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O crânio representa uma estrutura única e complexa dos vertebrados, sendo foco relevante objeto de estudos morfológicos e sistemáticos. Embora os crocodilianos constituam um importante grupo representante dos Archosauria, nossos conhecimentos acerca de seu desenvolvimento e homologias ainda são escassos. Aqui descrevemos uma sequência detalhada de ossificação dos ossos do crânio de Caiman yacare (Daudin, 1802), objetivando contribuir com informações de foco anatômico. Coletaram-se ao acaso embriões em intervalos regulares durante todo o período de incubação, sendo estes posteriormente submetidos a protocolo de diafanização e coloração de ossos. O padrão de ossificação em C. yacare segue parâmetros gerais em répteis e outros tetrápodes. Os primeiros centros de ossificação correspondem aos ossos dérmicos, envolvidos com funções primárias como a alimentação e respiração (e.g. maxila, dentário, esplenial, angular, pterigoide, ectopterigoide e jugal, incluindo ainda os dentes). Os ossos da porção dorsal do neurocrânio se ossificam posteriormente, evidenciando uma fontanela cranial que permanece até o momento da eclosão. Os ossos parietal, frontal e opstótico possuem mais de um centro de ossificação que se fundem durante a ontogenia. O centro de ossificação do parisfenoide está ausente, e apenas um centro de ossificação está presente para o basisfenoide. A porção posterior do crânio é formada por centros de substituição do condrocrânio que se ossificam em estágios posteriores.