O domínio subterrâneo, composto por uma vasta rede de cavidades e fissuras, alberga um ecossistema peculiar, rico em microendemismos e espécies que exibem adaptações morfofisiológicas à vida em profundidade. Os ecossistemas subterrâneos estão sujeitos a variadas pressões ambientais decorrentes da utilização do solo à superfície. A sensibilidade ecológica que caracteriza as regiões cársicas, acrescida de um conhecimento científico incipiente, traduz-se na irreversível degradação destes ecossistemas. A extensão dos habitats subterrâneos é bastante alargada, contudo a sua Biologia é, em boa medida, desconhecida. O conhecimento actual da Biologia subterrânea das regiões cársicas baseia-se, sobretudo, em trabalhos de taxonomia clássica realizados no século passado. Os sistemas cársicos subterrâneos representam um importante recurso para as regiões onde se inserem. A nível socio-económico contêm os mais importantes reservatórios de água doce disponíveis para uso humano e são zonas de intensa actividade extractiva, assim como excelentes cenários de dinamização de turismo de natureza e científico. As zonas cársicas ocupam uma parte considerável do território nacional, onde se conhecem mais de 3000 cavidades subterrâneas. Este trabalho apresenta uma perspectiva dos estudos de Biologia subterrânea em regiões cársicas nacionais, desde a primeira referência escrita, em 1870, até às mais recentes descobertas, bem como, as principais problemáticas da conservação da natureza em regiões cársicas.