Introdução: Nos últimos tempos, o Sistema Único de Saúde brasileiro vem passando por várias inovações na gestão, na organização, no financiamento e em seus serviços. Nesse contexto, avulta como importante o fortalecimento do sistema de Atenção Primária à Saúde, que tem demonstrado a essência da efetividade do cuidado, viabilizando uma abordagem integral às pessoas. Nesse sentido, é necessário um eficiente acompanhamento do paciente, por meio dos instrumentos de referência e contrarreferência. Objetivo: Analisar estratégias para implantação de Sistema Eletrônico na Referência e Contrarreferência em Unidade de Saúde da Família (USF) no município de Anápolis-Goiás. Material e Métodos: O estudo realizado foi prospectivo, de intervenção não randomizada, desenvolvido em duas das três USF da pesquisa. Os grupos experimentais e de controle foram escolhidos com base em critérios de conveniência. Foram feitas visitas pela pesquisadora às unidades de saúde, explanações sobre a pesquisa e solicitações de auxílio aos profissionais. As intervenções foram realizadas por meio de estímulo e orientações aos profissionais e aos pacientes. Utilizaram-se entre os instrumentos: Fichas de Orientações e de Fluxo e Carta da Pesquisa. Em uma das USF Intervenção, foi disponibilizado o Sistema Eletrônico de Referência e Contrarreferência. Realizou-se o acompanhamento, nas USF do estudo e no Sistema Nacional de Regulação (SISREG), do fluxo dos pacientes referenciados aos médicos especialistas no período de 1º de agosto de 2012 a 1º de dezembro de 2012. Foram feitas, visitas aos médicos especialistas que atenderam os pacientes referenciados e, ainda, busca ativa de pacientes que não retornaram ou retornaram sem a contrarreferência à USF de origem. Avaliou-se o número de referências, contrarreferências e os motivos do não retorno dos pacientes e de contrarreferências às três USF do estudo. Os dados obtidos foram analisados por meio do programa STATA, versão 11.0. Resultados: Do total de 6.218 atendimentos médicos, foram realizados 532 encaminhamentos aos médicos especialistas e 492 acompanhamentos de pacientes. A taxa de encaminhamentos foi de 8,56%. Foram solicitadas e agendadas mais consultas nas USF Intervenção. Dos encaminhamentos realizados, 54,27% consultas foram agendadas. Destas, retornaram 11,61% pacientes às USF de origem do encaminhamento. O tempo do retorno do paciente à USF de origem, após a emissão do encaminhamento de referência variou de 6 a 110 dias. O retorno dos pacientes à USF de origem ocorreu apenas nas USF Intervenção, e destes pacientes, praticamente a metade retornou com a contrarreferência de forma manual. Conclusões: O estudo evidenciou taxa de encaminhamentos de acordo com os parâmetros internacionais; dificuldades de acesso às consultas especializadas; baixo número de retornos de pacientes às USF de origem do encaminhamento; como também, que orientações e estímulo aos profissionais e aos pacientes influenciaram positivamente no retorno dos pacientes e de contrarreferências às USF de origem. Acredita-se ser factível implantar o sistema de referência e contrarreferência por meio eletrônico, que permite uma melhor comunicação entre os profissionais de forma segura e rápida e uma maior integração entre os serviços. Introduction: In recent times, the Brazilian Unified Health System has undergone several innovations in management, organizing, financing and services. In this context, looms as a major strengthening of the system of Primary Health Care, which has demonstrated the essence of the effectiveness of care, enabling a holistic approach to people. In this sense, it is necessary an efficient monitoring of the patient by means of the reference and counter reference. Objective: To analyze strategies to implement the Electronic System Reference and counter reference in the Family Health Unit (FHU) in the city of Anápolis, Goiás. Material and Methods: The study was a prospective, nonrandomized intervention, developed in two of the three FHU research. The experimental and control groups were chosen on the basis of convenience. Visits were made by the researcher to the health units, explanations about the research and requests for assistance to the professionals. The interventions were performed by means of encouragement and guidance to professionals and patients. It was used among the instruments: Sheets Guidelines and Flow and Letter Search. In one of FHU Intervention was made available the Electronic Reference and counter reference. We carried out the monitoring, the FHU study and the National Regulatory System (SISREG), the flow of patients referred to specialists in the period from 1 August 2012 to 1 December 2012. Visits to medical specialists were made who treated the patients referred and also active search for patients who have not returned or returned without the counter reference - FHU source. It was evaluated the number of references, counter reference and reasons for non-return of patients and counter reference to the three FHU from study. Data were analyzed using STATA version 11.0. Results: Of the total of 6,218 medical consultations, it was performed 532 accompaniments to specialists physicians and 492 patients accompaniments. The referral rate was 8.56 %. They were requested and scheduled more appointments in FHU intervention. Of referrals made, 54.27 % were scheduled consultations. Of these, 11.61 % patients returned to FHU source routing. The time of the patient's return home to FHU, after issuing the referral reference ranged from 6 to 110 days. The patients return home at FHU occurred only in Intervention, and of these patients, almost half returned to the counter reference manually. Conclusions: The study demonstrated rate of referrals in accordance with international standards; difficulties of access to specialized consultations, low number of patients returns to FHU source routing, as well , that guidance and encouragement to professionals and patients positively affect the patients return to the FHU and counter reference source. It was believed to be feasible to implement the referral system and counter reference electronically, allowing better communication between professionals safely and quickly and greater integration between services.