Coral reef status was surveyed in three south Pacific coral reefs of Costa Rica, one in Caño Island and two in Golfo Dulce, and the density, richness and distribution of non-colonial macro borers (>1 mm)was determined in dead and live coral fragments from these reefs. Based upon traditional indicators of degradation such as high particulate suspended matter and low live coral cover, the reefs at Caño Island are in better condition than those at Golfo Dulce. Reef degradation in Golfo Dulce is mainly due to high loads of terrestrial sediments as a consequence of watersheds deforestation. In this study, 36 coral boring species are reported for the eastern Pacific. At the family level, there is high endemism (10%) and greater affinity with the Indo-Pacific (34%), as compared with the eastern Atlantic and Mediterranean (29%) and western Atlantic and Caribbean (27%). The dominant non-colonial macro boring families at the study reefs are mytilid bivalves, eunicid polychaetes and aspidosiphonid sipunculans, with the bivalves considered the main internal bioeroders due to their greater body size and abundances. The level of mortality of the coral colonies and the general level of reef degradation influenced the composition of non-colonial macro-borers. Diversity and total macro-borer density, especially aspidosiphonid density, is higher in corals with greates dead than live cover. In the healthiest coral colonies (less than 50% of partial mortality), mytilids domination, macro-borer diversity and total density, is higher in Golfo Dulce, where reefs are more degraded. In the most affected coral colonies (more than 50% dead), macro-borers total density, especially aspidosiphonids density, is higher, of the healthiest reef of this study, Platanillo. Bivalve relative abundance increases and sipunculan relative abundance decreases with increasing site degradation. In conclusion bioeroder variables can also be used as reef health indicators. Rev. Biol. Trop. 54 (1): 101-115. Epub 2006 Mar 31.Se diagnosticó el estado de salud de tres arrecifes del Pacífico sur de Costa Rica, uno en Isla del Caño y dos en Golfo Dulce, y se determinó la densidad, la riqueza y la distribución de los macroperforadores no coloniales (>1 mm) en fragmentos de coral vivos y muertos. Basándose en los indicadores tradicionales de degradación como alta materia particulada en suspensión y baja cobertura de coral, los arrecifes de Isla del Caño están en mejor condición que los de Golfo Dulce. La degradación en Golfo Dulce se debe principalmente a la gran cantidad de sedimentos terrestres generados por la deforestación de las cuencas de los ríos. En total se han reportado 36 especies de macroperforadores de coral, incluyendo este estudio, para el Pacífico oriental. A nivel de familia hay algo de endemismo (10%), y una mayor afinidad con el Indo-Pacífico (34%) que con el Atlántico oriental y el Mediterráneo (29%) y el Atlántico occidental y el Caribe (27%). Las familias de macroperforadores no coloniales más dominantes en los arrecifes estudiados son los bivalvos mitílidos, los poliquetos eunícidos y los sipuncúlidos aspidosifónidos. Los bivalvos son considerados los principales bioerosionadores internos debido a su gran tamaño y abundancia. El grado de mortalidad de las colonias coralinas y el nivel general de degradación arrecifal están relacionados con la composición de los macroperforadores no coloniales. La diversidad y la densidad total de macroperforadores, especialmente la densidad de aspidosifónidos es mayor en corales con una superficie muerta mayor que la viva. En colonias de coral con una superficie viva de más de 50%, la dominancia de mitílidos, la diversidad de los macroperforadores y la densidad total, son mayores en los arrecifes de Golfo Dulce que están más degradados. En colonias con más del 50% de mortalidad, la densidad total de macro-perforadores, especialmente aspidosifónidos, es mayor en el arrecife Platanillo de Isla del Caño, el arrecife más saludable de este estudio. La abundancia relativa de los bivalvos aumenta y la de los sipuncúlidos disminuye conforme aumenta la degradación arrecifal. En conclusión, la bioerosión interna se puede utilizar como un indicador de salud arrecifal.