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This article examines methodological developments in integrated zoning, which are used in the environmental planning and land use in Brazil. In particular, it focuses on Ecological-Economic Zoning (EEZ), a methodology that has become the primary instrument of territorial planning in the Brazilian government. Throughout its historical development process, EEZ has become an interdisciplinary zoning method, which incorporates various environmental and socio-economic themes. However, there are still several central issues in constant discussion and many challenges to be resolved. Various sides of this discussion are analyzed, and new methodologies are suggested from other research areas, which may contribute to the efficiency of integrated environmental studies., Este artigo adentra-se no debate sobre as evoluções metodológicas dos zoneamentos integrados constantes nos instrumentos de planejamento ambiental e de ordenamento territorial do Brasil. Em especial, enfoca o debate promovido em torno da metodologia do Zoneamento Ecológico-Econômico – ZEE - brasileiro, instrumento basilar de planejamento territorial do país. Ao longo de seu processo histórico de desenvolvimento, o ZEE tornou-se um zoneamento amplo, que incorpora diversas temáticas ambientais e sócio-econômicas. Contudo, ainda existem diversos pontos nevrálgicos em constante discussão, bem como vários desafios a serem vencidos. O artigo pretende cobrir várias facetas desse debate, além de sugerir novas metodologias provenientes de outras áreas de estudo, e que podem contribuir para que os estudos integrados de meio ambiente tornem-se cada vez mais eficientes.