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La Comuna Cerrito de los Morreños recibe la influencia de las aguas servidas vertidas directamente por los comuneros y de las provenientes de la ciudad de Guayaquil lo que incide en la calidad del agua, los sedimentos y la biota del área de estudio, produciendo la proliferación de microorganismos patógenos, los cuales tendrán efectos directos sobre la población, debido al consumo de agua subterránea (pozos) y al uso de los servicios ambientales que otorga el ecosistema acuático y del manglar que rodea esta comunidad. En el presente trabajo se recurrió a las bacterias coliformes como indicadores de contaminación orgánica, aplicando la técnica del Número Más Probable (NMP). Los resultados promedio analizados, comparados y correlacionados con la matriz agua de las cuatro estaciones seleccionadas del estuario es la siguiente: las bacterias totales presentaron concentraciones de 9.3 a 43.8 x 102 UFC/ml, los coliforrnes totales se encontraron en concentraciones de 22 a 54 x 102 NMP/1 OOml y los coliformes 102 fecales de 9.3 a 92 x 102 NMP/IOOml, con respecto al uso del agua del estuario, según las estaciones, las numero 3 y 4 por su bajo nivel de concentración bacteriológica se puede aprovechar en actividades recreativas (natación y pesca), mientras que los análisis en el agua del pozo comunitario las concentraciones fueron < 1.8 NMP/IOOml para coliformes totales y fecales, sin embargo en el pozo privado se observó a presencia de coliformes totales en concentraciones mayores a 1600 NMP/IOOml y de 33 a 240 NMP/IOOml para coliformes fecales. Lo que permite concluir que la calidad del agua del pozo comunitario que consumen los habitantes de la Comunidad es apta para el uso doméstico, mientras que el agua del pozo privado necesita de un tratamiento previo para su consumo. Los datos de sedimento muestran la tendencia de ser sitios propios para el desarrollo de bacterias, as cuales tienen relación con las descargas directas de aguas residuales domésticas y de los desechos orgánicos de los animales de corral de la comunidad., The Commune Cerrito de los Morrefíos is influenced by sewage dischargeddirectly bythe villagers and from the city ofGuayaquil, which affects waterquality, sediment and biota of the study area, resulting in the proliferation ofpathogens, which will have direct effects on the population because consumption of ground water (wells) and use of ecosystem services afforded by mangrove aquatic ecosystem and surrounding community. In the present work was used to coliform bacteria as indicators of organic pollution, applying the technique ofMost Probable Number (NMP). The average results analyzed, compared and correlated with the water matrix of the four selected stations of the estuary is as follows: the total bacteria concentrations were from 9.3 to 43.8 x 102 UFC/ml, total coliforms were found in concentrations of 22-54 x 102 NMP/IOOml and fecal coliforms from 9.3 to 92 x 102 NMP!l OOml, regarding the use ofwater in the estuary, according to the seasons, the number 3 and 4 by a low level of bacteria! concentration can be utilized in recreational activities (swirnming and fishing), while the analysis in community well water concentrations were