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42 pages, 7 figures, 1 table, [EN] Submarine groundwater discharge (SGD) refers to any flux of water originated from the seafloor. This includes the discharge of continental groundwater that often occurs through a subsurface mixing zone called subterranean estuary (STE). Previous research has identified significant volumetric SGD in the Ría de Vigo, a highly productive coastal system in the NW of the Iberian Peninsula. Yet, the impact of SGD over the biogeochemistry and microbial ecology of the embayment is still unknown. This study aims to evaluate both the microbial and biogeochemical connectivity between the different aquatic environments of the estuary, with particular attention to groundwater and the SGD. To do this, samples were taken from different water bodies within the ría and its surrounding basin, including surface and deep pore-water samples from two different STEs, surface seawater, riverine water, and continental groundwater samples. Samples were used to determine a complete set of microbial and biogeochemical variables, such as salinity, temperature, inorganic and organic nutrients, carbonate system parameters, radioisotopes, biogases, dissolved organic matter and the taxonomic composition of prokaryotes. The results reveal highly diverse microbial communities, with a higher diversity in STEs compared to inland and coastal waters, probably related to the variety of niches in these transitional ecosystems. Most operational taxonomic units OTUs (approx. 87%) were exclusive from a single environment (river, continental groundwater, coastal surface water, or STE), that’s reveals the microbial connection across the continent- coast is limited, which contrasts with the biogeochemical connectivity observed between continental groundwater and coastal surface water evaluated from the 222Rn used as SGD tracer. Despite the magnitude of the continental SGD in the Ría de Vigo, STEs seem to act as reactive solute boundaries, significantly modifying the composition of the continental SGD and limiting subterranean microbial connectivity in the system. The extraordinary species richness found in STEs suggests the existence of unique biogeochemical conditions in these transition zones, which make STEs important reservoirs of diversity and interfaces of high biogeochemical reactivity, [ES] La descarga submarina de agua subterránea (SGD) se refiere a cualquier flujo de agua a la costa originado en el fondo del mar. Esto incluye la descarga de agua subterránea continental que a menudo ocurre a través de una zona de mezcla subterránea llamada estuario subterráneo (STE). Investigaciones previas han identificado importantes SGD en la Ría de Vigo, zona costera altamente productiva en el NW de la Península Ibérica. Sin embargo, el impacto de las SGD sobre la biogeoquímica y la ecología microbiana de la ría aún se desconoce. En este estudio se pretende evaluar la conectividad tanto microbiana como biogeoquímica entre los diferentes ambientes acuáticos de la ría con particular atención en las aguas subterráneas y la SGD. Para ello, se tomaron muestras de varios cuerpos de agua dentro de la ría y su cuenca circundante, incluidas muestras de agua intersticial superficial y profunda de dos STE diferentes, muestras de agua costera superficial, agua de río y agua subterránea continental. Las muestras se utilizaron para determinar un conjunto completo de variables microbianas y biogeoquímicas, como salinidad, temperatura, nutrientes inorgánicos y orgánicos, parámetros del sistema carbonato, radioisótopos, biogases, materia orgánica disuelta y la composición taxonómica de procariotas. Los resultados revelan comunidades microbianas muy diversas, con una mayor diversidad en los STE en comparación con aguas continentales y costeras, probablemente relacionado con la variedad de nichos en estos ecosistemas de transición. La mayoría de las unidades taxonómicas operativas (OTU) (aprox. 87 %) fueron exclusivas de un solo ambiente (río, agua subterránea continental, agua superficial costera o STE), lo que revela una limitada conexión microbiana a lo largo del continuo continente-costa, lo que contrasta con la conectividad biogeoquímica observada entre las aguas subterráneas continentales y agua superficial costera evaluada a partir del 222Rn utilizado como trazador de SGD. A pesar de la magnitud de la SGD continental en la Ría de Vigo, los STEs parecen actuar como fronteras reactivas de solutos modificando significativamente la composición de la SGD continental y limitando la conectividad microbiana subterránea en el sistema. La extraordinaria riqueza de especies encontrada en los STE sugiere la existencia de condiciones biogeoquímicas únicas en estas zonas de transición, que convierten a los STE en importantes reservorios de diversidad e interfaces de elevada reactividad biogeoquímica

Resumen: El suelo es uno de los principales componentes del sistema Tierra, pero se ha identificado una zona más amplia, la zona crítica terrestre (ZC), que oscila desde el dosel vegetal hasta la zona saturada. Esta zona proporciona muchos servicios ecosistémicos, y parte son generados por la actividad de los microorganismos que habitan en ella. Sin embargo, dicha actividad se encuentra limitada por la disponibilidad de agua y nutrientes, principalmente el carbono orgánico, que disminuyen en profundidad, siendo este fenómeno más intenso en los drylands, donde, igualmente, la presencia de vegetación es más escasa y afecta, por tanto, a la actividad y diversidad funcional microbiana. El objetivo de este trabajo ha sido profundizar en el conocimiento de la diversidad metabólica microbiana de las zonas no saturada y saturada de la ZC en el Parque Natural Cabo de Gata-Níjar (Almería, España). Para ello, se analizaron muestras de profundidades entre 1 y 40 m de ocho puntos de muestreo en lo relativo a su contenido en materia orgánica y actividad metabólica microbiana empleando Biolog Ecoplates. Los resultados demostraron un patrón claro en “V” (disminución en la zona no saturada e incremento en las partes más profundas de la saturada) en la mayoría de variables con la profundidad, lo que estuvo relacionado con la presencia de arcillas; así como importantes diferencias entre las zonas no saturada y saturada. Esos materiales menos porosos retienen mejor la materia orgánica, originando por tanto esa distribución de los parámetros a lo largo de la ZC, pero también influye en algunos casos la presencia de agua en las zonas más profundas, que cohesiona nichos. Sin embargo, estos resultados podrían cambiar debido a los efectos del cambio climático, ya que las comunidades microbianas son muy sensibles a los cambios térmicos. Abstract: Soil is one of the main components of the Earth system, but a wider zone has been discovered, the Earth’s critical zone (CZ), that goes from plant canopy to saturated zone. It gives lots of ecosystem services and part of them are generated by microorganisms’ activity that live on it. However, that activity is limited by water availability and nutrients, mainly organic carbon, that decrease in depth. This phenomenon is more intense in drylands where the presence of vegetation is short and, therefore, affects microbial activity and functional diversity. The main goal of this study is to deepen the knowledge of unsaturated and saturated zones microbial metabolic diversity in the Parque Natural Cabo de Gata-Níjar (Almería, Spain) CZ. In order to do it, samples between 1 and 40 m depth were analysed in eight sampling points regarding organic material content and microbial metabolic activity by using Biolog Ecoplates. The results demonstrated a clear “V” pattern (decrease in unsaturated zone and increase in the deeper parts of the saturated zone) with depth in most of the parameters, in fact, that increase in depth was in the presence of clay; and also important differences between unsaturated and saturated zones were demonstrated. Those less porous materials are better organic material containers, therefore, they give rise to that parameter distribution throughout CZ, although the presence of water in deeper zones affects that distribution too, because it unites niches. Nevertheless, these results could change over time due to climate change effects, because microbial communities are very sensitive to thermal changes

Los microorganismos endófitos, son aquellos que residen en el interior de las plantas, y tienen múltiples beneficios para el desarrollo y crecimiento de estas. En el presente estudio, se pretende cuantificar la cantidad y diversidad de microorganismos endófitos en el interior de las partes de las plantas (hoja, tallo y raíz) y observar la variación en la cantidad y diversidad de estos con la disponibilidad de agua de las plantas. El estudio se realizó en tres parcelas de maíz (Zea mays), situadas a diferentes distancias del río Tajo. Se valoraron las UFC (Unidad formadora de colonias) por gramo de planta, y se estableció el número de morfotipos diferentes basado en las características visuales de las colonias, su tinción de Gram y la forma de los microorganismos. Los resultados obtenidos mediante herramientas estadísticas indicaron que la mayor cantidad y diversidad microbiana se encontró en la parcela cercana al río y en la raíz de las plantas analizadas. El trabajo realizado pretende contribuir al conocimiento sobre los microorganismos endófitos, con el fin de establecer las relaciones que se establecen entre planta-microorganismo y su posible aplicación en la agricultura sostenible., Endophytic microorganisms are those that reside within plants and have multiple benefits for their development and growth. In this study, it is intended to quantify the amount and diversity of endophytic microorganisms inside plant parts (leaf, stem and root) and observe the variation in the quantity and diversity of these microorganisms with the availability of water inside plants. The study was carried out on three maize (Zea mays) plots, located at different distances from the Tagus River. The CFUs (Colony Forming Unit) per gram of plant were assessed, and the number of different morphtypes was established based on the visual characteristics of the colonies, their Gram stain and the shape of the microorganisms. The results obtained through statistical tools indicated that the greatest amount and diversity of microorganisms was found in the plot near the river and at the root of the plants analyzed. The work carried out is intended to contribute to knowledge about endophytic microorganisms, in order to establish the relationships that are established between plant-microorganism and its possible application in sustainable agriculture., Grado en Ciencias Ambientales

The mangroves are ecosystems of high primary productivity; they are rich in organic matter and have high microbial diversity. The pressure of the physical conditions of the mangrove ecosystems has been linked to the production of special metabolites and unique molecular structures for microorganisms. Because of the developing of microbial resistance to antimicrobials in the world, it is necessary the research of new solutions that allow to counteract the effect of those pathogens. On this study, I was looking isolate, identify and evaluate the antimicrobial bacteriocins activity produced by native microbial consortia of mangrove swamp at the Mallorquin swamp, against pathogens microorganisms of clinical interest. Mild antimicrobial activity of the extract CN11, CN 8, P4C3, was found against S. aureus ATCC 25923, mild antimicrobial activity of P4C3 extract was found against E. coli BLEE, mild antimicrobial activity of the extracts P4C3 y CN9 against Klebsiella Pneumoniae ATCC 700603; moderate antimicrobial activity for protein extract of CN9 against E. coli ATCC 25922.

Diet is a factor driving the composition and metabolism of the gut microbiota, and macronutrients have a great impact on microbiota. Dietary non-digestible carbohydrate can produce marked changes in the gut microbiota, dietary fibers are major drivers of gut microbiota composition and function, stimulating the dominance of bacteria able to utilize these substrates as energy source, but these effects depend on both the type of fiber and the initial composition of an individual’s gut microbiota. Protein metabolism by gut microbiota results in additional products, some of which are potentially harmful to host health. Firmicutes, Bacteroidetes and Actinobacteria are the three major phyla that inhabit the human large intestine. The genera Bacteroides is associated with meat-based diets, the families Ruminococcaceae and Lachnospiraceae are associated with diets rich in complex plant polysaccharides, and the genera Prevotella is associated with diets high in sugar but low in fat and protein. Diet can be used to modulate the composition and metabolism of the gut microbiota. One dietary strategy for modulating the microbiota is consumption of dietary fiber and prebiotics. This review aims at describing knowledge about gut microbiota, oriented towards a use of diet to provide benefits to human health. La dieta es un factor que impulsa la composición y el metabolismo de la microbiota intestinal (M-I), y los macronutrientes ejercen un gran impacto en la (M-I). Los carbohidratos no digeribles pueden producir marcados cambios en la (M-I), las fibras dietéticas son los principales impulsores de la composición y función de la (M-I), permiten estimular el predominio de una (M-I) capaz de utilizar estos sustratos como fuente de energía, pero estos efectos dependen tanto del tipo de fibra como de la composición inicial de la (M-I) de un individuo. El metabolismo proteico por la (M-I) da como resultado productos adicionales, algunos de los cuales son potencialmente dañinos para la salud del huésped. Firmicutes, Bacteroidetes y Actinobacteria son los tres filos principales que habitan en el intestino grueso humano. El género Bacteroides se asocia con dietas basadas en carne, las familias Ruminococcaceae y Lachnospiraceae con dietas ricas en polisacáridos complejos de plantas y el género Prevotella con dietas altas en azúcar pero bajas en grasas y proteínas. La dieta puede usarse para modular la composición y el metabolismo de la (M-I). Una estrategia dietética para modular (M-I) es el consumo de fibra dietética y prebióticos. Esta revisión tiene como objetivo describir conocimiento sobre la (M-I), orientado hacia un uso de la dieta para proporcionar beneficios a la salud humana.

La microbiota humana es el conjunto de microorganismos que residen en nuestro cuerpo. Su composición filogenética está relacionada con el riesgo de padecer enfermedades inflamatorias y cuadros alérgicos. Los humanos interaccionamos con una gran cantidad y variedad de estos microorganismos a través de la piel y las mucosas. Un mecanismo de protección inmunológica es la producción de la IgA secretora (IgAS), que reconoce los microorganismos patógenos residentes y evita su interacción con las células epiteliales del hospedero mediante la exclusión inmunológica. Se creía que la única función de la IgAS en las mucosas era reconocer y excluir a los patógenos, pero gracias a la secuenciación masiva para la caracterización filogenética de la microbiota humana ahora sabemos que puede estar asociada con microorganismos patógenos y no patógenos, asociación importante para las funciones que la microbiota lleva a cabo en los epitelios: regulación de la capacidad de ciertas especies microbianas para establecerse en la piel y en las mucosas, estimulación y regulación de la respuesta inmunológica, del riesgo de desarrollar problemas inflamatorios, cuadros alérgicos, enfermedades autoinmunes e, incluso, cáncer. La microbiota establecida determina las especies bacterianas (y probablemente también virales y de protozoarios) que residen en la piel y en las mucosas, promoviendo la diversidad microbiana.

RESUMEN. El presente trabajo evaluó la diversidad bacteriana asociada a las biopelículas formadas sobre los ánodos de celdas de combustible microbianas, por medio del análisis del gen del ARNr 16S y observaciones por microscopía electrónica de barrido. Se construyeron celdas de combustible microbianas de una cámara que permanecieron en operación durante 30 días utilizando muestras ambientales como inóculo y único sustrato energético; las celdas fueron monitoreadas en función de la producción de energía durante el desarrollo del experimento; al finalizar los ensayos, se realizó la caracterización molecular y observaciones mediante microscopía electrónica de barrido a las biopelículas formadas. Se reportan valores de densidad de potencia máxima de 4,85 mW/m² para el agua residual doméstica y de 1,85 mW/m² para el caso del agua residual industrial, con disminuciones de 71 % de la DBO para el agua residual doméstica y de 59 % de la DBO para el caso del agua residual industrial. Se logró la recuperación de 15 secuencias únicas provenientes de la amplificación del gen del ARNr 16S obtenidas a partir de las biopelículas formadas sobre los ánodos. El análisis filogenético ubicó estas secuencias en la clase Deltaproteobacteria. Los dos sustratos ambientales contienen una importante e interesante diversidad microbiana, mostrándolos promisorios para la construcción y operación de MFC y la implementación de procesos de biodegradación de materia orgánica. ABSTRACT. This study evaluated the bacterial diversity associated with biofilms formed on the anode of microbial fuel cells (MFC), by analyzing the 16S rRNA gene and observations by scanning electron microscopy. Single chambered MFC were constructed and kept in operation for 30 days using environmental samples as inoculum and sole energy substrate; the MFC were monitored as a function of energy production in the course of the experiment; at endpoint, molecular characterization and observations using scanning electron microscopy was performed to the formed biofilms. Values of maximum power density of 4.85 mW/m2 for domestic wastewater and 1.85 mW/m2 in the case of industrial wastewater are reported, with declines of 71 % of the BOD for domestic wastewater and 59 % of the BOD in the case of industrial wastewater. Recovery of 15 unique sequences from the amplification of 16S rRNA gene obtained from the biofilms formed on the anodes was accomplished. Phylogenetic analysis placed these sequences in the Deltaproteobacteria class. The two environmental substrates contain an important and interesting microbial diversity, showing them very promising for the construction and operation of MFC and implementing biodegradation of organic material.

Los suelos de manglar poseen una alta actividad microbiana, la cual se encarga de realizar el ciclaje de nutrientes y asimismo sustenta la cadena trófica. El objetivo principal del presente trabajo fue identificar la diversidad y predecir el potencial genético funcional de las comunidades microbianas, presentes en el suelo rizosférico del mangle negro (Avicennia germinans), a lo largo del gradiente de salinidad. El lugar de estudio se ubicó en el manglar de la desembocadura del río Ranchería, en el departamento de La Guajira. El trabajo se dividió en tres objetivos: 1. Determinar la diversidad de microorganismos presentes en las tres zonas de muestreo mediante la secuenciación del gen 16S rRNA. 2. Evalular del efecto de las características fisicoquímicas del suelo sobre la diversidad taxonómica de las comunidades microbianas. 3. Predecir el potencial funcional microbiano, utilizando el software PICRUSt. Se identificó la diversidad y estructura de la comunidad de bacterias y archaeas, siendo la abundancia de bacterias más alta. Se encontraron diferencias significativas en 161 especies bacterianas a lo largo del gradiente de salinidad del suelo. Las variables fisicoquímicas del suelo carbono orgánico, arcilla y salinidad afectaron la distribución de OTUs. Mediante la predicción PICRUSt se identificaron diferencias significativas en los genes betA, betB, otsA, otsB, otsA otsB y proB relacionados a tolerancia al estrés por salinidad. En conclusión, este trabajo presenta una visión de la diversidad microbiana presente en un manglar de La Guajira, las variables ambientales que afectan la diversidad y la predicción de funciones metabólicas que se pudieran estar llevarse a cabo. Abstract. Mangrove soils have high microbial activity, and these microbes perform nutrient cycling that supports food webs. The aim of the study was to identify microbial diversity and predict functional genetic potential of the microbial communities in the rhizosphere of black mangrove (Avicennia germinans), taking into account the salinity gradient. The location of soil samples was at the Brazo Riíto's mangrove, Ranchería river, La Guajira. The thesis is divided into three objectives: 1. Determinate microbial diversity present in the three sampling sites through gen 16S rRNA sequencing. 2. Evaluate the effect of physicochemical factors from soil into taxonomic diversity of microbial communities. 3. Predict functional potential microbial, by using PICRUSt software. Significant differences were found in 161 species along soil gradient salinity. Soil physicochemical variables such as organic carbon, clay and salinity affected the OTUs distribution. Through the PICRUSt prediction we identified significant differences genes such as betA, betB, otsA, otsB, otsA otsB y proB related to salinity stress tolerance. This work presents a vision of the microbial diversity present in the mangrove of La Guajira, the environmental variables that affect the diversity and the prediction of the metabolic functions that can be carrying out. Maestría

El presente trabajo evaluó la diversidad bacteriana asociada a las biopelículas formadas sobre los ánodos de celdas de combustible microbianas, por medio del análisis del gen del ARNr 16S y observaciones por microscopía electrónica de barrido. Se construyeron celdas de combustible microbianas de una cámara que permanecieron en operación durante 30 días utilizando muestras ambientales como inóculo y único sustrato energético; las celdas fueron monitoreadas en función de la producción de energía durante el desarrollo del experimento; al finalizar los ensayos, se realizó la caracterización molecular y observaciones mediante microscopía electrónica de barrido a las biopelículas formadas. Se reportan valores de densidad de potencia máxima de 4,85 mW/m2 para el agua residual doméstica y de 1,85 mW/m2 para el caso del agua residual industrial, con disminuciones de 71 % de la DBO para el agua residual doméstica y de 59 % de la DBO para el caso del agua residual industrial. Se logró la recuperación de 15 secuencias únicas provenientes de la amplificación del gen del ARNr 16S obtenidas a partir de las biopelículas formadas sobre los ánodos. El análisis filogenético ubicó estas secuencias en la clase Deltaproteobacteria. Los dos sustratos ambientales contienen una importante e interesante diversidad microbiana, mostrándolos promisorios para la construcción y operación de MFC y la implementación de procesos de biodegradación de materia orgánica. This study evaluated the bacterial diversity associated with biofilms formed on the anode of microbial fuel cells (MFC), by analyzing the 16S rRNA gene and observations by scanning electron microscopy. Single chambered MFC were constructed and kept in operation for 30 days using environmental samples as inoculum and sole energy substrate; the MFC were monitored as a function of energy production in the course of the experiment; at endpoint, molecular characterization and observations using scanning electron microscopy was performed to the formed biofilms. Values of maximum power density of 4.85 mW/m2 for domestic wastewater and 1.85 mW/m2 in the case of industrial wastewater are reported, with declines of 71 % of the BOD for domestic wastewater and 59 % of the BOD in the case of industrial wastewater. Recovery of 15 unique sequences from the amplification of 16S rRNA gene obtained from the biofilms formed on the anodes was accomplished. Phylogenetic analysis placed these sequences in the Deltaproteobacteria class. The two environmental substrates contain an important and interesting microbial diversity, showing them very promising for the construction and operation of MFC and implementing biodegradation of organic material.

We are in the midst of the fastest growing revolution in molecular biology, perhaps in all of life science, and it appears to be speeding up. We still know very little about the vast diversity of micro-organisms, their metabolic pathways and microbial activity in natural environments. Modern genomic tools are providing deep access to natural microbial diversity and ecology. Interdisciplinary approaches will be required to fully understand microbial ecology by: (1) analysis of genomes, transcriptomes, proteomes and metabolomes and (2) analysis at various levels of individuals, populations, communities and ecosystems. Data gathered is not only theoretical. It holds the promise of practical applications in the control of infectious diseases, in the production of biotechnology goods and services and in environmental remediation. It is an incredibly exciting time in science for the newer generation of scientists, “loaded” with opportunities. It is an excellent time to develop and apply tools to solve problems of local and global importance. DOI: http://dx.doi.org/10.5377/encuentro.v0i93.914 Encuentro No. 93, 117-125, 2012

During the last decade, there has been increasing awareness of the massive number of microorganisms, collectively known as the human microbiota, that are associated with humans. This microbiota outnumbers the host cells by approximately a factor of ten and contains a large repertoire of microbial genome-encoded metabolic processes. The diverse human microbiota and its associated metabolic potential can provide the host with novel functions that can influence host health and disease status in ways that still need to be analyzed. The microbiota varies with age, with features that depend on the body site, host lifestyle and health status. The challenge is therefore to identify and characterize these microbial communities and use this information to learn how they function and how they can influence the host in terms of health and well-being. Here we provide an overview of some of the recent studies involving the human microbiota and about how these communities might affect host health and disease. A special emphasis is given to studies related to tuberculosis, a disease that claims over one million lives each year worldwide and still represents a challenge for control in many countries, including Colombia. En las últimas décadas ha incrementado nuestro conocimiento sobre la gran cantidad de microorganismos que conviven con nosotros, comunidades que colectivamente se conocen como la microbiota humana. El número de microorganismos que conforman la microbiota supera el número de células del cuerpo humano por un factor de diez aproximadamente y aporta un gran repertorio de genes y procesos metabólicos. La diversidad de la microbiota humana y su potencial metabólico brindan al hospedero una serie de funciones que complementan sus procesos y a su vez pueden influir sobre la salud del ser humano en formas que apenas se empiezan a conocer. La microbiota varía desde el nacimiento hasta la vejez del individuo, con características que dependen del sitio corporal, del estilo de vida y del estado de salud del hospedero. El reto actual es aprovechar el conocimiento derivado de la identificación y caracterización de estas comunidades microbianas para entender cómo funcionan estos microorganismos y cómo pueden influir de forma positiva o negativa sobre la salud del humano. En este documento ofrecemos una revisión general de algunos estudios recientes sobre la microbiota humana y su posible efecto en el hospedero en términos de salud y bienestar. Igualmente, se mencionan estudios sobre microbiota y su posible asociación con la tuberculosis, una enfermedad que todavía cobra más de un millón de vidas anualmente a nivel mundial y cuyo control todavía representa un gran reto en varios países del mundo, incluido Colombia.

Los manantiales salinos terrestres son hábitats con una gran diversidad de especies microbianas, pero el conocimiento de dicha diversidad en el país es escaso. Se seleccionaron tres manantiales salinos ubicados en el sistema montañoso de los Andes colombianos para su estudio en el marco del programa de investigación en ecología y diversidad de manantiales salinos y termales. Estos manantiales, con un contenido total de sólidos disueltos de 20 a 54 g/L, fluyen a partir de aguas subterráneas antiguas y su régimen hidrológico no está directamente relacionado con recargas pluviométricas recientes. Presentaron composiciones fisicoquímicas diferentes: en las muestras de agua provenientes de los manantiales Salado de Consotá y La Cristalina se registró un alto contenido de cloro, sodio y calcio, en tanto que las aguas provenientes del manantial Salpa se caracterizaron por una gran concentración de sodio, potasio y sulfato. La composición de las comunidades bacterianas se analizó con base en diferentes aproximaciones para generar inventarios de diversidad biológica. Los resultados indicaron que los tres manantiales albergan una comunidad bacteriana constituida en su mayoría por organismos Gram-negativos, móviles, heterotróficos y litotróficos, halotolerantes y halófilos, algunos de los cuales han sido reportados previamente en ambientes marinos. La mayoría de los organismos aislados pertenecía a la gamaproteobacteria y alfaproteobacteria, aunque las diferencias en la composición microbiana de cada manantial fueron evidentes. El estudio demostró que estos manantiales son hábitat de nuevas variedades taxonómicas como se deduce de las especies bacterianas caracterizadas. Terrestrial saline springs are habitats of a high diversity of microbial species, but knowledge of this diversity is scarce in our country. We have chosen to study three saline springs as part of our research program on the ecology and diversity of halophilic and thermophilic microorganisms. The saline springs are located on the Andes mountain range, their content of total dissolved solids is 20-54 g/L, they flow from ancient groundwater, and their water regime is not directly related to recent rainfall recharges. They exhibited different physicochemical compositions: the water samples from the Salado de Consotá and La Cristalina springs showed a high content of chlorine, sodium and calcium, while those from the Salpa spring were characterized by high concentrations of sodium, potassium and sulfate. The composition of microbial communities was analyzed using different approaches to generate biodiversity inventories. The results indicated that these springs harbor a microbial community made up mostly of Gram-negative, motile, litotrophic, heterotrophic, halotolerant and halophilic microorganisms, some of which have been previously reported in marine environments. Most isolated microorganisms belonged to the Gamma and Alphaproteobacteria classes, but differences in the microbial composition of each spring were evident. Our study revealed that these springs are a source of new taxonomic diversity as shown by the newly characterized bacterial species.

El deterioro de los suelos agrícolas, representado principalmente en la erosión, pérdida de fertilidad y contaminación con diferente tipo de sustancias, ha generado una disminución en la productividad y sostenibilidad de muchos agroecosistemas a largo plazo. Este fenómeno ha despertado en los últimos 15 años, una preocupación e interés creciente por evaluar el impacto de las prácticas agrícolas sobre las comunidades microbianas edáficas en relación con la función ecológica del suelo en agroecosistemas específicos. Estudios llevados a cabo con este fin, han demostrado que la actividad, diversidad y estructura de las comunidades microbianas son afectadas por diferentes prácticas de manejo y uso del suelo (Kennedy, 1999; Shannon et al., 2002; Nannipieri, et al., 2003; Garbeva et al., 2004; Bossio et al. 2005; Zheng et al., 2007) y han discutido la importancia de utilizar la información de la estructura y diversidad genética y/o funcional de las comunidades microbianas de agroecosistemas específicos, como indicadores de la calidad y el funcionamiento de los suelos y de la productividad y sostenibilidad de dichos agroecosistemas en el tiempo. (Nielsen and Winding, 2002; Nannipieri et al., 2003; Garbeva et al., 2004; Bossio et al., 2005). En Colombia, el cultivo intensivo de arroz, el tercero más importante en términos de área sembrada (Espinal et al., 2005), ha conducido a un deterioro progresivo de los suelos, que se ve reflejado en la reducción en los niveles de producción (Fedearroz, 2000). El presente trabajo comparó la estructura y diversidad de las comunidades de bacterias y hongos, mediante la técnica de electroforesis en gel con gradiente denaturante (DGGE), de suelos rizosféricos de 16 fincas de cuatro regiones arroceras del Tolima y Meta, las cuales abarcan alrededor del 70% de la producción arrocera del país y presentan condiciones contrastantes desde el punto de vista de fertilidad, características fisicoquímicas del suelo y sistemas de siembra del cultivo. Mediante análisis de cluster y análisis de componentes principales (ACP), se identificaron las variables, fisicoquímicas y/o de manejo, que influyeron en la estructura y diversidad de las comunidades, lo que permitió concluir que en estos sistemas productivos la comunidad bacteriana edáfica es modelada en primer lugar por las propiedades fisicoquímicas del suelo y en segundo lugar por el sistema de siembra del cultivo, lo cual sugiere la importancia de considerar las características físico-químicas del suelo en la aplicación de enmiendas de origen biológico que busquen mejorar la fertilización de los cultivos de arroz. Abstract. The deterioration of agricultural soils, mainly represented by the erosion, loss of fertility and contamination with different types of substances, has resulted in decreased productivity and sustainability of many long-term agroecosystems. This phenomenon has increased the interest to assess the impact of agricultural practices on soil microbial communities in relation to soil ecological function in specific agroecosystems. Studies carried out for this purpose, have shown that the activity, diversity and structure of microbial communities are affected by different management practices and land use (Kennedy, 1999, Shannon, et al. 2002; Nannipieri et al., 2003; Garbeva et al., 2004; Bossio et al., 2005; Zheng et al., 2007). In Colombia, the intensive cultivation of rice, the third largest crop in terms of area planted (Espinal et al., 2005), has led to a progressive deterioration of the soil, which is reflected in the reduction in rice production levels (Fedearroz, 2000) . This study compared the structure and diversity of rizhospheric bacterial and fungal communities, using the technique of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), of 16 rice crops farms, which cover about 70% of the country's rice production and have contrasting conditions from the point of view of fertility, physical-chemical characteristics and the irrigated and upland rice production system. The cluster analysis and principal component analysis (PCA) showed that the structure and diversity of rizhospheric bacterial communities were influencing by the physicochemical properties the soils and rice production system. This suggests the importance of take in the consideration the physical-chemical soil properties in the application of biological amendments to improve the fertilization of rice crops. Maestría

109-127 alanc@uga.edu semestral Referencia analítica

sumarios (En, Es)Los estudios del ecosistema microbiano ruminal han requerido tradicionalmente la utilización de animales canulados. Los elevados costos de la cirugía y del mantenimiento de los animales han limitado a muchos laboratorios para acceder con facilidad a las muestras de rumen y explorar la diversidad microbiana que se encuentra en ellas. Métodos como la utilización de sondas oro-ruminales han sido empleados para hacer transfaunaciones de animales saludables a otros con desórdenes digestivos y enfermedades metabólicas. También han sido utilizadas en el diagnóstico de varias enfermedades como el síndrome de reflujo del abomaso, la acidosis láctica aguda, la acidosis crónico-latente, la putrefacción y la inactividad microbial. El dispositivo reportado más antiguo en sondas oro-ruminales fue usado por Pounden en 1954 y consistía en un tubo simple que atravesaba desde la boca o la nariz hasta el rumen. Posteriormente se incluyó una jeringa grande para succionar el flujo de líquido ruminal, algunas veces utilizando aditamentos de succión perforados y fabricados en metal. Otra técnica que ha permitido obtener pequeñas cantidades de fluido ruminal es la aspiración caudo-ventral del rumen mediante la utilización de una jeringa simple. Aunque la rumenocentesis, como se conoce este procedimiento, conlleva riesgos de producir en el animal una peritonitis localizada, es actualmente uno de los métodos más utilizados en hatos lecheros de alta producción para monitorear los cambios bruscos y frecuentes de pH usualmente asociados con lactoacidosis. En este estudio se propone la utilización de una sonda oro-ruminal para obtener muestras de contenido ruminal de animales no canulados, y su utiliza-ción en el aislamiento de microorganismos anaerobios obligados.;A fin de continuar los estudios orientados al conocimiento de los microorganismos del tracto gastrointestinal e incrementar la colección de bacterias y hongos ruminales de las razas criollas colombianas del Banco de Germoplasma de CORPOICA se creyó necesario diseñar, probar e implementar esta sonda oro ruminal.