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OBJETIVO: Dosar os marcadores tumorais antígeno carcinoembrionário (CEA), fragmento da citoqueratina 19 (CYFRA21-1) e antígeno glicosídico associado a tumor 15-3 (CA 15-3) em sangue e líquido pleural de portadores de derrames pleurais benignos e malignos, avaliando a sensibilidade de cada um deles nesses fluidos. MÉTODOS: Avaliamos prospectivamente 85 pacientes com derrame pleural. O estudo do líquido pleural obedeceu a critérios determinados pela literatura. A dosagem dos marcadores foi realizada por eletroquimioluminescência. A sensibilidade foi determinada sob a condição de que a especificidade fosse > 90%. RESULTADOS: Foram diagnosticados 36 casos malignos (42,4%), 30 benignos (35,3%); em 19 pacientes (22,3%), o diagnóstico foi inconclusivo. Nos casos malignos, os valores de CEA e CYFRA21-1 foram maiores no líquido pleural do que no sangue, fato não observado para o CA 15-3. Nos casos benignos, os valores do CYFRA21-1 foram maiores no líquido pleural do que no soro, enquanto que para o CEA e o CA 15-3, ocorreu o oposto. Todos os marcadores apresentaram diferença significativa entre os casos malignos e benignos, em líquido pleural e soro. Foi encontrada sensibilidade para CEA, CYFRA21-1 e CA 15-3 no líquido pleural de 69,4%, 69,4% e 66,7%, respectivamente e quando associados, foi 80,6%. No soro, a sensibilidade foi 57,1, 71,4 e 48,6% para CEA, CYFRA21-1 e CA 15-3, respectivamente, e quando associados, foi 77%. CONCLUSÃO: Os resultados sugerem que a utilização desses marcadores pode ser útil na diferenciação entre derrames pleurais malignos e benignos. OBJECTIVE: To determine the levels of the tumor markers carcinoembryonic antigen (CEA), cytokeratin 19 fragment (CYFRA21-1) and carbohydrate antigen 15-3 (CA 15-3) in the blood and pleural fluid of patients with benign or malignant pleural effusion, evaluating the sensitivity of each marker in these fluids. METHODS: We prospectively evaluated 85 patients with pleural effusion. The study of the pleural fluid observed the criteria established in the literature. Levels of the markers were determined using electrochemiluminescence. The sensitivity was determined on the condition that the specificity was > 90%. RESULTS: Of the 85 cases, 36 (42.4%) were malignant, 30 (35.3%) were benign, and the results were inconclusive in 19 (22.3%). In the malignant cases, the CEA and CYFRA21-1 levels were higher in the pleural fluid than in the blood, which was not observed for CA 15-3. In the benign cases, the CYFRA21-1 levels were higher in the pleural fluid than in the blood, whereas the opposite was found for CEA and CA 15-3. There were significant differences between malignant and benign cases for all markers, in pleural fluid and blood. In the pleural fluid, the sensitivity of CEA, CYFRA21-1 and CA 15-3 was 69.4, 69.4 and 66.7%, respectively, and the combined sensitivity was 80.6%. In the blood, the sensitivity was 57.1%, 71.4% and 48.6% for CEA, CYFRA21-1 and CA 15-3, respectively, and the combined sensitivity was 77%. CONCLUSION: The results suggest that these markers might be useful in the differentiation between malignant and benign pleural effusion.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2019-09-18T14:53:16Z No. of bitstreams: 1 Amanda Cristina da Costa Guimaraes.pdf: 1753289 bytes, checksum: 03863e8849881c49be3fd6da191315b3 (MD5) Made available in DSpace on 2019-09-18T14:53:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Amanda Cristina da Costa Guimaraes.pdf: 1753289 bytes, checksum: 03863e8849881c49be3fd6da191315b3 (MD5) Previous issue date: 2019-08-13 Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES Klebsiella pneumoniae is one of the most commonly identified pathogens causing nosocomial infection in hospitalized patients, as it has intrinsic resistance and several virulence factors. Infections caused by these bacteria can result in septicemia and septic shock, which is triggered by lipopolysaccharides (LPS) present in the bacterial wall, stimulating neutrophils, macrophages, endothelial cells and muscles to an exacerbated production of proinflammatory cytokines such as TNFα, IL1, IL6 and IL8. However, modulation of this exacerbated response can be achieved by IL10. The objective of this work was to identify the polymorphisms in immunity genes related to the susceptibility of patients to develop bacterial infections and which virulence factors are present in these pathogens. We analyzed 100 patients for TNFα-308 G / A, IL1β-511 C / T, IL6 -174 G / C and IL10 -1082G/A polymorphisms, all by PCR. The 41 strains of K. pneumoniae from blood cultures were investigated for the presence of virulence genes by specific PCR, and determinations of Type Sequences were performed by MLST. Capsule production was quantified by determination of uronic acid concentration. Statistical analysis was performed by Williams G test, 95% OddsRatio (OR), Trend test (Cochran-Armitage) and Tukey test. Quantitative and qualitative variables were analyzed by the t-student test. Our results reveal that homozygotes for allele A in IL10 -1082G/A have a fourfold higher risk of developing bacterial infection compared with heterozygous patients for this polymorphism. In addition, we emphasize that 99.6% of K. pneumoniae are hypervirulent because they have at least five virulence genes. In conclusion, our findings revealed that IL10 -1082G/A polymorphism and clinical features can be used as markers for the development of bacterial infection. A Klebsiella pneumoniae é um dos patógenos identificados mais frequentemente causando infecção hospitalar em pacientes hospitalizados, uma vez que possui resistência intrínseca e diversos fatores de virulência. Infecções causadas por essas bactérias podem resultar em septicemia e choque séptico, que é desencadeado porlipopolissacarídeos (LPS) presentes na parede bacteriana, estimulando neutrófilos, macrófagos, células endoteliais e músculos a uma produção exacerbada de citocinas pró-inflamatórias como TNFα, IL1, IL6 e IL8. No entanto, a modulação dessa resposta exacerbada pode ser alcançada pela IL10. O objetivo deste trabalho foi identificar os polimorfismos em genes de imunidade relacionados à susceptibilidade de pacientes desenvolverem infecções bacterianas e quais fatores de virulência estão presentes nesses patógenos. Foram analisados 100 pacientes para os polimorfismos TNFα -308 G/A, IL1β-511 C/T, IL6 -174 G/C e IL10 -1082G/A, todos pelo método de PCR. As 41 cepas de K. pneumoniae de culturas de sangue foram investigadas quanto à presença de genes de virulência por PCR específico, e as determinações das Sequências Tipo foram realizadas por MLST. A produção de cápsula foi quantificada pela determinação da concentração de ácido urônico. A análise estatística foi realizada pelo teste G de Williams, OddsRatio (OR) com 95%, Trend test (Cochran-Armitage) e Teste de Tukey. Variáveis quantitativas e qualitativas foram analisadas pelo teste t-student. Nossos resultados revelam que homozigotos para o alelo A em IL10 -1082G/A têm um risco quatro vezes maior de desenvolver infecção bacteriana em comparação com pacientes heterozigotos para esse polimorfismo. Além disso, enfatizamos que 99,6% das K. pneumoniae são hipervirulentas, pois apresentam pelo menos cinco genes de virulência. Em conclusão, nossos achados revelaram que o polimorfismo IL10 -1082G/A e características clínicas podem ser usados como marcadores para o desenvolvimento de infecção bacteriana.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-06-29T12:58:59Z No. of bitstreams: 1 Anthony Jose da Cunha Carneiro Lins.pdf: 4504349 bytes, checksum: 5196fa4bef76b0d9f4a5c0c0d1f77199 (MD5) Made available in DSpace on 2018-06-29T12:58:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Anthony Jose da Cunha Carneiro Lins.pdf: 4504349 bytes, checksum: 5196fa4bef76b0d9f4a5c0c0d1f77199 (MD5) Previous issue date: 2018-02-20 Aid to the Diagnosis of Cognitive Decline and Alzheimer’s Dementia using Machine Learning based on Cognitive Tests and Genetic Markers A large number of solutions based on computer systems have recently been developed for the classification of cognitive abnormalities in the elderly, so that individuals at high risk of developing neurodegenerative diseases, such as Mild Cognitive Impairment (MCI) and Alzheimer’s Dementia (AD), can be Identified before the onset of disease. Several factors are related to these pathologies, making the diagnostic process a process of high complexity to be solved. This paper proposes the use of a computer model based on machine learning to perform data regression and pattern classification processes in a real database of elderly individuals. The proposal takes into account data on the gender, age, level of education of the individuals and the scores resulting from cognitive tests (Mental State Mini-Exam, Verbal and Semantic Fluency Test, Clinical Dementia Rating - And Dementia Determination Test - Ascertaining Dementia). Using nonlinear regression models, we can design classifiers to distinguish when aging is being healthy and / or pathological. The primary objective of this research is to use a regression model to analyze the data set to verify which parameters are most relevant to achieve high accuracy in the diagnosis of neurodegenerative disorders. One of the conclusions indicates that the diagnostic process based only on the results of the cognitive tests, can obtain a high rate of performance, compared to the use of all factors, including socio-cultural data. In this analysis, it is demonstrated that the use of cognitive tests produces better average values. Other analyzes were performed including genetic markers (CYP46A1 and ApoE4), without influencing the results in relation to the accuracy of the analyzes, comparing with the performance of the cognitive tests. Statistical analyzes show that the best performance in terms of sensitivity is above 97% when the settings have only cognitive tests. The approach presented can be encapsulated as a tool to support the clinical diagnostic process to identify patients with dementia or cognitive decline. Um grande número de soluções baseadas em sistemas computacionais tem sido desenvolvido recentemente para a classificação de anormalidades cognitivas em idosos, de modo que indivíduos com alto risco de desenvolver doenças neurodegenerativas, como Declínio Cognitivo (DC) e Demência de Alzheimer (DA), podem ser identificados antes da manifestação das doenças. Vários fatores estão relacionados a essas patologias, tornando o processo de diagnóstico de alta complexidade para ser resolvido. Este trabalho propõe utilização de modelo computacional baseado em aprendizagem de máquina para realizar processos de regressão de dados e classificação de padrões, em uma base de dados reais de indivíduos idosos. A proposta leva em conta dados sobre o gênero, a idade, o nível de instrução dos indivíduos e os escores resultantes dos testes cognitivos (Mini-Exame do Estado Mental, Teste de Fluência Verbal e Semântica, Taxa de Demência Clínica - Clinical Dementia Rating - e Teste de Determinação de Demência - Ascertaining Dementia). Usando modelos de regressão não-linear, que permitem projetar classificadores para distinguir quando o envelhecimento está sendo saudável e/ou patológico. O objetivo primário desta pesquisa é utilizar um modelo de regressão para analisar o conjunto de dados para verificar quais parâmetros são mais relevantes para alcançar alta precisão no diagnóstico de distúrbios neurodegenerativos. Uma das conclusões indica que o processo de diagnóstico baseado apenas nos resultados dos testes cognitivos, podem obter uma alta taxa de desempenho, em comparação a utilização de todos os fatores, incluindo dados sócio-culturais. Nesta análise, demonstra-se que o uso de testes cognitivos produz melhores valores médios. Outras análises foram realizadas incluindo marcadores genéticos (CYP46A1 e ApoE4), sem influenciar os resultados com relação à acurácia das análises, comparando com a performance dos testes cognitivos. Análises estatísticas mostram que o melhor desempenho em termos de sensibilidade é acima de 97% quando as configurações têm apenas testes cognitivos. A abordagem apresentada pode ser encapsulada como uma ferramenta de suporte ao processo de diagnóstico clínico, para identificar pacientes com demência ou declínio cognitivo.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-06-28T12:52:01Z No. of bitstreams: 1 Rodrigo Feliciano do Carmo.pdf: 3731491 bytes, checksum: 86d8eb6b218e10bf0ba32ef83c2d9050 (MD5) Made available in DSpace on 2016-06-28T12:52:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigo Feliciano do Carmo.pdf: 3731491 bytes, checksum: 86d8eb6b218e10bf0ba32ef83c2d9050 (MD5) Previous issue date: 2016-05-23 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES The hepatitis C virus (HCV) represents a worldwide health problem, with over 170 million people infected all over the world, corresponding to almost 3% of the world’s population. Approximately 70% of the individuals will develop the chronic form of the disease; 25% will develop cirrhosis and about 5% among the cirrhotic will develop hepatocellular carcinoma (HCC). The reason why some individuals evolve more rapidly to the severe forms is still unknown, however, several studies have pointed the influence of genetic factors of the host which are involved with the disease progression in the liver. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most common type of genetic variation in humans, and they might alter serum levels or even the function of important proteins. Pentraxin 3 (PTX3) is an acute phase protein that is able to bind the surface of microorganisms and to regulate the complement system. Studies have demonstrated that PTX3 may influence positively the progression of various types of cancer. Additionally, some studies have demonstrated an important influence of a chromosomic region (6q23), associated with the progression of liver fibrosis in schistosomiasis. The IL22RA2 gene is located in this region e may be associated with the severity of fibrosis in HCV, once this gene codifies an inhibitor of an important cytokine correlated with the repair of liver damage, the interleukin-22 (IL-22). Thus, the aim of the present study was to associate the severity of the liver disease caused by HCV with SNPs in the PTX3 and IL22RA2 genes, as well as to identify new SNPs through exome sequencing approach. Patients with chronic hepatitis C were recruited and attended at the service of Gastrohepatology of the Oswaldo Cruz University Hospital/Liver Institute of Pernambuco (Recife, Pernambuco, Brazil) between August 2010 and December 2014. The detection of SNPs was performed by real time PCR using TaqMan probes (Thermo Fisher Scientific). Regarding the exome sequencing, it was used the IonTorrent platform (Thermo Fisher Scientific). A total of three studies were performed, the first study identified two polymorphisms (rs6570136 and rs2064501) on the IL22RA2 gene, associated with the severity of hepatic fibrosis, in a total of 532 patients. It was observed a higher frequency of genotypes GG/GA of rs6570136 and TT/TC of rs2064501 in the group of individuals with severe fibrosis (p=0,007 OR 1,7 and p=0,004 OR 2,4). On the second study, with a total of 524 patients, it was possible to notice a significant association of the genotype AA in the PTX3 gene (rs2305619) with risk of HCC (p=0.024 OR 1,94). Finally, the exome sequencing was carried in 9 HCC cases and 10 cirrhotic controls, where it was possible to identify two genes (PRSS58 and SOCS5), which are possibly associated with the development of HCC. Therefore, through this study we have demonstrated, for the first time, the association of SNPs in IL22RA2, PTX3, PRSS58 and SOCS5 with the progression of the hepatic disease caused by HCV. Other studies are needed in order to evaluate the use of these SNPs as progression markers of hepatitis C; as well as to evaluate the possible use of these molecules as therapeutic targets. O vírus da hepatite C (HCV) representa um problema de saúde mundial, acometendo mais de 170 milhões de pessoas em todo o mundo, o que corresponde a cerca de 3% da população mundial. Aproximadamente 70% dos indivíduos irão desenvolver a forma crônica da doença, 25% desenvolverão cirrose e cerca de 5% dos cirróticos desenvolverão carcinoma hepatocelular (HCC). O motivo pelo qual alguns indivíduos evoluem mais rapidamente para formas mais graves ainda é desconhecido, entretanto diversos estudos têm apontado a influência de fatores genéticos do hospedeiro envolvidos com a progressão da doença no fígado. Polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs) são o tipo de variação genética mais comum em humanos, e podem influenciar os níveis séricos ou até mesmo a função de proteínas importantes. A pentraxina 3 (PTX3) é uma proteína de fase aguda capaz de se ligar a microrganismos e de regular o sistema complemento. Estudos têm demonstrado que a PTX3 pode influenciar positivamente a progressão de vários tipos de câncer. Além disso, alguns estudos têm demonstrado uma grande influência de uma região cromossômica (6q23) associada com a progressão da fibrose hepática na esquistossomose. O gene IL22RA2 está localizado nesta região e poderia estar associado com a gravidade da fibrose no HCV, uma vez que este gene codifica um inibidor de uma importante citocina envolvida com a reparação de danos hepáticos, a interleucina-22 (IL-22). Portanto, o objetivo do presente trabalho foi associar a gravidade da doença hepática causada pelo HCV, com SNPs nos genes PTX3 e IL22RA2, assim como identificar novos SNPs através da técnica de sequenciamento de exoma. Foram recrutados pacientes com hepatite C crônica, atendidos no serviço de Gastrohepatologia do Hospital Universitário Oswaldo Cruz/Instituto do Fígado de Pernambuco (Recife-PE, Brasil) entre agosto de 2010 e dezembro de 2014. A detecção dos SNPs foi realizada por PCR em tempo real através de sondas TaqMan®. Para o sequenciamento do exoma, foi utilizada a plataforma IonTorrent®. Um total de três estudos foram realizados, o primeiro estudo identificou dois polimorfismos (rs6570136 e rs2064501) no gene IL22RA2, associados com a gravidade da fibrose hepática, em um total de 532 pacientes. Foi observada uma maior frequência dos genótipos GG/GA do rs6570136 e TT/TC do rs2064501 no grupo de indivíduos com fibrose grave (p=0,007 OR 1,7 e p=0,004 OR 2,4). No segundo estudo, com um total de 524 pacientes, foi possível observar uma associação significativa do genótipo AA no gene PTX3 (rs2305619) com o risco de HCC (p=0.024 OR 1,94). Por fim, foi realizado o sequenciamento do exoma de 9 casos com HCC e 10 controles cirróticos, onde foi possível identificar dois genes (PRSS58 e SOCS5) possivelmente associados com o desenvolvimento de HCC. Portanto, através do presente estudo, foi demonstrado pela primeira vez a associação de SNPs no IL22RA2, PTX3, PRSS58 e SOCS5 com a progressão da doença hepática causada pelo HCV. Outros estudos são necessários para avaliar o uso desses SNPs como marcadores de progressão da hepatite C, bem como avaliar o possível uso dessas moléculas como alvos terapêuticos.

CAPES Cerca de 265 mil mulheres morrem todos os anos vítimas de câncer cervical. Infecções persistentes causadas por Papilomavírus humano de alto risco oncogênico (HR HPVs) é uma condição necessária, porém não suficiente para o desenvolvimento de lesões cervicais e câncer cervical. Dessa forma, diversos fatores ambientais e genéticos estão envolvidos na carcinogênese cervical. Dentre os fatores genéticos, as variantes genéticas dos HR HPVs parecem estar relacionados com o risco de infecções persistentes e desenvolvimento de lesões e câncer cervical. Assim, o presente estudo investigou: 1) A variabilidade genética de um fragmento do gene L1 dos HPV16, 31, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70 e 81 em amostras biológicas de pacientes oriundos dos Estados de Pernambuco, Alagoas e Sergipe, Nordeste do Brasil; 2) A variabilidade genética da LCR dos HR HPVs 16, 31 e 58 oriundas de pacientes dos Estados de Pernambuco, Alagoas e Sergipe, Nordeste do Brasil; 3) Uma possível associação entre os polimorfismos virais do gene L1 e o risco para desenvolver lesões cervicais nas pacientes do Nordeste do Brasil. Para tanto, a detecção do DNA viral foi realizada em amostras biológicas de 784 pacientes. Os fragmentos parciais do gene L1 e da LCR dos HPVs mencionados foram sequenciados. Análises in silico de possíveis epitopos de células B e de células T foram efetuadas nas regiões de mutação não-sinônima no gene L1. Além disso, análises in silico dos sítios de ligação dos fatores transcricionais foram realizadas em regiões de alteração nucleotídica da LCR. Foram detectados 23 tipos de HPVs: HPVs 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 52, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70, 72, 81, 82, 83 e 84. Com relação ao gene L1 dos HPV analisados, foram detectadas 98 mutações, sendo 96/98 substituições de bases, 1/98 deleção e 1/98 inserção de nucleotídeo. Dentre estas alterações nucleotídicas no gene L1, 29,6% são mutações não sinônimas. Ademais, 18,36% das variações detectadas no gene L1 estavam inseridas em epitopos de células B, 25,5% inseridos em regiões de MHC Classe I e 18,36% inseridos em regiões de MHC Classe II. Um total de 8,1% das variações genéticas observadas no gene L1 dos HPV estudados foram descritos pela primeira vez na literatura. Em relação a LCR, foram detectadas 95 mutações, sendo 88/95 substituições de bases, 5/98 deleções e 2/95 inserções de nucleotídeos. Um total de 51,5% das mutações detectadas estão inseridas em sítios de ligação dos fatores transcricional celular e/ou viral. Além disso, 3,1% das variações genéticas encontradas na LCR foram descritas pela primeira vez na literatura. As análises filogenéticas mostraram a presença das variantes A e D do HPV16, A e C do HPV31 e A, B, C e D do HPV58 circulante no Nordeste do Brasil. Com relação a repercussão biológica das mutações do gene L1 do HPV16, não foram observadas associações significativas (p>0.05) entre os polimorfismos do gene L1 e o risco para desenvolver lesões cervicais. Entretanto, a combinação de determinados alelos destes polimorfismos virais está fortemente associada com o risco de desenvolver lesão cervical. Assim, a detecção das principais variantes e de alterações nucleotídicas com potencial impacto biológico circulantes no Nordeste Brasileiro é importante face as diferenças na patogenicidade dos HPVs. Approximately 265 thousand women die every year from cervical cancer. Persistent infections caused by high oncogenic risk Human papillomavirus (HR HPV) are necessary but not sufficient condition for the development of cervical lesions and cervical cancer. Therefore, several environmental and genetic factors are involved in cervical carcinogenesis. Concerning the genetic factors, variants of HR HPV seem to be related to the risk of persistent infections and the development of lesions and cervical cancer. In this sense, the present study aimed to investigate: 1) The genetic variability of a L1 gene fragment from HPV16, 31, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70 and 81 in biological samples of patients from Pernambuco, Alagoas and Sergipe states, Northeastern Brazil; 2) The genetic variability of the LCR of HR HPVs 16, 31 and 58 of patients from from Pernambuco, Alagoas and Sergipe states, Northeastern Brazil; 3) Possible association between the viral polymorphisms of the L1 gene and the risk to develop cervical lesions in patients from the Brazilian Northeast. To achieve that, viral DNA detection was performed in biological samples from 784 patients. Partial fragments of the L1 gene and the LCR of the abovementioned HPVs were sequenced. In silico predictions of possible B cells and T cells epitopes were performed in regions of non-synonymous mutation of the L1 gene. Moreover, in silico predictions of the binding sites of transcriptional factors were performed in nucleotide change regions within LCR. Twenty-three HPV types were detected: HPVs 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 52, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70, 72, 81, 82, 83 e 84. Regarding the L1 gene from the analyzed HPVs, 98 mutations were detected, in which 96 are nucleotide substitutions, 1 is deletion and 1 is nucleotide insertion. Among these nucleotide changes in the L1 gene, 29.6% are non-synonymous mutations. Moreover, 18.36% of the nucleotide changes are located in B cell epitopes, 25.5% located in MHC Class I regions and 18.36% located in MHC Class II regions. Finally, 8.1% of the genetic variations in the L1 gene of the studied HPVs were observed for the first time. Concerning LCR, 95 mutations were detected, in which 88 are nucleotide substitutions, 5 are deletions and 2 are nucleotide insertions. A total of 51.5% of the detected mutations are located in binding sites of cellular and/or viral transcriptional factors. Additionally, 3.1% of the genetic variations found in LCR were described for the first time. Phylogenetic analisys showed the presence of A and D variants of the HPV16, A and C variants of the HPV31, and A, B, C and D variants of the HPV58 circulating in the Brazilian Northeast. In regard to the biological repercussion of the L1 gene mutations of the HPV16, no significant associations were observed (p>0.05) between L1 gene polymorphism and the risk to develop cervical lesions. However, the combination of certain alleles from these viral polymorphisms is firmly associated to the risk to develop cervical lesion. Thus, the detection of the main circulating variants with potential biological impact in the Brazilian Northeast is important in view of the differences in the pathogenicity of the HPV.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-06-13T15:18:11Z No. of bitstreams: 1 Lidiane Regia Pereira Braga de Brito.pdf: 2287582 bytes, checksum: 17e61dc27685605b15670b417a165d29 (MD5) Made available in DSpace on 2016-06-13T15:18:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lidiane Regia Pereira Braga de Brito.pdf: 2287582 bytes, checksum: 17e61dc27685605b15670b417a165d29 (MD5) Previous issue date: 2014-06-13 The chemotherapy used in the treatment of acute leukemias (AL) in pediatric immune system, promoting the morbidity and mortality from infection during the induction phase of treatment, the first 50 days. However, questions remain about why some of these children develop severe and fatal infections. The occurrence of polymorphisms (SNPs) in regions associated with regulation of immune system components may be associated with proteins that indicate the recognition of pathogens, such as the mannose-binding lectin (MBL) and cytokine tumor necrosis factor alpha (TNFα) and interleukin 10 (IL-10). The aim of this study was to evaluate the association between susceptibility to infection of pediatric patients and the following polymorphisms: -550 promoter regions (alleles H / L), -221 (alleles X / Y) and structural exon 1 (alleles A / O) MBL2 gene, the promoter region -1082 (allele G / A), -819/-592 (allele C / T) of the IL-10 gene region and -308 (allele G / A) gene TNFα. The 225 patients were evaluated in the CEONHPE / HUOC-UPE. Of these, 84% (n = 189) were diagnosed with acute lymphoblastic leukemia (ALL). Overall group (AL), there was no association between the three polymorphic regions studied with febrile neutropenia (-550 H/L, p=0.912; -221 X/Y, p=0.471; exon 1 A/O, p=0.138), number of infectious events (-550 H/L, p=0.912; exon 1 A/O, p=0.741) and the risk of relapse (-550 H/L, p=0.588; exon 1 A/O, p=0.882). However, an association was observed between age and genotype AO of exon 1 in patients younger than 10 years in AL (p=0.027) and ALL (p=0.038). In conclusion, we can suggest that the pediatric patients younger than 10 years, carriers of the MBL2 genotype AO, that determine low oligomerization and compromised biological function of the protein may have immune response deficiency. A quimioterapia utilizada no tratamento de leucemias agudas (LA) pediátricas deprime o sistema imune, favorecendo a morbidade e mortalidade por infecções durante a fase de indução do tratamento, ou seja, os primeiros 50 dias. Entretanto, permanecem duvidas sobre o porquê de algumas dessas crianças desenvolverem infecções severas e fatais. A ocorrência de polimorfismos (SNPs) em regiões promotoras e estruturais de genes de componentes do sistema imune pode estar associada ao padrão de reconhecimento de patógenos, a exemplo da Lectina Ligadora de Manose (MBL) e das citocinas Fator de Necrose Tumoral alfa (TNFα) e interleucina 10 (IL-10). O objetivo deste trabalho foi verificar uma possível associação entre a susceptibilidade à infecção nos pacientes pediátricos com os polimorfismos nas regiões promotoras -550 (alelos H/L), -221 (alelos X/Y) e estrutural éxon 1 (alelos A/O) do gene MBL2, das regiões promotoras -1082 (alelos G/A), -819/-592 (alelos C/T) do gene IL-10 e região -308 (alelos G/A) do gene TNFα. Foram avaliados 225 pacientes com LA em tratamento no CEONHPE/HUOC-UPE. Destes, 84%(n=189) tiveram o diagnóstico de Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA). No grupo geral (LA), houve ausência de associação entre as três regiões polimórficas estudadas do gene MBL2 com a neutropenia febril (-550 H/L, p=0,912; -221 X/Y, p=0,471; éxon 1 A/O, p=0,138), número de eventos infecciosos (-550 H/L, p=0,912; éxon 1 A/O, p=0.741) e o risco de recaída (-550 H/L, p=0,588; éxon 1 A/O, p=0,882). Entretanto, observou-se que o genótipo AO do gene MBL2 foi associado aos pacientes pediátricos com LA (p=0,027) e LLA (p=0,038) que apresentavam idade abaixo de 10 anos. Com relação aos polimorfismos dos genes IL-10 e TNFα não foi observada associação com as mesmas situações clínicas anteriormente referidas e nem com a idade dos pacientes. Em conclusão, podemos sugerir que os pacientes pediátricos com idade abaixo de 10 anos e portadores do genótipo AO do gene MBL, que determina baixa oligomerização e função biológica comprometida da proteína podem apresentar deficiência na resposta imune.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-06-13T14:33:26Z No. of bitstreams: 1 Jacyra Salucy Antunes Ferreira.pdf: 1876152 bytes, checksum: ac08788f02861882b87798086b8b7c71 (MD5) Made available in DSpace on 2016-06-13T14:33:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jacyra Salucy Antunes Ferreira.pdf: 1876152 bytes, checksum: ac08788f02861882b87798086b8b7c71 (MD5) Previous issue date: 2014-05-12 Despite the economic and social transformations, leprosy remains a public health problem. Pernambuco has 60 % of cases concentrated in the Recife metropolitan area and is responsible for 30% of the cases in the state, being considered a priority for leprosy control. The spatial distribution and identification of risk groups and the study of new technologies which may collaborate in the diagnosis and treatment of the cases is important to assist in the planning, implementation and monitoring of prevention and control measures of this disease. The use of serological and molecular markers appears as an option that can help to develop future strategies for contacting chemoprophylaxis, as measures of disease control. Genetic studies suggest that variations in the susceptibility of humans to leprosy involve complex characteristics of various polymorphic alleles, moreover the polymorphism of the mannose binding lectin (MBL2 ) gene have been associated with the protection against lepromatous leprosy .The present study aimed to investigate the association of polymorphism of MBL2 gene with operating class and clinical forms of leprosy and anti - PGL - 1 serology in household contacts in the highest risk areas in the city Recife in the period 2006-2013. The construction of the Social Need Indicator (ICS) was performed using data from the 2010 demographic census. For the detection of anti- PGL – 1 in the contacts, the ML Flow test was used. This test was developed in the Laboratory of Immunology of AIDS and Leprosy Institute of Tropical Pathology and Public Health (IPTSP) at the Federal University of Goiás (UFG). Genotyping of the promoting region was performed using Taqman fluorescent probes by PCR technology in real time. The comparison of the Social Need indicator with the detection rate of leprosy showed a direct relationship between them. The Spearman correlation coefficient was positive, but weak, probably due to the heterogeneous composition of the city. The seroprevalence of anti -PGL- 1 was 36.80 % being greater in female contacts, aged over 15, and in contacts of multibacillary patients MBL2 structural variantallele O andgenotype OO were associated to PB in univariate (p= 0.034 and 0.003) in manand cases olderthan 40 years; and in multivariate analysis the genotype OO also was independently associated to PB (p= 0.023). Interestingly, the O allele and HYO and LYO haplotype were associated to IgM anti-PGL-1 positive serology (p= 0.046 and 0.032). MBL2 polymorphism may influence leprosy development by anefficient modulation of anti-PGL-1 response and low complement activation. Apesar das transformações econômicas e sociais, a hanseníase persiste como um problema de saúde pública. Pernambuco apresenta 60% dos casos concentrado na região metropolitana e o Recife é responsável por 30% dos casos do estado sendo considerado prioritário para o controle da hanseníase. Sua distribuição espacial com identificação de grupos de risco e o estudo de novas tecnologias que colaborem no diagnóstico e tratamento dos casos são importantes para auxiliar no planejamento, implementação e monitoramento de ações de prevenção e controle dessa doença. A utilização de marcadores sorológicos e moleculares surge como uma opção que podem auxiliar na elaboração de futuras estratégias de quimioprofilaxia de contactantes, como medidas de controle da doença. Estudos genéticos sugerem que variações na susceptibilidade dos seres humanos a hanseníase envolvem características complexas de vários alelos polimórficos e o polimorfismo do gene da lectina ligadora de manose (MBL2) tem sido associado à proteção para forma lepromatosa da hanseníase. A presente pesquisa teve como objetivo verificar a associação do polimorfismo do gene MBL2 com classe operacional e formas clínicas da Hanseníase e a sorologia anti-PGL-1 em contatos intradomiciliares nas áreas de maior risco no município Recife no período de 2006 a 2013. A construção do Indicador de Carência Social (ICS) foi realizada a partir de dados do censo demográfico de 2010. Para detecção do anti-PGL-1 nos contatos utilizou-se o teste ML Flow desenvolvido no Laboratório de Imunologia da AIDS e da Hanseníase do Instituto de Patologia Tropical e Saúde Pública (IPTSP) da Universidade Federal de Goiás (UFG). A genotipagem da região promotora do gene MBL2 foi realizada pelo sistema de sondas fluorescentes Taqman através da tecnologia de PCR em tempo real. A comparação do Indicador de Carência Social com o coeficiente de detecção da hanseníase mostrou existir uma relação direta entre eles. O coeficiente de correlação de Spearman apresentou-se positiva, porém fraca, provavelmente devido à composição heterogênea da cidade. A soroprevalencia do anti-PGL 1 foi de 36,80% sendo maior nos contatos do sexo feminino, na faixa etária de maiores de 15 anos e em contatos de pacientes multibacilares. Na análise univariada o alelo O e o genótipo OO foram associados a classificação operacional Paucibacilar, no sexo masculino e com mais de 40 anos (p = 0,034 e 0,003, respectivamente). Na análise multivariada o genótipo OO também foi associado a Paucibacilar (p = 0,023). O alelo O e os haplótipos HYO e LYO foram associadas à sorologia positiva para anti-PGL-1 (p = 0,046 e 0,032). Portanto, os polimorfismos do gene MBL2 podem influenciar no desenvolvimento das formas clínicas mais graves da hanseniase com baixa ativação do complemento, assim como na modulação de anti-PGL-1

CAPES Os tumores embrionários constituem importante causa de morte em crianças, cujos fatores de risco, possíveis causas e mecanismos etiopatogênicos são pouco conhecidos. Visando contribuir para identificação de fatores de suscetibilidade e prognóstico, esse estudo teve por objetivo avaliar fatores biológicos, clínicos, moleculares e citogenéticos em crianças com neuroblastoma, retinoblastoma, tumor de Wilms e meduloblastoma, atendidas no Centro de Oncohematologia Pediátrica do Hospital Universitário Oswaldo Cruz. Foram estudados 51 pacientes com neuroblastoma, 141 com retinoblastoma, 97 com tumor de Wilms e 51 com meduloblastoma quanto ao sexo, idade, queixas, localização do tumor, estadiamento, metástases, níveis de desidrogenase láctica e amplificação do gene n-myc, e analisados quanto à sobrevida. Análises moleculares e citogenéticas foram realizadas em amostras de sangue periférico, tumor fresco e parafinado. Alguns fatores influenciaram de forma estatisticamente significante para menor sobrevida e pior prognóstico dos pacientes, entre eles: o sexo feminino, o estadiamento e os níveis de desidrogenase láctica em pacientes com neuroblastoma; a disseminação da doença e o estadiamento em pacientes com retinoblastoma; metástases e recidivas em pacientes com meduloblastoma. Nenhum dos parâmetros estudados parece influenciar na sobrevida de pacientes com tumor de Wilms. Apenas o alelo MTR 2756A parece ter influência para uma menor sobrevida em pacientes com retinoblastoma. Outros marcadores não apresentaram informação preditiva significativa no prognóstico de tumores neuroblastoma, retinoblastoma, tumor de Wilms e meduloblastoma. Polimorfismos dos genes MTHFR, MTR, SLC19A1 e TYMS foram analisados em pacientes com os tumores estudados e em controles. Os polimorfismos do gene SLC19A1 (p=0,0286) em neuroblastoma e do gene MTHFR A1298C (p=0,0270) em tumor de Wilms mostraram-se estatisticamente significantes, indicando que os portadores dos genótipos AA e do alelo C apresentam 5,17 e 2,8 vezes mais chance de desenvolver neuroblastoma e tumor de Wilms, respectivamente. A análise citogenética clássica revelou um caso de retinoblastoma agressivo associado a alterações cromossômicas não relatadas anteriormente, bem como alterações comuns ao neuroblastoma, envolvendo regiões 2p, 1q e 17q. As técnicas de extração e FISH em amostras parafinadas foram aplicadas em 41, 28 e 10 pacientes com retinoblastoma, tumor de Wilms e neuroblastoma respectivamente. 24,4% apresentaram deleção de RB1, sendo 60% bilaterais, sugerindo associação com à forma hereditária da doença. Alterações envolvendo WT1 e WT2 foram observadas em 10,7% dos casos. Um caso revelou três sinais WT1 e WT2, podendo estar associado à dissomia uniparental e duplicações. A análise de dados clínicos, moleculares e citogenéticos em crianças com neuroblastoma, retinoblastoma, tumor de Wilms e meduloblastoma permitiu determinar fatores prognósticos e identificar fatores de risco para a sobrevida desses pacientes, contribuindo para a identificação de características de tumores sólidos na infância. Entretanto, novos estudos são necessários para avaliar o impacto dessas variáveis no tratamento de crianças com câncer.

O Lúpus eritematoso sistêmico (LES) é uma doença autoimune sistêmica e crônica, com uma patogênese envolvendo múltiplos fatores. As citocinas têm um papel crucial no desenvolvimento e progressão do LES. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a associação dos polimorfismos dos genes das interleucinas proinflamatórias IL2, IL12B, IL17A, IL17F, IL23R e TNF com o desenvolvimento do LES, atividade da doença e manifestações clínicas apresentadas. Foram selecionadas 122 mulheres com Lupus atendidas no Hospital das Clínicas-UFPE. Os polimorfismos TNF (-308 G/A), IL17A -197(G/A), IL17F (7488 A/G), IL23R (2199 A/C) e IL12B (3’UTR +1188 A/C) foram identificados por PCR-RFLP e a genotipagem do polimorfismo 3’UTR +1188 (A/C) IL2 foi por ARMS-PCR. Nossos resultados mostram que os polimorfismos dos genes TNF (p=0,0012), IL17F (p=0,0005), IL2 (p=0,0011), IL12 (p=

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-05-18T12:44:39Z No. of bitstreams: 1 Soraya Farias de Andrade Freitas.pdf: 720574 bytes, checksum: 5bdec2199a6c7a1051ac90567718753f (MD5) Made available in DSpace on 2017-05-18T12:44:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Soraya Farias de Andrade Freitas.pdf: 720574 bytes, checksum: 5bdec2199a6c7a1051ac90567718753f (MD5) Previous issue date: 2013-07-17 Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES Milk is a food of nutritional and functional importance for all phases of life; however, of all constituents, the fat and protein components are considered to be the most economical value within milk quality payment programs. This fact suggests a greater importance given to these constituents by the main actors of the milk production chain within the economic scenario (MADALENA, 2000). Dürr (2004) reports that milk fat and protein concentrations vary mainly depending on the nutritional management and genetic potential of the animals. As a consequence of the genetic differences responsible for the variation of 25% of the total milk production and 50% in the variations of fat, protein and non-greasy solids (GONYON et al., 1987) ). According to Bonfatti et al. (2010), it is estimated that the additive genetic variance for milk composition characteristics is between 14 and 39% of the total variance. In relation to the polymorphisms of the genes coding for the main milk proteins, such as caseins, β-Lg and α-La, these became markers of interest in milk production, composition and processing. They are excellent models for understanding the behavior of the dairy raw material during the industrial process, since they are closely related to the milk casein fraction, the main protein portion involved with the high yield in the production of cheeses and other derivatives. In addition, genetic polymorphisms of milk proteins are frequently used for the characterization of several breeds of animal production (CAROLI et al., 2010). In order to promote improvements in the genetics of milk production, composition and processing characteristics, research in the field of molecular biology has made it possible to map and identify genomic, transcriptomic and proteomic levels of polymorphisms that contribute to variations in milk composition , In this way, the process of selection of animals in breeding programs. In view of the above, the objective of this research was to study the genetic polymorphisms of kappa-casein and alpha-lactalbumin in cattle of the Girolando and Siboney races O leite é um alimento de importância nutricional e funcional para todas as fases da vida, entretanto, de todos os constituintes, os componentes gordura e proteína são considerados os de maior valor econômico dentro dos programas de pagamento de leite por qualidade. Esse fato sugere uma maior importância dada a esses constituintes pelos principais atores da cadeia produtiva leiteira dentro do cenário econômico (MADALENA, 2000). Dürr (2004) relata que as concentrações de gordura e proteína do leite variam principalmente em função do manejo nutricional e potencial genético dos animais. Desta forma, como principal fator de variação têm-se os efeitos das diferenças genéticas responsáveis pela variação de 25% do total da produção de leite e 50% nas variações dos teores de gordura, proteína e sólidos não gordurosos (GONYON et al., 1987). Segundo Bonfatti et al. (2010), estima-se que a variância genética aditiva para as características de composição do leite encontra-se entre 14 e 39% da variância total. Com relação aos polimorfismos dos genes que codificam as principais proteínas do leite, como as caseínas, β-Lg e α-La, estes se tornaram marcadores de interesse na produção, composição e beneficiamento do leite. São excelentes modelos de compreensão do comportamento da matéria prima láctea durante o processo industrial, já que estão intimamente relacionados à fração caseínica do leite, principal porção proteica envolvida com o alto rendimento na produção de queijos e demais derivados. Além disso, os polimorfismos genéticos das proteínas lácteas são frequentemente utilizados para a caracterização de diversas raças de produção animal (CAROLI et al., 2010). Deste modo, para promover melhorias na genética das características de produção, composição e beneficiamento do leite, pesquisas no ramo da biologia molecular têm possibilitado realizar o mapeamento e identificação em nível genômico, transcriptômico e proteômico dos polimorfismos que contribuem para variações na composição do leite facilitando, desta forma, o processo de seleção dos animais em programas de melhoramento genético. Diante do exposto, o objetivo desta pesquisa foi estudar os polimorfismos genéticos da kappa-caseína e alfa-lactoalbumina em bovinos das racas Girolando e Siboney.

CNPq; FACEPE A baixa estatura é uma das maiores causas de encaminhamento de pacientes à uma unidade pediátrica, sendo uma indicação comum para avaliação genética. Um dos mais importantes genes analisados em pacientes com déficit estatural é o SHOX (Short stature HOmeobox-cotainig gene), relacionado com a baixa estatura e deformidades esqueléticas. Este estudo teve como objetivo definir o cariótipo das pacientes com suspeita clínica da síndrome de Turner (ST) e investigar a haploinsuficiência do gene SHOX em pacientes com cariótipo normal (46,XX) que apresentaram sinais clínicos de baixa estatura associada ou não a malformações esqueléticas. As pacientes foram atendidas no Serviço de Genética Médica do IMIP e no Serviço de Endocrinologia Pediátrica do HC. A análise citogenética foi realizada em linfócitos de sangue periférico e a investigação de deleções foi realizada através de marcadores de microssatélites. A análise citogenética realizada em 168 pacientes revelou alterações cromossômicas compatíveis com a ST em 68 pacientes (40,48%), 20 pacientes (11,90%) apresentaram outras constituições cariotípicas e 80 pacientes (47,62%) apresentaram cariótipo 46,XX, sendo 28 destas inseridas no estudo molecular. A análise citogenética nas pacientes com suspeita clínica da ST permitiu definir seus cariótipos e a investigação do gene SHOX permitiu descartar a haploinsuficiência do gene em 46,43% da amostra de pacientes citogeneticamente normais. Assim, a baixa estatura nestas pacientes não possui etiologia genética para os marcadores moleculares utilizados no presente estudo.

Leucemia é a neoplasia hematológica mais comum na infância. Sua etiologia não está elucidada sendo provável uma interação gene-ambiente. O ácido fólico é uma vitamina do complexo B transportado para a célula pela proteína carreadora de folato reduzido. Enzimas importantes no metabolismo do ácido fólico são: A metilenotetrahidrofolato redutase, metionina sintase, e timidilato sintase. Este foi um estudo exploratório com caso-controle. A população amostral foi diferente para cada um dos polimorfismos estudados sendo constituída de amostras oriundas do CEONHPE/HUOC e INCa. A detecção dos genótipos foi realizada através PCR–RFLP para os polimorfismos MTHFR 677, MS 2756 e RFC1, seguida de digestão enzimática, por PCR para as repetições em tandem no gene TS e PCR alelo-específica para o polimorfismo MTHFR 1298. Não observamos diferença estatisticamente significante na freqüência genotípica dos polimorfismos A2756G MS e nas repetições em tandem 2R/3R no promotor do gene TS. O genótipo mutante RFC 80AA foi relacionado a diminuição do risco de desenvolvimento de leucemias agudas e LLA no CEONHPE, LMA no INCa e leucemias agudas e LMA, na análise CEONHPE e INCa. A presença do alelo 677T foi associada ao aumento do risco de leucemias agudas e LLA. Enquanto a presença do genótipo MTHFR 1298CC foi associado a uma significativa redução do risco. O resultado deste estudo sugere a associação dos polimorfismos RFC G80A, MTHFR A1298C e MTHFR C677T com a susceptibilidade a LA infantil. Leukemia is the most common hematologic malignancy in childhood. Its etiology is not elucidated and is likely a gene-environment interaction. Folic acid is a vitamin B complex transported to the cell by binding protein of reduced folate. Important enzymes in the metabolism of folic acid are: The methylenetetrahydrofolate reductase, methionine synthase, and thymidylate synthase. This was an exploratory study with case-control. The sample population was different for each of the polymorphisms studied was made up of samples from CEONHPE / HUOC and Cancer Institute. Genotype detection was performed by PCR-RFLP for the polymorphisms MTHFR 677, MS 2756 and RFC1, followed by enzymatic digestion, by PCR for the tandem repeats in the TS gene and allele-specific PCR for the MTHFR 1298 polymorphism. No statistically significant difference in genotype frequency of polymorphisms A2756G MS and tandem repeats in the 2R/3R TS gene promoter. The mutant RFC 80AA genotype was related to decreased risk of developing acute leukemia and in CEONHPE ALL, AML and INCa in acute leukemias and AML, and the analysis CEONHPE Cancer Institute. The presence of 677T allele was associated with increased risk of acute leukemia and ALL. While the presence of the MTHFR 1298CC genotype was associated with a significant reduction in risk. The result of this study suggests the association of polymorphisms G80a RFC, MTHFR A1298C and MTHFR C677T with susceptibility to AL's.