Search

The olive moth -Prays oleae Bern.- remains a significant pest of olive trees showing situation dependent changes in population densities and in severity of damages. The genetic variability of olive moth was assessed on three main olive orchards regions in Portugal by three different markers (COI, nad5 and RpS5), suggesting high species diversity albeit with no obvious relation with a regional pattern nor to an identified ecological niche. Selected COI sequences obtained in this study were combined with those available in the databases for Prays genus to generate a global dataset. The reconstruction of the Prays phylogeny based on this marker revealed the need to revise Prays oleae to confirm its status of single species: COI data suggests the co-existence of two sympatric evolutionary lineages of morphologically cryptic olive moth. We show, however, that the distinct mitochondrial subdivision observed in the partial COI gene fragment is not corroborated by the other DNA sequences. There is the need of understanding this paradigm and the extent of Prays variability, as the disclosure of lineage-specific differences in biological traits between the identified lineages is fundamental for the development of appropriate pest management practices.

Submitted by RICARDO MARCELO GONÇALVES null (goncalves.agrouel@gmail.com) on 2016-01-29T17:25:47Z No. of bitstreams: 1 GONÇALVES RM FINAL com ficha.pdf: 13399489 bytes, checksum: b1781611ebd9a371f68fe365f1dcbd65 (MD5) Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-02-02T13:04:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 goncalves_rm_dr_bot_par.pdf: 9564947 bytes, checksum: 42e5208fbfb76a4063c34f438ed8f0b0 (MD5) Made available in DSpace on 2016-02-02T13:04:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 goncalves_rm_dr_bot_par.pdf: 9564947 bytes, checksum: 42e5208fbfb76a4063c34f438ed8f0b0 (MD5) Previous issue date: 2015-12-15 Outra Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Uma das principais doenças bacterianas que acomete a cultura do feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.) no Brasil é a murcha-de-curtobacterium, causa por Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff). Até o momento são escassas as informações a respeito da sobrevivência da bactéria no cultivo do feijoeiro, fato que pode interferir no manejo e controle da doença, além de informações a respeito da variabilidade genética da bactéria. Assim, esta pesquisa teve por objetivos analisar o potencial de algumas coberturas de inverno como hospedeiras alternativas de Cff, avaliar o efeito destas culturas aplicadas em sistema de rotação com o feijoeiro na incidência e severidade da doença, avaliar o comportamento de genótipos de feijoeiro que melhor se adaptam à doença em regiões do estado do Paraná, verificar a sobrevivência de Cff como células livres no solo e analisar a variabilidade genética da bactéria pela técnica de análise por sequências multilocus (MLSA). Foi observado que Cff pôde colonizar epifiticamente ou endofiticamente a aveia preta, trigo, aveia branca, cevada, azevém e canola. Os cultivos prévios da aveia preta e do trigo propiciaram o aumento da incidência e severidade da doença no feijoeiro, bem como redução no peso médio de 100 grãos. A produtividade média do feijoeiro teve uma redução de 50,64% em uma área com maior intensidade da doença, com parâmetros agronômicos (número de vagens/planta, número de grãos/planta, peso dos grãos/planta e peso de 100 grãos), menores no local com maior incidência da doença. O cultivo prévio do milho e da soja propiciaram redução da incidência de Cff e aumento na produtividade do feijoeiro. As cultivares IPR Juriti e IPR Tuiuiú apresentaram maior nível de resistência à doença e foram as mais produtivas no Paraná. Houve diferença do período de sobrevivência como células livres entre isolados de Cff no solo (22 a 34 dias) e entre diferentes solos (30 a 94 dias). A sobrevivência no solo sob condições de campo variou de 34 a 80 dias, sendo observada a influência da temperatura e umidade no período de sobrevivência a campo. A técnica molecular empregada para detecção de Cff diretamente do solo possibilitou detecções em concentrações mínimas de 5x105 a 5x106 UFC/g de solo, sendo que Cff não foi detectada nos solos dos ensaios de campo conduzidos em 2012 e 2013, no Paraná. O estudo de MLSA com seis genes housekeeping evidenciou grande diversidade genética entre isolados de Curtobacterium flaccumfaciens coletados de diferentes países e hospedeiros, possivelmente devido recombinações e seleção purificadora durante o processo evolutivo da espécie; foi observado que não há correlação entre classificação filogenética com o local e hospedeiro. One of the most important diseases of common bean in Brazil is the bacterial wilt, caused by Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff). Until now, there is no much knowledge about how this bacterium survives on common bean, fact that could interfere with the disease management, besides of information about genetic variability of the bacterium. In this work we studied the potential of some winter crops as alternative hosts of Cff; the effect of these crops in the incidence and severity of bacterial wilt in rotation with common bean; detection of common bean cultivars with resistance levels to Cff in regions of Paraná State; study the survival of Cff as free cells in the soil; and assess the genetic variability of the bacterium by multilocus sequence analysis (MLSA). Cff colonized epiphytically and endophytically black oat, wheat, white oat, barley, ryegrass and canola. The previous crop of black oat and wheat increased the incidence and severity of bacterial wilt and reduced the average weight of 100 grains. The average production of common bean decreased 50,64% in area with higher intensity of disease, with reduction of number of pods/plant, number of grains/plant, weigh of grains/plant and weigh of 100 bean grains. The previous crop of corn and soybean reduced the Cff incidence and increased the bean production. The cultivars IPR Juriti and IPR Tuiuiú shown greater level of reistance for bacterial wilt and were more productive in Paraná State. Cff strains showed different survival periods in the soil (22 to 34 days) and was influenced by the soil type (30 to 94 days). For the field experiments, the survival of Cff varied from 34 to 80 days, being influenced by the temperature and moisture. The molecular technique employed to detect Cff directly from soil enabled detection in concentrations ranging from 5x105 to 5x106 CFU/g of soil and Cff was not detected on field assays in 2012 and 2013, in Paraná State. The study of MLSA with six housekeeping genes revealed large genetic diversity between strains of Curtobacterium flaccumfaciens from different countries and hosts, possibly due recombinations and purifying selection during the evolutive process of the specie; no correlation between phylogenetic classification with local and host of origin were observed.

Projeto de Pós-Graduação/Dissertação apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Ciências Farmacêuticas A introdução de agentes antimicrobianos na terapêutica representou um grande progresso para a Saúde Pública, possibilitando uma evidente redução das taxas de morbilidade e mortalidade associadas a doenças infeciosas. No entanto, a emergência e disseminação de resistência bacteriana face à ação dos antibióticos tem, nos últimos anos, vindo a constituir um fenómeno preocupante, representando um desafio constante à escala mundial. Diversos são os fatores que contribuem para a manifestação e disseminação de resistência, estando entre eles o uso irracional de antibióticos, a eliminação descontrolada de resíduos para o ambiente e a transmissão de genes de resistência intra e inter-espécie. O ambiente hospitalar representa o nicho ecológico mais importante, promotor do crescimento de elevados níveis de resistência, devido à pressão seletiva exercida pelo uso constante de antibióticos durante o tratamento de doenças infeciosas. Ainda que com menos frequência, mas com igual importância, a agricultura, a produção intensiva, a aquacultura, a veterinária e as zonas urbanas constituem exemplo de ambientes onde a utilização descontrolada de antibióticos parece favorecer a seleção de estirpes resistentes. Permanece, contudo, pouco esclarecida a origem de alguns dos mecanismos de resistência adquiridos, com maior relevância clínica, bem como a sua associação a bactérias de nichos ecológicos extra-hospitalares. Recentemente, tem sido dada atenção ao papel de outros ambientes não-clínicos, como áreas remotas do Globo, afastadas da elevada pressão antropogénica, como fonte e/ou reservatório de bactérias resistentes. O aparecimento de características de multirresistência a antibióticos, na ausência de exposição a estas moléculas, em isolados de animais selvagens provenientes de áreas remotas, levanta importantes questões sobre o papel deste nicho ecológico como reservatório e fonte de bactérias resistentes fora do ambiente hospitalar conduzindo à necessidade de esclarecimento da dinâmica deste preocupante fenómeno, bem como das implicações para as estratégias de controlo da resistência. The introduction of antimicrobial agents in the therapy represented a major step forward for public health, enabling a clear reduction in morbidity and mortality rates associated with infectious diseases. However, the emergence and spread of bacterial resistance to antibiotics has been, in recent years, a serious concern representing a constant worldwide challenge. There are several factors that contribute to the manifestation and dissemination of resistance, among them being the irrational use of antibiotics, uncontrolled waste disposal on the environment and the transmission of resistance genes intra and inter-species. The hospital environment is the most important ecological niche, promoting growth of high levels of resistance, due to selective pressure by the constant use of antibiotics for the treatment of infectious diseases. Although less frequently, but with equal importance, agriculture, intensive farming, aquaculture, veterinary and urban areas constitute environments where uncontrolled use of antibiotics seems to favor the selection of resistant strains. Remains, however, poorly understood the origin of some of the mechanisms of acquired resistance, with clinical relevance, as well as their association with bacteria outside hospitals ecological niches. Recently, attention has been given to the role of other non-clinical settings, such as remote areas of the globe, away from high anthropogenic pressure, as source and /or reservoir of resistant bacteria. The emergence of multidrug resistance characteristics of the antibiotics in the absence of exposure to these molecules in isolated wildlife from remote areas, raises important questions about the role of this ecological niche as a reservoir and source of resistant bacteria outside the hospital leading to the need of clarification about the dynamics of this worrying phenomenon and the implications for control strategies of resistance.