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El Arroyo Caañabe, es un curso de agua que corre a través de los Departamentos Central y Paraguarí (República del Paraguay). Las descargas de origen agropecuario, urbano e industrial contaminan sus aguas. En este trabajo se evalúa la calidad del arroyo mediante sus características fisicoquímicas, ecotoxicológicas, microbiológicas y se la comparan con la legislación vigente. Se colectaron muestras en los meses de Julio y Setiembre del año 2014. Se estudiaron tres sitios denominados S1, ubicado en aguas arriba de la Ciudad de Carapegua; S2 en la intersección del arroyo con la Ruta 1, y S3, en la zona límite de las ciudades de Carapegua y Nueva Italia. Se realizaron ensayos de toxicidad aguda con Daphnia magna, Lactuca sativa, y alevines de Danio rerio; además de ensayos crónicos en Tetradesmus wisconsinenesis, D. rerio y Allium cepa. Se evaluaron los grupos y especies microbianos siguientes: aerobios mesófilos, enterobacterias, coliformes totales, coliformes fecales, E. coli, Pseudomona aeruginosa, mohos y levaduras; además se determinaron índices de calidad y de contaminación. Los resultados indican que las aguas del arroyo presentaron características de clase II y de clase III según el padrón establecido por la Secretaría del Ambiente del Paraguay. El índice de calidad de agua (ICA) arrojó valores comprendidos entre 52 y 62 lo que otorga la clasificación de "regular"; mientras que el índice de contaminación trófica (ICOTRO) presentó valores entre 0,12 y 0.26, indicando "eutrofización". Los recuentos de coliformes fueron superiores en el segundo muestreo, aunque dentro lo establecido por la norma. La presencia de P. aeruginosa en los tres puntos constituye un riesgo para la salud. Ensayos ecotoxicológicos agudos mostraron que las aguas presentan escasos efectos letales, no obstante los ensayos crónicos en A. cepa y el test de micronúcleos en D. rerio indican potenciales efectos citotóxicos y genotóxicos de las aguas del Arroyo Caañabe.