Analysis of carbon and heat fluxes in cropping systems is important for understanding the impacts of different management practices and meteorological conditions, in the context of climate change, on agriculture. We have established a pair of long-term eddy covariance flux towers at the Cooperativa Central Gaúcha Ltda Tecnologia (CCGL-Tec) in Cruz Alta, Rio Grande do Sul, Brazil. The tower sites have similar crop rotation, weather conditions, and management practices except tillage. One site has been under no-till management (PD) since 2011, while the other site has used conventional tillage practice (PC) over the same time period. Measurements conducted above a set of crops (wheat, soybean, oat, soybean) between June 2011 and april 2013 showed the PD and PC sites acted as sinks of CO2 with an cumulative flux of carbon on PD between 16% to 30% greater than in PC. The mean and cumulative values at each site were significantly different (p < 0; 05). Two analytical models based on analytical solutions of the advection-diffusion equation were applied to estimate the footprint and thus to identify flows from the plots of interest in the study. In summary, the site deploying no-till practices had greater uptake of carbon throughout the measurement period than conventional tillage site, even when the footprint analysis was applied resulting in overestimation of the percentages of uptaken carbon by PD. In this work are quantified the carbon flux and some of the components of the energy balance (latent and sensible heat flux) for two agricultural sites with different types of crops; two models are applied to estimate the footprint and to observe which of them allows to select the largest amount of data coming from the crops of interest only: If the different flows between the no-tillage and conventional plantings are compared and the relationships between the surface fluxes in each culture system. A análise de fluxos de carbono e calor em sistemas de cultivo é importante para entender os impactos de diferentes práticas de manejo do solo e condições meteorológicas, no contexto das mudanças climáticas, na agricultura. Se estabeleceram um par de torres de fluxo de eddy covariance de longo prazo na Cooperativa Central Gaúcha Ltda Tecnologia (CCGL-Tec) em Cruz Alta, no Rio Grande do Sul, Brasil. Os locais da torre têm rotação de culturas, condições climáticas e características e propriedades de solo similares, exceto nas práticas de manejo do solo. Um local está sob manejo de plantio direto (PD) desde 1985, e o outro local utiliza a prática convencional de preparo do solo (PC) no mesmo período de tempo. Medições realizadas acima de um conjunto de culturas (trigo, soja, aveia, soja) entre junho de 2011 e abril de 2013 mostraram que os locais de PD e PC atuaram como sumidouros de CO2 com um fluxo cumulativo de carbono na PD entre 16% to 30% maior que no PC. Os valores médios e cumulativos em cada local foram significativamente diferentes (p < 0; 05). Em resumo, os locais de implantação das práticas atuam como sumidouros de carbono. No entanto, o plantio direto teve maior absorção de carbono durante todo o período de medição do que o local com preparo convencional do solo, mesmo quando a análise do footprint foi aplicada, resultando em superestimação das porcentagens de carbono capturado pelo campo com PD. Neste trabalho se quantificam os fluxo de carbono e algumas das componentes do balanço de energia (fluxo de calor latente e sensível) para dois locais agrícolas com diferentes tipos de culturas; se aplicam dois modelos para estimar o footprint e observar qual deles permite selecionar a maior quantidade de dados provenientes unicamente das culturas de interesse: Se comparam os diferentes fluxos entre os locais de plantio direto e plantio convencional e se estudam as relações entre os fluxos superficiais em cada sistema de cultura.