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2. Etiología de la neumonía adquirida en la comunidad en un hospital de cuarto nivel en Bogotá: estudio descriptivo de un registro institucional durante los años 2007 a 2012
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Taboada B., Lucía Beatriz, Leal Castro, Aura Lucía, Caicedo V., Mónica Patricia, Camargo B., Carmenza Beatriz, and Roa B., Jairo Hildebrando
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3. Susceptibilidad antimicrobiana de enterobacterias identificadas en infección urinaria adquirida en la comunidad, en gestantes en nueve hospitales de Colombia
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Nocua-Báez, Laura Cristina, Cortés-Luna, Jorge Alberto, Leal-Castro, Aura Lucía, Arias-León, Gerson Fitzgerald, Ovalle-Guerro, María Victoria, Saavedra-Rojas, Sandra Yamile, Buitrago-Gutiérrez, Giancarlo, Escobar-Pérez, Javier Antonio, and Castro-Cardozo, Betsy
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embarazo ,betalactamases ,farmacorresistencia microbiana ,enterobacterias ,betalactamasas ,pregnancy ,infecciones urinarias ,Urinary tract infections ,enterobacteria ,microbial drug resistance - Abstract
RESUMEN Objetivo: determinar los perfiles de susceptibilidad a los principales agentes antimicrobianos utilizados en el manejo de infección de vías urinarias adquirida por gestantes en la comunidad, y caracterizarlos molecularmente para confirmar la existencia de resistencia bacteriana en este grupo poblacional. Materiales y métodos: Estudio de corte transversal, descriptivo, en el que se incluyeron gestantes con infección urinaria adquirida en la comunidad que requirieron hospitalización. Estas hacían parte de un estudio realizado en población general. Se analizaron los resultados microbiológicos de los urocultivos. Se identificaron los aislamientos de Escherichia coli, Klebsiella spp. y Proteus mirabilis durante 12 meses en 9 hospitales de Colombia, y se determinó su perfil de susceptibilidad por microdilución en caldo y pruebas de difusión por gradiente; se caracterizó la presencia de betalactamasas de espectro extendido, con métodos microbiológicos y moleculares. Se presentan las características sociodemográficas y clínicas de estas pacientes. Resultados: se recogieron 74 aislamientos (64 de E. coli, 7 de Klebsiella spp. y 3 de P. mirabilis) en 73 pacientes. En 58 % de las pacientes se reportó uso previo de antibióticos. La resistencia a ampicilina/sulbactam, cefazolina y ceftriaxona fue de 15,6, 17,2 y 4,7 %, respectivamente. Tres aislamientos, dos de E. coli y uno de Klebsiella spp., expresaron betalactamasas de espectro extendido (3,1 % en E. coli y 14,3 % Klebsiella spp.). Un aislamiento de E. coli expresó enzimas tipo AmpC. Conclusión: se confirmó la presencia de cepas resistentes a antibióticos utilizados de primera línea de manera empírica, y a cefalosporinas de tercera generación en enterobacterias responsables de infección del tracto urinario adquirida en la comunidad en embarazadas, producida por enzimas de tipo betalactamasas de espectro extendido tipo CTX M-15 y AmpC. ABSTRACT Objective: To identify sensitivity profiles of the main anti-microbial agents used in the management of community-acquired urinary tract infection in pregnant women, and to make the molecular characterisation in order to confirm the existence of bacterial resistance in this population group. Materials and methods: Descriptive crosssectional study that included pregnant women with community-acquired urinary tract infection requiring admission to hospital. They were part of a study conducted in the general population. The microbiological results of the urine cultures were analysed. Isolates of Escherichia coli, Klebsiella spp. And Proteus mirabilis were identified over a period of 12 months in 9 Colombian hospitals, and their sensitivity profiles were determined using microdilution broth and gradient diffusion tests, and the presence of extended spectrum beta-lactamases was characterised using microbiological and molecular methods.The sociodemographic and clinical characteristics of these patients are presented. Results: Overall, 74 isolates were collected (64 E. coli, 7 Klebsiella spp. and 3 P. mirabilis isolates) in 73 patients. Prior use of antibiotics was documented in 58% of the patients. Resistance to ampicillin/sulbactam, cefazolin and ceftriaxone was 15.6%, 17.2% and 4.7%, respectively. There was extended spectrum beta-lactamase expression in three of the isolates, 2 of E. coli and 1 of Klebsiella spp. (3.1% E. coli and 14.3% Klebsiella spp.) One E. coli isolate expressed enzymes of the AmpC type. Conclusion: The presence of resistant strains to antibiotics used as first-line empirical treatment and to third-generation cephalosporins was confirmed in enterobacteria responsible for community-acquired urinary tract infection in pregnant women, produced by type CTX M-15 and AmpC extended spectrum betalactamase enzymes.
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- 2017
4. Etiología de la neumonía adquirida en la comunidad en un hospital de cuarto nivel en Bogotá: estudio descriptivo de un registro institucional durante los años 2007 a 2012
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Taboada B, Lucía Beatriz, Leal Castro, Aura Lucía, Caicedo V, Mónica Patricia, Camargo B, Carmenza Beatriz, and Roa B, Jairo Hildebrando
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Etiología ,Infecciones adquiridas en la comunidad ,Adulto ,Neumonía ,Colombia - Abstract
Introducción: La neumonía adquirida en la comunidad (NAC) puede ser causada por diferentes gérmenes. En Latinoamérica la principal etiología es Streptococcus pneumoniae , aislado en aproximadamente el 35-40% de los casos. Objetivos: Describir las características de los pacientes hospitalizados con diagnóstico de NAC durante 6 años en la Fundación Santa Fe de Bogotá, los principales agentes etiológicos y el patrón de susceptibilidad antibiótica en los microorganismos más importantes. Materiales y métodos: Estudio descriptivo retrospectivo que incluyó a todos los pacientes mayores de 16 años hospitalizados con diagnóstico de NAC. Se revisaron variables demográficas y clínicas, presencia de pruebas diagnósticas para determinar etiología y los microorganismos aislados. Resultados: Se aisló un germen en 130 pacientes, siendo los más frecuentes Streptococcus pneumoniae , Haemophilus influenzae y Staphylococcus aureus . Encontramos mayor frecuencia de microorganismos atípicos en menores de 65 años y en pacientes sin comorbilidades, y de enterobacterias en mayores de 65 años y en pacientes con comorbilidades. Discusión: Los principales gérmenes aislados son similares a los reportados en otras series. Llama la atención la frecuencia de Staphylococcus aureus y la presencia de SAMR. Es importante conocer la etiología local para adaptar las guías de manejo de acuerdo a los gérmenes encontrados, la susceptibilidad a los antibióticos y la disponibilidad de recursos. Introduction: Community acquired pneumonia (CAP) can be caused by different microorganisms. In Latin America the main cause is Streptococcus pneumoniae isolated in about 35-40% of cases. Objectives: To describe the characteristics of patients admitted with diagnosis of CAP at Fundación Santa Fe de Bogotá during a 6 years period, the etiological agents isolated and the pattern of antibiotic susceptibility in the most frequent microorganisms. Materials and methods: Retrospective descriptive study; all patients older than 16 years admitted with diagnosis of CAP were included. Demographic and clinical variables, diagnostic tests to evaluate etiology and the microorganisms isolated were reviewed. Results: At least one microorganism was isolated in 130 patients, being the most common Streptococcus pneumoniae , Haemophilus influenzae and Staphylococcus aureus . We found higher frequency of atypical microorganisms in patients under 65 years and without comorbidities, while enteric gram-negative rods were more frequent in patients with comorbidities or older than 65 years. Discussion: Our most common etiologies are similar to those reported in other series. Special attention is drawn to Staphylococcus aureus as one of the major etiologies and the presence of MRSA. It is important to know the local etiology to adjust guidelines according to the isolated microorganisms, antibiotics susceptibility and availability of resources
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- 2015
5. CARACTERIZACIÓN MOLECULAR DE AISLAMIENTOS DE ENTEROBACTER CLOACAE MULTIRRESISTENTES, PRODUCTORES â-LACTAMASAS PROVENIENTES DE PACIENTES DE UN HOSPITAL DE TERCER NIVEL DE BOGOTÁ
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García Romero, Ibonne Aydee, Valenzuela de Silva, Emilia María, Saavedra, Carlos Humberto, Leal Castro, Aura Lucía, Eslava Schmalbac, Javier, and Mantilla Anaya, José Ramón
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isoeléctricos Mezclas anfolíticas ,cefalosporinas ,ampholyte mixtures ,clone cells ,células clonares ,infección nosocomial ,cross infection ,infection ,enterobacter cloacae ,beta-lactamases ,clones ,â-lactamasas ,cephalosporins ,infección hospitalaria - Abstract
Antecedentes. Las enterobacterias, antaño flora normal del tracto gastrointestinal, han cambiado su biología y emergido como agentes patógenos nosocomiales que se tornan resistentes los antibióticos conocidos. Objetivo. Realizar la caracterización epidemiológico-molecular de 20 aislamientos de Enterobacter cloacae resistentes a cefalosporinas de tercera generación; provenientes de un hospital de tercer nivel de Bogotá-Colombia. Material y métodos. Los aislamientos fueron identificados mediante sistemas automatizados Microscan y VITEK, se utilizó el Enterobacter asbureae como control externo inter-especie. La confirmación de resistencia se hizo por técnica de difusión en agar, y una vez establecida se realizó BLEE para comprobación. La determinación de puntos isoeléctricos se hizo, mediante lisis por ultrasonido y la genotipificación mediante la metodología para bacterias Gramnegativas propuesta por Versalovic. Resultados: Los aislamientos colectados durante un año fueron causantes de 15 casos de infección Intrahospitalaria y dos colonizaciones. Todos los aislamientos presentaron resistencia a cefotaxima, ceftazidima, ceftriaxona, aztreonam y ciprofloxacina, 95% a amikacina, gentamicina y cloranfenicol, 75% a trimetoprim/sulfametoxazol, 20% a cefepime y todos fueron sensibles a imipenem. Dos aislamientos fueron confirmados como productores de â-lactamasas de espectro extendido (BLEE) por la técnica microbiológica de disco combinado. Por isoelectroenfoque presentaron dos â-lactamasas con puntos isoeléctricos (pI) de 5,4 y 8,2. En los 18 aislamientos no inhibidos por ácido clavulánico, se detectaron entre 2 y 4 â-lactamasas con pI de 5,4; 6,0; 7,0; 8,2 y mayor que 8,2; la resistencia a cefalosporinas de tercera generación podría ser atribuida a la hiperproducción de AmpC; los valores de pI sugieren la producción simultánea de â-lactamasas tipo SHV y TEM. La genotipificación mediante tres metodologías de rep-PCR (ERIC; REP y BOX) agrupó la población estudiada en siete clones: seis constituidos por un solo aislamiento y el clon predominante E1/B1/R1 agrupó 14 aislamientos causantes de infección en diez pacientes. Conclusión. Se identificó un clon de Enterobacter cloacae multirresistente, endémico en una institución de tercer nivel en Bogotá, causante de infección nosocomial y quirúrgica en particular. Background. Enterobacter species were normal in gastrointestinal tract, but nowadays, its biology has changed and there are nosocomial agents with antibiotics resistance. Objective. To make an epidemiological and molecular characterization of 20 isolates of Enterobacter cloacae with third generation cephalosporin resistance, from a hospital of third level in Bogotá-Colombia. Material and methods. Isolates were identified with Microscan and VITEK, Enterobacter asbureae was utilized as an inter-specie control. Resistance was confirmed by agar diffusion and by BLEE techniques. Isoelectric points were determined by ultrasound lyses and genotypication by Versalovic´s system for gram negative bacteria. Results. The isolates collected over the course of a year caused 15 cases of intra-hospital infection and two colonisations. All isolates presented resistance to cefotaxime, ceftazidime, ceftriaxone, aztreonam and ciprofloxacin, 95% to amikacin, gentamicin and chloramphenicol, 75% to trimethoprim/ sulphamethoxazole, 20% to cefepime and all were sensitive to imipenem. Two isolates were confirmed as extended spectre â-Iactamase (ESBL) producers by microbiologic al combined disktechnique; two â-Iactamases having 5.4 and 8.2 isoelectric points (pI) were presented by isoelectric focusing. Between 2 and 4 â-Iactamases having 5.4, 6.0, 7.0, 8.2 and >8.2 pl were detected in the 18 isolates which were not inhibited by clavulanic acid. Third-generation cephalosporin-resistance was attributed to AmpC hyper-production; pl values suggested simultaneous SHV and TEM â lactamase production. Genotyping by three rep- PCR methodologies (ERIC, REP and BOX) grouped the population studied into 7clones; 6 were constitute d by a single isolate and the predominant E1/B1/R1 clone grouped 14 isolates causing infection in 10 patients. This work led to a multiresistant Enterobacter cloacae clone being detected, considered endemic for the institution, in the studied surgical patients it was una predominantly cause of intrahospital infection. Conclusion. We detected a clone of Enterobacter cloacae with multi-cephalosporin resistance, has an endemic strain in a hospital of third level in Bogotá, who caused nosocomial infection, in special of surgical patients.
- Published
- 2005
6. Mecanismos de resistencia en pseudomonas aeruginosa: entendiendo a un peligroso enemigo
- Author
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Gómez Álvarez, Carlos Andrés, Leal Castro, Aura Lucía, Pérez de González, Maria De Jesús, and Navarrete Jiménez, Myriam Lucía
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lcsh:R5-920 ,bombas de expulsión ,lactamasas ,lcsh:R ,Pseudomonas aeruginosa ,lcsh:Medicine ,antibióticos mecanismo de defensa ,lcsh:Medicine (General) ,porinas ,mecanismos de resistencia - Abstract
Pseudomonas aeruginosa es un bacilo Gram negativo no fermentador, ampliamente relacionado con la infección nosocomial. Este tipo de infecciones se presentan en pacientes severamente comprometidos, hospitalizados especialmente en unidades de cuidado intensivo, donde existe una alta presión de selección de resistencia por parte de los antibióticos. Estas infecciones nosocomiales tienen implicaciones en el pronóstico del paciente, los costos del tratamiento, la estancia hospitalaria, la morbilidad y la mortalidad. Es importante que en cada institución hospitalaria se mantenga una estrecha vigilancia de los perfiles de resistencia de esta bacteria, con el fin de reconocer sus mecanismos de resistencia, su evolución y la forma de transferencia. En este sentido, un concepto como “la lectura interpretativa del antibiograma” se impone y ayuda al clínico a inferir los posibles mecanismos de resistencia que exhibe la bacteria para de esta manera orientar el uso de la terapia antibiótica y avanzar en el gran desafío que implica enfrentar las consecuencias de la infección por P. aeruginosa.
- Published
- 2005
7. Caracterización genómica de factores de virulencia de aislados clínicos de Pseudomonas aeruginosa basados en WGS provenientes de un hospital de Bogotá, Colombia
- Author
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Osorio Certuche, Nicole, Barreto Hernández, Emiliano, Leal Castro, Aura Lucía, and Epidemiologia molecular Bioinformática Enfermedades infecciosas
- Subjects
Infecciones Asociadas a la Atención en Salud ,Infección latente ,Virulence factors ,Pseudomonas aeruginosa ,Latent Infection ,Factores de virulencia ,Secuencio-tipos ,Sequence-types ,Healthcare-associated infections ,WGS - Abstract
ilustraciones, diagramas En humanos la infección por P. aeruginosa es controlada por múltiples factores de virulencia y es una de las causas más recurrentes y graves de infecciones asociadas a la atención en salud. Por lo tanto, el objetivo general de este estudio fue caracterizar los perfiles genómicos de virulencia en aislados clínicos de Pseudomonas aeruginosa provenientes de un hospital universitario de Bogotá- Colombia, utilizando la tecnología de secuenciación de genoma completo (WGS). Este estudio prospectivo se realizó durante los años 2019 y 2021, en donde se secuenciaron 54 aislamientos provenientes de 37 pacientes de los servicios de UCI, hospitalización y Unidad quirúrgica, utilizando las plataformas illumina y Oxford Nanopore. En los genomas se encontraron un total de 246 genes de virulencia, encontrando la presencia de genes de gran importancia en la virulencia de esta bacteria, como el gen pilA que se detectó en el 48,1% de los aislamientos y el gen algD en el 100%. Para las toxinas la prevalencia fue para exoU de (16,6%), exoT (92,5%), exoS (79,6%) y exoY (88,8%). Adicionalmente se encontró la presencia de 16 secuencio-tipos (ST) ya reportados y se encontraron 13 ST nuevos. En conclusión, el uso de tecnologías como WGS permitió determinar el perfil de virulencia de aislados clínicos de P. aeruginosa, logrando un acercamiento global a los perfiles de virulencia de los aislamientos clínicos de esta bacteria en el país, siendo el primer reporte de la prevalencia de más de 200 genes de virulencia en Colombia para P. aeruginosa. (Texto tomado de la fuente) In humans, P. aeruginosa infection is controlled by multiple virulence factors and is one of the most recurrent and serious causes of healthcare-associated infections. The aim of this study was to characterize the virulence genomic profiles in clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa from a hospital in Bogotá-Colombia, using whole genome sequencing (WGS) technology. A prospective study was carried out during the years 2019 and 2021, where 54 isolates from 37 patients from both the ICU and hospitalization services, and operating rooms were sequenced, using the illumina and Oxford Nanopore platforms. A total of 246 virulence genes were found in the genomes, finding the presence of genes of great importance in the virulence of this bacterium, such as the pilA gene that was detected in 48.1% of the isolates and the algD gene that found in the 100% of them. For toxins, the prevalence was for exoU de (16.6%), exoT (92.5%), exoS (79.6%) and exoY (88.8%). Additionally, the presence of 16 sequence-types (ST) already reported and 13 new ST were found. In conclusion, the use of technologies such as WGS made it possible to determine the virulence profile of clinical isolates of P. aeruginosa, achieving a global approach to the virulence profiles of the clinical isolates of this bacterium in the country, being the first report of the prevalence of more than 200 virulence genes in Colombia for P. aeruginosa. Maestría Magíster en Ciencias - Microbiología Biología molecular de agentes infecciosos
- Published
- 2023
8. Molecular and in vitro sensitivity characterization to antibiotics and cathelicidin peptides as antimicrobial agents against clinical isolates of Staphylococcus aureus from Bogotá city
- Author
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Fonseca Fernández, Angie Lorena, Celis Ramírez, Adriana Marcela, Leal Castro, Aura Lucía, Mancera García, María Alejandra, Martínez, Heydys, Chad, Leidy, Guevara-Suárez, Marcela, and Grupo de Investigación Celular y Molecular de Microorganismos Patógenos
- Subjects
Catelicidina ,Staphylococcus aureus ,Resistencia antibiótica ,Péptidos antimicrobianos ,Antibiotic resistance ,Programas de Optimización del Uso de los Antimicrobianos ,ATRA-1 ,LL-37 ,Cathelicidin ,616 - Enfermedades [610 - Medicina y salud] ,Methicillin resistance ,Patient Isolation ,Antimicrobial Stewardship ,Resistencia a meticilina ,Antimicrobial peptides ,Aislamiento de Pacientes - Abstract
ilustraciones, gráficas, tablas Staphylococcus aureus es una bacteria de gran importancia clínica, caracterizada por ser la especie más virulenta dentro de su género y causante de infecciones muy diversas que pueden amenazar la vida de quienes las padecen. Sin embargo, su importancia no radica únicamente en las enfermedades que causa, sino en la alta capacidad que ha evidenciado para presentar resistencia a múltiples antibióticos dentro de los que se encuentran los βlactámicos, ejemplificada por la resistencia a meticilina. Los aislamientos resistentes a meticilina son un problema de salud pública mundial, que inicialmente se atribuían a ambientes hospitalarios, pero que con el paso del tiempo han comenzado a reportarse cada vez con más frecuencia en la comunidad. Adicional a esto, se ha observado resistencia a otros antibióticos con blancos terapéuticos diferentes. Lo anterior hace necesario la búsqueda de nuevas alternativas que permitan controlar el crecimiento bacteriano de aislamientos que no pueden tratarse mediante los antimicrobianos existentes actualmente. Este trabajo tiene como objetivo determinar el efecto de péptidos derivados de catelicidina en el crecimiento y la morfología de aislamientos clínicos de S. aureus procedentes de la ciudad de Bogotá D.C. Para ello, realizaremos la caracterización molecular respecto al gen de resistencia a meticilina mecA, la proteína A (spa) y pvl , causante de la presencia de leucocidina Panton-Valentine, e identificaremos los perfiles de sensibilidad a compuestos antibióticos de 57 aislamientos clínicos de S. aureus. Adicionalmente, evaluaremos la actividad de péptidos de catelicidina, LL-37 y ATRA-1, y daptomicina sobre los aislamientos clínicos caracterizados. Finalmente, identificaremos los cambios en la morfología bacteriana de S. aureus, por acción de los péptidos de catelicidina, mediante microscopía electrónica de barrido. Determinamos que existe una importante prevalencia de aislamientos resistentes a meticilina, y que además, existen aislamientos con discordancias en el perfil de sensibilidad a estos antibióticos en S. aureus, por otra parte se evidencia una tasa alta de sensibilidad a antibióticos con mecanismos de acciones diferentes a meticilina. Comprobamos que los péptidos LL-37 y ATRA-1 presentan capacidad antimicrobiana frente a este patógeno y que existen diferencias entre la actividad de estos compuestos y el perfil de sensibilidad a meticiilina. Finalmente, comprobamos que estos péptidos generan cambios en la morfología superficial como uno de sus mecanismos de acción, sin embargo, no se descarta que presenten efectos intracelulares que potencien su actividad antimicrobiana. Con este trabajo, buscamos contribuir a la vigilancia de la resistencia bacteriana en la ciudad de Bogotá, promover el desarrollo de nuevas alternativas terapéuticas que permitan controlar la resistencia bacteriana en nuestra región, así como aportar en la caracterización de la actividad de péptidos antimicrobianos sintéticos en S. aureus. (Texto tomado de la fuente) Staphylococcus aureus is a bacterium of great clinical importance. It is the most virulent species within its genus and the cause of very diverse infections that can threaten the lives of those who suffer from them. More importantly, it has shown resistance to multiple antibiotics, including β-lactam antibiotics, like Methicillin resistance. Methicillin-resistant isolates are a worldwide public health problem, attributed initially to hospital environments, but it has begun to be reported more and more frequently in the community. In addition to this, resistance to other antibiotics with different therapeutic targets has been observed. That makes it necessary to search for new alternatives to control the bacterial growth of isolates that cannot be treated with existing antibiotics. This work aims to determine the effect of cathelicidin-derived peptides on the growth and morphology of S. aureus clinical isolates from Bogotá D.C. city. We performed molecular characterization of the methicillin resistance mecA gene, protein A (spa), and pvl genes, and we identified the sensitivity profiles to the antibiotics of 57 S. aureus clinical isolates. Additionally, we evaluated the antimicrobial activity of LL-37, ATRA-1, and daptomycin on the characterized clinical isolates. Finally, we identified the changes in S. aureus bacterial morphology by peptides’ action using scanning electron microscopy (SEM). We determined that there is an important prevalence of resistant isolates to Methicillin. Some of them with discordances in the methicillin sensitivity in S. aureus. However, a high sensitivity rate to antibiotics with mechanisms of action different from methicillin is evidenced. We found that LL-37 and ATRA-1 peptides have antimicrobial capacity against this pathogen and are differences between the activity of these compounds and the sensitivity of the Methicillin profile. Finally, we proved that these peptides generate Surface changes in morphology as one of their mechanisms; however, it is not excluded that they present intracellular effects that potentiate its antimicrobial action. With this work, we are looking to contribute to the surveillance of bacterial resistance in Bogotá city, promote the development of new therapeutic strategies to control bacterial resistance in our region, and contribute to the characterization of the activity of synthetic antimicrobial peptides against S. aureus. Maestría Magíster en Ciencias - Microbiología Caracterización de aislamientos de S. aureus Perfil de sensibilidad antibiótica En este estudio se incluyeron 57 aislamientos proporcionados por el Grupo para el Control de la resistencia bacteriana en Bogotá (GREBO) y el laboratorio de Biofísica de la Universidad de los Andes (ver Anexo A). A partir de estos aislamientos se realizaron cultivos iniciales de 24 h a 37°C en medio solido tripticasa de soya (TSA) (Scharlau Chemie, España). La sensibilidad oxacilina se evalúo empleando el método microdilución en caldo conforme a lo descrito en la norma CLSI M07 (Clinical and Laboratory Standards Institute, 2018) y a cefoxitina, gentamicina, eritromicina, clindamicina, ciprofloxacina y trimetoprima-sulfametoxazol empleando el método difusión en agar conforme a lo descrito en la normar CLSI M02 (Clinical and Laboratory Standards Institute, 2018). Como controles se emplearon las cepas Staphylococcus aureus subsp. aureus (ATCC® 25923™), Staphylococcus aureus subsp. aureus (ATCC® 29213™) y Staphylococcus aureus subsp. aureus (ATCC® 33591™) (American Type Culture Collection, Virginia, USA) y los aislamientos clínicos 1631 sensible a daptomicina y 1634 resistente a daptomicina, proporcionados por el laboratorio de Biofísica de la Universidad de los Andes (ver anexo A). Todos los ensayos se realizaron por triplicado. Microbiología médica Biología molecular de agentes infecciosos
- Published
- 2022
9. Descripción de tipos de carbapenemasas expresadas en Klebsiella sp. Y Pseudomonas aeruginosa en hospitales de tercer nivel de la ciudad de Bogotá, estudio descriptivo. Parte 1
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Escobar Castaño, Camilo José, Remolina Granados, Sergio Andres, Leal Castro, Aura Lucía (Thesis advisor), and Saavedra Trujillo, Carlos Humberto
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Carbapenemasas ,Resistencia carbapenémicos ,54 Química y ciencias afines / Chemistry ,CarbaNP ,Pseudomona aeruginosa ,51 Matemáticas / Mathematics ,61 Ciencias médicas ,Medicina / Medicine and health ,Pseudomonas aeruginosa ,Klebsiella sp ,Carbapenemic resistance ,Carbapenemases - Abstract
Introducción: La resistencia a carbapenémicos es un problema de salud pública, con un impacto negativo en la morbimortalidad de los pacientes afectados. Actualmente se cuenta con múltiples registros de diversos mecanismos de resistencia, así como identificación molecular de diversos tipos de carbapenemasas; sin embargo la frecuencia y distribución de estas últimas es desconocida en la ciudad de Bogotá. D.C. (Colombia). Objetivo: Caracterizar y describir la frecuencia de los diferentes tipos de carbapenemasas en Pseudomona aeruginosa y Klebsiella sp., en distintas instituciones hospitalarias de la ciudad de Bogotá. A partir de los datos recolectados se planea obtener los tipos y las frecuencias de las mismas. Metodología: Teniendo en cuenta los porcentajes de resistencia a carbapenémicos en Bogotá, se calculó un tamaño de la muestra a recolectar. En 6 instituciones de tercer nivel de complejidad se realizó la recolección de estos microorganismos a los cuales se les realizó múltiples pruebas fenotipicas (Test de Hodge, EDTA, Acido borónico, carbaNP, mCIM) con el fin de documentar la producción de carbapenemasa y posteriormente se hicieron pruebas de reacción en cadena de polimerasa para la deteccion de diferentes genes de carbapenemasas (KPC, GES, IMP, VIM, NDM, OXA-48) cuyos resultados se describirán. Resultados: La probabilidad de producción de carbapenemasas en Pseudomonas aeruginosa fue entre 64 – 80%, con alta producción de KPC (55%) en comparación con la de metalobetalactamasas (15%), situación contraria a la documentada en la literatura mundial. En Klebsiella sp., se documentó una probabilidad de producción de carbapenemasas de 98%, predominantemente del tipo KPC en el 96.8%, con cepas aisladas que tuvieron co-producción KPC-Metalobetalactamasa (VIM/NMD). La prueba de detección fenotipica CarbaNP tuvo una concordancia muy alta en detección de carbapenemasas de cualquier tipo. Abstract: Introduction: The resistance trends to carbapenems is a public health problem, with an important impact in terms of mortality and morbidity outcomes of affected patients. Currently there are multiple registers available of different resistance mechanisms, as well as the molecular identification of various types of carbapenemases; however the frequency and distribution of this type of carbapenemases is unknown in the city of Bogotá. D.C. (Colombia). Objective: To characterize and describe the frequency from the different types of carbapenemases in Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella sp., in various hospitals in Bogotá D.C. With the data collected we have the purpose to obtain the molecular types and frecuency of them. Methodology: Based on the previous reported percentages of carbapenemic resistance in Bogotá D.C, a sample size was calculated. We carried out the collection of this microorganisms in 6 tertiary level hospitals, subsequently, we performed multiple phenotypic tests among the collected strains (modified Hodge test, EDTA, boronic ácid, carbaNP and mCIM) in order to document the production of carbapenemase and subsequently we carried out polymerase chain reaction for the specific detection of different carbapenemase genes (KPC, GES, IMP, VIM, NDM, OXA-48) whose results will be described. Results: The probability of carbapenemase production in Pseudomonas aeruginosa was settled between 64 - 80%, with high production of KPC (55%) compared to that of metallobetalactamases (15%), contrary to the situation documented in the literature. In Klebsiella sp., we found a probability of carbapenemase production of 98%, predominatly by carbapenemase type KCP in 96.8%, with isolated cases of co-production of KPCMetallobetalactamase (VIM, NDM) The CarbaNP phenotypic detection test had a very high concordance in the detection of carbapenemases independently of their molecular type. Otra
- Published
- 2018
10. Caracterización fenotípica y genotípica de aislamientos colombianos de Neisseria gonorrhoeae, recuperados a través del programa nacional de vigilancia por laboratorio, 2013-2014
- Author
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Sanabria Cruz, Olga Marina, Duarte Valderrama, Carolina (Thesis advisor), and Leal Castro, Aura Lucía
- Subjects
36 Problemas y servicios sociales, asociaciones / Social problems and social services ,61 Ciencias médicas ,Medicina / Medicine and health ,Infecciones de transmisión sexual ,Resistencia antimicrobiana ,Antimicrobial resistance ,Neisseria gonorrhoeae ,sexually transmitted infections - Abstract
La gonorrea es una enfermedad de transmisión sexual la cual es ocasionada por la bacteria Neisseria gonorrhoeae. Esta infección representa un problema serio de salud pública global, debido la aparición, incremento y dispersión de cepas con resistencia a los antimicrobianos. Adicionalmente, existen otras problemáticas asociadas, como la falta de síntomas en algunas mujeres, el desconocimiento de la enfermedad, el tratamiento sindromico, y el sub-registro. En Colombia, el Instituto Nacional de Salud (INS) desarrolla desde el año 1983 un programa de vigilancia voluntaria por laboratorio de N. gonorrhoeae, en base a esto se realizó el presente estudio, con el objetivo de caracterizar fenotípica y genotípicamente los aislamientos de N. gonorrhoeae, enviados al INS por los Laboratorios de Salud Pública (LSP) durante el periodo 2013-2014. Los aislamientos reportados durante el periodo de estudio, se recibieron de 19 entidades de salud del país, los cuales fueron confirmados mediante las pruebas fenotípicas, se determinó la sensibilidad antimicrobiana de acuerdo a los parámetros del Clinical Laboratory Standards Institute CLSI y la caracterización genotípica se realizó mediante las técnicas de electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE), Ng MAST y PCR para la identificación del gen TEM. Se recibieron 246 aislamientos, pero solo fue posible aislar y confirmar la bacteria en 126 (58,53 %). Estos aislamientos provenían de Bogotá 62 (25,2 %), Antioquia 54 (21,9 %), Amazonas 47 (19,1 %) y Risaralda 33 (13,4 %). De los aislamientos recibidos, 188 (76,42 %) eran de hombres, 58 (23,57 %) de mujeres, 50 (20,33 %) eran de menores de 15 años, de los cuales 37 (63,79 %) se aislaron en niñas. La resistencia a penicilina, tetraciclina y ciprofloxacina fue de 65,8 %, 42,8 % y 29,4 %, respectivamente. La multirresistencia se presentó en 14 (11,11 %) aislamientos. Se encontraron 13 fenotipos de resistencia de los cuales el más común fue N. gonorrhoeae productora de penicilinasa (PPNG) (34/126; 26.98%). La PFGE agrupó 110 aislamientos en 17 grupos, con 54 patrones diferentes; los 16 aislamientos restantes no relacionaron genéticamente. El grupo más común fue el A, con 19 (15,1 %) aislamientos, la mayor parte de estos presentaron el fenotipo de resistencia PPNG. La prueba de Ng-MAST reveló una gran diversidad en los 20 aislamientos secuenciados debido a que no se encontró ninguna secuencia tipo (ST) predominante. En conclusión, los hallazgos del estudio sirven de línea base para el conocimiento de los aislamientos de N. gonorrhoeae que circulan en nuestro país. La resistencia y la gran variabilidad de las cepas reflejan que enfrentamos un preocupante problema de salud pública, que requiere una estrategia multidisciplinaria que incluya educación, campañas de prevención y promoción, mejora en los métodos diagnósticos y determinación de los perfiles de sensibilidad antimicrobiana. Abstract. Gonorrhoea is a sexually transmitted infection caused by the bacterium Neisseria gonorrhoeae, this is a serious global public health problem, given increase in antimicrobial resistance. Asymptomatic women, ignorance of the disease, syndromic treatment and sub-register are additional problems to the disease. In Colombia, the National Health Institute (INS, in Spanish) has developed, since 1983, a program for laboratory surveillance of N. gonorrhoea with the voluntary participation of Public Health Laboratories (PHL) at the national level. The present study was conducted with the aim of characterizing phenotypically and genotypically the total number of N. gonorrhoeae isolates, received by the INS from PHL during the time period 2013-2014. The isolates reported during the period of study were received from 19 PHL. For phenotypic typification, assays of antimicrobial susceptibility according to the parameters of the CLSI were performed. Genotypic characterization achieved through techniques such as Electrophoresis Pulsed Field Gel (PFGE), Multi-antigen sequence typing (NG-MAST) and TEM- gene amplification. Out of a total of 246 isolates, we were able to identify the bacteria in 126 (58.53 %) cases. These isolates originated from Bogotá: 62 (25.2 %), Antioquia: 54 (21.9 %), Amazonas: 47 (19.1 %) and Risaralda: 33 (13.4 %). 188 (76.42 %) isolates were from men and 58 (23.57%) from women; 50 (20.33%) of them corresponded to children under 15 years of age and from these, 37 (63.79%) were female. We found 65.8 % resistance to penicillin, 42.8 % to tetracycline, and 29.4% to ciprofloxacin. Multi-resistance occurred in 14 (11.11%) isolates, 13 showed resistance phenotypes, and the most common was penicillinase producing N. gonorrhoeae (PPNG) found in 34 (26.98%) isolates. The PFGE grouped 110 isolates in 17 clusters, with 54 different patterns, while 16 isolates were unrelated. The most common cluster was A with 19 (15.1%) isolates; most of these showed the PPNG resistance phenotype. Ng-MAST (Multi Antigen Sequence Typing) revealed a high genetic diversity in the 20 isolates sequenced as not predominant sequence type was found. In conclusion, our findings serve as baseline for understanding N. gonorrhoeae isolates circulating in Colombia. Resistance and the high variability of strains represent serious public health problem, which requires a multidisciplinary strategy integrating education, prevention campaigns, improved diagnostic methods and determination of antimicrobial susceptibility profiles. Maestría
- Published
- 2016
11. Consensus for the treatment of upper urinary tract infections during pregnancy
- Author
-
Molina-Muñoz JS, Cuadrado-Angulo J, Grillo-Ardila CF, Angel-Müller E, Cortés JA, Leal-Castro AL, and Vallejo-Ortega MT
- Subjects
- Female, Humans, Pregnancy, Consensus, Los Angeles, Urinary Tract Infections therapy, Anti-Bacterial Agents therapeutic use
- Abstract
Objectives: To generate evidence-based recommendations through formal consensus regarding the treatment of upper urinary tract infections during gestation., Materials and Methods: Experts in microbiology, public health, internal medicine, infectious diseases, obstetrics, maternal fetal medicine and obstetric and gynecological infections participated in the consensus development group. The group also included professionals with training in clinical epidemiology, systematic data search, and representatives from the Health Secretariat and the Bogota Obstetrics and Gynecology Association. The participants disclosed their conflicts of interest. Starting with a clinical question, outcomes were graded and a systematic search was conducted in the Medline via PubMed, Embase, Lilacs, and Bireme databases. The search was expanded to include institutional repositories and antimicrobial resistance surveillance systems, with no language or date restrictions. The search was updated on October 1, 2022. The GRADE (Grading of Recommendations Assessment, Development and Evaluation) methodology was used to assess the quality of the evidence and determine the strength of the recommendations. Finally, the RAND/UCLA (Research and Development/University of California Los Angeles) methodology was applied for the formal consensus. This document was reviewed by academic peers before publication., Results: The following are the consensus recommendations. Recommendation 1. The initial management of pregnant women with upper urinary tract infections (UTIs) should be approached in a hospital setting. Recommendation 2. The use of second generation cephalosporins is the suggested first option for empirical antimicrobial management in pregnant women with upper UTI in order to improve the rates of clinical and microbiological cure. Recommendation 3. Because of the risk-benefit balance, the use of aminoglycosides is suggested as a second option for empirical antimicrobial treatment in pregnant women presenting with upper UTIs in the second and third trimester. Recommendation 4. The use of third-generation cephalosporins is suggested as the third option for empirical antimicrobial treatment in pregnant women with upper UTIs given that the risk of inducing microbial resistance is high with this group of antibiotics. Recommendation 5. The use of carbapenems is suggested as a first option in pregnant women with upper UTIs and a history of infections caused by microorganisms with resistance to third or fourth-generation cephalosporins. Recommendation 6. The use of aminoglycosides or fourth-generation cephalosporins is suggested as a second option in pregnant women with upper UTIs and a history of infection caused by microorganisms with resistance to third-generation cephalosporins, taking risk-benefit into account. Recommendation 7. The use of piperacillin/tazobactam is suggested as a third option in pregnant women with upper UTIs and a history of infection caused by microorganisms with resistance to third or fourthgeneration cephalosporins. Recommendation 8. Getting a urine culture is recommended in pregnant women with upper UTIs before initiating empirical antimicrobial treatment. Recommendation 9. In pregnant women with upper UTIs, it is suggested to modify therapy in accordance with the results of the sensitivity test when the culture report shows resistance to the antimicrobial agent initiated empirically. Recommendation 10. In pregnant women hospitalized due to upper UTIs, it is suggested to switch to oral antimicrobial therapy after at least 48 hours of modulation of the systemic inflammatory response and the clinical signs of infection, and when tolerance to oral intake is adequate. Recommendation 11. In pregnant women with upper UTIs with no complications secondary to the primary infection, it is recommended to administer antibiotic therapy for a period of 7 to 10 days., Conclusions: It is expected that with this Colombian upper UTI consensus variability in clinical practice will be reduced. It is recommended that groups doing research in maternal fetal medicine assess the implementation and effectiveness of these recommendations.
- Published
- 2023
- Full Text
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12. [Efecto de las medidas preventivas durante la pandemia: más allá del SARS CoV-2].
- Author
-
Leal-Castro AL
- Subjects
- COVID-19 epidemiology, COVID-19 prevention & control, Colombia epidemiology, Humans, Respiratory Tract Infections microbiology, Respiratory Tract Infections virology, Respiratory Tract Infections epidemiology
- Published
- 2021
13. [Trends of bacterial resistance phenotypes in high-complexity public and private hospitals in Colombia].
- Author
-
Villalobos Rodríguez AP, Díaz Ortega MH, Barrero Garzón LI, Rivera Vargas SM, Henríquez Iguarán DE, Villegas Botero MV, Robledo Restrepo CG, and Leal Castro AL
- Subjects
- Anti-Bacterial Agents therapeutic use, Bacterial Infections drug therapy, Bacterial Infections epidemiology, Bacterial Infections microbiology, Colombia epidemiology, Cross Infection drug therapy, Cross Infection epidemiology, Cross Infection microbiology, Drug Resistance, Multiple, Bacterial, Humans, Morbidity trends, Phenotype, Population Surveillance, Retrospective Studies, Vancomycin Resistance, Drug Resistance, Microbial, Hospitals, Private statistics & numerical data, Hospitals, Public statistics & numerical data
- Abstract
Objective: Describe and compare the frequency of bacterial resistance phenotypes of microorganisms obtained from patients in intensive care units (ICU) and other (non-ICU) high-complexity public and private hospital services in Colombia., Methods: A retrospective observational, analytical, multicenter study was conducted. The records from January 2007 to December 2009 on bacterial isolates and bacterial resistance phenotypes of microorganisms obtained from ICU and non-ICU patients in 79 high-complexity public and private hospitals were consolidated. The information was analyzed with the WHONET(®) 5.5 (WHO) software, following the 2009 recommendations of the Clinical and Laboratory Standards Institute, and summarized on an Excel(®) spreadsheet. A descriptive analysis with the calculation of proportions was performed. The trends were analyzed with Spearman rank correlation., Results: The 2007-2009 trends for bacterial resistance phenotypes show increased percentages of vancomycin-resistant Enterococcus faecium, imipenem-resistant Klebsiella pneumoniae, ciprofloxacin-resistant K. pneumoniae, ceftazidime-resistant Escherichia coli and cefotaxime-resistant Enterobacter cloacae (r = 1, P < 0.01), and reduced percentages of ciprofloxacin-resistant E. coli, ceftazidime-resistant K. pneumoniae, oxacillin-resistant Staphylococcus aureus, ceftazidime-resistant Pseudomonas aeruginosa, and ciprofloxacin-resistant P. aeruginosa (r = -1, P < 0.01)., Conclusions: The trend analysis presented in this study is the baseline for establishing a national epidemiological surveillance subsystem. The trends observed reveal that bacterial resistance to antimicrobial drugs in hospitals in Colombia is a dynamic phenomenon, with evidence of the emergence of vancomycin-resistant E. faecium and imipenem-resistant K. pneumoniae phenotypes in the hospitals.
- Published
- 2011
- Full Text
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