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O melhoramento genético tem sido um dos grandes responsáveis pelos avanços na agricultura, com o desenvolvimento de cultivares superiores, quer pela maior produtividade, quer pela melhor adaptação aos ambientes adversos. O sucesso de um programa de melhoramento genético depende, fundamentalmente, de algumas etapas como a escolha de genitores e a seleção de genótipos superiores. Desde o surgimento dos marcadores RFLP, na década de 1980, as metodologias para a exploração dos polimorfismos de DNA têm sido alvo de grandes avanços na automação e na geração de dados em larga escala, fornecendo uma amostragem do genoma, cada vez mais ampla, a um custo menor. Assim, com a tendência do aumento crescente no volume de dados, associada à redução nos custos, os marcadores moleculares firmam-se como estratégias sólidas para auxiliar o melhoramento genético, assim como estudos sobre clonagem e função de genes, filogenia diversidade e estrutura genética em espécies cultivadas e silvestres. Serão apresentados marcos importantes na evolução das tecnologias de marcadores de DNA e algumas das suas aplicações, com ênfase nas análises de diversidade, mapeamento genético e seleção assistida em plantas.

O melhoramento genetico tem sido um dos grandes responsaveis pelos avancos na agricultura, com o desenvolvimento de cultivares superiores, quer pela maior produtividade, quer pela melhor adaptacao aos ambientes adversos. O sucesso de um programa de melhoramento genetico depende fundamentalmente de algumas etapas como a escolha de genitores que produzam individuos com a melhor combinacao de alelos favoraveis e a selecao de genotipos superiores em populacoes segregantes. Uma potente ferramenta para auxiliar o melhoramento sao os marcadores moleculares, que fornecem um numero ilimitado de polimorfismos com base do DNA e sao independentes dos efeitos ambientais e do estadio fisiologico da planta, permitindo a identificacao precoce e precisa de individuos com uma melhor combinacao de elelos favoraveis. Os avancos nas tecnicas moleculares, na bioinformatica e na genetica quantitativa tem contribuido de forma sinergistica para o atual nivel de conhecimentos sobre a estrutura genetica de varias especies cultivadas e silvestres. Assim, varias sao as aplicacoes dos marcadores moleculares, tanto para auxiliar programas de melhoramento, quanto em estudos de variabilidade genetica, identificacao de cultivares, protecao dos direitos do melhorista, avaliacao da pureza genetica de sementes, mapeamento genetico e ampliacao dos conhecimentos na organizacao dos genomas.