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Objetivo Estimar e identificar la variación del costo unitario por departa-mento final y motivo de atención, en unidades de medicina familiar de una institución de seguridad social en Querétaro, México. Métodos Se trata de un estudio de costo (dólares americanos $US) en uni-dades de medicina familiar para el año 2004. El costo unitario fijo se estimó utilizando la departamentalización ajustada por productividad para un año, se identificaron departamentos finales y generales. Se incluyeron recursos materiales, físicos y de consumo, se construyeron ponderadores para asig-nar los recursos invertidos en los departamentos generales a cada uno de los finales. La estimación del costo unitario variable se realizó mediante la técnica de micro-costeo apoyado por grupos de expertos, se consideraron como insumos variables los medicamentos, el material de curación y los re-activos. El costo unitario se integró con la suma del costo unitario fijo y el costo unitario variable correspondiente para el motivo de atención. El análi-sis contempló la comparación de los costos unitarios entre las unidades médicas. Resultados El costo unitario para un mes de manejo del diabético varió en-tre $US 34,8, $US 32,2 y $US 34,0; el costo de la detección de cáncer cer-vicouterino se encontró entre $US 7,2, $US 8,7 y $US 7,3; y el costo unitario de la atención de la caries fluctuó entre $US 27,0, $US 33,6 y $US 28,7. Conclusión La variación del costo unitario es más importante en el depar-tamento de urgencias y dental.