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Este artigo descreve e analisa o contexto político-institucional e o processo de elaboração e implantação do Bacharelado Interdisciplinar em Saúde (BIS) no período 2006-2011. A metodologia utilizada incluiu revisão documental e análise dos registros pessoais dos pesquisadores envolvidos. A partir dos conceitos de "janela de oportunidade" e "organização hipercomplexa", verificou-se que foram criadas estruturas gerenciais e organizativas, elaborados documentos-mestres e desencadeadas ações para a implantação do curso, ligadas à conformação do corpo docente e do Colegiado do curso, elaboração do Projeto Pedagógico, planejamento, execução e acompanhamento do processo ensino-aprendizagem nos diversos componentes curriculares. A análise dos desafios e perspectivas do curso aponta que o maior problema enfrentado é a tensão entre o modelo de formação superior, profissional e disciplinar, existente até então e o modelo interdisciplinar proposto pelo BI, tensão que pode ser superada pela implantação do regime de ciclos, com a institucionalização do BI como primeiro ciclo da formação profissional na área de saúde. This article describes and analyzes the political and institutional context and the process of implementation of the Interdisciplinary Bachelor's degree in Health (IBH) during the 2006-2011 period. The methodology included document review and analysis of personnel records of the researchers involved. By using the concepts of "window of opportunity" and "hypercomplex organization," it was revealed that managerial and organizational structures were created and master-documents were prepared. In addition to this, actions for implementation of the course, related to the structure of the faculty and the academic council, preparation of the pedagogical project, planning, implementation and monitoring of the teaching-learning process in the various curriculum components offered since 2009 was conducted. Analysis of the challenges and prospects of the course indicates that the major problem is the tension between the traditional model of vocational and discipline-based higher education existing hitherto and the interdisciplinary model proposed by IBH. This tension can be overcome by the full implementation of learning cycles with the institutionalization of IBH as the first cycle of professional health education.