Este estudio presenta un análisis del cambio multi-anual de los años 1986, 1993 y 2008, de la composición y estructura del ensamble de insectos acuáticos en cinco quebradas en las vertientes Este (Ilú, Iguapoga y Pizarro) y Oeste (Cocal Norte y La Camaronera o Cocal Sur) de Isla Gorgona, Colombia. Se compararon datos de estudios previos desarrollados por Calá en 1986 y Zamora et al. en 1993 y los obtenidos por el proyecto GIS-BIO en 2008. Se realizaron comparaciones en tres escalas espaciales: isla (diversidad γ), vertientes (β) y quebradas (α). El número de órdenes en 1986, 1993 y 2008 fue 8, 7 y 9, respectivamente. Entre 1993 y 2008 aumentaron el número de familias (de 17 a 27) y el de géneros (de 24 a 51). Debido al incremento en el número de taxones, la similitud (Sorensen) entre 1993 y 2008, fue 57,8% en términos de la composición de familias y 32,0% en relación de géneros. El índice de diversidad de Shannon-Wiener (H') aumentó en el tiempo, en 1993 el promedio para la isla fue 1,92 (1,67-2,12 nats/ind.) y en 2008 fue 2,54 (2,30-2,82 nats/ind.). La dominancia (D) (< 0,19) y la equidad (J') (> 0,68) en promedio fueron similares en ambos períodos. Al comparar las vertientes, la Este presentó mayor número de familias y géneros en ambos períodos. La similitud de la composición faunística entre ellas fue mayor para el año 2008 (74%) que 1993 (50%); por tanto, el recambio de géneros (diversidad β) entre vertientes fue inverso. La relación entre la diversidad local y regional fue de tipo I (insaturada) que para 1993 y 2008. Los patrones temporales y espaciales podrían ser explicados por la deforestación que sufrió el área ''El Poblado'' durante el funcionamiento de la penitenciaria entre 1960 y 1984. El bosque nativo a lo largo de varias quebradas fue reemplazado por cultivos de ''pan-coger'', o sometido a entresaca de madera. Adicionalmente, se construyó una microcentral eléctrica en una de las quebradas. Desde la declaración de Isla Gorgona como Parque Nacional Natural en 1984, las cuencas impactadas entraron en un proceso de recuperación natural. Los muestreos en 1993 y 2008 representaron trayectorias de sucesión de 10 y 24 años, respectivamente. Sin embargo, no se descarta en los resultados, un efecto por las diferencias en el esfuerzo de muestreo entre años y la no disponibilidad para Suramérica de claves taxonómicas para la identificación de los organismos en los años 90s. ésto se apoya en una mayor tasa de registros nuevos de familias y géneros en la vertiente Oeste, cuyo paisaje ha presentado mínima intervención humana.This study shows an analysis of multi-annual (1986, 1993, and 2008) change of composition and structure of aquatic insect assembles at five streams at the Eastern (Ilú, Iguapoga, and Pizarro) and Western drainage (Cocal Norte and La Camaronera or Cocal Sur) at Gorgona Island. Were used data of Cala from 1986 and Zamora et al. from 1993, and the GIS-BIO project from 2008, in order to make comparisons at three spatial scales: island (γ diversity), drainages (β), and streams (α). The number of orders in 1986, 1993, and 2008 was 8, 7, and 9, respectively. Between 1993 and 2008, the number of families increased from 17 to 29, while the number of genera increasing from 5 to 24. Because of that increase in the number of taxa, the similarity index (Sorensen) between 1993 and 2008 was 57.8% based on the family composition and 32.0% based on genus composition. The Shannon-Wiener's diversity index (H') also increased with time, in 1993 the island's average was 1.92 (range: 1.67-2.12 nats/ind.) and in 2008 was 2.54 (2.30-2.82). Both, dominance (D) (< 0.19) and evenness (J') (> 0.68), were similar in both periods. The Eastern drainage streams showed higher numbers of families and genera during both periods. The similarity of the compositions among drainages was higher for the year 2008 (74%) than for 1993 (50%), then genera turnover (β diversity) between drainages was inverse. The relationship between local and regional diversities followed the type I (unsaturated) during 1993 and 2008. The temporal and spatial patterns may be explained by the extensive deforestation at El Poblado area during the operation of the penitentiary between 1960 and 1984. Native riparian forests were replaced by subsistence crops or were exploited for fire wood. Additionally, a small hydropower central was constructed at a stream. Therefore, the impacted basins have naturally recovered since Gorgona Island was designated as a National Natural Park in 1984. Then, the samplings in 1993 and 2008, represent succession trajectories of at least 10 and 24 years, respectively. However, we do not overlook that the differences in sampling effort between years, and the limited availability of taxonomic keys for South America during the years 90 may have biased the temporal trends. This is supported by a higher rate of new families and genera records at the Western drainage, where the landscape was minimally impacted by human intervention.