OBJETIVO: O objetivo deste estudo foi avaliar o perfil e a produção científica de pesquisadores de Medicina, que têm bolsa de produtividade do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, de acordo com a área de atuação. MÉTODOS: Os currículos lattes de 411 pesquisadores com bolsas ativas no triênio 2006 a 2008 foram incluídos na análise. As variáveis de interesse foram: sexo, área de atuação; artigos publicados, e orientação de alunos de graduação, mestres e doutores. RESULTADOS: Houve uma predominância do sexo masculino (68%) e de bolsistas na categoria 2 (55,7%). Quatro Estados da Federação são responsáveis por 90% dos pesquisadores (SP, RJ, RS, MG). Oito instituições são responsáveis por aproximadamente 80% dos pesquisadores, destacando-se USP (30,7%) e UNIFESP (17%). Foram identificadas 30 áreas de atuação dos pesquisadores. Em relação à produção científica, a mediana de artigos publicados foi de 4,13/ano (Intervalo interquartil, IQ, 2,9 - 5,8). A mediana ajustada de artigos publicados na base de dados Web of Science foi de 2,23/ano (IQ, 1,4 - 3,2). Neurociências (3,16, IQ, 1,8 - 4,7) e Psiquiatria (2,92, IQ, 1,73 - 4,5) foram as áreas mais produtivas de artigos indexados. CONCLUSÃO: Há uma concentração dos pesquisadores da Medicina na região Sudeste. Nesse estudo pode ser observado um aumento da produção científica da maioria dos pesquisadores nos últimos cinco anos. Através do conhecimento do perfil dos pesquisadores da área de Medicina, podem ser definidas de maneira mais eficaz, estratégias para incentivar a produção científica e a demanda de recursos para o financiamento de projetos de pesquisa. OBJECTIVE: This study evaluated the profile and scientific production of researchers in Medicine who have a scholarship from the " Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico" . METHODS: The "Lattes" curriculum of 411 researchers in Medicine with active scholarships during the years of 2006 to 2008 were included in the analysis. Variables of interest were: gender; affiliation; scientific production, and supervision of undergraduate masters and doctorate students.. RESULTS: There was a male predominance (68%) and of scholarship level 2 (55.7%). Four states of Brazil are responsible for 90% of the researchers (SP, RJ, RS, and MG). Eight institutions account for about 80% of researchers, especially USP (30.7%) and UNIFESP (17%). The study identified 30 areas of expertise for researchers. In relation to scientific production, the median was 4.13 articles published per year (interquartile range, IQ, 2.9 - 5.8). The median adjusted for articles published in the database Web of Science was 2.23 per year (IQ, 1.4 - 3.2). The most productive areas of indexed articles were the areas of Neurosciences (3.16, IQ, 1.8 - 4.7) and Psychiatry (2.92, IQ, 1.73 - 4.5). CONCLUSION: Researchers in medicine are concentrated in the Southeast. This study has disclosed an increase in scientific output by most researchers in the last five years. Effective strategies to qualitatively improve the scientific output may possibly be enhanced by knowledge of the profile of researchers in Medicine.