DRB1 y DQB1 y el desenlace de las infecciones por Ct; estos modelos fueron ajustardos por variables sociodemográficas y factores de 7 riesgo. Esto permitió establecer la probabilidad de desarrollar los distintos eventos presentados por Ct en función del tiempo y sus coeficientes se expresaron como tasa de riesgo (HR, de la sigla en inglés Hazard ratio), aquellos valores por debajo de 1 se interpretaron como una menor probabilidad de ocurrencia del evento, mientras que los valores por encima de 1 se asociaron con una mayor probabilidad de ocurrencia del evento. Adicionalmente, se estimó el supuesto de riesgos proporcionales con tests basados en los residuos de Schoenfeld, cuando no se cumplieron los supuestos de proporcionalidad, se corrieron modelos paramétricos (Lognormal, Log-logistic, Weibull y Gompertz), los valores por debajo de 1 se relacionaban con una ocurrencia mas temprana del evento, mientras que los coeficientes por encima de 1 indicaban una ocurrencia tardía del evento. Un total de 262 mujeres se incluyeron en el análisis retrospectivo, la media de edad fue de 41,7 años (DE= 23,1), un 29,8% (n=78) de las mujeres iniciaron el estudio con infección por Ct y un 8,9% presentaron al inicio del estudio alguna anormalidad cervical reportada por la citología. En cuanto a los alelos HLA-DRB1, se identificaron dieciséis alelos que presentan un efecto varible sobre el desenlace de las infecciones por Ct. Se observó que DRB1*08:02:01G y DRB1*12:01:01G se relacionaron con eventos que promueven la infección. Solo se encontró el alelo DQB1 *05:03:01G relacionado con eventos de depuración/persistencia para HLA-DQB1. Los sujetos homocigotos para HLA-DRB1 se asociaron a eventos con menor probabilidad de depuración y una aparición temprana de la persistencia. En cuanto a los haplotipos HLA DRB1-DQB1, se identificaron 47 con asociaciones relacionados con los eventos de Ct. Se encontraron 17 haplotipos que favorencían los eventos de infección (probabilidad ó una ocurrencia temprana); 11 haplotipos se asociaron con una ocurrencia tardía de los eventos de infección. Para depuración, 3 haplotipos favorencían su ocurrencia temprana, mientras que 1 presentó menor probabilidad. En cuanto a la reinfección, se relacionaron 8 haplotipos con un un efecto favorable (mayor probabilidad u ocurrencia temprana). Finalmente, se encontraron 9 haplotipos que presentaban una asociación a más de un evento. 8 Como resultado adicional, se realizó la predicción de epítopes con fuerte unión predicha a alelos HLA-DRB1-DQB1. Los resultados mostraron la predicción de 109 pétidos, de los cuales 27 podrían estar asociados a inmunidad protectora frente a Ct; aquellos derivados de las proteínas OMP y PMP exhibieron regiones con doble potencial para ser un epítope de células T o B. Gran parte de las infecciones por Ct cursan de forma asintomática, por lo que estudios epidemiológicos aportan al conocimiento del impacto de las Infecciones de Transmisión Sexual (ITS) en la salud sexual femenina. Aquí describimos por primera vez los alelos y haplotipos HLA-DRB1 y DQB1 relacionados con la resolución de las infecciones por Ct y los péptidos potencialmente involucrados en la respuesta inmune del hospedero. La información obtenida proporciona datos de base para el futuro desarrollo de medidas de promoción y prevención eficaces contra las infecciones por Ct. (Texto tomado de la funte) HLA class II (HLA-II) genes’ polymorphism influences the immune response to Chlamydia trachomatis (Ct), it is considered a sexually transmitted infection. However, associations between HLA-II alleles and Ct-infection have been little explored in humans; this study was thus aimed at determining HLA-DRB1-DQB1 alleles/haplotypes’ effect on Ct-infection outcome in a cohort of Colombian women. Cervical sample DNA was used as template for detecting Ct by PCR and typing HLA-DRB1-DQB1 alleles/haplotypes by Illumina MiSeq sequencing. Survival models were adjusted for identifying the alleles/haplotypes’ effect on Ct-outcome; bioinformatics tools were used for predicting secreted bacterial protein T- and B-cell epitopes. Sixteen HLA-DRB1 alleles having a significant effect on Ct-outcome were identified in the 262 women analysed. DRB1*08:02:01G and DRB1*12:01:01G were related to infection-promoting events. Only the DQB1*05:03:01G allele related to clearance/persistence events was found for HLA-DQB1. HLA-DRB1 allele homozygous women were associated with events having a lower probability of clearance and/or early occurrence of persistence. Twentyseven peptides predicted in silico were associated with protective immunity against Ct; outer membrane and polymorphic membrane protein-derived peptides had regions having dual potential for being T- or B-cell epitopes. This article describes HLA-DRB1-DQB1 alleles/haplotypes related to Ct-infection resolution and the peptides predicted in silico which might probably be involved in host immune response. The data provides base information for developing future studies leading to the development of effective prevention measures against Ct-infection. Maestría Magíster en Ciencias - Microbiología Epidemiología Molecular