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Submitted by Rodrigo Zeni dos Santos (rodrigo.zeni@unesp.br) on 2022-08-09T20:20:17Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Zeni_vs6.pdf: 2835746 bytes, checksum: 6832e7ce3e33e4b2b1de875b24aec13e (MD5) Rejected by Lucilene Cordeiro da Silva Messias null (lubiblio@bauru.unesp.br), reason: Favor refazer a submissão seguindo as orientações abaixo: 1 - Inserir a cópia da ata de defesa após a ficha catalográfica, pois é um elemento obrigatório Agradecemos a compreensão. on 2022-08-10T11:33:08Z (GMT) Submitted by Rodrigo Zeni dos Santos (rodrigo.zeni@unesp.br) on 2022-08-11T13:07:28Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Zeni_vs6.pdf: 2908902 bytes, checksum: 7a9439b226624a6c63936161e2814957 (MD5) Approved for entry into archive by Lucilene Cordeiro da Silva Messias null (lubiblio@bauru.unesp.br) on 2022-08-11T13:33:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santos_rz_me_bauru.pdf: 2908902 bytes, checksum: 7a9439b226624a6c63936161e2814957 (MD5) Made available in DSpace on 2022-08-11T13:33:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santos_rz_me_bauru.pdf: 2908902 bytes, checksum: 7a9439b226624a6c63936161e2814957 (MD5) Previous issue date: 2022-07-01 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Os genomas dos organismos eucariotos estão repletos de sequências de DNA repetitivos. Dentre eles, os DNAs satélites (satDNAs) constituídos em arranjos de sequências repetidas em tandem. Historicamente, técnicas distintas foram utilizadas para o isolamento e caracterização destes satDNAs, porém o advento de tecnologias de Sequenciamento de Nova Geração (NGS), possibilitou a utilização de reads curtos, que juntos a ferramentas bioinformáticas, foi decisivo para estudos que permitiram a caracterização de coleções de satDNAs (satelitomas) de uma espécie. O primeiro satelitoma caracterizado em peixes foi realizado na espécie Psalidodon paranae, com a utilização da pipeline RepeatExplorer1 e revelou uma quantidade significativa deste tipo de sequência no genoma deste organismo, incluindo várias famílias presentes no cromossomo B desta espécie. Com isso, o objetivo inicial do estudo foi utilizar de uma nova pipeline, o TAREAN, para uma reavaliação do satelitoma da espécie P. paranae e uma comparação entre diferentes pipelines usadas para a caracterização destas sequências, o que resultou em 56 novas famílias caracterizadas para esta espécie. Com o sequenciamento de seis novas bibliotecas de reads curtos de P. paranae, três indivíduos contendo cromossomo B e três indivíduos não contendo, foram apresentados dados de abundância de todo este satelitoma, com enfoque em satélites presentes no cromossomo B. Os resultados evidenciaram um satélite caracterizado por TAREAN mais abundantes que o ApaSat02, que até o atual trabalho era o segundo mais abundante da espécie, novos quatro DNAs satélites mais abundantes que o ApaSat03, além de novos satélites muito presentes nos cromossomos B da espécie, apresentando essa pipeline como um grande auxílio para a expansão dos satelitomas anteriormente caracterizados. Além disso, uma análise mais detalhada em reads longos possibilitou a estudo de como cada DNA satélite do catálogo é estruturado ao longo do genoma de Psalidodon paranae, apresentando seu tamanho médio e o valor máximo atingindo de cada arrays destes DNAs satélites, auxiliando na explicação destes possuírem ou não uma sinais a nível cromossômico e nos apontando futuros candidatos a aplicação da técnica de FISH. The genomes of eukaryotic organisms have a large number of repetitive DNA 99 sequences. Among them, the satellite DNAs (satDNAs) constitute arrays of tandem 100 repeated sequences. Historically, different techniques were used for the 101 characterization of satDNAs, the advent of Next Generation Sequencing (NGS) 102 technologies enabled the use of short reads, with bioinformatics tools, was decisive 103 for studies that allowed the characterization collections of satDNAs (satellitomes)in 104 a specie. The first fish satellitome characterized was for the species Psalidodon 105 paranae, characterized using the pipeline RepeatExplorer1 and revealed a 106 significant amount of this type of sequence in the genome of this organism, 107 including several families present in the B chromosome of this species. Thus, the 108 initial objective of this study was using a new pipeline, TAREAN, to expand the 109 satellite of the Psalidodon paranae and a comparison between different pipelines 110 used for the characterization of these sequences, which resulted in 56 new families 111 characterized for this species. We perform the sequencing of six new libraries of 112 short reads of P. paranae, three individuals containing B chromosome and three 113 individuals not containing, abundance of all this satelitome were calculated, 114 focusing on satellites present in the B chromosome. Resulting in a satellite 115 characterized by TAREAN more abundant than ApaSat02, until the current work the 116 second most abundant of this species, in addition to four others more abundant 117 than ApaSat03, and new satellites very present in the B chromosomes of the 118 species, contributing for the expansion of previously characterized satellites. In 119 addition, a detailed analysis of long reads was performed and presented the 120 average size and the maximum value reached for each array of these satellite DNAs 121 of the Psalidodon paranae species, helping to explain the chromosomal signaling of 122 these satellite DNAs. 88887.483888/2020-00

Submitted by Leonardo Moura Giglio (leonardo.moura@unesp.br) on 2022-08-15T18:10:25Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao - Leonardo Moura Giglio - final ata e ficha.pdf: 2057593 bytes, checksum: 2323dc25ea2c642f6572549b0129b124 (MD5) Approved for entry into archive by Lucilene Cordeiro da Silva Messias null (lubiblio@bauru.unesp.br) on 2022-08-16T11:34:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 giglio_lm_me_bauru.pdf: 2057593 bytes, checksum: 2323dc25ea2c642f6572549b0129b124 (MD5) Made available in DSpace on 2022-08-16T11:34:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 giglio_lm_me_bauru.pdf: 2057593 bytes, checksum: 2323dc25ea2c642f6572549b0129b124 (MD5) Previous issue date: 2022-07-01 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O genoma dos organismos eucariotos apresenta uma porção repetitiva bastante expressiva, com a classe dos DNAs satélites podendo representar grande parte do DNA nuclear e, também, contribuir para a diferença do tamanho dos genomas entre diferentes espécies. Considera-se que os DNAs satélites surgem a partir de duplicações de novo de sequências preexistentes no genoma das espécies, se disseminam, e posteriormente expandem seus arranjos, a forma em que se organizam. Esses arranjos passam por processos de homogeneização e posterior fixação de sua composição, sob o regime da evolução em concerto. Esses mecanismos evolutivos podem agir independentemente nas diferentes espécies, inclusive, agir independentemente nos diferentes arranjos dentro de um mesmo genoma, o que normalmente resulta em DNAs satélites gênero ou espécie específicos. Porém, hoje temos conhecimento de alguns casos de satélites que se mantiveram conservados em diferentes espécies distribuídas por táxons maiores, como toda uma ordem, apresentando inclusive transcrição, o que vai contra as predições da evolução em concerto em um contexto de ausência de função. Outro modelo de evolução de DNAs satélites é o da hipótese library , que prediz que grupos proximamente relacionados compartilham uma porção do conteúdo ancestral de DNAs satélites, apresentando normalmente diferenças quantitativas relativas a sua abundância no genoma. No presente estudo utilizamos a subordem dos peixes Characoidei, da ordem dos Characiformes, altamente diversa e com origem antiga, e portanto considerada ideal para verificar a existência de satélites compartilhados pelo grupo, testar a hipótese library, e analisar a ação da evolução em concerto nos satélites destas espécies. Para isto, utilizamos bibliotecas genômicas de 15 espécies de diferentes famílias da ordem dos Characiformes e realizamos análises bioinformáticas com a aplicação do TAREAN, uma ferramenta que utiliza um algoritmo de agrupamento de reads para realizar o isolamento dos DNAs satélites das espécies, além de ferramentas de montagem de novo, alinhamento e mapeamento de cópias para realizar a comparação destes satélites entre as espécies. Encontramos sete DNAs satélites presentes nas quatro superfamílias de peixes Characoidei analisadas, demonstrando o compartilhamento de satélites super conservados por toda uma subordem, o que contraria as predições da evolução em concerto, e também corroboram com a hipótese library de evolução dos DNAs satélties. The eukaryotic genomes present a very expressive repetitive portion, with the satellite DNAs class representing a great part of the nuclear DNA and, also, contributing to the differences observed in the species genome sizes. Its assumed that the satellite DNAs originate by de novo duplications in preexistent sequences in the genome, are scattered to different locations and, subsequently, expand their arrays, the way they are organized. These arrays goes through composition homogenization and fixation steps, under the concerted evolution regime. These evolutive mechanisms can act independently in each species, or even act differently in arrays of different genomic locations, and that usually results in genus- or species-specific sallite DNAs. However, today we know of some cases of satellites that have remained conserved in different species distributed over larger taxa, such as an entire order, even presenting transcription, which goes against the predictions of concerted evolution in a context of absent function. Another model of satellite DNA evolution is the library hypothesis, which predicts that closely related groups share a portion of the ancestral content of satellite DNAs, typically showing quantitative differences relative to their abundance in the genome. In the present study, we used the suborder of Characoidei fishes, from the order Characiformes, highly diverse and with ancient origin, and therefore considered ideal to verify the existence of satellites shared by the group, test the library hypothesis, and analyze the action of the concerted evolution in the satellites of these species. For this, we used genomic libraries of 15 species from different families of the Characiformes order and performed bioinformatic analyses with the application of TAREAN, a tool that uses a read clustering algorithm to isolate the species satellite DNAs, as well as de novo assembly, alignment, and copy mapping tools to compare these satellites between species. We found seven satellite DNAs present in the four analyzed Characoidei fish superfamilies, demonstrating the sharing of super conserved satellites across an entire suborder, which contradicts the predictions of concerted evolution, and also corroborates with the library hypothesis of satellite DNA evolution. CAPES: 88887.483868/2020-00

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior DNA repetitivo compõe uma porção substancial do genoma eucariótico e é importante para sua estabilidade, evolução, regulação e arquitetura. Formigas cultivadoras de fungos (subtribo Attina, clados Paleoattina e Neoattina) mostram altas taxas de rearranjos estruturais em seus genomas, com contrações e expansões gênicas, que foram necessárias para o estabelecimento de seu estilo de vida baseado em sociedades agrícolas. Processos que levaram a diversificação genômica em Attina também podem ter atuado sobre sequências repetitivas, destacando a importância do estudo do DNA repetitivo nesse grupo. Consistente com essa hipótese, dados citogenéticos em Attina mostram que sequências repetitivas heterocromáticas são ricas em GC, o que é um traço incomum em Formicidae. Assim, essa tese focou no estudo do DNA repetitivo em Attina a partir de uma abordagem citogenética molecular. Considerando que a maior parte dos estudos disponíveis envolvendo sequências repetitivas para Attina bem como para Formicidae, estão disponíveis para genes rDNA, no capítulo I dados sobre mapeamento de genes rDNA em formigas foram compilados e resultados inéditos de 13 espécies neotropicais são apresentados. Os dados mostraram que um único sítio de rDNA intracromossômico é a característica mais frequente e provavelmente ancestral em formigas, e que a localização cromossômica de clusters rDNA influencia na restrição/dispersão desses genes no cariótipo. No capítulo II, caracterizamos as espécies de Neoattina Cyphomyrmex transversus, Sericomyrmex maravalhas e Mycetomoellerius relictus, através de citogenética clássica, molecular e bandamentos. Cyphomyrmex transversus e S. maravalhas mostram cariótipos inéditos em seus respectivos gêneros. As três espécies apresentam heterocromatina rica em GC, o que reforça a hipótese de origem comum dessa heterocromatina em Attina. Dados obtidos associados a estudos prévios sugerem que um único sítio de rDNA intracromossômico é plesiomórfico em Attina e que inversões parecem ser importantes para mudar a posição desses genes no cariótipo. No capítulo III, foi produzido uma sonda C 0 t-DNA (sequências altamente e moderadamente repetitivas) de M. relictus que foi hibridizada nos cariótipos de espécies de Paleoattina e Neoattina. Os resultados indicam pelo menos cinco eventos evolutivos que levaram à diferenciação da heterocromatina rica em GC em Attina desde seu provável surgimento no ancestral da subtribo. Adicionalmente, mapeamos as sequências repetitivas (GA) 15 e (TTAGG) 6 em espécies dos dois clados que mostraram resultados mais homogêneos localizadas na eucromatina e telômeros, respectivamente. No capítulo IV, o cariótipo da formiga cortadeira Atta cephalotes foi caracterizado por citogenética clássica, bandamentos cromossômicos e mapeamento físico de diferentes sequências repetitivas (teloméricas, microssatélites e genes rDNA 18S). Atta cephalotes mostrou um cariótipo conservado em relação as demais espécies de Atta, e os possíveis fatores que influenciam essa conservação cromossômica no gênero são discutidos. Os primeiros insights sobre a diversidade e organização cromossômica de vários DNAs repetitivos são apresentados em formigas cortadeiras, úteis para estudos futuros comparativos. Os marcadores citogenéticos utilizados nesta tese em diferentes espécies de Attina indicam padrões distintos de diversificação para o DNA repetitivo localizado na heterocromatina, enquanto o DNA repetitivo da eucromatina e telômeros parece ser mais conservado na subtribo. Palavras-Chave: Formigas. Heterocromatina. Microssatélites. DNA. Telômero. Repetitive DNA constitutes a substantial portion of the eukaryotic genome and are important for its stability, evolution, regulation, and architecture. Fungus farming ants (Attina subtribe, Paleoattina and Neoattina clades) show high rates of structural rearrangements in their genomes, with gene contractions and expansions, which were necessary for the establishment of their lifestyle based on agriculture. Processes that led to genomic diversification in Attina may also have acted on repetitive sequences, highlighting the importance of studying repetitive DNA in this group. Consistent with this hypothesis, cytogenetic data in Attina show that repetitive heterochromatic sequences are rich in GC, which is an uncommon trait in Formicidae. Thus, this thesis focused on the study of repetitive DNA in Attina from a molecular cytogenetic approach. Considering that most of studies involvig repetitive sequences available for Attina as well as Formicidae are available on rDNA genes, in chapter I data on mapping rDNA genes in ants were compiled and unpublished results from 13 Neotropical species are presented. The data showed that a single intrachromosomal rDNA site is the most frequent and probably ancestral feature in ants, and that the chromosomal location of rDNA clusters influences the restriction/dispersion of these genes in the karyotype. In chapter II, we characterized the Neoattina species Cyphomyrmex transversus, Sericomyrmex maravalhas and Mycetomoellerius relictus, through classical and molecular cytogenetics, and chromosomal banding. Cyphomryemx transversus and S. maravalhas show new karyotypes in their respective genera. The three species present GC-rich heterochromatin, which reinforces the hypothesis of a common origin of this heterochromatin in Attina. Data obtained in association with previous studies suggest that a single intrachromosomal rDNA site is plesiomorphic in Attina and that inversions seem to be important to change the position of these genes in the karyotype. In chapter III, a C 0 t-DNA probe (highly and moderately repetitive sequences) from M. relictus was produced and hybridized in the karyotypes of species from Neoattina and Paleoattina clades. The results indicate at least five evolutionary events that led to the differentiation of GC-rich heterochromatin into Attina since its probable emergence in the subtribe's ancestor. Additionally, the repetitive sequences (GA) 15 and (TTAGG) 6 were mapped in species of the two clades that showed more homogeneous results located in euchromatin and telomeres, respectively. In chapter IV, the karyotype of the leaf-cutting ant Atta cephalotes was characterized by classical cytogenetics, chromosomal banding and physical mapping of different repetitive sequences (telomeric, microsatellites and 18S rDNA genes). Atta cephalotes showed a conserved karyotype in relation to other Atta species, and the possible factors that influence this chromosomal conservation in the genus are discussed. The first insights into the chromosomal diversity and organization of the various repetitive DNAs are presented in leaf- cutting ants, useful for future comparative studies. The cytogenetic markers used in this thesis in different Attina species indicate distinct patterns of diversification for the repetitive DNA located in heterochromatin while the repetitive DNA of euchromatin and telomeres seems to be more conserved in the subtribe. Keywords: Ants. Heterochromatin. Microsatelites. DNA. Telomeres.

Submitted by Beatriz Batista Trigo (beatrizbtrigo@hotmail.com) on 2022-03-31T18:52:38Z No. of bitstreams: 1 Tese-Beatriz_Batista_Trigo.pdf: 9927755 bytes, checksum: 3eaffa71b2346bc9a92980cbdda5477b (MD5) Rejected by Ederson Vasconcelos Pereira (edersonpereira@fmva.unesp.br), reason: Prezada Doutoranda Beatriz Batista Trigo: Solicito que realize as seguintes correções em sua tese: * SUMÁRIO: Atente-se para o modelo da página 19 da Normalização - Títulos dos Capítulos - Letra maiúscula. * TESE: - Incluir seções em todos os títulos ( páginas 25,26,50,51 e 63 da tese) - Vide páginas 27 e 28 da Normalização. - Inserir o Resumo/Abstract nos 2 capítulos conforme modelo da página 19 da normalização; * Títulos nas páginas 65,69 e 76; - Fonte 14; Maiúscula; Negrito; Centralizado; ( vide página 22 da Normalização) Solicito que , após as correções, submeta novamente. Atenciosamente Ederson Vasconcelos Pereira Repositório Institucional UNESP - FMVA on 2022-04-08T21:07:48Z (GMT) Submitted by Beatriz Batista Trigo (beatrizbtrigo@hotmail.com) on 2022-04-09T18:42:42Z No. of bitstreams: 1 Tese-Beatriz_Batista_Trigo.pdf: 9995879 bytes, checksum: 3085f2736ad2840f18177d9a151ba3b1 (MD5) Approved for entry into archive by Ederson Vasconcelos Pereira (edersonpereira@fmva.unesp.br) on 2022-04-13T13:03:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 trigo_bb_dr_araca_int.pdf: 9988281 bytes, checksum: 5f27ca1d8108ae27a26f3932485b052b (MD5) Made available in DSpace on 2022-04-13T13:03:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 trigo_bb_dr_araca_int.pdf: 9988281 bytes, checksum: 5f27ca1d8108ae27a26f3932485b052b (MD5) Previous issue date: 2022-02-22 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O gado zebuíno da raça Nelore (Bos indicus) é conhecido por sua fácil adaptação nos ambientes de climas tropicais e subtropicais. Uma das características fenotípicas relacionadas à essa adaptação e principalmente à tolerância à radiação ultra-violeta é o padrão de coloração da pele e da pelagem apresentado pela raça. Outras raças zebuínas também apresentam padrão de pelagem semelhante ao Nelore. Dada a potencial contribuição da variação na pelagem destes animais na adaptação dos mesmos nos climas tropicais e sub-tropicais, objetivou-se mapear variantes genéticas candidatas estruturais ou funcionais que estivessem associadas ao escurecimento da pelagem nos zebuínos. Realizando análise de associação genômica ampla (genome-wide association study – GWAS) e posterior análise de dados de sequenciamento completo foi possível encontrar uma complexa variante estrutural nas proximidades do gene da proteína sinalizadora agouti (agouti signaling protein -ASIP) a qual foi denominada de ASIP-SV1, sendo fortemente correlacionada ao escurecimento da pelagem em regiões específicas no corpo dos bovinos das raças Nelore e Brahman. A variante estrutural ASIP-SV1 também foi predita como sendo de origem B. indicus, para confirmar tal predição foram analisadas sequencias da região da variante estrutural de animais zebuínos e não-zebuínos para elucidar a segregação desta variante. Nas análises realizadas 45,3% dos zebuínos analisados apresentaram a variante estrutural enquanto que dos taurinos somente 6.3% continham a variante no gene ASIP sendo que esses taurinos eram de raças conhecidas por apresentarem introgressão zebuína em seu genoma. Concluiu-se que a variante ASIP-SV1 causa o escurecimento na pigmentação da pelagem em regiões específicas do corpo destes animais causando um aumento na produção de eumelanina, a variante se mostrou robusta e sugeriu-se que, em conjunto a outros genes, essa variação possa contribuir com a adaptação dos bovinos aos climas tropicais e sub-tropicais. Indicine Nellore cattle (Bos indicus) had as main characteristic their adaptation in tropical and subtropical climate. The pigmentation of skin and coat color are both phenotype characteristics related to its climate adaptation and heat tolerance. Several indicine breeds also had the same coat color pattern as shown by Nellore cattle. Given the potential contribution of coat color variation on their adaptation in tropical and subtropical environments the aim of the study was to map candidate genetic structure or functional variants associated with darkness of hair coat in zebu cattle. Using genome-wide association study (GWAS) and latter analysis of whole-genome sequence it was possible to identity a complex structural variant in vicinity of agouti signaling protein (ASIP) gene named as ASIP-SV1, being strongly correlated to darkness of hair coat in specific body regions of Nellore and Brahman cattle. ASIP-SV1 was also predicted to be B. indicus origin. To confirm this prediction, it was analyzed sequences from ASIP-SV1 region from indicine and non-indicine cattle to elucidate this variant segregation. It was possible to identify 45.3% from zebu animals analyzed showing ASIP-SV1 while only 6.3% from taurine animals analyzed had this structural variant. The taurine cattle with ASIP-SV1 in ASIP gene is known to had zebu introgression on their genome. It was possible to conclude that ASIP-SV1 variant cause the darkness of hair coat on specifics regions of the body of these animals increasing eumelanin production, the variant shows to be robust and results suggest that ASIP-SV1, in a set of other genes, should play a role on cattle tropical and subtropical climate adaptation. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001

Aconteceu, de novo! Ano passado, quando tive a experiência exotérica de entrevistar um boi, desafiei o bom senso, reportando isso neste mesmo espaço e expondo-me a uma justificável desconfiança sobre minha sanidade mental.

Submitted by Gabriela David (gabriela.david@unesp.br) on 2022-03-03T18:27:08Z No. of bitstreams: 1 dissertação_gabriela david.pdf: 1563300 bytes, checksum: b08e52bc4941451f43bfeb9d62732560 (MD5) Approved for entry into archive by Laudicélia Martins Arantes (lm.arantes@unesp.br) on 2022-03-03T22:20:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 david_g_me_jabo.pdf: 1611732 bytes, checksum: 2c8276993f941a4133fe21e28508017c (MD5) Made available in DSpace on 2022-03-03T22:20:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 david_g_me_jabo.pdf: 1611732 bytes, checksum: 2c8276993f941a4133fe21e28508017c (MD5) Previous issue date: 2021-12-20 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O Brasil está entre os principais produtores de carne. Animais taurinos são utilizados puros ou em cruzamentos em busca de maior produtividade e qualidade da carne e da carcaça. Entretanto, animais taurinos são mais suscetíveis à infestação por carrapatos. O Rhipicephalus microplus transmite os agentes patogênicos Anaplasma marginale, Babesia bigemina e Babesia bovis, que constituem a Tristeza Parasitária Bovina (TPB). Animais taurinos também são mais vulneráveis às infecções. Assim, além dos prejuízos causados, carrapato e babesiose bovina representam um entrave na intensificação da bovinocultura de corte. O presente estudo avaliou as características de níveis de infestação por R. microplus (Icar), por meio da contagem de carrapatos, infecção por B. bigemina (Ibig) e infecção B. bovis (Ibov), determinados por meio da técnica de Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (qPCR). Essas características são economicamente importantes e complexas e há dificuldade em selecionar animais resistentes pelo método BLUP tradicional. Foram estimados parâmetros genéticos e foi conduzido um estudo de associação genômica ampla (GWAS) para proporcionar maior entendimento da base genética dessas características, com o objetivo de auxiliar a seleção de animais resistentes. Foram realizadas análises para Icar (624 animais, n= 1246), Ibig (786 animais, n=1312) e Ibov (677 animais, n=980) utilizando 770 fêmeas genotipadas com painel de aproximadamente 150.000 marcadores do tipo SNP. Os componentes de variância foram obtidos por inferência bayesiana em um modelo tri-característica. A estimativa de herdabilidade para Icar foi de baixa magnitude (0,17), sugerindo que a seleção pelo fenótipo de contagem dos carrapatos trará respostas a longo prazo. Para Ibig e Ibov as estimativas foram próximas de zero, indicando maior influência ambiental. As repetibilidades de Icar (0,24), Ibig (0,12) e Ibov (0,12) também foram de baixa magnitude, evidenciando que as variações nos níveis de infestação e infecção podem ser atribuídas principalmente a fatores ambientais. As estimativas de correlações genética e fenotípica entre o Icar e níveis de infecção sugerem que não há relação entre níveis de infestação e infecção e a seleção para uma característica não afetaria significativamente a seleção para a outra, visto que, todas foram próximas de zero. A correlação genética entre Ibig e Ibov foi alta e negativa (-0,69). A correlação fenotípica também foi negativa (-0,10) e embora tenha apresentado valor de baixa magnitude, fortaleceu a associação inversa entre as características. Para o estudo de GWAS, foi empregado o método WssGBLUP, utilizando análises univariadas e realizando três iterações, as variâncias das soluções dos SNPs foram usadas como ponderadores. As 15 janelas com maior variação explicaram 30,84%, 54,30% e 47,63% da variância genética de Icar, Ibig e Ibov, respectivamente. Após análise funcional, diversos genes candidatos foram identificados nas 15 janelas de cada característica, contribuindo para a detecção de regiões promissoras para futuros estudos visando identificar genes diretamente envolvidos na resistência dos animais. Brazil is among the main beef producers. Taurine animals are used pure or in crossbreeding in search of greater productivity and quality of meat and carcass. However, Bos taurus taurus animals are more susceptible to tick infestation. Rhipicephalus microplus transmits the pathogens Anaplasma marginale, Babesia bigemina, and Babesia bovis, which constitute Bovine Parasiti Sadness (BPS). Taurine animals are also more vulnerable to infections. Thus, in addition to the damage caused, ticks and bovine babesiosis represent an obstacle in the intensification of beef cattle breeding. The present study evaluated the characteristics of Rhipicephalus microplus infestation level (IT), determined by tick counts, and infection levels by B. bigemina (Ibig) and Babesia bovis (Ibov), determined using the Real-Time Polymerase Chain Reaction (qPCR) technique. These traits are economically important and complex, and there is difficulty in selecting more resistant animals by the traditional method. Genetic parameters were estimated and a genome-wide association study (GWAS) was conducted to provide a further understanding of the genetic basis of these traits to aid in the selection of resistant animals. Analyses were performed for IT (624 animals, n= 1246), Ibig (786 animals, n=1312), and Ibov (677 animals, n=980) using 770 females genotyped with a panel of approximately 150,000 SNP markers. Variance components were obtained by Bayesian inference in a tri-characteristic model. The heritability estimate for IT was of low magnitude (0.17), suggesting that selection by phenotype will bring long-term responses. For Ibig and Ibov the estimates were close to zero, indicating greater environmental influence. The repeatabilities for IT (0.24), Ibig (0.12), and Ibov (0.12) were also of low magnitude, showing that the variations in the levels of infestation and infection can be attributed mainly to environmental factors. The correlation estimates between infestation and infection levels suggest that there is no relationship between them, and selection for one trait would not significantly affect selection for the other, since they were all close to zero. The genetic correlation between Ibig and Ibov was high and negative (-0.69), the phenotypic correlation was also negative (-0.10) and although it presented a low magnitude value, it strengthened the inverse association between the characteristics. For the GWAS, the WssGBLUP method was employed, using univariate analysis and performing three iterations, the variances of the SNP solutions were used as weights. The 15 windows with the highest variance explained 30.84%, 54.30%, and 47.63% of the genetic variance of IT, Ibig, and Ibov, respectively. After functional analysis, several candidate genes were identified in the 15 windows of each trait. Thus, contributing to the detection of promising regions for future studies aiming to identify genes directly involved in the resistance of animals. 88887.529051/2020-00 88887.373883/2019-00

Submitted by Gabrielle Queiroz Vacari (gabrielle.queiroz@unesp.br) on 2021-11-16T12:18:58Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_GabrielleQueirozVacari.pdf: 1459259 bytes, checksum: ea9118d0f1a22b3e6ff0bca96f3e87cc (MD5) Rejected by Laudicélia Martins Arantes (lm.arantes@unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: 1 - Segundo a CAPES (Portaria nº 206, de 4 de setembro de 2018), o agradecimento deve conter exatamente a seguinte redação: O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001. Qualquer dúvida, entre em contato com Laudicélia 016 3209 7474 ou 16 99299 6148. Agradecemos a compreensão. on 2021-11-16T12:43:16Z (GMT) Submitted by Gabrielle Queiroz Vacari (gabrielle.queiroz@unesp.br) on 2021-11-16T14:22:05Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Gabrielle_Queiroz_Vacari.pdf: 1458918 bytes, checksum: 1db2ad29d5f98d80bc121b22a61e9288 (MD5) Approved for entry into archive by Laudicélia Martins Arantes (lm.arantes@unesp.br) on 2021-11-16T16:16:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vacari_gq_me_jabo.pdf: 1458918 bytes, checksum: 1db2ad29d5f98d80bc121b22a61e9288 (MD5) Made available in DSpace on 2021-11-16T16:16:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vacari_gq_me_jabo.pdf: 1458918 bytes, checksum: 1db2ad29d5f98d80bc121b22a61e9288 (MD5) Previous issue date: 2021-09-01 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) A espécie Mazama rondoni Miranda-Ribeiro, 1914 tem sido posicionada dentro da sinonímia de Mazama nemorivaga (Cuvier, 1817), pertencendo ao grupo de veados cinzas que ocupa a região Amazônica. A classificação taxonômica de M. nemorivaga apresenta inconsistências que sugerem a presença de mais de uma espécie dentro do táxon. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo contribuir com a taxonomia do gênero Mazama, mediante a indicação de um topotipo de M. rondoni, e sua caracterização morfológica, citogenética e molecular, permitindo assim sua comparação com outros espécimes, a fim de conhecer diferenças entre eles e revisar a taxonomia do grupo. Para tanto, amostras de osso e pele foram obtidas no Museu Nacional do Rio de Janeiro do holótipo e parátipo de M. rondoni para extração e amplificação de DNA mitocondrial. Um exemplar também foi coletado na localidade tipo de M. rondoni (Vilhena-RO, Brasil) com o auxílio de caçadores locais. O topótipo foi caracterizado por técnicas de morfologia tradicional (medidas crânio-mandibulares, medidas biométricas, coloração da pele), assim como análises citogenéticas (Banda G, Banda C, coloração convencional de Giemsa, coloração Ag-NOR e FISH) e moleculares (análises filogenéticas de genes mitocondriais). Os resultados morfológicos posicionam o topótipo junto com os pequenos Mazama. O animal possui os cromossomos semelhantes ao topótipo de M.nemorivaga, porém com sistema sexual múltiplo. Por fim, os resultados da caracterização molecular, mostraram o agrupamento do topótipo de M. rondoni com exemplares da região do Amazônia ocidental (Rondônia), ajudando em um correto posicionamento do táxon para possível validação da espécie Mazama rondoni. The Mazama rondoni species has been placed as synonymy of Mazama nemorivaga. It is considered part of the gray brocket group that occupies the Amazon region. The taxonomic classification of M. nemorivaga has demonstrated inconsistencies suggesting the presence of more than one species within the taxon. Thus, the present study aimed to contribute to the taxonomy of the genus Mazama by collecting a specimen of M. rondoni in its type locality. It was performed a detail morphological, cytogenetic, and molecular characterization for comparison with other specimens of Mazama in order to evaluate the differences between them and review the taxonomy of the species. For this purpose, we extracted and amplificated mitochondrial DNA from the skull and skin tissue samples of the type series (holotype and paratypes) that were deposited in the National Museum of Rio de Janeiro. We also collected one specimen from the type locality of M. rondoni (Vilhena-RO, Brazil) with the support of local hunters. The topotype was characterized by traditional morphological techniques (craniomandibular measurements, body biometry, and skin color), cytogenetic (conventional Giemsa staining, C band, G band, Ag-NOR and FISH), and molecular (phylogenetic analysis of mitochondrial genes). Our phylogenetic tree recovered the M. rondoni topotype with other individuals of M. nemorivaga from the western Amazon region (Rondônia). We believe that our results contributes as the first step to clarify the identity of the taxon and possible validation of the Mazama rondoni species. 19/05420-4 01

Submitted by Ester Ferreira Felipe (ester.f.felipe@unesp.br) on 2021-10-18T01:07:08Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Mestrado - Ester Ferreira Felipe - Definitiva.pdf: 647852 bytes, checksum: df55b67f73b8f1b5f1c600ab9041cf93 (MD5) Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2021-10-18T12:30:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 felipe_ef_me_jabo.pdf: 704755 bytes, checksum: 63fb4485a2848eebfa8b1cbcf02e8c90 (MD5) Made available in DSpace on 2021-10-18T12:30:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 felipe_ef_me_jabo.pdf: 704755 bytes, checksum: 63fb4485a2848eebfa8b1cbcf02e8c90 (MD5) Previous issue date: 2021-08-10 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O objetivo deste trabalho foi avaliar a aplicação de diferentes modelos e testar diferentes cenários de treinamento e validação para a predição de valores genômicos para Idade à Puberdade de Machos (IPM), em bovinos da raça Nelore. O conjunto de dados utilizado pertence às fazendas participantes do Programa Nelore Brasil, da Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP), sendo dados de 11.095 animais fenotipados para IPM e 37.146 animais genotipados com o painel CLARIFIDE® Nelore 3.0 contendo 27.821 marcadores do tipo single nucleotide polymorphisms (SNP). Os efeitos dos marcadores foram estimados a partir dos dados genômicos, considerando diferentes distribuições a priori para os efeitos e variâncias dos SNPs. Os modelos estudados foram: Bayes A, Bayes B, Bayes C, Bayesian LASSO, GBLUP (Genomic Best Linear Unbiased Prediction) e ssGBLUP (single-step Genomic Best Linear Unbiased Prediction). A habilidade de predição das diferentes metodologias foi comparada testando diferentes cenários de treinamento e validação e por meio das correlações entre os pseudo-fenótipos (EBV (valor genético estimado) e Y* (fenótipo ajustado para os efeitos fixos)) e o valor genômico direto predito (DGV). Este trabalho teve como objetivo avaliar a aplicação dos modelos Bayesianos, GBLUP e ssGBLUP e testar diferentes cenários de treinamento e validação. Não houve diferença na habilidade de predição e sobretudo no viés, entre os modelos bayesianos, e estes são mais vantajosos para realizar a seleção genômica para IPM quando comparados ao GBLUP, sendo menos viesados e possuindo maior habilidade de predição. Não houve diferença na habilidade de predição entre os modelos bayesianos e o ssGBLUP, entretanto os modelos Bayes A, Bayes B e Bayes C apresentaram DGVs menos viesados. A metodologia mais adequada para predizer os valores genômicos da IPM foi a validação cruzada. The objective of this work was to evaluate the application of different models and test different training and validation scenarios for the prediction of genomic values for Age at Puberty of Males (IPM) in Nellore cattle. The data set used belongs to farms participating in the Nelore Brazil Program, of the National Association of Breeders and Researchers (ANCP), with data from 11,095 animals phenotyped for IPM and 37,146 animals genotyped with the CLARIFIDE® Nellore 3.0 panel containing 27,821 single-type markers nucleotide polymorphisms (SNP). The effects of the markers were estimated from genomic data, considering different a priori distributions for the effects and variances of the SNPs. The models studied were: Bayes A, Bayes B, Bayes C, Bayesian LASSO, GBLUP (Genomic Best Linear Unbiased Prediction) and ssGBLUP (single-step Genomic Best Linear Unbiased Prediction). The predictive ability of the different methodologies was compared by testing different training and validation scenarios and through the correlations between the pseudo-phenotypes (EBV (estimated breeding value) and Y* (phenotype adjusted for fixed effects)) and the direct genomic value predicted (DGV). This work aimed to evaluate the application of Bayesian, GBLUP and ssGBLUP models and test different training and validation scenarios. There was no difference in prediction ability, and especially in bias, between Bayesian models, and these are more advantageous to perform genomic selection for IPM when compared to GBLUP, being less biased and having greater predictive ability. There was no difference in prediction ability between the Bayesian models and the ssGBLUP, however the Bayes A, Bayes B and Bayes C models presented less biased DGVs. The most adequate methodology to predict IPM genomic values was cross-validation. CAPES: 001

Submitted by Larissa Graciano Braga (larissa.graciano@unesp.br) on 2021-09-11T00:29:21Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao-final.pdf: 1556433 bytes, checksum: d93aa60e88f2faf7218d994a5811d2d7 (MD5) Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2021-09-16T21:59:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 braga_lg_me_jabo.pdf: 1619359 bytes, checksum: 35a83aea524bea582f12de2d0c374497 (MD5) Made available in DSpace on 2021-09-16T21:59:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 braga_lg_me_jabo.pdf: 1619359 bytes, checksum: 35a83aea524bea582f12de2d0c374497 (MD5) Previous issue date: 2021-07-23 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O Gir Leiteiro resulta da seleção fenotípica de animais da raça zebuína Gir com maior aptidão para produção de leite. Esses animais possuem tolerância ao calor, às doenças e aos parasitas tropicais. Essas características adaptativas tornam o Gir Leiteiro um recurso genético importante para a produção de leite nos trópicos. O estudo e caracterização de variantes estruturais (SV) do DNA desses indivíduos relacionadas a características adaptativas, de sanidade e produtivas são de interesse para o melhoramento genético da raça. Um exemplo de variações estruturais estudadas é a variação no número de cópias (CNV), que compreende deleção ou duplicação de um segmento de DNA em relação ao genoma referência. Esse tipo de SV envolve muitos pares de bases, sendo capaz de alterar a expressão gênica e de ocasionar alterações fenotípicas. Os objetivos deste trabalho foram: (1) detectar CNV no genoma de bovinos Gir Leiteiro; (2) identificar regiões de CNV (CNVR) de alta confiabilidade; (3) determinar as regiões genômicas em que ocorrem as CNV que coincidem com regiões de interesse, tais como genes e “Quantitative trait loci” (QTL) previamente relacionados às características de sanidade, reprodução e produção de leite; (4) categorizar funcionalmente os genes sobrepostos às CNV e identificar as vias biológicas enriquecidas. Após o controle de qualidade, dados de intensidade de sinal de genotipagem de SNP (polimorfismo de nucleotídeo único) provenientes do ensaio Bovine HD SNPChip de 545 indivíduos e dados oriundos de sequenciamento de genoma completo de 38 touros foram utilizados para a detecção de CNV. Ao total, 547 animais foram utilizados, dos quais 36 possuíam informação de painel de SNP e sequenciamento. Para a identificação das CNV nos dados de genotipagem foi utilizado o modelo oculto de Markov por meio do programa PennCNV e, nos dados de sequenciamento, foram utilizadas as metodologias de “Read Depth”, por meio do programa CNVnator e, “Split-Read” e “Read Pair”, pelo programa DELLY. O genoma referência ARS_UCD1.2 foi utilizado para o alinhamento das amostras de sequenciamento e para o mapa de SNP. Dois conjuntos de regiões de CNV (CNVR) de alta confiança foram definidos, contendo variantes encontradas nos dados de painéis de SNP e de sequenciamento. Esses conjuntos foram relativos às CNVR presentes em, no mínimo, 5% da população estudada (CNVR_POP) e aos indivíduos representativos da população Gir Leiteiro (CNVR_ANI). No conjunto CNVR_POP, foram encontradas dez CNVR, que representam 1,04 Mb do genoma bovino. No conjunto CNVR_ANI, foram encontradas 45 CNVR, que somadas representam mais de 4,4 Mb do genoma bovino. Os dois conjuntos de CNVR de alta confiança foram unidos para análise funcional resultando em 48 CNVR únicas e de alta confiança. Essas se sobrepuseram a 69 genes, incluindo FILIP1, SENP6, CA5A, BANP, HERC2, RHOU, GBP2, GBP4, GBP6, BLA-DQB, ENSBTAG00000037605 e genes de receptores olfativos. Na análise de enriquecimento, dois termos de Gene Ontology (GO) (FDR

Dissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2021. Embrapa Cenargem/MAPA e Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). O Brasil conta com diversas raças de animais domésticos de variadas espécies, dentre elas, os cavalos (Equus caballus). Utilizando marcadores SNPs (Polimorfismos de Nucleotídeo Único), é possível gerar uma grande quantidade de informações genotípicas em pouco tempo e com alta taxa de repetibilidade e confiabilidade. Amostras de sangue de 285 cavalos de 8 raças naturalizadas (Baixadeira, Lavradeira, Marajoara, Puruca, Campeira, Crioula, Mangalarga Marchador e Pantaneira) e 2 exóticas coletadas no Brasil (Árabe e Puro Sangue Inglês) foram analisadas, visando a identificação da existência e caracterização da estrutura e composição genética dentro e entre raças localmente adaptadas de equinos e seus possíveis fundadores. A estes animais, foram agregados dados genotípicos de 165 amostras de 7 raças exóticas, com o objetivo de correlacionar e comparar com as raças naturalizadas brasileiras. Com base nos dados genotípicos do GGP Equine SNP70 BeadChip (Geneseek-Neogen, 65.157 SNPs), estimamos os parâmetros básicos de diversidade, distância genética (FST e Nei), análise de componentes principais (PCA), análise de variância molecular (AMOVA) e análise de estrutura populacional (ADMIXTURE). Dentre as raças de equinos naturalizadas brasileiras, o Pantaneiro chama a atenção, devido a suas características adaptativas. O Pantaneiro foi utilizado como modelo estudo de caso de raça naturalizada brasileira para avaliar a caracterização, estrutura e diversidade genética, assim como sua distribuição. Amostras de sangue de 116 cavalos Pantaneiros foram divididas em populações com base em seus locais de coleta e analisadas objetivando a identificação de existência e caracterização da estrutura genética dentro e entre si. Foi feita a comparação entre as populações para melhor elucidar questões de variabilidade genética e diferenciação, assim como avaliar o impacto das barreiras geográficas do Pantanal no fluxo gênico entre as populações. Foi realizado o Teste de Mantel, visando investigar a correlação entre a distância genética e geográfica das populações. O painel de marcadores utilizado no presente estudo se mostrou eficiente na elucidação da caracterização e estrutura genética dentro e entre as raças naturalizadas brasileiras analisadas e seus possíveis fundadores. Não foi observada correlação entre distância geográfica e genética nas análises envolvendo os Pantaneiros, indicando que as barreiras apresentadas pelo ecossistema do Pantanal não impedem o fluxo gênico entre as populações. Além disso, os resultados encontrados podem, potencialmente, ser utilizados na otimização de programas de conservação dessas raças, além de ajudar a traçar uma estratégia de implementação das mesmas em programas de melhoramento de raças comerciais de equinos mundialmente difundidas. A diverse number of livestock animal breeds from different species can be found in Brazil, including horses (Equus caballus) among them. With the use of SNPs markers (Single Nucleotide Polymorphism), it is possible to generate a great amount of genotypic information in a short period of time and with a high rate of repeatability and reliability. Blood samples from 285 horses belonging to 8 naturalized breeds (Baixadeiro, Lavradeiro, Marajoara, Puruca, Campeiro, Crioulo, Mangalarga Marchador and Pantaneiro) and 2 exotic breeds sampled in Brazil (Arabian and English Thoroughbred) were analyzed, aiming to identify the existence and characterize the genetic structure and composition within and between locally adapted horse breeds and their possible founders. Genotypic data from 165 animals belonging to 7 exotic breeds were used aiming to compare and correlate to Brazilian naturalized horse breeds. Data from the GGP Equine BeadChip (Geneseek-Neogen, 65.157 SNPs) was used to assess basic diversity parameters, genetic distance (FST and Nei), Principal Component Analysis (PCA), Analysis of Molecular Variance (AMOVA) and population structure (ADMIXTURE) for the sampled animals. Among the Brazilian equine naturalized breeds, the Pantaneiro stands out due to its adaptative traits. For that reason, the Pantaneiro breed was used as a study model of Brazilian naturalized breed to assess genetic characterization, structure and diversity, as well as distribution. Blood samples from 116 Pantaneiro horses were divided into populations based on their sampling location and analyzed aiming to identify the existence and characterize the genetic structure within and between them. The populations were compared to better understand the genetic variability and differentiation, as well as to assess the impact of Pantanal’s geographic barriers on gene flow between populations. Mantel test was performed aiming to investigate the correlation between genetic and geographic distances between the populations. The marker panel used in this study was efficient in helping elucidate the genetic characterization and structure of the analyzed locally adapted horse breeds in Brazil, as well as their possible founders. No correlation between genetic and geographic distances was observed, indicating that the environment’s barriers do not hinder the gene flow between the suggested populations. Low genetic distance and similar heterozygosity values were observed, suggesting strong genetic proximity and low differentiation between the suggested populations. The results obtained in this study can, potentially, be used in the optimization of conservation programs for these naturalized Brazilian breeds, as well as in helping to strategize their implementation in breeding programs for other commercial and worldwide spread horse breeds.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2022-11-30T15:55:22Z No. of bitstreams: 1 Maria das Dores Silva Araujo.pdf: 1253751 bytes, checksum: 65744772f8fec2be34a2dc58feacf878 (MD5) Made available in DSpace on 2022-11-30T15:55:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria das Dores Silva Araujo.pdf: 1253751 bytes, checksum: 65744772f8fec2be34a2dc58feacf878 (MD5) Previous issue date: 2021-05-05 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES The climate acts directly on farm animals, which when exposed to extreme conditions, such as those observed in semi-arid regions, become extremely susceptible to a permanent state of thermal stress and trigger physiological changes in adaptation that compromise the productive performance of the animal, as well as the profitability of the activity. The economic efficiency of dairy cattle is linked to the use of animals that have performance characteristics in terms of well-being, health and longevity. In such a way that the genetic evaluations are configured as modern tools of selection, that provide precise information on these characteristics. In this context, this study aimed to verify the influence of environmental conditions on the thermal adaptability, production, composition and milk quality of Holstein cows from the semi-arid region, in addition to identifying the genetic profile of the females through the values of GPTAs, examining the presence of haplotypes for genetic diseases of dairy cattle. Fifty Holstein cows belonging to the Agronomic Institute of Pernambuco (IPA) / São Bento do Una Experimental Station were used. The techniques used proved to be useful and allowed to establish the degree of influence of the thermal environment with respect to the characteristics evaluated, suggesting adaptation of the animals to the environment and demonstrating supremacy in the characteristics of production and quality of milk. The studied herd showed a genetic profile of great breeding potential for the productive characteristics, showing good correlations between the GPTAs of milk and solids production with the conformation and reproduction characteristics. Females carrying haplotypes for genetic diseases were identified, this information can be used as a selection criterion in order to reduce transmission to future generations. It is noticeable the need to adapt and develop technologies that provide significant improvements for dairy cattle, considering the welfare of the animals, the quality of the products and the profitability of the chain O clima atua de forma direta sobre os animais de produção, que quando expostos às condições extremas como as observadas em regiões semiáridas, se tornam extremamente suscetíveis a um estado permanente de estresse térmico e desencadeiam alterações fisiológicas de adaptação que comprometem o desempenho produtivo do animal, assim como a rentabilidade da atividade. A eficiência econômica da bovinocultura leiteira está atrelada à utilização de animais que apresentem características de desempenho quanto ao bem-estar, saúde e longevidade. De forma que as avaliações genéticas se configuram como ferramentas modernas de seleção, que fornecem informações precisas sobre essas características. Nesse contexto, este estudo teve como objetivo verificar a influência das condições ambientais na adaptabilidade térmica, produção, composição e qualidade do leite de vacas holandesas em região semiárida, além de identificar o perfil genético das fêmeas por meio dos valores de GPTAs, examinando a presença de haplótipos para doenças genéticas da bovinocultura de leite. Foram utilizadas 50 vacas Holandesas pertencentes ao Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA) / Estação Experimental de São Bento do Una. As técnicas utilizadas mostraram-se úteis e permitiram estabelecer o grau de influência do ambiente térmico no tocante às características avaliadas, sugerindo adaptação dos animais ao ambiente e demonstrando supremacia nas características de produção e qualidade do leite. O rebanho estudado demonstrou perfil genético de grande potencial melhorador para as características produtivas, apresentando boas correlações entre as GPTAs de produção de leite e sólidos com as características de conformação e reprodução. Foram identificadas fêmeas portadoras de haplótipos para doenças genéticas, estas informações poderão ser utilizadas como critério de seleção a fim de reduzir a transmissão às gerações futuras. É perceptível a necessidade de adaptar e desenvolver tecnologias que proporcionem melhorias significativas para a bovinocultura de leite, considerando o bem-estar dos animais, a qualidade dos produtos e a lucratividade da cadeia.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior A família Apidae engloba cerca de 20.000 espécies descritas no mundo. Destas, em torno de 200 espécies já foram cariotipadas e sabe-se o tamanho de genoma de apenas 70. A maioria destes estudos são focados na tribo Meliponini, conhecidas como abelhas sem ferrão. Nessa tribo, o número cromossômico varia de n=8 até n=17 na região neotropical, sendo possível reconhecer três grupos: n=9, n=15 e n=17. Os objetivos desta tese foram: (i) fazer uma revisão dos estudos citogenéticos publicados com abelhas e construir um domínio online para que os dados fiquem disponíveis permanentemente; (ii) isolar sequências altamente repetitivas em duas espécies do gênero Melipona para entender os padrões de crescimento e acumulação de heterocromatina neste gênero; (iii) entender como o número cromossômico e o tamanho do genoma influenciaram a evolução cariotípica das abelhas sem ferrão; (iv) identificar os rearranjos cromossômicos que ocorreram durante a evolução cariotípica da tribo Meliponini através da citogenética molecular. Como resultados, (i) o site www.bees.ufop.br foi criado, possibilitando fácil acesso a pesquisadores interessados em grupos específicos, bem como na identificação de padrões gerais para toda a família Apidae, mostrando os avanços da citogenética de abelhas no último século. (ii) O isolamento das sequências altamente repetitivas em espécies do gênero Melipona, através da técnica de c 0 t-1, indicaram a independência do crescimento da heterocromatina nos subgêneros Michmelia e Melikerria e, ainda, possibilitou a inferência da origem dos cromossomos B por hibridização interespecífica em Melipona quinquefasciata. Um possível cenário para o crescimento da heterocromatina neste gênero foi hipotetizado. (iii) Através da coleta de representantes dos três grupos de Meliponini neotropical foi possível abranger a variação de número diploide de n=8 até n=17, e uma variação do tamanho de genoma de 1C=0,31 pg até 1C=0,92 pg. Esses dados foram combinados à filogenia existente da tribo e foram usados para inferir a importância das fusões Robertsonianas que levaram à diminuição do número cromossômico durante a evolução do clado Meliponini neotropical. (iv) Os marcadores microssatélites confirmaram a importância das fusões Robertsonianas na evolução do clado Meliponini neotropical a partir de um possível ancestral n=15 na separação do grupo 1 e n=17 na separação dos grupos 2 e 3. Conclui-se, também, que o aumento do número de regiões 18S rDNA e a diminuição donúmero cromossômico se deu de maneira independente entre os gêneros, e que o microssatélite (TTAGG) 6 constitui a sequência telomérica das abelhas sem ferrão. Palavras-chave: Abelhas. C 0 t-1. Caracterização da cromatina. FISH. Sequências repetitivas. Tamanho de genoma nuclear. The Apidae family encompasses around 20,000 described species worldwide. Of which, about 200 species have been studied with cytogenetic techniques, and the genome sizes are known for only 70. Most of these studies are focused on the Meliponini tribe, commonly referred as stingless bees. In this tribe, chromosome number vary from n=8 to n=17 in the neotropical region, with the recognition of three groups: n=9, n=15, and n=17. The goals of this theses were: (i) to revise the cytogenetic studies published with bees and create an online platform to display the data permanently; (ii) to isolate highly repetitive sequences in two Melipona species in order to understand the heterochromatin growth accumulation patterns in this genus; (iii) to understand how chromosome number and genome size influenced the karyotypic evolution of the stingless bees; (iv) to identify the chromosomal rearrangements that occurred during the karyotypic evolution of the Meliponini tribe trough molecular cytogenetics. The results were: (i) the website www.bees.ufop.br was created allowing access to researchers interested in specific bee groups, or in general patterns of the Apidae family, showing the advances in the field of bee cytogenetics in the last century. (ii) The highly repetitive sequences, isolated through c 0 t-1 technique in the genus Melipona, indicated the independent heterochromatin growth between Michmelia and Melikerria subgenera and, also, the interspecific hybridization hypotheses of the origin of Melipona quinquefasciata B chromosomes. A possible scenario that led to this heterochromatin growth in the genus was hypothesized. (iii) The sampling of representative species of the three neotropical Meliponini groups covered the diploid number variation from n=8 to n=17 and genome size variation from 1C=0.31 pg to 1C=0.92 pg. These data were combined to the existent phylogenetic tree of the tribe and were useful to infer the importance of the Robertsonian fusions that resulted in the decrease in chromosome number during the karyotype evolution of the neotropical Meliponini clade. (iv) The microsatellite markers confirmed the importance of the Robertsonian fusions in the Meliponini karyotype evolution from a putative ancestral of n=15 in the split of group 1 and n=17 in the split of groups 2 and 3. The decrease in the diploid number and the increase in the 18S rDNA occurred independently between genera, and the microsatellite (TTAGG) 6 constitute the telomeric sequence of the stingless bees.Keywords: Bees. C 0 t-1. Chromatin characterization. FISH. Repetitive sequences. Nuclear genome size.

Orientador: Prof. Rodrigo de Almeida Teixeira Coorientadora: Prof.ª Laila Talarico Dias Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Zootecnia. Defesa : Curitiba, 18/03/2021 Inclui referências Resumo: A tese teve como objetivos: (I) determinar modelos adequados que expliquem a curva de lactação e porcentagens de sólidos nas três primeiras lactações de vacas Holandesas, (II) avaliar como os efeitos de região, estação do parto e ordem de lactação interagem de maneira a alterar a curva de lactação em vacas da raça Holandesa, (III) estimar os parâmetros genéticos para as características da curva de lactação e avaliação da persistência de lactação empregando modelos de regressão aleatória em vacas da raça Holandesa, (IV) estimar a associação genética entre a produção de leite e características de fertilidade em vacas primíparas da raça Holandesa e (V) estimar a associação genética entre a relação gordura:proteína, produção de leite e fertilidade em animais da raça Holandesa e estimar as curvas de relação gordura:proteína em vacas categorizadas como acidose ruminal e cetose subclínica. Foram utilizados dados do serviço de controle leiteiro da Associação Paranaense de criadores de bovinos da raça Holandesa (APCBRH) referentes ao período entre 2010 e 2019. No capítulo I foram utilizados 11 modelos e ajustados separadamente à cada lactação (1ª, 2ª e 3ª lactação) pelo procedimento NLIN do programa SAS, depois comparados com base em diferentes medidas de qualidade de ajuste. Constatou-se que o melhor modelo segundo os critérios de ajuste foi o de Wood (1967), Rook (1993) e Wilmink (1987) para produção de leite, enquanto para as características de sólidos os melhores modelos foram o Rook (1993) e Dijkstra (1997). De maneira geral, o modelo Papajcsik e Bodero (1988) proporcionou o pior ajuste para todas as características. No capítulo II as curvas de lactação foram estimadas pelo modelo Wood (1967) de acordo com ordem de lactação, região e estação de parto. E por meio do procedimento GLM do SAS, avaliou-se a influência dos fatores ambientais sobre os parâmetros da curva de lactação (produção inicial (PI), tempo ao pico (TP), produção no pico (PP) e persistência (PER)) e a produção de leite estimada (L305). Os resultados indicaram que o formato da curva de lactação é dependente dos fatores ambientais, mostrando que os fatores ambientais influenciaram significativamente nos parâmetros da curva de lactação. No capítulo III a primeira parte os parâmetros genéticos para as características das curvas de lactação (PI, TP, PP e PER) e produção de leite estimada (L305) foram estimados em análises unicaracterística e bicaracterística. As herdabilidades foram de baixa magnitude (0,05 a 0,10), exceto para a PP (0,33). As correlações genéticas entre as características da curva de lactação foram de moderada a alta magnitude, variando de -0,35 a 0,99, e estas com o L305 foram todas positivas e de moderada a alta magnitude (0,38 a 0,86). Na segunda parte para as seis medidas de persistência os parâmetros genéticos foram estimados com um modelo de regressão aleatória utilizando o software GIBBS2F90. De modo geral entre as características da curva de lactação sugere que a PP como critério de seleção, e entre as medidas de persistências, a PS3 e PS4 são ideais para análise de persistência. No capítulo IV os parâmetros genéticos foram estimados com um modelo de regressão aleatória, utilizado o software Gibbs2f90. A herdabilidade para as PLDC foram de baixa a moderada magnitude (0,16 a 0,23), enquanto que para as características de fertilidade foram de baixa magnitude (0,04 a 0,07). A correlação genética entre a PLDC e as características de fertilidades foram positivas. Em geral, os resultados indicam que as PLDC são herdáveis e podem ser usadas como critério de seleção, enquanto que para as características de fertilidade, o melhoramento genético pode ser demorado e lento através da seleção direta. Além disso, a seleção para o aumento da produção de leite pode prolongar os dias do parto até a primeira inseminação, dias do parto até a inseminação com sucesso e intervalo de partos. No capítulo V os distúrbios metabólicos (acidose ruminal e cetose subclínica) foram avaliados com base na RGP e os parâmetros genéticos foram estimados com um modelo de regressão aleatória. Em geral, os resultados mostraram que 17,81%, das vacas estavam com algum nível de acidose ruminal (RGP < 1,0) e 8,42% com cetose subclínica (RGP ? 1,5), mas a maior parte permaneceu dentro da faixa ideal. A herdabilidade para RGP variou entre 0,17 e 0,27, e a correlação genética com a PLDC foi negativa ao longo da lactação, enquanto que as correlações genéticas com as características de fertilidades foram positivas no início da lactação e negativas no final da lactação (exceto com a PP1C). Além disso, os resultados indicaram que a RGP é uma característica herdável, animais geneticamente com menor RGP no terço inicial e final da lactação é desejável para a PLDC, por outro lado é indesejável para as características de fertilidade. Palavras-chave: Curvas de Lactação, Persistência, Regressão Aleatória, Relação Gordura:Proteína. Abstract: The thesis aim was: (I) determine appropriate models that explain the lactation curve and percentages of solids in the first three lactations of Holstein cows, (II) to evaluate how the effects of region, calving season and lactation order interact in order to alter the lactation curve in Holstein cows, (III) to estimate the genetic parameters for the traits of lactation curve and evaluation of persistence of lactation using random regression models in Holstein cows, (IV) to estimate the genetic association between milk production and fertility traits in primiparous Holstein cows and (V) to estimate the genetic association between the fat:protein ratio, and milk production and fertility in Holstein cows, and estimate the fat:protein ratio curves in cows categorized as ruminal acidosis and subclinical ketosis. Data from the dairy control service of the Paraná Holstein Breeders Association (APCBRH) from 2010 to 2019 were used. In Chapter I, 11 models were used and adjusted for each lactation (1st, 2nd and 3rd lactation) by the NLIN procedure of the SAS program, then compared based on different measures of fit quality. It was found that the best model according to the adjustment criteria was that of Wood (1967), Rook (1993) and Wilmink (1987) milk production, while for the traits of solids the best models were Rook (1993) and Dijkstra (1997). In general, the Papajcsik and Bodero (1988) model provided the worst fit for all traits. In chapter II, the lactation curves were estimated by the Wood model (1967) according to the lactation order, region and calving season. And through the SAS GLM procedure, the influence of environmental factors on the parameters of the lactation curve (initial milk production (PI), time in days to reach the peak of lactation (TP), Production at the peak of lactation (PP) and persistence (PER)) was evaluated and the estimated milk production (L305).The results indicated that the shape of the lactation curve is dependent on environmental factors, showing that environmental factors significantly influenced all parameters of the lactation curve. In Chapter III the first part, the genetic parameters for the traits of the lactation curves (PI, TP, PP and PER) and estimated milk production (L305) were estimated in univariate and bivariate analyzes. Heritabilities were of low magnitude (0.05 to 0.10), except for PP (0.33). The genetic correlations between the traits of the lactation curve were moderate to high magnitude, ranging from -0.35 to 0.99, and these with L305 were all positive and from moderate to high magnitude (0.38 to 0.86). In the second part for the six persistence measures, the genetic parameters were estimated with a random regression model using the GIBBS2F90 software. In general, among the traits of the lactation curve, it suggests that PP as a selection criterion, and among persistence measures, PS3 and PS4 are ideal for persistence analysis. In chapter IV the genetic parameters were estimated with a random regression model, using the Gibbs2f90 software. Heritability for PLDCs was low to moderate magnitude (0.16 to 0.23), while for fertility traits they were low (0.04 to 0.07). The genetic correlation between PLDC and fertility traits was positive. In general, the results indicate that PLDC are inheritable and can be used as a selection criterion, whereas for fertility traits, genetic improvement can be slow and slow through direct selection. In addition, selection for increased milk production can extend calving days until the first insemination, calving days until successful insemination and the calving interval. In chapter V metabolic disorders (ruminal acidosis and subclinical ketosis) were assessed based on RGP and genetic parameters were estimated using a random regression model. In general, the results showed that 17.81% of the cows had some level of ruminal acidosis (RGP

Submitted by Maria Aparecida (cidazen@gmail.com) on 2022-12-12T13:49:02Z No. of bitstreams: 1 Tatiana Maria Barreto de Freitasvec.pdf: 29171056 bytes, checksum: 6ca7256895b600c8e391d280ecbd25dd (MD5) Made available in DSpace on 2022-12-12T13:49:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tatiana Maria Barreto de Freitasvec.pdf: 29171056 bytes, checksum: 6ca7256895b600c8e391d280ecbd25dd (MD5) Previous issue date: 2020-12-16 FAPEMA The genus Scinax Wagler, 1830, belonging to the subfamily Scinaxinae, family Hylidae, is represented by 126 species that occupy areas from Mexico, Argentina and Uruguay, including Trinidad, Tobago and Santa Lucia. Resulting from high morphological conservation and the continuous discovery of new non-originated species, the genus is currently considered a taxonomic problem. A species of Scinax constrictus was found as a distinct species from Scinax nebulosus, however without much morphological evidence. Thus, we investigated the taxonomic status of populations identified as Scinax nebulosus and Scinax constrictus, through the phylogenetic analysis of the genus Scinax. Phylogenetic analysis can show us that Scinax remains with its monophyletic characteristic maintained in all analyzed markers and in all analyzes. The genetic validity of S. constrictus and S. nebulosus was also recovered with a high support value. The genetic distances obtained in the three markers indicate that S. constrictus and S. nebulosus are distinct species. Molecular analyzes helped to differentiate populations diagnosed as S. constrictus and S. nebulosus, despite the morphological similarities of both species. Furthermore, we can suggest, through genetic divergence analyzes, that S. nebulosus may present itself as a group of cryptic species due to the genetic characteristics found. The existence of a mosaic of heterogeneous habitats may explain the genetic divergence found, which justifies the existence of cryptic species in this group. O gênero Scinax Wagler, 1830, pertencente à subfamília Scinaxinae, família Hylidae é representado por 126 espécies descritas que ocupam áreas desde o México, Argentina e Uruguai, incluindo ainda Trinidade, Tobago e Santa Lucia. Devido à alta conservação morfológica e a contínua descoberta de novas espécies não descritas, o gênero atualmente é considerado um problema taxonômico. A espécie Scinax constrictus foi descrita como espécie distinta de Scinax nebulosus, porém sem muitas evidências morfológicas. Com isso, investigamos o status taxonômico de populações atualmente identificadas como Scinax nebulosus e Scinax constrictus, através da análise filogenética do gênero Scinax. A análise filogenética pode nos mostrar que Scinax permanece com sua característica monofilética mantida em todos os marcadores analisados e em todas as análises. A validade genética de S. constrictus e S. nebulosus também foi recuperada com valor de suporte elevado. As distâncias genéticas obtidas nos três marcadores indicam que S. constrictus e S. nebulosus são espécies distintas. As análises moleculares ajudaram na diferenciação de populações diagnosticadas como S. constrictus e S. nebulosus, apesar das semelhanças morfológicas de ambas as espécies. Além disso podemos sugerir através de análises de divergência genética sugerir que S. nebulosus pode se apresentar como um grupo de espécies crípticas devido às características genéticas encontradas. A existência de um mosaico de habitats heterogêneos pode explicar a divergência genética encontrada, o que justifica a existência de espécies crípticas neste grupo.

Submitted by Maria Aparecida (cidazen@gmail.com) on 2022-12-06T14:58:56Z No. of bitstreams: 1 ERICK CRISTOFORE GUIMARÃESvec.pdf: 58201904 bytes, checksum: d1caa9012f09e7bf97c4cf96c1d9a4b8 (MD5) Made available in DSpace on 2022-12-06T14:58:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ERICK CRISTOFORE GUIMARÃESvec.pdf: 58201904 bytes, checksum: d1caa9012f09e7bf97c4cf96c1d9a4b8 (MD5) Previous issue date: 2020-10-02 FAPEMA The Order Characiformes is one of the components of the aquatic fauna with the largest number of species, with approximately 3,700 valid species formed by four African and 20 Neotropical families. Among the Characiformes, the Characidae Family is the most diverse and problematic in taxonomic suits, with about 1,200 species (representing approximately 58% of the species among Characiformes), and the fourth most diverse family of fish, after Cyprinidae, Cichlidae and Gobiidae. Within the Characidae family, Hyphessobrycon is a good example of a problematic group, where relations within species of this genus are still somewhat inconclusive. Hyphessobrycon is one of the richest genera in species of Characidae, currently comprising approximately 160 valid species. They are widely distributed along the hydrographic basins of the Neotropical region, from southern Mexico to the Río de la Plata basin in northeastern Argentina. One way to overcome the confusing taxonomy of problem groups, to be precise in identifying species and to estimate diversity of species groups is to use operational criteria for species delimitation. The improvement of the systematic, taxonomic and distribution knowledge of the ichthyofauna is of fundamental relevance in the current context of Brazilian development, mainly for the field of species conservation. Natural environments suffer from the accelerated destruction and consequent extinction and loss of known species and even species not yet known to science. Therefore, the main objective of this project is to expand the taxonomic knowledge regarding the species and populations of the Hyphessobrycon clade “rosy tetra” that occur in the Western Northeast Atlantic hydrographic region and adjacent drainages based on different and independent species delimitation methods, in addition to use this data to make taxonomic decisions about the group. A Ordem Characiformes é um dos componentes da fauna aquática com o maior número de espécies, com aproximadamente 3.700 espécies válidas formada por quatro famílias africanas e 20 neotropicais. Dentre os Characiformes, a Família Characidae e a mais diversa e problemática em ternos taxonômicos, com cerca de 1.200 espécies (representando aproximadamente 58% das espécies entre os Characiformes), e a quarta família mais diversa de peixes, após Cyprinidae, Cichlidae e Gobiidae. Dentro da família Characidae, Hyphessobrycon é um bom exemplo de grupo problemático, onde as relações dentro das espécies desse gênero se apresentam ainda um tanto inconclusivas. Hyphessobrycon é um dos gêneros mais ricos em espécies de Characidae, atualmente compreendendo aproximadamente 160 espécies válidas. São amplamente distribuídos ao longo das bacias hidrográficas da região Neotropical, do sul do México até bacia do rio da Prata no nordeste da Argentina. Uma maneira de superar a taxonomia confusa de grupos problemáticos, ter precisão na identificação de espécies e estimativas de diversidade de grupos de espécies é usar critérios operacionais para delimitação de espécies. O aprimoramento do conhecimento sistemático, taxonômico e de distribuição da Ictiofauna é de fundamental relevância no contexto atual do desenvolvimento brasileiro, principalmente para o campo da conservação das espécies. Os ambientes naturais sofrem com a acelerada destruição e consequente extinção e perda de espécies conhecidas e até mesmo de espécies ainda não conhecidas para a ciência. Sendo assim, o objetivo principal deste projeto é ampliar o conhecimento taxonômico referente às espécies e populações do clado Hyphessobrycon “rosy tetra” que ocorrem na região hidrográfica Atlântico Nordeste Ocidental e drenagens adjacentes com base em diferentes e independentes métodos de delimitação de espécies, além de utilizar esses dados para tomar decisões taxonômicas sobre o grupo.

Submitted by Záfia Cristina Pottmaier Caetano (zafiacp@hotmail.com) on 2020-10-21T22:02:23Z No. of bitstreams: 1 DissertaçãoZáfiaVersãoDefinitiva.pdf: 1172791 bytes, checksum: a4081065d5328422aa2bc1b02ca15802 (MD5) Approved for entry into archive by Laudicélia Martins Arantes (lm.arantes@unesp.br) on 2020-10-22T02:26:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 caetano_zcp_me_jabo.pdf: 1172791 bytes, checksum: a4081065d5328422aa2bc1b02ca15802 (MD5) Made available in DSpace on 2020-10-22T02:26:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 caetano_zcp_me_jabo.pdf: 1172791 bytes, checksum: a4081065d5328422aa2bc1b02ca15802 (MD5) Previous issue date: 2020-09-21 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) RESUMO- O cruzamento entre raças é uma estratégia de melhoramento importante, pois permite explorar as diferenças genéticas entre as raças e adequar o tipo de animal ao ambiente. Contudo, é necessário que se estimem efeitos aditivos e não-aditivos de raças sobre características de produção nas populações de animais cruzados, tanto para delinear programas de cruzamento entre raças como para a obtenção de parâmetros genéticos e valores genéticos de animais no processo de seleção. Este trabalho teve o objetivo de avaliar efeitos genéticos sobre características de crescimento pré-desmama de animais provenientes do cruzamento entre raças bovinas de corte. Foram utilizados dados de pesos ao nascimento (PN) e à desmama (PD) e ganho de peso do nascimento à desmama (GDP) de animais Nelore e de vários grupos genéticos cruzados envolvendo a raça Nelore (Zb) e raças taurinas britânicas (Tb; Angus e Hereford), continentais (Tc; Charolesa, Limousin, Pardo Suíço tipo carne e Simental) e adaptadas (Ta; Bonsmara e Senepol), e raças compostas Canchim (5/8 Charolês + 3/8 Zebu) e Brangus (5/8 Angus + 3/8 Zebu). Foram avaliados os efeitos de classe de grupo genético do bezerro (CGG; combinação de raças taurinas britânicas, continentais e adaptadas com a raça Nelore) sobre as características estudadas, estimados os efeitos aditivos diretos e heteróticos individuais dos vários grupos de raças envolvidos e obtidos parâmetros genéticos (herdabilidade e correlações genéticas) para as características. Os resultados mostraram que houve efeito significativo de CGG sobre todas as características e que, em geral, os animais cruzados foram mais pesados e ganharam mais peso do que os Nelore, indicando que o cruzamento da raça Nelore com raças taurinas pode ser usado para produzir bezerros bem desenvolvidos até o desmame. Os efeitos aditivos diretos de raças taurinas adaptadas, britânicas e continentais, em relação ao Nelore, bem como seus feitos heteróticos individuais em combinação com a raça Nelore e entre si, sugerem a utilização dessas raças no sistema de produção em cruzamento com a raça Nelore. As estimativas de herdabilidade foram iguais a: 0,33 ± 0,04 (PN); 0,32 ± 0,04 (PD) e 0,28 ± 0,03 (GDP), sugerindo a possibilidade de obtenção de resposta à seleção para essas características. As estimativas de correlações genéticas foram iguais a: 0,33 para PN e GDP; 0,47 para PN e PD e 0,94 para PD e GDP, sugerindo que a seleção para qualquer uma das características deverá resultar em progresso nas outras, principalmente para PN e PD e PD e GDP. ABSTRACT- Crossbreeding is an important strategy to improve beef production, since it allows to explore the genetic differences among breeds and to fit animal type to environmental resources. However, it is necessary to estimate additive and nonadditive breed effects on economic traits in crossbred populations, to build crossbreeding programs and to obtain accurate genetic parameters for selection purposes. The objective of this study was to evaluate genetic effects on preweaning growth traits of crossbred beef cattle. Data on birth (BW) and weaning (WW) weight and average daily gain from birth to weaning (ADG) of animals of several genetic groups involving indicine (Nellore) and British (Angus and Hereford), Continental (Charolais, beef type Brown Swiss, Limousin and Simmental) and Sanga (Bonsmara and Senepol) taurine breeds, and the composite Canchim (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) and Brangus (5/8 Angus + 3/8 Zebu) breeds were used. The effects of class of genetic group (CGG; combination of British, Continental and Adapted Sanga taurine breeds with Nellore) of calf on the traits were evaluated, and additive direct and individual heterotic breed group effects and genetic parameters (heritability and genetic correlations) were estimated. The results showed that CGG had a significant effect on all traits studied, and that, in general, the crossbred calves were heavier and gained more weight than the Nellore ones. The additive direct effects of Adapted, British and Continental breeds were, in general, positive and significantly different from zero, mainly for WW and ADG, and the heterotic effects, both between taurine and indicine as between taurine and taurine breeds, were also positive and significantly different from zero. These results indicate that crossbreeding Nellore with taurine breeds can be used to produce heavier calves at weaning in southeastern Brazil, under pasture condition. The estimates of heritability, obtained from single trait analyses were equal to: 0.33 ± 0.04 (BW); 0.32 ± 0.04 (WW) and 0.28 ± 0.03 (ADG), suggesting the possibility of obtaining response to the selection for these traits. The estimates of genetic correlations, obtained from two-trait analyses, were equal to: 0.33 for BW and ADG; 0.47 for BW and WW; and 0.94 for WW and ADG. These estimates suggest that selection for any one of the traits should result in genetic responses in the others, mainly for BW and WW and WW and ADG. CAPES: 88882.180622/2018-01

A produtividade dos bovinos de corte apresenta variações dentre diferentes regiões brasileiras, as quais podem ser causadas por diferenças ambientais e tecnológicas. Nesse âmbito, podem ser escolhidas raças que apresentem boa interação entre genótipo e ambiente de modo a tornar a criação mais eficiente. A raça Sindi se destaca quanto a capacidade de se desenvolver em ambientes com poucos recursos e condições climáticas desafiadoras. Portanto, o conhecimento dos parâmetros genéticos da raça, os quais são escassos na literatura, é fundamental para consolidar programas de melhoramento genético eficientes visando aumentar os ganhos genéticos e a importância da raça no cenário atual da bovinocultura de corte. Diante do exposto, objetivou-se estimar parâmetros genéticos para características produtivas e reprodutivas da raça Sindi, por meio de análises multicaracterísticas, via inferência Bayesiana. O conjunto de dados foi fornecido pela Associação Brasileira de Criadores dos Zebu - ABCZ, e contemplou informações de registro dos animais identificados e avaliados fenotipicamente pela associação desde 1955 até 2019. No total, foram utilizadas informações de 49.849 animais no pedrigree; e 6.984, 5.590 e 1.353 animais para idade ao primeiro parto – IPP, peso ao desmame – P210 e perímetro escrotal ao ano – PE365, respectivamente. Foram estimadas herdabilidades e intervalos de credibilidade de 0,14 (0,08; 0,19); 0,22 (0,14; 0,29) e 0,46 (0,26; 0,67) para IPP, P210 e PE365, respectivamente. Também foram estimadas correlações genéticas e intervalos de credibilidade: -0,41 (-0,76; -0,06); -0,61 (-0,86; - 0,36); 0,64 (0,45; 0,83) entre IPP e PE365, IPP e P210 e entre P210 e PE365, respectivamente. A h2 materna para P210 foi de 0,05 (0,02; 0,08). A tendência genética demonstra ganho genético anual para IPP (-3,04 dias) e redução dos ganhos genéticos para as características P210 (-0,19 kg) e PE365 (-0,31 cm). Os resultados indicam viabilidade de seleção genética das características estudadas, seja pela seleção direta (PE365) ou indireta (IPP e P210). Palavras-chave: Parâmetro genético. Idade ao primeiro parto. Perímetro escrotal. Peso ao desmame. Análise multicaracteristica. Herdabilidade. Correlação genética. Tendência genética. The productivity of beef cattle varies between different Brazilian regions, which can be caused by environmental and technological differences. In this context, breeds with good interaction between genotype and environment can be chosen in order to make breeding more efficient. The Sindi breed stands out in terms of the ability to develop in environments with few resources and challenging climatic conditions. Therefore, knowledge of the breed's genetic parameters, which are scarce in the literature, is essential to consolidate efficient breeding programs aiming to increase genetic gains and the importance of the breed in the current scenario of beef cattle. In view of the above, the objective was to estimate genetic parameters for productive and reproductive traits in Sindhi cattle, using multi-trait analysis, via Bayesian inference. The data set was provided by the Brazilian Zebu Breeders Association - ABCZ, and included information on registration of animals identified and phenotypically evaluated by the association from 1955 to 2019. In total, information from 49,849 animals was used in the pedrigree; and 6,984, 5,590 and 1,353 animals for age at first calving - IPP, weaning weight - P210 and scrotal perimeter per year - PE365, respectively. Heritabilities and credibility intervals of 0.14 (0.08; 0.19); 0.22 (0.14; 0.29) and 0.46 (0.26; 0.67) were estimated for IPP, P210 and PE365, respectively. Genetic correlations and credibility intervals were also estimated: -0.41 (-0.76; -0.06); -0.61 (-0.86; -0.36); 0.64 (0.45; 0.83) between IPP and PE365, IPP and P210 and between P210 and PE365, respectively. The maternal h2 for P210 was 0.05 (0.02; 0.08). The genetic trend shows annual genetic gain for IPP (-3.04 days) and reduction of genetic gains for the characteristics P210 (-0.19 kg) and PE365 (- 0.31 cm). The results indicate the feasibility of genetic selection of the studied traits, either by direct (PE365) or indirect (IPP and P210) selection. Keywords: Genetic parameter. Age at first calving. Scrotal perimeter. Weight at weaning. Multi-trait analysis. Heritability. Genetic correlation. Genetic trend.

Made available in DSpace on 2020-12-16T09:05:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 final9628.pdf: 245293 bytes, checksum: aaa741f5f3172fb9ea80c4e9e9238351 (MD5) Previous issue date: 2020

Made available in DSpace on 2020-12-16T09:04:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 final9624.pdf: 232622 bytes, checksum: 5d74e71b1e0da44c1795f70d03a02012 (MD5) Previous issue date: 2020

Made available in DSpace on 2020-12-02T09:04:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 final9542.pdf: 110178 bytes, checksum: 716365c0f1d3224b011238cd740bc5df (MD5) Previous issue date: 2020

Made available in DSpace on 2020-12-16T09:05:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 final9626.pdf: 241207 bytes, checksum: d213c559de841cd5ba35e78aebf29132 (MD5) Previous issue date: 2020

A constante busca para melhorar o desempenho e a produtividade pecuária tem sido cada vez maior para atender a sociedade mais competitiva e globalizada. Para o desenvolvimento do sistema leiteiro, a eficiência reprodutiva deve ser considerada como critério para o aumento da produção e, com isso, gerar maior lucratividade. O uso de cruzamentos entre animais Bos taurus taurus x Bos taurus indicus têm sido uma importante ferramenta para melhorar a reprodução e a produção de leite através da exploração do efeito de heterose e, assim, produzir leite de modo sustentável nas regiões tropicais e subtropicais. No entanto, existem poucos estudos sobre o efeito de heterose para as características reprodutivas, em especial, em animais da raça Girolando, por isso se faz necessário estimar os efeitos de heterose e de raça nas principais características reprodutivas e produtivas dessa raça. Através dos registros dos nascimentos, partos e encerramentos das lactações das vacas foi possível criar as características reprodutivas como idade no primeiro parto, intervalos de partos, dias em aberto e períodos secos. Adicionalmente, utilizou-se registros da produção de leite em até 305 dias e no dia do controle das três primeiras lactações para avaliar de forma ampla e conjunta o efeito da heterose sobre esses dois grupos de importância econômica que são as características produtivas e reprodutivas. Foram estimados os efeitos de heterose e raça para essas várias características mensuradas em diferentes grupos genéticos da raça Girolando. Observou-se resultado favorável e significativo para o efeito de heterose das características avaliadas. Sendo que a heterose variou de 4,55 a 21,93% para as características de reprodução e, de 21,02 a 26,61%, para as características de produção. Assim, o uso de cruzamentos entre as raças Holandesa e Gir tendem a se beneficiar com o efeito de heterose, dessa forma confirma a importância do uso dessa ferramenta para melhoria da eficiência dos sistemas produtivos brasileiros, permitindo que os criadores usem animais mestiços para melhor atenderem seus objetivos, aumentando a rentabilidade. The constant search to improve performance and livestock productivity has been increasingly greater to serve the most competitive and globalized society. For the development of the dairy system, reproductive efficiency must be considered as a criterion for increasing production and, thus, generating greater profitability. The use of crosses between animals Bos taurus taurus x Bos taurus indicus has been an important tool to improve the reproduction and production of milk through the exploitation of the heterosis effect and, thus, to produce milk in a sustainable way in tropical and subtropical regions. However, there are few studies on the effect of heterosis on reproductive characteristics, especially in animals of the Girolando breed, so it is necessary to estimate the effects of heterosis and breed on the main reproductive and productive characteristics of this breed. Through the records of births, calving and closings of lactations of cows it was possible to create reproductive characteristics such as age at first calving, calving intervals, open days and dry periods. In addition, records of milk yield are used within 305 days and on the day of the control of the first three lactations to broadly and jointly assess the effect of heterosis on these two groups of economic importance, which are as productive and reproductive characteristics. The effects of heterosis and breed for various traits measured in different genetic groups of the Girolando breed were estimated. A favorable and significant result was observed for the heterosis effect of the evaluated characteristics. A heterosis varied from 4.55 to 21.93% for reproductive characteristics and from 21.02 to 26.61% for production characteristics. Thus, the use of crossbreeding between the Holstein and Gir breeds tends to benefit from the heterosis effect, thus confirming the importance of using this tool to improve the efficiency of Brazilian production systems, allowing breeders to use crossbred animals to better serve your goals, increase profitability.

Made available in DSpace on 2020-12-16T09:05:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 final9627.pdf: 241008 bytes, checksum: d96344ae7962954db954c5f0c7ac98b1 (MD5) Previous issue date: 2020

Made available in DSpace on 2020-12-16T09:04:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 final9625.pdf: 244895 bytes, checksum: 131818a4fc3df96914c4a535b886d0eb (MD5) Previous issue date: 2020

Submitted by Maria Aparecida (cidazen@gmail.com) on 2019-12-03T20:07:20Z No. of bitstreams: 1 Cláudio Fellipe R. de Queiroz.pdf: 851316 bytes, checksum: ce366f1e07306f0ede6488ca3d42e36f (MD5) Made available in DSpace on 2019-12-03T20:07:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cláudio Fellipe R. de Queiroz.pdf: 851316 bytes, checksum: ce366f1e07306f0ede6488ca3d42e36f (MD5) Previous issue date: 2019-06-06 Birth and weaning rates are recognized as the main indicators for measuring reproductive efficiency in beef cattle. The number of calves born can be increased by protocols for inducing twin pregnancies. To verify the effect of equine chorionic gonadotropin (eCG) on induction of double ovulation, 78 multiparous Nelore x Angus (Bos indicus x Bos taurus) cow were submitted to E2+P4-based ovulation synchronization protocol, with different doses of eCG (300 vs 1,000 vs 1,200 IU) administered on different days of the protocol (Progesterone device for 8 days + eCG at D6 vs Progesterone device for 9 days + eCG at D7). There was no effect of the eCG dose on follicular diameter nor in ovulation time of the dominant and subordinate follicles. The number of ovulations was higher in 1,000 and 1,200 IU treatments in cows treated with eCG at the D6 of the protocol (group CIDR 8), whereas in those receiving eCG at D7 there was no differences in the number of ovulations. The highest percentage of double and multiple ovulations was found in treatments eCG 1,000 and eCG 1,200 respectively in the CIDR 8 protocol. Both in the CIDR 8 and in the CIDR 9 protocols there was a significant effect of the eCG dose on the number of fetuses at 40 days after TAI. Pregnancy rates declined in the same proportion as the dose increases in the eCG 300 [76.9% (20/26)], eCG 1,000 [57.7% (15/26)] and eCG 1,200 [38.5% (10 / 26)] treatments, respectively; P = 0.02).. Finally, we conclude that the use of equine chorionic gonadotrophin (eCG) at doses of 1,000 and 1,200 IU increases double ovulations but reduces pregnancy rates and increases the multiple ovulations in Bos taurus x Bos indicus cows submitted to TAI Therefore, it is not recommended as a method to increase the efficiency of beef cattle production. As taxas de natalidade e desmame são reconhecidas como os principais indicadores para mensurar a eficiência reprodutiva em bovinos de corte. O número de bezerros nascidos pode ser aumentado por meio de protocolos de indução de gestações gemelares. Objetivando verificar o efeito da gonadotrofina coriônica equina (eCG) na indução de dupla ovulação de fêmeas bovinas, 78 vacas multíparas ½ sangue Nelore x Angus (Bos indicus x Bos taurus) foram submetidas ao protocolo de sincronização da ovulação à base de progesterona + estradiol, adicionado de diferentes doses de eCG (300 vs 1.000 vs 1.200 UI) administradas em diferentes dias do protocolo (implante 8 dias + eCG no D6 vs implante 9 dias + eCG no D7). Não houve efeito da dose de eCG no diâmetro folicular e nem no momento das ovulações dos folículos dominantes e subordinados. O número de ovulações foi maior nos tratamentos com doses de 1.000 e 1.200 UI nos animais tratados com eCG no D6 do protocolo (grupo CIDR 8), enquanto que naqueles que receberam eCG no D7 não houve diferença no número de ovulações em relação aos tratamentos. O maior percentual de ovulações duplas e múltiplas foi encontrado nos tratamentos eCG 1.000 e eCG 1.200 respectivamente no grupo CIDR 8 dias. Tanto no protocolo CIDR 8 quanto no protocolo CIDR 9 houve efeito significativo da dose de eCG no número de fetos aos 40 dias pós IATF. As taxas de prenhez decresceram proporcionalmente ao aumento da dose nos tratamentos eCG 300 [76,9% (20/26)], eCG 1.000 [57,7 % (15/26)] e eCG 1.200 [38,5% (10/26)], respectivamente; P= 0,02). O uso de gonadotrofina coriônica equina (eCG) em doses de 1.000 e 1.200 UI aumenta a ocorrência de duplas ovulações, mas reduz as taxas de prenhez e aumenta a ocorrência de múltiplas ovulações em fêmeas Bos indicus x Bos taurus em protocolos para inseminação artificial em tempo fixo, sendo, portanto, não recomendado como método para aumentar a eficiência na produção de bovinos de corte.

FACEPE O gafanhoto Rhammatocerus brasiliensis possui ampla dispersão no nordeste brasileiro, em especial em Pernambuco. Este estudo investigou a origem do cromossomo B de R. brasiliensis através do mapeamento de DNA satélite, dispersão desse cromossomo e da H3 em populações do Nordeste brasileiro. Os cariótipos de 1274 indivíduos foram analisados, em 91 destes foram mapeados DNAs satélite (DNAsat), histona H3 e o elemento Rbra_Gypsy1. Dezenove das 21 populações apresentaram B, com frequência de 0 a 18,8%, média de 8,5%. A heterocromatina constitutiva (HC) é pericentromérica em todos os cromossomos, incluindo o B. Em três populações foram observados um cromossomo B variante, o qual possui um bloco terminal adicional de HC. A análise molecular populacional em 200 indivíduos de 10 populações indicou fluxo gênico entre as populações, favorecendo a dispersão do B. DNAsat restrito ao par S11 e ao B foi identificado, indicando a origem autossômica intraespecífica desse cromossomo. A histona H3 revelou dois padrões de localização, conservado e disperso, que variou de moderado a amplo, sendo possível identificar o par portador do sítio ancestral da histona no bivalente M7. O mapeamento do Gypsy foi similar ao da H3 quando disperso. O Rbra_Gypsy1 mostrou domínios conservados indicando ser autônomo, o que pode promover sua ação no genoma da espécie hospedeira e promover recombinação ectópica, levando assim a ampla dispersão das sequências de H3, incluindo o B. Este elemento ainda pode estar exercendo alguma função estrutural nos centrômeros da espécie. O presente estudo contribuiu para o entendimento da origem, composição e dispersão do cromossomo B da espécie R. brasiliensis. The grasshopper Rhammatocerus brasiliensis has wide dispersion of the B chromosome and H3 histone sequences, in Pernambuco. This study investigated the origin of B in R. brasiliensis, and dispersion of the same and H3 in populations of Brazilian Northeast. The karyotypes of 1274 individuals were analyzed, in 91 of them satellite DNAs (satDNAs), H3 histone and the Rbra_Gypsy1 element were mapped. Nineteen of the 21 presented B, the frequency varied from 0% to 18.8%, with a mean of 8.5%. Constitutive eterochromatin is located in pericentromeric region on all chromosomes, including B. The variant B was observed in three populations and has an additional block terminal. A population molecular analysis of 200 individuals from 10 populations indicated the gene flow between the populations (FST 0.15 and GST 0.17), favoring a dispersion of Bs. The satDNA restricted to the S11 and B pair was found, indicating a source intraspecific form of this chromosome. H3 histone revealed two patterns of localization, conserved and dispersed, ranging from moderate to broad. It was possible to identify the of ancestral site the H3 histone. Gypsy mapping was similar to that of H3 when dispersed. Rbra_Gypsy1 showed conserved domains indicating autonomy, which may promote its action in the genome of the host species and promote ectopic recombination, thus leading to wide dispersion of H3 sequences. This element may still be exerting some structural function in the centromeres of the species. The present data contributed to understanding of the origin, composition and dispersion of the B chromosome of the R. brasiliensis species.

Dissertação (Mestrado) - Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais, Programa de Pós-Graduação em Biologia de Vertebrados. Estudos de diversidade genética dos gaivotões (Larus dominicanus) são fundamentais para se entender as características ecológicas, genéticas e evolutivas que moldaram as populações dessa espécie ao longo do tempo. Larus dominicanus está amplamente distribuída em todo o Hemisfério Sul e é capaz de causar impactos a outras espécies de mamíferos e aves marinhas. Estudos prévios já haviam indicado uma possível seleção em genes mitocondriais dos gaivotões da América do Sul, bem como a eventos demográficos recentes e um isolamento das populações por distância. Pensando nisso, o objetivo deste trabalho é entender a história evolutiva e demográfica das populações de gaivotões na América do Sul e Península Antártica. Para tanto, foi analisado o gene citocromo b e avaliada a diversidade haplotípica (hd), nucleotídica () e o theta () e o desvio de neutralidade e equilíbrio através dos testes F e D de Fu e Li, Fs de Fu e D de Tajima. Foram analisadas também mudanças de aminoácidos, diversidade entre pares de populações, flutuações no tamanho populacional e estimativas de fluxo gênico. No total, 94 indivíduos do Brasil, Argentina e Península Antártica foram sequenciados e suas sequências comparadas com a sequência referência de L. dominicanus da Nova Zelândia. Foram identificados 18 haplótipos, com o haplótipo 18 exclusivo da Península Antártica. Sete mutações não sinônimas foram identificadas, com mudança de agrupamento polar e apolar. Uma variabilidade genética moderada foi observada nas populações da América do Sul, e a Argentina apresentou os maiores índices de variabilidade genética (Hd=0,750, =0,014 e =0,0022), resultados estes que diferem de estudos prévios de variabilidade genética para cytb de gaivotões. Os testes de neutralidade não indicaram desvio significativo de neutralidade, exceto para Fs de Fu em São Paulo e Argentina, sugerindo um processo de expansão populacional ocorrendo nessas populações, e a rede de haplótipos também indicou expansão recente. A maior parte da diversidade genética está distribuída dentro das populações e os valores de FST par a par indicaram diferenciação genética entre as populações brasileiras, argentina e antártica, possivelmente ocasionada por um isolamento por distância. A análise Bayesiana Skyline Plot indicou um aumento populacional de gaivotões há cerca de 150 anos. Assim, apesar da expansão populacional passada, as populações atuais já começam a apresentar diferenças genéticas provavelmente associadas à distância entre as localidades. A disponibilidade de alimento em regiões próximas às colônias também pode reduzir a dispersão de indivíduos. Palavras-chave: Larus dominicanus. Aves marinhas. Variabilidade genética. América do Sul. Península Antártica. Seleção. Isolamento por distância. Citocromo b. Studies of genetic diversity of kelp gulls (Larus dominicanus) are essential to understanding the ecological, genetic and evolutionary characteristics that shaped the populations of this species over time. Larus dominicanus is widely distributed in the Southern Hemisphere, being capable to cause impacts to mammals and other seabirds species. Previous studies had already indicated a possible selection in mitochondrial genes of kelp gulls from South America, as well as recent demographic events and isolation of populations by distance. Thinking of this, this study aims to understanding the evolutionary and demographic history of populations of kelp gulls on the Atlantic Coast of South America and Antarctica Peninsula. Therefore, it was analyzed the cytochrome b gene and evaluated haplotype diversity (hd), nucleotide diversity () and theta (), and deviation of neutrality and equilibrium was verified through Fu Fs tests, Tajima D tests, and Fu and Li tests. Also, were analyzed amino acids changes, pairwise differences, fluctuations of population size, and gene flow estimates. In total, 94 individuals from Brazil, Argentina and Antarctica Peninsula were sequenced and compared with reference sequence of L. dominicanus from New Zealand. 18 haplotypes were identified, with the haplotype 18 exclusive to the Antarctic Peninsula. Seven non-synonymous mutations were identified with change of polar and non-polar grouping. A moderate genetic variability was observed in the populations of South America, and Argentina showed the highest rates of genetic variability (Hd=0,750, =0,014 and =0,0022), differing of previous studies about genetic variability of kelp gulls. The neutrality tests did not indicate significant deviation from neutrality, except for Fu Fs test in São Paulo and Argentina, suggesting a process of population expansion occurring in these populations, and de haplotype network also indicate recent population expansion. Most of the genetic diversity is distributed inside of populations and the pairwise FST values indicated genetic differentiation between Brazilian, Argentina and Antarctica populations, possibly caused by isolation by distance. The Bayesian Slyline Plot indicated a population increase of kelp gulls about 150 years ago. Thus, despite past population expansion, the current populations are already showing genetic differences probably associated with the distances among localities. The availability of food in locates close to the colonies may also reduce the dispersion of individuals. Keywords: Larus dominicanus. Seabirds. Genetic variability. South America. Antarctica Peninsula. Selection. Isolation by distance. Cytochrome b.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Polybia, com 58 espécies, é o gênero de vespa social mais numeroso da tribo Epiponini, e tem uma ampla distribuição na América do Sul. As espécies de Polybia são muito semelhantes entre si, e a coloração do corpo é muito variável, dificultando a identificação das espécies do gênero e causando problemas taxonômicos. A maioria dos estudos citogenéticos neste gênero se baseiam na descrição cariotípica de oito espécies. Assim, neste estudo descrevemos o cariótipo de Polybia fastidiosuscula com a presença de um cromossomo B relatado pela primeira vez na família Vespidae; apresentamos as diferenças e semelhanças de colônias de Polybia (gr. occidentalis), mostrando que a citogenética pode ser usada como ferramenta auxiliar na diferenciação das espécies do grupo ajudando na resolução dos problemas taxonômicos. Sugerimos que os indivíduos analisados neste estudo e classificados como P. (gr. occidentalis) pertencem a duas espécies distintas. Investigamos também a composição da cromatina dessas espécies através da coloração com fluorocromos DAPI/CMA 3 e o mapeamento de sete microssatélites e do rDNA 18S, verificando que P. fastidiosuscula tem uma composição cromossômica muito diferente das espécies de P. (gr. occidentalis) tanto na distribuição dos microssatélites como das regiões ricas em AT e GC. Sugerimos a origem intraespecífica do cromossomo B de P. fastidiosuscula baseado no compartilhamento da composição heterocromática e do microssatélite TAT (10) com os cromossomos do complemento A. Por fim mostramos que TTAGG (6) e TCAGG (6) não são sequências teloméricas de Polybia, assim a sequência telomérica deste grupo ainda precisa ser investigada. The genus Polybia, containing 58 species, has the largest number of social wasps in the Epiponini tribe, and has a wide distribution in South America. The species of Polybia are very similar to each other, and the color of the body is very variable, making it difficult to identify the species of the genus and causing taxonomic problems. The majority of cytogenetic studies in this genus are based in the karyotype description of eight species. Therefore, in this study, we described the karyotype of Polybia fastidiosuscula, and made the first report of the presence of B chromosome in the Vespidae family; we presented differences and similarities among colonies of the Polybia (gr. occidentalis), detailing that cytogenetic studies are a useful tool to support species differentiation in this group, which fills the gap of taxonomic issues. We suggested that the individuals analyzed in this study, and categorized as P. (gr. occidentalis) belong to two distinct species. We also investigated the chromatin composition of these species through fluorochrome dyes DAPI/ CMA 3 , mapping of seven microsatellites, and 18S rDNA. We verified that P. fastidiosuscula has a chromosomal composition markedly different from species of P. (gr. occidentalis) for both microsatellite distribution as well as AT and CG-rich regions. We suggested the interspecific origin of B chromosome of P. fastidiosuscula based on shared heterochromatin composition, and TAT (10) microsatellite with complement chromosomes A. Finally, we showed that TTAGG (6) and TCAGG (6) are not telomeric sequences of Polybia, so the telomeric sequence of this group requires further investigation.

Objetivou-se estudar o efeito de características morfométricas, de tipo e produção leiteira sobre a habilidade de permanência (stayability) e estimar os valores e tendências genéticas de cabras Saanen em ambiente tropical nos diferentes rebanhos brasileiros. Para isso utilizou-se um modelo de regressão de Cox e o estimador Kaplan-Meier para as características moformetricas e de tipo. Os efeitos das características produtivas sobre a (stayability) foram analisados por meio do modelo animal de risco Weibull, sobre o risco relativo de descarte das cabras. Para estimar os componentes de variância e covariância foi utilizando o modelo de linear-limiar por análises bivariadas, por meio da abordagem bayesiana. Os efeitos considerados no modelo de Cox e estimador Kaplan-Meier foram o ano, estação e rebanho de nascimento, as características morfometricas e de tipo leiteiro. Para as características de produção o grupo de contemporâneo foi um efeito independente do tempo e o efeito da idade ao parto e classes de produção como dependentes do tempo, no modelo animal de Weibull. O grupo de contemporâneo foi considerado efeito fixo; idade da cabra como covariável (linear e quadrática), e os efeitos genéticos aditivos e residuais como aleatórios no modelo linear-limiar incluídos nas análises. Os resultados para análise de regressão de Cox indicaram que o acréscimo de um ano de nascimento, um centímetro no comprimento corporal e na largura da garupa proporcionam a diminuição de 4, 2 e 5%, respectivamente, o risco de falha das cabras no rebanho. Os estimadores de Kaplan-Meier mostraram efeitos significativos das classes nas covariáveis. As cabras com pontuações superiores para características relacionadas ao sistema mamário são descartadas prematuramente do rebanho. A classe 4 de maior produção em volume e constituintes do leite foi a que apresentou diferença significativa, reduzindo o risco de descarte e estando associada com a stayability (STAY28) das cabras, utilizando o modelo animal de Weibull. As herdabilidades para STAY28 tanto no modelo de Weibull (0,05-0,09), quanto no modelo de linear-limiar h² (0,07) foram baixas. Estimativas de correlação genética entre STAY28 e as características de produção foram nulas no modelo de linear-limiar, porém a regressão dos valores genéticos demonstrou haver relação significativa entre essas características e STAY28. A característica STAY28 é uma opção viável para seleção de animais com maiores valores genéticos para aumentar a vida produtiva em cabras leiteiras refletindo em animais com maiores produções. Portanto, a melhora das características produtivas e morfometricas das cabras trazem efeitos positivos na stayability dos animais no rebanho The objective of this study was to study the effect of morphometric, type and milk production on stayability and to estimate the genetic values and trends of Saanen goats in tropical environments in different Brazilian herds. For this, a Cox regression model and the Kaplan-Meier estimator were used for the mo- teretric and type traits. The effect of the productive traits on the (stayability) were analyzed using the Weibull risk animal model, on the relative risk of discarding goats. To estimate the components of variance and covariance, the linear-threshold model was used by bivariate analyzes using the Bayesian approach. The effects considered in the model of Cox and Kaplan-Meier estimator were the year, season and herd of birth, morphometric and dairy type traits. For the production traits the contemporary group was an effect independent of time and the effect of age at childbirth and classes of production as time dependent, in the Weibull animal model. The contemporary group was considered a fixed effect; (linear and quadratic), and the additive and residual genetic effects as random in the linear-threshold model included in the analyzes. The results for Cox regression analysis indicated that the increase of one year of birth, one centimeter in the body length and the width of the croup provided a reduction of 4, 2 and 5%, respectively, in the risk of failure of goats in the herd. The Kaplan-Meier estimators showed significant effects of the classes on the covariables. Goats with higher scores for features related to the mammary system are discarded prematurely from the herd. The class 4 of higher production in volume and constituents of the milk was the one that presented significant difference, reducing the risk of discarding and being associated with the stayability (STAY28) of the goats, using the animal model of Weibull. The heritabilities for STAY28 in both the Weibull model (0.05-0.09) and the linear-threshold model h² (0.07) were low. Estimates of genetic correlation between STAY28 and production traits were zero in the linear-threshold model, but regression of genetic values showed a significant relationship between these traits and STAY28. The STAY28 trait is a viable option for selection of animals with higher genetic values to increase the productive life in dairy goats reflecting in animals with higher yields. Therefore, the improvement of the productive and morphometric traits of the goats have positive effects on the stayability of the animals in the herd

Por meio do PoloGen trabalhou-se a apropriação de saberes e tecnologias em melhoramento genético e foi possível verificar que o uso correto de genética qualificada oportuniza a melhora dos índices produtivos, cabendo ao produtor trabalhar estrategicamente e com um novo olhar sobre todo o sistema para maximizar esse potencial.

A técnica de criopreservação permite a formação de bancos genéticos e a comercialização de gametas e embriões em diferentes espécies. Porém, o sêmen criopreservado ovino quando utilizado na inseminação artificial cervical ou por laparoscopia apresenta resultados insatisfatórios, como baixo índice de prenhez, alto custo e falta de mão de obra especializada. Diante disso, são necessárias algumas alternativas para diminuir as injúrias a essas células, como a retirada do plasma seminal, que já é uma prática comum em outras espécies. O objetivo desse trabalho foi avaliar a influência do plasma seminal na qualidade espermática durante a criopreservação de sêmen ovino. O ejaculado de quatro carneiros foi coletado e avaliado quanto ao volume, cor, aspecto e motilidade. Posteriormente, foi realizado um pool com os ejaculados e dividido em três grupos: Controle (GC) onde o sêmen foi diluído de maneira tradicional, Sem Plasma Seminal (SPS) no qual o sêmen foi centrifugado a 4000 x g por 10 minutos para a remoção do plasma, e Controle Centrifugado (CC) em que o sêmen foi centrifugado porém não teve seu plasma retirado. O sêmen foi diluído em diluente comercial (OptiXcellTM, IMV medium), envasado em palhetas de 0,25 mL em concentração final de 400x106 espermatozoides/mL, sendo as palhetas resfriadas a 5oC por 2 horas, posteriormente expostas ao vapor de nitrogênio por 15 minutos e estocadas a -196oC. Após a criopreservação as palhetas foram descongeladas a 37°C por 20 segundos e as seguintes avaliações foram realizadas: cinética espermática, integridade de membrana plasmática e acrossomal, viabilidade mitocondrial, fragmentação de DNA, morfologia espermática, estresse oxidativo e capacidade fecundante. O grupo CC foi inferior aos grupos GC e SPS quanto a motilidade total e progressiva (P= 0,05), espermatozoides rápidos (P=0,05) e lentos (P=0,03). A integridade acrossomal foi superior no grupo SPS (P=0,05) quando comparada aos grupos CC e CG. Portanto, a remoção do plasma seminal não influenciou a qualidade do sêmen de carneiro. A cinética espermática não foi afetada e o grupo SPS preservou a integridade da membrana acrossomal durante a criopreservação, no entanto, não incrementou a capacidade fecundante dos espermatozoides. Semen cryopreservation technique has allowed the formation of genetic banks and the commercialization of gametes and embryos in different species. However, sheep cryopreserved semen when used in a cervical artificial insemination or laparoscopy presents unsatisfactory results, such as low pregnancy rate, high cos and lack of specialized labor. Given this, some alternatives are needed to reduce injuries to the cells, such as the removal of seminal plasma, which is already routine in other species. The aim of this study was to evaluate the influence of seminal plasma on semen quality during cryopreservation of sheep semen. The ejaculate of four ram was collected and evaluated for volume, color, appearance, motility. Subsequently, a pool with the ejaculates was performed and split into three groups: Control Group (CG) where semen was diluted in a traditional form, Without Seminal Plasma (WSP) in which semen was centrifuged at 4000 x g for plasma removal, and Centrifuged Control (CC) in which semen was centrifuged but not plasma withdrawn. Semen was diluted in commercial extender (OptixcellTM IMV medium), filled in 0.25mL straws at a final concentration of 400x106 sperm / mL, and straws were cooled at 5 °C for 2 hours, then exposed to nitrogen vapor for 15 minutes and stored. at -196 °C. After cryopreservation the straws were thawed at 37 °C for 20 seconds and the following evaluations were performed: sperm kinetics, plasma and acrossomal membrane integrity, mitochondrial viability, DNA fragmentation, sperm morphology, oxidative stress and fecundating capacity. The CC group was inferior to the CG and WSP groups in total and progressive motility (P = 0.05), fast (P = 0.05) and slow motility (P = 0.03). The acrosomal integrity was higher in the WSP group (P = 0.05) when compared to the CG and CC. Therefore, the removal of seminal plasma did not influence the quality of ram semen. The sperm kinetics was not affected and the WSP group preserved the integrity of the acrosomal membrane during cryopreservation, however, did not increase the fecundating capacity of sperm.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior As antenas são apêndices móveis encontradas na cabeça dos insetos, constituídas por um escapo, pedicelo e flagelo, as quais funcionam como órgãos dos sentidos, receptores olfativos primários e também com função tátil. Em sua composição possuem estruturas chamadas sensilas, com várias modalidades sensoriais como: olfato, gustação, mecanorrecepção, termorrecepção e higrorrecepção, que desempenham um papel na percepção de estímulos ambientais e na comunicação. As abelhas sem ferrão possuem comportamento complexo, que depende da comunicação entre os indivíduos da colônia e do ambiente. A morfologia externa das sensilas antenais tem sido caracterizada em várias espécies de abelhas eusociais, incluído espécies da tribo Meliponini, porém há pouca informação sobre as sensilas em abelhas do gênero Tetragonisca. Com o objetivo de entender a morfologia das sensilas antenais no gênero Tetragonisca, foram conduzidas diferentes abordagens de análises morfométricas, mediante a utilização de imagens obtidas com microscopia eletrônica de varredura nas espécies T. fiebrigi, T. angustula e T. weyrauchi. Foram caracterizadas as sensilas antenais entre as castas e sexos de T. fiebrigi, sendo identificados onze tipos de sensilas antenais, classificadas como: sensilas tricoides (subtipos I ao VI), placoides, basicônicas, celocônicas, ampuláceas e campaniformes. Com diferenças na distribuição das sensilas entre as classes e castas. As análises morfométricas dos caracteres do comprimento e abundância permitiu verificar que existe diferenciação das sensilas antenais de acordo as funções que desempenham os indivíduos na colônia permitindo a separação entre as classes, castas e a subcasta soldado. Os resultados obtidos para as três espécies analisadas mostram a presença de onze tipos de sensilas entre as espécies, sensilas tricoides (seis subtipos), placoide, basicônica, celocônica, ampulácea e campaniformes, com distribuição conservada ao longo dos flagelômeros. As variações na morfometria das sensilas em T. angustula e T. fiebrigi são menores do que entre essas e T. weyrauchi, não permitindo a separação completa de T. angustula e T. fiebrigi em todas as análises, sugerindo que as duas espécies compartilham caracteres semelhantes nas sensilas, provavelmente por serem espécies recentemente divergentes. The antennae are movable appendages found in insects heads, consisting of a scape, pedicel and flagellum, which function as sense organs, primary olfactory receptors and also with tactile function. In their composition they have structures called sensilla with various sensorial modalities such as: smell, taste, mechanoreception, thermoreception and hygroreception, which play a role in the perception of environmental stimuli and in communication. The stingless bees have complex behavior, which depends on the communication between the individuals of the colony and the environment. The external morphology of the antennal sensilla has been characterized in several species of eusocial bees, including species of Meliponini tribe, but there is little information about sensilla in stingless bees of the genus Tetragonisca. In order to understand the morphology of the antennal sensilla in the genus Tetragonisca, different approaches of morphometric analysis were conducted using images obtained with scanning electron microscopy in the species T. fiebrigi, T. angustula and T. weyrauchi. The antennal sensilla were characterized between the castes and sexes of T. fiebrigi, and 11 types of antennal sensilla were identified, classified as: sensilla trichodea (subtypes I to VI), placodea, basiconica, coeloconica, ampullacea and campaniformia, with differences in the distribution of sensilla between classes and castes. The morphometric analysis of the characters of length and abundance allowed to verify that there is differentiation of the antennal sensilla according to the functions that the individuals perform in the colony allowing the separation between the classes, castes and the soldier subcaste. The results obtained for the three species analyzed showed the presence of 11 types of sensilla among the species, sensilla trichodea (six subtypes), placodea, basiconica, coeloconica, ampullacea and campaniformia, with distribution conserved along the flagellomeres. The variations in the morphometry of the sensilla in T. angustula and T. fiebrigi are smaller than between and T. weyrauchi, not allowing complete separation of T. angustula and T. fiebrigi in all analyzes, suggesting that the two species share similar characters in sensilla, probably because they are recently divergent species.

Um dos desafios da criobiologia continua sendo o desenvolvimento de um metodo que proporcione a manutencao da viabilidade apos a criopreservacao de oocitos imaturos na especie bovina. A vitrificacao tem sido a metodologia que proporciona resultados de sobrevivencia apos a criopreservacao mais promissores para complexos cumulus -oocito (CCOs) imaturos bovinos. Entretanto, a acao dos crioprotetores sobre as celulas do cumulus oophorus , no que diz respeito a regulacao da expressao de genes importantes nesta fase, ainda e pouco compreendida. O objetivo do trabalho foi avaliar a expressao genica das proteinas acido hialuronico sintase 2 (HAS2), link protein (HAPLN1), conexina 43 (GJA1) e proteina de choque termico HSP70-1 (HSP70-1) em celulas do cumulus oophorus de oocitos imaturos bovinos submetidos a exposicao e/ou vitrificacao na solucao crioprotetora (SV) composta por 20% de etileno glicol (EG) + 20% dimetil sulfoxido (DMSO) + 0,5M de sacarose. Os CCOs foram selecionados e distribuidos em 4 grupos experimentais: G1 , CCOs nao submetidos a maturacao in vitro (MIV); G2 , CCOs submetidos a MIV; G3 , CCOs maturados apos a exposicao a SV; e G4 , CCOs maturados apos a vitrificacao com a SV. A MIV foi realizada em TCM 199, suplementado com soro de egua em estro, a 39 o C, 5% de CO 2 e maxima umidade relativa, por 22 a 24 horas. A extracao do RNA das amostras de celulas do cumulus foi realizada pelo metodo do fenol-cloroformio seguido por uma etapa de captacao especifica do mRNA. Apos a utilizacao da tecnica de RT-PCR para a obtencao do cDNA e amplificacao dos quatro fragmentos especificos, a analise dos resultados nao mostrou diferenca significativa entre os grupos para a abundância relativa dos transcritos de link protein (p=0,486), HAS2 (p=0,394), conexina 43 (p=0,116) e HSP70-1 (p=0,248).

CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Alopoglossidae é uma família de lagartos neotropicais composta por 22 espécies alocadas em dois gêneros (Alopoglossus e Ptychoglossus). Existe um vácuo no conhecimento sobre as relações filogenéticas e a sistemática desta família. As filogenias publicadas que incluem espécies de alopoglossídeos tiveram o objetivo de gerar uma hipótese das relações em grupos maiores (i. e., Gymnophthalmoidea), por isso têm uma amostragem taxonómica baixa dentro da família e geralmente são baseadas em amostragem limitada de caracteres. Considerando estas limitações, esta tese tem como objetivo inferir a relação filogenética de Alopoglossida—incluindo todas as espécies da família—com uma análise combinada de sequências de DNA e caracteres morfológicos. Os genes utilizados foram mitocondriais (12S, 16S e ND4), o nucleares (C-mos) e uma matriz de 143 caracteres fenotípicos da escamação, morfologia da língua, morfologia dos hemipênis e osteologia. Os dados foram analisados seguindo critérios de otimização de Máxima Parcimónia, executando três esquemas de pesagem alternativos Ponderação Implícita Extendida e uma busca com pesos iguais. As topologias geradas foram comparadas em uma análise de sensibilidade. A topologia preferida mostra a parafilia do gênero Ptychoglossus. Ptychoglossus vallensis e Ptychoglossus billineatus estão relacionados com Alopoglossus, as espécies centro-americanas Ptychoglossus plicatus e Ptychoglossus myersi formam o clado irmão de Ptychoglossus e Alopoglossus e finalmente Ptychoglossus danieli e Ptychoglossus kugleri foram recuperados como o grupo irmão de todos os outros alopoglossídeos. Em consequência, consideramos que Ptychoglossus é um sinônimo de Alopoglossus. Além disso, descrevemos uma espécie de Alopoglossus, da região do Pacífico da Colômbia. Este artigo foi publicado na revista South American Journal of Herpetology. Alopoglossidae is a family of Neotropical lizards composed of 22 species allocated in two genera (Alopoglossus and Ptychoglossus). There is a lack of knowledge about the phylogenetic relationships and systematics of this family. Published phylogenies that include alopoglossid species had the objective to generate a hypothesis of the relationships on major groups (i.e., Gymnophthalmoidea), therefore they have very low taxon coverage within the family, and are usually based on limited character sampling. Considering these limitations, this thesis aimed to infer the phylogenetic relationship of Alopoglossidae—including all species in the family—based on combined analyses of DNA sequences and morphological characters. The genes used were the mitochondrial (12S, 16S and ND4), the nuclear (C-mos) and a matrix of 143 phenotypic characters from scutelation, tongue morphology, hemipenis morphology, and osteology. The data was analyzed by Maximum Parsimony optimality criteria, performing three alternative weighting schemes under Extended Implied Weighting and an equal weighting search. The generated topologies were compared in a sensitivity analysis. The preferred topology shows the paraphyly of the Ptychoglossus genera. Ptychoglossus vallensis and Ptychoglossus billineatus nearly related to the Alopoglossus clade, the Central American species Ptychoglossus plicatus and Ptychoglossus myersi as the sister clade of Ptychoglossus and Alopoglossus, and last Ptychoglossus danieli and Ptychoglossus kugleri were recovered as the sister group of all others alopoglossids. In consequence, was decided that Ptychoglossus is a junior synonym of Alopoglossus. Also, it is described the more recently discovered Alopoglossus species, from the pacific region of Colombia. The paper was already published at South American Journal of Herpetology (IF 0.837, Qualis = B2).

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico O tecido muscular é um dos tecidos de maior importância ao nível de produção animal, tendo-se em vista o fornecimento de micronutrientes e proteínas para o consumo humano. A miogênese é o processo responsável pela formação e manutenção do tecido muscular, sendo influenciado por fatores genéticos e ambientais. Nesse sentido, pesquisas nas áreas de genética e nutrição têm contribuído de forma expressiva para a produção de animais mais eficientes e, consequentemente, produtivos. A utilização de agonistas β-adrenérgicos é uma importante estratégia neste processo, uma vez que os aditivos participam da repartição energética dos nutrientes dietéticos, contribuindo para o anabolismo do tecido muscular. As vias de sinalização intracelular AMPK (proteína quinase ativada por AMP) e mTOR (proteína alvo da rapamicina em mamíferos) são sensíveis ao status energético e exercem grande influência sobre o desenvolvimento e crescimento muscular. No entanto, poucas pesquisas têm sido desenvolvidas a fim de elucidar os mecanismos moleculares pelos quais os agonistas β-adrenérgicos atuam sobre o anabolismo do tecido muscular. As técnicas de cultivo celular se caracterizam como um importante modelo de estudos dos mecanismos moleculares envolvidos na sinalização intracelular para a manifestação de um fenótipo de interesse. No presente trabalho, a utilização do agonista β-adrenérgico ractopamina aumentou a viabilidade de mioblastos C2C12, regulando o status energético via AMPK, reduzindo, dessa forma, a apoptose das células. Portanto, sugere-se que o fenótipo muscular observado na presença de ractopamina deve-se, em partes, à atuação do aditivo sobre vias de sinalização intracelular que regulam a expressão de importantes genes envolvidos no anabolismo de células miogênicas. One of the most important tissues in animal production is muscle tissue, due to supply of micronutrients and proteins for human consumption. Myogenesis is the process involved in the development and maintenance of muscle tissue, being influenced by genetic and environmental factors. Therefore, researches in the areas of genetics and nutrition have contributed significantly to the production of more efficient and consequently, productive animals. The use of β-adrenergic agonists is an important strategy in this process, because the additives participate in energy distribution of dietary nutrients, contributing to anabolism of muscle tissue. AMPK (protein kinase AMP-activated) and mTOR (mammalian target protein of rapamycin) are important intracellular signaling pathways sensitive to energy status and exert great influence on development and growth of muscle tissue. However, few studies have been developed to elucidate the molecular mechanisms by which β-adrenergic agonists act on muscle tissue anabolism. Cell culture techniques are characterized as an important model for molecular mechanisms studies involved in the intracellular signaling to manifestation of the phenotype of interest. In the present study, the use of the β-adrenergic agonist ractopamine increased the viability of C2C12 myoblasts, regulating energetic status via AMPK, reducing, this way, cellular apoptosis. Therefore, these results suggest that the muscle phenotype observed in the presence of ractopamine is in part due to the action of the additive on intracellular signaling pathways that regulate the expression of important genes involved in myogenic anabolism.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico A citogenética compreende o estudo do cariótipo das espécies por meio de técnicas clássicas (número e morfologia dos cromossomos e bandamentos) e moleculares (por exemplo hibridização in situ fluorescente - FISH). Os estudos citogenéticos, clássicos e moleculares, em formigas têm grande aplicabilidade em áreas como evolução, conservação de espécies e na taxonomia. O conceito de taxonomia integrativa evidencia a importância da integração de dados de diversas áreas da ciência para auxiliar na delimitação de espécies. Dados citogenéticos moleculares empregando FISH para localização de genes ribossomais em formigas neotropicais são escassos e disponíveis apenas para 25 espécies. A maioria das espécies apresentou um par cromossômico carreador desses genes, exceto Dinoponera gigantea e Camponotus renggeri. Esses genes mostraram-se ricos em pares de bases GC em praticamente todas as espécies, com exceção de Dolichoderus voraginosus. A aplicação dos estudos citogenéticos moleculares para a compreensão da evolução cromossômica e auxilio a resolução taxônomica demonstrado até o momento em Formicidae, mostra a relevância da extensão de estudos que visem o mapeamento físico de genes rDNA nas diferentes espécies de formigas. Assim, no primeiro capítulo foi realizado a FISH para mapeamento físico de genes ribossomais 18S em 10 espécies de formigas neotropicais com representantes em três subfamílias (Ponerinae, Formicinae, Myrmicinae), além do emprego da técnica de coloração com o fluorocromo CMA 3 , com o intuito de verificar a composição de bases desses genes. No segundo capítulo, seguindo a proposta da taxonomia integrativa, foram estudadas por meio da citogenética clássica e molecular quatro espécies de Gnamptogenys (Ectatominae), sendo uma delas, a Gnamptogenys striatula, uma espécie de ampla complexidade taxonômica. Todas as quatorze espécies estudadas apresentaram um par carreador dos genes rDNA 18S que coincidiram com as regiões ricas em pares GC, semelhante a maioria das espécies estudadas. Em Wasmannia auropunctata e Camponotus atriceps foi observado um heteromorfismo sutil do tamanho das regiões de rDNA 18S que pode ter origem por duplicações/deleções devido à crossing-over desigual. Polimorfismos cromossômicos envolvendo regiões de genes ribossomais 18S foram observados em Odontomachus bauri e Gnamptogenys regularis, que podem ter origem por duplicações/deleções dessas sequências gênicas repetitivas. Esses dados são inéditos em formigas. Os genes rDNA 18S localizados na região pericentromérica de um par metacêntrico na formiga cultivadora de fungo Myrmicocrypta sp. pode indicar uma característica ancestral nesse grupo. A localização dos genes rDNA 18S observada em Acromyrmex echinatior representa uma evidência de uma inversão cromossômica em Acromyrmex. Os números cromossômicos e fórmulas cariotípicas observadas nas quatro Gnamptogenys spp. foram: 2n=24 (18m+6sm) em G. triangularis de Araponga-MG, 2n=26 (24m+2sm, 25m+1sm) em G. regularis de Ponte Nova-MG, 2n=32 (20m+10sm+2st) em G. striatula do Rio de Janeiro-RJ, 2n=34 (18m+8sm+8st, 18m+7sm+9st) em G. striatula de Petrópolis-RJ, 2n=34 (18m+8sm+8st) em G. moelleri de Viçosa-MG e Petrópolis-RJ e 2n=44 (22m+14sm+8st) em G. moelleri de Açailândia-MA. Em G. striatula de Petrópolis foi observado um polimorfismo cromossômico no par cromossômico 17, que pode ter sido originado de duplicações devido à crossing-over desigual ou translocações. Embora G. moelleri apresente caracteres morfológicos bem estabelecidos, a população de Açailândia apresentou nítidas variações cromossômicas em relação às populações de Viçosa e Petrópolis, sugerindo que essas podem ser espécies crípticas e isso deve ser melhor investigado. Diferenças cariotípicas foram observadas entre as populações de G. striatula do Rio de Janeiro e Petrópolis demonstrando que a citogenética pode ser uma ferramenta útil na resolução dos problemas taxonômicos dessa espécie. Cytogenetics includes the study of the karyotype of the species through classical techniques (number, morphology of chromosomes, and banding) and molecular techniques (e.g. fluorescence in situ hybridization - FISH). The classical and molecular cytogenetics studies have widely applied in evolution, species conservation and taxonomy. The definition of integrative taxonomy highlights the importance of integrating data from different areas of science to assist the delimitation of species. Molecular cytogenetic data that have used FISH to physically map the ribosomal genes of Neotropical ants are scarce, and such data are available for only 25 species. Most species showed a single pair of NOR bearers, except Dinoponera gigantea and Camponotus renggeri. These genes are rich in GC base pairs in practically all species, with the exception of Dolichoderus voraginosus. The application of molecular cytogenetic studies to the understanding of chromosome evolution and aid to the taxonomic resolution demonstrated to date in Formicidae shows the relevance of the extension of studies aimed at the physical mapping of rDNA genes in the different ant species. Thus, in the first chapter, FISH was used to physical map 18S ribosomal genes in ten Neotropical ant species with representatives of three subfamilies (Ponerinae, Formicinae, Myrmicinae). In addition, the CMA 3 fluorochrome staining technique was performed, in order to verify the base composition of these genes. . In the second chapter, following integrative taxonomy proposal, four species of Gnamptogenys (Ectatominae) were studied through classical and molecular cytogenetics. One of them was Gnamptogenys striatula, which has a complex taxonomy. All fourteen studied species showed a pair of 18S rDNA bands that coincided with GC-rich regions, similar to the most of the species already studied. In Wasmannia auropunctata and Camponotus atriceps, a small heteromorphism in the size of the 18S rDNA regions was observed, which may have origin in duplications/deletions due to unequal crossing-over between homologous chromosomes. Chromosomal polymorphisms involving 18S ribosomal genes regions were observed in Odontomachus bauri and Gnamptogenys regularis, which may have origin in duplications/deletions of these repetitive genetic sequences. These data are inedited in ants. The 18S rDNA genes located in the pericentromeric region of a metacentric pair on the fungus-growing ant Myrmicocrypta sp. may indicate an ancestral characteristic in this group. The location of the 18S rDNA genes observed in Acromyrmex echinatior represents an evidence of a paracentric inversion in Acromyrmex. The karyotypes observed in the four Gnamptogenys spp. were: 2n=24 (18m+6sm) in G. triangularis from Araponga- MG, 2n=26 (24m+2sm, 25m+1sm) in G. regularis from Ponte Nova-MG, 2n=32 (20m+10sm+2st) in G. striatula from Rio de Janeiro-RJ, 2n=34 (18m+8sm+8st, 18m+7sm+9st) in G. striatula from Petrópolis-RJ, 2n=34 (18m+8sm+8st) in G. moelleri from Viçosa-MG and Petrópolis-RJ and 2n = 44 (22m + 14sm + 8st) in G. moelleri from Açailândia-MA. In G. striatula from Petrópolis, a chromosomal polymorphism was observed in pair 17, which may have origin in duplications due to unequal crossing-over or translocations. Although G. moelleri presented well defined morphological characters, the population of Açailândia presented distint chromosomal variations in relation to those of Viçosa and Petrópolis, suggesting that these may be cryptic species and which should be further investigated. Karyotype differences were observed between populations of G. striatula from Rio de Janeiro and Petrópolis, indicating that cytogenetics may be an auxiliary tool for solving taxonomic problems of this species.

A busca pelo repertório genético por trás de características comportamentais e reprodutivas de espécies de primatas tem desafiado nosso grupo de pesquisa. A premissa principal nesse tipo de estudo baseia-se na hipótese de que um traço fenotípico (seja ele fisiológico, comportamental, etc) compartilhado por um grupo taxonômico inteiro deve ser determinado por um repertório genético comum a esses táxons. Considerando a complexidade de muitas dessas características, temos ampliado nossos estudos para vários genes da rede OXT – AVP – PRL, usando abordagens in silico, in vitro, e in vivo. Na presente Tese, o conjunto gênico de estudo foi selecionado por uma metodologia baseada na ontologia biológica, com critério de seleção para características como comportamento materno, amamentação e aspectos reprodutivos, tais como comportamento de acasalamento e de corte. Essa seleção resultou em 12 genes candidatos para o estudo: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR e TRH. Exploramos aqui esse conjunto gênico da rede OXT – AVP – PRL através da mineração de dados, buscando por seus ortólogos nas várias espécies de primatas e de outros mamíferos, bem como através de novos dados de sequências da região codificadora dos genes PRLR e PRLH, em um conjunto de espécies de primatas do Novo Mundo (NWM, conforme sigla em inglês). Adicionalmente, sequências das regiões codificadoras de PRLR foram também obtidos em espécies de marsupiais. Com o objetivo de elucidar os padrões evolutivos dos genes de interesse, utilizamos análises como os testes NsSites e Branch Sites do pacote PAML, assim como vários testes populacionais clássicos, para diferentes conjuntos amostrais. Além disso, foi feita a predição da estrutura secundária das proteínas-alvo, utilizando metodologia específica do programa PSIPRED, bem como o PONDER-FIT, para a caracterização de aminoácidos intrinsecamente desordenados. Nossos resultados das análises in silico sugerem que os genes da família de receptores da vasopressina (AVPR1A, AVPR1B, e AVPR2) apresentam um padrão compatível com seleção positiva em mamíferos placentários. Alguns dos sítios com sinal de seleção apresentam motivos lineares (SLiMS) preditos no receptor AVPR2, que podem ter facilitado a emergência de novidades adaptativas, conforme foi sugerido para a espécie do rato-canguru Dipodomys ordii, que habita regiões áridas. As análises dos dados originais da região codificadora do gene PRLR em 17 espécies de NWM revelaram vários sítios presentes na forma longa do receptor com alta probabilidade de estarem sob seleção positiva, sendo que alguns deles (posições 507, 532 e 572) estão associados com o parto gemelar, uma característica das espécies de Callitrichidae. Adicionalmente verificamos no ramo dos Siimiformes um motivo linear de interação que reconhece domínios SH3 (Src Homology 3). Os domínios SH3 e os seus locais de ligação foram descritos para centenas de proteínas; eles fornecem à célula um meio particularmente conveniente e adaptável de interação específica proteína-proteína, que pode ser de importância funcional. Esse trabalho como um todo contribuiu para o conhecimento do repertório genético relacionado à complexa rede de mecanismos neuroendócrinos associados à emergência de traços adaptativos, tanto fisiológicos quanto comportamentais em diferentes clados de mamíferos. The search for the genetic repertoire behind behavioral and reproductive features of Primate species has challenged our research group. The principal premise in this kind of study is based on the hypothesis that a phenotypic trait (either physiological, behavioral, etc.) shared by an entire taxonomic group should be determined by a genetic repertoire common to these taxa. Considering the complexity of many of these features, we have expanded our studies for several genes of the OXT - AVP - PRL network, using in silico, in vitro, and in vivo approaches. In the present Thesis, the set of genes for the study was selected by a methodology based on biological ontology, with features like maternal behavior, breastfeeding, and reproductive aspects, such as mating and courtship behavior. This selection resulted in 12 candidate genes for the study: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR, and TRH. We explored here this gene set of the OXT – AVP – PRL network through data mining, searching for their orthologues in many Primate species and other mammals, as well as through new sequence data from the PRLR and PRLH coding region in a set of New World Monkey (NWM) species. Additionally, sequences from the PRLR coding regions were also obtained in marsupial species. To elucidate evolutionary patterns of the genes of interest, we used the NsSites and Branch Sites tests from PAML package, as well as several classic population tests, for different sample sets. In addition, we predicted the secondary structure of target proteins, using a specific methodology of the PSIPRED program, as well as PONDER-FIT for prediction of intrinsically disordered amino acids. Our in silico results suggest that the genes of the vasopressin receptor family (AVPR1A, AVPR1B, and AVPR2) present a pattern compatible with positive selection in placental mammals. Some of the sites with selection signals have linear motifs (SLiMS) predicted in the AVPR2 receptor, which may have facilitated the emergence of adaptive novelties, as was suggested for the kangaroo rat Dipodomys ordii, which inhabits arid regions. Analyses of the original PRLR coding region data on 17 NWM species revealed several sites present in the long form of the receptor with a high probability of being under positive selection, some of them (positions 507, 532 and 572) being associated with twin births, a characteristic of Callitrichidae species. Additionally, we verified in the Siimiformes branch a linear interaction motif that recognizes SH3 domains (Src Homology 3). The SH3 domains and their ligands were described for hundreds of proteins; they provide a particularly convenient and adaptable medium of specific protein-protein interaction to the cell, which can be of functional importance. This work as a whole contributed to the knowledge of the genetic repertoire connected to the complex network of neuroendocrine mechanisms associated to the emergence of physiological and behavioral adaptive traits in different mammalian clades.

Dissertação (mestrado) - Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais, Programa de Pós-Graduação em Biologia dos Vertebrados. Bibliografia: f. 33-39 Resumo: Salminus franciscanus é a espécie de dourado endêmica da bacia do rio São Francisco. Essa espécie é um predador de topo de cadeia, um dos principais alvos da pesca esportiva e fonte de renda de centenas de ribeirinhos, uma vez que a carne desse peixe também é muito apreciada na gastronomia. Diante das consequências econômicas, sociais e ambientais que seriam causadas pelo declíneo populacional de S. franciscanus, torna-se necessário compreender como suas populações se distribuem pela bacia e qual a influência de certos fatores (como, por exemplo, a fragmentação de seu habitat pela barragem de Três Marias no canal principal do rio São Francisco) sobre a viabilidade dessas populações. Nesse trabalho, foram investigadas a diversidade genética, estrutura populacional e a história demográfica da espécie S. franciscanus através da Região Controle (ou D-loop) do DNA mitocondrial, a fim de fornecer subsídios para o delineamento de estratégias adequadas de manejo e conservação. Foram coletados e analisados 76 amostras de dourados do alto e médio rio São Francisco. As sequências de DNA da Região Controle obtidas revelaram 18 haplótipos, alta diversidade haplotípica (Hd = 0,876 - 0,906) e moderada diversidade nucleotídica ( = 0,00603 - 0,00708). Além disso, foi detectada uma ausência de estruturação genética, tanto entre as populações a jusante e a montante da barragem de Três Marias, quanto entre os segmentos alto e médio da bacia do São Francisco (Fst = -0,0117 - 0,0235, p > 0,05). O teste de Mantel resultou em um valor não-significativo para isolamento por distância (r = -0,45, p > 0,05). As inferências sobre a história demográfica de S. franciscanus, feitas através das abordagens ABC (Approximate Bayesian Computation) e BSP (Bayesian Skyline Plot), detectaram um sinal de expansão populacional há 17.580 anos atrás, durante o último período interglacial do Pleistoceno. A elevada diversidade genética encontrada para o dourado, proveniente do sinal de expansão demográfica histórica, indica manutenção de potencial evolutivo para a espécie. A ausência de estruturação observada entre as populações a jusante e a montante da barragem de Três Marias sugere que o trecho a montante apresenta um ecossistema com boa capacidade de suporte e que as estratégias de repovoamento estão sendo bem-sucedidas, dispensando a necessidade da construção de um mecanismo de transposição. Abstract: Salminus franciscanus is an endemic fish species of the São Francisco river basin known as dourado. This species is a top-chain predator, one of the main targets of sport fishing and income source of several riverine communities, since the meat of this fish is also appreciated in gastronomy. In view of the economic, social and environmental consequences that would be caused by the decline of the dourado populations, it is necessary to understand how their populations are distributed in the basin and what is influence of certain factors (such as the fragmentation of their habitat by the Três Marias dam in the main channel of the São Francisco river) on the viability of these populations. In this work, we investigated the genetic diversity, population structure and demographic history of the S. franciscanus species using the mitochondrial DNAs Control Region (or D-loop), in order to provide subsidies for the design of appropriate management and conservation strategies. Seventy six sequences from the Control Region were obtained, which demonstrated eighteen haplotypes, high haplotypic diversity (Hd = 0.876 - 0.906) and moderate to high nucleotide diversity ( = 0.00603 - 0.00708). In addition, an absence of genetic structuring was detected between the populations downstream and upstream of the Três Marias dam, as well as between the upper and middle segments of the São Francisco basin. The Mantel test resulted in a non-significant value for isolation by distance (r = -0.45, p > 0.05), corroborating with the fixation index (Fst = -0.0117 - 0.0235, p > 0.05). The inferences about the demographic history of S. franciscanus were made using both ABC (Approximate Bayesian Computation) and BSP (Bayesian Skyline Plot) approaches, which detected a sign of population expansion during the last Pleistocene interglacial period, 17.580 years ago. The high levels of genetic diversity found for the dourado, descendant from the signal of historical demographic expansion, indicates maintenance of the evolutionary potential for the species. The lack of genetic structuring observed among the populations isolated by the Três Marias dam suggests that the the upstream region presents an ecosystem with good support capacity and that the repopulation strategies are successful, without the need for the implementation of transposition mechanisms. O DVD encontra-se no Setor de Coleções Especiais

As características reprodutivas estão entre as mais importantes no sistema produtivo de carne bovina, dentre elas, a idade ao primeiro parto (IPP) é de fácil mensuração e não onera o sistema produtivo para a sua obtenção. Todavia, esta característica apresenta herdabilidade de baixa magnitude, uma das razões, pode ser o fato de serem analisadas apenas informações de fêmeas consideradas férteis no momento da avaliação. Registros de fêmeas que não apresentam fenótipo devido a falhas reprodutivas, erro de manejo ou por registros inconsistentes são denominados censurados e não são analisados na avaliação genética ao utilizar modelos tradicionais. Alguns estudos têm sugerido a inclusão das informações censuradas para evitar distorções nas inferências e melhoria na predição dos valores genéticos. Outra característica reprodutiva importante economicamente para o sistema produtivo é stayability (STAY), esta característica tem relação direta com custos anuais de reposição de vacas, logo, quanto maior o custo, mais importante se torna a característica. Assim como IPP, STAY apresenta herdabilidade de baixa magnitude, além disso, sua observação fenotípica é obtida tardiamente. O perímetro escrotal (PE) é uma característica de fácil e precoce mensuração e apresenta associação fenotípica favorável com aspectos da qualidade do sêmen. Estudos têm apontado PE como importante critério de seleção para precocidade sexual em ambos os sexos. No primeiro capítulo o objetivo foi analisar metodologias para tratamento de dados censurados sob enfoque Bayesiano e compará-las através da validação cruzada e analisar a influência das informações censuradas de idade ao primeiro parto (IPP) nas estimativas de parâmetros genéticos para IPP e STAY. Foram utilizados dados reprodutivos de fêmeas (STAY e IPP) e genealogia da raça Nelore oriundos da região Centro-Oeste armazenados na Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ). Os dados foram analisados utilizando quatro diferentes modelos: Modelo linear – limiar (MLL), Modelo linear – limiar – limiar (MLLL), Modelo de penalização - limiar (MPL) e Modelo de penalização modificado - limiar (MPML). A capacidade preditiva de cada modelo foi verificada através de validações cruzadas utilizando como população de validação os animais mais jovens com ambos os pais conhecidos e informações fenotípicas de IPP. Foram analisadas na população de validação as correlações de Person entre os valores genéticos preditos com e sem as informações fenotípicas. Além disso, foram calculadas as porcentagens de animais em comum selecionados nos diferentes percentis 1% e 10%. Em geral, as médias a posteriori das estimativas de herdabilidades para IPP e STAY foram de baixa magnitude e variaram de 0,02 (MPL e MPML) a 0,07 (MLL) para IPP e de 0,09 (MLL, MPL e MPML) a 0,016 (MLLL) para STAY. As correlações genéticas estimadas entre as características IPP e STAY variaram de -0,23 a -0,51, sendo a correlação de maior magnitude observada no modelo MPML. O maior coeficiente de correção entre os valores genéticos preditos para a população de validação com e sem o fenótipo foi obtido no modelo MLL (0,89) e o menor no MPML (0,76). Em ambos os percentis, as maiores concordâncias foram observadas entre os modelos MLL e MLLL. A inclusão de informações censuradas na análise de idade ao primeiro parto acarretou aumento das variâncias residuais. As correlações genéticas entre as características analisadas não foram substancialmente influenciadas. Além disso, o modelo linear sem considerar censura dos dados obteve a melhor capacidade preditiva, sendo este o modelo recomendado para avaliação genética de idade ao primeiro parto. No segundo capítulo, objetivou-se estimar parâmetros genéticos para as características reprodutivas idade ao primeiro parto (IPP), stayability (STAY) e perímetro escrotal aos 365 dias de idade (PE365) a fim de sugerir critérios de seleção para eficiência reprodutiva em bovinos Nelore. Os dados da raça Nelore foram provenientes do Serviço de Registro Genealógico das Raças Zebuínas da Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ) oriundos da região Centro-Oeste, sendo eles, 66.986 registros de PE365, 374.665 registros de IPP e 385.225 registros de STAY. Os componentes de (co)variâncias foram estimados por meio da Inferência Bayesiana via modelo animal bicaracterístico linear para as características PE365 e IPP, para as características PE365 e STAY e para IPP e STAY, foi utilizado modelo bicaracterístico linear-limiar, de forma que o limiar diz respeito a característica binária STAY. Também foram calculadas as eficiências relativas da seleção indireta (ERS) entre as características analisadas. As estimativas (médias a posteriori) das herdabilidades foram de 0,29, 0,08 e 0,09 para PE365, IPP e STAY, respectivamente. A característica PE365 apresentou correlações genéticas favoráveis com IPP e STAY (-0,45 e 0,12, respectivamente), assim como a correlação entre IPP e STAY(-0,32). As eficiências relativas da seleção indireta mostraram que a seleção para qualquer uma das características ocasionaria mudanças favoráveis nas outras, entretanto, a seleção indireta mostrou-se mais eficiente que a direta para IPP (ERS = 1,87) quando selecionou-se para PE365. Com base nas herdabilidades e correlações genéticas estimadas para as características estudadas, pode-se concluir que o perímetro escrotal aos 365 dias de idade apresentou-se como potencial critério de seleção para desempenho reprodutivo da raça Nelore. Reproductive performance are among the most important traits in beef cattle production system. Some of these traits such as age at first calving (AFC) are easy to measure and the data collection do not increase production cost. However, AFC show low heritability probably because the fact that only information from females considered fertile at the time of evaluation are analyzed. Records of females that do not have phenotype due to reproductive failures, management error or inconsistent records are denominated censored. These information are not included in the genetic evaluation analysis using traditional models. Some studies have been suggested the inclusion of censored information in the genetic evaluation to avoid distortions in inferences and improve the prediction of breeding values. Another reproductive trait economically important to the productive system is stayability (STAY), which is directly associated with annual cost of cow replacement. Thus, the higher the replacement cost, more important STAY trait becomes. As well as IPP, STAY shows low heritability. In addition, their phenotypic observation is obtained late. The scrotal circumference (SC) is a trait of easy and early measurement. Moreover, it shows a favorable phenotypic association with semen quality traits. Studies have been pointed SC as an important selection criterion for sexual precocity in both sexes. In the first chapter of this thesis, the aim was compare models for handle with censored records through Bayesian Inference and analyze the influence of age at first calving (AFC) censored records in the estimative of genetic parameters for AFC and stayablity (STAY). The data and pedigree of Nellore cattle from Central-West region of Brazil stored by Brasilian Association of Zebu Breeders were used in the analysis. Four models were evaluated: Linear- threshold model (LTM), penalty-threshold model (PTM), modified penalty-threshold model (MPTM) and linear-threshold-threshold model (LTTM). The predictive capacity of the models were compared using cross-validation. The validation population was composed by the youngest individuals with both parents known and phenotyped for AFC. Pearson correlations between predict breeding values of the validation population with and without phenotypic information were computed. In addition, the percentages of common animals selected in the percentiles 1% and 10% were calculated. In general, posteriori means estimates of heritability for AFC presented low magnitude and ranged from 0.02 (PTM and NPTM) to 0.07 (LTM), as well as the heritability estimates for STAY (0.09 to 0.16). The genetic correlations between AFC and STAY ranged from -0.23 to -0.51 and the highest correlation was observed in the NPTM. The highest Pearson correlation in the cross validation was observed for LTM (0.89) and the lowest in MPTM (0.76). The higher concordance in both percentiles were observed between LTM and LTTM. The inclusion of censored information in the genetic evaluation of age at first calving increased the residual variances. Genetic correlations between traits analyzed were not substantially influenced by the inclusion of censored data. In addition, the linear model without considering censored data had the best predictive capacity, thus this model is recommended for genetic evaluation of age at first calving. In the second chapter, we aimed to estimate genetic parameters for the reproductive traits age at first calving (AFC), stayability (STAY) and scrotal circumference at 365 days of age (SC365) in order to suggest a selection criteria for reproductive efficiency in Nellore cattle. The data set was provided by Brazilian Association of Zebu Breeders and included data from Central-West region of Brazil. The data was composed by 66,986 records of SC365, 374,665 records of AFC and 385,225 records of STAY. The variance components were estimated using Bayesian Inference. A bi-trait linear animal model was used for SC365 and AFC, whereas for SC365 and STAY and for AFC and STAY it was used a bi-trait linear-threshold animal model, in which the threshold relates to the binary trait STAY. The relative efficiency of indirect selection (RES) among all traits were calculated. The heritabilities estimates were 0.29, 0.08 and 0.09 for SC365, AFC and STAY, respectively. The genetic correlations between SC365 and AFC and between SC365 and STAY were favorable (-0,45 and 0,12, respectively), as well as the correlation between AFC and STAY (-0,32). The relative efficiency of indirect selection showed that selection for any trait would lead to favorable changes in the others. However, the indirect selection was more efficient than direct selection for AFC when selecting in SC365 (RES = 1,87). Based on the heritability and genetic correlations estimates, we can conclude that scrotal circumference at 365 days of age is a potential selection criteria for reproductive performance in Nellore breed.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2017. O sucesso da criopreservação de embriões bovinos é essencial para melhor aproveitamento de embriões produzidos em excesso, para o estabelecimento de bancos de germoplasma e para comercialização de genética. Neste estudo, foi analisada a alteração na expressão de genes induzida pelo procedimento de vitrificação por Cryotop em blastocistos bovinos usando lâminas de microarranjo EmbryoGENE. Embriões bovinos produzidos in vitro em estágio de blastocisto (144 a 156 horas pós-inseminação) foram vitrificados com Cryotop e não vitrificados (controle). Após 4 horas de cultivo, embriões que re-expandiram ou evoluíram para o estágio de blastocisto expandido foram usados para análises do microarranjo e para quantificação em reação de cadeia de polimerase em tempo real (qPCR). As análises da expressão global revelaram 43 genes diferencialmente expressos em embriões vitrificados comparados aos do grupo controle (p0,05), afeta a produção de blastocistos e também a resposta à criopreservação (p

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Zoologia, 2017. Espécies invasoras vêm tendo um crescente interesse nos últimos anos. Seja pelos impactos econômicos ou pelos seus impactos ecológicos, eventos de invasão de espécies proporcionam oportunidades de estudo interessantes dentro das áreas de genética de populações e evolução. Hemidactylus mabouia é uma espécie de geconídeo com alta capacidade invasora. Atualmente é encontrada em quase todo o Brasil e tem na literatura um suporte estabelecido de invasão do continente Americano por meio de auxílio antrópico. Estudos feitos com essa espécie encontraram um padrão de estruturação genética progressiva durante o processo de invasão da espécie dentro da Flórida (EUA), onde o número de agrupamentos crescia conforme a diversidade genética abaixava, enquanto a espécie adentrava mais para o interior daquele estado. O presente estudo avalia a estruturação e a diversidade genética da H. mabouia no Brasil. Foram comparados a diversidade e os perfis genéticos usando marcadores de microssatélites de populações em regiões de invasão primária e invasão secundária. Os resultados encontrados diferem dos encontrados na Flórida. Porém, os resultados encontrados sugerem que a espécie está bem disseminada no Brasil com a caracterização de dois grupos (sem diferença significativa de diversidade). Esses grupos podem ter suas formações associadas de maneira bem próxima às atividades econômicas humanas. Invasive species have been getting a growing interest in the last years. Whether by their economic or their ecological impacts, invasive species events generate interesting study opportunities inside the population genetics and evolution fields. Hemidactylus mabouia is a gecko species with a high invasive potential, currently it has been found in almost all Brazil’s territory and has in the literature an established support of invasion aided by human intervention in the American continent. Studies made with this species have found a pattern of increasing genetic structuration during its invasion process in the Florida state (USA), where the number of clusters increases while the genetic variability went down at the same time that the species went into Florida’s interior. The present study evaluates the genetic structure and diversity of H. mabouia in the Brazil. The genetic populational clusters and genetic diversity were compared using microsatellites markers of populations from primary invasion regions and secondary invasion regions. The results found differ with those found in Florida. The results, however, suggest that the species is well-distributed in Brazil, with the formation of two groups (with no significative difference in genetic diversity between them). These groups may have their formation origins associated in close manner with human economic activities.

Dissertação de Mestrado, Engenharia Zootécnica, 10 de abril de 2017, Universidade dos Açores. Factores como radiação, poluentes tóxicos ambientais, stress oxidativo e choque térmico (CT) são muitas vezes apontados como responsáveis pela apoptose em embriões de bovinos, podendo este ser um dos fatores da baixa fertilidade observada nos bovinos durante a época de verão. Desta forma o presente estudo foi elaborado no sentido de avaliar a capacidade de maturação in vitro de ovócitos, após terem sido submetidos a um CT durante 0 (controlo) 6, 12 18 e 24 horas de CT1=39,5 °C e CT2=40,5 °C, bem como a expressão genética dos genes responsáveis pela sua maturação: Cx43, CDH1, DNMT1, HSPA14 e dos genes de referência, GAPDH e SDHA. Para isso, os complexos cumulus-ovócitos (CCOs) (n= 1124) foram aspirados durante os meses de Inverno e submetidos, respetivamente ao CT1 e CT2. Passadas as 24h, os CCOs foram divididos em dois grupos no qual no primeiro foram registadas as taxas de maturação nuclear (TMN), após a fixação e coloração com aceto-orceina (3:1) e no segundo grupo foi analisada a expressão genética, tendo como genes alvo Cx43, CDH1, DNMT1, HSPA14 e como referência os genes de manutenção GAPDH e SDHA. A duração do stress térmico resultou numa diminuição significativa (p