Search

A series of 20 proteinogenic amino acids was studied. Four types of fractal descriptors for 2 conformational states are calculated: α-helix and 1-strand β-sheet. Based on the analysis of the results obtained, it is established that when the conformational state of the amino acids (α-helix→β-sheet) changes, significant changes in the fractal descriptor Dtot, in the calculation of which all the atoms of the molecule are used, are not observed. However, the more specific descriptors Dval, Dvdw and Dunb, which reflect the aggregate of valence-coupled, van der Waals contact and unbound atoms, respectively, are more sensitive to the conformational transition. The increase Dval, Dvdw and the decrease Dunb values were established for a series of 7 amino acids., Изучен ряд из 20 белковых аминокислот. Рассчитаны 4 типа фрактальных дескрипторов для 2-х конформационных состояний: α-спираль и одноцепочечная альфа-структура. На основе анализа полученных результатов установлено, что при изменении конформационного состояния аминокислот (α-спираль→β-структура) значимых изменений во фрактальном дескрипторе Dtot, при расчёте которого используются все атомы молекулы, не наблюдается. Однако, более специфические дескрипторы Dval, Dvdw и Dunb, которые отражают совокупность валентно связанных, находящихся в ван-дер-ваальсовом контакте и несвязанных атомов соответственно, оказываются более чувствительными к конформационному переходу. Для ряда из 7 аминокислот установлен рост величин Dval, Dvdw и падение величины Dunb.