O objetivo da investigação foi quantificar a variabilidade da qualidade físico-química e microbiológica da água sob influência da precipitação mensal no Baixo Rio Jari-AP. Este trecho da bacia hidrográfica é considerado como de alto risco às enchentes periódicas. A metodologia de estudo consistiu em coletas mensais de água superficial durante os meses de novembro de 2009 a novembro de 2010, em quatro sítios amostrais definidos em um trecho de 36 km, localizado em frente da cidade Laranjal do Jari-AP. No total, dezesseis parâmetros da qualidade da água foram analisados por amostra. Os resultados foram comparados com as referências do CONAMA 357/2005 (classe 2) e submetidos a uma análise de correlação de Spearman, a qual foi utilizada para quantificar o grau de associação entre parâmetros da qualidade da água e a precipitação mensal. Os parâmetros cor, turbidez, Al+3, Mn+2 e E. coli apresentaram significativa correlação com a precipitação média mensal. Além disso, altas concentrações de DBO e Coliformes Totais (CT) indicaram maior vulnerabilidade ou risco do corpo d’água estar relacionado com doenças potenciais de veiculação hídrica em períodos mais chuvosos. Também, os parâmetros cor, Fe, CT e E. coli apresentaram-se em não conformidade com a legislação CONAMA 357/2005. Concluiu-se que a alteração da qualidade da água tende a se agravar, em termos de vulnerabilidade ou risco à saúde pública, durante eventos mais chuvosos ou de precipitação extrema. The objective of this investigation was to quantify the variability of physico-chemical and microbiological water quality parameters under the influence of monthly rainfall in the Lower Jari River, Amapá State. This stretch of the river basin is considered to be at high risk of periodic flooding. The methodology consisted of monthly sampling of surface water from November 2009 to November 2010 at four sampling sites located on a 36 km stretch in front of Laranjal do Jari City, Amapá. In total, sixteen parameters of water quality were analyzed in each sample. We compared the results with the quality standards of CONAMA Resolution N. 357/2005 for Class 2 rivers using the Spearman Correlation Analysis to quantify the degree of association between water quality parameters and monthly precipitation. The parameters Color, Turbidity, Al+3, Mn+2 and E. coli were significantly correlated with the average monthly rainfall. Furthermore, high concentrations of BOD and Total Coliform (TC) indicated greater vulnerability or environmental risk of potential waterborne diseases is associated with wetter periods. The parameters color, Fe, CT and E. coli were in non-compliance with the CONAMA (357/2005) Resolution. We concluded that water quality tends to deteriorate during wetter periods or extreme rainfall events, resulting in increased vulnerability or risk to public health.