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Relatório de Estágio do Mestrado em Análises Clínicas apresentado à Faculdade de Farmácia O presente relatório visa descrever as atividades desenvolvidas ao longo do estágio curricular realizado no Laboratório de Análises Clínicas AVELAB localizado em Aveiro, no âmbito do Mestrado em Análises Clínicas lecionado na Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra. O Laboratório de Análises Clínicas AVELAB é um laboratório de comunidade com mais de cem postos de colheita estabelecidos na região centro de modo a abranger o maior número de utentes possível prestando serviços nas áreas de Imunologia, Hematologia, Bioquímica e Microbiologia e por isso, ao longo do meu estágio, tive a oportunidade de trabalhar em todas essas áreas. Assim, no presente documento, é possível encontrar um capítulo para cada uma delas sendo que a Bioquímica e a Microbiologia foram as áreas escolhidas para serem descritas mais amplamente. É possível encontrar também capítulos sobre a instituição acolhedora do estágio curricular, gestão e controlo de qualidade das técnicas efetuadas no laboratório, processo analítico e ainda um caso clínico que estabelece uma "ponte" entre as duas áreas principais deste documento, a Bioquímica e a Microbiologia. Com a evolução dos métodos e técnicas de diagnóstico laboratorial ao longo dos tempos estes passam a ter cada vez mais importância no diagnóstico clínico bem como no acompanhamento da terapêutica do doente. Assim, é de extrema importância que os profissionais de saúde se encontrem sensibilizados para as boas práticas no laboratório de análises clínicas bem como dos procedimentos e dos controlos que oferecem qualidade ao serviço. Held within the scope of the master’s in Clinical Analysis taught at the Faculty of Pharmacy, University of Coimbra, this report aims to describe the activities developed during the curricular internship held at the AVELAB Clinical Analysis Laboratory located in Aveiro. The AVELAB Clinical Analysis Laboratory is a community laboratory with more than one hundred collection stations established in the central region in order to cover the largest possible number of users providing services in the areas of Immunology, Hematology, Biochemistry and Microbiology and, therefore, throughout of my internship, I had the opportunity to work in all these areas. Thus, in this document, it is possible to find a chapter for each of them, with Biochemistry and Microbiology being the areas chosen to be described more widely. It is also possible to find chapters about the host institution of the curricular internship, management and quality control of the techniques performed in the laboratory, analytical process and also a clinical case that establishes a "bridge" between the two main areas of this document, Biochemistry and Microbiology. With the evolution of laboratory diagnostic methods and techniques, these have become increasingly important in the clinical diagnosis as well as in monitoring the patient’s therapy. Therefore, it is extremely important that professionals are aware of good practices in the clinical analysis laboratory, as well as the procedures and controls that offer quality to the service.

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-05T19:41:12Z No. of bitstreams: 1 Paula Marcele Afonso Pereira Dissertacao completa.pdf: 1834459 bytes, checksum: 95780ed37029848204297980bc37c56d (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-05T19:41:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paula Marcele Afonso Pereira Dissertacao completa.pdf: 1834459 bytes, checksum: 95780ed37029848204297980bc37c56d (MD5) Previous issue date: 2012-05-25 Coagulase-negative staphylococci (CNS) are often involved in nosocomial infections associated with catheters and other invasive medical procedures. The ability to adhere to abiotic surfaces and produce biofilms has been recognized among the major virulence factors of the SCN, especially Staphylococcus epidermidis, the main species responsible for infections related to health care - IRASs.Among the other species capable of producing biofilm, Staphylococcus haemolyticus has been associated with cases of infections in neonates.Here in, we investigated the microbiological and epidemiological aspects of invasive infections related to CNS in the neonatal intensive care unit (NICU) of a university hospital located at Rio de Janeiro metropolitan area (2008-2010).PCR multiplex-mPCR was used in the determination of the species of 40 CNS strains isolated from blood cultures of neonates making use of intravenous catheters and subjected to empirical antimicrobial therapy with vancomycin and / or gentamicin.Phenotyping was performed by three different methods: Simplified scheme in microplates, Vitek 2 and API-Staph. Antimicrobial resistance profiles were verified by the disk diffusion test, oxacillin MIC determinationand PCR for mecA gene. Evaluation of biofilm production was performed by PCR for genes icaAB, atlE and aap and the tests on Congo Red Agar plates and abiotic surfaces (polystyrene and glass).Clonality was determined by PFGE technique. Data revealed the isolation of S. haemolyticus (77%), S. epidermidis (15%), S. captis (5%) and S. warneri (3%).The comparative analysis of the results obtained by mPCR and phenotypic methods showed 97.5% concordance with the simplified scheme and ~40% with the Vitek 2 and API Staph systems. Different multidrug resistance profiles to 16 antimicrobials, including resistance to oxacillin was observed for 82.5% of the CNS isolates, although the mecA gene was not detected in 25% of these strains.Although most of the CNS isolates showed the ability to produce slime and/or biofilm, a complete correlation with the presence of mecA, icaAB, aap, atlE genes was not observed, emphasizing the multifactorial nature of biofilm production of SCN.Different from other CNS species, some strains of S. haemolyticus were unable to adhere to glass and polystyrene surfaces and/or to exhibit aap (38.7%), atlE (42%), icaAB (71%) genes. PFGE analysis revealed the presence of six different clonal types of the prevalent species, indicating the dissemination in this hospital and endemicity in our community of S. haemolyticus. Staphylococcus coagulase-negativo (SCN) estão frequentemente envolvidos em infecções nosocomiais associadas com o uso de cateteres e outros procedimentos médicos invasivos. A habilidade de aderir às superfícies abióticas e de produzir biofilme tem sido reconhecida entre os principais fatores de virulência dos SCN, especialmente de S. epidermidis, a principal espécie responsável por infecções relacionadas à assistência a saúde - IRASs. Dentre as demais espécies de SCN capazes de produzir biofilme, S. haemolyticus tem sido relacionado com quadros de infecções em recém-nascidos (RNs). O presente estudo teve como objetivo principal investigar aspectos microbiológicos e epidemiológicos dos processos infecciosos invasivos relacionados com SCN em neonatos internados em unidade de terapia intensiva neonatal (UTIN) de um hospital universitário do município do Rio de Janeiro (2008-2010). A técnica de PCR multiplex-mPCR foi empregada na determinação das espécies de 40 amostras de SCN isoladas de hemoculturas de RNs fazendo uso de cateteres intravenosos e submetidos à terapia antimicrobiana empírica com vancomicina e/ou gentamicina. A fenotipagem foi realizada por três métodos distintos: Simplificado em microplaca, Vitek 2 e API-Staph. Os perfis de resistência aos antimicrobianos foram verificados através do teste de disco-difusão, determinação de CIM (Oxacilina) e presença do gene mecA. A capacidade de produção de biofilme foi investigada pelos testes do Ágar Vermelho do Congo e ensaios de aderência em superfícies abióticas (poliestireno e vidro) além da PCR para os genes icaAB, atlE e aap. O perfil genômico dos micro-organismos foi determinado pela técnica de PFGE. Os resultados demonstraram o isolamento de S. haemolyticus (77%), S. epidermidis (15%), S. captis (5%) e S. warneri (3%). A análise comparativa dos resultados obtidos pelo m-PCR com métodos fenotípicos demonstrou uma concordância de 97,5% com o esquema simplificado e de ~40% Vitek 2 e o API Staph. A maioria (82,5%) das amostras apresentou perfis variados de multiresistência aos 16 antimicrobianos testados e resistência a oxacilina, apesar de 25% destas não apresentarem o gene mecA. Apesar da maioria das amostras de SCN ter apresentado capacidade de produzir slime e/ou biofilme não foi observada total correlação com a presença dos genes mecA, icaAB, aap, atlE, enfatizando a natureza multifatorial da produção de biofilme de SCN. Diferente do observado para as demais espécies, algumas amostras de S. haemolyticus foram incapazes de aderir ao vidro e ao poliestireno e/ou apresentaram os genes aap (38,7%), atlE (42%) além de icaAB (71%). Na UTIN foi detectada a presença de seis diferentes tipos clonais da espécie prevalente, indicando a disseminação de S. haemolyticusnesta unidade hospitalar e a endemicidade em nossa comunidade.

A tuberculose é uma doença de importância mundial e há alguns anos, em muitos países, foi quase erradicada, mas, com o advento da Aids, novos casos da doença começaram a ocorrer, com o agravante do surgimento de cepas resistentes a diversos antimicrobianos. Concomitantemente a este aumento na incidência de tuberculose, as metodologias diagnósticas apresentaram avanços consideráveis, e atualmente existem diversas metodologias manuais ou automatizadas para um diagnóstico mais rápido das infecções por micobactérias. Um dos sistemas semi-automatizados, o Bactec 460 (Becton Dickinson Diagnostic Systems, Sparks, MD), é utilizado para detectar a presença de micobactérias em espécimes clínicos, realizar testes de sensibilidade aos antimicrobianos e fazer a diferenciação entre micobactérias do complexo tuberculosis e as não-pertencentes a este complexo, diminuindo o tempo do processo em vários dias. O intuito deste trabalho foi verificar o impacto ocasionado com a introdução de um sistema semi-automatizado na rotina do laboratório. No período de janeiro a junho de 1995, foram processadas, pelo método tradicional de cultura em meio de Lowenstein-Jensen (LJ), 326 amostras, das quais 39 (12%) foram positivas, sendo 77% destas identificadas como Mycobacterium tuberculosis. Do total de amostras positivas para M. tuberculosis, 29 (74,3%) apresentaram um prazo de detecção superior a 30 dias. No mesmo período, no ano de 1997, com a introdução do sistema semi-automatizado, foram processadas 340 amostras, das quais 50 (14,7%) foram positivas, sendo 46% destas identificadas como Mycobacterium tuberculosis. O tempo médio para detecção do crescimento das amostras positivas para M. tuberculosis foi de 12 dias. A implantação do sistema automatizado para culturas de micobactérias proporcionou um aumento no número de isolamento de diferentes espécies, em diversos materiais clínicos, com diminuição no tempo de detecção, além de oferecer maior segurança para os técnicos durante a realização destes procedimentos. Tuberculosis is a disease of worldwide importance and several years ago in many countries the disease was almost eradicated. With the advent of Aids infection, new cases of the disease started to emerge with the appearance of multiple drug resistant strains. Together with the increase in tuberculosis cases, diagnostic methodologies showed an advance and nowadays there are several manual and automated methodologies for the diagnosis of these infections. The Bactec 460 (Becton Dickinson Diagnostic Systems, Sparks, MD) system is used for the direct detection of mycobacteria in clinical specimens, for susceptibility testing against tuberculostatic drugs and differentiation of Mycobacterium tuberculosis complex from other species not of the complex, shortening the process in several days. In this study we evaluated the impact of the introduction of an automated system. In the period of January to June 1995, 326 specimens were processed using the traditional methodology of culture in Lowenstein-Jensen (LJ). Thirty-nine (12%) were positive being 77% of these identified as M. tuberculosis. Of the total of 39 positive cultures for M. tuberculosis, 29 (74.3%) showed a time for detection greater than 30 days. In the same period in the year of 1997 with the introduction of the semiautomated system, 340 specimens were processed of which 50 (14.7%) were positive being 46% of these M. tuberculosis. The mean time for detection of positive cultures for M. tuberculosis was 12 days. The use of the automated system for culture of mycobacteria showed an increase in the number of different species isolated from different specimens, decreasing the time for detection and allowing a better and safe condition for technicians while executing theses procedures.