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Differences in bacterial community might be related to many factors such as nutrients contends and interaction with other microorganisms. Differences in how the bacterial community is distributed among sites might impact the nutrient cycle to the ecosystems. The aim of this study was to analyze the distribution of bacterial community in different sites of the Upper Paraná River floodplain about the existence of differences in bacterial community structure among sites and its correlation with dissimilarities of abiotical conditions. And then, investigate how bacterial community structure changes in a hydrological cycle. The samples were performed in 36 sites of Paraná River floodplain, classified as connected and unconnected lakes and channels, distributed among three main rivers that compound this floodplain. Bacterial community structure was analyzed considering bacterial total density and relative abundances of the main domains Bacteria and Archaea, and subdivisions of the phyla Proteobacteria (Alpha-proteobacteria, Beta-proteobacteria, Gamma-proteobacteria) and Cytophaga-Flavobacterium group; that were estimated by fluorescent in situ hybridization. The structure of bacterial community differed according to the river´s characteristics in which the ambient are connected to. Differences in chlorophyll-a, total and ammoniacal nitrogen and orthophosphate were the mainly limnological variables that determines de bacterial community structure among the sites. The influence of the flood pulse in the bacterial community was analyzed in every three months samples (from December/2010 to September/2011), in twelve sites in upper Paraná River floodplain. We concluded that the flood pulse changes more significantly the bacterial community structure than the limnological differences among the rivers that compose the floodplain. Furthermore, in despite to what is observed to other planktonic communities the flood pulse decreases bacterial diversity during high water period. These results observed in a study with large bacterial groups suggest that a greater taxonomic refinement, the results could enlighten even more about how bacterial structure is influencing nutrient cycles in floodplain systems. As diferenças da comunidade bacteriana nos ambientes podem estar relacionadas a diversos fatores como a concentração de nutrientes e a relação com outros micro-organismos. A distribuição da comunidade bacteriana entre os ambientes podem influenciar na ciclagem de nutrientes do ecossistema. Nessa perspectiva, foi analisada a distribuição da comunidade bacteriana em diferentes ambientes da planície de inundação do alto rio Paraná quanto à existência de diferenças na estrutura da comunidade bacteriana entre os ambientes estudados e a sua correlação com as dissimilaridades das condições ambientais. Posteriormente, foi investigado como a comunidade de bactérias planctônicas se altera durante um ciclo hidrológico. Foram realizadas amostragens em 36 ambientes da planície de inundação do alto rio Paraná, distribuídos entre os três principais rios que compõem essa planície e classificados como lagoas com e sem conexão direta com o canal do rio principal, canais e rios. A estrutura da comunidade bacteriana foi analisada considerando a densidade total de bactérias e as abundâncias relativas dos dois domínios Bacteria e Archaea¸ das subdivisões do filo Proteobacteria (Alpha-proteobacteria, Beta-proteobacteria, Gamma-proteobacteria) e do grupo Cytophaga-Flavobacterium; estimadas através da metodologia de hibridização fluorescente in situ. A comunidade bacteriana diferiu, sobretudo de acordo com as características dos rios aos quais os ambientes são conectados. Diferenças nas concentrações de clorofila-a, nitrogênio total e amoniacal e ortofosfato foram as principais variáveis limnológicas que determinaram a estrutura da comunidade entre os ambientes. A influência do pulso de inundação sobre a comunidade bacteriana foi analisada em amostragens trimestrais (dezembro/2010 a setembro/2011), em doze ambientes da planície de inundação. Constatou-se que o pulso de inundação altera mais significativamente a estrutura da comunidade bacteriana que as diferenças limnológicas entre os rios que compõem a planície. Além disso, ao contrário do que se observa para outras comunidades planctônicas o pulso de inundação reduz a diversidade de bactérias durante o período de águas altas. Essas diferenças observadas quando se analisa grandes grupos bacterianos, sugere que com um maior refinamento taxonômico, os resultados podem fornecer uma maior compreensão sobre como a estrutura da comunidade bacteriana está influenciando a ciclagem de nutrientes nesses ambientes. 72 f